The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
103
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structure length |
103
|
Chain Sequence |
GAMGPTDQDWIGCAVSIACDEVLGVFQGLIKQISAEEITIVRAFRNGVPLRKQNAEVVLKCTDIRSIDLIEPAKQDLDGHTAPPPVVNKPTPVKLPHFSNILG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
CG6311-PB
|
| publication title |
A divergent Sm fold in EDC3 proteins mediates DCP1 binding and P-body targeting
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Drosophila melanogaster
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| total genus |
9
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| structure length |
103
|
| sequence length |
103
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-09-20 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4N0A C; 2VXE A; 2DJZ A; 4X9C A; 4A53 A; 5GAM f; 4M7D A; 4C8Q G; 5GAO p; 3BW1 A; 3JCM P; 1D3B A; 2VXF A; 4XTV A; 3RKW A; 5GMK i; 3QO3 A; 2YHT A; 3QUI A; 2DTH A; 4C8Q F; 1B34 A; 4XTY A; 1N9R A; 4M75 D; 4M78 G; 4XU2 A; 4F7U G; 3FB9 A; 1KQ1 A; 4M7A B; 5CAI A; 4M77 A; 5GAO n; 3BDU A; 4C92 G; 5GAN h; 5LJ5 f; 5GAN f; 4V2S A; 4F7U F; 4EMH A; 4M78 F; 4M75 G; 2RD1 A; 3FJP A; 5GAN 5; 5GAM e; 4C92 F; 5GAN 3; 5GAM j; 3GIB A; 2RM4 A; 5LJ5 g; 4M7D B; 5GAN g; 1U1T A; 3INZ A; 5GAN 7; 4HT9 A; 2K57 A; 1M8V A; 3JCM b; 4M75 F; 3AHU A; 3JB9 J; 1D3B B; 3RIR A; 2E10 A; 1HK9 A; 4M7A C; 4PJO D; 3JCM d; 3BY7 A; 3RES A; 1B34 B; 3JCM c; 4M78 A; 4F7U A; 3QSU A; 5DY9 A; 3JB9 D; 4M77 B; 4MML A; 5LJ3 h; 4C92 A; 3JCM X; 4XTZ A; 5LJ5 e; 5LJ3 f; 4PJO G; 5GAN e; 1KQ2 A; 5GAN j; 4M7D C; 3L2Z A; 4J6W A; 3L1A A; 2DZ9 A; 4M75 A; 3JCM W; 4M7A E; 4OP0 A; 5GAN 4; 3JB9 G; 1U1S A; 1BIB A; 2DXU A; 3QHS A; 3V8K A; 5LJ3 g; 4PJO F; 4A54 A; 1I5L A; 2DKG A; 2ZGW A; 2JN0 A; 4XU0 A; 5LJ5 h; 1WPY A; 2YLB A; 2DTI A; 1WQ7 A; 3EFS A; 3JB9 F; 4M7D E; 