The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
70
|
structure length |
70
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Chain Sequence |
MDETGKELVLALYDYQEKSPREVTMKKGDILTLLNSTNKDWWKVEVKATANGKTYERQGFVPAAYVKKLD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| molecule keywords |
Spectrin alpha chain, brain
|
| publication title |
Study of the structure and dynamics of a chimeric variant of the SH3 domain (SHA-Bergerac) by NMR spectroscopy
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Gallus gallus
|
| total genus |
7
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| structure length |
70
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| sequence length |
70
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-11-07 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JXO A; 4GBQ A; 4Y92 A; 1UJ0 A; 2KGT A; 2W0Z A; 2YUO A; 1LCK A; 1AWJ A; 1ZUK A; 4K11 A; 4RTX A; 2RNA A; 1CKA A; 1SHG A; 1YWP A; 2K2M A; 1PKS A; 3VS7 A; 4D8K A; 4CC7 A; 1H92 A; 5GJV B; 1X6B A; 2ROL A; 4AFQ C; 3M0S A; 2EYZ A; 2SEM A; 2K3B A; 2JS0 A; 3VRY A; 1X6G A; 5IHI A; 2ESW A; 4OMN A; 2NWM A; 2JT4 A; 3IQL A; 1KJW A; 4ZNX A; 2EGA A; 1BU1 A; 2HSP A; 4OMM A; 2CSQ A; 5HCK A; 4E6R A; 2M51 A; 1YCS B; 1PRL C; 1A0N B; 2RPN A; 2JW4 A; 1GBQ A; 3M0U A; 3I5S A; 1W70 A; 2JMA A; 2ED1 A; 2GTJ A; 1AD5 A; 2HDA A; 2KRM A; 2RQU A; 1AVZ C; 2EVR A; 1T0J A; 2J06 A; 1NEB A; 1M3A A; 2LZ6 B; 1B3Q A; 2J6K A; 2KR3 A; 2OI3 A; 2EYY A; 3M0P A; 2FO0 A; 1U3O A; 2DNU A; 1CKB A; 1UUE A; 4LN2 A; 1J3T A; 1WXT A; 3VS2 A; 2J7I A; 4RTY A; 1VYT A; 1SEM A; 1WFW A; 2FG0 A; 3CQT A; 1VYV A; 4EIK A; 5I22 A; 2B86 A; 2DJQ A; 4DEY A; 1NG2 A; 3I5R A; 4AFU C; 3C0C A; 1G2B A; 2CSI A; 2MIO A; 3LH5 A; 1UHC A; 2CT3 A; 3M0T A; 1GFC A; 1JQQ A; 1U06 A; 4Z8A A; 2H8H A; 3QWX X; 1NYG A; 3ULR B; 1KIK A; 4J9H A; 1GL5 A; 2DL8 A; 2J6O