The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
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| publication title |
Structures of tRNAs with an expanded anticodon loop in the decoding center of the 30S ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
25
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4X64 K; 4DV4 K; 4GKK K; 4LFC K; 4LF8 K; 1IBL K; 4DV2 K; 3J81 O; 1N34 K; 4DR2 K; 4CVN E; 3J7Y P; 4YY3 K; 5LMU K; 4DUY K; 4DV7 K; 4JI8 K; 4B3S K; 4JV5 K; 4JI6 K; 4LF4 K; 1XNQ K; 4LF9 K; 4B3T K; 2UUC K; 4NXM K; 2E5L K; 4K0K K; 4JI5 K; 4DV0 K; 4NXN K; 4LFB K; 4AQY K; 4JI3 K; 2UXB K; 1N36 K; 5A2Q O; 5FLX O; 4JI1 K; 5LL6 Z; 4JI2 K; 2UUA K; 1N32 K; 2VQF K; 5IWA K; 3OTO K; 4JI7 K; 1IBK K; 1XMO K; 4DV3 K; 3J7A P; 1HNW K; 4LFA K; 1I94 K; 4B3M K; 2F4V K; 2HHH K; 4DR6 K; 4DV5 K; 1HNZ K; 4X65 K; 1XNR K; 4B3R K; 4JI4 K; 1HR0 K; 2UXD K; 4LF6 K; 5BR8 K; 2UUB K; 4DV6 K; 4X62 K; 4X66 K; 4LF5 K; 5LMN K; 4DR3 K; 5AJ3 K; 4DV1 K; 4DR4 K; 1IBM K; 4DR5 K; 4YHH K; 5IT9 O; 4DR1 K; 4GKJ K; 4DR7 K; 4OX9 K; 1J5E K; 1XMQ K; 4KHP K; 4JI0 K; 1HNX K; 4JYA K; 4DUZ K; 3J80 O; 4CW7 B; 3T1Y K; 4LF7 K; 1N33 K; 2UXC K; 2VQE K; 3T1H K; 2ZM6 K; 4V19 S; 1FJG K; 2UU9 K; 3JAM O; #chains in the Genus database with same CATH topology 3EE8 A; 4KAZ A; 1X3M A; 3QDK A; 4LFC K; 3C0B A; 1Z26 A; 5J2P A; 3DXK B; 2ZQB A; 3NMU A; 4DSL A; 3TAF A; 3SBG A; 5TKW A; 4DR2 K; 3VF6 A; 3V4I A; 4XH4 A; 2PYJ A; 4FWQ A; 1OVQ A; 4CJ5 A; 1ATN A; 2P9U A; 3TSP A; 3O3G A; 3H3N O; 4BRF A; 1GOA A; 4H0Y B; 4JD2 A; 5JLF A; 4DU1 A; 3DLK A; 1J6Z A; 4OLB A; 2W6K A; 3CJC A; 4CED A; 4LFB K; 5FRO A; 3L8B A; 3P4I A; 3OYG A; 2IDO A; 1JL2 A; 4YOR A; 4JKD A; 3LDO A; 3AVF A; 3WUH A; 4IJA A; 1WOQ A; 4WQ5 C; 1IKY A; 4KTW A; 4E3S A; 3MN5 A; 2QEX N; 1RCH A; 4N47 A; 1IH7 A; 2E6M A; 1EWR A; 3QB0 A; 3GOI A; 2QTD A; 3WXK A; 3SJJ A; 3C7N B; 4PKG A; 4CHY A; 1WSI A; 2AP1 A; 3WEE B; 4O4G A; 3O80 A; 2YNG A; 1TGO A; 1SUQ A; 