2RGMA

Rice bglu1 beta-glucosidase, a plant exoglucanase/beta-glucosidase
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
471
structure length
471
Chain Sequence
WLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITENGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title Structural Insights into Rice BGlu1 beta-Glucosidase Oligosaccharide Hydrolysis and Transglycosylation
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 192
structure length 471
sequence length 471
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2007-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2rgmA00
4D6GA 1VBUA 1W3LA 3AICA 5D8WA 2W67A 4EK7A 4YHEA 1UKOA 4KGJA 3SURA 3T2OA 2EPOA 2XHYA 4PUEA 5M3WA 3VD7A 1KXHA 1QHPA 4H8UA 4PTXA 2G41A 1OT2A 2CITA 2BV9A 4L4OA 2W91A 1H5VA 1VFOA 3HN3A 4DUWA 2VVSA 1HKMA 5A6SA 4D6DA 4J7RA 4MNMA 5AY7A 4DM1A 4B16A 2CERA 2XGIA 3UR7A 4ZXLA 3ZT5A 5ABFA 2QHAA 2DSKA 2VQTA 3WDRA 2VZTA 5BCAA 5DF0A 1PZ3A 2NW0A 3PBGA 1X6LA 1LJYA 2F61A 2D2OA 2WHMA 2D22A 1EO5A 3VVGA 2VCBA 2FGLA 3QOKA 1G9HA 1K9TA 2FHBA 1VF8A 1H2JA 3AYSA 3K8KA 1K6AA 5LA0A 5HOSA 1NOWA 3JUGA 3WDHA 3AZTA 3ARYA 1JD7A 3ARWA 1EXPA 4IM4A 4JFSA 2HVMA 1AQMA 1TZ7A 2EPNA 3GTNA 1B1YA 2VX5A 4WKFA 1GHRA 3VD9A 1FA2A 2VT0A 4P8XA 2PBOA 3BAIA 5D9NA 1J0IA 1E4IA 3W26A 4AZ7A 5GNZA 4W93A 4JL2A 4CD8A 4DUVA 4J3VA 1KGXA 1O6IA 1WZMA 2YL8A 4M80A 3WUGA 1JYWA 1F4HA 1ZJAA 4TVDA 2ZWYA 2ZX5A 4MB4A 3CIVA 4U33A 5E6ZA 1XGZA 3TTSA 3WMBA 4DWSC 3VGBA 4LXFA 5FL0A 3WH9A 1PX4A 1W3KA 3AFBA 3WNMA 2YDRA 3G6MA 1LG2A 4OIFA 2OYLA 3WD4A 1DEDA 4FLSA 2C7FA 4URIA 5EBAA 2YLLA 1W9UA 3MANA 3WUFA 1UR2A 3DHPA 5A6BA 1O7AA 5IDIA 1ZBVA 2EPMX 4NRRA 1TUXA 3MMWA 4XV0A 3GXIA 4W86A 4A3YA 2DGAA 4M1RA 3U7VA 4AEEA 2WVVA 1E3XA 3PTMA 4WKAA 1S46A 2IXVA 4IPNB 3KEHA 1ESWA 1CENA 1BGGA 3EDEA 3VIFA 4V28A 2NT1A 1JAKA 