2QK9A

Human rnase h catalytic domain mutant d210n in complex with 18-mer rna/dna hybrid
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
153
structure length
153
Chain Sequence
SHMGDFVVVYTDGCCSSNGRRRPRAGIGVYWGPGHPLNVGIRLPGRQTNQRAEIHAACKAIEQAKTQNINKLVLYTNSMFTINGITNWVQGWKKNGWKTSAGKEVINKEDFVALERLTQGMDIQWMHVPGHSGFIGNEEADRLAREGAKQSED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna/rna
molecule keywords 5'-R(*AP*GP*UP*GP*CP*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*CP*C)-
publication title Structure of Human RNase H1 Complexed with an RNA/DNA Hybrid: Insight into HIV Reverse Transcription
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 48
structure length 153
sequence length 153
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00075 RNase_H RNase H
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2qk9A00
3AO3A 1NK7A 4KTQA 1G15A 5JS1A 4CJ3A 3LZJA 3LPUA 1JLAA 2IAJA 4CEOA 3VQ4A 2HVHA 2PYLA 1HMVA 4CEQA 4FJ5A 1D8YA 3RMBA 3TARA 4RW8A 4KAZA 4BE0A 3JYTA 4FM2A 2BE2A 4DF8A 5I3UA 3TR8A 3LDSA 1BCOA 4N5SA 1NK8A 3SQ1A 1NOYA 4ELVA 4IBNA 3DRRA 1KSPA 4JRPA 3I8DA 4M3XA 2R7YA 5DK5A 4CJKA 1KVAA 3SUOA 4AILC 4YNQA 4F8RA 1LWEA 2WONA 3RMCA 3P1GA 4H4OA 4FJGA 4KB1A 1ASUA 3KLEA 3CQ8A 4FLYA 1U49A 1CLQA 1C6VA 1JXBA 4CEDA 4BDZA 4B9NA 2HW3A 1YVUA 4DU4A 1JL2A 3SQ4A 3HL8A 1ASWA 3TAQA 4DTRA 2XY5A 1HPZA 1NJXA 4DTUA 4E7HA 1SL1A 3ASMA 4OVLA 4FVMA 3AVIA 3AVCA 3LPTA 4E7KA 2OYQA 3PO4A 1W9HA 3QEIA 4DLGA 4DU3A 5FRNA 1NOZA 4AHRA 1I3AA 3MXIA 2HHVA 1WSFA 3K58A 4CGIA 2HHUA 5HLFA 2ATQA 3VQDA 4I2QA 2EHGA 3V9WA 3NF8A 4CEZA 2G8FA 1RBRA 4H4MA 3QNOA 4FK2A 4DTSA 3SNNA 1EETA 1KTQA 3RMDA 3IAYA 1VK0A 3CG7A 3OYFA 4F3TA 1A5WA 4KRFA 1IKYA 4YFUA 1HQEA 3L8BA 1HNVA 1NK9A 1L3SA 1X9MA 4Y1CA 1B9DA 3LP1A 4DTPA 3QETA 4B9TA 4KHUA 