2QCFA

Crystal structure of the orotidine-5'-monophosphate decarboxylase domain (asp312asn mutant) of human ump synthase bound to 5-fluoro-ump
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
257
structure length
256
Chain Sequence
MELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKHEFLIFENRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Uridine 5'-monophosphate synthase (UMP synthase)
publication title Structures of the human orotidine-5'-monophosphate decarboxylase support a covalent mechanism and provide a framework for drug design.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 256
sequence length 257
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2007-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2qcfA00
3TMQA 3QMRA 3G8EA 4MIMA 1VS1A 3QMTA 2C13A 4Z1DA 2Y88A 3TKFA 1T0OA 3W07A 3W72A 4MY8A 1SO5A 1SZFA 5BMWA 1W5QA 1XDLA 4O13A 5E1QA 2GUUA 3ZWSA 5FEZA 5I3HA 2ZZ3A 4BR1A 4XZ9A 1F6PA 4NZJA 5BW6A 2H90A 3P62A 5FEPA 3FEMA 5CG7A 3M5YA 4TX9A 1SO6A 4JGDA 5DELA 4ZQRA 2IQTA 2CFFA 2QUTA 4R7JA 3W84A 5D2WA 3RLVA 3ZS4A 1KM1A 4GBUA 2R91A 3MW7A 5IM51 1D9EA 3W76A 4ICNA 3BARA 2YYTA 3B0UX 3W7CA 3O6DA 2ATSA 1IXPA 3A5VA 4XKYB 5K9XA 3VE9A 3T78A 4HSOA 3PUOA 4OV9A 3TX9A 1OG0A 1WX0A 3RF9A 4MPQA 4IPIA 3CIXA 3KX6A 4WY0B 4ML9A 3W2MA 1KTCA 4N4PA 4UTTA 4MJZA 3NQ6A 3GB6A 1SO4A 1WQ5A 1VCGA 4NJJA 3UZ5A 1ONRA 2ZRUA 3W6YA 3W9ZA 3E96A 4HHPA 3EKLA 1QOQA 3QQ0A 2VFHA 3T44A 4JTLA 2H3BA 4ADTA 1I2QA 3THQA 3P8IA 4Y90A 3UWUA 3FYOA 3LDVA 4MOZA 1VC4A 4UR8A 3I7RA 1IIHA 2ISVA 3QPYA 1RQEA 3E12A 2ZRYA 3DFNA 3ATZA 4UTJA 3CB8A 4K8HA 3G1SA 2BSLA 5KZEA 3N19B 5FF3A 4LY8A 1L6SA 2E6YA 4JTGA 2FQIA 1F7BA 5FF7A 4JNMA 1IXNA 3MI3A 3RMJA 1A5SA 4AWSA 3W85A 5D38A 2E5CA 2XN2A 1TPDA 2FPVA 1DJNA 5HR6A 5HNRA 2Q3RA 3G1FA 1VYSX 1XI3A 3P7YA 4UTWA 4YCOA 5L6UA 4RJEA 1TRDA 2C19A 3C6CA 