2R7YA

Selenium derivatized rna/dna hybrid in complex with rnase h catalytic domain mutant d132n
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/rna/dna
molecule keywords RNA (5'-R(*UP*CP*GP*AP*CP*A)-3')
publication title Selenium Derivatized RNA/DNA Hybrid in complex with RNase H CATALYTIC DOMAIN MUTANT D132N
rcsb
source organism Bacillus halodurans
total genus 38
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2007-09-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2r7yA00
3HYFA 4O5BA 2X6SA 3B6PA 4DSFA 4IG3A 4FVMA 4CJLA 1RBSA 3ZSRA 1SV5A 2R7YA 3SYZA 3V9XA 2BANA 2HHSA 2I5JA 1JLBA 3TAQA 3K5MA 1KSPA 4I2QA 3DLEA 3PO5A 1QE1A 3NH2A 2XY7A 2OPSA 1T05A 1TAUA 3P5JA 1B9FA 1UWBA 4XIUA 4CF2A 1X9WA 3SUPA 4EZ6A 2HHXA 4CHNA 2B4JA 4QCLA 4EP5A 1SKWA 1CZ9A 3QEPA 2VWJA 3AVJA 3SUNA 3NH0A 4W5QA 3LAMA 4DTOA 1L3UA 4M3TA 1W0HA 3AVKA 3RRHA 4BDYA 4B8CA 4DTUA 4DTXA 2X74A 5I42A 3ZSZA 3S3MA 5SZTA 1RT3A 3LP0A 3O4QA 1ITGA 4O55A 4AHRA 1Q9YA 4DQIA 1HYSA 2KZZA 4FZZA 1TV6A 3TAMA 1JL2A 1XHXA 1RT2A 3I8DA 1FK9A 1IO2A 2KW4A 1BHLA 1HNIA 2BE2A 2GBZA 4DLEA 4FJJA 1ZBHA 4OPJA 4ELTA 1ASUA 4B9VA 4FJNA 2D0CA 4CHZA 1X1PA 4ZTFA 3KIOA 3AVLA 4CIGA 3JYTA 4Z4EA 2KZMA 2YNIA 3WNEA 3A2FA 3OYIA 1EP4A 1TKDA 1IKVA 1B9DA 3P1GA 3QINA 4DU4A 1TL3A 1HYVA 1RILA 3RRGA 2O4GA 4N76A 3SQ4A 2DFEA 4DF8A 4UQGA 4KHQA 2OPPA 2XHBA 4Z4FA 1JKHA 3RR8A 4FW2A 5HRSA 1UA1A 3AA3A 4HCBA 2WONA 3NF8A 2F96A 4DTMA 5J2QA 2G8HA 2IDOA 4HUGA 3QESA 3VQDA 1NKCA 1VSHA 3OYLA 4PA1A 1J53A 1TKXA 3T1AA 2FBYA 2OPRA 4MQ3A 1NK0A 4DFMA 3DRPA 3C95A 3QETA 2QKBA 1Z25A 4CESA 4FJ9A 4FXDA 1EKEA 4FLTA 3SUOA 3ZSQA 1S1WA 1J9AA 4KTQA 2XRIA 5D3GA 1L5UA 2WOMA 3LWMA 3KKSA 1ASWA 2Z1IA 3ZT3A 4AHUA 1RT1A 1VRUA 1A5XA 4RW8A 1W9HA 