4Z4EA 2RF2A 4FK0A 3HPHA 4CF2A 3U3GA 3SUQA 1VSKA 3HM9A 4KV8A 2FBXA 3VQ6A 4CFCA 4RW7A 1C1AA 1WLJA 4HTUA 1TL3A 3JSMA 5C25A 5J2MA 1A5XA 3OS0A 4M3UA 1UAXA 1YTAA 4CIFA 3SUNA 4CJTA 1NK0A 5CZ2A 3HSTB 3HP9A 3EYZA 3SYZA 4PA1A 3TAFA 2G8HA 1LW0A 4CFAA 3LAKA 4O0JA 1RT5A 3T19A 1BISA 4IG3A 1N5YA 4KTZA 4FLZA 1L3VA 1N6QA 1QTMA 3KKSA 5HP1A 1HQUA 1J9AA 2A1SA 2D0CA 3M8PA 2P5GA 3HPOA 3TAGA 1TV6A 5EU7A 3O3HA 1XWLA 3SV3A 4CERA 5SWMA 2BDPA 4ZTJA 3QINA 3FFIA 1KLNA 4W5NA 2Z1GA 3OS1A 1KLMA 4OKJA 2HNYA 4GW6A 3HYFA 3AO4A 4CHPA 3T3FA 4Z4GA 2DTUA 3BGRA 5HROA 4DQSA 2O4IA 4HCCA 4W5OA 1U48A 3U6FA 4HUGA 3OJUA 1WSIA 4DG1A 2IOCA 1IKWA 4MFBA 1JLFA 4KB0A 4BDYA 4DTXA 3CM6A 4CFBA 1NJYA 3I0SA 4DSLA 4DSIA 1L5UA 3RR8A 1JLQA 4HUEA 1O1WA 1Q9XA 1DTTA 4O4GA 4Z4HA 4NCBA 2GV9A 4CJ4A 1QSSA 4EZ6A 4CK1A 5KRTA 3V81A 1RDBA 4F2SA 3BDPA 1TKZA 3L3VA 3OVNA 3KD5E 1C0MA 3WNHA 1T7PA 4KPYA 4DTOA 3NGYA 1GOAA 1U47A 3TWHA 4J2BA 1CZBA 3K2PA 1JLCA 4KHYA 5KGWA 3HO1A 4CHZA 1VSIA 1B9FA 2XY8A 3AVLA 4W5QA 4K8ZA 4PUOA 1UA0A 4M42A 3B6PA 4QOZB 4CJWA 2HHSA 4Y1DA 4OLBA 1BGXT 3AVGA 4BE1A 3NDKA 1L3UA 1VSFA 3CFRA 4J2EA 4JRQA 3SI6A 4ID5A 4I9QA 4CEFA 1HYSA 1EXQA 1KFDA 2JGUA 3LP0A 3QESA 1QE1A 1X1PA 1RDDA 3SV4A 2HMIA 3CFOA 4AHVA 5E41A 1J54A 3S9HA 3M8SA 5KRSA 3DRPA 3VA0A 2ZQBA 4RG8A 2D0AA 1IH7A 1SKSA 4FZXC 4JLHA 3DM2A 1IKVA 1J5OA 1Z25A 2RKIA 2WOMA 3AVFA 3S3OA 2HHWA 3EZ5A 1TKDA 1C0TA 2OPSA 4FM0A 2G8UA 2Y1IA 1SKRA 3AO5A 3SQ0A 1D9DA 4DFMA 2P1JA 4EP4A 5T7BA 4ID1A 2B6AA 2KZZA 3CYMA 3OYAA 3ZSZA 3QIPA 3IG1A 2X78A 4FJHA 4CHYA 3VA3A 1DLOA 4F4KA 1RILA 3MECA 3VQEA 3ZSRA 1VSHA 4JS5A 3KLFA 3K59A 1T03A 4UQGA 4FLUA 1NJWA 3KK2A 4CHOA 2PYJA 4J2AA 2G8WA 4ELTA 3OYKA 3KLGA 4FJXA 4KI4A 1JXEA 3SPYA 1C1BA 3NH2A 3OYEA 1GOBA 3RMAA 4CGHA 4C8OA 2VG6A 5HBMA 2G8VA 4N41A 4GMJB 3QNNA 3HVTA 1GOCA 2LSNA 3PV8A 