2VELA

Structure-based enzyme engineering efforts with an inactive monomeric tim variant: the importance of a single point mutation for generating an active site with suitable binding properties
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords GLYCOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title Structure-Based Protein Engineering Efforts with a Monomeric Tim Variant: The Importance of a Single Point Mutation for Generating an Active Site with Suitable Binding Properties.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 88
structure length 238
sequence length 238
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2velA00
3NA8A 3MJYA 3HQ1A 1H62A 5GVJA 3W72A 5I3FA 1THFD 1Z44A 3KRUA 3V1PA 3NQVA 3GX9A 3QW3A 1LRTA 3GR8A 3CM4A 1MEHA 3L68A 3I7SA 1A5SA 5AHNA 1ZNNA 3FIGA 1OK4A 3UPBA 2NX3A 5LHEA 3P8JA 3OIXA 2ZYFA 4FNRA 3KFTA 3NPUA 3ATZA 1GVFA 3TXZA 4PODA 2B7OA 3B4UA 3DFQA 1F2JA 3KVLA 4I7UA 4ZQMA 1BEUA 1TV8A 5AC8A 5G4EA 2QCFA 3QMTA 3VKJA 1F5ZA 2VFIA 5U7SA 4LTSA 3NQFA 4AWSA 1XKYA 4BI5A 3KRZA 3TCEA 2FPTA 4NNAA 4U4MA 1FWTA 3KRSA 3H54A 5C2XA 1IF2A 3CHVA 2CLHA 2BSLA 5HUPA 3L5LA 4E2BA 2A6LA 2CLFA 2W6RA 3W6YA 4O8RA 4MUZA 1KM4A 2X1RA 1OYBA 1VS1A 1M7PA 3S1UA 3BW4A 4O18A 3W22A 1SW0A 3DHFA 3OVQA 5CG7A 4UTKA 2ISVA 1FDJA 3W74A 3L5AA 3N3MA 1UBSA 3EWUA 3HPSA 3NM1A 3U6WA 5DBTA 3INPA 5CZ0A 2ZDRA 1OX6A 4GUHA 3RK8A 1OX4B 4JY8A 3EWZA 3PUOA 2HTMA 3HGSA 3JRKA 2E6AA 4LU0A 4UFLA 1GYNA 2AGKA 2WO5A 3NL2A 3B06A 3G22A 3DKLA 3DENA 1OFBA 3PVFA 3PY2A 4TMBA 5AHEA 1VYSX 3TQ0A 3HB9A 4Y90A 3QEZA 2OCZA 4JXCA 4JTLA 4JIPA 3L0KA 1S5WA 2GJLA 4OV9A 4R33A 2ISWA 5FF4A 1N7KA 1B4EA 3IIOA 5FESA 4PTNA 3LHYA 4ZVJA 1IXOA 2CLKA 3LXAA 3LDVA 2BX7A 1A5AA 3CPRA 1VCGA 4GWEA 2A7RA 2GQAA 2E6YA 1LOSA 3W7OA 1SO4A 4AHQA 2Z1BA 3IGUA 3UZ5A 1TV5A 1XDLA 3TH6A 3IIXA 3JS3A 2E77A 3RLUA 4Z1AA 3FOKA 3GLCA 1TB3A 1O94A 2A0NA 1XM3A 3E12A 3NQ2A 3EKZA 1ZY9A 1OFEA 1AL8A 1KM2A 1KFLA 1TPWA 4UMBA 1SW7A 5FEWA 1DV7A 1LRQA 1JCXA 1X7FA 1ZENA 1VR6A 2V9DA 4E0CA 2HS6A 