2W40 A; 5AZI B; 1BWF O; 3HVT A; 3E9L A; 1ZYQ A; 4JKC A; 3NHG A; 3ZX0 A; 4H0X B; 2UUB K; 2I5J A; 4H4M A; 1RDW X; 3LAL A; 1VQO N; 3ZLJ A; 4DR3 K; 4GNI A; 5HP1 A; 1T6C A; 1Q7Y O; 4FWM A; 4J2E A; 1C0G A; 4CEQ A; 3VQ4 A; 3A5L C; 4FVU A; 5K14 A; 1JXE A; 4LSL A; 1CZA N; 2VCP A; 4CEO A; 4KHP K; 1BOT O; 3W0L A; 1TL3 A; 5AQL A; 1WBD A; 4OGC A; 4GW6 A; 4MFB A; 3OHR A; 3AVN A; 3A5M C; 3V9S A; 1VK0 A; 1JXB A; 3QIP A; 1KVC A; 3ENH A; 1N33 K; 3H6E A; 1NGC A; 4DQ8 A; 4FCY A; 3ITH A; 3DI6 A; 1HKB A; 4IOX A; 3QNN A; 4OVL A; 2OTL N; 3AVG A; 4FW2 A; 4DCH A; 4A2A A; 2Q97 A; 2FXU A; 2NNW A; 3LDP A; 5I3U A; 2DFH A; 3OYI A; 2CGL A; 1YVN A; 1KVA A; 1HMV A; 4H5T A; 3VGK A; 4E1M A; 1NBW A; 4CVN E; 4ICL A; 4HTU A; 4KHU A; 1IV0 A; 3MWP A; 1WAF A; 1CXQ A; 1S1V A; 3NGY A; 2XY7 A; 1WBB A; 2FBY A; 4MDA A; 4DV7 K; 3DXK A; 4OKE A; 2GV9 A; 2A1R A; 3C95 A; 1T44 A; 4NLB A; 1VSF A; 3IKM A; 3LM2 A; 3THY A; 1VQP N; 1SKS A; 1Q8I A; 1Z6R A; 4K42 A; 4C8K A; 3SV4 A; 5C42 A; 1X9W A; 3I33 A; 3U3G A; 4BDP A; 4M42 A; 3CET A; 2YHY A; 4ZHR A; 2RE2 A; 1NJY A; 5AQQ A; 3LP2 A; 4OKK A; 5ELZ A; 2VQF K; 3L4I A; 4FLZ A; 1QZ5 A; 3QEP A; 2ZE2 A; 4BRO A; 3LWM A; 4IBN A; 1EO1 A; 1NK6 A; 4FOE A; 4FJJ A; 1N5Y A; 3CER A; 3LL3 A; 3DOL A; 3HPH A; 4KB0 A; 2E88 A; 2P9I B; 1S6Q A; 3BZK A; 1SL0 A; 1HX1 A; 3PX6 A; 4E1N A; 3DJC A; 1RT3 A; 3M8R A; 4MO5 A; 2ASM A; 4FWO A; 1VQ4 N; 5CYQ A; 2RF2 A; 5FPE A; 5M1Q A; 2A5X A; 3CMA N; 3WEE A; 1S22 A; 2ZD1 A; 4FZX C; 5AZJ B; 3FE1 A; 1S9G A; 3L4Q A; 1D9F A; 3EO3 A; 2D4W A; 3BZC A; 3SQ0 A; 4WFA L; 3TU5 A; 3VN5 A; 5AQF A; 2YHW A; 3IDH A; 3NAE A; 2QWQ A; 4CJF A; 3F5T A; 1U04 A; 4I9L A; 1CLQ A; 4JK9 A; 2F7T A; 3QLH A; 1XQS C; 4F2S A; 3CFO A; 1WSE A; 4GVE A; 2OZS A; 1NKE A; 2IOC A; 3VQP A; 1D8Y A; 4OPH A; 1HUX A; 2OPQ A; 1NGF A; 2ETJ A; 3H46 O; 3O9T A; 4CBW A; 4ILG B; 3FZM A; 5JVG L; 1KVB A; 3AVM A; 4DS4 A; 3EL2 A; 5FPN A; 3UB5 A; 4CJE A; 2VYP A; 1S5J A; 3N4Q A; 4IOA L; 4Y0W A; 4CZJ A; 4DSK A; 3UE5 A; 4AHV A; 3NF7 A; 5AQN A; 5KQD A; 1RBR A; 3OJS A; 2UUC K; 4H4O A; 3OJU A; 4NXN K; 4FJX A; 5AR0 A; 1NOZ A; 1K9M O; 3O4W A; 3O8M A; 4H0P A; 1Y97 A; 1G99 A; 3PO5 A; 4FO0 A; 1N32 K; 5HRP A; 5IWA K; 5JLH A; 4JS5 A; 1TKX A; 4FLT A; 5T7B A; 3OS1 A; 3U3Y A; 4XH1 A; 3WXM B; 1SV5 A; 1IG9 A; 4KHY A; 5J2N A; 2WON A; 2IGI A; 5J1E A; 2A42 A; 4ISF A; 3T3F A; 3O3F A; 3THV A; 4I6M B; 1KSP A; 4B9S A; 3CQX A; 1Q9X A; 2EWS A; 2OTJ N; 1HQE A; 4FYD A; 1P8Z A; 3ATV A; 1I39 A; 2EHG A; 4CF8 A; 1HPM A; 4DR4 K; 3LP0 A; 4IWV A; 1RT2 A; 2DPN A; 2P9I A; 3ID6 A; 4CJK A; 2IVO A; 2W6L A; 1RDD A; 4I2Q A; 3CCQ N; 1NK4 A; 3BUZ B; 4CF0 A; 3J80 O; 3DLL L; 3T1Y K; 3AAQ A; 3FFI A; 4KH6 A; 3IFR A; 5AZJ A; 3A2F A; 3RRH A; 4BE0 A; 4HCB A; 3KWI A; 4PY5 A; 1VSK A; 4BR4 A; 3MXI A; 4CIE A; 3J7Z O; 3QIN A; 3SZ2 A; 3G4S N; 4GY2 B; 1KC8 O; 1NKB A; 4DSE A; 3L3U A; 2WC9 A; 1M1K O; 4B9V A; 3VQE A; 4RW8 A; 2HHS A; 4YOV A; 3DLB A; 3HBT A; 3DWL A; 3ZT3 A; 3S3M A; 3CPE A; 1C0F A; 3DMJ A; 3H1Q A; 3V9X A; 2ZJQ L; 1LAW A; 2X78 A; 3ASM A; 2GWJ A; 5LJV A; 1SKW A; 1GOC A; 3LM9 A; 2HHV A; 4HUG A; 2R7Y A; 3EKU A; 1SZ2 A; 1NU0 A; 4OPJ A; 4CGH A; 1B9D A; 1EET A; 3KWG A; 1T3V A; 3P1G A; 3QIO A; 1BCO A; 1TL1 A; 4H5W A; 1U49 A; 3VQ9 A; 5FLX O; 3S41 A; 1NNE A; 3CJA A; 5F1X A; 2E4L A; 4J8F A; 3S9H A; 3CQY A; 1ZBH A; 1VAZ A; 3V1O A; 1HYZ A; 2P9N B; 4BRI A; 4JKE A; 3V9U A; 3NF8 A; 4DFM A; 4FJH A; 3A0I X; 3C6A A; 3GE1 A; 1IO2 A; 3L6Q A; 3OYK A; 1RBS A; 3T19 A; 4F3O A; 4H0T B; 3K5O A; 3BDP A; 4BVO A; 5HRS A; 4MLH A; 3WNF A; 1XI1 A; 2Q1N A; 3M5R A; 1CZB A; 5BR8 K; 3NE6 A; 2HBM A; 2E2N A; 1BI4 B; 2Q3S A; 2GEM A; 3UKU B; 1HQU A; 4F8R A; 4RW7 A; 4YDU C; 1CXU A; 1QQM A; 4KHN A; 4ISE A; 3ZT4 A; 4BRA A; 3NF9 A; 3I8D A; 1GLJ O; 4BRM A; 1YJ9 N; 1J5E K; 3R6M A; 3TPQ A; 1NJZ A; 5BN9 A; 3TAB A; 3SK3 A; 2KZZ A; 3DXM B; 5E41 A; 2P5O A; 1RBU A; 1Y64 A; 1DT9 A; 1VQN N; 3K5M A; 4GV6 A; 3SI6 A; 1BIU A; 1VSL A; 4A62 A; 