The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
208
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sequence length |
578
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structure length |
521
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Chain Sequence |
LSDQEFDEKYLELSEELKQSEKHKGTLDQGASQFLNAIEFVLRVYRQTEVIYVYAHLKNDQDTGNTDYQALYARASSLFSKVSEAVSWFEPEILQLSDDQIWQYFKEEPKLEVYRHYIQQIVDNRAHVLSAEQESLLAGAGEIFDASSDTFAVLNNADLVFPTIEGENGEIVQLSHGVYGQLLESTDRRVREAAFKGLYSVYEQFRNTFASTLGTHIKGHNFKAKVRNYSSAREASLSNNHIPESVYDTLVDVVNKHLPLLHRYMELRKRLLEVEKLHMYDLYTPVLGEAPIEAKEKALEALKPMGEEYMAITLDQLFTLVHEMGHSVHSYFTIFLAEIASTTNENILTEYLLETEKDPRVRAYVLNHYLDGFKGTVFRQTQFAEFEHFMHTEDEKGVPLTSEYLSDSYGKLNAKYYGPAVEEDPEIKFEWSRIPHFYYNYYVFQYSTGFSAASALAKKILNQEPEALENYLAYLKAGNSDYPVEVMKKAGVDMTQAAYIEDAMSMFEQRLNELEELIDRE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
Peptidase M3B, oligoendopeptidase F
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| publication title |
Crystal structure of oligoendopeptidase-F from Enterococcus faecium.
rcsb |
| source organism |
Enterococcus faecium
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| total genus |
208
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| structure length |
521
|
| sequence length |
578
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-07-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | putative peptidase helix hairpin domain like | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Neurolysin; domain 3 | Neurolysin; domain 3 | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 | Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CE2 A; 2QR4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CDY A; 2YYK A; 3P3N A; 3E35 A; 4YJ2 B; 4CS3 A; 3FB5 C; 4FLZ A; 4DR4 B; 2HG5 C; 4MW3 A; 5LMN B; 3OWM A; 2ZDI A; 3ZRW A; 4I50 A; 5K3H A; 2XAS A; 2W6J G; 4CBC A; 5GON A; 3N27 A; 5IDJ A; 3LNN A; 2AHZ A; 5A9G A; 3R7K A; 3AK2 A; 4P79 A; 2YI9 A; 3LDD A; 3QO7 A; 2ADP A; 1HNW O; 4Z2W A; 4WFB V; 4FF1 A; 1EZJ A; 4I0X B; 5CBF A; 1SQG A; 2KB1 A; 2ZE5 A; 1FS0 G; 2VQE B; 4HNA A; 3GWK C; 4I7Z B; 4DV3 O; 4WF9 V; 2EBA A; 4YJ2 A; 4FLU A; 4XDJ A; 1GH6 