The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
121
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structure length |
121
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Chain Sequence |
GPLGSLGRRWGPNVQRLACIKKHLRSQGITMDELPLIGGCELDLACFFRLINEMGGMQQVTDLKKWNKLADMLRIPKTAQDRLAKLQEAYCQYLLSYDSLSPEEHRRLEKEVLMEKEILEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
Protein Jumonji
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| publication title |
Solution structure of the AT-rich interaction domain of Jumonji/JARID2
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Mus musculus
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| total genus |
31
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| structure length |
121
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| sequence length |
121
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | ARID DNA-binding domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IG6 A; 1C20 A; 1KQQ A; 2EH9 A; 5CEH A; 2JXJ A; 2CXY A; 1RYU A; 2LI6 A; 4LJX A; 1KN5 A; 1KKX A; 2JRZ A; 2RQ5 A; 2OEH A; 5K4L A; 2EQY A; 2KK0 A; 2YQE A; 2LM1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2KZM A; 1N63 A; 1RM6 C; 2MRL A; 2W11 A; 4YMO A; 3PNC A; 3UQ0 A; 2DL0 A; 5CP2 A; 2G0A A; 3RR8 A; 1BPY A; 5CB1 A; 1ZQY A; 3GIK A; 1NK9 A; 3OGU A; 4Y2Q A; 2WFA A; 2IBK A; 1ZRM A; 3AL0 B; 1X2I A; 4M6W B; 5EE0 A; 3PSP A; 3ZDA A; 4XQ8 A; 7ICR A; 2WTF A; 1KFD A; 2YMP A; 2EDU A; 5J0U A; 1LKY B; 3MR3 A; 4F93 B; 3TFR A; 2DF4 B; 9ICI A; 3QZ7 A; 1DK3 A; 1U48 A; 2P66 A; 3RR7 A; 3KHG A; 3ZD8 A; 4QZB A; 1BPE A; 3EPG A; 3EYZ A; 1NJX A; 4BGD A; 3ETL A; 2F77 X; 7ICQ A; 1ZYQ A; 5CJ7 A; 5KFH A; 2RDI A; 1RYU A; 5KFB A; 1TFR A; 2E3T A; 4RNM A; 1A0P A; 1IIP A; 3RJF A; 2P35 A; 4UBC A; 1ZQ1 C; 5DB9 A; 4RPX A; 4J03 A; 5CRX A; 2UVV A; 3T3F A; 1T4G A; 2ZIV A; 4A8E A; 5KTQ A; 2W9M A; 5AM1 A; 3RJI A; 4UAW A; 3QUC A; 1FFV A; 3ALR A; 3IG5 A; 7ICI A; 3QU2 A; 2BCR A; 4DFD A; 5AKH A; 4QZA A; 2N1R A; 3PV8 A; 3RBD A; 1ZQN A; 4JWM A; 3OPX A; 1PVP A; 3CW2 C; 