2VEMA

Structure-based enzyme engineering efforts with an inactive monomeric tim variant: the importance of a single point mutation for generating an active site with suitable binding properties
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
238
structure length
234
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords GLYCOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title Structure-Based Protein Engineering Efforts with a Monomeric Tim Variant: The Importance of a Single Point Mutation for Generating an Active Site with Suitable Binding Properties.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 86
structure length 234
sequence length 238
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-10-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2vemA00
3ABOA 1MEWA 3IGSA 1OFEA 5DBUA 1DQXA 2A7NA 1DBTA 3R89A 2FPTA 1JCJA 2J6XA 3I7RA 5D2YA 4EVZA 1V5XA 4DBDA 3QQ1A 1PCWA 3TR2A 4JTUA 1Z48A 1YTDA 5KINA 4NVTA 4L4MA 2A85A 3FLUA 3EWUA 3QEZA 5E93A 4WXZA 3G1AA 4Y96A 3SECA 1VH7A 3UY8A 5U4NA 1N7KA 3E9AA 5F1VA 3W7NA 1IXQA 4K39A 3K30A 1MEIA 3S5OA 2ZZ1A 5AN7A 1ICSA 2LLEA 4QQ3A 4N4PA 3NL5A 3FOKA 5AHLA 3G1XA 3W7PA 4E2DA 2ISVA 1TRIA 3LM7A 3HG4A 4XWUA 4O54A 3DKLA 5J5DA 4UFHA 3L0KA 2C0AA 3GR8A 4AF0B 2Y89A 4YXGA 5LNWA 1KLYA 3TMQA 3DFOA 4R53A 1AK5A 4Y8FA 3W1LA 4LNYA 1EWEA 1LDCA 5KZDA 4LW7A 3E49A 4QNWA 5A8GA 1KBJA 2QAPA 2C13A 4LOCA 1V7YA 3SFKA 2CZEA 3GDRA 1I8JA 3TX9A 1F73A 3P5ZA 5L9FA 4RR4A 4YL2A 1LOSA 4HNVA 3C8FA 4ZQPA 4JNMA 2VC6A 3C2RA 1TPUA 3NNTA 2DJXA 2EF9A 2J24A 1WOAA 5L6UA 3U6WA 2RKXA 2QJGA 3MI3A 5G2IA 2G5WA 3PBUA 3TQ0A 1KA9F 4M6VA 2F84A 3GAYA 3IVUA 4FX7A 3THAA 3ZWTA 4YMZA 1LOQA 5D2VA 4NX5A 3EXTA 1JCNA 2R91A 2ZRZA 3CEUA 4JYEA 4MY1A 4UTLA 1K7FA 1S3HA 2G95A 2QF7A 1TRDA 1L6SA 5HWMA 3BLIA 4AHPA 4GUJA 3S5ZA 2PRHA 3NL6A 1DHPA 3UWYA 1GTEA 2C6QA 2I9EA 2WPBA 3W1QA 3KXQA 3QMTA 2XN1A 3GZ3A 5F2LA 3BGGA 4L4LA 