The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
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| publication title |
Structures of Trnas with an Expanded Anticodon Loop in the Decoding Center of the 30S Ribosomal Subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
26
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-03-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4JI0 K; 2UUC K; 3JAM O; 4X62 K; 4B3S K; 4NXN K; 4GKK K; 4DR5 K; 2UXB K; 4LF4 K; 4LFA K; 2HHH K; 4DV1 K; 5LMN K; 1IBM K; 1XNR K; 1IBK K; 4DR6 K; 1J5E K; 4JI1 K; 4B3M K; 4DV2 K; 4JI7 K; 4LF6 K; 2F4V K; 4GKJ K; 4KHP K; 1HNZ K; 4JI3 K; 4CW7 B; 4DR3 K; 4X65 K; 1XMO K; 3T1Y K; 4LF5 K; 4LFB K; 4NXM K; 4JI5 K; 5LMU K; 4DV4 K; 4AQY K; 2UU9 K; 3J7A P; 4JI8 K; 5AJ3 K; 1I94 K; 2UUA K; 4CVN E; 2VQE K; 4DUZ K; 4DUY K; 2E5L K; 1XNQ K; 2UUB K; 5IT9 O; 1N32 K; 4V19 S; 3J81 O; 4X66 K; 1HNW K; 1HNX K; 2ZM6 K; 4DV3 K; 4YY3 K; 5BR8 K; 3J80 O; 4DR2 K; 4LF9 K; 4LFC K; 1N33 K; 3T1H K; 1HR0 K; 5LL6 Z; 4DV5 K; 4DV0 K; 4DV7 K; 4DR7 K; 5FLX O; 4DV6 K; 4JV5 K; 2VQF K; 5A2Q O; 1IBL K; 4B3T K; 4LF8 K; 4OX9 K; 4JI6 K; 3OTO K; 1FJG K; 2UXC K; 2UXD K; 4K0K K; 1N36 K; 4YHH K; 4JI2 K; 3J7Y P; 1N34 K; 4DR4 K; 4B3R K; 4X64 K; 4JYA K; 4JI4 K; 4DR1 K; 1XMQ K; 5IWA K; 4LF7 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 2PZS A; 4J2A A; 4GVE A; 2OZM A; 3NMU A; 1G99 A; 2WUS A; 4DF8 A; 5C2F A; 4A61 A; 1NGC A; 2W42 A; 2PYL A; 2HF3 A; 2CGK A; 3HZ6 A; 3OYC A; 4DR5 K; 4PL8 A; 5EVZ A; 1NKE A; 4IZ9 A; 3OY9 A; 3ZX2 A; 3F9K A; 5KGX A; 1ZBL A; 2O8D A; 5AQL A; 1XWL A; 4Z94 A; 3MWT A; 4WE1 A; 2HNY A; 5KQ8 A; 3BZC A; 4KHY A; 1LWE A; 3U3G A; 3BF1 A; 2D0O A; 5E84 A; 3VEN A; 4AM6 A; 1HNZ K; 4DR3 K; 3NF9 A; 5F2R A; 4WFN L; 1HPM A; 3O1W A; 4LF5 K; 3THW A; 5GAG P; 3DRS A; 4LH4 A; 4I7F A; 4B9Q A; 2A5X A; 4WYB A; 1V4T A; 4XH5 A; 3VQA A; 1TKD A; 5I3U A; 2Q1N A; 1NGF A; 3CMA N; 2XY6 A; 4YOR A; 3E1Y A; 3SAG A; 3UKR B; 1UA1 A; 