2V2H | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	241
structure length	241
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVLTPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE GLYCOSOMAL
publication title	Structural Studies Show that the A178L Mutation in the C-Terminal Hinge of the Catalytic Loop-6 of Triosephosphate Isomerase (Tim) Induces a Closed-Like Conformation in Dimeric and Monomeric Tim. pubmed doi rcsb
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	91
structure length	241
sequence length	241
chains with identical sequence	B, C
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2007-06-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2v2hA00

1GVOA 2CLOA 5AHMA 3NG3A 1J4EA 5F1UA 3KRUA 3DFOA 5D2VA 1OX4B 2OZ0A 5CG7A 2A21A 3GDLA 1EWEA 1XC4A 1H50A 1AK5A 1RV8A 5F2IA 1ZHAA 3BVJA 2ZA3A 4UFIA 1EX5A 2J9XA 1IIGA 3O8AA 1OVDA 4CQAA 3UQNA 4WOZA 1H51A 1UCWA 1HUVA 4TR9A 4P61A 5EYWA 2YZRA 3EWUA 3L5LA 3UWWA 4AHPA 4BI5A 2X1RA 2W0UA 3OIXA 5K4ZA 2FPVA 3W7QA 2Z6JA 2Q8LA 5J5RA 4D2JA 2E5DA 3DFTA 1ICPA 1P0KA 1I45A 4Q32A 2ZZ2A 4FXRA 4O1CA 3PBUA 4RLIA 3PAJA 4UTIA 2NWRA 1YDVA 4XQ6A 5LHFA 1V5XA 2B4GA 4MPQA 1SW3A 1NF7A 2ZZ1A 1QWGA 4O17A 5FEPA 4PODA 3R2GA 1H62A 1IXOA 5FEXA 4O1DA 2ISVA 5D2YA 2A7RA 4N9DA 3NDOA 3NYZA 3R8RA 1H7NA 2I14A 3S5NA 5K9CA 1LTDA 3W88A 4DQWA 2WNZA 3G1HA 5AFDA 4C1KA 3QC3A 3T44A 5BMXA 1H7XA 3NQ2A 4BI6A 3OHIA 1UUMA 3QFEA 3LCLA 4FHAA 3F4NA 1EEPA 1QPOA 4MOZA 2KZHA 3NM1A 3M5VA 3SECA 4FX7A 1XFBA 3G1YA 1G4EA 3RNDA 3MI6A 5CPMA 3FA5A 1K7FA 2WSYA 4Q33A 2NWSA 3A9IA 3KOFA 3NQ8A 1TJRA 2RKXA 4WY0F 5LNUA 4NT0A 1H1YA 4LUJA 2VFFA 3TSBA 1TTPA 3O63A 2E6FA 2VEKA 1PV8A 3HPXA 1KFCA 4Q4KA 3W07A 3MHFA 1W56A 5G1YA 3UWZA 4FNSA 1W0MA 4Y90A 3HO8A 2XFWA 2VEPA 4JTGA 5F2GA 3S6DA 4N2YA 5F2MA 3HMJG 1UJPA 4MZYA 2DZXA 1WYIA 4WY0B 1H1ZA 1QR7A 1DVJA 4UMAA 3T40A 3W7EA 4AF0A 3NO5A 2E6AA 1W3IA 2OT1A 3E0IA 1FBAA 5LSMA 4AXKA 3KFTA 3A21A 2QF7A 4LVAA 4PFMA 4A21A 4FNPA 5A8GA 1I2PA 1NEYA 5AYYA 3OEXA 2R14A 5CGQA 5IBXA 3UWQA 