4EMG A; 2E64 A; 2FYK A; 4M77 C; 4XU3 A; 1N9S A; 2DXT A; 4F7U B; 4M78 B; 1M5Q 1; 4JRI A; 5I21 A; 2EJG A; 3SB2 A; 4C8Q A; 4C92 B; 5GMK e; 4EMK A; 5GMK j; 5LJ3 e; 4PJO A; 5LJ3 j; 1MGQ A; 3HFO A; 2EWN A; 3V7S A; 5GMK l; 4M77 E; 2RB6 A; 4C8Q C; 4JRK A; 4EMK C; 4M7D D; 1WQW A; 2DVE A; 5GAM d; 3V7C A; 3SWN A; 1LJO A; 3RKX A; 5GMK h; 2DEQ A; 1LOJ A; 4JLI A; 4JUV A; 5GAN 6; 5LJ5 j; 4M78 C; 4XTU A; 3JCM J; 5GMK m; 2VC8 A; 4C92 C; 1JRI A; 2QTX A; 4M77 D; 4QVD A; 1HXD A; 3V8J A; 4M7D F; 4M75 C; 4C8Q B; 4J6X A; 4EMK B; 5GAO l; 4PJO B; 5GAN d; 4F7U E; 2EJF A; 4M78 E; 2EJ9 A; 3HSB A; 3RUX A; 3FIF A; 4RCB A; 4C92 E; 3M4G A; 5GAO q; 1BIA A; 1I4K 1; 3SWN B; 4M7A D; 4XU1 A; 3JCM h; 1YCY A; 3JB9 H; 3JCM f; 2EAY A; 1JBM A; 1X01 A; 4M77 F; 3V8L A; 2RA2 A; 3V7R A; 5GAN 8; 3PGG A; 4QVC A; 4X9D A; 1Y96 A; 4M75 B; 4M7A G; 1I81 A; 4M78 D; 4PJO C; 2E41 A; 4XTW A; 2YLC A; 3BFM A; 3JCM g; 4MMK A; 1H64 1; 4C92 D; 4HA8 A; 5GAM g; 2E65 A; 3JB9 I; 5LJ3 d; 1I8F A; 1LNX A; 4J5Y A; 4M7A F; 3JCM V; 3SWN C; 3RKY A; 4M7D G; 4WF2 A; 1WNL A; 4C8Q E; 3HFN A; 2E1H A; 4PNO A; 4PJO E; 5GAN 2; 3RER A; 4XQ3 A; 1TH7 A; 4NL3 A; 4XTX A; 3JCM e; 5LJ5 d; 2CGH A; 2FB7 A; 2Y90 A; 4NL2 A; 2DTO A; 1Y96 B; 4Y91 A; 3VU3 C; 3JCM Q; 4M77 G; 4RCC A; 4J6Y A; 4NOY A; 5GAO r; 4HT8 A; 4M7A A; 3EFR A; 4N0A A; 2DZC A; 4C8Q D; 4DQ2 A; 2HNI A; 4M75 E; 2I2L A; 5GAO m; 5GAM h; #chains in the Genus database with same CATH topology 2M0O A; 1S72 T; 4DBQ A; 2COY A; 3H0F A; 1MV3 A; 5CKB A; 4DOW A; 5KYX A; 1KG1 A; 3EHR A; 2JS2 A; 1JXM A; 3JSC A; 2LT1 A; 2RD1 A; 3O8V A; 1KQS P; 3VS5 A; 4M7D B; 2XMF A; 2PUK B; 1M8V A; 1QWE A; 3JCM b; 2JZ2 A; 3G71 A; 4JS5 A; 3M0U A; 2RK1 A; 1TS9 A; 4BAC A; 1VYU A; 8ATC B; 3T9N A; 4J7I A; 5LL6 S; 3PTA A; 2HD0 A; 1YIT Q; 5LJ3 h; 3JCM X; 1G5V A; 1BI2 A; 2RJE A; 3QBY A; 1UJ0 A; 2P0P A; 1M3B A; 4M75 A; 4ZN3 A; 1X75 C; 