A; 1W0K G; 2PI4 A; 2E75 B; 1EN4 A; 1NT2 B; 1PL0 A; 3AG4 C; 2REH A; 4TQF A; 2YYG A; 2BTZ A; 5KLV H; 1RM1 B; 1IVS A; 1Z5W A; 3RVZ A; 2OT5 A; 3JAW B; 2N04 A; 5C8Y B; 3BAA A; 5KMG B; 4ZBM A; 2E80 A; 1HR0 O; 4XBF A; 4I0X A; 4QJF B; 2YXL A; 5LP6 B; 3G71 V; 3BPZ A; 3D1I A; 1BQ0 A; 2XAQ A; 2P06 A; 3K5N A; 5B6B A; 1AR4 A; 1IBK O; 3AG3 C; 1S4B P; 1RJ1 A; 4DYL A; 2JGU A; 3UO3 A; 4F0X A; 3CME V; 3WFV A; 2D2C B; 4CC6 A; 5FL7 G; 4UCU A; 4TV8 B; 2Y4T A; 3JAW A; 3CCV V; 2XAJ A; 1NTZ H; 5C8Y A; 3O9O A; 1VQP V; 1N34 O; 1BHB A; 4O4L B; 4X88 A; 5KMG A; 4AKH A; 3TTB A; 2N74 A; 5LP6 A; 4H37 A; 1EM1 A; 3MPJ A; 2CX9 A; 4AKG A; 2OIE A; 4GZR B; 4MPE A; 3GWO A; 3X2Q C; 5JJJ B; 4MVO A; 1W59 A; 2QA4 V; 1WPX A; 3CS5 A; 3JSN A; 2WLL B; 4KL1 A; 3PN1 A; 4TV8 A; 4P13 A; 2R9I A; 2Z3Y A; 2FP2 A; 3TJT A; 1EN5 A; 1XUQ A; 3RYF B; 1AIL A; 3L71 H; 1AB3 A; 4O4L A; 4Q5B A; 3RGB A; 2JS3 A; 4RUE A; 2XTA A; 4JI7 O; 2OT4 A; 2GV9 A; 2CJ5 A; 3OIB A; 2EX3 A; 4NVP A; 1ZWI C; 4LF4 B; 3X29 A; 2E5L O; 2WWW A; 1N33 O; 1K4D C; 5K3G A; 3HKD A; 1V55 C; 2IJJ A; 4P30 A; 4FFK A; 1JQ0 A; 3SGI A; 2A3Q A; 3TZ4 A; 2XAG A; 1K73 W; 1JJ2 U; 4BIU A; 4K35 A; 2WLL A; 2YXH A; 2R02 A; 1B06 A; 4DUY B; 4K0K B; 4LFA B; 3JSL A; 1PI1 A; 2EIJ C; 1FFT B; 4WFA V; 3PFD A; 2UUB O; 3RYF A; 4JI6 O; 1H38 A; 1Q8I A; 2CJ7 A; 2ZD9 A; 5JVD B; 1XMQ B; 1QDB A; 4AHC A; 2ZDY A; 2BTO A; 3AFE A; 3ASO B; 5KHG A; 5B1N A; 2YS8 A; 4KA7 A; 2YXY A; 3F5T A; 1N32 B; 1XIL A; 2QWQ B; 3T4D A; 3MDE A; 4DR2 B; 3H1K H; 2PZS A; 2KSD A; 2QM4 A; 4LFB O; 3TET A; 1BL8 A; 4B3T B; 5E1A C; 3CD6 V; 4ZOL B; 4NTY A; 1WAZ A; 2DYS C; 5EC2 C; 2Q7G A; 2QJ1 A; 5JVD A; 2ZT9 B; 3LNM B; 1GU6 A; 3K04 A; 3JAS B; 4X9Q A; 3N2K B; 5DM6 V; 4G27 B; 1FXH A; 3EOM A; 1UFI A; 2FKX A; 4X1Y B; 1AI7 A; 2ZIO A; 2VQF B; 1AJN A; 2VS0 A; 1XEQ A; 1SIR A; 1W0J G; 1AI4 A; 3SJA C; 3CHX A; 1GN2 A; 2B1I A; 4UUJ C; 4KP4 A; 4DR1 O; 1SER A; 2DW4 A; 4EEQ A; 2UU9 B; 1H2K A; 1R73 A; 4LQQ B; 1HP8 A; 2PG0 A; 2IM9 A; 3CRR A; 4ZOL A; 3QG5 A; 4DV6 O; 3L72 H; 1LNQ A; 1VAR A; 4JTA B; 1JM6 A; 4YJ3 B; 1FXK B; 3A0B Z; 4B3R O; 4GYC B; 1KA4 A; 3JAS A; 3N2K A; 2MW2 B; 1WNS A; 4P9O A; 1E79 G; 5JJN B; 2RJZ A; 2ZXW B; 2ZIN A; 4X1Y A; 3OMI B; 1XFZ A; 2BE3 A; 