2Q3SA

Ensemble refinement of the protein crystal structure of gene product from arabidopsis thaliana at5g06450
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
206
structure length
200
Chain Sequence
SASFDGPKFKMTDGSYVQTKTIDVGSSTDISPYLSLIREDSILNGNRAVIFDVYWDVGFTKTSGWSLSSVKLSTRNLCLFLRLPKPFHDNLKDLYRFFASKFVTFVGVQIEEDLDLLRENHGLVIRNAINVGKLAAEARGTLVLEFLGTRELAHRVLWSDLGQLDSIEAKWEKAGPEEQLEAAAIEGWLIVNVWDQLSDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Structural genomics, unknown function
molecule keywords Protein At5g06450
publication title Ensemble refinement of protein crystal structures: validation and application.
pubmed doi rcsb
source organism Arabidopsis thaliana
total genus 61
structure length 200
sequence length 206
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2q3sA00
2JGUA 3NCIA 3IS9A 4DSIA 1Q9XA 4DU3A 3OVNA 1FKPA 1RTJA 3CM5A 4CGHA 4CK3A 3C95A 4Q5VA 4F4KA 1EP4A 4FJJA 4M3YA 4CEDA 3T1AA 2ITGA 1C0MA 3OS2A 3M8RA 4F3OA 4K8XA 4M3XA 3NF6A 2OZMA 2KTQA 1RT6A 2AJQA 4JRPA 1DTTA 3HVRA 1NK7A 3EY1A 2XY6A 4DG1A 3ASMA 4HUEA 1LW2A 1RDBA 4FW1A 3OYFA 1S9GA 4M3UA 4YFUA 4DFMA 4RW7A 4CEOA 3OYKA 2DFFA 4PUOA 4O55A 4CJQA 3C6TA 3V9SA 3NBPA 4J2BA 3RMDA 2KW4A 2KZZA 2OPPA 3THVA 1RBVA 4N41A 4DSKA 3VQAA 4KHSA 1SV5A 1C0TA 3AVFA 4LD0A 4C8NA 1BL3A 2QXFA 1FXXA 1TKZA 3OS0A 3LWMA 5J1EA 3NF9A 4CF9A 4DLEA 4DQQA 1SL2A 3PY8A 4ZTFA 1EETA 1L3UA 3K59A 4FYDA 1RT7A 2OZSA 4LH5A 4OLBA 4W5NA 3T19A 2Y1JA 4CGGA 3QIPA 4B9SA 3P5JA 3DYAA 4CF2A 3CFOA 3MECA 1T8EA 4CHQA 5CZ1A 4KRFA 3WNGA 3AA4A 1JKHA 4CF0A 4CECA 4KHQA 3O3GA 1J54A 3L2QA 1TK0A 4M45A 4CJLA 2VWJA 4DTXA 4FJ7A 1TKXA 1JLAA 3LAMA 1L3VA 4E3SA 1HMVA 2D0AA 3SI6A 3TAPA 2OPSA 1RNHA 1KVAA 3BGRA 4B8CA 4CGFA 3OS1A 4LY7A 4J2EA 1EKEA 3MXMA 4B8AB 3SCXA 2FBXA 3VQPA 4CEEA 4DQSA 