3VQCA 4J2DA 3PY8A 2A1RA 1FKPA 4M3ZA 3ZT3A 4KFBA 3PX6A 4F3OA 1VSMA 4NCAA 5KTQA 1IO2A 4FJNA 2X74A 3OYCA 4OGEA 3KK1A 4FJ7A 1NK5A 5HRSA 3QO9A 3LWLA 4FM1A 3MXJA 1ZYQA 1J53A 3THVA 4M3YA 1XHZA 3LZIA 4B9SA 2F8TA 3LALA 3NBPA 5CYMA 1HYZA 4OLAA 2P51A 4Z4IA 1HJRA 4BE2A 4ICLA 1U04A 1RTJA 3MEDA 3VQPA 4N76A 1A5VA 1WN7A 1HYVA 4G1QA 4LD0A 4B08A 4CJSA 2VG5A 1RBVA 1F21A 4DS5A 1SL0A 1RCHA 1JL1A 3AO2A 4LY7A 4HUFA 1RBUA 4CEBA 1Q9YA 2HB5A 3M8RA 1LAWA 1X9SA 3SUPA 3KK3A 1BIUA 3D45A 3HT3A 3NCIA 4M3TA 4FZZA 2QKBA 3LP3A 1TVRA 3DLGA 1VRTA 1RT6A 2P5OA 4H8KA 4HVJA 2G8KA 1CXUA 4B3OA 2ITGA 1HNIA 3KLIA 4O0IA 3SQ2A 3V1RA 4GVMA 1S9EA 5SZTA 4FW2A 3QEVA 4B9VA 1SKWA 3AVJA 1RT2A 2Q3SA 1L3TA 1SV5A 3A2FA 1DTQA 1WSEA 1TKXA 1U45A 1YT3A 3VQBA 3UIQA 4CF9A 3HJFA 2YNFA 1EX4A 1EP4A 4CJLA 2XO7A 3PUFA 2F8SA 4M41A 3ZCMA 1TKTA 2X6NA 4KHWA 4EZ9A 1D9FA 4B9MA 3F9KA 4KHNA 5HRNA 3DLHA 1QSYA 3C6UA 4QAGA 3OYMA 3AVMA 3WNFA 3OYHA 2VWJA 4Q5VA 2PZSA 3KTQA 3NFAA 1RDCA 1EKEA 3AVHA 4E1NA 4AH9A 2VWKA 4FXDA 2RN2A 3ZSQA 1XHXA 4DFKA 2XY6A 2AJQA 3V9XA 4AHCA 2YKNA 1BQNA 1BI4B 1C1CA 1MU2A 3ALYA 3WNEA 4I7FA 2OPPA 3NE6A 3RWUA 3ITHA 4C8LA 4CGFA 4CCHA 1TK0A 1JLGA 1FK9A 3V4IA 4O44A 1LW2A 3DLRA 2DFFA 2RPIA 2KQ2A 2E6LA 3AA4A 3B6OA 1BL3A 3T1AA 3K5OA 3OYLA 1CZ9A 4DMNA 4CJVA 1KVBA 1TL1A 3KKRA 3NF9A 3NGIA 1UA1A 3V6DA 4CJUA 4N56A 1QHTA 3AV9A 3KD1E 2X6SA 4FK4A 4LH4A 3F73A 1BIZA 2QXFA 5FROA 4CF0A 1QSLA 4DS4A 1TAUA 4FZYA 3LANA 3OYDA 4DTNA 1ASVA 2JLEA 1XI1A 2EX3A 1ITGA 2NUBA 4BWMA 2G8IA 3VQ5A 4CJFA 2DFEA 1IG9A 3L2WA 4DWIA 4FLVA 1SL2A 4DTJA 4E7IA 1RDAA 5FDLA 4CIGA 3V9SA 3ZSWA 3HK2A 4NYFA 1S6QA 4O55A 2O4GA 4LH5A 4M45A 3K57A 2D5RA 3AO1A 3WNGA 4Z4CA 3MAQA 4JS4A 4E3SA 4DSJA 2FBTA 1W0HA 4AHSA 4OGCA 3SCXA 2Z1JA 2OPRA 3CM5A 4FYDA 2YNGA 1NK6A 4RW9A 4PWDA 3ISNC 4L8RB 1JLBA 1TK5A 3O3GA 2HNZA 4HCBA 