3JB9 G; 1VQ8 Q; 1HD3 A; 2HL5 C; 3DLL A; 2W0Z A; 2XIC A; 4OGE A; 2L8D A; 2VKN A; 4F7U B; 2LDM A; 2BE7 D; 4OF1 A; 2KQW A; 3N5B B; 5GMK j; 1NEG A; 1MGQ A; 3OYA A; 5A0D A; 4C8Q C; 1MV0 B; 2DVE A; 3CCV Q; 1LOJ A; 2K2M A; 2C0I A; 5FU6 B; 3CXC A; 2EGA A; 2X35 A; 2DEU A; 2X4J A; 1XQH A; 2KRN A; 2X4W A; 3H9N A; 1BKB A; 1KJW A; 3H6Z A; 3CCS A; 3UT1 A; 1NM7 A; 1WJR A; 2F2V A; 3M57 A; 2LQW A; 2KEA A; 3HTR A; 3HHT B; 1TOV A; 4PJO C; 1BB9 A; 4E7K A; 1WHM A; 2HBW A; 2LZ6 B; 1U5S A; 2QDL A; 2R57 A; 1YN8 A; 4Z88 A; 2OTJ A; 4LDV A; 1ZBX A; 4M7A A; 2RHX A; 4FT4 A; 1FXX A; 2DL3 A; 4N0A C; 2VXE A; 3HP9 A; 1RI9 A; 2OI3 A; 4FL6 A; 3CMA Q; 5I2S A; 1FWZ A; 3RKW A; 1CKB A; 4M75 D; 1KQ1 A; 1VQ4 A; 2KK4 A; 2ROT A; 4HXJ A; 5CK9 A; 1UGP B; 3FJP A; 3QZ5 B; 3CCE Q; 1X6O A; 4K11 A; 1R77 A; 2HSP A; 1YIT A; 2PNI A; 3M0Q A; 3JB9 J; 3RIR A; 1NE8 A; 5KYN A; 3CD6 Q; 2RN8 A; 4M78 A; 2CP2 A; 1X2K A; 1VQ8 A; 3OA6 A; 2BZX A; 2DZ9 A; 1DJ7 B; 1JXO A; 1W70 A; 1PD0 A; 1KHC A; 4FYW B; 2GFU A; 4A4F A; 4Z8A A; 3PVQ A; 4N4G A; 4XU3 A; 2FHD A; 1GFD A; 4PJL A; 3FRN A; 4JRI A; 5KYW B; 1M8M A; 2KXD A; 2KT8 A; 1BCM A; 3CCV A; 2JT4 A; 4FSS A; 1Q82 C; 3HFO A; 4CC7 A; 4E6R A; 2RB6 A; 4M7D D; 1VQK Q; 1KD1 C; 1JU5 C; 1HJD A; 2WSE E; 3NTI A; 5GJW B; 2NYS A; 1JRI A; 2K79 A; 2MOX A; 1Q86 C; 2E4H A; 2YUO A; 5A2Q E; 2DF6 A; 2LQK A; 2HL3 A; 4OB3 B; 2QEX Q; 1VQO Q; 1VIF A; 4M7A D; 1GL5 A; 1X6G A; 2LJ1 A; 4ELZ C; 3S3M A; 1Q86 R; 4ZTJ A; 4X9D A; 3OQ5 A; 1VQM T; 5FLX E; 4MDW A; 1BI0 A; 2CP7 A; 1C1A A; 1YJ9 A; 4HA8 A; 1WA7 A; 2EVR A; 1FMV A; 1WXT A; 3IQL A; 1R0C B; 2Z0W A; 4QW2 A; 4FYV B; 4JDS A; 2JXB A; 2GCX A; 1M1K R; 1WJS A; 4DQ2 A; 3CMA A; 1K76 A; 3NPF A; 1Y7X A; 1GCQ A; 3FDR A; 2LVM A; 2L5Q A; 2VV5 A; 2GBQ A; 2RMO A; 2YHT A; 1VYV A; 1IB8 A; 2ZCF B; 3FB9 A; 3CC4 T; 2D9T A; 3CCE A; 3OS1 A; 1YI2 Q; 4IIO A; 4LN2 A; 4EMH A; 1Q81 U; 2DYB A; 