The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
99
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structure length |
94
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Chain Sequence |
VPELPEDYEISEKTIITPIGVLKSAFENNIIIHATRVLKEGSIFCLEDRTLIGMLTEVFGPLQNPFYRIKLPDSKKNLFDELKVRLGEKAFIVT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosomal protein
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| molecule keywords |
NAF1
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| publication title |
The Box H/Aca Rnp Assembly Factor Naf1P Contains a Domain Homologous to Gar1P Mediating its Interaction with Cbf5P.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| total genus |
17
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| structure length |
94
|
| sequence length |
99
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Probable tRNA pseudouridine synthase domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2EY4 C; 3MQK C; 3U28 C; 3UAI C; 2V3M A; 2EQN A; 2HVY B; 2RFK C; #chains in the Genus database with same CATH topology 3S69 A; 1FV9 A; 1NU9 A; 4X2V A; 1BBR E; 1MTN C; 3KF2 A; 4Q4L A; 1XUI A; 4FVD A; 4TPI Z; 3LGU A; 5JPM H; 1QL8 A; 2B9L A; 1RRK A; 2JDI D; 3BTH E; 8LPR A; 2EST E; 3PWC A; 1OKX A; 4GHQ A; 4GHT A; 3U98 H; 1EPT C; 2BQW B; 2GTB A; 1THP B; 2P16 A; 3MWI U; 3U8T H; 1HIA B; 2ZP0 H; 4WMF A; 3SW2 B; 2XW9 A; 4TWY A; 4B2B A; 3RXV A; 4U2W A; 1A5H A; 8KME 2; 1KXA A; 1PYT C; 1WTH D; 5AF9 H; 7GCH F; 1DOJ A; 5K7R A; 3KNX A; 2HVY B; 2GT8 A; 2VIV A; 1CA0 C; 1H8E D; 5DP3 A; 1V2O T; 2PSX A; 2ZEC A; 3A81 A; 5L6N H; 2BXT H; 1SGC A; 4SGA E; 1BB0 B; 1C5S A; 2AMD A; 5T1V A; 1QFK H; 2A45 B; 2FYR A; 1CHO F; 3LGI A; 1QJ7 B; 2A4Q A; 1NS3 A; 1QA0 A; 3RXD A; 4K69 A; 3HGN A; 3OX7 U; 1OYT H; 1HAP H; 2ZGX H; 3A89 A; 1EFR D; 1V2J T; 1V2S T; 5G4B A; 3Q00 A; 4BAQ B; 3RXC A; 1TON A; 3JZ2 B; 1TNJ A; 2QF5 A; 2ASU B; 1SQO A; 1QJ6 B; 2TGT A; 2H9T H; 1J8A A; 1SGQ E; 4THN H; 1AVW A; 6CHA B; 2P3F H; 2W5E A; 3MH5 A; 3GIS B; 1E36 B; 1MTN B; 3DD2 H; 1CSO E; 4ZKO U; 