2V5LA

Structures of the open and closed state of trypanosomal triosephosphate isomerase: as observed in a new crystal form: implications for the reaction mechanism
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title Structures of the Open and Closed State of Trypanosomal Triosephosphate Isomerase: As Observed in a New Crystal Form: Implications for the Reaction Mechanism
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 93
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2v5lA00
3SFKA 2W0UA 1XBXA 3MW7A 1A5SA 1U83A 3BG5A 5EPDA 2WSYA 3T7VA 3IV3A 3M9YA 3EEGA 1VGAA 4HNTA 1DVJA 1O94A 4MLRA 4O12A 1UJPA 1E51A 3BO9A 3IIOA 3LLDA 2ZZ1A 1G7UA 1VCFA 4YCOA 2WPBA 1M5WA 1M6JA 3NPWA 5TIMA 3O6DA 1FUYA 3CLMA 3EKZA 3W7PA 5CZTA 1I8JA 2ZRUA 3OG3A 1LRNA 1TTQA 1JCXA 4LOCA 3F4WA 1OABA 3EX6A 3C2RA 2ZA2A 2WOQA 4OV4A 4TO8A 3G24A 1J2WA 3W76A 1P5BA 2CWNA 3CB8A 3GDLA 2H8ZA 4K8EA 3LTPA 1OFAA 5HULA 1W5MA 2H3BA 1NF0A 3LTSA 5HWJA 3GR7A 3CC1A 3R5EA 3N2XA 4C1KA 5AC7A 1JR1A 1LYXA 1HL2A 3S1WA 2H8XA 5F2MA 2W6RA 1KLZA 3N9SA 3B05A 8TIMA 4IJBA 2Y70A 3LHWA 3W83A 1H1ZA 3UY8A 1F73A 4FEZA 3F1QA 2DU2A 1EP1A 3M43A 4LVGA 5U4NA 2FPYA 4CQAA 1Q3NA 4O1DA 3UXAA 1TO3A 4JGDA 1W5QA 2GVJA 3HPZA 3A21A 3S5OA 4Y96A 3QMRA 1THFD 3A5VA 4I7VA 3PF3A 1NVMA 4ADTA 3GXPA 1T8XA 3PBVA 3C2OA 4MFEA 4UTTA 4OWGA 1VS1A 2NWSA 1PVNA 4MZ8A 3UQNA 1QOQA 5CSSA 3IGUA 2Y89A 2VFIA 4EOUA 5CZSA 3TQKA 1D3GA 4JY9A 4BWLC 3CT7A 3ABOA 3QF0A 4DO4A 2YXGA 4TU1A 4QM1A 2QCLA 3AJXA 4FX6M 1Z41A 3NGJA 5K9DA 3P7YA 3LOTA 4EF9A 1RZMA 4A2RA 1PS9A 3QPZA 4BI5A 5I3IA 4N9EA 4E2BA 4LVBA 1K7XA 3PVFA 3S5NA 4NT0A 5TBOA 4G1KA 3SGZA 2OCZA 2ZZ3A 3M7WA 4A22A 2C14A 4IUOA 5CPLA 4XBSA 1MEWA 4N02A 5FEZA 1TRDA 2ZZ4A 2ISVA 1D9EA 1SW3A 2F7FA 3P61A 1FWTA 3KRSA 3E0IA 3UNDA 1GQNA 1TREA 4UNLA 4ZQPA 1SO4A 1ZFJA 2JGQA 4I7UA 5F2GA 2YFNA 5I3GA 3L2IA 6ALDA 1ZAJA 2PE4A 2C16A 4PFMA 5K9XA 1WXJA 5D09A 5BRBA 3I7SA 4CQ8A 3PUOA 2QCEA 3MP5A 1SR9A 1MEIA 2WNNA 1XI3A 3G1FA 4M5PA 2FB2A 3R2GA 3M1ZA 2A2IA 1S5VA 2CLFA 2YYTA 1QAPA 3OIXA 3IIVA 2KZHA 3LRLA 1VPXA 2R94A 3MHUA 3BW2A 1IXOA 2VFDA 4MZ1A 4O1BA 4A3UA 4AHPA 3FKRA 3HG3A 3TSDA 5DN1A 4N6EA 1W3NA 3C56A 2J9ZA 5J5DA 2YSWA 1QWGA 1F6PA 3NNTA 3GX9A 3VKJA 4HNUA 2E5BA 4O18A 3MP4A 1XUUA 4S2BA 4WY0F 4ZMGA 3PB2A 3SI9A 5HJLA 2VKZG 1FWWA 4IPIA 4JIPA 5AHMA 5BNKA 4RJEA 4O28A 2CZFA 3DXIA 1WBJA 2C3ZA 3FYOA 1QO2A 1SO6A 1W5NA 3PBWA 4AF0B 2I1OA 2P0OA 4JTIA 3SGUA 2V2CA 1B3OA 5K2ZA 2G95A 3FIGA 3LHYA 3MI6A 1OVDA 4H6KA 3EB2A 2WNZA 2AQWA 4JYFA 1YDVA 5G2HA 4ALDA 2Q3OA 3NQ8A 4QNWA 1LZOA 1JCMP 5C55A 2QJHA 4FNQA 4ZQMA 3LX9A 4MYXA 2C15A 3G8EA 1WDWA 3G0UA 1W54A 4YCPA 4WUIA 2FDSA 3WJYA 4X2RA 3NO5A 2GJLA 2TYSA 3TCEA 3LM7A 1ZALA 4D2JA 5SWUA 2CW6A 4N9DA 2HTMA 1TTJA 4DF2A 3IIPA 3HGOA 2AAMA 5I3HA 3T4CA 4B5NA 4PEKA 4UFHA 3ABQA 4XTDA 4EVZA 3M47A 4LS1A 4N4PA 1I2NA 1WQ5A 4AAJA 1EEPA 2QCFA 2Y7DA 3HG2A 4JX5A 2ALDA 2D73A 2A7NA 1XXXA 4RXGA 3C6CA 1KFBA 4UFLA 1YYAA 5AOUA 4O50A 4YMZA 3SW6A 4OE7A 5J5RA 1TTIA 3FA5A 2DZXA 2RH9A 2CU0A 2CLKA 3C4UA 2E09A 3WJXA 3W7JA 2DJXA 1YPIA 4FX7A 3A23A 1PIIA 7TIMA 3C61A 3QW4B 1W56A 1GYNA 2P1FA 2FPTA 5G2WA 2WV8A 1DQXA 3N34A 3GNNA 4HPJA 3EWBX 2V30A 1G4SA 3L5MA 4IPJA 4M19A 5AFDA 3KVJA 5D2VA 2CFFA 2B7NA 2CLIA 4HNNA 1W5PA 1X7FA 3QSRA 3S9YA 1V7YA 3O07A 3W1NA 3W74A 1H7OA 3G1HA 3I7QA 4JTJA 1P1XA 1ME8A 3OHIA 4NXSA 3NQGA 5IM51 4X3ZA 4IXHA 3L5LA 1DJQA 4PL2A 2BX7A 1VYPX 3NQVA 1VHCA 4ADUA 4CCDA 5CPNA 5HNRA 3W1XA 1S5WA 5GVJA 3PAJA 1BTMA 3DZ1A 3IRDA 2QCDA 2QUVA 3LHTA 1J4EA 3C2EA 3TV8A 4WD0A 4ZQRA 4S1FA 3LTYA 3L68A 4CCEA 3W71A 3ZFHA 1KV8A 2C19A 4NJHA 2V8ZA 4BI7A 3TIMA 4OBTA 5CKSA 3GLCA 3TAOA 4DBEA 4RX0A 1VLIA 3P60A 3PSVA 1X1ZA 5DY2A 3S8HA 2FB3A 3LCIA 2R8WA 1PL9A 3UPWA 4MUZA 1H60A 3LLFA 5FF4A 3TKFA 1WAUA 1XM3A 4AXKA 3MMTA 4LY8A 1HUVA 2WSRA 1OFQA 1M7OA 3A22A 5DLCA 2NV2A 4MPQA 1K7FA 1TQJA 1U5JA 4L4LA 3LXCA 1LOSA 3TROA 4Z1DA 1W1ZA 3HIJA 3W7EA 1TPFA 4FF7A 2V5BA 5AHLA 5K3VA 3EX3A 2J24A 1OX4A 2QKFA 2TRSA 3UWYA 1H51A 2Y7EA 3W1TA 3DKJA 