3CCL T; 1RAB B; 4C92 F; 2D0N A; 3CD6 A; 3SD4 A; 2LJ0 A; 1VQL Q; 4IUQ A; 5M9O A; 2K57 A; 3QYH B; 1PRL C; 1ZLM A; 2GFA A; 3I9Q A; 2DIQ A; 5J26 A; 1ZQ1 A; 2FZC B; 2QGF B; 1YFN A; 5C6S A; 4M77 B; 4B6M A; 2EQM A; 2R5A A; 1X43 A; 3NGP A; 1NLO C; 2COZ A; 4RKU E; 1WQ7 A; 1WFW A; 2XI9 A; 2DLP A; 3PVL A; 1VQK A; 4Z89 A; 3SEM A; 2XKO C; 4F17 A; 1NBE B; 3A8H B; 1B07 A; 1W1F A; 1ZSG A; 2YSQ A; 3VS2 A; 3CCQ Q; 4ATO A; 3VS0 A; 3KBG A; 4OMN A; 1QVF A; 3C4S A; 2GGR A; 2DIG A; 4C8Q B; 2DD5 A; 2QEX A; 1VQO A; 2DBK A; 2RF0 A; 1OQK A; 4OB2 B; 2VYT A; 1QKX A; 3CPW S; 2EAY A; 3OS5 A; 2R58 A; 1ZSZ C; 2HQE A; 3C95 A; 2YRD A; 1W6X A; 2FPD A; 4XTW A; 3CXC S; 4HCC A; 1VA7 A; 4PL6 A; 4IKF A; 5LJ3 d; 3R6O A; 3M9Q A; 2QQS A; 4EIK A; 4C5I A; 3EG0 A; 4LD6 A; 1TG0 A; 5KH6 A; 4F14 A; 2DTO A; 2LCS A; 4HT8 A; 1YBY A; 2AK5 A; 3X28 B; 2RQR A; 2Y4Y A; 5HK3 A; 1VQ7 T; 2MK5 A; 4DBR A; 3TSW A; 3PMI A; 1K0X A; 1YI2 A; 1K0S A; 3A8L B; 4XTY A; 2QA4 Q; 1SEM A; 2LQ8 A; 3EG2 A; 1VQL A; 3ME9 A; 1YJW Q; 1K9M U; 1BCO A; 5GAM j; 3EGX B; 2QYZ A; 1KHI A; 1VQ9 T; 1B34 B; 2NUT A; 2RI5 A; 4D8D A; 5LJ5 e; 5GAN e; 4M7D C; 4J6W A; 4M7A E; 2E5Q A; 1V29 B; 3LWH A; 1BIB A; 4A54 A; 2E5K A; 1G3S A; 2JN0 A; 1ARK A; 4BD3 A; 1QVG A; 4DOV A; 1PG5 B; 1M4Z A; 2CP3 A; 1U8R A; 4E7Z A; 3VUB A; 1WHG A; 4E7J A; 4C92 B; 4EMK A; 4PJO A; 4QVZ A; 3M54 A; 2X3W D; 1GXI E; 3CCQ A; 1N27 A; 2HDA A; 4PKC C; 2FRW A; 1MNE A; 2MIO A; 1UHC A; 4JLG A; 5LJ5 j; 1VQ5 T; 2JW4 A; 2O31 A; 3PT9 A; 2G3R A; 2QTX A; 4M77 D; 1N8R U; 1BYM A; 4IUR A; 4M78 E; 1NJI U; 3NFC A; 2PVO B; 5ECA A; 4O5V A; 1UEB A; 4D6W A; 3PE0 A; 1H64 1; 1NYG A; 3OYE A; 4MDX A; 2EW3 A; 3JB9 I; 1VQP Q; 4AT1 B; 5IAY A; 2JTM A; 2BTT A; 2LNV A; 1OUL A; 3A8M B; 2V8J A; 2K5I A; 3OYD A; 2ZZD A; 2K9G A; 3H8Z A; 2JJ9 A; 2O4X A; 4C8Q D; 5FWC A; 2OTL T; 1WGS A; 1K73 U; 1S1N A; 1IGQ A; 2QA4 A; 4PFO A; 1WJQ A; 