3C6TA 2E4LA 3V9WA 1NK4A 2DFFA 4I2PA 4KKOA 5CZ2A 1UAXA 1GOBA 1QTMA 2DY4A 1BI4A 3HL8A 4G1QA 1RBVA 5HBMA 2D5RA 4DQPA 1WSIA 4KHWA 2GV9A 4YNQA 3KJVA 4ID5A 3V4IA 3NF9A 4DWIA 4KO0A 1U45A 4DSLA 4Q0BA 1KVCA 1U48A 2YKMA 2ZE2A 3HPOA 2P51A 3L3UA 3AA5X 3DM2A 1S9GA 3K5NA 4AILC 1A5VA 1SL0A 1KFSA 3DLBA 2JLEA 4M3UA 3OS0A 3FFIA 3RR7A 4F2SA 2G8FA 3CYMA 2VG5A 5C42A 3MXMA 5K14A 1IH7A 1S6QA 2HMIA 4FLYA 1ZBUA 5KGWA 3SQ0A 2KFZA 3HP6A 1LW2A 1VSDA 1Q8IA 2G8WA 3D45A 4CJEA 2HNDA 3C94A 1EETA 2EX3A 4K8ZA 5HP1A 2G8IA 2FBVA 4CE9A 3TWHA 1YVUA 4E1MA 3DLHA 3OVNA 1VSEA 4RW7A 1SL2A 3LP1A 1NK9A 5CZ1A 1XHZA 4M42A 1NJZA 2RF2A 4K8XA 3M8QA 3LDSA 4NCBA 1HYZA 4Z4CA 3L2UA 4CJVA 1BISA 2XY8A 2YV0X 3I0RA 3PUFA 4DTRA 4CJ5A 4F2RA 4FZXC 4CEEA 4IG0A 3O3HA 3VQ7A 2FBXA 1A5WA 2XY6A 5FRMA 3OS2A 3MAQA 1WAFA 4FW1A 5E41A 4FLZA 4KI4A 4B9MA 3ZT2A 2BDPA 3V1OA 3KD5E 4B3OA 4DMNA 1YTAA 4CF1A 1SKSA 3SCXA 4DSEA 4FK0A 4HHTA 5HRRA 4MFBA 1VSFA 1RTHA 4CERA 3S3OA 3IRXA 2W42A 1U04A 4I9QA 3O4NA 4CF0A 4CHPA 3BDPA 1TVRA 1QHTA 3LAKA 2KQ2A 4CGGA 3V9SA 1EX4A 1D5AA 3KKRA 4OKKA 3ZCMA 4KPYA 3WNFA 3G10A 2B6AA 3AO1A 3VQ6A 4CEZA 3ZT4A 4PWDA 3VA3A 1JXEA 4N5SA 3L2WA 3CM5A 3NGIA 3E01A 1BQNA 1TK5A 4FJ8A 4NCGA 1FKOA 4ZTJA 4FJ7A 2XY5A 3AV9A 4CGJA 4OGEA 2G8KA 3LP2A 3VQEA 5J2NA 1TL1A 1NK7A 2KFNA 1CZBA 1BIZA 1T7PA 4ICLA 1RT7A 3M8SA 4DS5A 3TABA 3NF6A 2JGUA 2AJQA 3K5LA 1YT3A 3S9HA 1RTDA 4CGHA 3MECA 4CEFA 4LY7A 4PQUA 4CJQA 4W5NA 1U47A 1CLQA 1LAWA 1CXUA 4CGFA 4CEAA 4J2EA 4CJ4A 5HRPA 3AVMA 3NDKA 5HROA 4BE1A 1LWCA 1WSEA 4E89A 2E6LA 1Z26A 3SV3A 4JLHA 4Z4IA 3JSMA 3QO9A 1HJRA 2D0AA 4KHSA 3SV4A 1WLJA 3AVFA 3CG7A 4IFYA 4TSXA 4CK1A 4LSNA 3V1QA 4HUEA 4DSIA 2G8VA 2QK9A 1WN7A 3RWUA 4E7IA 1LAVA 3CFOA 5J1EA 4Y1DA 4OLBA 3ALYA 4QOZB 1EXQA 