1R1B A; 3JD3 A; 4Q17 A; 3SJC C; 3Q22 A; 2Q9L A; 3LDE A; 4JI1 O; 5L43 A; 4PDM A; 3RFR A; 1FKA O; 4UB8 Z; 1IBM B; 3SJQ C; 4DV0 O; 2WAM A; 5GW7 A; 4YJ3 A; 1FXK A; 1H2S B; 4JV5 B; 4DOY A; 2DQ0 A; 3UQ8 A; 4DK1 A; 2R05 A; 4X1I B; 5K1X A; 1PNK A; 1Q5O A; 3VQX A; 1GK9 A; 4W4L A; 3C2P A; 3ZHQ A; 2YYJ A; 4FFB B; 4U3J B; 2IX5 A; 1K8T A; 4JEK A; 1KB9 F; 3QTC A; 3GNC A; 5CN0 A; 2WA3 A; 3TZ5 A; 4O2A B; 4UCT A; 4ZHQ B; 1QLN A; 3ZMT A; 3P4T A; 1GKZ A; 4L3X A; 3BAB A; 1BT8 A; 1QHT A; 1X59 A; 5IYZ B; 4FM1 A; 3K5M A; 4OPH A; 5BXZ A; 1XI1 A; 3BHP A; 1M57 B; 1DTO A; 2LQT A; 4X1I A; 5M4N A; 2LGQ A; 2ETN A; 3ZRS A; 1J5E B; 2IW5 A; 4FFB A; 4U3J A; 3OWA A; 2PI5 A; 5B1O A; 1Q43 A; 2QWR B; 2UUC O; 2EBH X; 1HNX O; 4FMT A; 4O2A A; 1Y8N A; 1I94 O; 4UCS A; 4ZHQ A; 1MSD A; 4JI3 B; 5BR8 O; 5KHJ A; 3K9A A; 3RVY A; 4CS4 A; 1KBH A; 5GTI Z; 1GKX A; 4PA3 A; 1I7F A; 4DR6 B; 4DUZ B; 4UCR A; 2F66 C; 1M93 A; 5IYZ A; 2LFW A; 1NVP B; 2QSA A; 4HAM A; 2OCH A; 5IYB O; 2WPD G; 2UXD B; 4MVU A; 3JD1 A; 2JJ1 G; 3D36 A; 1M5I A; 5M4M A; 1NS1 A; 3BRC A; 3EFF K; 1NQT A; 1F23 A; 3L70 H; 5CA3 A; 4JTD B; 4XDK A; 4I4T B; 1OCR B; 4PDR A; 2E76 B; 4YIP A; 3HWC A; 4GCZ A; 2GBB A; 1MOF A; 3HB3 B; 1K33 A; 4NKG B; 3JD4 A; 1AJP A; 4G5E A; 1L0N H; 4R50 A; 2YSU B; 2CJ8 A; 4MS2 A; 1GJV A; 5JH7 B; 4O4I B; 1H8E G; 4DV7 B; 3ZS8 C; 2HHH B; 3T2M A; 4HZ3 A; 4WFG A; 4UVC A; 2ITD C; 4YHH O; 1IBL B; 3G4S V; 4I4T A; 5LHH A; 3UO2 A; 5L3F A; 3KG2 A; 4W4K A; 2P4V A; 3CXH F; 4A5U B; 4I9W A; 4NXL A; 2IU0 A; 1KKD A; 1YEW A; 1LUW A; 3OTO O; 2L6L A; 2E74 B; 3MMO A; 1FS8 A; 4GKK O; 4X65 O; 3PJS K; 1U97 A; 4N21 A; 2ZE6 A; 2E81 A; 5IWA O; 4GKJ O; 5JH7 A; 4O4I A; 4ZYJ A; 1YSC A; 2UXB B; 4GLX A; 4GX0 A; 4AQY O; 3M7M X; 4J80 A; 1R6K A; 4AI8 A; 4BR6 A; 3K9S A; 3A0R A; 5HFM A; 4R7C A; 4NXM B; 3APQ A; 3SXQ A; 1BS3 A; 1OCC C; 3ZN0 A; 4CH6 A; 3SDL A; 5JQG B; 4RWU A; 2UUA O; 2BOB C; 2EIN C; 2A7W A; 4K8X A; 1XNR O; 2OEV A; 4PV1 B; 1KEC A; 3K5L A; 4L3Z A; 1MZE A; 1YCI A; 3W7U A; 4G97 A; 1T9G A; 2RFQ A; 2F1M A; 4X28 A; 5GJW E; 5FLX N; 3LUT B; 4I55 B; 3NXS A; 2AZ0 A; 2YYI A; 5IJ9 B; 1Z2G A; 3D8C A; 2PYL A; 3P30 A; 3KCY A; 2ZR3 A; 4NTX A; 3RYH B; 1R3I C; 2VIG A; 4J9Z B; 1HNW B; 1K7D A; 1WB7 