2ETJA 4OGEA 1C1BA 4PA1A 1C1CA 4WE1A 3PX0A 4NYNA 4J2AA 3DLRA 1VK0A 4Q0BA 5SZTA 1U47A 4OPJA 4FJHA 4FLWA 3AV9A 1JL1A 1TK8A 3S3MA 3TAMA 1D9DA 4H4OA 4O0IA 3OYMA 1HPZA 3DM2A 1UOCA 1RDDA 1TV6A 1NK9A 3QESA 3HP9A 3HO1A 3K5LA 4BACA 4FLTA 3PO5A 4OKJA 3TANA 4CGJA 2IS3A 1GOCA 2VG6A 5KGWA 5HRNA 3TAEA 4FZYA 4FK0A 3B6OA 5FRMA 1KFDA 1L3TA 1RCHA 2WOMA 4CK2A 1LWFA 4IFYA 3QINA 3SV3A 2XY8A 2FBVA 4FJIA 1ASUA 2EHGA 2JLEA 3IG1A 1SL0A 4KB1A 3TI0A 4B9VA 1CLQA 1Z25A 4QAGA 1TVRA 4B08A 3V9ZA 1ASVA 3AA5X 3KD5E 4LH4A 4FLZA 2DTUA 3SQ0A 1LW0A 1VRTA 3CG7A 3MEEA 3EYZA 3SZ2A 3MXIA 3NF8A 3I0SA 1BIUA 4CJSA 4I9QA 3I8DA 2HHQA 3VQEA 3U3YA 2QKBA 3KLEA 4R5PA 4KO0A 4GW6A 1WNSA 3VQ5A 3HVTA 3SV4A 3U3GA 3KK1A 1NK4A 2F8TA 1XI1A 4AILC 5I3UA 2IAJA 4RG8A 3P83D 4N56A 3ZSWA 1TKTA 1KSPA 4DF4A 2IC3A 3QEPA 4E7KA 3DLBA 1B9DA 1KCFA 4BDYA 3PX6A 2EX3A 4H8KA 3NH1A 3NE6A 4PQUA 4NCBA 3HSTB 1B9FA 1VSDA 1A5VA 2X78A 4CJUA 2E6MA 4AHSA 4N5SA 4DTSA 3QNOA 4AHCA 4KFBA 5HRSA 3S9HA 1QSYA 2IGIA 4N76A 3PX4A 2IOCA 3ZSXA 4CIGA 4Z4CA 3OJUA 4JS5A 3KTQA 4KI6A 4PWDA 4EZ9A 1RBSA 2XHBA 2G8KA 1YT3A 3DI6A 2OA8A 2GUIA 4DQPA 2D5RA 3KLFA 3AVIA 3HXMA 1BQNA 3DRSA 1LAVA 4E89A 3TAGA 1I39A 4FLXA 2HHSA 3OYDA 3PV8A 3SUNA 4B9TA 3AVAA 3HL8A 4C8OA 3K58A 4FJXA 2HVIA 3LPTA 4ID5A 4IFVA 3AO3A 4FW2A 1QSLA 1VSEA 3WNFA 1CZBA 4AHTA 3TAFA 1VSKA 2HVHA 1KVCA 3SPZA 1JLEA 4O44A 5CYQA 2Q3SA 2OPRA 4CJRA 1NKBA 4HCBA 4MFBA 5E41A 1U04A 3NAEA 1QE1A 2BGGA 2X6SA 3OYAA 5DK5A 1LV5A 2G8HA 1XC9A 1QTMA 3SQ4A 4E7IA 4YNQA 2X6NA 4Z4EA 3AO1A 4IG0A 1BI4B 4OKKA 1REVA 3U6FA 4M3RA 4B3OA 3G0ZA 4Z4GA 1GOAA 3ZSYA 4E7HA 3KD1E 2O4IA 3CFPA 2OYQA 3KJVA 3VN5A 4DFKA 1RBUA 3TABA 3DRRA 3OJSA 4CF8A 1BQMA 3E01A 1SUQA 1C0UA 4E19A 3VQQA 1RDCA 3DRPA 1UWBA 2KQ2A 3OYHA 3VA3A 5KGXA 4M3TA 2HHVA 5J2PA 4HCCA 2KFNA 1K6YA 3ULDA 2HHWA 