1MEWA 3M16A 4B5NA 4JEQA 3G0UA 1P0NA 4QM1A 2GVGA 1AW1A 1FDZA 2RKXA 5BRBA 2C3ZA 4Z0JA 4ALDA 3UWYA 2NUYA 3S1XA 4CQ9A 2JGQA 1D3GA 3GDLA 2CZ5A 4DELA 3L9CA 3PULA 3A21A 4QIUA 4X2RA 2JKPA 3L68A 4LTSA 3SY5A 3DI0A 1LOQA 1UUOA 1W54A 2GJNA 5I3KA 3KVLA 3L0GA 3WJZA 4NXSA 1G7UA 1W37A 4TMBA 3NL5A 3MP5A 3P82A 2EHHA 4BI6A 2VFFA 2DZXA 4OHQA 2ISWA 1GEQA 1JVNA 4PFMA 3O15A 3CLMA 4O4VA 5G5IA 3QW3A 3ABQA 4BF9A 1R46A 1ZJIA 3W7NA 4JTIA 4A2RA 1N8FA 2CW6A 2C15A 4OU1A 1TV7A 4QJ1A 3TSMA 3HJZA 3O6CA 1JUKA 1K3UA 4UFMA 3BW3A 1KBIA 3IIPA 3MP3A 4UIOA 1B9BA 1OF8A 1VZWA 3P61A 3HO8A 5AYZA 5G1YA 2V8ZA 1T99A 3INPA 2QUUA 5D2TA 1IIGA 5FEXA 3PB2A 3KVMA 1ZCOA 2J9XA 2V5LA 4WD0A 1JCXA 4PA8A 4ZQMA 2Z6IA 3LXBA 4DXVA 1WBJA 1TB3A 4TR9A 3G18A 4A22A 3HBLA 2CLHA 3LHTA 1OYAA 4M19A 1ZNNA 3DH7A 2GJLA 4UTTC 1VGAA 2JKAA 3BV4A 3NYZA 1W5OA 4UTIA 2G96A 2J6XA 1KTBA 1QNVA 2RDTA 1O95A 3NQ2A 4S2BA 4L4LA 1K7EA 4LW7A 1QMLA 1KM3A 5IBXA 1QCWA 3NPXA 3P80A 4IQLA 4O19A 3QPZA 4UTKA 3PB0A 2CZFA 2QJGA 1I45A 2Y7DA 3O05A 3DFPA 3L5AA 1PCWA 2FTPA 2QCCA 3OVRA 1X6UA 3H54A 2ALDA 4YCPA 1LZOA 2EPHA 2Y63A 3Q58A 1LRTA 1P4CA 2PC4A 2DZUA 3LXAA 4N02A 1IXOA 3TAOA 4ZQNA 2ZZ7A 2DZTA 1QFEA 3M5ZA 1DV7A 4FIQA 4E0CA 5DXXA 4XTDA 4UXDA 4GFSA 1A5AA 4JDBA 3W71A 3PG8A 4UTWC 2A6NA 3P81A 5EA9A 4WQ6A 4K36A 2QJHA 4I7VA 2EGZA 1FXPA 2C14A 5FI8A 2Y89A 3BW2A 3SI9A 3EXRA 3GX9A 4UUIA 2ZZ6A 3UYCA 1E51A 3DI1A 4OQVA 3UPBA 1TIMA 2J24A 1R2TA 3M41A 2FLIA 1UBSA 3EX2A 4LUJA 1AL8A 1O60A 2X2GA 3TC6A 4I7WA 1HO1A 3W75A 1KA9F 4KKXA 5K2ZA 4LS2A 5LNSA 1TPFA 3M43A 1FWTA 3W7DA 3W1XA 3E02A 4CQ8A 3MYPA 3GXTA 4GUHA 3TXZA 1X1OA 5CGQA 4O12A 1DKWA 2HMCA 4DQWA 3UXAA 3B0PA 5CSRA 1K02A 3B04A 3BLEA 2DZPA 1WAUA 4JYDA 5KINA 3CU2A 3LM7A 3G3DA 2C16A 1ZALA 4RLIA 4FF7A 3WJYA 1M7OA 3BG5A 3GLCA 5EKYA 3QEZA 1QPRA 3PF3A 3MMTA 5K4XA 1YADA 4NJGA 2FB2A 2ZTKA 1TSIA 1F76A 3C2OA 4O28A 4O53A 3NQVA 4QITA 