3PLP A; 4ZMA H; 2GCT C; 2KCY A; 1ETR H; 2QXH A; 2G52 A; 1NY2 2; 2VH6 A; 3GDU A; 4AOR A; 3SUE A; 1GHX H; 2BVS H; 3SHA H; 4JYU H; 3L3T A; 3VXE H; 1IAU A; 1UTP A; 1ZMN A; 1BTZ A; 2Z9J A; 2G8T A; 2DE8 A; 2BQ7 B; 4ISL A; 3OE7 D; 4Y7A A; 4WXI A; 2VIP A; 1H8I H; 4RT0 A; 3PWB A; 1C4Y 2; 2FYQ A; 5BRR E; 2WPL S; 2C8X B; 1EB2 A; 1OYQ A; 4KP0 A; 1AIX H; 2HNT E; 3LKW A; 2KCP A; 1TE0 A; 2PHB A; 1A0J A; 2L6O A; 1HAV B; 4NFE A; 2ANK H; 1CA0 B; 2BD2 A; 4IN2 A; 2ZHD A; 3LGW A; 1MCT A; 5EW1 H; 4K60 A; 4WWY A; 1IQN A; 3A7Y A; 5E0G A; 4CHA C; 5T6F A; 1NBM E; 2BHG A; 5GJ4 B; 3F2H A; 2AGG X; 1C1U H; 3OYP A; 2F9B H; 4I8K A; 1GBL A; 2G81 E; 1OP2 A; 1IQM A; 2WPJ S; 3OY6 U; 2A5K A; 4JCN A; 1NRR H; 1UCY E; 1ELD E; 3SQE E; 2GDD A; 3SJ8 A; 3BG4 C; 4DJZ B; 2FOM B; 1LPZ B; 1O2R A; 4E06 H; 1Z6E A; 1Z71 A; 1QBO A; 2ZCH P; 1SVP A; 2ZIQ H; 1NFU A; 2NWN A; 3QUM P; 2XBW A; 1HB0 B; 2SNW A; 1PQ5 A; 1AVX A; 1KTT B; 2BXU H; 1CBW C; 2GCT B; 1YKT A; 7GCH G; 3AAV A; 1LHD H; 3PRB A; 1ZRK A; 2ZI2 H; 2BY8 X; 4YZU A; 5F03 A; 2XOK D; 3A80 A; 3P6Z B; 5KED A; 1DT2 A; 3F1S B; 5EJZ A; 3G01 A; 1YC0 A; 3BIU H; 1RTF B; 5K0H A; 4OS7 A; 3BN9 A; 3TGI E; 3T5F H; 1NU7 B; 5JBA S; 1S83 A; 1YCP K; 1CHO G; 4MVN A; 1J14 A; 1S5S A; 4TY6 A; 1C1V H; 3LJO A; 3KGP A; 3M3T A; 3LC3 A; 2VB0 A; 1QL7 A; 2ANY A; 1NFW A; 1O3O A; 1BIT A; 5ETX A; 3S0N A; 1PPG E; 3NXP A; 4A1T A; 4Y7B A; 1AWF H; 2J94 A; 2VWM A; 1P2I A; 1UTJ A; 2UUK B; 1SGT A; 2P3T B; 3A7X A; 1P2M A; 4CHA B; 1QIX B; 2FLB H; 1FAX A; 3MU8 A; 1CQQ A; 2KR7 A; 1IQF A; 2BB4 A; 4YT6 H; 1UTN A; 1P01 A; 3EA7 A; 1WDI A; 5FX5 A; 3FZD A; 2XBX A; 5HXF A; 3M7Q A; 1GGD B; 9LPR A; 5LH8 A; 3NKK A; 1VJA U; 1VJ9 U; 1QBN A; 1Z8I B; 4NIV A; 4AG1 A; 1OWK A; 3BG4 B; 3TIT A; 1WOF A; 4DY7 B; 1HAH H; 1LTO A; 4HFP B; 1ELC A; 1GJ8 B; 1O2Z A; 5EXL A; 1HJ9 A; 4FU9 A; 1THS H; 3MU0 A; 1G3C A; 2FX6 A; 3VG8 A; 3E8L A; 4RT1 A; 4X1S U; 1UJ1 A; 1C2H A; 2O9Q A; 1OWJ A; 1YPJ H; 1A61 H; 1ZSJ A; 3V0X A; 1TRY A; 1BJV A; 1RGQ A; 1ARC A; 2AGE X; 2IJO B; 1EZX C; 4WY3 A; 2F9O A; 2SGF E; 3NUM A; 4XBC A; 4ZHL U; 1YCP H; 1O36 A; 