The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
GSSGSSGRLLDLENIQIPDAPPPIPKEPSNYDFSGPSSGIEGRGSSGSSGSSGSSGDKERHGVAIYNFQGSGAPQLSLQIGDVVRIQETCGDWYRGYLIKHKMLQGIFPKSFIHIKEVT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
Engulfment and cell motility protein 1, linker, Dedicator of
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| publication title |
The solution structure of human DOCK2 SH3 domain - ELMO1 peptide chimera complex
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens, synthetic, homo sapiens
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| total genus |
10
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-10-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2O31 A; 4X1V A; 4CC3 A; 2AZS A; 2AK5 A; 1K9A A; 1AEY A; 1AZG B; 1JXM A; 2KT8 A; 2FRY A; 5GJW B; 5GJV B; 2M0Y A; 1VYU A; 2GBQ A; 2X3X D; 1SHF A; 2YUQ A; 4GLM A; 1GCP A; 2L0A A; 1BU1 A; 2MIO A; 2RQV A; 3I35 A; 5HCK A; 1X6B A; 5ECA A; 1X6G A; 1ZSG A; 2EBP A; 2V1Q A; 3SHW A; 2K2M A; 2LZ6 B; 1X69 A; 2FPF A; 4IIM A; 3UA7 A; 2FEI A; 1N5Z A; 4OMP A; 2LNH B; 2PTK A; 4F17 A; 3UA6 A; 4OML A; 1ABQ A; 1T3L A; 1X2K A; 2DL3 A; 1H92 A; 2J6O A; 3ULR B; 2EPD A; 1WXU A; 2CH4 A; 2LJ0 A; 2EYW A; 2JS2 A; 4J9E A; 2SRC A; 2KRM A; 3REB B; 3C0C A; 3UF4 A; 2C0I A; 1W70 A; 2ENM A; 4RTT A; 1E6G A; 2ECZ A; 3M0R A; 1AWX A; 1GBR A; 2RN8 A; 4LUE A; 4J9G A; 2ED0 A; 4J9B A; 4OMM A; 1AWO A; 3EG2 A; 4AG2 C; 2EKH A; 2LJ3 A; 1M27 C; 1NEG A; 1K1Z A; 1PWT A; 2A36 A; 5FWB A; 3TSZ A; 1YWP A; 4CC4 B; 2D8H A; 1J3T A; 1T0J A; 4ORZ A; 2EYZ A; 2D0N A; 1KFZ A; 2J05 A; 2DA9 A; 2DF6 A; 3FJ5 A; 2KR3 A; 2DRM A; 1WXB A; 1SRL A; 2JM8 A; 2SEM A; 2GTJ A; 1NM7 A; 2GTO A; 4FSS A; 4J9D A; 1NYG A; 2EGC A; 3M0P A; 1UEC A; 3PVL A; 2L2P A; 1PHT A; 4F16 A; 1KIK A; 2J6K A; 2FRW A; 2DBK A; 4LN2 A; 2HDA A; 2KNB B; 2EYY A; 