3QEVA 1JLBA 1BIZA 4CEFA 4FJ9A 1T05A 1RILA 1VSFA 3AVHA 4IDKA 4CE9A 3M8QA 4OKEA 1TAUA 4CHYA 1HJRA 3ISNC 1XWLA 4CGIA 4KB0A 4FJLA 1JL2A 1SL1A 4W5TA 2BANA 4W5OA 2F96A 4FJ8A 3L3VA 4BE0A 3DLGA 3HPGA 3ZSVA 2XO7A 5SWMA 1YTAA 1S1UA 1LWCA 1Z26A 3V9XA 3V1RA 3NH2A 1S6QA 2B5JA 1KFSA 3VQ9A 3AVKA 3JYTA 1VSJA 1VSHA 1S9EA 1X1PA 1C6VA 4CIFA 1XHXA 1CXUA 3WNEA 1WSGA 4CIEA 1A5XA 4ZHRA 1B92A 4CERA 1LWEA 4O0JA 5HLFA 1KRPA 1FKOA 1WSJA 2GV9A 4DSFA 4ELVA 4EZ6A 5J2MA 3LP2A 4CJFA 2GBZA 3KLGA 3CFRA 1F21A 4B9UA 1QQCA 2IDOA 4UQGA 4DQRA 4Z4IA 2ZD1A 4Y1CA 3TARA 1HNIA 1NJXA 3MAQA 3OYNA 2P5GA 1S1VA 1NK5A 4DFPA 1WAJA 5KRSA 4RW9A 4HUGA 2F8SA 3H08A 3ZSRA 2RPIA 1DLOA 3AVGA 2RF2A 2O4GA 4HUFA 3L2UA 2G8IA 5KTQA 3AVLA 5CZ2A 4M42A 3SPYA 4KI4A 4HVJA 3S3OA 4FJMA 3OYBA 3RR8A 4CJVA 1RT5A 2YV0X 1IKXA 4F8RA 2B4JA 1JLFA 2HNDA 4DS5A 3RR7A 4I7FA 3V4IA 2LSNA 1T03A 1RBRA 4MQ3A 3KIOA 1KTQA 1JXEA 1ZBHA 4CESA 1U48A 4FJGA 3NGIA 4HHTA 4RW8A 5CYMA 2P51A 4FZZA 4CEAA 1SKSA 1O1WA 4BWJA 1ZBLA 4CHPA 1RTHA 4DF8A 4M3WA 1WSFA 1TKDA 4FXDA 4DTRA 3K5OA 1NJWA 1S1XA 3QIOA 3QLHA 2VG7A 3HM9A 1ZBFA 4KKOA 3V81A 4E7LA 4B9LA 4NYFA 5HROA 1R0AA 4CFAA 1NOYA 1ZBUA 4C8MA 4CFDA 3SQ2A 2PYLA 4DMNA 3NGYA 4O4GA 4DSJA 4CJ5A 1HYSA 5FDLA 3DOKA 3MEGA 3PO4A 2DY4A 3S3NA 4JLHA 3L2RA 4GMJB 3L2VA 3QEWA 4E1NA 3O3FA 2HNZA 3ZT0A 4CF1A 3ALYA 4DTMA 2XY7A 3K5MA 5C25A 1ASWA 1VSLA 2Z1IA 4FLYA 3SJJA 5C24A 4DWIA 4ELUA 1EXQA 4N47A 2HHTA 1IG9A 1T7PA 4J2DA 4K8ZA 3RMAA 3D45A 4BDPA 3IAYA 4Y1DA 3T3FA 3CM6A 3ZCMA 3KLIA 5DMRA 3ZT4A 3LWLA 3NHGA 1UA0A 4DSLA 1RT2A 4FJKA 3L8BA 4NCGA 4FZXC 3LAKA 4TSXA 3F73A 5T7BA 4DU1A 4BDZA 1U4BA 5EU7A 3ZT3A 3OYJA 4W5QA 2G8FA 4CHNA 1WAFA 4C8KA 4CJKA 3C6UA 5HRPA 2YNFA 3M8PA 3O4QA 4Z4HA 2W42A 4FK4A 4O5BA 1NOZA 4F3TA 2FC0A 5KRTA 3RTVA 2P5OA 3QEXA 1TL3A 4NCAA 4KHYA 3C94A 2I5JA 