1GDQ A; 1B5G H; 4Y0Z E; 4E7R G; 1C2D A; 2PV9 B; 1N8O B; 1TOM H; 2WPK S; 1UK2 A; 1GHB F; 2ZU5 A; 1MQ6 A; 3ATK A; 4DUR A; 3VPK A; 1XUJ A; 4X1R U; 2XWB I; 4NSV A; 3SJK A; 5FPY A; 1QCP A; 3MU5 A; 3PYH A; 1BIO A; 3GY8 A; 5HIZ A; 5TCA A; 2H9H A; 4AGK A; 3D23 A; 4R8T B; 4BAH B; 2LNC A; 4F49 A; 1G3E A; 1UK4 A; 3SU4 A; 1P3C A; 2K8I A; 2AS9 A; 4HZH A; 4R0I A; 3QTV H; 1A0L A; 2QXJ A; 4TY7 A; 4I86 A; 2ILN A; 1F92 A; 1C5U A; 4BXW A; 3RM2 H; 2UWO A; 3KYF A; 3UR6 A; 3P8N A; 2XYA A; 1ELV A; 1D6W A; 4ISI H; 1MUE B; 1GCD A; 1ARB A; 1JRS A; 5F53 A; 1Q3X A; 1V2W T; 1GJC B; 1AKS A; 1GPZ A; 1TGC A; 1LHF H; 1N6X A; 1CGI E; 2FWW A; 1FIW A; 3SHC H; 2PUX B; 1XVO A; 4P00 A; 1T4U H; 1AGJ A; 1D3D B; 1GI9 B; 3C1K A; 2A5I A; 1F0U A; 1T8N A; 1C4U 2; 3FN8 A; 3Q76 A; 1YLN A; 4Y76 A; 3A86 A; 3PLK A; 3U9A H; 3UWI A; 1F5L A; 1T8M A; 1LHC H; 3BTM E; 4FXG H; 2HRV A; 5LGO A; 1FXY A; 2CXV A; 2EI6 A; 2KCO A; 1CO7 E; 4ZH8 A; 2A7J A; 1SR5 C; 1ZYO A; 2VH0 A; 3OTJ E; 4RKJ B; 1SG8 B; 5C0T A; 4X2X A; 1PPH E; 4YT7 H; 2YMS C; 3NK8 A; 4PRO A; 1TPA E; 3RXH A; 2WHX A; 3P95 A; 5JBB S; 1K1N A; 1O2J A; 4F48 B; 1GJ9 B; 1HRT H; 3PTN A; 1UHB A; 1TFX A; 2ZU2 A; 3PMH B; 1DIC A; 1QRX A; 2PTC E; 1LVO A; 3OAA D; 1CHG A; 1HV7 A; 1EP6 A; 1K22 H; 2F4L A; 1TAL A; 7KME H; 4UFD H; 3GS9 A; 1H8H D; 1P03 A; 1S82 A; 1TNH A; 2F9N A; 3R0F A; 1C2J A; 3OU0 A; 3IG6 B; 1O2H A; 1FAK H; 1JWT A; 1NRQ H; 4FET A; 4BNR A; 1NM6 A; 3IWM A; 3K2U A; 2PSY A; 2WYG A; 5FPS A; 1C2E A; 1V2T T; 1HAX B; 1XXF A; 1TX7 A; 1ABI H; 3GYL B; 4Q7Z A; 2Y5G A; 4ISN A; 4FUE A; 3GY5 A; 1P9S A; 5C94 A; 3SZN A; 1DLE A; 3DSP A; 1GBC A; 3BG8 A; 4BTU B; 1L0Z A; 3T28 A; 1HLT H; 1ELF A; 2BDA A; 2CMY A; 3AW1 A; 5FBI A; 2KX4 A; 3U69 H; 1BRU P; 3PMB B; 1O2O A; 2TRM A; 3SJO A; 4M9F A; 1WBG B; 5IK2 D; 3UIR A; 3SV7 A; 5EOK A; 1F5K U; 2HGT H; 3SU0 A; 1A2C H; 4XD7 D; 1O3G A; 1TRN A; 2HAL A; 2B7D H; 4BAK B; 1K0H A; 4FUB A; 3ZZC A; 5C0U A; 5C5N A; 1GMC F; 1FY4 A; 2FOH A; 3ELA H; 3PV5 A; 4MPV A; 2FPZ A; 3L33 A; 4ZUH A; 1E1Q D; 3PMA B; 4O03 A; 2VNT A; 2Z3C A; 3FKS D; 2NU4 E; 4A5T S; 4BTI B; 1C5M