1UZ1A 3MUAA 5A6MA 4CN6A 3VIHA 4DM2A 2XWEA 3PHAA 3QGVA 4KRTA 2PWFA 1XRVA 1ITXA 4H04A 1KR0A 3O6AA 1HT6A 4W7VA 8A3HA 5GNXA 1KWKA 1BFNA 1CXIA 1B31A 2J7FA 1UR0A 3VIIA 3CBWA 1MQQA 2J7CA 1XCXA 3AS3A 4UQBA 2BY3A 4M29A 3BXWA 5A8MA 2DT0A 4KWUA 2O9PA 3QR3A 3AMCA 1GNXA 2IXUA 1H0GA 3IJ8A 2QMJA 1H09A 4WJXA 1V0KA 3MKKA 1ISYA 3T0AA 1CXFA 1OT1A 2UY2A 3DYPA 1GOIA 2A3HA 2J25A 3VMOA 1QHOA 4KGLA 4PSPA 1BLIA 5HPOA 4PMDA 4E4PA 4UZSA 5I5RA 2BXZA 1EO7A 5A1AA 1QI5A 2VC9A 1UH4A 2VCAA 1TCMA 4PN2A 2DT3A 2G4FA 2JF6A 3KL0A 1IZKA 2E3ZA 2HISA 1TA3B 2W62A 3SCUA 3U7BA 3AOFA 4S3JA 2ZUMA 1V6WA 1E6PA 1X1NA 4OJYA 2J47A 1TFVA 4PMOA 3PZUA 1V6UA 2VCCA 4W7WA 4RE3A 4UFLA 2YBTA 1OWQA 5CQ1A 3VTRA 3RM8A 1CECA 2JFEX 3VIKA 3AHXA 4AIOA 3I3BA 2WMJA 3D5HA 1WO2A 3AI0A 4BCEA 4ZE4A 4WLCA 2A3BA 3WDJA 2D3LA 2J78A 1FP9A 3VDHA 4WSKA 3SUVA 4W84A 1EQPA 3BMVA 1UKSA 1M7XA 2PBGA 2DIEA 1VBRA 1BYDA 4BA0A 4F66A 1UG6A 2CEQA 1SFSA 1LL7A 1R85A 3GNPA 1JDAA 4AD3A 1QI2A 1FH7A 4GQQA 3MUZ1 3BH4A 3TTOA 1AMYA 1E6XM 1E6SM 1VFFA 1WDPA 4PMXA 3DC0A 2VVNA 1E15A 4PTVA 1OGGA 2E9BA 1MXGA 1BF2A 3CGTA 2OLHA 2YKKA 3WEMA 1FH8A 4ZENA 1CDGA 1WCGA 1GJUA 1E4LA 3AROA 2XPKA 1C93A 3SCRA 3OLDA 3SCNA 4E2OA 4D6FA 4NI3A 3SCWA 2GFTA 1ODUA 4MB3A 4MJ2A 1QW8A 3ZSTA 2GJRA 2DSVA 3EDDA 5CLTA 1NQ6A 1C8YA 2J8FA 1B3ZA 3RILA 4OBRA 3VDAA 2BVYA 5D9OA 1SR0A 4LYPA 1U33A 4MDPA 1JIBA 1ZBCA 3CO4A 4JAWA 4EE9A 1JNDA 2V5CA 3PZIA 1NH6A 2DEPA 4ATWA 1E6QM 4GXPA 4HU0A 3CMGA 3CUJA 2JIWA 1KCLA 2RGLA 3N04A 4JL1A 3ARVA 5BXSA 3SIMA 1ISZA 5FKYA 3GZAA 3UG5A 1HJQA 2WLYA 3OGVA 2J7BA 2E4TA 5D9MA 3THCA 1LF1A 1WKYA 3W25A 4CN1A 3AIQA 4W8AA 3QHMA 2ZX9A 3GXDA 4J3SA 3RJYA 2XIBA 1F4AA 4PTWA 1E72M 1GORA 1W9VA 4B3LA 1WNOA 1E56A 2XM2A 4MADA 3GDBA 3OZOA 2XVKA 2OWCA 1FOBA 1ODZA 2XVPA 1DHKA 4A4AA 4J3TA 5BXTA 3RM9A 1HP5A 3VNZA 4PCTA 3ZSSA 1V3LA 2W66A 3VGHA 3CZJA 