4LH5 A; 1WBB A; 5CZ1 A; 4MO5 A; 1SV5 A; 4CJE A; 1ASW A; 1CZA N; 1GLB G; 1Q18 A; 4C8N A; 3HBT A; 4AHU A; 4H0Y B; 3ALY A; 5T7B A; 3CXC M; 3IKM A; 3OVN A; 4JNE A; 2ZM6 K; 3CQ8 A; 1FXX A; 5BRH A; 3EE9 A; 4WQ5 A; 1VSJ A; 1X9J A; 2XO7 A; 3ZYY X; 1VQ8 N; 2NRT A; 3AO5 A; 5AQY A; 4CJ5 A; 4IO9 L; 2G8H A; 3LZJ A; 3CME N; 2VWJ A; 1N33 K; 4EZ9 A; 2V7Y A; 4CHZ A; 4ZTF A; 4C1N K; 4DV6 K; 1KCF A; 1U2V A; 1KAY A; 2ASP A; 1HKC A; 4DSK A; 4FLX A; 1BOT O; 3M1F A; 3PO4 A; 3C7N B; 4NB4 A; 3DLB A; 4DCH A; 3ZSR A; 2UXD K; 2KQ2 A; 3CFR A; 2X6N A; 4BQZ A; 3RRG A; 1T6D A; 2D1K A; 2O4I A; 2A6A A; 3P5J A; 3FFI A; 1C1C A; 4DSJ A; 1QHT A; 1ATN A; 2PBD A; 4O5F A; 4C1N I; 4NCB A; 1BL3 A; 4OJR A; 3SAH A; 1LW2 A; 3G4S N; 4JI0 K; 2UUC K; 3FGU A; 1IKW A; 5FRM A; 4FM0 A; 1A5X A; 4PKG A; 1NK9 A; 2NNW A; 5CY4 A; 3MXJ A; 1RDC A; 2HVI A; 3TAN A; 4KV8 A; 2DFF A; 1WSH A; 3M8R A; 2HHT A; 2FSJ A; 3JS6 A; 1P90 A; 3SK3 A; 4WFB L; 1RTH A; 3O9U A; 4Y1C A; 2HNZ A; 1XMO K; 3T1Y K; 1QZ6 A; 1T44 A; 4DV4 K; 4FSV A; 2UU9 K; 3SV3 A; 3PSI A; 5GIN A; 3TAQ A; 3QEV A; 3AVA A; 1YT3 A; 3O3H A; 4J2D A; 1VSF A; 3MX5 A; 1YVU A; 2PYJ A; 1NGH A; 4ZHR A; 4FJ5 A; 4FJM A; 3UB5 A; 2FSK A; 3ENB A; 4DMN A; 3E66 A; 2HND A; 1K8K B; 1LAW A; 2P9L A; 1J54 A; 1TYQ A; 2KW4 A; 4A62 A; 1QSY A; 5LJW A; 4IG3 A; 1JJ2 M; 1BI4 B; 2A3Z A; 2OTL N; 3SPY A; 3DM2 A; 3AVF A; 1JLB A; 3WXI A; 3QNO A; 2GEM A; 3H3O B; 3R8E A; 3SV4 A; 5LL6 Z; 3ATV A; 3HOT A; 4BDP A; 1NGE A; 3NDK A; 3MK6 A; 4NYN A; 4C8K A; 4DU1 A; 2F9T A; 2V7Z A; 1HQE A; 3H6E A; 3ZSO A; 4BC4 A; 1JL1 A; 3U9D A; 2HMP A; 4B1Y B; 4BRH A; 5BRD A; 3ZX0 A; 2Z1I A; 2KFZ A; 3VES A; 4IJA A; 3HRG A; 5B8H A; 4DR4 K; 3Q7B A; 3S41 A; 4AF1 A; 2GUP A; 4M3X A; 3FZM A; 3EKS A; 3O9S A; 4FM1 A; 2QK9 A; 3MEG A; 3HJF A; 4DTJ A; 4CF8 A; 3PIO L; 2ASO A; 3DLR A; 4C23 A; 3CCR N; 3CI5 A; 4H4O A; 2E20 A; 2P5O A; 3HVT A; 4LFA K; 3HM8 A; 3F2K A; 3CPE A; 4NCA A; 2O8E B; 4NYF A; 1YVN A; 3DYA A; 3OJS A; 3TAB A; 3D2F B; 4MLE