3D0PA 1NK6A 4ICLA 4ELTA 4CJ4A 4E1MA 3TR8A 3SYZA 2QKKA 4KHNA 4CEBA 2G8WA 1NKEA 4B9NA 3QERA 2BDPA 1FK9A 1TAQA 3G10A 3HP6A 4FK2A 2PZSA 3NFAA 4CJ3A 3B6PA 3V1QA 3LP3A 3LZJA 4E0DA 2YNIA 2A1SA 3L2WA 2YNGA 3AO2A 2FBYA 2XRIA 1Y97A 4FLVA 1RBTA 4FJ5A 4GVMA 3MXJA 3VA0A 4AHVA 3HPHA 4DTJA 1NK0A 3AVNA 1NJYA 1RTDA 2BE2A 1U49A 2PYJA 3LANA 1GOBA 3AVJA 1VSMA 4EP4A 3K5NA 4OGCA 3P1GA 4RW4A 1JLQA 4E7JA 2G8VA 4CCHA 5J2QA 4OVLA 4DFJA 1TK5A 2YHBA 1XHZA 2HB5A 5JS2A 3SUQA 3ITHA 3LDSA 3V9WA 2Y1IA 1ZYQA 3UIQA 2ZE2A 2D0CA 1JLCA 1W9HA 3LP0A 2FBTA 1SKRA 1SKWA 1BCOA 3HPOA 4L8RB 3AO4A 1TL1A 3V1OA 2DFHA 4CEZA 3DLEA 2Z1JA 4Z4FA 5HBMA 3EZ5A 1BISA 4CJTA 1W0HA 3VQ8A 4FLUA 4RW6A 3AVMA 1N5YA 1DTQA 3I0RA 2RN2A 1HNVA 1WSHA 4I2QA 3VQBA 4JS4A 4CK1A 2HW3A 3K2PA 1TGOA 3NF7A 3DLHA 4KTZA 3RRHA 3QO9A 3ZSQA 4CFBA 3AA2A 4H4MA 4DSEA 1X9WA 4CJPA 3AA3A 3M8SA 4IG3A 2HMIA 1HQEA 3VQCA 3AO5A 4XIUA 4F2SA 4QOZB 1KLNA 2P1JA 3QETA 1RT4A 4C8LA 1QHTA 4QCLA 3RRGA 1IO2A 3KKSA 3ZT1A 2G8UA 2ATQA 4DLGA 1C1AA 1WN7A 3OYCA 3HK2A 3SUOA 5D3GA 4BE1A 3L3UA 1KVBA 2B6AA 1WSEA 3KK3A 3RMCA 4M3ZA 2QK9A 1J53A 5J2NA 4ZTJA 4CJEA 1I3AA 5K14A 3NGZA 1NKCA 1RDAA 3IRXA 4PY5A 1RTIA 3RMBA 4FJNA 4BWMA 1HYVA 5KI6A 1EX4A 1IKWA 2YHAA 4EP5A 3CYMA 3OY9A 3KLHA 3KK2A 5HP1A 3OYLA 3TWHA 4CJWA 1Q8IA 3MEDA 1NK8A 2PY5A 4DQIA 4KREA 4CEQA 3SNNA 2R7YA 2VWKA 1KLMA 4CHZA 1YVUA 3AVCA 4LSLA 1HYZA 4HTUA 4DTPA 1RT3A 1WLJA 3QNNA 3K57A 4FCYA 3KKRA 1Q9YA 2DFEA 3QEIA 5FROA 1L3SA 1HRHA 1IH7A 2YKNA 4OLAA 2HNYA 1S6PA 4DS4A 4DTOA 1CZ9A 1G15A 1MU2A 3LALA 4AHRA 4AHUA 4CFCA 3JSMA 3V6DA 5HRRA 4JRQA 1S5JA 1ZBIA 1D9FA 2KFZA 1ITGA 3WNHA 1VRUA 5JS1A 3NH0A 4I2PA 3AVBA 4KPYA 3OYIA 1X9MA 4KHWA 1J9AA 3DLKA 1LAWA 4ID1A 1JLGA 3HT3A 1YTUA 4FM2A 3LPUA 3FFIA 4LSNA 4DU4A 4OPKA 3A2FA 2A1RA 4B9MA 4KV8A 1N6QA 1S1WA 1BCMA 3VQ4A 