1XC9 A; 2QWP A; 1S1X A; 3K59 A; 4GKK K; 4FJI A; 2E6L A; 4OLA A; 4CEC A; 1QS4 A; 1NMN A; 1GLB G; 1LOT B; 2OPR A; 3SV3 A; 2YHX A; 3PIO L; 4AHS A; 1SKR A; 1ASU A; 1WLJ A; 1FXX A; 1FKP A; 3FLC O; 3M1F A; 1WSJ A; 1L3T A; 1JLQ A; 3LDQ A; 4IOC L; 4DF4 A; 3SAH A; 3EN9 A; 2XY8 A; 4Z4E A; 4LF4 K; 5BRF A; 5CR4 A; 2NRV A; 3D45 A; 3E9O A; 3HL8 A; 3OVN A; 4FJ7 A; 1W97 L; 1ASW A; 1E3M A; 4AM6 A; 3ZSO A; 2D0C A; 3AA3 A; 3NBP A; 3GL1 A; 4U67 L; 3PV8 A; 4RG8 A; 1DTQ A; 5AQS A; 1GLD G; 4HWI A; 4JK7 A; 3IAY A; 2F8S A; 1SQK A; 4A59 A; 4DQS A; 2FBT A; 5GIO A; 3M3Z A; 2E1Y A; 3WQT A; 2HMI A; 1WSF A; 2A41 A; 3K9J A; 1VHX A; 2HNZ A; 1MDU B; 1S6P A; 2PBD A; 4HHT A; 2HHH K; 4CEE A; 3BEX A; 3O9R A; 1M90 O; 2ZJR L; 2XY6 A; 3SUP A; 4CJP A; 4DV5 K; 4KPY A; 4HCC A; 2FSJ A; 2O8C A; 3CF5 L; 1TKT A; 4GVM A; 3TR8 A; 2GEL A; 3KK1 A; 4L8R B; 4DV6 K; 4M3W A; 3THX B; 4JHD A; 3HOT A; 4BRC A; 1X9M A; 1TUY A; 3FFK B; 5J2M A; 3VF4 A; 1S72 N; 4E89 A; 3ZX2 A; 1DGK N; 4O5F A; 4O0I A; 4KTZ A; 1MU2 A; 3D2E B; 5IT9 O; 3IG1 A; 1XMQ K; 1BI4 A; 3RMD A; 5AQX A; 4EP4 A; 3CCJ N; 3ZSX A; 4N5S A; 1QQO A; 3AA4 A; 3O3H A; 2BDP A; 3R1X A; 3ZSZ A; 3TI0 A; 2OPS A; 4E7H A; 3TAQ A; 1SL2 A; 2O8B B; 4BRP A; 1VQ5 N; 5SWM A; 4ID5 A; 5GAH P; 2ZM6 K; 4V19 S; 1FJG K; 3PO4 A; 4B1V A; 2NZT A; 5C10 A; 1TAQ A; 3GDQ A; 3K2P A; 1IBL K; 5M1K A; 4EHT A; 4BWM A; 3O6W A; 5BRD A; 2ITG A; 4BG9 A; 3CG7 A; 3CC4 N; 3J7Y P; 4CJU A; 3KVG A; 3HJF A; 5JS2 A; 1DTT A; 5CY4 A; 4DTP A; 3QEV A; 4BRL A; 2BAN A; 2E1Z A; 4IDK A; 5AQJ A; 1FW6 A; 4LF9 K; 4KI6 A; 2GTD A; 1OKJ A; 4DV0 K; 1T05 A; 2HHX A; 3MXJ A; 2HB5 A; 4AQY K; 4FLX A; 4PKI A; 5KGX A; 1BU6 O; 3V81 A; 4A57 A; 3DYA A; 3AY9 A; 3OYJ A; 5CYM A; 1HJR A; 1FK9 A; 3PX0 A; 1KAZ A; 2AA4 A; 4RTF D; 4JI2 K; 1GLA G; 1RFQ A; 3HK2 A; 5M1N A; 1W7A A; 3MX2 A; 1IBK K; 3AVC A; 2ZGY A; 2ZF5 O; 1K8A O; 5DM6 L; 4KTQ A; 3T1A A; 1ITG A; 3PX4 A; 1FKO A; 1KFS A; 1U6Z A; 3RSE A; 1ZBI A; 1MWK A; 3RR8 A; 4FL9 