2V51B

Structure of mal-rpel1 complexed to actin
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
367
structure length
351
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSLTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein/contractile protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title Molecular basis for G-actin binding to RPEL motifs from the serum response factor coactivator MAL.
pubmed doi rcsb
total genus 122
structure length 351
sequence length 367
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v51B01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2v51B02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2v51B03
3QICA 1NGBA 3IFRA 4CJ7A 2E1ZA 4BRQA 3C7NA 4XEIA 1QHAA 3QBWA 4FWQA 4BRFA 3HM8A 2BUPA 3VEXA 3VETA 2ASOA 2A6AA 4IJNA 4CD1A 3RSEA 2P9SA 3MN6A 3DXKB 2J4RA 5AQNA 3U9DA 4BVPA 3JS6A 4RCHA 3WXJA 4L3QA 3MN9A 1KXPA 4YDUC 3O80A 3ULEB 2A3ZA 4B1UB 4BRLA 1NGHA 5LY3A 4EHUA 2FSKA 4NO7A 5AQTA 4H0XB 1BUPA 2V7ZA 5AR0A 5BRHA 4H5WA 3L6QA 3VF2A 1GLCG 2ZWHA 3GG4A 1E4GT 2HOEA 3ZETB 3MN7A 4WQ5C 3HI0A 4K25A 4FL9A 4WQ5A 1OKJA 3BF3A 5AQSA 3IUCA 3M6GA 3AARA 1QQNA 3WT0A 4ISFA 3R9PA 2D0PA 3H46O 5FPMA 2D1KA 2P9NB 3BP8A 1CZAN 5F0XA 2PBDA 3AY9A 3CJ9A 3A5MC 1IJJA 1S3XA 4WQ4A 5EXWA 4JD2B 3DXKA 1TUYA 3WQTA 5AQRA 2NLXA 2QXLA 3H1QA 5JLFA 3ULEA 3EN9A 3U8XA 4EIAA 3QB0A 5BRFA 1NWKA 3L4IA 4MO5A 4QS9A 4B1YB 4FSVA 1QZ5A 1HJOA 3FR0A 5AQGA 2F9TA 3WXLA 4A2AA 4BVOA 4BRDA 2GEMA 4MO4A 2I7NA 4EAHD 3VESA 3UKUA 3WEEB 4KBOA 4B1VA 5F2RA 3LDNA 2IIRA 1NBWA 2P9NA 1X3NA 1XQSC 2FF3B 3TPQA 2ZGZA 4H0TB 1MWMA 4BG8A 1WUAA 4XH4A 3FZHA 4FPBA 3AAQA 4BQLA 3M1FA 2FLOA 4HWIA 1JCGA 4JNEA 1BO5O 5KQ8A 5BPNA 2P9IB 5AQMA 1GLLO 3A5OC 3BF1A 3A5LC 3IMXA 2QWRA 5AQHA 1RGIA 2QWLA 3EKSA 3IDHA 3U4LA 3DAWA 4IZ9A 4CBUA 1JCFA 4PKIA 3L0QA 3VOVA 3VEWA 5AQQA 4WYBA 1NGJA 1KAZA 5BRDA 4JN4A 3VGKA 4MLEA 3QMLA 4O8KA 3LM9A 4H5VA 2PAVA 4JAXA 3WEEA 2F9WA 1XC3A 3ENOA 5FPNA 2YHWA 2YJFA 4M7YA 3CI5A 1KAXA 4K42A 3KVGA 3QFPA 1HKGA 5BPMA 3AAPA 3I8BA 3WQUA 3O4WA 2A42A 1ESVA 5AQLA 3D7EO 1GLJO 