2Q3OA

Ensemble refinement of the protein crystal structure of 12-oxo-phytodienoate reductase isoform 3
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
380
structure length
365
Chain Sequence
SNETLFSSYKMGRFDLSHRVVLAPMTRCRALNGVPNAALAEYYAQRTTPGGFLISEGTMVSPGSAGFPHVPGIYSDEQVEAWKQVVEAVHAKGGFIFCQLWHVGRASHAVYQPNGGSPISSTNKPISENRWRVLLPDGSHVKYPKPRALEASEIPRVVEDYCLSALNAIRAGFDGIEIHGAHGYLIDQFLKDGINDRTDQYGGSIANRCRFLKQVVEGVVSAIGASKVGVRVSPAIDHLDATDSDPLSLGLAVVGMLNKLQGVNGSKLAYLHVTQPREEEAKLMKSLRMAYNGTFMSSGGFNKELGMQAVQQGDADLVSYGRLFIANPDLVSRFKIDGELNKYNRKTFYTQDPVVGYTDYPFLAP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords 12-oxophytodienoate reductase 3
publication title Ensemble refinement of protein crystal structures: validation and application.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 117
structure length 365
sequence length 380
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.3.1.42: 12-oxophytodienoate reductase.
pdb deposition date 2007-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2q3oA00
3W1NA 2PE4A 4ONVA 3RK8A 3TE9A 4H3DA 1KM2A 3G1YA 3MP5A 4K8HA 4UTIA 1QOQA 3M1ZA 3LBCA 1W1ZA 3FKKA 2YR1A 4AHQA 4RKAA 3P67A 3UZ5A 3DZ1A 3R13A 4XTDA 1NVMA 3P80A 4WXYA 2HMCA 1LRNA 4O4VA 4JTIA 3RLUA 1XC4A 1JCXA 3MI3A 4HPJA 1W3NA 2YW4A 4TX9A 4RX0A 3KFTA 1PHWA 1OX6A 5D2TA 5AC8A 1OF8A 4UTTC 3GAYA 2FLIA 2VFEA 3ABQA 2G96A 1EUAA 2F7FA 4UMCA 1TPFA 4PC8A 3W07A 2ZBTA 3T4CA 5DELA 1K7EA 3W1RA 1VYRA 1KFBA 1IIHA 1TMHA 4ORMA 1EP3A 3NQCA 2EHHA 4DO4A 3I65A 4IQLA 3W70A 1Q6RA 1GPWA 1GJPA 5CSSA 5AYXA 4LC8A 5G1YA 5HWMA 2DJLA 4FB7A 5K4ZA 4GRSA 3IEBA 5HULA 4O1CA 1TV5A 4ZQPA 2Y89A 3TJLA 2R14A 2YZRA 2QCDA 2WKJA 3IVSA 5DBTA 3KVMA 1SZFA 1VZWA 4O54A 3C2EA 1OFOA 1S5VA 2ZRZA 3NPUA 5K4XA 1B3OA 1KM5A 1SW0A 3OEXA 3C2OA 4JTTA 3JS3A 1A5BA 4DF0A 2EGZA 3U2OA 4Z0JA 1XDMA 3TXZA 3U8GA 3OVPA 2BLEA 5FI8A 2Y7EA 2NXHA 2O7SA 4MJMA 4JIPA 1GT8A 5AB3A 1B4KA 3TAOA 3LGEA 2ZA3A 2C6QA 1X1ZA 4UTMA 5G2HA 1ZALA 2GVJA 2C3ZA 3DAQA 3P62A 4E2BA 4DBDA 2OX1A 3CTLA 4I9AA 1EX5A 4ZQMA 4FNRA 1OFQA 1MZHA 1W0MA 1XBVA 3L0NA 4FF7A 2BZNA 1PVNA 1YXDA 3EKZA 