3TK7A 3HPZA 2NXIA 1UUMA 4GFSA 2NUXA 1EP3A 3SJ3A 3F1QA 4KFNA 1B4EA 3TW7A 1OX6A 3C6CA 3A5VA 3NQ8A 5LZLA 3W2LA 2EAWA 4A22A 1LBMA 1ME9A 1OF6A 5KITA 3A5FA 4K37A 1W3IA 3U2OA 4JXCA 3G8EA 3LB0A 4Z1BA 1H7RA 1FWWA 1XBVA 4CQ8A 2IQTA 3B04A 2ATSA 4I7WA 4R33A 1EWDA 4JTKA 2QKFA 4O10A 4BK9A 1VR6A 4GUIA 1YXDA 4N6FA 2E6FA 3TJLA 1VLIA 3W2KA 4C1KA 4XKYB 1AG1O 3PBYA 5F2MA 3L2IA 4GJ1A 2CLLA 4O19A 1TTPA 2DZUA 2FPVA 5CZ0A 3QYQA 1QDSA 1UB3A 2X2GA 3O63A 3RF9A 4UTWC 5KZMA 5CPOA 1VZWA 1PVNA 1KM0A 5G4EA 1N55A 1LCOA 2VEIA 1FWRA 1G4PA 2BTMA 5FI8A 3USBA 2C14A 5IBXA 1YXCA 1H7WA 1O95A 4DF2A 3WJYA 4QISA 3PSWA 5DCBA 1F6PA 3N9SA 2KZHA 5FEZA 3NQ2A 3W7QA 2NXHA 3LCWA 4RLIA 3M43A 3P8IA 2E5CA 2E5DA 2WQPA 1OYAA 4NX0A 1F5ZA 3M0ZA 3NM1A 4TMBA 1JCXA 2Z2UA 2YW3A 4FNSA 3QF0A 3HG5A 3BVJA 4A2SA 4FNTA 1W5PA 2I14A 4JR5A 3FKRA 3HMJG 3DU0A 3GX9A 4NJHA 2CWNA 3G3MA 3LV6A 1GVOA 5CSRA 4M7TA 1WQ5A 3SW6A 3F03K 3QM3A 1G4SA 1SO3A 1HG3A 1XUZA 5FF3A 4FX8A 5LNRA 1U5JA 2OX1A 1OFDA 1SO6A 2DORA 3RU6A 3BW3A 2Y70A 4WY0F 1TV7A 3HQ1A 1H63A 3TMLA 4UXDA 3QW3A 4M5PA 1NSJA 3QSRA 4NQ1A 2G97A 1ICPA 4IUOA 1BEUA 1Q6RA 1TREA 4J9JA 1AMKA 1SFJA 1YDNA 2F7FA 3L66A 3LCLA 3LERA 5I3HA 3S1VA 3S6DA 3CB8A 4UC5A 3W1XA 5D09A 1KW1A 4DXVA 4LY8A 3W07A 3NGJA 2ZA2A 1I2NA 2FLIA 3WJXA 1SO5A 3MI6A 4H6KA 4RCXA 3RMJA 2J88A 4RJEA 5K9CA 3LDVA 1RR2A 3EX3A 1KTNA 3W86A 3NVTA 1GVSA 1IGSA 3LTYA 3NYZA 4OBTA 2YGYA 1C29A 1QMLA 2QAFA 3EWXA 4UMBA 3LXAA 3LI1A 1K7EA 3P60A 1AL7A 1W37A 2X30A 1W31A 4UFLA 4O1AA 5CZTA 4AAJA 3O06A 5HUPA 3NG3A 5IM51 4LS0A 1OFOA 3HOJA 3W75A 1XDLA 2DZPA 4CCEA 3KX6A 4RXFA 4AHOA 3TROA 4TU1A 4FHAA 3TAKA 5K4ZA 1VRDA 2RDUA 3T4CA 3BPWA 5LGXA 1J2WA 1TTJA 1GYNA 4HSOA 2QDGA 4S2CA 4DELA 1DOSA 5F2GA 1Q6OA 5F2IA 3THQA 3F4NA 1O5XA 1A5SA 1J4EA 5KTLA 4UTTC 2A0NA 3TU9A 5DELA 1X6UA 5AC6A 1GWJA 1WBJA 4XZ9A 5D38A 4IMEA 2QCCA 1B3OA 3C56A 3A23A 2BLEA 1KM6A 3MHGA 3M9YA 1SU5A 3KVJA 1TIMA 1EP2A 1XBXA 3STGA 5AHFA 