The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
138
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structure length |
138
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Chain Sequence |
MVMTVRVIAPDKTVWDAPAEEVILPSTTGQLGILSNHAPLLTALETGVMRVRQDREWVAIALMGGFAEVENNEVTILVNGAERGDTIDLEKAKAEFAAAQAALAQAEQGESKQAKIQATQAFRRARARLQAAGGVVEI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
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| molecule keywords |
ATP synthase epsilon chain
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| publication title |
Structural and functional analysis of the intrinsic inhibitor subunit epsilon of F1-ATPase from photosynthetic organisms.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Thermosynechococcus elongatus
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| total genus |
24
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| structure length |
138
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| sequence length |
138
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| ec nomenclature |
ec
3.6.3.14: Transferred entry: 7.1.2.2. |
| pdb deposition date | 2009-03-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00401 | ATP-synt_DE | ATP synthase, Delta/Epsilon chain, long alpha-helix domain |
| A | PF02823 | ATP-synt_DE_N | ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix hairpin bin | ||
| Mainly Beta | Sandwich | ATP Synthase; domain 1 | F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HLD H; 1E79 H; 3VQX A; 2XOK H; 3VQV A; 2Q7G A; 2RJZ A; 2R70 A; 2ZNJ A; 3QTC A; 4CH3 A; 5K1P A; 2PUS A; 4CH5 A; 5DN6 I; 4BW9 A; 2QJ1 A; 2YI9 A; 3FKS H; 2E3C A; 2Q7E A; 2R72 A; 1G6U A; 3ZED A; 3DSQ A; 2YIB A; 3VQY A; 2YIA A; 2ZIO A; 3VQW A; 4CH4 A; 2V7Q H; 1FS0 E; 4Q6G A; 2RQ7 A; 4CS3 A; 2HEP A; 4ZIB A; 2ZIN A; 1BSN A; 4YXW H; 2PGG A; 1AQT A; 2RQ6 A; 2QE7 H; 1O9H A; 4CS2 A; 3OE7 H; 4TQF A; 1O9G A; 4TQD A; 2ZCE A; 2ZIM A; 2ZNI A; 2YIB D; 1H8E H; 4BWA A; 3OAA H; 3OEH H; 4CS4 A; 2XND H; 4ASU H; 1BSH A; 2JVD A; 2E5Y A; 2WSS H; 2Q7H A; 5FL7 H; 3OFN H; 4CH6 A; 3BHP A; 5K1X A; 2YI8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5IDJ A; 2QKS A; 2N74 A; 1R6T A; 2R9A A; 3ZHR A; 2GV9 A; 1S5L Z; 2EIK C; 1YTF B; 1NT2 B; 4BIZ A; 4WFE A; 3K5N A; 1LUV A; 2E74 B; 4PA3 A; 3ZN0 A; 4LF8 O; 4W4L A; 4RQF A; 3IC9 A; 2RNB A; 2CTW A; 3OAA H; 1M93 A; 3SYO A; 1KC8 W; 3R66 A; 1IUR A; 1IBK O; 1GKF A; 4AQY B; 2HVJ C; 1MNG A; 2QM7 A; 3T1Y B; 3RT3 C; 2Q0A A; 2YIA A; 1I94 B; 2Q5Z A; 4LFA B; 2AZ2 A; 2RQ6 A; 2QE7 H; 1I08 A; 4DR2 B; 3UO2 A; 3X2Q B; 3BY6 A; 3M7M X; 1YTF D; 3ABM C; 1VEW A; 1XL6 A; 4PD4 F; 2HJD A; 4ZI7 B; 3OAA G; 3BHP A; 1VIB A; 3A2F A; 1TGO A; 1FXK A; 3RVY A; 1KUQ A; 2CTQ A; 4JAA A; 3M8A A; 4I4T A; 3G4S V; 1K73 W; 4MT8 A; 4DR7 O; 1HNW O; 1PM9 A; 3KCX A; 4YJ3 B; 4BIO A; 4KXR A; 4D6T H; 1GRJ A; 2LW7 A; 4TV9 A; 2PF4 E; 4F6E A; 1OCZ B; 2QE7 G; 2UUC B; 1BSH A; 5L3E A; 2M6Y A; 4N21 A; 5L3G A; 4DK0 A; 2BOC C; 1GN6 A; 5J9P C; 1EN6 A; 2JRI A; 3JCU Z; 4FFB A; 3SYC A; 2XAH A; 1XI1 A; 2PYJ A; 4MVR A; 1DGS A; 1YVW A; 2DQ3 A; 2ZM6 B; 1HNX O; 2UXD O; 1G4Y B; 3ZMT A; 5IY5 C; 1X59 A; 5JVD A; 4LF5 B; 3JAW A; 2QWN B; 2ZE5 A; 2VS0 A; 4PDR A; 5BR8 B; 4MVU A; 4PI0 A; 1DLB A; 5B1A C; 2W6I G; 5JJJ B; 1YDX A; 5KMG A; 1AI6 A; 3FAV A; 4JI7 B; 3WB2 A; 2UXC B; 2ZNJ A; 2PTM A; 3WFV A; 1I5Y A; 3BEH A; 4K8Z A; 5JJE B; 4GLX A; 5KX5 A; 4B3S O; 3CCS V; 2XHB A; 1SQG A; 4U7O A; 3D36 C; 1SS3 A; 3RYC B; 4QPK A; 5IY5 B; 2JIZ G; 3HKE A; 2DWE C; 1Y76 B; 3SJA C; 2AHY A; 5JH7 B; 4BW5 A; 5KAF Z; 2Y0P A; 4DR1 B; 1JJ2 U; 1XNQ B; 2Q73 A; 4E2L A; 4RUF A; 2LFR A; 3W7T A; 2VWJ A; 1BZK A; 5EBW C; 5IJ9 B; 3OEH H; 4I9Q A; 2XND H; 4HBN A; 3JAR B; 2ZKO A; 1BS3 A; 1SQF A; 4O4H A; 5ITZ A; 1VP7 A; 4UVC A; 2QTO A; 4LC1 A; 1S0V A; 2KSD A; 2HHH B; 1H2L A; 2P4V A; 4CC5 A; 5LOV B; 4AQY O; 4CH4 A; 4ZOL A; 1ZSP A; 1K9M W; 4UB6 Z; 2PGG A; 1WP7 A; 1AQT A; 2HVK C; 1O9G A; 3T1Y O; 4B7K A; 1WPX A; 2F43 G; 1I94 O; 2E5Y A; 4LFA O; 2MW2 B; 3D3I A; 3OEH G; 4HNA A; 4DR2 O; 2GUZ B; 1JA8 A; 1BT8 A; 2LFS A; 4OPH A; 1N33 B; 2YC0 A; 3K3W A; 4I0X A; 1KD1 W; 2V4D A; 3ZMZ A; 3P3N A; 3MDS A; 3F7Y C; 3LDD A; 1DTO A; 5DM6 V; 2FYU H; 4KHP B; 4LP8 A; 1IZ3 A; 1IXB A; 1W0K G; 4L87 A; 5H2F Z; 1EZJ A; 1R6N A; 2EZO A; 4R50 A; 1P4R A; 2QDO A; 3ETG A; 4YJ2 B; 2UUC O; 1QVF U; 5E79 Z; 4FLX A; 4XDK A; 1DK1 A; 3SDL