1HX1A 4BG9A 5KPTA 4DB3A 1G99A 3P4IA 4BROA 4BC5A 1J6ZA 5AQVA 4FPAA 5BREA 1U2VB 2HF3A 3R6MA 3GBTA 5ADXA 2YCHA 4FWMA 2E2QA 3FZFA 5AQXA 3VF4A 4M7XA 1YVNA 2IVNA 1U6ZA 1HPMA 5E26A 3ZX2A 4EFHA 1C0FA 3O5BA 4BRGA 3CJ7A 1NM1A 3H3NO 4CZEA 4I6MB 4CZGA 3CQXA 2YHXA 1ZC6A 2D4WA 2E2NA 4FOIA 4NB4A 3CETA 4GY2B 1QZ6A 3D2EA 1Q18A 2FXUA 3DJCA 5B8HA 3CQYA 4BR4A 4BREA 3VEZA 1BA1A 1P8ZA 1NGCA 5AQPA 5AQUA 4F9OA 3WXIA 5JMVA 3SJHA 4AM6A 1U2VA 2E1YA 3GE1A 3LDPA 2E8AA 3W0LA 3ENHA 1NGEA 5AZIB 5F1XA 4C23A 4ISGA 3LDLA 5LJWA 4WQ4C 3FFKB 1YAGA 1S22A 1V4SA 4RTFD 2CH5A 1MDUB 1R59O 2CH6A 2NRHA 2GTDA 3O1WA 3VERA 2UYTA 3FE1A 2H3GX 2Q31A 4I6MA 1C0GA 3WUHA 5AZJB 1SQKA 4FWLA 3LDQA 5CE3A 4CD3A 4CZMA 3VENA 2YI1A 2QWPA 3ATUA 4CI6A 4FWPA 3H6EA 4MLHA 3ZEUB 5AQIA 3ZETA 2QWMA 2E2PA 2FSNA 4PKHA 4O5FA 4H5TA 1T44A 3B8AX 3VEYA 3G25A 1D4XA 4A61A 4H0OA 3FZLA 4HTLA 5AZIA 2A5XA 4BR9A 3CJBA 4PL7A 1BDGA 1K8KB 4FWKA 3D2FB 4XH1A 4JD2A 4BRIA 5FPDA 3VGMA 4BRMA 5LJVA 3MCPA 4CZLA 1ZXOA 1ATSA 1EQYA 5AQJA 1BOTO 2Q97A 1GLDG 5AZJA 3FZMA 4BRNA 4H0PA 1BG3A 3EZWA 5AFUA 2QW9A 2V7YA 3GDQA 5BN8A 4B1XB 2QWOA 4IXCA 4B1ZA 4BC4A 1V4TA 3ZEUA 4RWTA 1QQOA 3ATVA 5FPEA 1NGFA 2P9KB 1Y64A 4IWVA 3SK3A 4BQZA 3R8EA 3MK6A 2BTFA 3MMVA 2ASMA 3ZX0A 5KPZA 1BA0A 1NLVA 4IO8A 4CZIA 5AFUH 1MA9B 3CJ1A 5EY4A 2I7PA 2E2OA 4BR0A 2AP1A 1K8KA 3UKRB 5ELZA 5JLHA 4K41A 1YUWA 2Q1NA 2VYPA 3QFUA 2OANA 4FOEA 3DXMB 2P9IA 3ZX3A 3EO3A 4PL8A 3SMPA 3FGUA 3VEVA 4A62A 1Z6RA 4K43A 3VF6A 3CJCA 3HTVA 1TUUA 1HUXA 3S41A 4XH5A 3QDKA 2YJEA 2QWNA 4B1WB 4CZFA 3KZBA 4FO0A 4BGBA 1RFQA 2P9KA 1BU6O 3SMSA 2GUPA 1TYQB 4AM7A 2CGKA 2DPNA 2HF4A 3H45C 5TKYA 4BR7A 5AQYA 5ADXH 3I33A 1IG8A 1T6DA 1SZ2A 4JHDB 3A8YA 1QQMA 3BUZB 1NGDA 4A2BA 4FWSA 2Q2RA 3UKRA 2P9PB 3FZKA 1JCEA 3HSCA 1GLEG 4J8FA 3A0IX 3JXUA 3DXMA 4QS8A 1YXQA 2VCPA 4CBWA 1Z05A 3VGLA 5EVZA 1X3MA 4YDUA 3O08A 2FSJA 3CERA 1MWKA 1DGKN 1GLBG 2QWQA 3SLCA 4QS7A 1NMDA 1NGAA 4DCHA 1TYQA 2AA4A 2NZTA 3UKUB 4DQ8A 3F9MA 5JICA 2YHYA 3O1BA 5BPLA 2A41A 3QBXA 4JHDA 1ZBSA 3M3ZA 1ATNA 2WUSA 2EWSA 3WXKA 3MN5A 2P9PA 2Q0UA 2ZF5O 2ZGYA 4FWOA 