A; 1KC8 O; 5FRO A; 2FBX A; 5GAD P; 3SUP A; 5D3G A; 1IO2 A; 4JRP A; 2EWS A; 2P9U B; 3AVI A; 1NGD A; 3KLH A; 3DOK A; 3B6P A; 4ILG B; 3NGI A; 1NK5 A; 1RBR A; 3RMD A; 3R3L A; 4IFY A; 3AV9 A; 4DTX A; 5AQG A; 5AZJ A; 5BN8 A; 3T69 A; 1N5Y A; 5HOO A; 4JKG A; 4HWI A; 4MQ3 A; 5FPN A; 2HF4 A; 3ZT4 A; 3L3U A; 1UWB A; 2VG5 A; 4F3O A; 1TL3 A; 5TKW A; 2YHY A; 3CM5 A; 4K8Z A; 4GNI A; 4CGG A; 2YJF A; 4EHU A; 2IVP A; 1RT6 A; 4AHC A; 3A5N C; 5GAH P; 5KGW A; 3VET A; 4U67 L; 1J9A A; 4OLA A; 5FPM A; 1HUX A; 5BPN A; 3THX B; 1JCG A; 4HHT A; 5K14 A; 4FW2 A; 4JKH A; 1B9D A; 2G8K A; 3D7E O; 1RBT A; 4F3T A; 3OYL A; 3R1X A; 4BRD A; 4LF8 K; 5DMR A; 3PO5 A; 2OCE A; 3OTO K; 3CQX A; 3QEW A; 2IC3 A; 2YHX A; 4DHY A; 4CD3 A; 4BDZ A; 1JCF A; 4JI2 K; 3RSE B; 3ZT0 A; 1NJX A; 2P5G A; 2F7T A; 2E2Q A; 3V1R A; 5ADX H; 2DPN A; 4X64 K; 4JI4 K; 4DR1 K; 3DXK B; 3VQB A; 1M90 O; 2O8C B; 4K25 A; 1VQM N; 1YXQ A; 3JAM O; 1DLO A; 4NXN K; 2Z1H A; 3SBG A; 3VGL A; 4DU4 A; 3WNE A; 1ZXO A; 4M42 A; 3E9O A; 3I8D A; 2YNF A; 4KHS A; 1RT5 A; 4OKJ A; 3O3G A; 2QKB A; 4CEC A; 4H0X B; 4HUF A; 4Y1D A; 1J5E K; 3D2E A; 4OPJ A; 4CJF A; 3LDN A; 2BH1 A; 4E1N A; 1QQC A; 3P31 A; 1IG9 A; 5HP1 A; 4NXM K; 4CHO A; 4JI5 K; 3WNH A; 1Z25 A; 3SUN A; 3VQ5 A; 1Q8I A; 1RBS A; 2HHX A; 2O8F B; 3PIP L; 5CHI A; 3LAN A; 3KIO A; 3VQ8 A; 1DTT A; 5ELZ A; 1C0G A; 1XQS C; 3KZB A; 3CC4 N; 5LY3 A; 1NJZ A; 1GOC A; 3M8S A; 4L3Q A; 3V9S A; 5AR0 A; 2JLE A; 2ZJR L; 2HHQ A; 1KLM A; 4DUZ K; 1D4X A; 1SQK A; 5AQN A; 4E7L A; 3SQ0 A; 1FK9 A; 3HSC A; 3LDS A; 1GLE G; 3TAF A; 2X78 A; 1VQ6 N; 1NGA A; 3K58 A; 1OH7 A; 3AA4 A; 3IS9 A; 4BRK A; 5KPZ A; 1D9F A; 1NGB A; 2NRW A; 1IH7 A; 5C0Y A; 3BZK A; 5AQX A; 1T7P A; 3RMC A; 4B9L A; 4PL7 A; 1VSH A; 4I9L A; 4FJN A; 3T1H K; 3HXM A; 4OPH A; 4F2R A; 4DQS A; 4BRG A; 4CBX A; 3I33 A; 1HQU A; 4W5T A; 1S1U A; 4OX9 K; 3C6H A; 1X9S A; 3LP3 A; 4FLY A; 4HCB A; 1NWK A; 4O55 A; 3HM9 A; 4BE2 A; 4BY9 C; 3P39 A; 4HCC A; 1D8Y A; 3CJ7 A; 5JLH