3EKLA 1X1ZA 4AF0B 2QCCA 1GVRA 3N9RA 1JQXA 4YWIA 1K7XA 5C6MA 3GDKA 5HUOA 5TIMA 3DFPA 3DFNA 5TQLA 1KFEA 4GXMA 3P84A 3CT7A 1YPFA 5H2ZA 2XN2A 3QQ0A 2QR6A 1KFBA 3B0VC 1TMHA 3LTPA 5GVJA 3Q37A 2I9EA 1BWLA 1G4TA 6ALDA 1VHNA 1BTMA 1RD5A 4O1BA 4RK8A 3LBCA 3HGJA 4FNTA 3LB0A 1I2RA 1SFLA 1A5AA 4A22A 3W1MA 2HTMA 2V2HA 5D38A 3NQAA 3CC1A 1R2SA 3LHTA 1L6WA 3E12A 2BTMA 2ZBTA 3HBLA 4ONVA 2NX3A 4O16A 3S1WA 3RMJA 1C9DA 5KZEA 2NUXA 4ZQOA 3A22A 3NPVA 1TO3A 2WOQA 5D2WA 2QDGA 4N6FA 1Z48A 1FXQA 4MYXA 3B0PA 4A2SA 4R7JA 4O8RA 1D3HA 4K39A 4JIQA 4NXSA 1C29A 3G3MA 4JTIA 2GJNA 2NX9A 5EMUA 4OWGA 3UWVA 4FXSA 3NNTA 2RDWA 1KFJA 3PM6A 4UMCA 3W7HA 1LZOA 1AL7A 2Y61A 4LVDA 1I2OA 5MHBA 4O57A 4FNQA 4DELA 3W2MA 3DFSA 4JTSA 2ZRYA 2A7NA 5DXXA 5D30A 3R12A 2ZRVA 1YLVA 3MI3A 3IIVA 3IIXA 1CI1A 2EKCA 5HR7A 3KVJA 4ORMA 1ZALA 4H6KA 1EA0A 2J88A 4XWUA 2F7FA 1LP6A 1VQTA 2CLLA 1TPDA 5BOOA 1GG1A 1Q6RA 1G6CA 2C13A 1O94A 3LLDA 2PRMA 3NQGA 4JICA 4A2RA 3S5OA 5D37A 5CSRA 5U7SA 1YXDA 4Z1DA 3BG5A 3SIZA 1OK6A 3L0KA 3W70A 1BEUA 1KTNA 5C55A 4QIUA 3L0GA 3MI2A 3KXQA 1BWKA 2GVJA 3UD6A 2J27A 3HB9A 3QRHA 4RZ6A 3CU2A 1TYGA 3C2RA 3MHUA 5F4WA 3BG9A 3DBPA 3GDRA 1Z44A 2CWNA 3W7NA 3LCFA 2C16A 3C3NA 1KM2A 4NZFA 4N9CA 1QOQA 3L0NA 2YX0A 3W1NA 4TU1A 5BMWA 3BW3A 3NQVA 3MBDA 3NQEA 4LC6A 1MSSA 5D05A 4UTHA 3TFCA 4IX0A 1MXSA 4RXFA 1LBLA 4OBTA 3O1NA 4C1LA 2J9YA 1SU5A 3INPA 2FIQA 3GNDA 3DFQA 4O0KA 3FYPA 2QCNA 2WNQA 2DZTA 3QEZA 3A23A 5IBXC 3FKKA 1F5ZA 3IV3A 1KFKA 1XBZA 4RV8A 3B06A 3LI1A 3P8IA 1GQNA 1XDLA 2P1FA 3M44A 1FDZA 3HQ1A 1GJPA 1IXQA 1WXJA 3HG2A 4JR5A 1S3HA 2R94A 1A50A 4O15A 5BW6A 3UPWA 8TIMA 2OX1A 5AHFA 2J6XA 4NNAA 1RR2A 4LV9A 4UNKA 3W1TA 4YMZA 4PA8A 3ATYA 1MZHA 1Z41A 2ZZ3A 4FX8A 1RQEA 1H63A 2PRLA 4GBUA 2VFGA 3EWXA 1OYBA 3UXAA 1LROA 2QCMA 2TPSA 3UPBA 4NNBA 5AYXA 3W7IA 1F7BA 2H3DA 3V1PA 3QW3A 5AYZA 3TXVA 2TYSA 3S1VA 3EX3A 3NAVA 2GJLA 3NZ1A 3THQA 1EWDA 2VELA 1VJIA 4UR8A 2ABBA 4NUWA 1GVQA 4Z1CA 2YW4A 3B0UX 4WD0A 1QPRA 3LERA 3GXPA 1QNVA 5D04C 5DBUA 2A2IA 4O13A 1JUEA 2V82A 5U4NA 3B4UA 1Y0EA 1EPXA 