4KRT A; 3THK A; 1IO6 A; 2K9G A; 1H3H A; 3IQL A; 2K79 A; 2BZ8 A; 3O5Z A; 1YCS B; 5IHN A; 1HJD A; 1K0S A; 1CSK A; 3RBB B; 1V1C A; 1GFC A; 2ROL A; 5I11 A; 5L23 A; 2YSQ A; 1AWW A; 2GNC A; 1VA7 A; 4GBQ A; 2C0T A; 3H0F A; 4AFS C; 4LNP A; 4AG1 C; 1FMK A; 1K0X A; 4AFZ C; 4JZ3 A; 1W1F A; 2RQW A; 1ZX6 A; 2LP5 A; 1NYF A; 4OMQ A; 1UE9 A; 2EYX A; 2RPN A; 4D8D A; 1I0C A; 3TSW A; 4HVW A; 2DNU A; 2EQI A; 4RTW A; 2A08 A; 2D1X A; 2J7I A; 1WX6 A; 3GBQ A; 2ROT A; 1PKS A; 1QCF A; 1SPK A; 1S1N A; 4JZ4 A; 3M0U A; 3VRY A; 2D8J A; 2YUP A; 2DVJ A; 2EGE A; 4E6R A; 3H0I A; 1OOT A; 2DRK A; 1E7O A; 2JMC A; 2W10 A; 1T3S A; 1MUZ A; 4J9F A; 2QDL A; 1PNJ A; 1VYV A; 2MOX A; 2DX1 A; 1TUC A; 1KJW A; 5IHI A; 2CUB A; 1WYX A; 1RUW A; 2IIM A; 3M0Q A; 1K76 A; 2DL8 A; 2RQU A; 1E6H A; 4RUG A; 1YWO A; 2DJQ A; 5IHK A; 1M8M A; 2RNA A; 2YUN A; 1ABO A; 1UG1 A; 2ED1 A; 4JJD A; 2DE0 X; 1I07 A; 3EGU A; 3VS1 A; 2CUD A; 2FPE A; 3RNJ A; 4OMN A; 1T0H A; 1GRI A; 1W6X A; 5IXB A; 2KGT A; 1JQQ A; 3CQT A; 3EG0 A; 3VS5 A; 3QWY A; 2JS0 A; 2O9S A; 2K7A A; 2KXD A; 2JT4 A; 4R0K A; 4HCK A; 1PKT A; 1CKB A; 1JU5 C; 1PRL C; 2VVK A; 2JTE A; 2KBT A; 4ESR A; 1RI9 A; 1TG0 A; 1U3O A; 4AFU C; 2K3B A; 1I1J A; 1ZLM A; 2JXB A; 2B86 A; 1BK2 A; 1WDX A; 2H8H A; 1UDL A; 1UTI A; 2O2O A; 3I9Q A; 1UFF A; 1U5S A; 2KEA A; 3UAT A; 2LQW A; 4F14 A; 1BB9 A; 2ABL A; 2XMF A; 3VS3 A; 1UUE A; 1WI7 A; 2CSI A; 2KXC A; 1UGV A; 2BZY A; 2KRN A; 4J9I A; 2LJ1 A; 1SRM A; 2RF0 A; 1M3B A; 1G83 A; 2DLP A; 3PE0 A; 1OPL A; 1JEG A; 2F2V A; 4D8K A; 4Y92 A; 3U23 A; 2A28 A; 3H0H A; 2CDT A; 2NUZ A; 2CT3 A; 4HVV A; 1ZUK A; 1B07 A; 1ZUU A; 4EIK A; 2RQT A; 1NLP C; 1EFN A; 2K6D A; 2OAW A; 1A0N B; 4LE9 A; 1WA7 A; 2KYM A; 4RTY A; 2C0O A; 1QKX A; 3A98 A; 4HXJ A; 1GL5 A; 3JV3 A; 5I22 A; 2O9V A; 5FWC A; 2KE9 A; 1NEB A; 2PNI A; 4CC7 A; 3EG1 A; 1GCQ A; 1B3Q A; 2YDL A; 2O88 A; 4DEX