A; 4ICG A; 4FVM A; 3K06 A; 4DR5 B; 1TVK B; 3ZBH A; 5LMU B; 4O4I A; 4PHZ A; 2ZM6 O; 4PJ0 Z; 3G71 V; 2QEX V; 2ATK C; 4LF5 O; 3EFF K; 4I50 A; 5FNV A; 3ZRW A; 5BR8 O; 3JAL B; 1R3K C; 3JAS B; 3L73 H; 1YSC A; 2YI9 A; 1AP5 A; 3EHB B; 2IU3 A; 2K1E A; 4JI7 O; 1XQ8 A; 3CJH B; 2UXC O; 3HKC A; 2ZIO A; 2D3O W; 4ABM A; 2RQ7 A; 1MG1 A; 3ABL C; 2HEP A; 1K34 A; 4X62 B; 5GTH Z; 5L3B A; 4YIP A; 1GM9 A; 4JYY A; 2K9P A; 4GX0 A; 4GYC B; 2A9H A; 2Q8V A; 3ETQ A; 1Q43 A; 1Q81 W; 3HKB A; 4LCU C; 3FYE B; 4DUZ B; 1UJW B; 3JAK B; 4DR1 O; 4QIW F; 4DV6 O; 5JQG B; 1XNQ O; 3ZMV A; 1VQ8 V; 1KP3 A; 3BA9 A; 3ABL B; 2UXX A; 2H94 A; 1N4C A; 2BTQ B; 4WF9 V; 1BGY H; 3OUF A; 3ZHT A; 4J7K A; 4RUE A; 2VRZ A; 4QNH B; 2DE0 X; 4FZ0 A; 4ZHQ A; 3SGI A; 2GTA A; 5CA1 A; 1L0N H; 3LNN A; 2HHH O; 2NR5 A; 3HB3 B; 3IJ4 A; 3CCL V; 2LQT A; 1Y74 A; 4IT5 A; 4I5S A; 1K4D C; 3SJC C; 1WPB A; 2VWK A; 1SKV A; 2XAF A; 1YF2 A; 1FFX B; 3CC7 V; 4ZBM A; 3W7S A; 5B1N A; 3JSN A; 1NZ6 A; 3ZED A; 3DSQ A; 1W2B U; 3ZRX A; 1N33 O; 5JWP A; 2OIE A; 2EIM B; 2KG7 A; 3FD9 A; 4H0L B; 5KHH A; 1QR8 A; 1PNL A; 3UQ8 A; 4KHP O; 3E22 A; 3AEI A; 3TGU H; 4N23 A; 3CD6 V; 3SJB C; 4D7T A; 4ASU G; 5FL7 G; 2UXB B; 1XHX A; 3G6B A; 2BCC H; 3AG2 B; 1VQK V; 1QNM A; 5B1O A; 4TV8 B; 5CBH A; 1XRE A; 4PA4 A; 2R9R B; 4GCZ A; 1WNS A; 4J41 A; 4J9Z B; 4JYC A; 3FYI B; 5CBG A; 4NB5 A; 4U3F H; 4DR5 O; 2ZNI A; 5FPO A; 3AG7 A; 1JCH A; 3FB7 C; 4P2Z A; 4F4L A; 5LMU O; 2ARH A; 4JAV A; 4QPJ A; 3TET A; 1YEW A; 3ASN C; 2JS5 A; 1YI2 V; 2E5L B; 1FYJ A; 3UCS C; 2F66 C; 2AXT Z; 4YHH B; 2Q69 A; 5B3S B; 4YY3 B; 2X7R B; 2Z0A A; 2P06 A; 4X62 O; 2YID A; 4H44 B; 2ZE7 A; 1S72 V; 1GM7 A; 3N2G A; 2X6A A; 2WLL A; 4WFA V; 4WFH A; 4B3R B; 1FXV A; 2ETN A; 2RCV A; 1EZV H; 2B1G A; 3ZHQ A; 5IYZ A; 3IAY A; 3AG3 B; 5LXT B; 5KLV H; 4WCE V; 2LGQ A; 3CSX A; 3E8F A; 1L0L H; 4DUZ O; 2YEV B; 4K35 A; 4KP4 A; 5K1X A; 2ZD9 A; 2JS3 A; 3CRC A; 1HNZ B; 4LR3 A; 2KB1 A; 5KHI A; 3G67 A; 3FX7 A; 3DTU B; 1K5S A; 3BAA A; 2GDS A; 1OCO C; 1FXK C; 2P22 C; 2BE3 A; 4J10 A; 4E4E A; 2Q7H A; 4EKW A; 3U11 A; 4G28 B; 1GMG A; 5KUM A; 1NJI W; 1RPR A; 3RYF B; 4NVP A; 4X20 A; 1VQL V; 3N2K B; 2WLI B; 3U10 A; 1OJH A; 5C8Y A; 2P6J A; 1Q86 W; 2JVD A; 1NR7 A; 