4AWSA 4K8EA 3IIXA 5FESA 5LNUA 1G4TA 3O63A 3EB2A 4WY0B 3B03A 5F4WA 3G8EA 2OT0A 1W54A 4CNPA 3QJAA 3NR0A 3M7WA 4MFDA 1G6CA 3G18A 4AHPA 3W9ZA 1WBJA 2CLMA 3EEGA 3NPWA 1OFDA 3SGZA 4AXKA 2JGQA 3TUUA 1FWWA 2Q8ZA 2ZZ4A 3HGOA 3NG3A 3SY5A 1OF6A 3QSRA 3DH7A 4LT9A 3P8JA 1N55A 3N73A 1VH7A 4RK8A 4JYFA 4E2DA 1FWTA 3STCA 5F2GA 4HNUA 3TSMA 4YCPA 1XCFA 4U28A 1H50A 3L0KA 2ISWA 1S3HA 3MWAA 3W2LA 3OG3A 4M19A 1EWDA 1GYLA 2CWNA 3CM4A 1VJIA 3TFXA 5I3JA 2WQPA 5IBXC 2NX9A 4LVBA 2NX3A 1OABA 3H54A 1FY6A 4PH6A 1O5KA 2Y63A 4O53A 1OG0A 4Y9AA 5F2MA 2X1RA 2DZPA 2ZRUA 3ZFHA 5K7JA 2CLHA 2BTMA 5C6MA 3M9YA 1PV8A 2ZZ6A 4UR8A 2HS6A 1XBYA 3W76A 5DCEA 5KINA 2ZFAA 1IF2A 5K3VA 5TIMA 2ZZ1A 1JULA 3NPVA 3NQFA 2CLIA 5AHIA 1JJKA 4HIBA 4NXSA 3G24A 4IPIA 4CCEA 1IIGA 3HPZA 3C56A 3GYEA 2QJGA 3LTPA 1FCBA 1VPXA 3W1TA 4UIOA 4LNYA 3L9CA 1EPXA 2QCGA 3LI1A 5DXYA 4A21A 1RD5A 1OK4A 1ML1A 2X16A 3PVFA 4UTLA 2RHGA 2PRLA 4EWND 1LROA 4BWLA 2NZLA 3AO0A 2V2DA 3VCRA 1VLIA 1HTIA 1DKWA 3GDLA 3GX9A 5E0KA 3HPSA 2OZ0A 3G22A 5CG7A 1MEIA 3QQ0A 3HPXA 1GTHA 2CZEA 1AL7A 4M6PA 4XBKA 3MO7A 4ORIA 2HS8A 2TYSA 3DU0A 4ZQNA 4R7JA 1I2PA 4LV9A 5D2WA 1C8VA 1LZOA 4AF0A 1Q3NA 1TYGA 3RU6A 3KXQA 2QJIA 3K30A 1LORA 1OJXA 1IXPA 4IMGA 3NZ1A 5BNKA 2ZZ5A 3W2JA 1KTBA 5ABTA 4TU1A 3PSVA 4EOUA 2E5BA 4PODA 2QAFA 1QPNA 3C2VA 3W85A 1ALDA 2ZTJA 4P2VA 2Y70A 1OK6A 1OX4B 3FLUA 3EWYA 3S5NA 3LHWA 1CI1A 3C52A 1S5TA 5KZMA 3TXVA 4PFMA 3DGRA 5H2ZA 3NQEA 4QNWA 2ZZ3A 4K37A 1FXQA 3S5OA 3TDFA 1VCFA 2JKPA 2A1YA 4GNJA 1KM6A 1VLWA 1WOAA 1YLVA 2OJPA 1CW2A 1G67A 1VGAA 1SFLA 2C18A 3BV4A 3ZS4A 4S1FA 2H6RA 2V82A 3SZ8A 4PCFA 3TROA 2WSQA 3NPXA 1OFAA 4UC5A 3M5ZA 4RZ6A 3L5LA 3UQNA 1RV8A 1GQNA 1R30A 1VS1A 5D09A 4WY0F 4ML9A 1DOSA 1WXJA 1KBIA 1GZGA 2VEIA 4OV9A 4BF9A 2ZRYA 2FB3A 4FNTA 1JVNA 1L2UA 3U6WA 1P1XA 2WSRA 1Q6OA 3BO9A 3G3DA 3S8HA 3PUOA 3TMQA 1TPDA 2H8ZA 1RQHA 4FNUA 4K38A 3UWWA 3TW6A 1KV8A 3LCIA 1EB3A 4NT0A 2QDGA 2JKEA 4WX2A 3S5YA 1SR9A 2V8ZA 2A2IA 3GK0A 3VE7A 5HWJA 1SO4A 4N9BA 1WQ5A 2GUUA 1M7OA 4JTKA 5F4XA 4NNCA 3EX4A 1TPB1 4ADTA 3ELFA 4O10A 2DZUA 3CEUA 3LI0A 5LHFA 3NQ2A 1Z48A 1DL3A 2ZA1A 4HSNA 2V2HA 2E1DA 4OU1A 4UTWA 