2D0OA 4CBXA 4BRKA 4LC9B 5AQZA 1H1VA 4BR5A 5E84A 3CJAA 3A5NC 2IVPA 1RDWX 2GELA 1X9JA 4Y0WA 2FF6A 3BEXA 2A40A 3HZ6A 4CZJA 4BRCA 2GWJA 5I9EB 4ISEA 4EHTA 4BC2A 5KQDA 1HKCA 1GLAG 4IJAA 4H0VB 2HMPA 3J8AA 2P9UB 3LL3A 2IVOA 1LCUA 2P9LB 3HBTA 2VWBA 1DEJA 2Q36A 1WOQA 4H03B 1NGGA 4B9QA 3H3OB 4FWNA 3EKUA 1SAZA 2Q0RA 2QM1A 5AQKA 3O8MA 4BC3A 3LDOA 4CZHA 3KHYA 1T6CA 4GNIA 4CZKA 2E88A 4M63C 3OHRA 1HKBA 1XUPO 2ITMA 3VPZA 2V51B 2W41A 4DHYA 5AQOA 2W40A 3GOIA 3H1VX 2ASPA 4BRHA 3UB5A 3VEOA 2KHOA 4Z94A 3C7NB 1KAYA 3DWLA 3GL1A 4PKGA 1ATRA 3LM2A 3W3DA 3CIPA 3UE5A 3D2FA 3EL2A 5AQWA 3RSEB 2P9SB 4BR2A 5AQFA 3TU5A 3FLCO 4H0YB 4E1JA 3C0BA 2P9UA 1NGIA 2GWKA 2CGJA 3O6WA 2P9LA 3MDQA 5BN9A 1LOTB 2V52B 4H5NA 1DKGD 4BRAA 3D2EB 4BGAA 1E4FT 4H5RA 1HLUA 4FWRA 1GLFO 3ID8A 5EOYA 3U9ZA 4BRPA 5EX5A 1BWFO 2CGLA 5KPRA 5BR9A 2E20A 3CHWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HHUA 1BCOA 3HM8A 3THVA 4GMJB 3VEXA 2QTDA 1HRHA 4YOYA 5LMUK 2VQFK 3AV9A 2HHHK 4BVPA 3JS6A 1K73O 4YDUC 3O80A 1KVCA 2A3ZA 1RBUA 2O8CB 3AVLA 1RT4A 4CJ3A 2PZSA 1BUPA 2XRIA 1RDDA 2V7ZA 5BRHA 2ZWHA 1E4GT 1C0TA 1IKVA 3LWMA 1SV5A 2OCEA 4PY5A 1YT3A 4CJVA 4K25A 1FKOA 1OKJA 5AQSA 1LAVA 4Q0BA 2VGNA 1U04A 3AARA 1QQNA 1VQ8N 5CYQA 3TR8A 3M8SA 3BP8A 4KHWA 3OYIA 5J2QA 3AY9A 1RTHA 1LW0A 1IJJA 1S3XA 4WQ4A 1YTUA 5EXWA 4DR1K 5KGWA 3H1QA 4J2DA 2AJQA 2E4LA 2B5JA 2O4IA 1I3AA 3QB0A 3L4IA 4CF0A 4BWMA 1QZ5A 1NK4A 3CCVN 3LZJA 4CHOA 4M3ZA 4JLHA 1S6QA 3M5RA 2I7NA 4KBOA 5HRRA 3G6EN 4GV3A 2YNHA 5D3GA 2UXBK 4DR3K 3TPQA 2ZGZA 4H0TB 4DLEA 3SUOA 2D0AA 5AQMA 2QWRA 3PUFA 2GBZA 3EKSA 3L3VA 2RPIA 3V6DA 4GKKK 4K0KK 1SL2A 1SKRA 5AQQA 1VHXA 4WYBA 5IT9O 4JN4A 1NOZA 4W5RA 3L3UA 2Z1HA 2IDOA 3QMLA 3IS9A 5CHIA 3J81O 4H5VA 4C8MA 2PAVA 1B92A 4DWIA 4JV5K 5FPNA 2YJFA 1BI4A 1RTIA 3KVGA 1HKGA 5GIOA 4A5BA 3PY8A 4FJJA 4LFCK 3AAPA 3TAMA 5JENA 3HXMA 4E89A 4LF7K 5AQLA 4CFAA 3EZ5A 1NJWA 4FPAA 4PUOA 4DLGA 4ID5A 2XY6A 3T1YK 2IAJA 2HF3A 3R6MA 3KIOA 4FJIA 2NRZA 3FZFA 2ATQA 5AQXA 3RRGA 2QA4N 3ULDA 1NKCA 4K8XA 3ZYYX 3F73A 4WF9L 3VQBA 2D0BA 4EFHA 3O5BA 1GOCA 4BRGA 