The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
96
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sequence length |
276
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structure length |
276
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Chain Sequence |
MRYLSKDILEEVITQRPSDSYKSNFGRVVLIGGNRQYGGAIIMSTEACINSGAGLTTVITDVKNHGPLHARCPEAMVVGFEETVLLTNVVEQADVILIGPGLGLDATAQQILKMVLAQHQKQQWLIIDGSAITLFSQGNFSLTYPEKVVFTPHQMEWQRLSHLPIEQQTLANNQRQQAKLGSTIVLKSHRTTIFHAGEPFQNTGGNPGMATGGTGDTLAGIIAGFLAQFKPTIETIAGAVYLHSLIGDDLAKTDYVVLPTKISQALPTYMKKYAQP
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transferase
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| molecule keywords |
YjeF-related protein
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| publication title |
Crystal structure of a putative kinase in the ribokinase-like superfamily from Enterococcus faecalis V583 (NP_815490.1) at 1.95 A resolution
rcsb |
| source organism |
Enterococcus faecalis
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| total genus |
96
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| structure length |
276
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| sequence length |
276
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| ec nomenclature |
ec
4.2.1.136: ADP-dependent NAD(P)H-hydrate dehydratase. |
| pdb deposition date | 2007-08-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01256 | Carb_kinase | Carbohydrate kinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase | UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2FV7 A; 2VAR A; 3GBU A; 3RTA A; 3HIC A; 3GO6 A; 3RU3 A; 3W4S A; 3RPZ A; 4E8Z A; 2C49 A; 3RSG A; 5TQI A; 1V1A A; 3RTC A; 1LIO A; 3RSQ A; 2YXU A; 3RQH A; 3LKI A; 4K9I A; 4LCA A; 2AFB A; 1TD2 A; 3B1N A; 4S1I A; 3RQ5 A; 1DGM A; 4KAH A; 3IN1 A; 3RS9 A; 1UB0 A; 3IQ0 A; 3UMP A; 5B6A A; 3B1Q A; 2AB8 A; 3MBJ A; 3RTB A; 3RT7 A; 3RQQ A; 3MBH A; 2A9Z A; 3JUL A; 1LHR A; 3IH0 A; 1U2X A; 3RTD A; 2AA0 A; 2QHP A; 1YGK A; 2I6B A; 2RBC A; 3CQD A; 5BYD A; 1LHP A; 5TRW A; 3NL3 A; 2I5B A; 3RQX A; 4E3A A; 3NL5 A; 4E8Y A; 3VAQ A; 3RQ2 A; 4C5N A; 2F02 A; 4K9C A; 2V78 A; 4KBE A; 4N09 A; 3UQ9 A; 4E84 A; 1ESQ A; 4DU5 A; 1RKA A; 3RU2 