5DCDA 2E09A 5AHIA 3HG5A 4Y8FA 1OFEA 4I7UA 1TPH1 3LGEA 3NPVA 5LNRA 1AK5A 3SIZA 1B4EA 3M6YA 3WJSA 1OFDA 4I9AA 1BEUA 2E77A 1EEPA 2DZSA 4Z08A 3LHUA 3YPIA 3W7RA 3BVJA 3IIVA 1H7WA 5IBXC 1UJPA 5C2XA 3CTLA 1GVOA 2RFGA 3LERA 3D0CA 3NQCA 1Q45A 1PVNA 6ALDA 3EX1A 2C1HA 3MI6A 2XN0A 4H6KA 1EB3A 1N7KA 3UNDA 3GKAA 4M6VA 4O57A 4A3UA 2RH9A 1DQXA 3W70A 3SECA 1W5NA 1H63A 3STFA 1SO3A 3R89A 3TIMA 2PCQA 3DBPA 5BMXA 1SZGA 4ORIA 2CLMA 3NNTA 2CLKA 2XFWA 2DZVA 3S6DA 5EBUA 1GOXA 2NWSA 3OVPA 3IVUA 2WQPA 5HWJA 5MHBA 3TU9A 4ZMGA 4ZQOA 1R2SA 5L9FA 3IRDA 1C29A 4U4MA 1W5MA 1XKYA 1GVRA 4UC5A 2QAPA 1N55A 3W2KA 2QCEA 3IV3A 1DL3A 5G2WA 4RXGA 5F2MA 1O5XA 3S5ZA 5I3JA 4GUGA 2GQAA 3MJYA 3LHVA 2XN1A 3LBCA 4KWWA 1S5WA 1X8FA 2B7OA 4AF0A 5U7SA 4QNEA 1OFAA 3DU0A 1JCMP 3NQ7A 2NLIA 3A9IA 2DORA 3TSDA 4YWIA 2RHGA 3NA8A 5E93A 2YSWA 1TREA 1PS9A 1U83A 1KTNA 3NQFA 5LNVA 3CPRA 3G1AA 1FCVA 3TDFA 4AHQA 2YPIA 3PVFA 2VKZG 3S5OA 2DJLA 3GDRA 4HKPA 3G1DA 2PRMA 1EIXA 3DKLA 3P60A 2I1OA 1LP6A 1XFBA 5EY5A 3HPZA 1OX4A 1RPXA 3N2MA 5FESA 2Q3OA 1XUUA 1JCYA 1FWSA 3I6RA 1K8XA 3TUUA 5J5RA 1A5CA 5D2XA 1Q6LA 4O11A 3G8RA 3UZJA 3W1NA 1R2RA 1RR2A 3A5FA 4LNYA 4DO4A 1DORA 1YDVA 2Z2UA 3NR0A 3W7LA 1B4KA 3OBKA 1UCWA 4FO4A 1XL9A 2C18A 4DO5A 3UWZA 1WXJA 5FF2A 3DHFA 4UTLA 3RK8A 4O1BA 1ME7A 1YXDA 2OZ0A 3GNDA 1HFBA 4IUOA 2CLIA 3PSVA 2AAMA 3HOJA 2NV2A 3M0ZA 1BKSA 4JIQA 2J9ZA 4DF2A 3KVJA 2V2CA 1S3HA 3IVTA 4WJEA 3BLFA 4JX6A 2X16A 3R8RA 1NEYA 1SW7A 4JY9A 3EKZA 1YTEA 3NQEA 1Q6OA 1GZGA 1JR1A 1OX4B 4O15A 2GPTA 3KXQA 3KRZA 3DFSA 4O8RA 3TFXA 1TJPA 3NEVA 3PM6A 4AAJA 1QO2A 5I3IA 1I2RA 1XBYA 4MVAA 1J4EA 2TMDA 3QJAA 2PRHA 5ABTA 4LVBA 1X1ZA 3TV8A 3UPWA 3N3MA 5CZTA 3EX6A 4RR4A 4YLWA 5TIMA 1ME9A 3NQ8A 3FKRA 4M7TA 3SJ3A 4XBSA 1K8YA 3NZRA 4Q33A 3QW4B 2HS6A 3BK0A 3G3MA 1MZHA 1NAL1 1OJXA 3GYEA 4RXFA 3LX9A 4BI7A 3W1AA 1KV5A 1TJRA 1R47A 4AWTA 2CLOA 1LBLA 2E6AA 1W3NA 2Q8ZA 4TU1A 4Y9AA 3NQMA 1YPFA 3HB9A 1H7OA 2E5DA 4IWWA 1HTIA 2PRLA 2OCZA 2QCHA 1YYAA 7TIMA 1GVSA 1MO0A 3W2UA 2BLEA 3QRHA 2WSYA 2FPTA 4PL2A 4NNCA 4EIVA 2ZQ0A 2QCDA 2BWGA 3BGJA 1WDWA 3C3NA 3CIWA 1H7PA 4FX6M 4LV4A 1IGSA 1VJIA 2WNZA 1NF7A 1G6CA 3UY7A 1KM5A 2DU2A 4GUFA 5KSWA 3NQDA 3W1MA 3H55A 2QF7A 4DO6A 4WUIA 4O14A 2VEIA 2BXVA 3LTPA 3I7SA 4ZVJA 4HIBA 1J5TA 3LRMA 4HT3A 3U2OA 1H7NA 2H3DA 2QEZA 2Y70A 3NGJA 3L0NA 4X3ZA 1IF2A 3G1VA 3LHYA 2BTMA 2E5BA 3UXDA 4OT7A 1XDMA 2A1YA 1SQ7A 3RLUA 3FKKA 2OT0A 1A53A 2E1DA 4DF1A 2GVLA 4NQ1A 1OYBA 4NNAA 3WK1A 3QSTA 4ORMA 3ELFA 3PUDA 2Y6ZA 3W7GA 1QOPA 4M5PA 5HJLA 2VC6A 3MHUA 3TW6A 1T8XA 3EEGA 1LROA 3TXVA 3NM1A 3SGUA 5DY3A 3M7WA 3OHIA 4N9EA 4WY0F 4OV4A 3Q37A 5HWNA 5TBOA 5FF4A 1GJPA 1ML1A 1YPIA 4MZ1A 4YL2A 2P1FA 2QAFA 2FFCA 1KFCA 2X1TA 3DKJA 4FNUA 2E68A 4CNNA 1QPNA 1XC4A 1DOSA 4POCA 4Z1BA 5K9CA 2ISSA 1OHLA 3L2IA 4JDYA 4O0KA 2R94A 2X1UA 3SFKA 3MHFA 1B57A 1EX5A 2BX7A 1NSJA 4H3DA 3BG9A 3C8FA 4H4IA 3W7EA 3UY8A 5CKSA 5U4NA 3DFTA 4AMAA 3NAVA 4E2DA 3SR7A 4A29A 3P67A 5D2YA 3WJWA 1KFEA 1EWDA 1SPQA 1G69A 4CNOA 4WZHA 5EL1A 4TIMA 5DY2A 1AW5A 1YTKA 2VEPA 3VNDA 3L21A 1AMKA 2WNNA 3WFAA 3RU6A 4UNKA 4HNTA 3HG3A 3I68A 1D3HA 2FPYA 3L67A 3DFOA 3GXNA 5LNUA 1FWNA 1OFOA 3CEPA 3S5NA 2V30A 1Y0EA 1F05A 5D37A 4IMGA 1YDNA 3U8GA 1S5VA 1LRQA 3S1VA 1H51A 4KFOA 4CCDA 4BK9A 2OT1A 1F6KA 4NZFA 3A24A 2J88A 1PE1A 3LV6A 2Y7GA 4JTJA 4EF8A 1H5YA 3NZ1A 3QZEA 5D04C 4LU0A 1SSDA 2B0MA 4BWLC 3TC7A 1FY6A 3GKFA 5DXYA 1YXCA 3C2RA 2R14A 3BO9A 1XXXA 5AFDA 1LDCA 1F5ZA 1K8ZA 3S8HA 3PBUA 3QMSA 3EWZA 1AG1O 1H62A 3PR2A 2G5WA 3O6YX 3CWNA 2F84A 4FNSA 3EWXA 2YXGA 2CU0A 1GPWA 1JCNA 1H7RA 3TJXA 1OK4A 4FNPA 1YLVA 4G1KA 3NOEA 2FB3A 3FLUA 4M6QA 4LVDA 1BWKA 4MYXA 3O06A 3C56A 1FDJA 4AHOA 5G4WA 4N4QA 4ADUA 3N34A 4IX2A 4Z0SA 1S5TA 3HGSA 4IXHA 3TJLA 1THFD 1RQHA 2H8ZA 3BG3A 4NJKA 