D; 1PYT D; 1YPM H; 4CR5 A; 3TPI Z; 3GCO A; 1GL0 E; 5DJ7 A; 4F55 A; 2TGP Z; 1Y3U A; 2A4G A; 1IQE A; 3CEN A; 1PJP A; 1SQA A; 1WUN H; 1AHT H; 2NU3 E; 2BY7 X; 1YGC H; 1KXB A; 1MAY A; 1YPH C; 3A8A A; 1CA8 B; 3N7D A; 1O5B B; 1BBR H; 3S9C A; 2XBV A; 4M7G A; 3BTT E; 3ZZ5 A; 1XKA C; 3F68 H; 5DKM A; 3T27 A; 1Y59 T; 1GHZ A; 3N7E A; 3T29 A; 2GZ9 A; 1F0S A; 1O2T A; 1KLJ H; 3N99 A; 1T7C A; 3MMG A; 1UW7 A; 2OK5 A; 5EIY A; 1MZD A; 1NPM A; 1DXW A; 1G30 B; 4D76 A; 3D62 A; 1T8O A; 3BTF E; 4X6N A; 1C5Z B; 1HJA C; 4I31 A; 2HWL B; 4D7G A; 1XVM A; 2GX4 A; 3DHK H; 1HXF H; 2Y7Z A; 3ZYE A; 2FX4 A; 2HLD D; 1CT2 E; 4CRF A; 2PKS B; 4K1E A; 1O2S A; 1EAW A; 3ZZ8 A; 2B8O H; 3A88 A; 2RCE A; 1GHW H; 5DSF A; 5GXP A; 2ZFS A; 1UVS H; 4OGY A; 4UFG H; 2AIQ A; 5GCH F; 4KTS A; 3JZ1 B; 2HLC A; 4OS4 A; 1O3H A; 4BAN B; 4NA7 A; 3VB3 A; 3SU6 A; 3KQC A; 3ZVE A; 3M3S A; 5A8Y A; 1P12 E; 8EST E; 2ZQ1 A; 5T6G A; 5LPR A; 1KTS B; 1Y3W A; 2OD3 B; 2P8O C; 1OWE A; 4CRB A; 3NRL A; 1AO5 A; 1F7Z A; 1PPE E; 1PPZ A; 4LK4 A; 1O2G H; 2ZHE H; 5EQR A; 4KEL A; 1PPC E; 3V3M A; 3OFN D; 3M7U A; 2V6N A; 1W11 U; 1LPK B; 1W7X H; 3MNB A; 1W0Y H; 2BY6 X; 1T32 A; 1KIG H; 3A8C A; 1LMW B; 2KAI B; 1FY1 A; 2BX4 A; 1ZML A; 2A5A A; 2Q6F A; 2VWO A; 1HXE H; 1S84 A; 1AQ7 A; 1C9P A; 4MNX A; 4ISH H; 3SJ9 A; 4TYD A; 1TBR H; 4MPU A; 4DW2 U; 2BD3 A; 4NZQ A; 1MU6 B; 2FLR H; 4DG4 A; 1GMC G; 1Z6J H; 2PWX A; 4O3T A; 4GUX A; 1IOE A; 1TGS Z; 5GDS H; 4NIX A; 2TPI Z; 1N1L A; 1RTL A; 2F91 A; 1CT0 E; 1GI3 A; 2P95 A; 1BHX F; 1FLE E; 2OC8 A; 4XE4 A; 1TA2 A; 4AZ2 B; 1XUG A; 2ZHW H; 4YO9 A; 1H9H E; 2CK3 D; 1C5N H; 1HBT H; 1IQL A; 1NT1 A; 1QRZ A; 3CNR A; 3ZZ6 A; 1OOK B; 5DN6 D; 4X2Y A; 4KGA A; 1JIM A; 2UWL A; 1IQK A; 4ABD A; 1P2O A; 3ZZ4 A; 1K2I 1; 2JET C; 2XTT B; 4I8H A; 1V3X A; 1T31 A; 4NG9 H; 4ZAE A; 1BQY A; 5F8Z A; 3VGC C; 4D8N A; 1GL1 A; 2R3Y A; 1MKW K; 4ZKN U; 1CU1 A; 3Q3K A; 2OP9 A; 3BTG E; 1EPT A; 4X2W A; 1QQU A; 3EA8 A; 1A3E H; 4FUD A; 2J5U A; 4Q2K A; 2F83 A; 1O2N A; 1KLI H; 2I6S A; 1Q2W A; 4I33 A; 2Q1J A; 2H1U A; 1XUF A; 1VCP A; 1QRW A; 3HK6 B; 1H9L B; 1VIT H; 