A; 2BTT A; 1HD3 A; 3SEM A; 1CKA A; 3VS6 A; 3M0S A; 2AKK A; 4HVU A; 2V1R A; 1BBZ A; 1XOV A; 3M0T A; 5IXF A; 3I5S A; 1X2Q A; 5IH2 A; 4Z89 A; 2LX7 A; 1YN8 A; 2G6F X; 2P4R A; 4LUD A; 2KRO A; 1GFD A; 1JXO A; 1KSW A; 2F2W A; 1ZUY A; 4Z88 A; 1QWE A; 3PVQ A; 4QT7 A; 1Z9Z A; 2GQI A; 1WXT A; 2CRE A; 1UHC A; 1FYN A; 3VS2 A; 4RTU A; 1HSQ A; 1UJ0 A; 1SSH A; 1QWF A; 4OMO A; 2CH4 W; 2F2X A; 1JO8 A; 1X43 A; 2LQN A; 1YP5 A; 2DIL A; 2CT4 A; 1PRM C; 2A37 A; 2M51 A; 2J06 A; 2E5K A; 2J6F A; 2DBM A; 1M3A A; 2OJ2 A; 1K4U S; 1GCQ C; 4AFQ C; 2I0N A; 2HSP A; 3H41 A; 1NG2 A; 1OPK A; 2DL5 A; 2JM9 A; 2JW4 A; 1TUD A; 1AOJ A; 1WLP B; 1OEB A; 3QWX X; 4Z8A A; 2MCN A; 2OI3 A; 1M30 A; 3VRZ A; 4WCI A; 2BZX A; 1G2B A; 2FG0 A; 2JMA A; 2HEQ A; 2RQR A; 1OV3 A; 4JJB A; 2AZV A; 1UJY A; 3VS7 A; 2VKN A; 4K11 A; 2L3S A; 2YT6 A; 4M4Z A; 1MV3 A; 2KT1 A; 4IIO A; 1Z9Q A; 4CC2 A; 1QLY A; 1U06 A; 1Y0M A; 1AZE A; 4DEY A; 2EW3 A; 4JPB W; 4ZNX A; 3R6N A; 1SHG A; 5FW9 A; 3NHN A; 2EGA A; 1WFW A; 1NLO C; 1UHF A; 2AKL A; 1Y57 A; 1AD5 A; 2DMO A; 5EC7 A; 3EHR A; 3NPF A; 3NMZ C; 1AWJ A; 2DYB A; 4J9H A; 1AVZ C; 4RTV A; 1X27 A; 3REA B; 4A63 B; 2DL7 A; 2L3Q A; 2FO0 A; 4RTZ A; 4JJC A; 2YUO A; 1SEM A; 2HCK A; 1YNZ A; 1ZBJ A; 1RLQ C; 2LCS A; 3VS4 A; 3LH5 A; 2FPD A; 4J9C A; 2HBW A; 2CSQ A; 1MV0 B; 1RLP C; 3TVT A; 2DM1 A; 2L3P A; 2DL4 A; 3NGP A; 2ESW A; 2LMJ A; 3EHQ A; 2VWF A; 2KRS A; 3I5R A; 2RMO A; 3VS0 A; 2KYB A; 1M3C A; 1GBQ A; 2PZ1 A; 4RTX A; 3KFV A; 3EG3 A; 1QKW A; 2EVR A; 3ZL7 C; 1VYT A; 2NWM A; 1LCK A; 2GGR A; 1H8K A; 1ARK A; 2X3W D; 2W0Z A; 1WIE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1LVK A; 1BCO A; 4CC3 A; 5CAI A; 2AZS A; 2AK5 A; 3G71 A; 5DM7 R; 1PC0 A; 1WHL A; 5GAO n; 4BE0 A; 1S72 Q; 1JXM A; 2KT8 A; 1IRX A; 2FRY A; 5GJW B; 3EG9 A; 5GJV B; 4OB0 B; 5J3B A; 1BU1 A; 1X01 A; 4Y28 E; 4PJO D; 4QW2 A; 