2QEXN

Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50s ribosomal subunit
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
186
structure length
186
Chain Sequence
ATGPRYKVPMRRRREARTDYHQRLRLLKSGKPRLVARKSNKHVRAQLVTLGPNGDDTLASAHSSDLAEYGWEAPTGNMPSAYLTGLLAGLRAQEAGVEEAVLDIGLNSPTPGSKVFAIQEGAIDAGLDIPHNDDVLADWQRTRGAHIAEYDEQLEEPLYSGDFDAADLPEHFDELRETLLDGDIEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal RNA
publication title Negamycin binds to the wall of the nascent chain exit tunnel of the 50S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
total genus 45
structure length 186
sequence length 186
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
N PF17144 Ribosomal_L5e Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.100 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2qexN00
4IO9L 1QVGM 3CCUN 2ZJPL 1ILYA 5HL7L 5JVGL 4WCEL 5GAGP 5GAEP 5H1SQ 1YJWN 3CCJN 3CCMN 3CCRN 3CXCM 1VQMN 1VQ9N 3CCQN 3G4SN 3G71N 2QEXN 1S72N 1YITN 1W2BM 3CCEN 1VQON 1VQ8N 4U67L 3CCVN 1YJ9N 3CD6N 1VQKN 5DM7L 1VQ7N 1KQSM 5MLCQ 1YI2N 5GADP 1M90O 3G6EN 5DM6L 2QA4N 4IOCL 5JVHL 4WFBL 1Q7YO 1YJNN 1VQ5N 4WFAL 2ZJQL 3CCSN 1KD1O 1K73O 3CC7N 1KC8O 3CC2N 1VQ6N 1K9MO 1NJIO 3CMAN 1Q81O 3CCLN 4UY8O 1Q86O 3CC4N 3DLLL 1JJ2M 3CF5L 3I55N 2ZJRL 1N8RO 1VQNN 3J7ZO 3CMEN 4WF9L 2OTJN 3PIPL 1QVFM 1VQPN 1YIJN 1M1KO 2OTLN 5GAHP 3CPWM 1YHQN 3PIOL 1VQ4N 1K8AO 3I56N 4IOAL 3OW2M 1OVYA 1Q82O 1VQLN 4WFNL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YDUA 5GINA 2QWLA 3SUQA 4OGCA 3LPUA 3SV3A 4FK0A 5AQVA 5H1SQ 4KH5A 5HRPA 1T44A 3MWTA 4ELVA 5LMUK 3VQDA 1X3MA 4EZ6A 3QIOA 1RILA 2Y1JA 4FOIA 2A1RA 1HKCA 3NGYA 3K9JA 3UKUB 3C7NA 1HPZA 3S41A 2Q3SA 3AGKA 4QOZB 2KZZA 3QMLA 1HPMA 4FLXA 3WUHA 3MN6A 1MWMA 3ID8A 4FSVA 1CZ9A 2P9PB 4DCHA 1JXEA 2QW9A 4CJKA 3CJ9A 4YOVA 5HRNA 5MLCQ 1VSKA 2BE2A 1QTMA 4CGHA 5AQFA 4HUFA 5M1NA 4CERA 3OTOK 4KH6A 4O4GA 4Z94A 2D1KA 1LCUA 2JWKA 3DWLA 3VQ7A 4NXMK 2E88A 4CJQA 3CHWA 3THWB 3FZMA 4Q0BA 1RBSA 3LP2A 