1XUZA 3NDOA 3WK0A 4A2SA 3L0KA 4PC8A 3V1PA 3C61A 3S42A 1Z44A 4FX8A 3NG3A 3NL2A 4NX5A 1TPWA 3DZ1A 3FS2A 3G0XA 4LOCA 1I2PA 4IMFA 3G0SA 3W2LA 1GTEA 3P5YA 2CLFA 4MY1A 2CWNA 4O1AA 5SWUA 3H53A 4IX0A 3LRKA 3W1PA 3TCEA 5LKYA 3RFAA 2B7NA 3MYOA 1W0MA 1GWJA 1A50A 4AXKA 5LGZA 1AW2A 2H8XA 4LV9A 3W7JA 1GVFA 4JTTA 4X9SA 1DHPA 1P0KA 1OABA 1W3IA 2VFGA 3QF0A 1MSSA 5LZLA 3PY2A 1ZENA 1EPXA 3W22A 4FXSA 4JTSA 3LRLA 5C55A 2ZRVA 3MO7A 3W2JA 2WOQA 2ZCGA 2RDWA 4GJ1A 2ATMA 3B0VC 1Z42A 4O16A 2W0UA 2VENA 4K37A 1VHCA 2VOMA 2C0AA 4MY9A 3LCHA 3KRSA 1DVJA 3N73A 4Z1CA 3L65A 4UTMA 1ICPA 3PUEA 3W2NA 5AYYA 3W74A 3IIZA 5CPLA 4GRSA 2LLEA 2HS8A 4ONVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TMQ A;  3OGV A;  4IFO A;  2D3L A;  3TKF A;  3B4Y A;  2BGS A;  1K9T A;  4DJF C;  5BMW A;  1W5Q A;  1XDL A;  2QXW A;  1XLK A;  2GUU A;  1Y5W A;  3D46 A;  1DXE A;  3M64 A;  2ZZ3 A;  2BP1 A;  5CJN A;  3C86 A;  2H90 A;  5BW6 A;  3IJD A;  5FEP A;  1C91 A;  5CG7 A;  4P7Q A;  1SO6 A;  3GY1 A;  4C1N A;  5DEL A;  1PYM A;  2J13 A;  3RHG A;  3KHD A;  2ZUS A;  8RUC A;  1Z69 A;  1L6G A;  5EGR A;  3VAB A;  4GHR A;  3ZS4 A;  1KM1 A;  2NSO A;  1S1R A;  5LA0 A;  2R91 A;  3BAR A;  1D7K A;  3W7C A;  2FMO A;  2JF7 A;  4ZBC A;  1IXP A;  4XKY B;  5K9X A;  1Q2R A;  3T78 A;  3PNZ A;  2G0W A;  4JIR A;  4ICC X;  1UD6 A;  4WY0 B;  1S2C A;  4RE4 A;  5XIM A;  4XVD A;  5D9P A;  4EAM A;  7ODC A;  4BA0 A;  3GTX A;  1O66 A;  1S38 A;  3E0F A;  2WMF A;  3W9Z A;  4BQ5 A;  2CIP A;  4GC3 A;  4ADT A;  1EXB A;  1XRF A;  1DPM A;  3FYO A;  4MOZ A;  2GJX A;  3H26 A;  3I7R A;  4H2C A;  1S46 A;  1V0K A;  3QPY A;  2OLH A;  3E12 A;  2ZRY A;  3KL3 A;  3AUO A;  4DLF A;  1W1P A;  1GK8 A;  3BAY A;  3ICJ A;  3G1S A;  5KZE A;  5FF3 A;  3WFZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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