1ZBWA 1OIFA 2GJXB 4UR9A 1AQHA 1H3GA 5AYIA 1QVBA 3GYCA 4OBSA 5BWFA 3W37A 4XZBA 4F9JA 2A3CA 3VINA 4PMYA 3N13A 4C7DA 4OKDA 4NSBA 1QPKA 1V0LA 2CYGA 2WCAA 1ECEA 1EHNA 1B3YA 1OGBA 2ZOXA 1BAGA 2WBKA 3SCOA 3MMDA 1JYXA 3N1AA 3GXFA 5HNNA 2WZEA 2PC8A 1JFHA 4WF7A 2J4GA 4AWEA 2J7EA 3NSMA 1MW3A 3LPGA 4BZYA 1R8LA 3WF3A 4XZWA 1EA9C 3RPMA 1J0YA 4NZCA 2QMKA 4KH2A 2D23A 1B30A 3CUGA 5CGMA 1J18A 3CUFA 4AXNA 4QDMA 3WNLA 1E1EA 2WC3A 4F79A 2EPLX 2YOCA 3U57A 3VIPA 5A8NA 3WBAA 3N9KA 1C7TA 1X6NA 2BVDA 2G3NA 2BFGA 3OLGA 5IFTA 3OIHA 1C8XA 2DSWA 3VX1A 3BCDA 1QNSA 4GKLA 3RMEA 1J0JA 3PZOA 5I3DA 4BF7A 1BVZA 2BHUA 5A6AA 4TUFA 2JALA 3M7SA 1ZU8A 4LX4A 2V3FA 2JEPA 3T0BA 4EAMA 4UOQA 2FH6A 1M01A 1OSEA 1HKJA 1YQ2A 5EMYA 2Z1KA 2A3EA 2VX4A 1LL4A 1HX0A 2X0YA 1G0CA 4MAZA 2TAAA 1W1PA 1WZLA 2UWFA 4HMEA 4HMCA 4J27A 2Y4SA 1E6ZA 4AD0A 1HJSA 4UFMA 3AHYA 2W61A 3BSGA 3ZR5A 5ABEA 4ACZB 2X1IA 1GQKA 4TXEA 3RIKA 4ATLA 4R5EA 4J3WA 4W89A 3AIEA 2Y8KA 3W27A 5A8PA 1K9DA 3WH7A 1B3VA 2D3NA 4D6IA 2PB1A 4AIEA 1V0NA 1N82A 4U2ZA 4D72A 5A8QA 3ALFA 1I75A 3N11A 1OD8A 1UYQA 1H4PA 2WC7A 1E4NA 2VZOA 3AMLA 2CNCA 5FOOA 2WWCA 5C71A 5HXMA 1UOKA 1J9YA 2IUZA 5AC5A 4P7QA 1V02A 3T08A 2WW5A 3FXYA 1GVIA 1GQLA 3MUIA 4ACZA 1YHTA 1XYZA 2WMGA 3TOPA 4PYSA 3E1F1 3BMWA 3W28A 3AYRA 2Y2WA 4YPJA 1I1WA 1GQIA 1R7OA 3UCQA 4F8XA 3IAQA 2VOTA 2VX7A 2XFYA 1NOUA 3POCA 1E43A 3ZT6A 2BY1A 1BYAA 4PRWA 3WQ8A 3L4XA 2Q8XA 4W85A 3AIVA 1A47A 1OIMA 4W8BA 1QBBA 1UKQA 1XH2A 2XVNA 5KEZA 1AQ0A 1Q6FA 2EJ1A 1JF6A 3AIWA 3VPLA 1XHGA 3WEZA 3B9AA 1CWYA 2RGMA 1M53A 3GH5A 1JZ3A 1EDQA 2C0HA 1VENA 1Q6EA 1E6RA 2WKGA 3L2LA 1HIZA 2ZICA 1JXJA 1OBAA 4HOWA 1E1FA 1QBAA 2BHZA 1JYVA 3F4VA 1E0VA 4B9ZA 3MV01 2WZHA 3ZJKA 3VOCA 1I1XA 2VR4A 3S2CA 3PZMA 4BS0A 3TA9A 4BQ2A 2OSXA 1JZ5A 2QLYA 1D3CA 4CGTA 1L0PA 1DTUA 1EDTA 4UQ9A 5C8BB 3WNPA 3GNOA 2WVVB 3A3HA 5D4YA 