A; 3OTX A; 4JKS A; 4EUM A; 3NC9 A; 3UMO A; 1TZ3 A; 3RRE A; 3RTE A; 1RKS A; 3LHX A; 2DDM A; 3RY7 A; 5C3Y A; 2AJP A; 3RTG A; 3NM3 A; 4KAD A; 5COJ A; 4UBE A; 2JG5 A; 3NC2 A; 4K8K A; 1BX4 A; 3EWM A; 1C3Q A; 5C3Z A; 5BYE A; 3PZS A; 3H49 A; 2HQQ A; 3B1P A; 4X8F A; 3KTN A; 5BYC A; 3DRW A; 4LBX A; 3UQ6 A; 2AWD A; 3IE7 A; 3RSS A; 3RRB A; 1RFU A; 1RFV A; 1RK2 A; 3NL6 A; 4C5J A; 3RS8 A; 2Q5R A; 2YXT A; 3FHX A; 2PKN A; 4S1I B; 3ZS7 A; 4C5L A; 2JGV A; 3NBW A; 4XCK A; 3NCA A; 3NBV A; 4K93 A; 4XDA A; 3K9E A; 3BGK A; 2DDW A; 4S1H A; 4N08 A; 2PKF A; 4K8P A; 3VAS A; 1LII A; 5C40 A; 3HPD A; 4S1M A; 1EKQ A; 1TZ6 A; 4EBU A; 1ESJ A; 3I3Y A; 1RFT A; 2I6A A; 1EKK A; 4EN4 A; 3LJS A; 1WYE A; 3NL2 A; 4O1G A; 1UA4 A; 2QCV A; 3RSF A; 4WJM A; 2JG1 A; 3Q92 A; 5CGE A; 3QAI A; 2PKM A; 3IKH A; 3LOO A; 2ABS A; 3IBQ A; 5F0Z A; 1JXI A; 5CM5 A; 2C4E A; 2DDO A; 3RM5 A; 1KYH A; 3PL2 A; 3RQ6 A; 4EOH A; 3K5W A; 1YHJ A; 4GM6 A; 4B8S A; 1GC5 A; 1LIJ A; 3B1O A; 4KAN A; 1JXH A; 5EY7 A; 3QA2 A; 1RKD A; 2R3E A; 4PVV A; 4U7X A; 3B3L A; 3UBO A; 3NM1 A; 2HW1 A; 4K8C A; 4LBG A; 4E8W A; 3RRJ A; 3RRF A; 5EYN A; 1VM7 A; 4DC3 A; 4XF7 A; 1TYY A; 2XTB A; 3FHY A; 1GQT A; 1YGJ A; 2NWH A; 1L2L A; 4JJP A; 1VK4 A; 4K8T A; 4C5M A; 4XF6 A; 3UQE A; 2F7K A; 4O1L A; 3B1R A; 4KAL A; 1LIK A; 2A9Y A; 2HLZ A; 3RT9 A; 4C5K A; 1VI9 A; 3RPH A; 4E69 A; 3KZH A; 3UQD A; 1V19 A; 3KEU A; 5BYF A; 3GO7 A; 3HYO A; 2DCN A; 3Q1Y A; 3BF5 A; 4YL5 A; 5CGA A; 3KD6 A; 4B8R A; 4JKU A; 3DZV A; 2ABQ A; 3N1C A; 4LC4 A; 1V1B A; 5F11 A; 1V1S A; 3H74 A; 3RO4 A; 3RQ8 A; 4YWR A; 2R3B A; 5C41 A; 2PKK A; 2AX3 A; 2AJR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FV7 A; 2C49 A; 4C13 A; 1V1A A; 1UAG A; 3B1N A; 2WTZ A; 4S1I A; 5B6A A; 3UMP A; 1UB0 A; 3MBJ A; 3NRS A; 3RQQ A; 3MBH A; 3PYZ A; 1LHR A; 2AA0 A; 2RBC A; 5BYD A; 5TRW A; 2I5B A; 4E8Y A; 4K9C A; 2V78 A; 4KBE A; 4E84 A; 1RKA A; 3UMO A; 1TZ3 A; 3LHX A; 3EAG A; 2DDM A; 3RY7 A; 4KAD A; 1GG4 A; 3RRB A; 3RS8 A; 2Q5R A; 2VOS A; 3ZS7 A; 2VOR A; 2JFH A; 1GQQ A; 4S1H A; 4K8P A; 3VAS A; 5C40 A; 4S1M A; 2WJP A; 1RFT A; 1UA4 A; 2QCV A; 2JG1 A; 3QAI A; 5F0Z A; 3RM5 A; 2XJA A; 4GM6 A; 3ZM5 A; 2X5O A; 2R3E A; 2HW1 A; 4E8W A; 5EYN A; 1VM7 A; 3RQ6 A; 2XTB A; 4JJP A; 1GQT A; 1L2L A; 3UAG A; 4C5M A; 4XF6 A; 