3AN1 A; 2XO7 A; 1KLN A; 4OJO A; 2WF5 A; 3ETR A; 4NXZ A; 5CR0 A; 4C80 A; 4IC9 A; 2KKV A; 4QZ9 A; 3PW4 A; 3RJH A; 4M47 A; 1SV0 A; 1B0X A; 3QYP A; 4QWC A; 3Q8R B; 1T8E A; 1NKE A; 2ASL A; 4B6J A; 4DSJ A; 1U45 A; 4QZG A; 2HVI A; 9ICH A; 4FZN A; 2WAQ F; 3BQ7 A; 3BQT A; 1KTQ A; 1PUZ A; 5CA7 A; 2LM4 A; 4DFP A; 1WCL A; 3LVW A; 2W9C B; 4MF2 A; 2JEG A; 3QU4 A; 3QUB A; 3C5F A; 2HMX A; 1HEK A; 1JI7 A; 1SKS A; 3TAD A; 1F44 A; 4NV0 A; 2ZTC A; 1H38 A; 4J9S A; 1TE2 A; 4BUG A; 4MEX A; 4M9N A; 2KG5 A; 3SEI A; 5HHH A; 1ZD3 A; 2LBO A; 3PW5 A; 2UVW A; 4QZ8 A; 2K4I A; 3GQC A; 4YR3 A; 1S97 A; 3H40 A; 1TAM A; 2LYB A; 5J2A A; 3SI8 A; 4LVS A; 4P4M A; 4M0A A; 4EBD A; 2KEY A; 2Q4T A; 2ES6 A; 8ICC A; 2ZJ5 A; 1N5W A; 2GWS A; 4DFK A; 1P7D A; 3PX4 A; 5KT3 A; 5L1L A; 4F5Q A; 4OJL A; 2ZJA A; 4TUQ A; 3N28 A; 2W7O A; 1XO1 A; 4DCC A; 3DV9 A; 2HOI A; 4M04 A; 1KW4 A; 4R66 A; 2FI1 A; 5AM2 A; 7ICF A; 5HML A; 1JN3 A; 3LYS A; 4EEK A; 2IHM A; 5AIC A; 3L5K A; 1JXL A; 5DB6 A; 1L7P A; 4LJX A; 3BQ2 A; 1NJW A; 5ALO A; 4PH5 A; 1N62 A; 2XY7 A; 2RHF A; 2WF7 A; 1JMS A; 1FFU A; 2RQ5 A; 3UMC A; 9ICJ A; 4J9Q A; 4RQ2 A; 1OUQ A; 2YX8 A; 5AI0 A; 5ALG A; 5HHI A; 2J6U A; 1ZQC A; 8ICS A; 4KLT A; 3D2N A; 1B43 A; 3ZDB A; 2KHV A; 3GIL A; 3QEA Z; 4FO6 A; 1ZQK A; 3KOO A; 2VIX A; 3KZI U; 1OW5 A; 4O3Q A; 3RB4 A; 1ZD2 P; 7ICV A; 2FE9 A; 5K4L A; 5D49 A; 3PY8 A; 2AU0 A; 4NWI A; 3WK7 A; 1MQ2 A; 4ED1 A; 2NRX A; 3PO5 A; 3PW2 A; 2LYH A; 4JB3 A; 3EW9 A; 1D9F A; 2YN4 A; 5ALV A; 2KOB A; 4M9G A; 2OEH A; 5L1J A; 1JIH A; 3IN5 A; 1S5L U; 4PL2 A; 4O3S A; 2YQE A; 2MSN A; 4NY8 A; 1BPB A; 1L3T A; 1NK7 A; 3RRH A; 2ZIX B; 1KL9 A; 1ZQU A; 4Z6F A; 2AH5 A; 5AM4 A; 7ICE A; 2WF6 A; 1ZQV A; 4UAV A; 2IOF A; 2XI9 A; 4DOA A; 1QLN A; 8ICB A; 4J9K A; 3H8J A; 1ED1 A; 4PHA A; 2C22 A; 2DBY A; 1HIW A; 4Y2V A; 4JV2 A; 2PKE A; 4Y2J A; 2KIW A; 4DQI A; 5L9X A; 9ICU A; 5TIS U; 2DKZ A; 2KMD A; 3G6X A; 4MHV A; 5EOZ A; 4F2S A; 4TUR A; 3Q8Q B; 5KG0 A; 1KN5 A; 1RDF A; 3H0L B; 1SZP A; 3N7R C; 1ZQL A; 4JUZ A; 1L5U A; 1HUO A; 3RJG A; 3HJE A; 3CRX A; 9ICL A; 3NVV A; 5AKI A; 2KJ9 A; 