3HPOA 2Q0RA 4CGJA 5J2PA 3ZYYX 4LFAK 3HP6A 1T05A 4DSLA 1U4BA 1LWFA 2D0BA 5I9EB 3KLEA 4FL9A 4WQ4A 3AV9A 3A0IX 1D5AA 1TYQB 5J2NA 2IVNA 3SK3A 3P31A 2HBMA 3V4IA 4CJRA 4CK2A 3T1AA 1WSFA 1C0TA 4KHYA 3E9LA 2QKBA 4B3OA 5JICA 4AQYK 1XUPO 1RNHA 5AQMA 3OYHA 3K0SA 4JI2K 1KAYA 3BUZB 4NYNA 1P8ZA 4W5OA 4FM0A 2KTQA 1QQMA 3KWGA 4CEBA 3W0LA 2IS3A 1SKRA 4DR6K 3OYJA 3I33A 2QI2A 4H03B 1SAZA 3KTQA 1RDCA 4CBWA 4LF9K 4JKGB 3C6UA 2NRHA 4TSXA 4OPHA 3ZT4A 2FBYA 3AO1A 1BIUA 1HR0K 2FBTA 5HOOA 2ZJPL 3SPYA 3VQ9A 3V9XA 4JKDA 4E1JA 1WAJA 1MU2A 4FJ7A 3ALYA 3AY9A 1OVQA 3D45A 4U7BA 1WB9A 1EKEA 4KPYA 3KLGA 2P9IB 4OJRA 2D0AA 1VQ9N 2HF3A 4CEFA 4FWRA 3ZETA 4M3YA 1NOZA 1EXQA 3AVKA 3ZT3A 3TARA 4C1NI 2P9UB 2ITMA 5CHIA 4FLZA 3FZHA 1BQMA 1VSMA 3JS6A 4FK2A 3O9SA 1N6QA 1BA1A 3AA2A 3K5LA 3TSQA 4R79A 1NGBA 2FC0A 2YKMA 2HNDA 1Z05A 3AA5X 3B6OA 3AVCA 1I3AA 4DQRA 1ZBFA 2FXUA 4K42A 3VQ5A 5KQ8A 1Q7YO 4I2PA 4WFAL 3MXJA 2ASOA 4H5NA 1BL3A 1WLJA 2E1ZA 3OYCA 3LDSA 3EE9A 3SJJA 1T03A 2O4IA 4JD2B 2FLOA 2BTFA 3NH0A 3VEVA 3SAHA 4JI5K 4CF8A 5ELZA 3GL1A 1W7AA 1ATSA 3O4NA 3OYDA 1T6CA 2ETJA 4DFMA 1NGHA 3MEEA 2PAVA 2P9PA 4CE9A 2YNIA 3NVMA 1XMQK 1MA9B 2F8TA 4J8FA 4CZGA 2E4LA 3VA3A 2E6LA 1FK9A 3BZKA 1GLLO 4EFHA 4XIUA 2Q97A 1NK6A 4CJ7A 5AQNA 3E66A 1BGXT 3QESA 3CM5A 4DR3K 4JS4A 4CI6A 4OLBA 1Q8IA 3FFIA 4BC2A 2P9LA 3AAQA 3THWA 2HBLA 1GLBG 1K8AO 4C23A 1S1TA 4BE0A 3FZLA 4M3TA 1CXUA 5C25A 4KHQA 2RPIA 4H5WA 4KRFA 3FZKA 3RRHA 4FOEA 5GAEP 4M3ZA 4FLTA 3ENHA 3PX4A 5KGXA 1E3MA 4H0XB 1NWKA 3HPHA 4FJIA 1C0FA 3I8DA 3U3YA 1ASUA 2BUPA 2UYTA 1Q18A 1ZC6A 4B9UA 1C6VA 4KV8A 3KD5E 4E7IA 3AA4A 1CZAN 3E01A 4FLUA 1BUPA 2A40A 4B9TA 4WQ5C 3KHYA 2IGIA 4X66K 4OPKA 2VGNA 2OPSA 4DSFA 5CYMA 5EXWA 4HVJA 3F73A 3HOTA 4OVLA 2D0OA 3M5RA 3A5LC 4XH5A 4JI1K 1U2VB 2DPNA 4NO7A 3ZT2A 3P39A 1G15A 2I5JA 3KZBA 1NMNA 3HSCA 1S1WA 3MAQA 2A41A 4Z4HA 5CZ2A 4CEOA 1BI4A 2QM1A 4XH1A 1KLNA 2CGKA 3C6HA 3Q7BA 1TKDA 4WQ5A 1HNVA 1ZBLA 3V1QA 4FJNA 4CF1A 4OO1J 3CJAA 4IZ9A 3ZX2A 3C94A 4H0TB 4B08A 3CJ1A 1YTAA 3CETA 