4O1L A; 1VI9 A; 1FGS A; 3GO7 A; 3HYO A; 3Q1Y A; 4B8R A; 4LC4 A; 3ZM6 A; 5F11 A; 4QF5 A; 2AX3 A; 2AJR A; 3HIC A; 3GO6 A; 3RU3 A; 3W4S A; 3RPZ A; 4E8Z A; 3RTC A; 3N2A A; 3RSQ A; 3LKI A; 3RQ5 A; 1DGM A; 3RS9 A; 3B1Q A; 3RT7 A; 2A9Z A; 3JUL A; 2QHP A; 1YGK A; 2I6B A; 3RQX A; 3NL5 A; 3VAQ A; 4C5N A; 4N09 A; 3RU2 A; 3NC9 A; 2AM2 A; 1RKS A; 3RTE A; 2AJP A; 3RTG A; 4CVK A; 2JG5 A; 1BX4 A; 3EWM A; 1C3Q A; 5C3Z A; 3PZS A; 3H49 A; 2GCA A; 2HQQ A; 3B1P A; 3KTN A; 5BYC A; 4LBX A; 2GC6 A; 3IE7 A; 1RFU A; 4C5J A; 4S1I B; 3NCA A; 4K93 A; 4N08 A; 4HV4 A; 2Y66 A; 3I3Y A; 4EBU A; 1EKK A; 3LJS A; 2F00 A; 3Q92 A; 5CGE A; 2PKM A; 3LOO A; 2C4E A; 1KYH A; 3K5W A; 1RKD A; 4PVV A; 3B3L A; 3UBO A; 3NM1 A; 4LBG A; 4DC3 A; 3FHY A; 1YGJ A; 2NWH A; 3ZL8 A; 1E0D A; 1O5Z A; 1LIK A; 3RPH A; 1P31 A; 3KEU A; 4YL5 A; 3DZV A; 3N1C A; 1V1S A; 5C41 A; 3LK7 A; 2Y1O A; 2VAR A; 2YXU A; 2AFB A; 4KAH A; 3IN1 A; 2AB8 A; 3RTB A; 1P3D A; 1GQY A; 3IH0 A; 3RTD A; 2UAG A; 1LHP A; 1JBV A; 2UUO A; 3RQ2 A; 1ESQ A; 4EUM A; 2JFF A; 3OTX A; 4JKS A; 4C12 A; 3RRE A; 1W7K A; 3NM3 A; 4X8F A; 3DRW A; 4QDI A; 3UQ6 A; 2AWD A; 1RFV A; 1RK2 A; 4C5L A; 2JGV A; 4XCK A; 3NBV A; 2DDW A; 2PKF A; 1LII A; 4CVL A; 3HPD A; 1TZ6 A; 1ESJ A; 2I6A A; 1EEH A; 4EN4 A; 3NL2 A; 4O1G A; 3RSF A; 3IKH A; 2ABS A; 5CM5 A; 2DDO A; 3PL2 A; 5A5E A; 4EOH A; 1YHJ A; 4UAG A; 1GC5 A; 1LIJ A; 1JXH A; 5EY7 A; 3QA2 A; 4U7X A; 3RRJ A; 3RRF A; 1TYY A; 1VK4 A; 3HN7 A; 3UQE A; 2F7K A; 4C5K A; 3UQD A; 4ZIY A; 1V19 A; 5CGA A; 3KD6 A; 4JKU A; 2Y68 A; 2ABQ A; 3H74 A; 3RO4 A; 2UUP A; 4YWR A; 2R3B A; 2PKK A; 3GBU A; 3RTA A; 3HJ6 A; 3RSG A; 5TQI A; 1LIO A; 3RQH A; 4K9I A; 4LCA A; 1TD2 A; 1E8C A; 3IQ0 A; 1J6U A; 1U2X A; 2XPC A; 3CQD A; 3NL3 A; 4E3A A; 2F02 A; 3UQ9 A; 2AM1 A; 4DU5 A; 4BUB A; 1W78 A; 2GCB A; 2VTE A; 5C3Y A; 5COJ A; 4UBE A; 3NC2 A; 4K8K A; 5BYE A; 3RSS A; 3NL6 A; 5A5F A; 2YXT A; 3FHX A; 2PKN A; 3NBW A; 4XDA A; 3K9E A; 3BGK A; 2VTD A; 2GC5 A; 1EKQ A; 1WYE A; 4WJM A; 3IBQ A; 1JXI A; 4B8S A; 3B1O A; 4KAN A; 2Y67 A; 3QCZ A; 2JFG A; 4K8C A; 4BUC A; 4XF7 A; 4K8T A; 3B1R A; 4KAL A; 2A9Y A; 2HLZ A; 4CVM A; 3RT9 A; 4E69 A; 3KZH A; 5BYF A; 1JBW A; 2DCN A; 3BF5 A; 1V1B A; 3RQ8 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2FV7 A; 2VAR A; 3GBU A; 3RTA