1I2RA 4JTSA 1NSJA 4LS0A 1J2WA 3NQEA 2RDWA 4QM1A 1G7UA 1KV8A 3R89A 4O1AA 1ZFJA 2ZRYA 3TU9A 3S5OA 1SUXA 3FYOA 1F73A 4WZHA 4CNPA 3PUEA 1XCFA 2YGYA 3B04A 3TMLA 4IMFA 5D2VA 3T78A 3DFPA 3EX6A 4FO4A 1WA3A 5FEZA 1C8VA 1X6UA 3PBUA 3PBYA 2TSYA 1XBVA 3MUXA 3PBWA 1IGSA 4FEZA 3IRDA 3DH7A 2G5WA 3BO9A 2JK2A 1I2OA 2C1HA 1PHWA 1LBMA 1SQ7A 1R2TA 3CU2A 3LHTA 2H8XA 3G8RA 3MP5A 4MFDA 3M5XA 1QMLA 3TNOA 1YXDA 4MIMA 4RXGA 1MSSA 4GUIA 4K36A 5LSMA 3IVSA 2GPTA 4WY0A 5EKYA 4H3DA 2YDAA 4EWND 1FDYA 3CT7A 5DCDA 5EBUA 3W9ZA 5FEXA 3GXPA 2B4GA 5EL1A 1DL3A 1JR1A 3SIZA 4FNUA 3R8RA 2PCQA 4NU7A 4DBDA 5I3IA 3LCIA 1DORA 4MLRA 4LVBA 3VI2A 3QQ0A 3W07A 5A8GA 3NL6A 5BMWA 1GQNA 1WQ5A 3TA6A 5D04C 3LLDA 4BI6A 1YYAA 3PAJA 4LUIA 1Q6OA 1ZALA 3UWQA 3W7RA 3PULA 4FX8A 3L21A 2IQTA 3U8GA 1ADOA 4RR4A 3STFA 2Y7GA 4JGDA 3UXDA 4XBSA 2Z2UA 3ABRA 3S5NA 1OYAA 1ICSA 3A5FA 1LBLA 3TV8A 3S0CA 3LCLA 3W7DA 1WBHA 3NAVA 1Q45A 2DZVA 4O13A 3C3NA 3TJLA 4FNPA 1G69A 2NX1A 2V2DA 4O4WA 2GVLA 4J9JA 5BRBA 1LLZA 4FIRA 5LNVA 1GG0A 4RX0A 3NM3A 8TIMA 3PBVA 1C9DA 3FS2A 2GQ8A 3HF3A 2QF7A 1L6WA 2RH9A 4FF7A 1QPRA 1VZWA 3S5YA 3E02A 4LWWA 1EWDA 2BLEA 2ZZ4A 3TW7A 3HG2A 4UUIA 3MP4A 3UWUA 2B7NA 3DFNA 3RF9A 2QR6A 5CZJA 4BFAA 3P60A 1DBTA 2A1YA 4ICNA 4GXMA 3A9IA 2ZBTA 2ZTJA 1WDWA 5H91A 3QFEA 1GZGA 1MEWA 3M9YA 3OVRA 4MY9A 4BWLA 2H6RA 3NQ7A 1LLWA 3LHWA 4R34A 3NPXA 4QSHA 3W76A 4M7TA 1HFBA 5BOOA 1O4UA 4UTMA 3PG9A 1OF8A 1JUKA 4K38A 4FX6M 1IIGA 1SSGA 1PCWA 3C0JA 4MY8A 3SI9A 2X1SA 1TPVA 3MI6A 4K8EA 4NX5A 2ISSA 3G1SA 1B4KA 2Z6JA 2ZA2A 3BG9A 5TIMA 3QF0A 2VC6A 4HT3A 3FLUA 3W86A 3SY5A 4FB7A 3DHDA 3HO8A 1Q6LA 5F1VA 5IBXC 4IPJA 3O6YX 2V81A 2C0AA 5KITA 1S3HA 4LC8A 5U4NA 4U28A 4BK9A 3W1PA 3B03A 1K8XA 3TAKA 1TPUA 2QCDB 3LRKA 4XTDA 1EUNA 4OGZA 3G0SA 4W9TA 3L0NA 1K02A 4UXDA 3CEUA 3L5MA 3T4CA 4PCFA 1KA9F 1G4TA 3TDFA 1QO5A 3G1XA 3UWZA 3Q94A 5CPOA 2ABBA 3NVTA 4IQLA 4O28A 3W1TA 3EWWA 4HNNA 3W1LA 2OT1A 1OFOA 3SFKA 2NV2A 1JUEA 1KTNA 2Y89A 3N2XA 3NDOA 2CW6A 2Y7FA 1Z42A 1XI3A 2PE4A 4LVDA 3LX9A 3W2LA 1W54A 4JDBA 1RQEA 