1WDQA 5CGTA 5I23A 4CCEA 1V03A 4CCDA 1PPIA 4OZOA 1CLXA 4QLKA 1UWTA 2J62A 5DT7A 3WN6A 4K68A 1FHDA 4LYRA 4PBGA 3T0DA 2YA1A 1UD8A 2F2HA 2VJXA 3CHDA 4GIAA 3WF2A 1H49A 5A8OA 2XJ7A 1XSJA 1B0IA 1UA7A 5EFDA 1UD3A 3WD3A 3PN8A 4JFWA 1RD6A 4GI6A 1PX3A 3MS8A 2WC4A 4JHOA 3N12A 1M03A 1JI2A 1PBGA 1CLVA 1CXEA 2WMFA 1JZ7A 4X0VA 4UQEA 3W6LA 3ARZA 3F5JA 3I3DA 1BQCA 4B15A 1W1YA 1H11A 3A4AA 3VIGA 3I3EA 4UFKA 2C8NA 2FH8A 2DPEA 4PMVA 3VM7A 1W2VA 1MFUA 2ZX6A 1CGYA 3WD0A 5D8ZA 1NOFA 3AHVA 4D1IA 5A2BA 4MTVA 4TOQA 5DEZA 4WSJA 1L8NA 3VM5A 1B3WA 1QW9A 2GK1A 4JCLA 7A3HA 3VMNA 1XSIA 2EQDA 3LPFA 1WB0A 2WAGA 3KZSA 5I6SA 2E0PA 4OOZA 2XG9A 2BHYA 4RE4A 4F9DA 4DUXA 1VJZA 3ZT7A 1BVNP 2CBJA 5JBEA 1B3XA 2YA0A 3PZGA 4MDOA 5I2UA 3WDPP 5IHRA 4HA3A 4AD1A 1NWTA 1GVYA 2VMFA 3GNRA 2J77A 4PMZA 1WZKA 5FCZA 1DWHM 2PF0A 3A4XA 5EFFA 1JZ4A 2WANA 2ZUSA 1JDDA 3VU2A 1HJXA 1WPCA 3W53A 1KBBA 1C8QA 1FFRA 4UQDA 3OB8A 4ZFMA 3CHCA 2VRQA 5A2AA 4E8DA 5CLWA 1W9XA 3BCFA 4S3KA 3W29A 4HZ7A 4RL3A 4HZ6A 2GDVA 4Z2IA 2WYSA 3OGRA 3TTQA 5M03A 1GOQA 1Q6GA 3ARPA 1CGTA 4V2XA 3SCTA 4HU8A 3VGDA 1MQPA 1CEOA 1UWUA 2G3IA 1OCQA 2FHFA 3ARTA 3EMCA 3PTQA 5GPRA 1DWAM 3M46A 1J0KA 3CZGA 2VUYA 3N15A 1DWJM 1K9EA 1MW2A 2XTKA 2BY2A 5EB8A 1CNVA 1JGIA 1J10A 4P8VA 5C70A 5CPQA 5IHSA 1ITCA 3CHFA 2OYKA 1V3KA 3HU7A 3F5LA 3BLPX 3K4DA 5CPSA 4GQRA 1WE5A 3SCQA 4M81A 1G1YA 3DHUA 1E40A 1Y7VA 1B90A 5JBFA 1TR1A 5A6JA 3ZJ7A 4MAVA 3L4WA 2XIIA 4CCCA 3FNDA 1SYTA 3NJ3A 3ZM8A 4D6CA 1G5AA 2YLAA 1BG4A 5CPTA 4FK9A 1US3A 4HA4A 5BRPA 4N42A 3GBDA 5E0CA 5FIPA 1UR4A 3ECQA 3LMYA 3F5KA 1V3MA 4U31A 1JZ8A 1W9BM 5E09A 4JHZA 1LL6A 5M5DA 2BVTA 3KL5A 1PAMA 3AIUA 2ZUVA 5E9AA 4AC1X 3NIYA 3B9EA 2E9MA 2YDQA 3M6DA 4UTFA 2WSKA 3UETA 1HXJA 1NP0A 2J7DA 4ZXOA 5E0FA 1SMAA 8CGTA 3ZR6A 1MWOA 2CHOA 2XSBA 1NWRA 1DWFM 4P7NA 1QNOA 3N18A 4HA1A 2QF8A 4HTYA 4WKHA 