7ICP A; 5AI4 A; 2AQ0 A; 4RT3 A; 3DDH A; 1V9P A; 4YN4 A; 2F76 X; 4HAI A; 1ZQM A; 2K4P A; 4P4O A; 4NLK A; 2Z7J A; 4QNL A; 4EZ6 A; 5T14 A; 7ICU A; 3Q8P B; 2H3V A; 4KLS A; 2JGA A; 4Q45 A; 3F53 A; 3J81 j; 1KQQ A; 5J0X A; 2G09 A; 3UXN A; 4UB4 A; 2RRD A; 3NRW A; 3C2L A; 2GO7 A; 3MFI A; 4ECY A; 4K4I A; 1S8O A; 3F2D A; 1QH9 A; 1NZB A; 2YTU A; 4YD1 A; 4XRH A; 1L3S A; 1Z1B A; 5AKK A; 5ALN A; 1UHU A; 4ED3 A; 1NNL A; 2IOH A; 5DBB A; 3C29 A; 4IL6 U; 4PPX A; 2KNJ A; 5J0S A; 4F5N A; 2BQR A; 5J0O A; 3ZDC A; 5L1I A; 3N4M B; 2BQ3 A; 1ZOL A; 5J8Y A; 4R8U B; 2EZZ A; 1S10 A; 2W54 A; 4M9H A; 2W8K A; 2ZTE A; 4YCX A; 2F1H A; 2V4R A; 3BDP A; 2JV3 A; 3I76 A; 4DF8 A; 2KD1 A; 5BPC A; 2HBL A; 1B22 A; 2DWQ A; 5KG7 A; 2BZF A; 4I2B A; 3H4D A; 2Y9U A; 1KBU A; 1JRO A; 4UB6 U; 4YFK A; 3KKA C; 3K4G A; 5DG7 A; 3TAR A; 3HP6 A; 3PW7 A; 3SV3 A; 1NK6 A; 5KFP A; 3A0B U; 5AI6 A; 5KFN A; 3EUB 2; 5KFX A; 5G5H A; 4BWM A; 5KFC A; 3MR2 A; 4CRX A; 2I1Q A; 2NRV A; 3SMV A; 5IIN A; 5J29 A; 4B9U A; 3JPQ A; 4DFM A; 1Z4O A; 3CYM A; 1Z00 B; 2K60 A; 9ICX A; 4O3O A; 3SYZ A; 2W9B B; 1ZD5 A; 1T3Q A; 3H0R B; 3JPR A; 1MSW D; 1KDH A; 4YXJ A; 4QJF B; 5A0L A; 4AYB C; 2NRZ A; 3FAH A; 1XC9 A; 3M9N B; 1KFS A; 2PFQ A; 3OHB A; 9ICE A; 3OJU A; 3NVZ A; 3L3F X; 2Y0S C; 3QU5 A; 4NLG A; 3E2E A; 2KVS A; 1RYR A; 3BS5 B; 1RXW A; 5ALY A; 4CGZ A; 1LV5 A; 2JXJ A; 5KG3 A; 1NKB A; 1MC8 A; 4PJ0 U; 5KT5 A; 4DLE A; 3Q8L A; 2KP7 A; 5ALQ A; 4MFA A; 4OJP A; 5J2I A; 4C8M A; 2WF9 A; 2WF8 A; 1RQL A; 1SGG A; 5DG8 A; 3EZ5 A; 4RT2 A; 2ZIU B; 4KN4 A; 1Z4N A; 4ZH4 A; 3M8R A; 5HNK A; 3N7S C; 3WKB A; 9ICW A; 2FMS A; 3AU6 A; 3WK5 A; 5KFE A; 4OJ5 A; 3Q8S B; 2B21 A; 3EWA A; 3C23 A; 4YMN A; 2ZIW A; 1JX4 A; 3IM1 A; 2B6G A; 5ALJ A; 4F8R A; 7ICN A; 1X9X A; 2DFL A; 1SKW A; 8ICV A; 2BPG A; 5KG2 A; 3V7K A; 2WB1 C; 4F50 A; 1OXJ A; 1PZN A; 4PZN A; 1UCV A; 4QIW C; 1COK A; 4Y2S A; 1URJ A; 4LZG A; 5AIB A; 1JXE A; 3MGI A; 1CUK A; 4IQT A; 2FPM A; 4ED2 A; 1VLB A; 3UQ2 A; 1TK8 A; 1NK0 A; 1S76 D; 5AM0 A; 4Q8F A; 2NO4 A; 4ED8 A; 2VJ4 A; 4Q8E A; 1S0M A; 5J2C A; 2VKQ A; 2PMZ C; 2Y1J A; 4P4P