4II1 A; 5FLX E; 4ATO A; 5DLQ E; 5GAN d; 3G6E T; 4WF2 A; 3CCS T; 1RAC B; 2HQX A; 3X26 B; 4X9C A; 2PTK A; 5FU6 C; 4F17 A; 5GAM d; 3UA6 A; 5CK9 A; 2P0K A; 3JAM E; 1Q81 C; 2WSE E; 4L59 A; 2K5F A; 3QZ5 B; 4IUU A; 2LJ0 A; 2EYW A; 1V76 A; 3BFM A; 4E47 A; 3CCR A; 4J9E A; 3QHS A; 4FYY B; 4KGV B; 1IHW A; 5GAM f; 1E6G A; 2AIR B; 2HD0 A; 2ECZ A; 3VJP A; 1AWX A; 4LUE A; 3TQ7 P; 1VQ7 T; 2ED0 A; 4J9B A; 3QII A; 5D6X A; 1YJW T; 4AG2 C; 3CC2 A; 2ZPF B; 2Y4X A; 3SWN B; 1K1Z A; 3C4S A; 3TSZ A; 1M8V A; 1YWP A; 2RJF A; 4ZGD B; 1VQP A; 4F7U E; 2COY A; 1J3T A; 4P5N A; 1SF9 A; 1YBY A; 2XU8 A; 4OGC A; 3CCL Q; 2DET A; 5I21 A; 4C8Q E; 3V7S A; 3OYN A; 2RH2 A; 3LGF A; 3FJ5 A; 1Q86 U; 3CC7 T; 2IVW A; 2SEM A; 2E70 A; 1G8X A; 5CKE A; 2GTO A; 4KGZ B; 4PJO F; 1Q7Y R; 1NYG A; 2MAM A; 2A0F B; 5GAN 6; 2E3H A; 1VQM T; 3JB9 D; 2HAX A; 3I55 Q; 1VQ5 Q; 1YI2 Q; 2OX7 A; 2DBK A; 4PKC C; 1MGQ A; 2HDA A; 8ATC B; 4KRT A; 1LJO A; 3MEW A; 3ZFJ A; 4M78 G; 2X51 A; 4IUT A; 4PJO B; 2RJC A; 2L3R A; 1IO6 A; 3DLL A; 2VYT A; 4M77 D; 5L8R E; 3FC3 A; 1YCS B; 3KXT A; 3CBP A; 1K73 R; 1K0S A; 4HKE A; 3PT9 A; 1V1C A; 1K8A C; 5I11 A; 3OSV A; 5FU7 C; 3H8Z A; 2GNC A; 3J80 E; 2PVD B; 1HYO A; 2CYZ B; 4AFS C; 1KQ1 A; 5GMK m; 2QQS A; 4AG1 C; 2DFU A; 1K0X A; 4JLI A; 5GMK h; 1H3Z A; 3MEV A; 2ZGW A; 4JZ3 A; 2KQW A; 2WSC E; 2LP5 A; 4OMQ A; 5KYX A; 4IUR A; 1FXX A; 2RPN A; 5C0M A; 4X9D A; 3TSW A; 1H64 1; 2DNU A; 2QTX A; 2D1X A; 3S6W A; 3GBQ A; 3CCL A; 1FMW A; 3M5A A; 3CD6 A; 2O4X A; 2HQH A; 2ZCF B; 3VUZ A; 3M0U A; 2NUT A; 1R8O B; 3MEU A; 3P8D A; 2YUP A; 4E6R A; 7AT1 B; 3M55 A; 1ZBX A; 2CS7 A; 4XTU A; 1YJ9 A; 1MUZ A; 3JB9 F; 2JTF A; 1VYV A; 1ZSZ C; 3TRE A; 4F7U A; 3CC4 T; 1KJW A; 1VQ4 A; 5IHI A; 1VQ5 A; 2DER A; 1WYX A; 2QAZ A; 3O8V A; 4QQD A; 3L2U A; 2M9U A; 3CCU Q; 1YJN A; 1RUW A; 4C8Q A; 2QDY B; 2HQE A; 2DJQ A; 4HCB A; 5IHK A; 1TXQ A; 4M77 F; 1Q81 R; 1ABO A; 4MZM A; 3OB9 A; 3V8J A; 2ED1 A; 4JJD A; 2QEX Q; 2CUD A; 2DK3 A; 3RNJ A; 2NLU A; 3MP1 A; 2XKO C; 1W6X A; 8AT1 B; 4M75 C; 2DO3 A; 3CQT A; 2QA4 T; 4XAX B; 2JS0 A; 1TWB A; 2QQB A; 2RHU A; 4M77 B; 3BW1 A; 2VVK A; 4ESR A; 4KH1 B; 1RI9 A; 1TG0 A; 4EDU A; 2E4H A; 2LX9 A; 3MHX A; 2F5T X; 4AFU C; 4CRI A; 3LYI A; 1EIF A; 1D09 B; 1I1J A; 2QQR A; 1W2B P; 3I9Q A; 1YIJ Q; 2YWW A; 4C92 C; 1KC8 C; 1C6V X; 2RK2 A; 5DLO A; 1BB9 A; 3JCM c; 4XQ3 A; 2LT1 A; 4Z02 A; 1M1G A; 3OYF A; 3VS3 A; 1WI7 A; 1KHI A; 4B6M A; 1VQO A; 4BE1 A; 4LD6 A; 3G6E Q; 2MK5 A; 1QVF S; 1P92 A; 1MMG A; 1G83 A; 2DLP A; 2RK1 A; 3CCS Q; 2F2V A; 2MF2 A; 2EQM A; 2DZ9 A; 2LCL A; 3PIO A; 3G71 T; 3QXE B; 2CT3 A; 3I56 A; 3UDC A; 1VIF A; 1ZUU A; 4EMK B; 2K4Y A; 1MMD A; 3LX7 A; 1A0N B; 1WJR A; 4HCZ A; 2KYM A; 2M0O A; 1QKX A; 1Y07 A; 1M90 U; 2L8D A; 4GLK A; 1B7T A; 2O9V A; 5FWC A; 4L5G A; 1NEB A; 4CC7 A; 3WVE B; 1IGQ A; 1VQK A; 1VQ7 Q; 1HD3 A; 3SEM A; 4RCB A; 3VS6 A; 2F69 A; 4LDW A; 3EGD A; 2IG0 A; 2AKK A; 1IHV A; 1QP3 A; 1BBZ A; 1K8A R; 5IXF A; 5IH2 A; 1GFD A; 3SWN A; 3OSS C; 1KSW A; 4PFO A; 4FYW B; 2O01 E; 4Z88 A; 3PTA A; 3CME A; 2CRE A; 4M7A D; 1FYN A; 3JCM V; 3CPW A; 3CC7 Q; 2CP6 A; 2XDB A; 4RG2 A; 4JRQ A; 3CCJ A; 3OQ5 A; 1QWF A; 2VB6 A; 3JCM Q; 1WHM A; 1JO8 A; 1YIT T; 3CMA Q; 2JTM A; 2XDP A; 1N8R C; 2M51 A; 2J06 A; 4PK4 A; 1U1S A; 3P8B B; 4RCC A; 3EG9 B; 4ME7 A; 2ZPB B; 1BYM A; 1S72 T; 2E41 A; 1UGP B; 5D7U A; 1TUD A; 2RI2 A; 1AOJ A; 2E1H A; 4HT9 A; 4Z8A A; 2DJZ A; 1XQH A; 1M30 A; 3SWN C; 2HEQ A; 2NUP A; 2GCX A; 1QVP A; 2AZV A; 3CXC P; 1KHC A; 3VS7 A; 1W2B A; 1VQ9 A; 4K11 A; 2YT6 A; 4J6X A; 4M4Z A; 2DPP B; 3CCE A; 1C1A A; 5AT1 B; 3QYH B; 1QLY A; 4ANJ A; 5GMK j; 2P0Q A; 2E3I A; 1U06 A; 1VIE A; 3L2R A; 4DEY A; 3HL8 A; 3HP9 A; 2HL3 A; 3R6N A; 4A4H A; 3DB3 A; 2DEQ A; 3M59 A; 3NHN A; 3CBO