A; 4IIO A; 2C0T A; 2JXB A; 1G83 A; 2L3Q A; 2A08 A; 1M30 A; 1I0C A; 1H3H A; 1YN8 A; 2KE9 A; 1Y0M A; 2PZ1 A; 4HVU A; 2AKK A; 4JPB W; 2JTE A; 1MUZ A; 1RI9 A; 2D8J A; 1NEG A; 2IIM A; 3EG2 A; 3VS1 A; 1HSQ A; 4RUG A; 4RTW A; 3H0F A; 3VS0 A; 1ABO A; 2E5K A; 4IIM A; 3R6N A; 2KXD A; 1VYU A; 1HD3 A; 3NHN A; 2CT4 A; 1GCQ C; 2OAW A; 1RLQ C; 2W10 A; 1PRM C; 4RTZ A; 3THK A; 2L2P A; 2MCN A; 2KYB A; 4QT7 A; 5IXF A; 4RTT A; 1OPK A; 3U23 A; 3REA B; 1K0X A; 4OMO A; 4DEX A; 2O31 A; 3EGU A; 1GCP A; 5EC7 A; 2EGE A; 2X3X D; 1JO8 A; 2A36 A; 1MV3 A; 1SHF A; 1GRI A; 2BZ8 A; 1AZE A; 1KSW A; 5L23 A; 2FRW A; 1NLO C; 3A98 A; 2LMJ A; 2ECZ A; 2VWF A; 4JZ3 A; 2L3P A; 5IXB A; 1Z9Q A; 2EW3 A; 2RMO A; 1AWW A; 1SRM A; 2K79 A; 1K1Z A; 3REB B; 3TVT A; 2CRE A; 1OOT A; 2DX1 A; 1NYF A; 1UDL A; 1GFD A; 4HVV A; 2PTK A; 1BBZ A; 2LQW A; 4J9G A; 3I35 A; 1UGV A; 2GNC A; 4HXJ A; 5IHN A; 4R0K A; 1HJD A; 1UTI A; 1BB9 A; 1EFN A; 2QDL A; 1E6H A; 3UAT A; 4CC2 A; 2O2O A; 2DMO A; 2YUQ A; 2HBW A; 1UE9 A; 2RF0 A; 2C0I A; 5I11 A; 1UHF A; 3KFV A; 3NPF A; 1SPK A; 2DL4 A; 5GJW B; 5ECA A; 3EHR A; 4J9C A; 4AFS C; 2YUN A; 5IHK A; 2KRS A; 1ZUY A; 1WXU A; 1YP5 A; 2EKH A; 4AG2 C; 4AG1 C; 1T3S A; 4GLM A; 4J9D A; 2V1R A; 2CH4 W; 2DL5 A; 1WA7 A; 4Z89 A; 2EPD A; 1QKW A; 2BTT A; 3RBB B; 2EBP A; 1X2Q A; 2DBK A; 4J9B A; 2DL7 A; 1ZBJ A; 2CDT A; 2FPD A; 2LQN A; 2HCK A; 2I0N A; 2JM9 A; 3PVQ A; 2DE0 X; 2RN8 A; 1T3L A; 2DIL A; 4HVW A; 1M3C A; 4J9E A; 2D0N A; 5FWC A; 2KEA A; 2GBQ A; 3EG0 A; 3I9Q A; 2AKL A; 1H8K A; 2RQR A; 2YT6 A; 1X43 A; 4Z88 A; 2CH4 A; 2D8H A; 3VS4 A; 1AWO A; 4M4Z A; 3SHW A; 5IH2 A; 4F14 A; 2G6F X; 4J9I A; 1ZLM A; 1AWX A; 2BZX A; 2CUB A; 2MOX A; 2K6D A; 2EGC A; 4F17 A; 2YUP A; 4CC3 A; 3EG3 A; 1CSK A; 2LP5 A; 2CUD A; 4D8D A; 1S1N A; 1W6X A; 2K7A A; 1FMK A; 3H0H A; 3TSW A; 1GCQ A; 1QCF A; 4LUE A; 2DBM A; 3FJ5 A; 3EHQ A; 2HEQ A; 1JXM