A; 1VQ4 N; 4KRE A; 1BU6 O; 3VEX A; 5H1S Q; 2VG7 A; 3SJH A; 1ASV A; 2UYT A; 3HVR A; 4JK8 A; 1SL1 A; 4DLE A; 1WAJ A; 5IWA K; 3DLG A; 3ZX3 A; 3ZSY A; 2XY5 A; 3LP1 A; 3L3V A; 1KVC A; 3D2F A; 4EP5 A; 1X3N A; 1WSF A; 2FBT A; 1HKB A; 2GEL A; 1HNI A; 4L8R B; 3BY5 A; 3O9R A; 2YKM A; 4BRM A; 3SYZ A; 3CER A; 5CZ2 A; 5AQQ A; 4DSE A; 4ELT A; 1O1W A; 3H3N O; 1XNR K; 3WXM B; 2JWK A; 1U48 A; 4A2A A; 3OYK A; 3EZ5 A; 1BUP A; 1ILY A; 1TUY A; 4XH4 A; 3TSQ A; 2FC0 A; 3O1B A; 2QEX N; 2P51 A; 3ZT2 A; 5BRF A; 5C2D A; 2PY5 A; 4YDU A; 1WAF A; 5AQS A; 2NRV A; 4Q0B A; 4JS4 A; 4MO4 A; 3VF2 A; 2VGM A; 3HO1 A; 1BWF O; 3KWG A; 3C6A A; 4KAZ A; 1NK7 A; 2QM1 A; 1VQ5 N; 3OYN A; 4H8K A; 2GTD A; 4GW6 A; 3TTD A; 5BPM A; 4CK2 A; 1VQK N; 4B9N A; 5IT9 O; 4YOX A; 4BGA A; 1NK6 A; 4DU3 A; 3AAR A; 2PAV A; 4Z4G A; 4KTW A; 1NK4 A; 5EX5 A; 1GLA G; 4DQQ A; 5BR8 K; 3VGM A; 5KRS A; 4CJK A; 3I0R A; 3VF4 A; 1SL0 A; 2DTU A; 5M1K A; 1SZ2 A; 4A2B A; 2OPP A; 2E6L A; 3W3D A; 1NJI O; 3GDQ A; 4FLW A; 4Z4H A; 5JLF A; 3AVC A; 5BR9 A; 5FLX O; 4JHD A; 3VOV A; 4BC2 A; 3A8Y A; 4FVM A; 2G8U A; 4B3T K; 4FJG A; 2P9N B; 1JLC A; 4CHQ A; 3K9K A; 1QSL A; 1FJG K; 1RTI A; 2BE2 A; 3WEE A; 3LM9 A; 3EEQ A; 4LC9 B; 4J2E A; 3LAL A; 1ITG A; 4JKD A; 4CD1 A; 2ZGY A; 3O4W A; 4HUG A; 3AO3 A; 3QIP A; 4B3S K; 3VEO A; 4X62 K; 1DT9 A; 2H3G X; 3CJ1 A; 2UXB K; 1ASU A; 4B8C A; 1QTM A; 4FWR A; 1H1V A; 4CZI A; 3ITH A; 3VTH A; 2P9S A; 2HB5 A; 2Y1J A; 4BWJ A; 1OVY A; 4M45 A; 3O4N A; 1X1P A; 4O0J A; 4JI1 K; 5LJV A; 2QXF A; 2IVO A; 1TAU A; 4I2Q A; 4CGF A; 1NLV A; 3O08 A; 4RW8 A; 4CF9 A; 4JRQ A; 4JAX A; 3QFP A; 4FZY A; 1NMN A; 3QIO A; 2VWK A; 2KZM A; 4E1M A; 4QS7 A; 1G15 A; 2OZS A; 4FJ7 A; 3VQC A; 2F8T A; 3CIP A; 1DEJ A; 4M3W A; 3DRR A; 3C95 A; 1NOZ A; 2Q3S A; 1BO5 O; 3OW2 M; 3VEW A; 3ZEU B; 4JEP A; 2WON A; 4FK2 A; 4KH6 A; 3VQ4 A; 3OYJ A; 3JYT A; 2I7P A; 3I0S A; 4OO1 J; 3CPW M; 4BRF A; 1HNX K; 3GBT A; 4ID1 A; 3MN6 A; 2WFB A; 3L0Q A; 4WQ4 C; 1JLQ A; 3M8P A; 