3P1GA 4HHTA 4F8RA 2GTDA 1JCGA 3PSIA 3OBWA 1XHXA 1HYVA 4RTFD 4A5BA 1P90A 4OKEA 4IOAL 4FZXC 4DSIA 4GV3A 1S6QA 1JL2A 3HVTA 3J7YP 4HWIA 4ILHA 4XEIA 4CHPA 3TU5A 5F1XA 3MWPA 2I7NA 3FFKB 2HVHA 4I9QA 1TGOA 5EU7A 3OS0A 1K8KB 4WE1A 4CF9A 4E7LA 1VSIA 4NCGA 5AR0A 2X74A 1KVBA 4FM2A 2JWLA 4YOWA 1VQON 2Z1GA 3H45C 1RGIA 3IMXA 3HPGA 5C12A 2B6AA 3P38A 5AQPA 5M1FA 4MDAA 4KH4A 4PKHA 1VRTA 3KKRA 3T1YK 4ELTA 1F21A 5GADP 3VTIA 2EX3A 4BDYA 2HMPA 3SUPA 1BHLA 4CIFA 3T7ZA 3RMAA 1RTJA 1DGKN 5HROA 4EHTA 5GIPA 3ZEUB 1L5UA 3CC7N 1S3XA 1NNEA 3L2VA 4DR7K 4A5AA 3M1FA 4IOXA 3ZCMA 1TUUA 1ZXOA 1VQ6N 1EWQA 3V9UA 3ZX0A 4FJXA 2IAJA 5EY4A 4FJMA 3O80A 4ID1A 2NZTA 3KK1A 4RW6A 1DEJA 1BWFO 4FWSA 3ZSQA 3SBTA 3JYTA 1NK0A 4AF1A 4JI3K 1N8RO 2GX9A 1ZBHA 3ZT0A 3RMBA 4CHZA 2P9SB 1X9WA 2V7ZA 3OHRA 1XC3A 4WF9L 3V9WA 3J8AA 4MDBA 2FBXA 3U8XA 5F2RA 3VEWA 3BEXA 3NHGA 1V4TA 1LOTB 4HTUA 4KREA 4CFBA 3V1RA 4E1NA 4B9VA 3QEWA 4CGDA 3QEVA 3GBTA 3I56N 4DF8A 3AO2A 4JHDB 1OVYA 2YNGA 4OPJA 1WOQA 1RT2A 1RDWX 3V6DA 1TKXA 4GNIA 1QVGM 1UAXA 4KHWA 4NLCA 4GMJB 2A6AA 3O9UA 3NH2A 3I8BA 2ZF5O 3VEZA 3HXMA 3PY8A 3DMJA 4O0JA 4CJ4A 3OYAA 1Z6RA 1TV6A 4JLHA 2V51B 3WXLA 2VGMA 1TKTA 2XY8A 4DQ8A 4B3SK 4GW6A 4BR2A 2QEXN 1O1WA 3NF7A 2YNFA 1X3NA 1QHTA 5BN8A 4OPAA 3HI0A 1R0AA 3DLRA 3A8YA 4CEQA 3WEEB 2UUCK 4BE1A 1S1XA 5E26A 1RFQA 3CD6N 3DXMB 3QICA 1JLEA 2P51A 3WNEA 4O44A 2E2PA 4BRPA 5SZTA 4W5TA 4EHUA 4E7JA 4H0YB 3HM9A 3O5BA 4DTJA 2FBVA 2CH6A 4WFBL 3NCIA 3R6MA 4CJTA 1L3VA 3MECA 4NCBA 2ZGZA 3CCSN 4A2AA 2B5JA 4JI6K 1NJYA 1KD1O 3DXKB 5TKYA 3D2FA 2O8BA 2DFFA 1NGEA 4LD0A 4DR5K 4A59A 3U4LA 4DTRA 1K9MO 2QWOA 3HSTB 3VQQA 4CJWA 4CD1A 1B9DA 4CJUA 1S22A 1I39A 4FLWA 4H4MA 3PO4A 3ULEA 3NVKA 2W6LA 1HJOA 2G8HA 3CJBA 4YOXA 5FLXO 2GEMA 5C0YA 4C8OA 1JCFA 2OPPA 1S5JA 2KHOA 3L3VA 1DKGD 3SCXA 5AQXA 4FPBA 1N5YA 5AQTA 3VQAA 1SUQA 4AM6A 2HHHK 3CPWM 1KAXA 2WOMA 4B9LA 3PIOL 1FKPA 2YHAA 2OA8A 5EVZA 2O8CB 4B3TK 5FRNA 2YHYA 2NRZA 2HHQA 2FF3B 3KLFA 2YJFA 4DHYA 3KLHA 3D2EB 3CCUN 3M8QA 4JK9A 1E4GT 3K5NA 