2HHXA 3HPGA 3SPZA 4BWJA 5I42A 4ZTFA 4KTWA 3RRGA 3TANA 1NJZA 3V9UA 3NAEA 1S5JA 4DSFA 2D0BA 3U3YA 1WAJA 4E89A 3RRHA 5J2NA 4M3RA 3V9ZA 4CJPA 3KIOA 1Z26A 1RTIA 2XHBA 4CJEA 3ULDA 2XY7A 4IG0A 1QQCA 3H08A 2FBVA 4C8KA 4NYNA 2YV0X 2YHBA 5C24A 1KCFA 4DQIA 1NKEA 5DMRA 1B92A 1S6PA 4F2RA 2ZD1A 3AA3A 3V1OA 3L2VA 3P83D 2I5JA 4W5TA 1U4BA 2Z1IA 3IS9A 1WSJA 3DOKA 2E4LA 5KGXA 1ZBUA 3D0PA 4FJJA 3RR7A 3QEPA 3NGZA 3OYIA 3OJSA 3K5LA 2KFNA 3TI0A 2IGIA 1KFSA 1VSDA 4O5BA 3MEEA 3ZT1A 3L2QA 1JKHA 5JS2A 1HRHA 1XC9A 1LAVA 2E6MA 4W5RA 3KJVA 5J2QA 4E7JA 3PX0A 4DSKA 2ETJA 4B8AB 2Z1HA 4LSLA 3ZT0A 1ZBIA 4WE1A 4MQ3A 3TAMA 1ZBHA 3AVKA 3O4QA 4E19A 3O4NA 1I39A 4IDKA 4CJQA 1NK4A 4IFYA 4OKKA 2OA8A 3QIOA 3DMJA 4DQQA 3S3MA 4DQRA 1BQMA 1REVA 3DLKA 3EY1A 3ZT4A 2HNDA 2IS3A 4B8CA 3VQ7A 4OKEA 1TAQA 3TAPA 1NKBA 4PY5A 3C94A 1T05A 4QCLA 5CYQA 3DLEA 1YTUA 3E01A 4KHQA 3LWMA 4C8MA 1S1WA 1RTHA 2DFHA 2KFZA 2GUIA 1IKXA 4FJLA 2XRIA 4E7LA 4CJRA 4CGDA 3DYAA 2W42A 3RTVA 3PX4A 1VSJA 4IKFA 4DFPA 2VG7A 3LAMA 2KTQA 2HHTA 4AHTA 3VQ8A 3QEXA 4KI6A 3K5MA 4E1MA 1T8EA 2F96A 3MXMA 1UOCA 3NH0A 1FXXA 3SZ2A 1LWFA 3ZSXA 4LSNA 1KRPA 4B9UA 3OY9A 3QERA 3VN5A 3S3NA 1LV5A 4NCGA 1S1TA 1RBTA 5CZ1A 4CEAA 2B5JA 4KO0A 3OYBA 3AVAA 1BCMA 5J2PA 4CK2A 4DF4A 1S1UA 1RT1A 5C42A 2OZSA 4FCYA 1D5AA 1VSEA 2GBZA 1SUQA 4TSXA 1RBSA 4CE9A 2IDOA 4CIEA 3VQ9A 4OJRA 2YNHA 1BHLA 3VQQA 3ZSOA 3PO5A 4CFDA 1JLEA 3OYGA 4ELUA 4KHSA 5K14A 4FLXA 1ZBLA 1S1XA 4FJKA 3QEWA 1QS4A 3L2RA 4DU1A 4E0DA 3TAEA 2B4JA 4RW6A 4CF8A 1RT4A 3ZSYA 4K8XA 1WNSA 2BANA 3AA2A 1RT3A 3AVNA 3DI6A 4ZHRA 3OS2A 3NHGA 2OZMA 3IRXA 2ZE2A 1TGOA 3DRSA 4FJ9A 4CK3A 1C0UA 3HXMA 5HRPA 4I2PA 1WAFA 4DSEA 3NF6A 3VQAA 1VRUA 4EP5A 4CECA 5D3GA 3QLHA 1CXQA 4XIUA 3C6TA 3DOLA 1Y97A 4B9LA 2OPQA 3NF7A 4CHNA 3C95A 3V1QA 2FBYA 3ZSVA 3P5JA 1VSLA 4AHUA 5HRRA 