A; 3UM9 A; 5J2G A; 4DOB A; 1SL2 A; 4JK1 A; 4ELV A; 5DQH A; 2QB0 A; 4USA A; 9ICR A; 3HKZ C; 7ICS A; 3K1Z A; 5HR7 A; 2FLL A; 1LVH A; 1MQ3 A; 1BVS A; 3ORY A; 1PK3 A; 2FJ6 A; 2E1E A; 4DSI A; 2F44 A; 2C2D A; 4YXM A; 2D3D A; 1PK1 B; 3JPP A; 2W3S A; 2KV2 A; 4KMO B; 2HHS A; 3AMZ A; 1KKX A; 2ALZ A; 4BWJ A; 3PX6 A; 4C4T A; 5D46 A; 8ICP A; 5KT2 A; 3Q8K A; 2UVR A; 3OHA A; 2GLE A; 2VAN A; 3RFA A; 5ALX A; 2DPJ A; 2JZB A; 4RZR A; 1CI4 A; 2ZXH A; 5BOM A; 4Y2P A; 4P0Q A; 3V72 A; 2EZX A; 9ICB A; 2KHQ A; 5TZV A; 4P2H A; 7ICJ A; 4IR9 A; 3OJS A; 1J2M A; 3LVV A; 3AQE A; 4DOC A; 9ICG A; 2P6R A; 3QX7 A; 2BDP A; 2ISP A; 1QSY A; 3UXO A; 1D8Y A; 2W3R A; 4BXO A; 2AGP A; 3UMB A; 4O0I A; 4GXK A; 5AIA A; 1O08 A; 7ICT A; 1CEZ A; 3S6J A; 5KT7 A; 1ZQW A; 1VJ5 A; 4JV0 A; 5EWG A; 3QU7 A; 4BX9 C; 4IRC A; 3OSP A; 2KJ8 A; 4BDP A; 3N7P D; 1ZQG A; 2HSZ A; 2HCF A; 1VDV A; 4DSF A; 4ECR A; 3ISC A; 5EE9 A; 3ONN A; 3WU2 U; 2Y1I A; 3KTQ A; 1SKR A; 3MBY A; 1ZQZ A; 4I2A A; 2K89 A; 9ICS A; 4F2R A; 5J0T A; 3KHH A; 4Z6D A; 3NAS A; 3M1Y A; 4I2F A; 5L1M A; 2EAP A; 4UAU A; 2DQN B; 2CPR A; 2LI6 A; 4NL9 A; 3H8S A; 1L7N A; 1QSS A; 2NO5 A; 3WKC A; 4LZD A; 3NVW A; 3RB6 A; 2HOF A; 5J0R A; 2I5H A; 4UAT A; 4RQ1 A; 3JPT A; 1X9S A; 3PSI A; 5JTI A; 1L3U A; 1SB3 C; 4OCZ A; 5CWR A; 4PGX A; 5IIJ A; 2VA3 A; 4RNO A; 2JZB B; 5CEH A; 4EEY A; 4P0Q B; 1UQV A; 3B0X A; 5KFD A; 3C1Z A; 4Y2T A; 8ICZ A; 3TKA A; 2ZJ8 A; 2A1A A; 1U4B A; 1YT3 A; 1ZJN A; 4GLX A; 2B0C A; 2FLN A; 2ZIV B; 3BJY A; 5FP0 A; 5ALT A; 2VJ5 A; 4ELU A; 3FDS A; 5B66 U; 5DGB A; 2W8L A; 4CF5 A; 9ICV A; 5ALL A; 4QWE A; 2JH1 A; 3WK6 A; 1QSL A; 3SAG A; 3C5G A; 4I2I A; 2W9A A; 4X5V A; 2IHN A; 1Z19 A; 5KFT A; 1X6J A; 2E5S A; 5ALM A; 4NM2 A; 2EAO A; 4BJQ A; 2FDR A; 3E0F A; 2KK0 A; 2E8N A; 1WUD A; 8ICF A; 2XIC A; 2JEI A; 1Z1V A; 1SL0 A; 2HVH A; 1NZP A; 1K5O A; 3N97 B; 7ICK A; 4TQS A; 4KLL A; 3WKE A; 9ICA A; 4I2D A; 2LPE A; 4DL3 A; 3SD7 A; 4EZ9 A; 1RG6 A; 2MU2 A; 8ICK A; 2F8L A; 4FS2 A; 4O9M A; 5L1K A; 1RZT A; 4RQ7 A; 4ED0 A; 2W43 A; 1XSN A; 4G3I A; 1TK0 A; 2G5H B; 4TUS A; 1Z3E B; 2MUT A; 