A; 2ENM A; 2KRN A; 1WLP B; 2AZS A; 3UA7 A; 1N5Z A; 3M0R A; 1I07 A; 4JZ4 A; 3UF4 A; 3UA6 A; 2ABL A; 2V1Q A; 4J9F A; 2A28 A; 1IO6 A; 2F2W A; 2GTO A; 1SRL A; 1U5S A; 2X3W D; 2FRY A; 2GGR A; 4HCK A; 1UFF A; 2O9V A; 1V1C A; 1YWO A; 4FSS A; 2O88 A; 1B07 A; 2DVJ A; 2DRM A; 1NM7 A; 4JJD A; 3NMZ C; 3ZL7 C; 2PNI A; 1WDX A; 1K4U S; 2DF6 A; 2SRC A; 3H41 A; 4RTU A; 1M3B A; 1XOV A; 2FPF A; 1OV3 A; 1WI7 A; 2AZV A; 1X69 A; 4RTV A; 4JJC A; 1ABQ A; 2JS2 A; 1WIE A; 2KRO A; 2NUZ A; 1ZUU A; 2M0Y A; 1E6G A; 2YSQ A; 3VS6 A; 1M27 C; 3VRZ A; 2EYW A; 1K0S A; 4X1V A; 1PWT A; 1YNZ A; 1X27 A; 3H0I A; 2DLP A; 1TG0 A; 1K76 A; 2RQV A; 1M8M A; 1X2K A; 2EYX A; 2KYM A; 1TUD A; 2ED0 A; 2JMC A; 2O9S A; 3PVL A; 1Z9Z A; 1AZG B; 1RLP C; 2GQI A; 2KNB B; 1ARK A; 1TUC A; 2LNH B; 2C0O A; 1ZSG A; 2J05 A; 2XMF A; 3GBQ A; 3PE0 A; 1QLY A; 2J6F A; 1AEY A; 2VKN A; 4OMQ A; 2ROT A; 1PNJ A; 1ZX6 A; 3O5Z A; 2YDL A; 1T0H A; 1Y57 A; 2P4R A; 1MV0 B; 1AOJ A; 2F2X A; 1GBR A; 3TSZ A; 2K9G A; 1VA7 A; 3QWY A; 2L0A A; 3JV3 A; 3VS5 A; 5FW9 A; 1QWF A; 2FPE A; 4LNP A; 2JM8 A; 1NLP C; 3EG1 A; 1SSH A; 1UJY A; 2DA9 A; 4LUD A; 1PKT A; 3NGP A; 2A37 A; 4F16 A; 1K9A A; 2DRK A; 1WYX A; 2FEI A; 2RQW A; 1WX6 A; 2KXC A; 1KFZ A; 5FWB A; 2RQT A; 1FYN A; 1JU5 C; 1RUW A; 2VVK A; 2DYB A; 4OMP A; 1I1J A; 4WCI A; 1UG1 A; 4LE9 A; 4CC4 B; 2DL3 A; 1W1F A; 4ESR A; 2LJ1 A; 3M0Q A; 1JEG A; 2LJ3 A; 4ORZ A; 2LCS A; 2BZY A; 2EQI A; 3SEM A; 1E7O A; 4JJB A; 1BK2 A; 1OEB A; 2OJ2 A; 4OML A; 1QKX A; 4A63 B; 1QWE A; 4AFZ C; 1UEC A; 2AK5 A; 2LJ0 A; 2LX7 A; 1OPL A; 4KRT A; 2L3S A; 3VS3 A; 2D1X A; 2KT8 A; 3RNJ A; 1WXB A; 2KT1 A; 2KBT A; 2F2V A; 2DM1 A; 1PHT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1VQN T; 2JUF A; 1ZUK A; 3VS7 A; 2RNA A; 2CS7 A; 5GJV B; 3A8G B; 1FWZ A; 3J80 E; 4XTZ A; 4FIB A; 2VC8 A; 3CCE Q; 3CCS T; 2SEM A; 2K3B A; 5KH6 A; 2RA2 A; 4QVD A; 1WHM A; 