4OWGA 4IPJA 1WA3A 5LGZA 3W7IA 4GBUA 3O6DA 5CZ0A 5G4EA 5TBOA 4H6KA 1RQBA 2QAPA 5EY5A 3I6RA 1QPRA 3TFCA 1YDOA 1YXCA 2H3DA 3M5YA 3PC0A 1LYXA 4Q4KA 4FNPA 3UY8A 3GXNA 3IIOA 4MVAA 1YTDA 1FX6A 2V2CA 3BARA 1WYIA 5HINA 5D38A 2X2GA 1VYSX 3STEA 4Z1AA 2E6YA 4QIUA 4LVFA 4CLMA 1MXSA 4AB4A 3LTSA 4OT7A 3SSJA 1B57A 3BG3A 3S9YA 3OHIA 1YPIA 4Z0SA 1MEWA 1ME7A 2J9ZA 1PIIA 4O4WA 4RZ5A 1WOBA 1XBZA 4LU0A 5CZSA 1A5SA 2G97A 2PURA 2Q3RA 2V5BA 3LHYA 4FX8A 2YYUA 4PL1A 4KKXA 2ABBA 2J88A 4O52A 1RR2A 4G1KA 4MZ1A 3KRZA 5U7SA 3DFTA 4R33A 3IVTA 3W2KA 5G5IA 1W3TA 2AAMA 4UTTA 4JEQA 2WNQA 3W7HA 1FUYA 2Z2UA 5HR6A 5FEPA 3QZEA 1NSJA 4HPXA 5KMYA 3STGA 1TTIA 4POCA 2R91A 1G69A 4ZQRA 3PG9A 3QM3A 1Z41A 4ZL1A 4MOZA 2FPVA 5DCDA 2YW3A 1WBHA 3UY7A 3WJZA 3BK0A 2GVLA 1FDYA 4QJ1A 1M5WA 3P82A 3T40A 3GDMA 3NXFA 1TQJA 3O6YX 3GKAA 1FCUA 1E51A 1LM1A 1VC4A 4E38A 1AW2A 4HT3A 1F6KA 1H7OA 5F1VA 4HN4A 4MFEA 1JQXA 1F76A 4ALDA 4GUJA 1J4EA 4N6EA 1KW1A 2DZVA 3LCXA 4AWUA 5DY2A 1A53A 3DFQA 5FEZA 2YPIA 3I7SA 1ME8A 4CNOA 3HF3A 3R2GA 3FKRA 4GUHA 3PG8A 2GOUA 3OVRA 1T0OA 2YX0A 4HNNA 3PBYA 4PTNA 3UD6A 3I7RA 3TCEA 1YXYA 4JY8A 3W1PA 1GG0A 4BK9A 3KHJA 3PB0A 5G2WA 1SZNA 3NQGA 2EKCA 2E6DA 1THFD 2RDUA 3O8AA 3EX3A 4OGZA 1FBAA 3G0XA 3I68A 3UWYA 1PL9A 2BWGA 4UFLA 4DF1A 1VHNA 2C0AA 2WV8A 4QQ3A 3RF9A 2OCZA 2ABAA 1KFLA 3N19B 1I2NA 4NZFA 4FIRA 3GVGA 4ZMGA 2WPBA 3P61A 2ZZ7A 3L65A 1I2QA 1XUUA 4OHQA 4Y6GA 4X9SA 4Z1DA 5CPNA 2Y7GA 3NQVA 2ISVA 1LRTA 3B06A 5K9XA 3UZJA 3SFKA 3PWAA 1F05A 1N7KA 3LRMA 2IQTA 1KA9F 3LHVA 1TTJA 2F84A 4JTHA 1LLWA 4WUIA 2X1SA 3DI1A 3W1MA 3N34A 3QMSA 4FEZA 5IBXA 4X22A 5FF3A 2QJHA 3ABRA 3BLFA 5G1TA 2YXGA 1SSDA 1SO3A 4S2BA 3DKLA 2ZQ0A 1DORA 2WO5A 5EBUA 1W5PA 3MYPA 3GIYA 2NX1A 1LRQA 3P8IA 3LHUA 3W84A 3NDOA 1D9EA 3FJ6A 2I1OA 3LB0A 3MBFA 2A0NA 1QWGA 1X6UA 1AL8A 1LLZA 5BMXA 3G1AA 4FNSA 4PL2A 4UFHA 1FQ0A 4YCOA 3BG9A 2LLEA 3TV8A 2FDSA 1I8JA 4O28A 1H7NA 3S0CA 1OFBA 2RDWA 3IV3A 2YFOA 4O8RA 1UASA 3NA8A 4L4MA 3M47A 1H7WA 2GVGA 1CX9A 3HIJA 4ZQCA 1W5QA 2Y7FA 3KVKA 2ZYFA 1K8XA 2RH9A 2AGKA 2B0MA 4Y90A 3W7DA 1QAPA 2A7RA 3DXIA 1VR6A 1H5YA 4UFKA 4JN6A 3MI2A 1K8ZA 4XKYA 4IMCA 3W1QA 