3E19 A; 3S3N A; 1ZUK A; 2LJ3 A; 1YJW A; 1XNI A; 2QK0 A; 3CC2 T; 3CME T; 2KNB B; 3I56 Q; 3JRZ A; 1K8A U; 4KT0 E; 1WX6 A; 1RAF B; 4J9D A; 2HSE B; 1BK2 A; 1OZ2 A; 3OMG A; 4PJO D; 3NTH A; 2P4T A; 5D6X A; 3RNJ A; 1QCO A; 1Q81 C; 2EPD A; 4RUG A; 2BZY A; 1ZBJ A; 2ZGW A; 3JB9 F; 4EMG A; 2E64 A; 2J05 A; 4IUT A; 1D1B A; 1PD1 A; 4R56 A; 1UGS B; 1D0Y A; 5DLO A; 3E9F A; 4N4I A; 1H3H A; 4ME7 A; 2DEQ A; 3OYF A; 4JUV A; 4ZGJ B; 2L3Q A; 3E9G A; 1GCP A; 3JCM J; 3I35 A; 4L5G A; 2V8K A; 4MZM A; 5D6W A; 1WI7 A; 1U06 A; 3J81 E; 3G6E Q; 1KD1 U; 1YWP A; 3X26 B; 3EFO A; 4F16 A; 1TUD A; 1AZE A; 4E7H A; 2M51 A; 5GAN 8; 3PGG A; 1VQP A; 4J9E A; 4BI3 A; 1QVF S; 3BFM A; 2CZ0 B; 4C92 D; 2DAQ A; 3JCM V; 3QPH A; 4E7S A; 4A4E A; 5FW9 A; 1WDX A; 2F1L A; 3OYB A; 3JCM e; 5FRM A; 4RTU A; 4OMF B; 3HL8 A; 2HNI A; 4HCK A; 2A37 A; 4FU6 A; 3G4S Q; 3EAE A; 1VQN T; 3GPL A; 3CCJ Q; 2L3S A; 2WSF E; 3I56 A; 1JJ2 A; 1R8O B; 5LJ5 f; 5GAN f; 1QCF A; 3CC7 T; 1R0B G; 3TEE A; 4M75 G; 2KBT A; 2RHY A; 4BB7 A; 1NG2 A; 1VQ6 T; 1HK9 A; 1NPR A; 2E10 A; 2PVD B; 4ORZ A; 3QSU A; 2EQI A; 1AWO A; 1LCK A; 2CKK A; 1K9M C; 1MMD A; 1FX7 A; 3KFV A; 2JMC A; 5LJ3 g; 4PJM A; 1G3T A; 3OSS C; 2DNU A; 1JEG A; 5CVI A; 1B7T A; 2AZV A; 4M77 C; 4OMM A; 3CCM Q; 4BE2 A; 2J6F A; 4RTT A; 1VQ4 Q; 2NUP A; 1ZSZ A; 2JNG A; 1U3O A; 1T3S A; 2FZK B; 2KRO A; 3A8G B; 5CKE A; 5GMK e; 3CPW P; 2JOY A; 3V7S A; 2CZ6 B; 2MMP A; 3LH0 A; 1YIJ T; 3G1J A; 4PLI A; 5FRO A; 3G6E A; 1QVG S; 1Q7Y U; 2CUD A; 4FM4 B; 1J3T A; 4QVD A; 4OB1 B; 2K3B A; 4E7L A; 2EIF A; 3NTK A; 2J6O A; 2QQ9 A; 2EJF A; 5GJV B; 3LW5 E; 1WHH A; 1WYX A; 1BIA A; 3VJP A; 3HPW A; 1W2B A; 4PFP A; 3PIO A; 5CKF A; 4M7A G; 1MUZ A; 5KYY B; 3M56 A; 2E41 A; 1N8R C; 4MMK A; 2ATC B; 3UA6 A; 5EG2 A; 3P8B B; 1NJI C; 2YUQ A; 3DKM A; 3H41 A; 4DA4 A; 1ABO A; 1ZHI A; 2J7I A; 3VRZ A; 4PJO E; 1RL2 A; 1H8K A; 3RDV A; 4R0K