A; 2BOC C; 5JQG A; 3G6E V; 4DR7 O; 2QEX V; 3C3T A; 3D9D A; 4ZKI A; 2Q4P A; 2YYM A; 1PKX A; 4DV3 B; 1CP9 A; 2JK5 C; 1MA1 A; 1OHH G; 2N05 A; 1OZ0 A; 4FM2 A; 1HWY A; 2RF7 A; 2GUZ B; 4I55 A; 5IYD O; 1XNQ O; 5CBH A; 4X66 O; 1NJI W; 1P7G A; 4WFF A; 1PP9 H; 4PUT A; 3T1Y B; 4IL6 Z; 5IJ9 A; 2C0U A; 4IGG A; 4MTX A; 4H13 B; 4D7T A; 4LF5 O; 5IJ0 B; 4NYK A; 2VR0 A; 4U7O A; 3GM6 A; 2HFE C; 4TT3 G; 3IFX A; 5IY5 B; 5IYC O; 1KA2 A; 1HR0 B; 1JX9 A; 4TOI A; 2NR5 A; 2FP1 A; 2IH1 C; 3SCE A; 2Y48 A; 5LA6 B; 2CH7 B; 4KFM A; 3CSX A; 1S72 V; 2BU5 A; 2WSS G; 2EIK C; 2LW7 A; 2GUZ A; 1AP6 A; 3H1H H; 1IUR A; 1IBK B; 1ZUQ A; 3SYO A; 1R3L C; 4AKI A; 2OWO A; 1OAH A; 2XAF A; 3ZMV A; 4OO2 A; 2VRZ A; 4JI2 O; 5IJ0 A; 5LGU A; 1F4N A; 1EGC A; 4QE9 A; 1QQC A; 4XDL A; 1EBO A; 3OEE G; 1QVG U; 1N34 B; 1DF5 A; 2RDC A; 1KKC A; 3ABL B; 2YYL A; 2A79 B; 3FB7 C; 4QNH B; 3IGA C; 4JI8 O; 3OGC C; 5HFL A; 4E01 A; 4TQD A; 3VQW A; 2CH7 A; 3OFN G; 1J95 A; 2EIL C; 3TOR A; 4DV1 O; 2D3O W; 1YTF B; 3JAT B; 2Y4U A; 4JAA A; 5KA5 A; 3RKH A; 3CCM V; 3FB6 C; 2FON A; 2JEU A; 4JIO A; 4Q1O A; 1TA8 A; 2H3O A; 1UPG A; 4LQS B; 2OJQ A; 1XRE A; 3CMA V; 2Q8F A; 5L3B A; 3R66 A; 3VQY A; 1ZTE A; 2A1T A; 1S0V A; 4EFB A; 3LSQ A; 3U11 A; 3N0R A; 4DO2 A; 4JI7 B; 5KUK A; 1X4T A; 3WG7 B; 2JBR A; 1GAX A; 4IYH A; 2OR0 A; 3WB0 A; 3AG1 C; 1SQX H; 2CTQ A; 4HKS A; 2E5L B; 1D5N A; 1N33 B; 1AVM A; 3B96 A; 3JAT A; 4H0L B; 1K5S A; 1KP3 A; 5KX5 B; 1RPO A; 3E83 A; 4J10 A; 2EC5 A; 1TAE A; 3T4Z A; 1WB8 A; 3A2F A; 2R9A A; 4JYB A; 1K34 A; 4ZIB A; 1MG1 A; 1JCH A; 3F7V C; 2UUB B; 2JIZ G; 4IHJ B; 4JI6 B; 3CEI A; 5B1B B; 4J1V A; 3OW2 U; 2YDE A; 4JYA O; 3CRK A; 5BRK A; 5L3C A; 5KHK A; 1M90 W; 3BCC H; 1U8V A; 4LH7 A; 2B5U A; 3LDC A; 4NB5 A; 1Q82 W; 1NKD A; 1KYO F; 1DF4 A; 5KUM A; 2UXN A; 3AG4 B; 2F93 B; 5DEC A; 4KCF A; 1R6N A; 4RQF A; 3FAV A; 3E8F A; 1GN3 A; 2Q5Z A; 3DC5 A; 3SYA A; 5K1P A; 5KX5 A; 3K08 A; 5LP6 C; 1YXB A; 2CGN A; 4RUF A; 5EBM C; 3L74 H; 3HKC B; 2JS5 A; 1X90 A; 1S26 A; 4KS9 A; 1D2D A; 4IHJ A; 3NF4 A; 3VAD A; 3LGQ A; 3ABM B; 3H1I H; 5C93 A; 3SPI A; 4B3M O; 1D5A A; 1P49 A; 4NR1 A; 1SET A; 4LF8 O; 4DV4 O; 1Q86 W; 3D9G A; 1XBL A; 3AG3 B; 2YC0 A; 2RNB A; 2HP8 A; 3QF7 A; 3D9E A; 