A; 2XD0 A; 5LJ5 f; 2JZ2 A; 1LNX A; 5LJ5 g; 1BCM A; 4J9H A; 3BY7 A; 1I5L A; 2DD5 A; 2JOY A; 4DOV A; 1WNL A; 2BE9 B; 2HSE B; 2HCK A; 2YHT A; 5IT9 E; 1RLQ C; 3QDF A; 3LH5 A; 2FPD A; 3QPH A; 1I8F A; 1NJI C; 2CSQ A; 2L3P A; 3OW2 P; 4PJO C; 4KUI A; 3X20 B; 5LJ5 h; 2K57 A; 3VS0 A; 3CCL T; 1M3C A; 2PZ1 A; 2EVR A; 4C0D B; 3ZL7 C; 3CD6 T; 1YHQ Q; 2NWM A; 3RKX A; 4C0G A; 2YXY A; 2O31 A; 4AMC A; 1MMA A; 3N5B B; 3MO8 A; 1BI3 A; 2PQW A; 4E7K A; 1BI0 A; 2CP3 A; 2RA2 A; 3M58 A; 5I2S A; 1KQS P; 2EKO A; 2DAQ A; 2ATC B; 2QA4 Q; 2X3X D; 2L0A A; 2RQV A; 5HCK A; 1VQ5 T; 1YI2 T; 1RAA B; 1X6G A; 1ZSG A; 2FPF A; 3UA7 A; 2MWO A; 2FEI A; 3OYK A; 3MP6 A; 3CCM A; 2LNV A; 3DB4 A; 5EG2 A; 3CCQ A; 2OTJ A; 4PJM A; 4OML A; 4ZGJ B; 1X2K A; 2DL3 A; 3QKJ A; 4C5E A; 3ULR B; 2HL5 C; 2EPD A; 1WXU A; 5HY6 A; 4JS5 A; 2JS2 A; 3OYB A; 2ZZD A; 1D0X A; 3C0C A; 1B34 A; 1W70 A; 3M0R A; 1JJ2 A; 3VUB A; 1JJ2 S; 1G3T A; 3FEO A; 3G71 Q; 2EJ9 A; 3CXC A; 1AWO A; 2CZ0 B; 4F7U F; 1OU9 A; 1RAD B; 2EKH A; 1NEG A; 2KAF A; 3J81 E; 3S3O A; 1D0Z A; 2NUT B; 1Q86 R; 3OS0 A; 2LTO A; 2VGM A; 4C8Q F; 2D8H A; 1T0J A; 1RAI B; 4ORZ A; 2EYZ A; 2J05 A; 1D3B A; 2DA9 A; 2GFU A; 3PMI A; 4M77 C; 2DF6 A; 4F7U B; 3JCM b; 2DRM A; 2KR3 A; 2AHJ B; 4FL6 A; 1M90 C; 2LDM A; 4C8Q B; 3URG A; 5LJ3 h; 2E6Z A; 2AT1 B; 3CCR Q; 1KD1 C; 1UEC A; 3PVL A; 4FT2 A; 1MHN A; 2DTO A; 1PHT A; 4JUV A; 5J39 A; 4M7A E; 3JSC A; 1V29 B; 3HSB A; 2QEX T; 5KCH A; 2FRW A; 3OS2 A; 2KNB B; 1VQK T; 1TH7 A; 1QVG A; 3SFM A; 1TU0 B; 3CC2 Q; 2NYS A; 2EQJ A; 1U1T A; 1KC8 U; 1G5V A; 2K79 A; 4EMK C; 1HJD A; 3S3M A; 3GLX A; 3RBB B; 1VQP Q; 3JCM W; 2D9T A; 2RHX A; 3OYL A; 1JBM A; 1AWW A; 4MML A; 2KI7 A; 1VA7 A; 3H0F A; 4LNP A; 2RJD A; 1YIJ T; 5CKF A; 1FMK A; 2E5Q A; 4AFZ C; 4BDZ A; 4N0A A; 1I81 A; 4XU2 A; 4J83 A; 1ZX6 A; 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