A; 4Y91 A; 3CQT A; 3G4S A; 3ZBD A; 3DLM A; 2M9U A; 2DK3 A; 4LDU A; 3CCJ A; 1ZUU A; 1KQS A; 1YHQ T; 1K1Z A; 5GAN 5; 2AKK A; 3RR6 A; 3P8H A; 2DJZ A; 4M7D A; 3MPU B; 1UUE A; 3SFM A; 2LMJ A; 1SSH A; 2VXF A; 2PU9 B; 1SF9 A; 1N9R A; 1PRM C; 4M78 G; 4XU2 A; 1Z9Q A; 1UGR B; 3CCU T; 1YJ9 Q; 1Y0M A; 4V2S A; 1H92 A; 3VYG A; 4AG2 C; 3THK A; 5J3B A; 1K73 C; 4XAX B; 2RQT A; 4E47 A; 4HT9 A; 2W10 A; 1QLY A; 5L23 A; 3QJY A; 2JTF A; 2KVQ G; 4BE1 A; 4F7U A; 3JCM c; 2IPO B; 1AZG B; 1BU1 A; 3FC3 A; 1K73 R; 2ZPB B; 1F1B B; 3AT1 B; 1VIE A; 1K8A C; 4M4Z A; 2ECZ A; 3OW2 S; 4JRQ A; 3CCM A; 3VS4 A; 1I5L A; 4XU0 A; 3KUF A; 2QQR A; 1E6G A; 4LDW A; 2R5M A; 2M0Y A; 4AFS C; 5I21 A; 4J8O A; 2QAS A; 2KGT A; 1N5Z A; 5A0L A; 4RTZ A; 4JRK A; 2FVU A; 5L8R E; 1C0M A; 1Q95 G; 3QDR B; 1SRL A; 4C92 C; 3MKD A; 1CSK A; 3O5Z A; 2PVG B; 3CCR Q; 1OOT A; 1D1C A; 3G71 T; 1YCY A; 2IG0 A; 3JCM f; 4C0G A; 1IXD A; 1VOM A; 2O2O A; 3OYK A; 5HK0 A; 4PJN A; 4FSX A; 4II1 A; 2V1Q A; 4JPB W; 4EPC A; 3LLR A; 1Q82 R; 1V76 A; 1TH7 A; 1KD1 R; 3QWY A; 1SRM A; 1Y96 B; 2E3I A; 2V26 A; 4PJJ A; 2L2P A; 3A98 A; 3CPF A; 3CBO A; 2A7Y A; 2PZ1 A; 4OMO A; 2COW A; 3OMC A; 2SEM A; 5GAO p; 1QP2 A; 2GNC A; 3QO3 A; 1D09 B; 2P0K A; 2SRC A; 3QJ6 A; 3JB9 H; 5GAN h; 1D1A A; 2AHJ B; 4L6V 5; 2F5K A; 3CCS T; 2QDY B; 2D8H A; 5GAN 7; 2EGE A; 1RAA B; 4XK8 E; 2K5F A; 5DLQ E; 3J80 E; 3BY7 A; 2EYZ A; 1M90 U; 2DET A; 5KYW A; 3EG1 A; 3UWN A; 3L2Z A; 4Z02 A; 2EYQ A; 3F70 A; 4C0F A; 1GBR A; 1WXU A; 3X25 B; 2OTJ T; 1HSQ A; 5LJ3 j; 3TCJ A; 1MMG A; 3JAM E; 4JJB A; 4PK4 A; 5KCH A; 1YCS B; 2RK2 A; 2AT1 B; 2NUZ A; 3V7C A; 2RQU A; 3R6N A; 2GF7 A; 1G2B A; 1GBQ A; 4LUE A; 1UE9 A; 3CCR A; 1KC8 U; 3PMT A; 2DXB A; 1XJW B; 3M4G A; 3I5R A; 2C0O A; 2VUB A; 5KYU B; 2QXF A; 3VS1 A; 1KK7 A; 1YIT T; 2KY9 A; 2E6Z A; 4UC4 A; 1Q7Y C; 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