1X9SA 1QS4A 5CY4A 2HHUA 3VQ7A 4FM0A 3ZT2A 3RWUA 1QSSA 1UA1A 1RT1A 2VG5A 1VSIA 4KTWA 4Z0UA 3NDKA 3SUPA 5C42A 2E6LA 2NUBA 1HQUA 3ZSOA 4AH9A 3OYGA 3LP1A 1U45A 3HJFA 2KZMA 4G1QA 1NJZA 3O3HA 1BI4A 2ZQBA 3OYEA 3F9KA 2RKIA 3CQ8A 4IKFA 3O4NA 1J5OA 4KHUA 1A5WA 1S1TA 2Z1GA 4DTUA 3ZSZA 3SQ1A 4KAZA 2Z1HA 2WONA 5I42A 4F2RA 2HHXA 4I9LA 3LZIA 1IKYA 1BHLA 1JXBA 1D5AA 3DMJA 4W5RA 3TAQA 5FRNA 3DOLA 3VQDA 2XY5A 1UAXA 1CXQA 2E4LA 4BE2A 1L5UA 3HYFA 4CHOA 2D0BA 4M41A 4CGDA 2OPQA 3V9UA 2YKMA 4FVMA 2YNHA 4OJRA 1WSIA 4FM1A 1D8YA 4DTNA 3BDPA 1BGXT 4KTQA 1IKVA 4IBNA 3PUFA 2X74A 3VQ6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DU3A 1FKPA 3CM5A 3MN7A 3BEXA 1HKGA 3AY9A 4CEDA 2YX6A 2ITGA 4B9QA 5FPEA 3OS2A 3M8RA 4K8XA 4M3XA 3EO3A 3NF6A 2KTQA 4FWLA 2GWJA 4FWOA 1OKJA 3C7NB 3E9LA 3FZHA 4CEOA 5GADP 4B3MK 2D0PA 3D2EA 3MX5A 3C6TA 3THWB 4KHPK 2WBNA 2KW4A 4FL9A 3ZYYX 4N41A 3OA9A 1DKGD 4KHSA 5C2FA 4C8NA 2QXFA 4EFHA 4DLEA 3PY8A 4DQQA 4ZTFA 1L3UA 4CZEA 1RT7A 4OLBA 4O8UA 2Y1JA 3JXUA 4CJ7A 3CFOA 1T8EA 5CZ1A 4KRFA 3WNGA 3O3GA 1J54A 1YAGA 5KPZA 1TKXA 3TAPA 4FWSA 4B8CA 1VQLN 3ZETA 1EKEA 3WXMB 2FBXA 3SCXA 3L4IA 5CR4A 4CEEA 4OGEA 4PA1A 4WE1A 5SZTA 3AV9A 4U67L 4O0IA 5M1FA 4BACA 3KWGA 1BWFO 3RVCA 2NRRA 4KH6A 3B6OA 5FRMA 1L3TA 4IFYA 3WXIA 2FBVA 1Z05A 4FJIA 1ASUA 4KB1A 4QAGA 1TVRA 1ZBSA 4LC9B 5C12A 1LW0A 3MEEA 3EYZA 1N34K 3H46O 4CJSA 4BRCA 2HHQA 3R6MA 3KLEA 4WQ4C 4GW6A 1WNSA 3VQ5A 1BDGA 2V52B 3HVTA 3LDQA 4YHHK 3SV4A 1NK4A 2F8TA 1KAZA 5I3UA 3P83D 4N56A 1TKTA 3ULEA 3PX6A 2EX3A 2I7PA 1VQNN 2IVOA 2E6MA 3S9HA 3CCMN 4FK4A 5DM6L 1HUXA 4KFBA 4AHCA 4HWIA 3PX4A 3ZSXA 3OJUA 3DXKB 2G8KA 4H0YB 4QS8A 1G99A 2D5RA 3ZX3A 3VF2A 2ASPA 1LAVA 1I39A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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