1UGP B; 4O6J A; 5IHI A; 4OMN A; 1K8A C; 1UGR B; 3OA6 A; 2JW4 A; 3HPW A; 3LGL A; 5GAN e; 2D9T A; 2ZPG B; 3I5S A; 1W70 A; 2R57 A; 2GTJ A; 4FSX A; 2HDA A; 2RQU A; 3TU4 K; 2ATC B; 5CQX A; 3X20 B; 3M54 A; 4NS5 A; 1HXD A; 2OI3 A; 3URG A; 1VQ4 A; 2ZPB B; 4BI3 A; 4LN2 A; 3GLX A; 3SWN A; 1J3T A; 2CGH A; 1W2B P; 1ZA1 B; 2DKG A; 2E12 A; 4M75 C; 1YIJ A; 3CPF A; 3JCM g; 2VGM A; 5CCA A; 3EGX A; 4M7D E; 2FZC B; 2YRC A; 1VYV A; 4QVZ A; 2B86 A; 1I5O B; 2KDS A; 2DJQ A; 5I22 A; 1NG2 A; 4C8Q A; 3CD6 A; 1C1A A; 4E7J A; 3RES A; 4M7A G; 2EJF A; 1G2B A; 2CSI A; 2JTM A; 3PMI A; 4BE0 A; 3JCM d; 1U06 A; 2EFI A; 5LJ5 f; 4Z8A A; 2H8H A; 4ZN1 A; 1QVF P; 3ULR B; 1YI2 T; 3C4S A; 1KIK A; 2P0K A; 4L5G A; 4HKE A; 2WSC E; 2FVU A; 2EKO A; 2L3Q A; 2DTH A; 2Y4X A; 4B6M A; 1I0C A; 3CC4 A; 2KE9 A; 4M78 B; 4EMG A; 3G6E Q; 1YBY A; 2LC4 A; 2LDM A; 5GAO r; 2IIM A; 1NEG A; 1GXI E; 3EG2 A; 1NPP A; 2RJE A; 3CMA Q; 4NL2 A; 3VS0 A; 2M16 A; 1VQ6 Q; 2E5K A; 4IIM A; 4M77 D; 5J3B A; 1NJI R; 1VQ7 Q; 1JB0 E; 2CZ0 B; 3THK A; 2RB6 A; 4QT7 A; 1OPK A; 3U23 A; 2QXF A; 2LTO A; 4JRK A; 4F7U G; 5GAO n; 1K0X A; 1VIE A; 1GCP A; 2X3X D; 1JO8 A; 1OX9 A; 2EQM A; 3M58 A; 1SHF A; 3RKW A; 3HFO A; 5GAN 4; 2JZ2 A; 1WHJ A; 4C92 F; 3EH1 A; 4HA8 A; 4M77 A; 2M02 A; 5LJ3 g; 1NLO C; 4DBF A; 1Y07 A; 5CK9 A; 2VWF A; 4E47 A; 3G71 A; 2EW3 A; 2HD0 A; 4ELY C; 1K1Z A; 4KUI A; 2FZK B; 3TVT A; 5KYU B; 4FL6 A; 2CRE A; 5LJ3 d; 1NYF A; 4M75 D; 3A8O B; 4J9G A; 3E1S A; 1UGV A; 4HXJ A; 1Q81 U; 1HJD A; 2WAC A; 4M7D B; 1QVG A; 1K9M R; 5CVI A; 4E7H A; 1VQN Q; 1QVG S; 2LNV A; 1BB9 A; 3UAT A; 4CC2 A; 3CCR Q; 1QCO A; 4KGX B; 2DTI A; 2YUQ A; 2HBW A; 1VQ4 T; 1D3B B; 2RF0 A; 2C0I A; 2CP6 A; 4PJM A; 3V8J A; 2QYZ A; 3KFV A; 2DL4 A; 3CCS Q; 3OYA A; 2KI7 A; 3INZ A; 4J9C A; 1AHJ B; 1YIJ T; 2B8A A; 4M75 A; 3GNF B; 3ZEH A; 4M77 E; 3QHS A; 5CKH A; 4AG2 C; 2XDD A; 1T3S A; 3CD6 T; 