2BLV A; 3U8R H; 2CF9 H; 2C8Y B; 2KM0 A; 3D49 H; 5EJ1 A; 4U30 A; 2GVF A; 1LVB A; 1SHY A; 1O5C B; 4A1V A; 2W3I A; 1H8D H; 1SPJ A; 3TIU A; 1MTS A; 1O2K A; 3FAO A; 2GZ7 A; 3UR9 A; 1CE5 A; 2WUB A; 4I8L A; 4BAM B; 3LDX H; 1UVT H; 4HI3 A; 1L1N A; 5DP4 A; 1IHS H; 1O3D A; 1TX8 A; 3KEE A; 1SI5 H; 1ELT A; 1NES E; 3LC5 A; 1YLC A; 1ZLR A; 4ZCN A; 2H9E H; 5B6O A; 1FDP A; 1NN6 A; 2QY0 B; 5T3H A; 1HDT H; 1MTV A; 2HOB A; 3FP8 E; 3GDV A; 2EY4 C; 1SBW A; 4AFU A; 4GAW A; 2AYW A; 1KDQ B; 2WV5 A; 5C5O A; 3UOP A; 1EAS A; 3AW0 A; 3O8B A; 2BDH A; 2THF B; 3LH1 A; 2BY9 X; 5C1X A; 2XBY A; 3M5L A; 1EJA A; 1ZHP A; 4FUJ A; 2JET B; 2RDL A; 1O2U A; 1KLT A; 3VGC B; 1TNL A; 4MDS A; 5E8E H; 3HGP A; 4O9V A; 1MKW H; 3NPS A; 3URD A; 3PO1 C; 1TLD A; 3RMM H; 1B0F A; 3BIV H; 5IYT A; 3RXG A; 2OUA A; 2B5T B; 1W7G H; 3HPT B; 1V2N T; 3SQH E; 2Y80 A; 1Z1I A; 3RUO A; 3F9H A; 2QE7 D; 1W14 U; 3SNE A; 1S0Q A; 2G4T A; 3I77 A; 5T6D A; 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1LHE H; 2OC0 A; 1TGN A; 4ZXX H; 2PLX A; 1QA7 A; 2YOL A; 2STB E; 1K1M A; 1SB1 H; 1GGD C; 3Q3Y A; 4FVB A; 1BRB E; 1K1O A; 2UWP A; 2O8W A; 1K21 H; 1MTW A; 1DAN H; 1C2G A; 1ZTK A; 3LIW A; 3UFA A; 1TB6 H; 1GCT B; 2G4U A; 1GBD A; 1C5V A; 1RD3 B; 2GJG A; 4Y71 A; 5BPE A; 1CVW H; 4I8G A; 5GWZ A; 1NBM D; 2PGB B; 4UDW H; 2BVX H; 1H4W A; 1BMF D; 1BA8 B; 4NA8 A; 1P05 A; 2A4O A; 2ZFR H; 2AIP A; 2FOA A; 1O3N A; 2XND D; 3QWC H; 1LQE A; 4B76 A; 5A0A E; 1EB1 H; 2GP9 B; 3LPR A; 4J2Y B; 3K65 B; 2O8T A; 1P2Q A; 1D3P B; 1ZR0 A; 4K5Z A; 2R9P A; 1ETT H; 1O5E H; 1JXP A; 1ZPC A; 1ELE E; 2ZPQ A; 2CHA C; 2V3M A; 1G36 A; 2H5D A; 4CRE A; 3SUF A; 1AN1 E; 1N8O C; 2BD4 A; 2R2W U; 3A7T A; 2VIN A; 3DT0 H; 4YM9 A; 5ESB A; 1TA6 A; 1UVP A; 1FX0 B; 1BCU H; 2YNB A; 4RSP A; 2ZC9 H; 1XX9 A; 3LGV A; 3URE A; 4IC5 A; 3SV8 A; 4K1S A; 3GDS A; 2GCH G; 1KSN A; 3KQD A; 4EST E; 1X7A C; 4ZXY H; 1V2L T; 4UD9 H; 2JJ1 D; 4J1Y A; 1G3D A; 1YPH E; 1FMG A; 1GBJ A; 1S6H A; 1GBF A; 2ALP A; 1YPK H; 1DY9 A; 1O5D H; 1QL9 A; 3OY5 U; 2BD7 A; 2JH5 D; 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