2QAFA

Crystal structure of plasmodium falciparum orotidine 5'-phosphate decarboxylase covalently modified by 6-iodo-ump
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
GLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNME
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5' monophosphate decarboxylase
publication title Structure-activity relationships of C6-uridine derivatives targeting plasmodia orotidine monophosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 119
structure length 329
sequence length 329
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2007-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2qafA00
3O6YX 1S5TA 3W7LA 3N19B 3L0KA 1TSIA 4LW7A 3GDKA 1JRBA 2E6FA 2NUWA 1AG1O 2PE4A 1ZAIA 1UB3A 3BLFA 1OHLA 4BWLA 2Y6ZA 1L9WA 4ZQNA 2TYSA 1KM1A 3G22A 1DL3A 1QO5A 4IX0A 4N4PA 4JDBA 5DCDA 3DHDA 2QCGA 2HS6A 4LTSA 2JK2A 4B5NA 4XQ6A 2NWRA 4UXDA 1BEUA 3A9IA 3VKJA 2ATSA 1ZNNA 1OK6A 3PB2A 5LHFA 3GKFA 1AMKA 3IIOA 5D05A 5AC7A 3ABOA 3PR2A 3MI3A 1QPQA 3LI1A 2QF7A 1UBSA 1XBZA 1WYIA 3NQ8A 2YCEA 3EEGA 5G1YA 4JGDA 1KBJA 4QIUA 1LOQA 4FXSA 1KLYA 1JCJA 3FIGA 1GOXA 1RQBA 4CQ9A 3BW2A 1ZENA 1K7EA 2H8ZA 2B7PA 4JTEA 1GJPA 3EX4A 4WXZA 3E96A 1XC4A 2YX0A 4HNNA 3IVTA 3HMJG 3DI1A 1R2TA 2A7PA 4JTGA 4IMEA 1HO1A 3LCLA 4LRTA 1OVDA 2UV8G 4FIQA 1JUEA 5AYYA 4DBEA 2CZFA 4K8HA 3L2IA 1M5WA 3I7QA 3PULA 3I68A 4CQAA 4KFPA 1LP6A 4QJ1A 1TV7A 4O4WA 1ML1A 3EKLA 4NXKA 3KFTA 1JVNA 2NWSA 2AAMA 4IJBA 2YFOA 3HBLA 3UXAA 3WK1A 2TSYA 6ALDA 3TJXA 1RZMA 2YFNA 4RJEA 5G4WA 1CW2A 3OEXA 1SW0A 1RVGA 4MLJA 4OU1A 1B4EA 1F76A 3NQAA 4R34A 1DBTA 2EHHA 1IGSA 3LHUA 3GXPA 5EA9A 4PA8A 2DZSA 3LERA 1WBJA 3DFNA 1KFJA 3TKFA 3BK0A 4NZFA 3FLUA 4FNPA 2CLOA 2QCLA 4AWUA 4GE8A 5HWMA 2C13A 3TV8A 1SFJA 3BO9A 3DFTA 3DHFA 2CLIA 1DJQA 3SIZA 4UFHA 1O5XA 2VELA 1GQNA 3W7PA 1NAL1 4O1CA 3TJLA 1QOPA 4H6KA 2ATMA 2WKJA 1SSGA 2Y70A 3E9AA 2DZUA 3O1NA 2Q3RA 4O1BA 4QAIA 3WJYA 1IIHA 1XBVA 3NQ7A 3W72A 1UASA 1TJPA 2R91A 1LYXA 1XBXA 2X16A 1ICQA 3GAYA 2AGKA 3OBKA 