1QE1 A; 3CM6 A; 3OYG A; 4KBO A; 1Q9X A; 4RW4 A; 1HR0 K; 2YJE A; 3QER A; 1HRH A; 3AVL A; 1NU0 A; 2Q97 A; 1K6Y A; 4I2P A; 4FCY A; 3QEX A; 3THY B; 1MWM A; 2KLA A; 2FBY A; 1L3S A; 1M1K O; 1JLE A; 4A59 A; 4PHT X; 1REV A; 2HBL A; 4CED A; 3DXM B; 4FWQ A; 2OPS A; 3P38 A; 4CZH A; 3NF7 A; 4O8U A; 2D5R A; 2DFE A; 1T8E A; 1K73 O; 1J53 A; 3GE1 A; 3NHG A; 4I6M B; 4ZTJ A; 2A1R A; 4FVU A; 4CJT A; 4LF7 K; 2E2O A; 1VSE A; 4XEI A; 3CC7 N; 2G8I A; 4AHV A; 2NRR A; 4FM2 A; 3FR0 A; 4DFP A; 1FKO A; 3V9W A; 3MN7 A; 5AFU H; 1N8R O; 1ESV A; 3AGR A; 1W2B M; 5M1P A; 3NH1 A; 3ZSV A; 5C42 A; 1B92 A; 3K5M A; 3OBY A; 3VN5 A; 5AQO A; 2NZT A; 3V9X A; 4G1Q A; 4CGH A; 2B5J A; 4BRO A; 4E1J A; 4FJL A; 3L2R A; 4BQL A; 3TSU A; 3AVM A; 4KH5 A; 4N56 A; 2QXL A; 3TTF A; 2KTQ A; 2W6K A; 2PFU A; 2VG6 A; 3DJC A; 4IDH A; 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4BRE A; 4DV2 K; 3CCS N; 4H0P A; 4JI3 K; 2F8S A; 4AHT A; 4OKK A; 4FLU A; 2BGG A; 1NM1 A; 1VSD A; 5J1E A; 2V51 B; 5LMU K; 3IAY A; 3HL8 A; 4BRL A; 4B1Z A; 4Z4C A; 4FZZ A; 3J7A P; 1S6Q A; 1HX1 A; 3A0I X; 2ZJP L; 2A42 A; 4BE0 A; 4YOV A; 3QNN A; 4FWO A; 3WNG A; 3ATU A; 3VQQ A; 2GUI A; 2QWQ A; 3VQD A; 3UKR A; 1KFD A; 3UKU B; 3SAF A; 2I7N A; 4KHN A; 1WNS A; 2IVN A; 1SUQ A; 4E7K A; 2UUB K; 5FRN A; 2FSN A; 5CR4 A; 1SKW A; 4X66 K; 1YIT N; 2ZJQ L; 1W9H A; 4CJQ A; 2IAJ A; 4CEO A; 4YY3 K; 1Q7Y O; 4IKF A; 2NLX A; 4CF2 A; 4FJJ A; 3WXJ A; 3FLC O; 4NCG A; 4HTU A; 1DGK N; 3O4Q A; 3IG1 A; 2D0A A; 4I6M A; 1LAV A; 3OHR A; 4PKH A; 3CCE N; 2W6L A; 4DTM A; 4LSL A; 4KO0 A; 3C7N A; 1XC3 A; 1HKG A; 4FL9 A; 4BG9 A; 3KKS A; 1OH5 A; 3QBW A; 4LSN A; 4EFH A; 3ZSX A; 1TVR A; 5BN9 A; 4BRI A; 3DLH A; 2O8B B; 4ISE A; 2YI1 A; 3V81 A; 4XIU A; 1RDU A; 5C25 A; 4KHW A; 5AQP A; 3J7Y P; 2FF6 A; 1N34 K; 3EO3 A; 1C1A A; 5AQH A; 1C0M A; 4CZM A; 3TI0 A; 4LD0 A; 3MXM A; 3SPZ A; 1XUP O; 2O4G A; 3SCX A; 4N76 A; 5KQD A; 1IV0 A; 3KK1 A; 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