4M3XA 3KK3A 2Y1IA 1DTTA 3OS1A 4KHYA 2HVIA 2OYQA 3SPYA 1ZBLA 3SZ2A 3QEWA 4DTJA 3DRSA 3HXMA 3KK2A 1RBUA 1Q9XA 2YHBA 1RNHA 5C24A 3LZJA 4B9SA 5FROA 3RMAA 4O0IA 4DF4A 4N41A 4KHNA 2HHTA 1KTQA 3L3VA 3QLHA 4CJRA 3HVRA 4DFKA 3TANA 3QERA 3OYAA 4H4OA 3OYFA 3F9KA 1TKTA 4RW9A 3AVBA 3VQBA 3K59A 2Z1JA 3MXIA 4KTWA 3H08A 4FLUA 3IS9A 5J2MA 4DU3A 3SPZA 4B9UA 1UOCA 3AVHA 4RW4A 1JL1A 2D0BA 3KD1E 3DLKA 3DOLA 3OYCA 1WSJA 4GMJB 3WNHA 1HNVA 4W5OA 4DQRA 1TK8A 2PZSA 4E0DA 5SWMA 1RDCA 1TKZA 4Z0UA 1ASVA 1ZBFA 3OYHA 3OYEA 1NK5A 4ELVA 4DFPA 4DSKA 4ZHRA 4CEBA 2HW3A 3OYBA 4FLVA 2RPIA 3WNGA 1KVAA 4B9LA 2HHUA 3VQ8A 4CEQA 4M3RA 2P5GA 4O0JA 3OYKA 3VQQA 3AA4A 4CJ3A 4C8KA 4M3YA 4AH9A 4E7JA 4FZYA 3HK2A 4F8RA 3HPHA 4BE2A 4OKJA 1DTQA 3VQCA 1RBTA 3CQ8A 3RMDA 3SQ1A 1L3SA 3MEDA 3QNOA 3HPGA 3KLIA 5KI6A 5KRTA 1JLEA 3U3YA 1QSLA 5HRNA 3LWLA 4DTSA 2YNGA 1LW0A 3DI6A 3TR8A 4CIFA 4CJTA 4CJPA 3EYZA 1KLNA 4BDPA 1KCFA 1GOCA 3LALA 2HHQA 3HM9A 1NKEA 3K5OA 3V9ZA 3DRRA 4H4MA 3RMCA 1L3VA 4BWMA 3OYJA 3D0PA 1U4BA 2HVHA 3TAGA 3S3NA 4CHQA 1IKXA 3DOKA 4C8LA 4LSLA 4BWJA 4M3ZA 4NYNA 2GUIA 1WNSA 4M45A 1JLFA 5KRSA 3L2QA 1RCHA 4FJGA 3OYDA 3U3GA 1FXXA 4JRQA 1QSSA 4F3TA 4J2AA 1D9DA 1HPZA 3K57A 1T8EA 3K2PA 1JLCA 4RG8A 3O3GA 3KTQA 4NYFA 4EZ9A 3HO1A 4OKEA 3BGRA 3O3FA 5FDLA 1RBRA 4F3OA 1LWEA 3DYAA 4N56A 4DQSA 4BACA 2PYLA 3TAFA 3OYMA 4N47A 4CK3A 2X6NA 4E1NA 4CF8A 1RTJA 4GW6A 1BI4B 3NGYA 1FKPA 4FJXA 1XI1A 3KLHA 1REVA 1QQCA 1HQUA 3KLFA 4HVJA 3QEIA 1BCMA 4M3WA 2HB5A 1RT6A 3HVTA 2P5OA 3NH1A 4ID1A 3LPTA 4O4GA 2VG6A 2XO7A 4AHVA 1C0UA 5KTQA 5EU7A 5CYQA 3HT3A 1MU2A 4C8OA 4OLAA 1LWFA 4CJWA 4W5RA 3PX0A 1HRHA 1X9MA 2F8SA 4FK2A 4PY5A 5J2PA 2A1SA 1S5JA 2HNZA 1WSFA 1VSJA 3UIQA 2QXFA 1HQEA 3V9UA 3LPUA 2P1JA 2YKNA 