3W7LA 5D09A 1ALDA 1TPFA 2RDUA 3PBWA 3W3OA 2V2DA 4DBDA 5LZLA 3P61A 2FPYA 4FNRA 1LRTA 4NJGA 3CQ0A 1QO5A 3BPWA 4R53A 4G1KA 2B0MA 2RFGA 2ALDA 1TV5A 3W7JA 3TK7A 5F4SA 2C14A 1EB3A 3G1XA 3ZR4A 2WO5A 2QCEA 1B57A 4LU0A 5CSSA 3U6WA 4JXCA 5HINA 2DZWA 2NUWA 3ABRA 4POCA 5DELA 2Z6IA 3THAA 2B7QA 1NF0A 3W9ZA 5KINA 1XM3A 2V81A 4JX5A 1XCFA 4PH6A 1F05A 1T99A 1B3OA 2QCFA 1KM1A 4UTJA 4Y9AA 3BO9A 3S9YA 1R30A 4I9AA 4DO6A 3QSTA 2BX7A 5AOUA 1OABA 1GG0A 5IM51 3VKJA 3LM7A 5G5IA 1MEIA 1W8SA 4A3UA 4BK9A 3CM4A 1IIHA 4JTUA 1TPVA 1GYLA 2DP3A 1SFJA 1JR1A 2G95A 4NJJA 2OT0A 3S1UA 1TQXA 2FPTA 3HOJA 3TU9A 1HO4A 4GUJA 2WV8A 4FO4A 1SZEA 3BW4A 3W1QA 4N4PA 2YXGA 4IPJA 3KHJA 1O60A 2VXNA 3W2LA 1P4CA 5D32A 4IMDA 4JX6A 3EXSA 1K8YA 1OHLA 1DV7A 5G2HA 2YYTA 1H61A 1WBJA 4RZ4A 3EWWA 3N73A 4FIQA 1ME7A 3L65A 3W7RA 3R5EA 3L5AA 4O53A 2C1HA 3W76A 3AO0A 3TJLA 2CLEA 1FY6A 5HQEA 1WQ5A 1I4NA 3G8EA 1U83A 2VOMA 3SJ3A 2G96A 1YTEA 5I3FA 2G97A 1TTJA 3K30A 3L66A 3WFAA 1Q3NA 4BF9A 3RLVA 2V5LA 1XBXA 1SO4A 4LS1A 2AAMA 2QUUA 4LVGA 1H7PA 1J5TA 4GUGA 4XZ9A 1UUOA 3E02A 1H7RA 3WJXA 5FEWA 5H91A 2P10A 4RKAA 2ZA1A 3C52A 3QSRA 3O15A 4K7VA 3ZFHA 1SO3A 4GFSA 4L4MA 4QNEA 1I2QA 4RZ5A 3CWNA 4JD4A 4EIVA 4ALDA 2ZRZA 4MY1A 1FWSA 4ML9A 3OBKA 4NJHA 2YGYA 1PIIA 2H8XA 1E51A 5AB3A 3NEVA 2JKEA 1K7EA 4N9BA 3IGSA 4LW7A 4MY8A 3CIWA 1XL9A 5EA9A 1X8FA 4AB4A 1LORA 3T4CA 4WZHA 3BG3A 2YCEA 3QH2A 5EY5A 3UZ5A 1KV8A 1CX9A 2GOUA 2Y7DA 5LKYA 1JQVA 5CKSA 1W5NA 4IPIA 4UR7A 4HT3A 4M19A 1NVMA 1J2WA 1S5VA 1TREA 3N2MA 2TRSA 3P8JA 1FWRA 1R2RA 2FFCA 3NXFA 1UASA 5TBOA 3U8GA 1TPUA 3FEMA 2BLEA 3DZ1A 2W79A 5FF4A 3MP4A 4ZZ9A 5DN1A 2FB2A 5AC6A 2X1UA 4M6QA 3EX1A 1F74A 4WJEA 2V8ZA 2Y88A 3M16A 2ZZ7A 4K6AA 4QITA 4JS3A 1N8FA 2H6RA 3MWAA 1L6SA 3V75A 1LRQA 4NX5A 3PG9A 3EXTA 3C61A 3PULA 3UNDA 1K8ZA 2H8ZA 1EUNA 2YFOA 5E93A 5HWNA 1ML1A 1MEHA 2ZTKA 2NZLA 5G1TA 2XN1A 4PCFA 1ONRA 3IVSA 2WJZA 3O6CA 4YLWA 2GPTA 1TPWA 2V0TA 3DHDA 3STFA 1HFBA 3LXBA 3L9CA 3FOKA 3PG8A 1PCKA 1K8XA 2YW3A 3NL2A 4GUFA 3AJXA 1H5YA 4DPQA 3MHGA 5G4EA 3RK8A 4KFOA 4MFDA 5AHEA 