3CCJN 3O3GA 3DYAA 3VOVA 3O3FA 2XO7A 1RDBA 3L2RA 3QINA 3U6FA 4JS5A 4PKIA 3SYZA 4Z4CA 5M1QA 1SL1A 4ELUA 2IOCA 2G8UA 1TAQA 2YX6A 3LM9A 4BREA 2O8FB 3G71N 4BGBA 2IC3A 4DUZK 3CYMA 1NKBA 1VQ8N 1HKGA 4RW7A 1NG9A 4LF7K 5T7BA 3ZSZA 3THVA 3IFRA 1U48A 2ZWHA 3A5OC 1EWRA 2O8DB 4O8UA 2HSTA 1L3TA 3LPTA 4BRFA 1NGIA 2A5XA 4JI0K 3G6EN 4BDPA 3VEOA 4DTNA 2E2NA 5C2DA 3OYFA 4L8RB 4J2EA 3O4WA 4EAHD 4IG3A 4H0PA 4CZJA 3A5NC 2P5GA 5AZIB 4CJLA 1HJRA 4PWDA 2G8WA 1VK0A 1C0GA 2V7YA 4C8LA 3MX5A 3IDHA 4B3MK 3SUNA 3MCAB 2QKKA 4DF4A 4WQ4C 1EP4A 3R3LA 1W9HA 5BN9A 4I6MB 3EZWA 3KVGA 4B9SA 1FXXA 4JEPA 4UY8O 1XNRK 1BCMA 4MO5A 2KKZA 4KHNA 4M42A 1FKOA 2JGUA 1A5VA 3AVNA 4IWVA 3BF1A 1KSPA 3TAQA 5FRMA 4Q5VA 2HHUA 3L2QA 2CH5A 4DFJA 4FJ8A 4CZLA 5FROA 2NRVA 2F7TA 3TWHA 1LV5A 3M3ZA 5I3UA 1BISA 4E0DA 1GLCG 1RDAA 1D9DA 1V4SA 1BU6O 5AQLA 3HVRA 1EQYA 3OYGA 2NRXA 3M8RA 1BIZA 5B8HA 5GAGP 3VESA 3THXB 4YFUA 4DV6K 4N5SA 4C8KA 3WNHA 1VQMN 3SZ2A 1EETA 4CZKA 2GUPA 2WC9A 1U6ZA 4R5PA 1GOCA 1GLFO 3K58A 2ZM6K 2QWMA 4CEDA 3I0RA 4JKEA 4CJ3A 3H3OB 4FK4A 3TTCA 3OYBA 3AAPA 3SQ0A 1OH5A 5CR4A 1JCEA 3SNNA 2IVPA 5C15A 2O8CA 4BR9A 4O5BA 5KI6A 2ZD1A 5LL6Z 4KB1A 3H08A 5KPRA 4KI6A 1GOAA 4BRGA 1YTUA 2HF4A 3P4IA 3EO3A 3CQYA 1K73O 4JRPA 3T3FA 4DSKA 1IG9A 4M7YA 4DQSA 1ZYQA 2O8EB 1KC8O 3C6AA 1RBVA 1MDUB 2QXFA 1TVRA 4PUOA 3D7EO 1IKWA 4J2AA 2O8FA 2XY6A 2VWKA 2NRTA 4EP4A 2VWJA 1WUAA 5J1EA 1B9FA 1K6YA 2XY5A 1HNIA 4C1NK 4LSLA 4F2SA 5C42A 3ZT1A 3NF9A 4O5FA 3O6WA 4A57A 1N36K 4IEIA 4H8KA 1VQPN 1J54A 4RW9A 1YIJN 1ZBUA 4B9QA 3TAEA 1FW6A 1BQNA 3UKUA 4BE2A 1HKBA 1T8EA 2OTLN 1S9EA 1J53A 3MEDA 4BY9C 1D4XA 4KHPK 4IG0A 3SMPA 4IO9L 3TTDA 5GIOA 2HOEA 4N56A 5CE3A 2XY7A 3VQBA 4M45A 3QFUA 3UKRB 5KQDA 4JI7K 4Z0UA 3F9MA 1J5OA 3U9ZA 2E2OA 1YXQA 1HLUA 1NK9A 4G1QA 5EX5A 1C1BA 3TAGA 1C0UA 4ID5A 3L2UA 4YOYA 1NOYA 1KFSA 1VHXA 3RSEB 4AHRA 3V9ZA 1CZBA 5KPZA 4CFCA 2OCEA 4CJPA 3TAPA 4FVUA 2QWQA 4F4KA 1TAUA 4ICLA 2D0CA 1QQCA 4X65K 1YITN 1W2BM 2QWNA 3RR8A 3D0PA 1ESVA 5M1PA 3N4QA 4M63C 3LP1A 1WN7A 