1I39A 2OPQA 1UA0A 3LZIA 5FRNA 3PV8A 1C1BA 2BGGA 2OA8A 4BDZA 4E7HA 3IG1A 1BIUA 1JLGA 1WSGA 4C8NA 4KHUA 3VN5A 1NJYA 3NE6A 4B8AB 2OZSA 4WE1A 4IKFA 1JLAA 3I0SA 3EZ5A 2RKIA 2Z1HA 4LH5A 3OJUA 3HP9A 2Y1JA 3G0ZA 1SUQA 4DTPA 3OJSA 3U6FA 3SUQA 1S1UA 4DQQA 1L3TA 2HHVA 3ZSVA 4FJMA 2RN2A 4OGCA 4B9TA 1ZYQA 3DLRA 1QS4A 4KB0A 3SJJA 4DS4A 4E19A 3SNNA 3AVCA 1NK8A 3ZSOA 4FM2A 4CFCA 4CFDA 4CHYA 3CFPA 4JRPA 1NOYA 1RTIA 1GOAA 3EY1A 4DFJA 2ZQBA 4DSJA 4AHTA 1KFDA 4FM1A 3V6DA 4F4KA 3AO3A 3AA2A 3DMJA 3RTVA 1JLQA 4KREA 3SI6A 3VQ4A 1JXBA 4CJKA 2FBTA 2HNYA 3T19A 3QEXA 1R0AA 1U49A 5C25A 1RT5A 3TI0A 1VSLA 3KK1A 2ZD1A 3AVAA 1X9SA 4GVMA 3CFRA 4YFUA 4CJFA 5I3UA 1F21A 3V81A 3ZT0A 1IG9A 1C1CA 3ISNC 4ELUA 3NAEA 2VG7A 4Y1CA 3M8RA 3NHGA 1IKYA 1I3AA 3DLGA 3AVNA 3RMBA 1WSHA 1TK0A 1KVBA 3ULDA 3VQPA 2G8UA 2PYJA 3PX6A 1S1VA 1VSMA 4IDKA 1N6QA 1VRTA 1B92A 4JS4A 4KI6A 4CEDA 4E3SA 1BQMA 1C6VA 1RT4A 3B6OA 4HUFA 3PY8A 4JS5A 4FLWA 3L2VA 4B08A 1NJWA 4PUOA 3NFAA 1BGXT 4KTZA 4H8KA 3IAYA 4LD0A 2X78A 3M8PA 4CECA 1SKRA 4CK2A 3P83D 2FC0A 3HSTB 1S1XA 3QIPA 3NGZA 1N5YA 1O1WA 2IC3A 4QAGA 1NOZA 3LANA 3ITHA 4AHCA 4DU1A 2IAJA 4C8MA 3VQ5A 4CJSA 1XC9A 3QEVA 4FJKA 3AO2A 3AVIA 5JS2A 4FJLA 4FM0A 3LP3A 4O44A 4L8RB 2IS3A 2IOCA 3CM6A 2YNHA 3NF7A 5CYMA 1TGOA 4CHOA 4W5TA 3TAPA 3KLGA 4NCAA 4OVLA 2F8TA 4I7FA 1SL1A 3NCIA 1NKBA 2PY5A 3ZT1A 1IKWA 4I9LA 4IBNA 2ITGA 3MEEA 3V1RA 4CGIA 4OPKA 1ZBIA 4CFAA 1T03A 3TAEA 4AHSA 2DFHA 4E7LA 1NJXA 1J5OA 3F73A 2OZMA 5HLFA 2E6MA 4LH4A 1G15A 3THVA 4IFVA 2YNFA 4CEOA 4Q5VA 4CGDA 3MXJA 1TAQA 1BL3A 3TARA 3HJFA 5JS1A 1S9EA 4OJRA 4Z4GA 2NUBA 2YHAA 2IGIA 1Y97A 3AO5A 4Z4HA 4FCYA 3VA0A 3NBPA 4BE0A 2Z1GA 3QIOA 4E7KA 1K6YA 1BCOA 4FJHA 3VQAA 1C1AA 1KRPA 4M41A 5KGXA 2KTQA 5DK5A 3QNNA 