5A2CA 2EBNA 2CESA 1GZJA 4PUDA 1E5NA 2AMGA 2D0FA 3BAWA 2OWWA 3AHTA 4TVUA 4GO9A 5BROA 2ZX7A 3CLWA 2V3GA 1DP0A 3VD3A 1VFMA 4MB5A 4XUYA 4P8UA 1GOOA 2O92A 4HOXA 1MVYA 4A3HA 4D1JA 3NSXA 5TD4A 1UWRA 1ZBKA 3CZ8A 4FF5A 2CKRA 3VGFA 4R27A 1E5JA 1V6XA 4Z2KA 1K9FA 3AJ7A 3CTTA 3S6TA 3WELA 2BS9A 1XH1A 2WVSA 2V3EA 3T2QA 5IFPA 4JCMA 3FW6A 5FL1A 2ZXBA 3OA5A 4XX6A 4GZEA 1UWSA 2DSZA 3K46A 4PSRA 3FY1A 5A3HA 3EYPA 3VX0A 2DH2A 1UR8A 1KB3A 2UY5A 2Z1SA 2WCSA 3SCVA 3MV11 3ZIZA 3NDYA 3EMQA 3WMCA 1JDCA 1D2KA 2FDMA 3PZVA 1HNYA 2WK2A 3AZSA 2Y8VA 1XV8A 3PTKA 1US2A 3WH5A 2XGBA 4AISA 3FAXA 3EDFA 2WVTA 1JG9A 3MU7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4D6G A;  1VBU A;  1W3L A;  3AIC A;  5D8W A;  2W67 A;  4EK7 A;  4YHE A;  1UKO A;  4KGJ A;  3SUR A;  3T2O A;  2EPO A;  2XHY A;  4PUE A;  5M3W A;  3VD7 A;  1KXH A;  1QHP A;  4H8U A;  4PTX A;  2G41 A;  1OT2 A;  2CIT A;  2BV9 A;  4L4O A;  2W91 A;  1H5V A;  1VFO A;  3HN3 A;  4DUW A;  2VVS A;  1HKM A;  5A6S A;  4D6D A;  4J7R A;  4MNM A;  5AY7 A;  4DM1 A;  4B16 A;  2CER A;  2XGI A;  3UR7 A;  4ZXL A;  3ZT5 A;  5ABF A;  2QHA A;  2DSK A;  2VQT A;  3WDR A;  2VZT A;  5BCA A;  5DF0 A;  1PZ3 A;  2NW0 A;  3PBG A;  1X6L A;  1LJY A;  2F61 A;  2D2O A;  2WHM A;  2D22 A;  1EO5 A;  3VVG A;  2VCB A;  2FGL A;  3QOK A;  1G9H A;  1K9T A;  2FHB A;  1VF8 A;  1H2J A;  3AYS A;  3K8K A;  1K6A A;  5LA0 A;  5HOS A;  1NOW A;  3JUG A;  3WDH A;  3AZT A;  3ARY A;  1JD7 A;  3ARW A;  1EXP A;  4IM4 A;  4JFS A;  2HVM A;  1AQM A;  1TZ7 A;  2EPN A;  3GTN A;  1B1Y A;  2VX5 A;  4WKF A;  1GHR A;  3VD9 A;  1FA2 A;  2VT0 A;  4P8X A;  2PBO A;  3BAI A;  5D9N A;  1J0I A;  1E4I A;  3W26 A;  4AZ7 A;  5GNZ A;  4W93 A;  4JL2 A;  4CD8 A;  4DUV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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