1XC9A 3MMVA 5AQJA 1TYQA 3QNOA 4AILC 3ZSRA 1EO1A 2PFUA 3AVIA 4GVEA 2UUBK 3C6TA 4K8ZA 1WSIA 4CHQA 1BG3A 4IDHA 1IH7A 3V1OA 1HNZK 3PX6A 2QA4N 4DFPA 1QSLA 2PYJA 1RBUA 5BPMA 4CHYA 4YHHK 4CGFA 1QSYA 3THYB 1OH7A 3LM2A 4FWNA 4FCYA 2E5LK 2Q0UA 2OPRA 4B9NA 4J2BA 4JKGA 3KJVA 4CVNE 1S1VA 3LDNA 4HUGA 4DB3A 2BDPA 4BROA 5C24A 3NGZA 2YHBA 4AHVA 4DR4K 2HHWA 4WYBA 1QQOA 1N33K 2GUIA 2HBKA 4H0VB 4CZEA 2OANA 1GLAG 4DLEA 4ILJA 2OTJN 4PL7A 3OYEA 2G8VA 1RTIA 4FXDA 3AVMA 2P9IA 2G8KA 4CJ5A 2QTDA 2RKIA 4KKOA 2Z1JA 3EY1A 1VQ4N 3TTFA 4ISGA 2P9UA 3BF3A 4PY5A 5HRSA 4WFNL 2DTUA 3RWUA 2O8EA 1TK8A 4CFAA 3RR7A 2QXLA 3S9HA 1UA0A 4N76A 3MCPA 2GV9A 5KGWA 3BGRA 4Z4FA 3OA9A 5E84A 5JMVA 2WTUA 3L4QA 3T69A 4L3QA 3O4QA 3LZIA 1YVUA 3CPEA 3G4SN 4KTZA 2XRIA 4B1ZA 5BREA 4CZIA 1VSJA 4BQZA 3TABA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YDU A;  5GIN A;  2QWL A;  3SUQ A;  4OGC A;  3LPU A;  3SV3 A;  4FK0 A;  5AQV A;  5H1S Q;  4KH5 A;  5HRP A;  1T44 A;  3MWT A;  4ELV A;  5LMU K;  3VQD A;  1X3M A;  4EZ6 A;  3QIO A;  1RIL A;  2Y1J A;  4FOI A;  2A1R A;  1HKC A;  3NGY A;  3K9J A;  3UKU B;  3C7N A;  1HPZ A;  3S41 A;  2Q3S A;  3AGK A;  4QOZ B;  2KZZ A;  3QML A;  1HPM A;  4FLX A;  3WUH A;  3MN6 A;  1MWM A;  3ID8 A;  4FSV A;  1CZ9 A;  2P9P B;  4DCH A;  1JXE A;  2QW9 A;  4CJK A;  3CJ9 A;  4YOV A;  5HRN A;  5MLC Q;  1VSK A;  2BE2 A;  1QTM A;  4CGH A;  5AQF A;  4HUF A;  5M1N A;  4CER A;  3OTO K;  4KH6 A;  4O4G A;  4Z94 A;  2D1K A;  1LCU A;  2JWK A;  3DWL A;  3VQ7 A;  4NXM K;  2E88 A;  4CJQ A;  3CHW A;  3THW B;  3FZM A;  4Q0B A;  1RBS A;  3LP2 A;  3HPO A;  2Q0R A;  4CGJ A;  5J2P A;  3ZYY X;  4LFA K;  3HP6 A;  1T05 A;  4DSL A;  1U4B A;  1LWF A;  2D0B A;  5I9E B;  3KLE A;  4FL9 A;  4WQ4 A;  3AV9 A;  3A0I X;  1D5A A;  1TYQ B;  5J2N A;  2IVN A;  3SK3 A;  3P31 A;  2HBM A;  3V4I A;  4CJR A;  4CK2 A;  3T1A A;  1WSF A;  1C0T A;  4KHY A;  3E9L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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