1Q6QA 1LBMA 3PUDA 3NPXA 4XWUA 3P8IA 2WSQA 1DOSA 1L6SA 4K7YA 5FEWA 1C8VA 1C9DA 3EWYA 5CPMA 2E6DA 3CWNA 5AYYA 3GIYA 1QFEA 3Q58A 4JTSA 3STGA 3UY7A 1LBFA 1FDYA 2ZTJA 5LNUA 5KMYA 3BVJA 1GWJA 2E1DA 4XBKA 1YTKA 2CLEA 4FXRA 4RXFA 1F2JA 1WV2A 1TV8A 5TQLA 2CLHA 3E12A 3M44A 4LU0A 2DJLA 2B7PA 5H91A 2P10A 1KTBA 3HQ1A 3NQFA 2V5LA 5D04C 1EA0A 2NUXA 4NNCA 3INPA 3LV6A 2RHGA 1Y0EA 1MSSA 2Y7GA 2YGYA 3NQDA 2C1HA 4ZQOA 2NUYA 4PC8A 4UFMA 3UWZA 3W2LA 1OYBA 2ZRVA 1B57A 4N4QA 3TH6A 5HR7A 1W3TA 3F03K 2UV8G 1TSIA 1JRCA 2ZYFA 3W1AA 1TV7A 1L6WA 3NQAA 4UTMA 4N6FA 4NUWA 3W2KA 2OX1A 1LP6A 3NQEA 2A7RA 2E6FA 4MFDA 4FXSA 1I2PA 4HKPA 2DZUA 5D38A 4X9SA 1YDNA 1VHNA 4PL1A 4W9TA 3KX6A 3EX1A 2CZ5A 1YTEA 1T99A 3TQ0A 4A29A 3M5ZA 1GEQA 1F05A 3D0CA 3CWOX 4UTJA 3RU6A 4AWSA 2JBMA 3B8DA 1UUOA 3HMJG 4O4WA 2WKJA 5AHIA 1H7WA 3NL3A 4JIQA 1GVRA 5KZEA 5KTLA 1HO4A 3NA8A 3QMTA 1GVFA 4MKNA 4MY8A 1VJIA 3W7KA 3TC6A 3DI1A 4UTWA 1O5KA 1IGSA 5D03A 3L0GA 1LOQA 4UTUA 1CX9A 1VYSX 3QPYA 3FLUA 1VQTA 3VFLA 2PC4A 1LBLA 3C3NA 3GK0A 4QITA 3W86A 3Q2DA 1ZCOA 1OFDA 3NPVA 3W84A 4AMAA 4ML9A 5C6MA 4CNOA 1F7BA 5AYXA 4UFIA 4OHQA 1SZNA 4P2VA 3TFXA 3WK1A 1GOXA 3QFEA 4CLMA 4I7WA 2J6XA 4R53A 2V0TA 3S0CA 3QEZA 3UZJA 2FPVA 3TXZA 6TIMA 1BEUA 1QPRA 4N9CA 2J9YA 1KM4A 3THQA 5HR6A 2A21A 1SSDA 1IXNA 4RZ4A 1H7XA 1SPQA 4AB4A 1GVQA 3EWXA 3NQ7A 2A85A 4YLWA 4UTKA 1TPVA 4WY0A 3MI3A 3RF9A 2R91A 4UFJA 1I2QA 3G1YA 1VYRA 4Z0SA 2JKEA 1YLVA 2GPTA 4ORMA 1MZHA 1VRDA 4FNSA 5K9CA 2BLEA 2XFWA 1DQWA 3NYZA 1M7PA 1EP3A 5FF7A 3W7RA 1OX5A 4RV8A 2ZZ6A 4O0ZA 3RFAA 4LUIA 1CI1A 5F1VA 5FI8A 3O8AA 2QUUA 4K38A 3SECA 4K36A 2BSLA 2FJKA 2LLEA 3DHFA 3H55A 3DFQA 3GDRA 1JCLA 1F74A 1SFJA 1R30A 5D32A 5K4XA 3BW3A 3M5YA 2VFFA 3E9AA 4AVFA 4C1LA 2YFOA 1XBZA 1QPNA 3KAOA 4JDBA 1TCDA 1F6KA 4A2SA 1RQBA 5EYWA 5AB3A 1W8SA 1GVOA 4DELA 2DZVA 4JDYA 1KM6A 5EKYA 1Q6RA 4MYAA 5G4EA 2QAPA 2G97A 1QDSA 4N2YA 2J9XA 1RPXA 5CSRA 1RVGA 4JY8A 1CW2A 2Q8LA 4BWLA 1OYCA 3N73A 1RQHA 4JXCA 1I45A 2B0MA 1ZY9A 3TNOA 4E38A 