1Y0V A; 3JAR B; 3JD0 A; 1Q3E A; 3G67 A; 1A32 A; 1OCO C; 4ASU G; 1MSW D; 1BSM A; 1YZB A; 3HKC A; 3OD4 A; 4DR1 B; 1JPX A; 3H9V A; 3T1H O; 2QWO B; 3HKD B; 3OMA B; 3BVO A; 3CCS V; 1IXB A; 1YTF D; 2P6J A; 1MNG A; 1NBM G; 4DV6 B; 4NTW A; 1VF5 B; 2IJI A; 4B3R B; 1PK0 A; 1COW G; 2DN9 A; 2CGO A; 4JAV A; 3ABU A; 4Q0T A; 4MPN A; 3K3W A; 2LO1 A; 2WLH A; 1XQ8 A; 2DWE C; 3C3S A; 3A8T A; 4H7Q A; 2YI8 A; 4K3A A; 3JAR A; 1HNZ O; 5DN6 G; 1H2L A; 2C12 A; 2IH3 C; 1VQ4 V; 3BA8 A; 3H1J H; 2AO2 A; 3DTU B; 2PTM A; 4JI1 B; 4DV2 B; 4FVM A; 4B3S O; 2ATK C; 3F5W C; 5B1A B; 2A9H A; 2OIG A; 2D29 A; 3F7Y C; 3QNE A; 4DV0 B; 2OTJ V; 3I5D A; 3DSQ A; 5GTH Z; 1FYJ A; 1DK1 A; 2JRI A; 3X0Y A; 3KCX A; 1V55 B; 1R2J A; 5CMU A; 4V25 A; 4IV6 A; 1XOU A; 3IC7 A; 4CS2 A; 3D3I A; 3IC9 A; 5H5N A; 2LJ2 A; 1VP7 A; 3N2G B; 4K8Z A; 2F4V B; 2WLN A; 2ARH A; 4EKW A; 2Q69 A; 2JIF A; 5J2U B; 1RJ4 A; 3AHM A; 2XS8 A; 2VF1 A; 4IRN A; 1VF6 A; 1ZAU A; 3ZHT A; 2B1G A; 4D7S A; 2V1D A; 3C3L A; 2KKW A; 2IU3 A; 4MSW C; 3HKB B; 2AW9 A; 4X64 O; 1I0H A; 1Q90 D; 5F2V O; 1JR9 A; 2Y0I A; 3MDS A; 1HNX B; 3DGE A; 3N2G A; 1I94 B; 1K90 A; 1DGS A; 2BCC H; 5BR8 B; 3G80 A; 5EC1 C; 1YVW A; 3FYE B; 3OR7 C; 3X0X A; 1OCZ B; 2DYS B; 4PA7 A; 3IAY A; 2P4K A; 5J2U A; 3ZHS A; 4GX1 A; 5B5W A; 3E89 A; 1B6Q A; 3AG2 B; 5LMU O; 1ORQ C; 4CH3 A; 2Q8I A; 2FML A; 1M56 B; 1IZ3 A; 3SPG A; 3ABK B; 4LH6 A; 3GQT A; 1EZV H; 5K3J A; 1BCC H; 1SQV H; 4LF9 O; 3HKB A; 5JJE B; 3J7A U; 1YIJ V; 2XND G; 2VWJ A; 4PDV A; 1AI6 A; 3I56 V; 3MPI A; 3EHB B; 3ZED A; 1FJG O; 2W0F C; 1QCE A; 3BNJ A; 2JJ2 G; 5FPR A; 2ZNI A; 2Y0P A; 1IXM A; 2RMK B; 1AJQ A; 3MKH A; 4QIC A; 3J81 N; 1Y76 B; 2O36 A; 2Q68 A; 1M4U A; 4JYY A; 1HW7 A; 5CA0 B; 1BZK A; 3SKS A; 1KC8 W; 3OR6 C; 2ZXW C; 1GN6 A; 3TCU A; 3E86 A; 4H85 A; 1ZX3 A; 4F6E A; 2OEX A; 2ZR2 A; 1Y74 B; 3I55 V; 3S7W A; 3STL C; 3UCS C; 4YHH B; 2EZP A; 1Y67 A; 5EIB D; 5LXT B; 4RO2 A; 4UCO A; 5BRM A; 3AG7 A; 1Y76 A; 2IJK A; 2BSK B; 4E4E A; 3OTO B; 2F6L A; 5CA0 A; 4GKK B; 4X65 B; 3ZIA G; 2QM8 A; 5J71 A; 3B09 A; 4QPJ A; 5L3D A; 1X8Z A; 4GKJ B; 3EXA A; 2A0L A; 4DUY O; 3RT3 C; 4U83 A; 4UV9 A; 4X62 B; 4AQY B; 3BNG A; 1TUB B; 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