5CR2 A; 1D0Z A; 4V2S A; 2E10 A; 1RAG B; 3QPH A; 2E64 A; 1BCO A; 3RBB B; 2DBK A; 2JJ9 A; 3X26 B; 4J9B A; 2CDT A; 2X9H A; 2OTJ Q; 2DE0 X; 3LX7 A; 4MZP A; 6AT1 B; 5D6W A; 4HVW A; 1M3C A; 4L59 A; 1TUG B; 2KEA A; 2GBQ A; 2ZPH B; 2Y4Y A; 3EG0 A; 3OYK A; 3UT1 A; 2HBP A; 3H9N A; 1SF9 A; 1X43 A; 4Z88 A; 3ZBD A; 1K8A U; 3CXC A; 3CC4 T; 3CXC S; 2GF7 A; 3SHW A; 5FLX E; 4MZT A; 2EAY A; 1WPY A; 4F17 A; 4QQ6 A; 3MEU A; 4E7K A; 3AHU A; 2CUD A; 1KHI A; 2L3R A; 4HCZ A; 2K7A A; 2R58 A; 1JJ2 A; 3TSW A; 1OQK A; 1KC8 R; 5KYW A; 2ZPI B; 2E4H A; 1YI2 Q; 2O01 E; 3QG1 A; 3JCM J; 2ENM A; 2KRN A; 1G8X A; 2HQX A; 1N5Z A; 3M0R A; 1O75 A; 1D09 B; 4JZ4 A; 4XQ3 A; 3TEE A; 4KT0 E; 2DXC A; 4J9F A; 1VQM Q; 2F2W A; 1U5S A; 2DIQ A; 1UFF A; 1V1C A; 1YWO A; 2HQE A; 1ZA2 B; 3KUF A; 4LDX A; 4F7U F; 3G71 T; 1NM7 A; 4JJD A; 3PTA A; 2VAS A; 4BDY A; 1WDX A; 1K4U S; 2SRC A; 1M3B A; 4FYY B; 3L1A A; 5GAM j; 3JB9 H; 2FPF A; 1JBM A; 1X69 A; 1LNX A; 3QJY A; 5CKD A; 1M4Z A; 2GFU A; 2LX9 A; 2I2L A; 1H64 1; 1K0S A; 5D6Y A; 5DY9 A; 3S3O A; 3H0I A; 2GFA A; 2MYS A; 2RQV A; 3JB9 I; 4XTW A; 1QW1 A; 2KYM A; 2ED0 A; 2JMC A; 5LL6 S; 1D1C A; 3G6E A; 2RI5 A; 2J6F A; 4FM4 B; 1Y96 A; 2VKN A; 4VUB A; 4C8Q F; 1NBE B; 2ROT A; 1T0H A; 4A54 A; 1MV0 B; 2F2X A; 4M78 C; 3BDU A; 1VQ6 A; 2P4T A; 3TSZ A; 3QWY A; 2P0P A; 1YJ9 A; 2L0A A; 3KBG A; 2KSS A; 5FW9 A; 3TRE A; 1EZZ B; 3OYI A; 1RAH B; 2JTF A; 2LVM A; 1VQ8 Q; 2H3E B; 4LUD A; 3NGP A; 4F16 A; 1K9A A; 2MF2 A; 2DRK A; 4A4G A; 5CO7 A; 1KFZ A; 5FRO A; 2RQT A; 1FYN A; 1JU5 C; 3L2Q A; 2DYB A; 2CYZ B; 4WCI A; 4PJO G; 1W2B A; 4J7I A; 1W2B S; 4CC4 B; 5J39 A; 2EQJ A; 1M1K U; 2XHC A; 5LJ5 j; 1IHV A; 3SEM A; 3KXT A; 4JJB A; 1OEB A; 2QEX Q; 1WGS A; 1QWE A; 4MMK A; 2XKO C; 3OYN A; 1UEC A; 1SG5 A; 1NE8 A; 5IN1 A; 3VS3 A; 2D1X A; 3JRZ A; 1QVF A; 2F2V A; 1QVF S; 3QYG B; 1MMD A; 4GBQ A; 4Y92 A; 2KGT A; 3CCR A; 1AWJ A; 2YRV A; 4RTX A; 3Q1J A; 1PM3 A; 4NL3 A; 1PKS A; 2XG8 D; 1H92 A; 2EWN A; 2HL3 A; 4M7D C; 1X6B A; 3LYI A; 4IUQ A; 4KUD K; 3M0S A; 2COZ A; 4Y91 A; 4PFO A; 2GCX A; 3MPU B; 2JS0 A; 3VRY A; 1X6G A; 1PC0 A; 2RJF A; 2F69 A; 2JT4 A; 3IQL A; 1KJW A; 1BU1 A; 2XU8 A; 3OYG A; 1G3Y A; 1MMG A; 2LCL A; 1OYX A; 1YCS B; 3OQ5 A; 1GBQ A; 3DB3 A; 2DXT A; 3M0U A; 2OTJ A; 2DD5 A; 4XTU A; 3GOX A; 1AD5 A; 4OF1 A; 5KCO A; 4EMK A; 2EVR A; 3H8Z A; 2LZ6 B; 1B3Q A; 1RAF B; 1X01 A; 2EYY A; 4PK4 A; 3M0P A; 1KQ1 A; 3DKM A; 3FJP A; 4ANJ A; 2DIG A; 1U3O A; 1G3W A; 2DNU A; 1UUE A; 3G71 Q; 2H3J A; 4M75 F; 3CCM A; 1PD0 A; 2RHI A; 5GAN 6; 5KYX B; 4RTY A; 3G6E T; 1VYT A; 3HFN A; 5GAN f; 4PFZ A; 2FG0 A; 5C0M A; 1QP3 A; 2C06 A; 3JCM P; 2OTL Q; 1VQ6 T; 2M1H A; 4M78 A; 1Q82 U; 2DAQ A; 3S3N A; 1YJ9 T; 1UHC A; 2CT3 A; 2LQK A; 3QJ6 A; 4M7A D; 1NYG A; 2HL5 C; 2PUO B; 1Q7Y C; 1WJQ A; 3OB9 A; 1GL5 A; 1Y96 B; 2RI3 A; 8AT1 B; 4EMH A; 4IIO A; 4CI0 C; 1VQM A; 5CAI A; 2X4J A; 1KG1 A; 1YN8 A; 2JOY A; 1Y0M A; 4PKC C; 1M8V A; 1KD1 C; 2AKK A; 2VGN A; 4ZTF A; 1Y71 A; 3VS1 A; 3H0F A; 1ZHI A; 1NZ9 A; 2BE7 D; 4M7D D; 3SFM A; 1N9R A; 3HKS A; 2KXD A; 1VYU A; 2E3H A; 3NHN A; 4PJO F; 1RLQ C; 2W10 A; 2M0O A; 4RTZ A; 1MNE A; 3NTK A; 1XQH A; 3M59 A; 8ATC B; 2L2P A; 2MCN A; 3GIB A; 5CKB A; 4C5H A; 1VQ5 Q; 2DET A; 4E7Z A; 5KYU A; 3CCR T; 3REA B; 4DEX A; 4FCY A; 3HRT A; 2EGE A; 4N4G A; 4M77 C; 2YHT A; 2BZ8 A; 1AZE A; 1KSW A; 4M7D A; 5L23 A; 3FIF A; 3FB9 A; 1BI1 A; 1RI0 A; 1D3B A; 4PLL A; 2LMJ A; 1N6A A; 2L8D A; 1MND A; 2YWW A; 4JZ3 A; 4M7A E; 2L3P A; 5IXB A; 3JCM Q; 1M2V B; 3OS0 A; 1AWW A; 2DZ9 A; 2F5T X; 3REB B; 3UPU A; 4BDZ A; 4C0G A; 1WQW A; 1OOT A; 2DX1 A; 2PTK A; 2DXU A; 1BBZ A; 2LQW A; 2EQU A; 2OTJ T; 4LD9 K; 1TXQ A; 2OX7 A; 4YTL A; 3OYL A; 3HL8 A; 4GY5 A; 4PNO A; 3JCM f; 3PIP A; 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