3MP5A 3T55A 3PC0A 3SSJA 1N7KA 3CWNA 3MI2A 3HO8A 4K37A 1XFBA 1F2JA 3TIMA 4N2YA 1X6UA 1VC4A 3W7DA 4JY8A 1KV5A 4A29A 4NUWA 3KVKA 5AC6A 2PCQA 3SJ3A 2ZZ1A 2QCDA 3P82A 1FX6A 4M7TA 1KFLA 4XWUA 3P60A 5D38A 5L9FA 2FIQA 1I2QA 4K7YA 1NFBA 4FIRA 2XFWA 1R30A 2PRMA 3NL2A 3QMRA 1XDMA 1EWEA 5G1TA 2OT1A 3P5ZA 3EX6A 2XN2A 1G7VA 1KFKA 1BTMA 4X22A 4MY9A 4AF0A 5IM51 4K6AA 3GX9A 1YADA 3IIXA 1DORA 1XUZA 1YXDA 3W7IA 2QCHA 1KM2A 1W0MA 2YPIA 3TCEA 4Z1DA 1LBFA 2XN0A 1KM5A 2Z6JA 2C6QA 3JS3A 1TTIA 3TK7A 1RPXA 4DF2A 5TQLA 3SGZA 5F2GA 3NL3A 2GQAA 1PCWA 3AJXA 3MUXA 3VI2A 1AW2A 4WOQA 5EL1A 3G1XA 3T44A 3W22A 1W8SA 4QNEA 1FXPA 3M9YA 5LHEA 3EX2A 1OFQA 3NR0A 1TPC1 2GPTA 1X8FA 4KKXA 3U2OA 3UWUA 1F6PA 4PL1A 3WJSA 4OV9A 1EEPA 1VLWA 1EPXA 1GVQA 1QR7A 2QAFA 4CNPA 2P10A 1FY6A 1LZOA 4DO4A 3W2NA 4MVAA 4O16A 3HF3A 5LNSA 1X7FA 4GC4A 4KFOA 4X2RA 1ZAHA 4XBKA 2C19A 1TJRA 5AYXA 4HKPA 4AAJA 5G2IA 4PC8A 3S1UA 1TPUA 3EWZA 1AL8A 1IF2A 3GB6A 4UR7A 3QC3A 5MHBA 1KM3A 4ZQMA 3A22A 3W7EA 3IIPA 1B9BA 3W1XA 3W2KA 1MZHA 3EX1A 3NVTA 2B7NA 4O28A 2A0NA 3S5ZA 4JX5A 4GUHA 4JR5A 3W1QA 5F1UA 5D37A 2OJPA 1H7RA 3E02A 4LOCA 3P8JA 1BKSA 1WV2A 1ZAJA 2E77A 4PL2A 4FEZA 4ONVA 5AHFA 3L66A 4E2BA 1A50A 4XTIA 3LRMA 2DU2A 1JCXA 2ZZ2A 3NZ1A 2JGQA 3O6CA 1TV5A 2ZBTA 4K8EA 5EBUA 1DQXA 5FEXA 4PODA 5LKYA 2YDAA 3N34A 4ML9A 3TAKA 3W7HA 2GOUA 3C2OA 2RHGA 3STCA 3M7WA 3LX9A 1Z44A 2FTPA 3QEZA 1OK4A 3NAVA 1XDLA 5AN7A 2ZRYA 2IQTA 2NXHA 2WNQA 5DXYA 1A5BA 3HOJA 3T78A 3VCRA 1XL9A 1QNVA 2QJGA 2ZDRA 3KRZA 3PBYA 4S2CA 4FNQA 4WD0A 3G1YA 4YMZA 1OABA 1IXQA 1OFBA 3W2MA 3M5VA 2J9XA 4RXFA 4YWIA 2ZZ6A 3B03A 5LSMA 4CLMA 5K4ZA 2WPBA 2EPHA 5AHIA 3BPWA 3LM7A 2VFIA 2Q8ZA 3R8RA 4O53A 1FDZA 3G18A 5K7JA 2QCDB 3P7YA 1N8FA 3A23A 1RD5A 5F2MA 4TMCA 5CSRA 2A85A 2ISWA 3T4CA 4D2JA 1OFAA 4BR1A 4ADTA 3TFCA 4WY0F 1TV8A 2PURA 3NZRA 4DF1A 4JN6A 5BOOA 3DENA 1HG3A 2FB2A 5D2TA 4GNJA 4JEQA 4RZ6A 5TBOA 4AWSA 1XXXA 5CPLA 2ZTJA 1K8XA 4I7WA 3VNDA 2ZZ3A 1IXNA 2V5BA 3A21A 1UUOA 5D30A 1I45A 2V9DA 3CPRA 1B57A 3FJLA 4RXGA 5U4NA 1MXSA 3EWYA 2B4GA 1G4EA 1W31A 3TW7A 1D3GA 4IOTA 3HQ1A 4FNUA 1LDCA 1OX4A 3S5YA 3NPXA 2ZRUA 1FWWA 3MO7A 4TX9A 3IVUA 2A21A 3G0UA 3W87A 3TXZA 3W1TA 3OHIA 2NX3A 4QNWA 5KINA 3HGRA 3QW4B 4U28A 4BFAA 3LHZA 3DH7A 5AFDA 3GDMA 3W3OA 5AHMA 1W5NA 1YTKA 3LTPA 4GWEA 5D32A 4WQ6A 2WOQA 3TSBA 4JS3A 1W5OA 4N4QA 3B4UA 4N9CA 2QUVA 2VFGA 3GDRA 4CCEA 4MPQA 3LI0A 3S5OA 4O0KA 1I8JA 1GWJA 4K39A 5AB3A 3G1DA 3ANYA 1JCLA 5LZLA 2FQIA 2W6RA 3T7VA 3B0VC 2Y7FA 2RDTA 3KVJA 1J5TA 1SW3A 1KBIA 4WY0A 2DJLA 2ZCGA 1EUNA 3W1AA 3Q94A 3IGUA 5D02A 3IVSA 4FNSA 1SZNA 3P80A 1EP3A 5SWUA 4NQ1A 5CGQA 5HNRA 2FPYA 3C56A 3W6YA 1Z42A 1F05A 1S5VA 3NQDA 3KAOA 1D9EA 2GUUA 3IEBA 4UMAA 4GUGA 4NNCA 1AL7A 3WJWA 3KRUA 4LVBA 2A7RA 3NPUA 1Q6LA 1U83A 4N9DA 3PY2A 1GG0A 1I4NA 1O4UA 1EX5A 1LM1A 4BI5A 5C2XA 1T8XA 5A8GA 5KZEA 2VFDA 3NQ6A 1TPWA 3ABQA 4MUZA 4TIMA 5BNKA 2Y89A 5LNWA 3HIJA 4HT3A 1QPOA 4Z1CA 4O8RA 4FNRA 3HPXA 3S5NA 1MEIA 2TMDA 3PSVA 1H51A 1THFD 5HR7A 4MJZA 1PCKA 4Z1BA 3W1UA 3G3MA 5U7SA 2G97A 2QCCA 3RNDA 3PM6A 1C29A 4UNKA 3ATZA 3UY8A 3P74A 2WJZA 3MP3A 2ZYFA 4JTLA 1SO6A 4PEKA 3GDTA 3HJZA 3MYOA 5AHNA 3OVPA 2J9YA 2QUUA 4NVTA 4O0ZA 4O17A 4IPJA 4E2DA 4TMBA 3PG8A 1X1ZA 3MI6A 2V8ZA 4LNYA 5HQEA 4LU0A 3EXTA 4ZQOA 2RDWA 3DBPA 6TIMA 1OFEA 3EKZA 3H55A 1OF6A 3C2EA 4OWGA 2QCMA 1M6JA 1JCNA 2QAPA 3CIWA 5K4XA 3STGA 4RR4A 1I2RA 3IGXA 3NXFA 2E5DA 1LOLA 1F74A 5FF3A 4GUFA 4LV9A 5KSWA 3QQ0A 3TROA 3L67A 1ICPA 1ZHAA 1KTNA 4UTWC 4HPXA 1L6WA 1LORA 4GRSA 1WQ5A 5TIMA 4JTJA 3LCIA 1FWSA 1JUBA 1IXPA 4I7VA 4AHQA 4O14A 3QRHA 3KVMA 3UNDA 5AC8A 1QO2A 3UZJA 1RQEA 5I3JA 1VCGA 3L0NA 2R8WA 3ZS4A 1RR2A 4IX2A 4DPQA 3UZ5A 5FF2A 3W07A 3BW3A 3QFEA 2C18A 4N9BA 1OX4B 4DO5A 4P2VA 3W7RA 4LT9A 1H62A 3GNDA 3O15A 3RMJA 2VEMA 3SW6A 4HN4A 3NPVA 3ABRA 1G69A 2Z6IA 4UR8A 4Y8FA 2VC6A 4UC5A 5F4WA 5K9XA 1EP2A 2Y88A 2RKXA 4L4LA 4UUIA 1ME7A 5I3FA 4RK8A 2X1TA 4LVAA 1YXYA 4G1KA 3W86A 3QW3A 4QM1A 4WXYA 3KOFA 3W7NA 5KMYA 4O4VA 2HS8A 1I2PA 1O95A 3W88A 2LLEA 3OVQA 4LC8A 3S9YA 2V2CA 3PWAA 1YTEA 2BLEA 3PF3A 5G2WA 4MLRA 1HUVA 4DEFA 4NX0A 