2HMCA 4X9SA 4DXVA 3FS2A 3CEPA 1FUYA 2NUYA 2E5CA 4M6PA 1GVSA 3F4WA 1W5QA 3LHYA 3SFKA 1W5OA 2HSAA 3CHVA 4LRSA 2J9ZA 4MZ1A 2ATSA 2Z2UA 3TSDA 4K8HA 3B8DA 4O28A 3S5YA 1ZAIA 4BFAA 3A5VA 3GXNA 5EL1A 4LOCA 3LXCA 3L5MA 4JYEA 1OFDA 4AHOA 4WQ6A 1KTCA 2ZZ5A 3DAQA 1WDWA 4DBEA 4O10A 4MY9A 3S5ZA 3NQ7A 3UWUA 3HG5A 2E5BA 2QJIA 1ZAHA 3PF3A 5C2XA 5KSWA 5I3IA 4FEZA 4XTDA 4O4WA 3PC0A 3LBMA 3GIYA 3H55A 3ELFA 1TTQA 4I7UA 5LGXA 4IXXA 3SSJA 3LCXA 2QCDA 1QO2A 1G67A 3W6YA 1X7FA 1O4UA 2BWGA 4WX2A 5AN7A 3DH7A 4Z0JA 3QPYA 1HG3A 1OF8A 4TMCA 3LTSA 3TV8A 5I3HA 4O1AA 4TX9A 4R33A 4HIBA 4U28A 3UWYA 2QCDB 3P7YA 4ZQMA 1VZWA 4UTWA 5G4WA 3O6DA 2ZFAA 3P82A 1VCGA 4JEQA 3FJ6A 4TO8A 3DHFA 5F1VA 3E9AA 3PB0A 3HF3A 4LS2A 4R34A 2A6NA 4UTTA 3TR2A 2NLIA 4N9EA 3P74A 3JRKA 5K2ZA 4NX0A 2PCQA 1HO1A 1W31A 3TW7A 1G4SA 2D73A 2Y63A 3IIOA 3W86A 3USBA 3CB8A 1M7OA 1XUZA 3CWOX 1XBVA 3G22A 2LLEA 1JULA 3QMTA 2ZTJA 4WUIA 2JK2A 1JCJA 2PC4A 1FWNA 1V7YA 1VYRA 3L68A 3EB2A 3W2NA 1RQBA 1T0OA 4K38A 1YADA 2GVLA 3ZWTA 3C4UA 4X2RA 4QM1A 1LDCA 3C2EA 4IQLA 4OHQA 1AW1A 2E68A 2GUUA 4O52A 2YDAA 3SGZA 1TPEA 4O4VA 3NPXA 5K3VA 3NM3A 3BLIA 2VFDA 2ZDRA 3P60A 1EP3A 3LHVA 4QQ3A 3M7WA 2E09A 2NXGA 1WV2A 3TJXA 4E38A 4LC8A 3RFAA 1HL2A 4HPJA 1AW5A 1KM5A 4JTHA 4QISA 1VH7A 5HUPA 3W7OA 1X6UA 4M6VA 1LLWA 1T96A 2OCZA 4O50A 3H54A 4JYFA 1ME8A 2ZCGA 4DPPA 3LRMA 1NFBA 5AHNA 4PTNA 5FF0A 4MJMA 1M7PA 3W7GA 2ISSA 4KWVA 1G7UA 4EF9A 1EP1A 4IGHA 4OT7A 4XBSA 4A29A 3W7DA 4DF1A 4ORIA 4JY9A 4CQ9A 3A24A 1VCFA 4UFJA 3TDFA 3LTYA 1WOBA 2VFHA 4LRTA 3TXZA 2ZZ6A 5E1QA 1SR9A 1JCYA 3LLFA 1TPH1 5D2XA 1FX6A 2E1DA 4Y8FA 2J24A 3GZ3A 1G7VA 1T8XA 3W1LA 3W23A 1JVNA 3EX4A 5DLCA 3TSMA 2OMAA 1SO5A 3BGGA 1FCVA 2VC6A 3DKLA 2CLHA 4MYAA 1DJNA 4DEFA 1M5WA 2O7QA 2NXHA 4CCCA 4O11A 4UTLA 3W75A 3BW2A 5KZMA 3HG3A 5G2IA 1FDJA 4W9TA 1RQHA 2C15A 1JRCA 4GRSA 4AAJA 3T78A 2NXIA 1AG1O 3NA8A 1L2UA 3W72A 1G69A 3GXTA 4AMAA 4HNNA 2RDTA 3PY2A 2AGKA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2V2HA

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