3I7RA 2BZNA 2CLEA 4DBEA 4H6KA 1SFJA 4AHPA 1I45A 3PS7A 2QCEA 4IGHA 3LXCA 3MHGA 4O1BA 4JDYA 1XDMA 2EHHA 3NYZA 4NNCA 2Y63A 5D32A 4HSNA 3IGSA 1BWLA 2NV1A 1YDNA 5FF3A 1T96A 3A5VA 2JKAA 2W0UA 3C4UA 1K3UA 3ZS4A 1ML1A 3F4NA 4N9BA 4YMZA 4CLMA 1LOLA 1R2SA 5EPDA 3EX4A 3P5ZA 4NNBA 1V5XA 3GIYA 3FKRA 1SSDA 3LB0A 3UWWA 2GJNA 5DY2A 4MOZA 4O10A 3PG8A 2Q3RA 4JX5A 5T26A 2PRMA 2P0OA 1D9EA 2WV8A 2QJHA 2R91A 4XZ9A 5AHIA 2YX0A 3S42A 2H90A 4AWTA 2V2CA 4M5PA 3BW2A 1Q6QA 3P61A 4L4LA 1IXPA 1UUOA 1TSIA 3C8FA 2ZFAA 1RD5A 3UWYA 4E2DA 1H51A 3W83A 3GKAA 4UCGA 5LZLA 4LUJA 5I3JA 4M6QA 4FX7A 4K6AA 2NLIA 2WNZA 5KZDA 1W3IA 1X1ZA 2YW3A 5A5WA 3W7HA 5I3GA 1OHLA 2Y88A 1OABA 4EF8A 2GVGA 3QC3A 3VE7A 3K30A 4ONVA 2RDUA 4LNYA 3GR7A 2WKJA 1EP3A 1KM6A 3GYEA 2VEIA 2BTMA 4WXYA 1WX0A 3LTSA 1HO1A 1ME7A 1H63A 2ZTKA 2X30A 2V5LA 1VH7A 1G67A 3TC7A 3LRMA 3WJYA 2FB3A 1W37A 3VE9A 3C2RA 4XTIA 3CIWA 4NUWA 3E9AA 3UXAA 3BLIA 2ATSA 2OZ0A 2C16A 3TROA 5LNWA 1YTEA 5TBOA 4IUOA 1V7YA 2H3BA 4Z0SA 2OX1A 1C29A 5HUOA 3QPZA 1ZAHA 2CZFA 2YSWA 1TQXA 4QJ1A 4Z1BA 4RXFA 3C2VA 3MBFA 2QUTA 1TTIA 3S1XA 3TSMA 3SZ8A 5ABTA 1OX4A 2VKZG 3RNDA 4AB4A 3M5YA 5FF2A 3QMRA 3DFTA 3NPVA 3OVPA 3E0IA 2ABAA 3LTYA 1L2UA 1PVNA 4UFHA 2ALDA 1LROA 4RZ5A 3ZR4A 5KINA 3W7CA 4OE7A 1D3HA 1KLZA 3PF3A 3TMQA 1H5YA 4TMCA 3W7QA 5EMUA 1QFEA 3USBA 3CWNA 4XQ6A 1W0MA 1H1YA 3GAYA 2ZQ0A 1EP1A 1MEIA 1AW5A 1FBAA 2YYTA 1YDOA 3MYPA 4NZFA 1FXQA 3LGEA 4BI7A 3EXTA 2E5BA 1TPDA 4PH6A 4O50A 5K2ZA 4EVZA 3A21A 2WSRA 5K7JA 1FDZA 4CNNA 4DEFA 1H7RA 1PIIA 2FDSA 3G18A 3W2JA 4ADSA 2J9YA 1E51A 3W2UA 1VPXA 4FNQA 5I3HA 4FXSA 2CZDA 4A2RA 2ZRUA 1YPFA 4GC4A 2WNNA 5LKYA 1ZHAA 1SO5A 2NUXA 4LC6A 1K7EA 1RR2A 3WJZA 1XXXA 3O15A 4Y6GA 4WOZA 5HMSA 3CWOX 5K4ZA 4FNSA 2PC4A 1XBYA 3QM3A 5AHMA 4S2BA 2YPIA 4WUIA 1GVOA 3C61A 4YWIA 4LOCA 5AYZA 2E6FA 3NQ8A 1FWRA 1HO4A 3BG3A 3IVTA 4BF9A 5F4XA 5CSRA 1JCLA 3UD6A 1KM3A 4LW7A 4MFEA 1FUYA 1H7OA 2Y62A 3WK0A 5BMXA 4WD0A 2NUYA 2ZRXA 2X16A 3ELFA 3A24A 1H7XA 1TREA 3W2KA 4AHOA 3SR7A 3C2OA 1W8SA 5C55A 4JYEA 4A2SA 5FI8A 