4FX7A 3ZWSA 3HBLA 3MP4A 3W6YA 3LXBA 2A5HA 1O94A 1W5NA 3S1WA 1ZFJA 1HG3A 3CQ0A 2QKFA 2R94A 3TC6A 3R89A 1G7VA 4XWUA 3NQMA 4MYAA 3WJYA 2Z0IA 3B0UX 4O12A 1YPFA 4RXGA 5HQEA 5F1UA 1B4EA 4GJ1A 4UNLA 5AFDA 1ZENA 1QPQA 3SJ3A 3G1FA 2A6NA 1LOQA 1RPXA 5T26A 2I14A 3WJXA 1QDSA 1TPWA 1DJNA 1EP1A 3OVQA 3MI6A 3BGGA 3W7KA 2DZXA 2VKZG 3FIGA 1SO5A 1PS9A 1QO2A 1BWKA 1HL2A 1SW7A 2QCCA 2FPYA 1P4CA 4K6AA 3F1QA 3VFLA 2Q8LA 2YDAA 4NXKA 4UR7A 4PA8A 3DBPA 3RMJA 3TAKA 5U4NA 3JRKA 2EF9A 4GFSA 1TPUA 2EPHA 4Y96A 1DQXA 4XQ6A 3M5VA 2QUTA 1Q6LA 2J9YA 1F6PA 3A21A 5J5DA 3PBUA 2A6LA 3E9AA 3BGJA 4JX6A 4JTJA 4EIVA 3USBA 4EVZA 2DJXA 2QR6A 1OVDA 4IGHA 3B8DA 3LCLA 3RLVA 1TPEA 1AMKA 3QMTA 3HO8A 3ABOA 2O7QA 2WOQA 1JRCA 2NXGA 4JD4A 4YMZA 5LKYA 2ZCGA 5CPOA 3TA6A 3PS7A 1UBSA 2ZRVA 3NGJA 1YYAA 1OYAA 2QCDB 1TPH1 4I7UA 4JTFA 4YLWA 3Q2DA 1BWLA 1H63A 7TIMA 2DZWA 5D32A 2VEPA 3G1HA 3UPWA 1KFCA 3R5EA 1FCQA 5AHFA 3M43A 3YPIA 4DBEA 5CGQA 2RKXA 3GR8A 3LXAA 3C6CA 4UNKA 3MBDA 1TRIA 4DPQA 2XFWA 1IXOA 3EXTA 3D0CA 2A4AA 4M6VA 1MEHA 3BW2A 4C1KA 4FXSA 3P7YA 1TJPA 4BR1A 1TSIA 3LLDA 3E02A 3G1XA 1FDZA 3HOJA 3PULA 3N9SA 5LSMA 3HQ1A 3PF3A 1XXXA 2CW6A 3QH2A 4NJJA 2H3BA 4N9EA 5F2IA 3IGXA 3WK0A 1LBLA 3A5FA 4JX4A 3G1SA 4NU7A 1ZAIA 1R47A 3EWXA 2YCEA 3P5ZA 4O16A 5KTLA 5DN1A 2FB2A 1YDVA 2Y7DA 4BFAA 4OV4A 1G4SA 1P0KA 2E5CA 3N9RA 4JS3A 4M7TA 4O1AA 2ATSA 2PRHA 5EYWA 1VQTA 3G0UA 4XKYB 4LC6A 1DVJA 2RFGA 3W2NA 2W79A 1NF0A 3NO5A 5IM51 5F4SA 3AJXA 2ALDA 1HFBA 4NX5A 3B0PA 5HNRA 3IIPA 4UMAA 2Y88A 4X2RA 2D73A 1OFRA 3HG2A 5AC6A 1X1OA 4QISA 3TH6A 1R2RA 4LTSA 2NXIA 5CSRA 4IX0A 2YGYA 4O1BA 3B04A 3GNDA 3NVTA 1WX0A 1L6YA 3M44A 1KM4A 4O57A 4ADUA 4UTHA 2A7NA 4GC4A 3O6CA 3M5XA 3LCHA 3NNTA 2NWSA 3T44A 2B7OA 2P10A 4JDYA 4NQ1A 2AQWA 1A50A 5I3IA 4O11A 1JR1A 4KWVA 2Y85A 4R53A 1OFEA 3QW4B 5G4WA 1JUKA 4RXFA 2V9DA 4KFNA 1HO1A 4I7VA 1JUEA 2NLIA 3KRSA 1A5AA 3TSDA 3LERA 2P0OA 2VFDA 1I4NA 5E93A 2ZRXA 3A23A 1K7XA 1VCGA 5HMSA 1GYNA 4WZHA 1FWRA 4AEOA 3QMRA 2C19A 4O19A 5KZEA 4BWLC 3TU9A 2QUUA 4AH7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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