2Z1BA 4FHAA 1U5JA 1WXJA 3G1HA 4O12A 1TIMA 1YDNA 2B7OA 3USBA 4JIPA 4Z0JA 4WY0B 4NJGA 1KLZA 5HWJA 4X9SA 2DZTA 1QAPA 4POCA 4UTWA 1GTEA 5CZSA 3UPBA 4HHPA 4JTUA 4LVGA 3WK3A 1TTQA 4OGZA 3E12A 1W3TA 2CZ5A 1G4TA 3HPSA 4Q32A 3TMQA 3LTSA 1XCFA 3NM1A 1KTCA 4MZ8A 3O07A 4NJHA 4RCXA 2EAWA 1TQXA 1OFOA 3NPWA 5CSSA 3GAKA 5A5WA 3TX9A 3GXNA 2ISVA 2J27A 5L6UA 3W9ZA 4JYDA 2GJLA 2JGYA 3C61A 3C0JA 2CU0A 3SFKA 4Y6GA 3TC6A 4ORMA 2I14A 2CZEA 3TXVA 1EA0A 3N9RA 3O05A 2WSYA 1W56A 3MJYA 4MYXA 3G1AA 5J5RA 2YR1A 3QSTA 2P0OA 3RU6A 5EKYA 1DKWA 1WA3A 3GR7A 5K9CA 1UJPA 3DI0A 2X1RA 1P1XA 3EWWA 5HJLA 4AH7A 1L6YA 4PH6A 3P84A 5K3VA 2Y7EA 3M16A 3PUOA 1K7FA 1JJKA 2NX1A 3ZWTA 8TIMA 3JR2A 4NJKA 1E51A 2VOMA 1PVNA 1SZEA 3H53A 5F2IA 4HIBA 1B3OA 3HG3A 3PUDA 1GPWA 3QPZA 4YCPA 5HUPA 5DLCA 3UYCA 2J88A 3UXDA 2DP3A 4MFEA 1TB3A 1KM6A 3BG5A 3KHJA 2EF9A 3C2RA 3MBFA 5KITA 1IIGA 2V82A 3QSRA 2OCZA 3S0CA 2JBMA 4UCGA 5FF4A 5I3IA 3TE9A 5C5YA 1Q6OA 3LV5A 2H3BA 2Z0IA 4UFKA 1RQHA 3L0GA 2VFEA 4I7UA 1PS9A 4IMDA 2W0UA 3DFPA 2Q8LA 2FFCA 1NEYA 5DY2A 3L5LA 1KV8A 1YTDA 4FX8A 3F4NA 3M1ZA 3FYPA 1YLVA 2H90A 4QISA 4IGHA 3L21A 1DHPA 3B04A 4IXHA 3O06A 2V2DA 1O94A 1OYBA 1AK5A 3HGOA 1VH7A 4KWVA 3LRKA 3NL6A 4LWWA 2PC4A 3Q58A 3ELFA 3S42A 1HTIA 1LRNA 5HINA 1MEWA 3LXCA 4UIOA 3G3DA 2CLKA 3OG3A 3NEVA 3EWXA 1TPEA 4IMCA 3GVGA 4W9TA 3DGRA 3W85A 3LHVA 5CPOA 4ZMGA 1TPVA 4JX6A 2Q3OA 1T99A 4R53A 1SPQA 1GT8A 1G6CA 2YSWA 5LNVA 3LHWA 2E5BA 5D2WA 3WJZA 2VEPA 2YGYA 1VYPX 2Y7GA 5CZ0A 5FESA 4UTIA 2QR6A 4ADUA 2CLMA 4TR9A 1H60A 4DPPA 2R14A 3UWQA 4Z08A 3HB9A 3L5MA 1VZWA 1TTJA 5FF0A 4X3ZA 3W84A 1W5QA 3NG3A 3QMSA 2KZHA 1FBAA 1XI3A 5J5DA 2E6DA 4IQLA 3IIVA 1UUMA 3W7JA 3LHTA 1A5AA 4IMFA 5G2HA 1AW5A 1VQTA 2CZDA 1VHCA 3NQFA 4KWWA 5GVJA 4DQWA 4MY1A 5T26A 5FF7A 4KFNA 4O57A 1T0OA 1W37A 4UFLA 4WUIA 1XKYA 2WQPA 5AHLA 1OX5A 2V2HA 3UWYA 3W7GA 2JKAA 2E6AA 3M5ZA 4QQ3A 1TMHA 1K7XA 3R13A 5EYWA 2FJKA 1H7PA 3N14A 5DXXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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