A; 3HJ6 A; 3HIC A; 3GO6 A; 3RU3 A; 3W4S A; 3RPZ A; 4E8Z A; 2C49 A; 3RSG A; 5TQI A; 1V1A A; 3RTC A; 1LIO A; 3RSQ A; 2YXU A; 3RQH A; 3LKI A; 4K9I A; 4LCA A; 2AFB A; 1TD2 A; 3B1N A; 4S1I A; 3RQ5 A; 1DGM A; 4KAH A; 3IN1 A; 3RS9 A; 1UB0 A; 3IQ0 A; 3UMP A; 5B6A A; 3B1Q A; 2AB8 A; 3MBJ A; 3RTB A; 3RT7 A; 3RQQ A; 3MBH A; 2A9Z A; 3JUL A; 1LHR A; 3IH0 A; 1U2X A; 3RTD A; 2AA0 A; 2QHP A; 1YGK A; 2I6B A; 2RBC A; 3CQD A; 5BYD A; 1LHP A; 5TRW A; 3NL3 A; 2I5B A; 3RQX A; 4E3A A; 3NL5 A; 4E8Y A; 3VAQ A; 3RQ2 A; 4C5N A; 2F02 A; 4K9C A; 2V78 A; 4KBE A; 4N09 A; 3UQ9 A; 4E84 A; 1ESQ A; 4DU5 A; 1RKA A; 3RU2 A; 3OTX A; 4JKS A; 4EUM A; 3NC9 A; 3UMO A; 1TZ3 A; 3RRE A; 3RTE A; 1RKS A; 3LHX A; 2DDM A; 3RY7 A; 5C3Y A; 2AJP A; 3RTG A; 3NM3 A; 4KAD A; 5COJ A; 4UBE A; 2JG5 A; 3NC2 A; 4K8K A; 1BX4 A; 3EWM A; 1C3Q A; 5C3Z A; 5BYE A; 3PZS A; 3H49 A; 2HQQ A; 3B1P A; 4X8F A; 3KTN A; 5BYC A; 3DRW A; 4LBX A; 3UQ6 A; 2AWD A; 3IE7 A; 3RSS A; 3RRB A; 1RFU A; 1RFV A; 1RK2 A; 3NL6 A; 4C5J A; 3RS8 A; 2Q5R A; 2YXT A; 3FHX A; 2PKN A; 4S1I B; 3ZS7 A; 4C5L A; 2JGV A; 3NBW A; 4XCK A; 3NCA A; 3NBV A; 4K93 A; 4XDA A; 3K9E A; 3BGK A; 2DDW A; 4S1H A; 4N08 A; 2PKF A; 4K8P A; 3VAS A; 1LII A; 5C40 A; 3HPD A; 4S1M A; 1EKQ A; 1TZ6 A; 4EBU A; 1ESJ A; 3I3Y A; 1RFT A; 2I6A A; 1EKK A; 4EN4 A; 3LJS A; 1WYE A; 3NL2 A; 4O1G A; 1UA4 A; 2QCV A; 3RSF A; 4WJM A; 2JG1 A; 3Q92 A; 5CGE A; 3QAI A; 2PKM A; 3IKH A; 3LOO A; 2ABS A; 3IBQ A; 5F0Z A; 1JXI A; 5CM5 A; 2C4E A; 2DDO A; 3RM5 A; 1KYH A; 3PL2 A; 3RQ6 A; 4EOH A; 3K5W A; 1YHJ A; 4GM6 A; 4B8S A; 1GC5 A; 1LIJ A; 3B1O A; 4KAN A; 1JXH A; 5EY7 A; 3QA2 A; 1RKD A; 2R3E A; 4PVV A; 4U7X A; 3B3L A; 3UBO A; 3NM1 A; 2HW1 A; 4K8C A; 4LBG A; 4E8W A; 3RRJ A; 3RRF A; 5EYN A; 1VM7 A; 4DC3 A; 4XF7 A; 1TYY A; 2XTB A; 3FHY A; 1GQT A; 1YGJ A; 2NWH A; 1L2L A; 4JJP A; 1VK4 A; 4K8T A; 4C5M A; 4XF6 A; 3UQE A; 2F7K A; 4O1L A; 3B1R A; 4KAL A; 1LIK A; 2A9Y A; 2HLZ A; 3RT9 A; 4C5K A; 1VI9 A; 3RPH A; 4E69 A; 3KZH A; 3UQD A; 1V19 A; 3KEU A; 5BYF A; 3GO7 A; 3HYO A; 2DCN A; 3Q1Y A; 3BF5 A; 4YL5 A; 5CGA A; 3KD6 A; 4B8R A; 4JKU A; 3DZV A; 2ABQ A; 3N1C A; 4LC4 A; 1V1B A; 5F11 A; 1V1S A; 3H74 A; 3RO4 A; 3RQ8 A; 4YWR A; 2R3B A; 5C41 A; 2PKK A; 2AX3 A; 2AJR A;
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