3T3FA 1NK6A 3ZSYA 2ETJA 4FLXA 4KB1A 3SQ2A 3L2RA 4KRFA 1HMVA 1CXQA 3AVGA 3ZSXA 2B5JA 4FJ5A 4FYDA 1J54A 4CIEA 1RDBA 1RDDA 4KV8A 2ATQA 4FJIA 2VWKA 3OYGA 4DTNA 4R5PA 3C6UA 1C0MA 4RW6A 2Q3SA 4CFBA 1YTUA 4CJUA 1VSKA 1S1TA 4B9NA 2EHGA 1WAJA 1DLOA 3MEGA 2A1RA 1VSIA 1QSYA 1KLMA 1RDAA 1LV5A 5T7BA 4DLGA 1D9FA 1D8YA 4J2DA 2QKKA 4EP4A 4KFBA 1XWLA 2DTUA 3ZSWA 1C0TA 4KAZA 4J2BA 1VK0A 4HCCA 4CF9A 2HHWA 3OY9A 1S6PA 5CY4A 3OYNA 3ASMA 4DG1A 4CCHA 3KLEA 4FK4A 5DMRA 3PO4A 2O4IA 3L8BA 3K58A 4HTUA 2LSNA 3AO4A 3VQ9A 3PX4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NNEA 1DT9A 1LCUA 1SV5A 5AZIB 3ZSRA 3HOTA 2BANA 3GE1A 1JLBA 3WXKA 4JHDB 1KSPA 3DLEA 1OH7A 3PO5A 3NH2A 2XY7A 5AQQA 5M1FA 1TAUA 3CCSN 1UWBA 4EZ6A 4BRLA 3QEPA 4ILJA 3WXLA 4BR4A 3SUNA 5BPNA 4M3TA 2QWMA 3VTHA 4XH5A 3RRHA 2P9LB 3SAHA 4DTUA 3GDQA 1NWKA 5SZTA 4DQIA 1Q9YA 4BC5A 1S22A 4OX9K 1IO2A 1HNIA 2BE2A 3SAGA 1VQ6N 1HNZK 2A41A 4OPJA 3HBTA 4ELTA 3DAWA 2D0CA 1XQSC 4BREA 4ZTFA 3IFRA 2GWKA 4CIGA 2UYTA 4FL9A 2HBKA 1JCGA 3MN6A 3P1GA 3QINA 1HNWK 1TL3A 3BF3A 2V52B 3FZMA 2O4GA 3SQ4A 2DFEA 4DR6K 3RR8A 1UA1A 5HRSA 3LDPA 5AQKA 4JI8K 4HCBA 5AFUH 1NGJA 3NF8A 4PA1A 3C6AA 4MQ3A 3QETA 2QKBA 1T6DA 2A40A 4CESA 1EKEA 4OPHA 3SUOA 3ZSQA 1S1WA 4KTQA 1NU0A 4A57A 4DV6K 2E8AA 2O8EB 2Z1IA 1VRUA 4BG8A 3C6TA 1N32K 3NVKA 4LF8K 4A2BA 3T1HK 2DY4A 4G1QA 1RBVA 3V4IA 3NF9A 4DWIA 4KO0A 1Z05A 1U45A 4FPBA 3THWB 3UKRB 4B3TK 1KVCA 3MX2A 2RE2A 1U48A 3VMFB 2NZTA 1KFSA 2JLEA 4M3UA 3OS0A 4GKKK 5C42A 5K14A 4JI7K 2OTJN 4FLYA 3SQ0A 1LW2A 4X62K 1M90O 5AQYA 3LL3A 4CJEA 2EX3A 4CE9A 1P90A 1VSEA 2QA4N 3CMEN 4XH1A 1XHZA 3VERA 1K8KA 4NCBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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