3QZ8 A; 1ZQJ A; 2HW3 A; 1TAU A; 3WKA A; 1L8O A; 4F91 B; 4YD2 A; 4RQM A; 3TAP A; 1TK5 A; 4KLG A; 4TQR A; 4EYH B; 2E1F A; 4O3N A; 3MAB A; 4Y2Y A; 4YVZ A; 2HBM A; 1JUD A; 2G5I B; 5ALW A; 5AKE A; 3R9K A; 3PW0 A; 1N61 A; 1U9L A; 2O6K A; 3I1Y A; 1M6Y A; 4CE6 A; 3SV4 A; 1ZQH A; 5KFS A; 4QZE A; 3HX0 A; 4GXJ A; 3IRU A; 4OJ6 A; 5KFU A; 2FLP A; 3SZ2 A; 2FMQ A; 1S0O A; 2KTQ A; 3ICX A; 2H3Z A; 4J9O A; 1ZQR A; 2EAM A; 3H0M B; 4Z6C A; 3AU2 A; 2ZUC A; 3M6Z A; 1ZQS A; 5KG5 A; 5KFM A; 4Q44 A; 4O3R A; 2NRT A; 2A1J A; 4RNN A; 1XWL A; 5KT4 A; 2ATL A; 5DLG A; 2ASD A; 1NK4 A; 2BDU A; 4ECQ A; 2OYY A; 5D4B A; 5KAI U; 4DSK A; 2AGQ A; 1TV9 A; 2K4E A; 1RQN A; 5DBA A; 3V6K A; 1BPZ A; 3QXG A; 4M2Y A; 1NK5 A; 2LHT A; 1MA7 A; 3GIJ A; 2PFO A; 1BNP A; 1Q46 A; 5J2F A; 1L3V A; 2XVT A; 3LWL A; 1CRX A; 1ZQO A; 1K1S A; 4J9M A; 5AHX A; 4IRD A; 1T94 A; 2PI5 A; 3QU9 A; 3RF9 A; 3GIM A; 3WK4 A; 4PHE A; 1QQ5 A; 5F9L A; 5C5J A; 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1U49 A; 5F9N A; 2HHW A; 1D8L A; 3BZC A; 3RAQ A; 4DQS A; 4R65 A; 4US8 A; 4UB2 A; 2BR0 A; 3TQ1 A; 5IIK A; 3PX0 A; 2K8A A; 3GFK B; 1ZD4 A; 3UXP A; 3BZK A; 8ICM A; 8ICH A; 2AJQ A; 1T7P A; 1LKY A; 2KN7 A; 4DL2 A; 4I27 A; 4JWN A; 2XCP A; 3RJE A; 5DG9 A; 4KLE A; 7ICG A; 5DLF A; 2R18 A; 4HYK A; 1XU4 A; 4OD0 A; 4FBU A; 2HHX A; 1ZQI A; 5J2J A; 5III A; 1BPD A; 3SAH A; 2ODG A; 2MA1 A; 2EH9 A; 4KLI A; 1J97 A; 4EX7 A; 5AM5 A; 1S77 D; 2BKE A; 2JEJ A; 3RAX A; 4AP9 A; 4WJ3 B; 8ICT A; 3LDA A; 2KE7 A; 5J0P A; 1S0N A; 3MFH A; 1WWV A; 3ZD9 A; 4UB5 A; 3K75 D; 4IQW A; 4C4S A; 3RH5 A; 1T3N A; 4O5C A; 4NJ8 A; 2E8O A; 2HHV A; 3CNH A; 5DB7 A; 4YG2 A; 4UW9 A; 5JUM A; 4F72 A; 3E58 A; 1ZQA A; 1WWU A; 3AEV A; 4KLH A; 4YP3 A; 3HT3 A; 1N60 A; 5ALZ A; 3RH6 A; 2H3I A; 2A3V A; 2V9W A; 1SXE A; 1HJP A; 4B9V A; 2KZZ A; 7ICM A; 5KAF U; 5DBC A; 3NGD A; 9ICP A; 3T5H A; 4GXI A; 4DS5 A; 4F5R A; 3B9J A; 3GDX A; 1UA1 A; 4CF3 A; 3V6J A; 2W9C A; 3T5L A; 3V7J A; 4R64 A; 1X66 A; 4O3P A; 1F0M A; 5HP4 A; 9ICT A; 5AKL A; 3M8S A; 3GV7 B; 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