4NQ1A 1LM1A 2QUUA 1HL2A 2A6NA 1NF7A 2WJZA 2D73A 2YR1A 1OFRA 2NWSA 1GVSA 2Q8ZA 5F2LA 2QCMA 3QH2A 2V2HA 3GDLA 4POCA 2F7FA 2ZZ7A 3M0ZA 4PFMA 4UFMA 1TTPA 3W7IA 1JJKA 4MVAA 4AXKA 3I65A 3FFSA 3ABQA 4JTHA 4O57A 4MYAA 3P67A 1KFCA 1W1ZA 3TSBA 3NO5A 3G1YA 4EOUA 3A22A 5LGXA 3HPXA 2PRHA 1OX5A 5AYXA 4RK8A 2PURA 3VCRA 3ANYA 3T55A 3WK1A 3UPWA 4DO5A 1X8FA 1TCDA 2CZ5A 3G3MA 3O8AA 1VGAA 4DPPA 3R5EA 4O53A 4RLIA 3N14A 5CZTA 3HPZA 1M7OA 3W84A 5CPNA 1W5NA 2QAPA 4IMDA 3Q37A 3GDRA 3CLMA 3E49A 2QKFA 1HTIA 3TJXA 4EF9A 1P4CA 1TTJA 3M16A 1YTDA 3P5YA 4RJEA 4X9SA 1SZGA 4S1FA 1H1ZA 3DU0A 3G0XA 4K37A 1N8FA 4O52A 3AJXA 4HKPA 3QZEA 3HIJA 1TMHA 2VXNA 1LBFA 2YFOA 3EKLA 5CPLA 1BWKA 2VFHA 3GVGA 1O5XA 3B0UX 4RKAA 4NJGA 4UTIA 3PWAA 1H60A 1XBZA 1P5BA 3W1AA 2TMDA 5IM51 1H7NA 1GTHA 1TQJA 3GDTA 3NQAA 3LHUA 1KFBA 5H2ZA 1QCWA 2VEPA 3RU6A 4HNTA 4KFNA 3O07A 3GZ3A 4UR7A 2A21A 4QAIA 1DHPA 1FCQA 4P2VA 4M6VA 3TXVA 5D02A 1ME8A 2V0TA 4CCDA 1KBJA 3P82A 1W3NA 3LCGA 4IWWA 1S5TA 1KBIA 1OG0A 1Q6RA 5J5RA 3W3OA 5LNRA 1XL9A 3HBLA 1MXSA 4CCCA 7TIMA 2J9ZA 1LYXA 3P62A 4RZ4A 4GBUA 1EIXA 5CSSA 1WV2A 1TPH1 3W1MA 4UTTC 3NQMA 3CEPA 3TK7A 1T8XA 2Y6ZA 4JTEA 3KVJA 1JCNA 3S8HA 2C3ZA 4OV4A 3THAA 4B5NA 1FCBA 3LCXA 3SSJA 4WXZA 2GVJA 3KOFA 4ADTA 4UTTA 3TKFA 3NZRA 3KHJA 4WY0B 3UZJA 1ZJIA 4XKYA 1KW1A 1IXNA 4N9EA 2BXVA 5DY3A 3QMSA 3ZFHA 1G4SA 3LTPA 1BTMA 1QDSA 4GE8A 5AYYA 5K9CA 1FCUA 3LHVA 1VJIA 3LM7A 3S6DA 4JICA 1CX9A 4ALDA 1AK5A 5G4WA 4NZJA 3W7EA 4LV4A 4AAJA 1QO2A 4OHQA 1VYPX 5HINA 3BLFA 5F2IA 1FWNA 3ATYA 3HG4A 4Y96A 4YCOA 1M5WA 4K8HA 3EXSA 4JTUA 3W7GA 4YXGA 1IIHA 1EB3A 4JD4A 3V75A 1A53A 4XBKA 2A7NA 5AOUA 2VOMA 4AVFA 4N4QA 3LERA 3MW7A 4O0ZA 4NJJA 4GJ1A 2E1DA 3BG5A 2XN1A 4D2JA 1RQBA 2ZZ3A 4NJIA 4CQ9A 1TPC1 1NF0A 2C19A 5DXXA 3GAKA 1EUAA 4QQ3A 2W79A 3G1VA 2Z0IA 4S2CA 5DN1A 2X1UA 2G95A 4LS2A 3BGGA 1R47A 4QNEA 1OK6A 4JTFA 4TIMA 1TJPA 4IOTA 2QCDA 1GPWA 4O1CA 3LV5A 1GTEA 3MP3A 1AW2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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