A; 2V7Y A; 4DTX A; 1RBT A; 5KI6 A; 4CK3 A; 4LF6 K; 4DLG A; 2ASO A; 3A5N C; 2KQ2 A; 4BRK A; 4N76 A; 4EZ6 A; 3CCL N; 4B1Z A; 1KXP A; 4N56 A; 1IKW A; 2KW4 A; 1LWF A; 3V9Z A; 5EXW A; 3VES A; 4BRD A; 3MN7 A; 3UKR B; 1VQL N; 3J8A A; 2RPI A; 1C1C A; 4B1Y B; 1QVG M; 3OYE A; 3THX A; 4JYA K; 5FDL A; 4DUZ K; 5FPD A; 1LW0 A; 3EE9 A; 3EZ5 A; 3VQB A; 3NVM A; 3V6D A; 2QW9 A; 1Z25 A; 1BL3 A; 4BRG A; 2BUP A; 3D7E O; 4YFU A; 3D2E A; 4CJT A; 4KV8 A; 4CEA A; 1BIZ A; 1RT4 A; 2NRR A; 3FZK A; 5HL7 L; 4KBO A; 3VER A; 4A5A A; 2X6S A; 4ILJ A; 2Y1I A; 3ULE A; 3Q7C A; 3OYF A; 4FLW A; 1RTI A; 1KD1 O; 4LF8 K; 2VG7 A; 3HI0 A; 4H5V A; 5CHI A; 1NWK A; 2O8B A; 3SBT A; 1N34 K; 2OZM A; 3FGU A; 3U4L A; 3P31 A; 1JLA A; 3ZSQ A; 4FOI A; 4H0O A; 4NYN A; 1UA0 A; 2D5R A; 3OYM A; 4PQU A; 4B9T A; 4QS9 A; 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4BY9 C; 5KQ8 A; 4CJR A; 5HLF A; 2PZS A; 4DF8 A; 1A5V A; 3SLC A; 1N6Q A; 1NM1 A; 2G8F A; 5GIN A; 5HRO A; 3TTD A; 3HTV A; 4I2P A; 4AHR A; 3ISN C; 3TTF A; 4CJS A; 2O4G A; 3FZF A; 4KHQ A; 2YNF A; 4FWP A; 4CHO A; 1SAZ A; 3KK3 A; 3CC7 N; 5JVH L; 2I7P A; 1YJW N; 3K9K A; 4BC5 A; 1S3X A; 3CJ1 A; 3ID8 A; 1XNQ K; 3QER A; 3OYL A; 3P5J A; 3WNE A; 3ZSV A; 5KRT A; 3H3O B; 4K0K K; 4CHZ A; 3NF6 A; 1I3A A; 1OH5 A; 2G8I A; 4CZK A; 4IDH A; 2UXB K; 3OS2 A; 1NGH A; 3VEY A; 4GV9 A; 3SQ2 A; 3AA5 X; 3FZL A; 4JI1 K; 1K8K B; 1DEJ A; 3TAN A; 1R0A A; 3J7A P; 3HZ6 A; 4B3M K; 3O1W A; 2I7N A; 5C12 A; 1WN7 A; 3TAP A; 3NVK A; 3O9S A; 3E01 A; 3OBY A; 3K5L A; 3HPG A; 4AM7 A; 3AA2 A; 4JKB A; 1HR0 K; 3CXC M; 3SUN A; 4CZF A; 2JWK A; 5LMN K; 4B3O A; 4DV1 K; 4KRF A; 4CGI A; 3KLH A; 2KFZ A; 1QQC A; 4W5R A; 1C1A A; 4F4K A; 5TKY A; 4KRE A; 1HRH A; 4FJG A; 1C1B A; 3KLI A; 1NGI A; 1H1V A; 2BGG A; 3TAR A; 4ISG A; 3LDL A; 4Z94 A; 1S1U A; 1NGG A; 4FPA A; 4KFB A; 4EZ9 A; 3BY5 A; 4O8K A; 4OJR A; 4FJ5 A; 2CGK A; 4CK1 A; 4WFN L; 4DFP A; 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