1I0H A; 1NTK H; 1F23 A; 1OCO B; 4FIP C; 1FXK B; 1PL0 A; 1KYO F; 1RSO B; 4CH5 A; 4PV1 B; 4NKG B; 2WLN A; 1J5E B; 3E8B A; 2UXB O; 2H3O A; 1JR9 A; 1XMO B; 1AR5 A; 3CME V; 4TV9 B; 4CS2 A; 1XUQ A; 1GTO A; 2PI5 A; 4LBE C; 3RFR A; 4TT3 G; 5EIB D; 4CS4 A; 2BSK B; 5LHH A; 1Z2G A; 2YI8 A; 3E86 A; 3UT5 A; 4GT1 A; 1NR1 A; 5CN0 A; 4FFB B; 2QR4 A; 2ZQM A; 4G27 B; 3CRQ A; 2RDC A; 1AI4 A; 1ZAU A; 4U3J B; 5JVD B; 1FS0 E; 4IYI A; 1D5N A; 4PEL A; 3QO5 A; 1NU1 H; 3B2E E; 3CS5 A; 3GVM A; 2E5L O; 3G80 A; 4DUY B; 1M9N A; 3I56 V; 1Q90 D; 4YHH O; 4O4J A; 4O2B A; 4YY3 O; 4MVO A; 2VQF B; 4GKK B; 4WBN A; 1OCC C; 3CB2 A; 3DXR A; 1ORQ C; 3C3T A; 1I7F A; 3AK1 A; 3OR7 C; 1N0N A; 5EK0 A; 5BZB A; 4B3R O; 4YXW H; 4OX9 B; 5IT9 N; 5A9G A; 4GX1 A; 1F7Y A; 4O4L A; 1VF5 B; 1PL4 A; 3W7X A; 2QWR B; 4DW1 A; 3JD1 A; 2YXH A; 4R6Z A; 2FTK A; 3CX5 F; 4LF7 B; 1M1K W; 5IWA B; 3CCJ V; 1TA8 A; 4JF3 A; 1KQS U; 1QVG U; 1Z5W A; 1B6Q A; 4Q20 A; 3D3Q A; 3K0G A; 1VQ4 V; 1HNZ O; 5EYP A; 5B1B C; 3OUS A; 3B4S A; 2EIJ B; 2ITD C; 1THZ A; 3F5T A; 1SZT A; 4X64 B; 5CA0 B; 3OFN G; 4X1I A; 4OXS A; 2ILM A; 2EJ7 A; 3JAT A; 4GX5 A; 2V1D A; 3O9O A; 2X6C A; 2PY5 A; 1AJP A; 4ZOL B; 3VQW A; 3G6E V; 2XAS A; 3CEI A; 1H8E H; 2EIK B; 4X8A A; 5CB4 A; 1HR0 B; 4FLW A; 3ZX6 A; 3HKD A; 4DO2 A; 1ZL8 A; 3VQV A; 2WLH A; 5LGN A; 3BPZ A; 1U96 A; 3AK3 A; 1MZF A; 3IFX A; 4DR6 B; 5E1A C; 3SJQ C; 4JAU A; 2XTA A; 4O2A A; 3TK1 A; 3ZRS A; 1H8H G; 1J5E O; 3JD2 A; 3Q4H A; 4MVS A; 2IJH A; 3W7U A; 1XMO O; 1V55 C; 5GON B; 1H8E G; 4RO2 A; 2HLD H; 3OTF A; 4L8J A; 1XNR B; 4J9Y B; 4UFZ A; 1BE3 H; 2QKA A; 3ABM B; 3ZHS A; 3CCQ V; 2FKX A; 1R3J C; 2WPD G; 3OEE G; 2Y69 C; 4JI2 B; 2WWW A; 4PA7 A; 3K59 A; 4X1K B; 5BMV A; 3T4D A; 4D7S A; 1R3I C; 1WA8 A; 4DRX B; 4MTF A; 1L8D A; 4LNU A; 2XT9 A; 3STZ C; 1XIL A; 1VQN V; 4UCO A; 4DUY O; 3E2E A; 1S5H C; 1IBL B; 5LA6 A; 4H33 A; 4JYB A; 2JJ2 G; 2YIB A; 4I55 A; 3CCE V; 2VQF O; 4GKK O; 3IC7 A; 4FJC C; 3U0Z A; 3JCZ A; 4IIJ A; 1JMK C; 1YZB A; 4B3T B; 1SA0 A; 4JTD B; 5JJN B; 2O57 A; 2LO1 A; 3F7V C; 1K7D A; 4OX9 O; 3H01 A; 4AIL C; 1FFT B; 1NTM H; 2PI4 A; 1H2G A; 2YSU B; 5B1A B; 4MS2 A; 1GN2 A; 5EZY A; 1RM1 C; 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