1I4NA 3E96A 3W2UA 1PCWA 3UZ5A 1X6UA 1KBIA 1FX6A 1RV8A 3TMLA 3QZEA 3RNDA 5LZLA 2ATSA 1OF6A 2NUWA 1W3IA 1TYGA 4ICNA 3I68A 1SZEA 3R89A 4HN4A 4IMEA 1KLYA 2ZA3A 1XC4A 4NJGA 5FEPA 2YZRA 1FWRA 2NXHA 4IWWA 3N14A 3STCA 3W9ZA 3QRHA 2O7QA 4YXGA 3W7DA 1RR2A 1FBAA 4Q33A 3SZ8A 2Y63A 3P8JA 3UYCA 3STEA 5IBXC 1OJXA 1R2TA 4NX0A 3PULA 1OFOA 3NPUA 3G18A 1FWNA 3L9CA 2GVGA 3M16A 5D2XA 1S5TA 3ABSA 5AN7A 2FQIA 4KWVA 4AWUA 5G1YA 4GUIA 1G4EA 4QJ1A 1TMHA 1TJRA 3IGSA 4X22A 4FO4A 1ONRA 1TRIA 2QEZA 2QCDB 4TR9A 1EUAA 3LHZA 4JYEA 3TSMA 2DZPA 3BW4A 3W7NA 5AHNA 4JTFA 5FESA 2OMAA 1F5ZA 2YR1A 3PSWA 4XZ9A 1KFJA 1R46A 3SSJA 1K03A 4O1AA 1SO5A 2QCGA 3DENA 3GDKA 2ZDRA 1D3HA 2TPSA 1SO3A 4LC8A 3B0VC 2IQTA 1F76A 2GQAA 4PODA 1EX5A 3HF3A 3TW6A 2GQ9A 4HT3A 1KFCA 4Y6GA 3UWWA 3B04A 1JJKA 2H6RA 1GYLA 2GJNA 4K8HA 4NZFA 2QCCA 4XQ6A 4Z08A 3PG8A 1WOBA 2NV1A 4GUGA 1J5TA 4PA8A 2EAWA 1G7VA 1H61A 5C5YA 2Z2UA 2XN1A 1KM2A 3LRMA 2BXVA 1LDCA 3W1RA 4AH7A 3JR2A 2VFGA 3BG3A 3W6YA 1N55A 4DPPA 4BI6A 3CTLA 3PY2A 1IIHA 1OX4B 1KV5A 1LLWA 1H7NA 1SW7A 3O16A 3A24A 3W7MA 1WYIA 5H2ZA 4EF8A 3HBLA 4LT9A 4HHPA 3B03A 4OV9A 3WK0A 1OX6A 1QNVA 1VLWA 4DEFA 2E6YA 3TXVA 1NSJA 1GG0A 5K4ZA 3NL2A 2QAFA 4KFNA 1ZAHA 3F4NA 1DL3A 5HINA 3W7GA 4IX2A 4WOZA 1TPDA 3ELFA 3O6YX 2ABAA 4NU7A 5D05A 1H50A 3I7RA 5C2XA 3G1DA 3KFTA 3TA6A 3GAKA 1ICQA 2I9EA 1DORA 2QCHA 3HOJA 4MVAA 5DBUA 3W3OA 5DY3A 4GJ1A 3KHJA 1H1YA 4GNJA 3LB0A 1A5BA 4O57A 1KM1A 4UTIA 3W1LA 3W1UA 4BFAA 2YPIA 1VCVA 4UMCA 2C6QA 1BWKA 2VFEA 4JN6A 3HGSA 3IVUA 4Q4KA 4XTIA 3NL5A 3LCLA 4FNRA 3PC0A 3IGXA 4JTGA 1K02A 1SQ7A 1G4TA 1W37A 3LCXA 2QCNA 1B4KA 2CLOA 1FDJA 4GWEA 1SW0A 1VC4A 1AG1O 1O60A 4UTLA 3DFOA 3P74A 1DJNA 4O52A 3U6WA 2NX9A 4HNVA 4U4MA 4M6VA 2G5WA 3W72A 4O53A 1N8FA 4O11A 2HMCA 3UWQA 3UXDA 1TIMA 2ZRWA 3QQ0A 4O19A 3DBPA 4WJEA 2PRLA 4M6PA 2FFCA 4FX8A 1H7PA 2A7PA 1TJPA 3E02A 4OU1A 3SY5A 4JYDA 3SJ3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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