1R0AA 4FJIA 4OPJA 2YHAA 3K5NA 4DTMA 2PY5A 3ZT2A 3O3FA 3M8QA 3TABA 2YKMA 2Y1JA 1NKCA 4FJMA 2DY4A 4C8NA 3CFPA 4DQPA 1X9WA 4Z0UA 4CESA 1ZBFA 2HHQA 4FLWA 1FKOA 4CHQA 3HP6A 2BGGA 5KI6A 4R5PA 4Z4FA 4RW4A 4CGGA 3L3UA 2KW4A 3G10A 3I0RA 3NH1A 3KLHA 1S9GA 4FW1A 4N47A 3MEGA 1K6YA 3L2UA 3AVBA 4CEEA 4PQUA 5CY4A 1RNHA 3G0ZA 3HVRA 5FRMA 2QKKA 1TK8A 5J1EA 2YNIA 1WSHA 4BACA 4BDPA 3SJJA 4FJ8A 2IC3A 4CGJA 1Q8IA 4OPKA 4Q0BA 2KZMA 4I9LA 4DLEA 1WSGA 4IFVA 1KVCA 3AA5X 4CJ5A 1RT7A 3OYNA 1RTDA 1LWCA 3LP2A 1S1VA 4KKOA 4FLTA 4M3WA 3OYJA 1BI4A 1UWBA 2FC0A 4CF1A 4HHTA 4DFJA 4KREA 2HVIA 3DLBA 2QK9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G15A 4CJ3A 3LZJA 3TTCA 1YUWA 2IAJA 4CEOA 2P9SA 4FJ5A 3RMBA 3TARA 4B9QA 4FM2A 4LF5K 3LDSA 4BRNA 1CZAN 5C2DA 2R7YA 3SUOA 5AQIA 4YY3K 3PIOL 3H45C 2WONA 4CI6A 4KB1A 1U49A 1CLQA 4B9NA 2HW3A 1YVUA 4DU4A 4CD1A 4KBOA 4CW7B 3H1QA 2QWQA 1SL1A 4FVMA 2DPNA 5FRNA 1SS6A 1NOZA 3VF4A 1I3AA 4H5NA 3K58A 4CGIA 4BC2A 2EHGA 2P9PA 3NF8A 4CEZA 1RBRA 3QNOA 4M63C 1EETA 4WQ5A 3IAYA 3VTHA 3CG7A 4F3TA 4KRFA 5KPTA 3L8BA 5EOYA 3VGLA 1NK9A 3E66A 4Y1CA 4CF2A 3SUQA 3LM9A 1TL3A 3O5BA 5J2MA 1A5XA 3OS0A 2UUBK 4DV7K 4CJTA 5CZ2A 4O0JA 4C1NI 2BUPA 4DQ8A 1K8KA 3C7NB 1QTMA 1HQUA 3VEYA 1BO5O 2ASPA 2E20A 3O3HA 4CERA 4LF9K 4ZTJA 3FFIA 3T7ZA 1RDWX 4W5NA 1VQ5N 4JK7A 1YIJN 3AO4A 4IJAA 4BC4A 2KHOA 1DKGD 4YDUC 1WB9A 2O4IA 4DG1A 4MFBA 1IKWA 4XH1A 3CM6A 3I0SA 1VQ9N 5FPDA 1NGCA 1C0FA 3MWTA 1U6ZA 3A8YA 4JK8A 3E1YA 1GOAA 4KHYA 4BQZA 1VSIA 3OW2M 4X65K 4PUOA 4M42A 2O8BB 4Y1DA 3CFRA 1HKCA 3SI6A 2UUCK 4CEFA 3LP0A 3QESA 4FWQA 5BPMA 1J6ZA 2HMIA 3CFOA 4AHVA 5E41A 4H0YB 3S9HA 3DRPA 4RG8A 1SKSA 3DM2A 1IKVA 4JKHA 4YOXA 4B3TK 1J5OA 5LJVA 4YOUA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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