4DTUA 2XHBA 2KFZA 4JI2K 3CJ7A 4DQSA 4FLUA 3T69A 1JLAA 1NK6A 3CCUN 4IFYA 4CZGA 4JI6K 2ZJPL 1TKTA 1ZC6A 1VRTA 2D4WA 4KH6A 4FOIA 4JKHA 3ZLJA 3MAQA 2F7TA 4BREA 4BE7B 1VQ5N 4B3SK 5AQPA 4F9OA 5C25A 3HJFA 3SJHA 2E1YA 4DSEA 4O4GA 1BCMA 1RBSA 4C23A 3O4QA 3LDLA 5LJWA 5CR4A 5C42A 4LD0A 4LFAK 1FXXA 3E9LA 2F8TA 1V4SA 3E66A 5SWMA 2GTDA 4E7HA 4OO1J 1UAXA 4CE9A 3LDQA 3RVCA 1SL0A 4CZMA 5LL6Z 4CI6A 4FWPA 2NRWA 1KFDA 4WFBL 3OYHA 3H6EA 4WFAL 4GV6A 2QWMA 3PSFA 3SQ0A 1OVYA 4B9SA 4Y1DA 4H0OA 1JXEA 3HVTA 2VG6A 3KK7A 5AZIA 3AO3A 3LP3A 1RDAA 4L8RB 1VRUA 1BDGA 4FWKA 4CK2A 2ZE2A 4CJPA 3AVJA 4LFBK 4BRIA 4H8KA 3VGMA 3OJUA 3ENBA 3M8PA 5SZTA 3VQ4A 3OS1A 5AZJA 3FZMA 4OLBA 1BG3A 3EZWA 3OS0A 5AFUA 4KTQA 2ZJRL 4FLZA 1B9FA 2QWOA 1Q82O 1VQ7N 4B1ZA 4BC4A 5HRNA 2ZJQL 3ZCMA 3ZEUA 1QQOA 4Y1CA 4OPAA 3TTDA 4KHUA 3SK3A 1W9HA 3NGZA 3D45A 3MK6A 1ZBLA 5KPZA 1BA0A 4BDYA 5AFUH 4FJ9A 1WAJA 1YJWN 1K8KA 3UKRB 5DMRA 2HMIA 5ELZA 4IEEA 4A59A 2VYPA 2HHWA 2YNIA 4F3OA 2OANA 4CGHA 3DXMB 2P9IA 4FLXA 3V4IA 1W2BM 1IBMK 1LAWA 4JI0K 3CC2N 1Z6RA 1TUUA 4DV3K 1IO2A 3S41A 4XH5A 1KTQA 4DF8A 1XWLA 4KI6A 4FO0A 3KWIA 1RBVA 4LF9K 1VSIA 1RT3A 4KAZA 4JK9A 3CXCM 1TYQB 4AM7A 3L2QA 4JRQA 1IKXA 3ZT0A 1WSEA 5AQYA 1IG8A 1SZ2A 4JHDB 4OPKA 3CFOA 2OYQA 3CCLN 2QI2A 1GLEG 1HQUA 4FW2A 4J8FA 4QS8A 2VCPA 4JI3K 3M8RA 1L3UA 3VGLA 3THYA 5EVZA 4BE0A 4Z4CA 1X3MA 3O08A 4JEPA 1VQKN 4KHPK 3PX6A 2C1IA 4CGIA 1GLBG 3KK3A 2QWQA 3SLCA 1ZYQA 2YNFA 4QS7A 3HYFA 3L2VA 2Z1GA 4LF6K 4YOWA 4C1NI 4CF2A 3TWHA 4DV2K 5JVHL 3TTCA 4XIUA 3QBXA 3M3ZA 3OJSA 2WUSA 1FW6A 4E0DA 2HHIA 4Z0UA 3LANA 2BH1A 5M1OA 4FWOA 4DMNA 2HSTA 4LC9B 4OKJA 1DTQA 4BR5A 3CYGA 3CJAA 1WNSA 1IBKK 1A5VA 1YVUA 2IVPA 1X9JA 5JVGL 4Y0WA 3D0PA 2DTUA 1C1BA 3T7ZA 2P5GA 4ISEA 4EHTA 4BC2A 5KQDA 4O55A 2KFNA 4IJAA 5M1FA 4R5PA 3KKRA 1BIUA 2P9UB 1HQEA 3LL3A 1KC8O 1DEJA 4H03B 5LJVA 3H3OB 2QM1A 4BC3A 3EEQA 3B6PA 4EZ6A 3JYTA 3DLHA 4CZKA 4BEBA 5FLXO 3DOLA 3AVHA 1NK8A 1RT6A 2V51B 4WCEL 2W41A 3GOIA 3V9SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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