3LGEA 1K8ZA 2VFGA 4X9SA 3KFTA 2YSWA 1KM5A 3WK1A 3N2XA 5AHNA 3GXNA 2JBMA 4XBKA 2V9DA 3PWAA 4JGDA 4OGZA 3B06A 3PY2A 4ZZ9A 3RLVA 4C1LA 3T78A 1RVGA 4NJGA 4X2RA 3WJSA 3FEMA 4JTGA 3S9YA 3W23A 2J27A 3DFQA 1OX4B 3EKLA 5BRBA 4NU7A 3G1FA 1VYSX 1JULA 3BG3A 1VCVA 1WAUA 5K9DA 1W3TA 1T99A 4RXGA 5EKYA 3FYOA 1PHWA 1QNVA 5U7SA 4XUGA 4AWTA 1LRTA 2ZRYA 4UMCA 4IGHA 4KWVA 1ZNNA 4CCCA 4GUHA 3LTSA 3ZFHA 1I2RA 5AYYA 4Z08A 3SR7A 1GG0A 5C2XA 1GVQA 2CLMA 3G1DA 1ADOA 3O1NA 1XCFA 3Q37A 4GXMA 2WKJA 3TKFA 3TC7A 1EX5A 2DZTA 1Q45A 2P10A 3B0VC 1YPIA 1PL9A 4RZ6A 1H62A 5LSMA 2Y7EA 2QCMA 3NAVA 4CQAA 2ISSA 4FO4A 3I7QA 4FNPA 5FEWA 2XN2A 4IMCA 3W72A 1VGAA 2GJNA 4WD0A 4FEZA 1XXXA 2NLIA 1K8YA 2YXGA 3PUDA 1ZJIA 2VKZG 3L9CA 3G3DA 2HMCA 4WZHA 3TSDA 3HIJA 5C6MA 1TPH1 3G8RA 3OVQA 1H7NA 1T8XA 4LRSA 1YXYA 1A5AA 1AW2A 3MP5A 4FNRA 3GR7A 4JTJA 2AAMA 3W73A 2X1TA 2E5BA 3HO8A 1J5TA 3QRHA 4BWLC 4K8HA 5A5WA 4OU1A 1ME7A 4JY8A 1ALDA 2Y6ZA 3DFTA 3L67A 3Q2DA 1Q6QA 3PB2A 4LS1A 2G96A 1G7VA 3MJYA 1SW3A 1LLWA 3MP3A 3CTLA 3STCA 3BW2A 2Y85A 3L0GA 3P80A 3EWZA 3EEGA 1KFBA 2Q3RA 3S1WA 2WNQA 2Z1BA 3BG5A 3R2GA 2C19A 2QJHA 1TQJA 4WQ6A 3ZR4A 4WXYA 2VXNA 1SQ7A 2ZZ7A 4JY9A 2FTPA 1D3GA 2Y88A 4XBSA 2QEZA 2R94A 2ZRUA 5AYZA 4FIQA 2BZNA 4YCOA 2FB2A 4N4QA 3B8DA 1TPB1 3BW4A 5EPDA 3QJAA 3W2MA 2V2CA 3CWNA 4MYAA 1F05A 5FEXA 1M7OA 2VENA 3NXFA 2YW4A 1WA3A 4JD4A 3B0UX 3NO5A 1HL2A 4IMFA 1RD5A 4YLWA 3NZRA 2BXVA 2ZZ3A 4NUWA 3CPRA 3IRDA 3WK3A 2E6AA 2NUYA 2ABBA 2E09A 3N9RA 5H91A 4UTKA 2EKCA 3WJWA 1GVRA 4XQ6A 5F4SA 1EA0A 3P67A 5F4WA 4ONVA 2X16A 5HJLA 3OVPA 1FDZA 5EY5A 4LRTA 1VYPX 4N6EA 1B4KA 3MW7A 2QCDA 3B4UA 3SI9A 3GLCA 4CQ9A 2VFDA 5F4XA 5I3FA 3A24A 3OEXA 1SZFA 3DZ1A 1FCQA 2NWSA 3HF3A 3S8HA 4QJ1A 1L2UA 2JGYA 3VNDA 2DZSA 1H7XA 4IQLA 3PUOA 4DQWA 8TIMA 3PR2A 4BFAA 3PSVA 3E12A 4MZYA 1EP1A 3P7YA 4UTJA 4ALDA 2H90A 1VPXA 1KLZA 1SW0A 3CU2A 2B7OA 3P81A 3H55A 1R2SA 4PA8A 5EBUA 3L65A 3MYOA 1GQNA 1KTCA 1FXQA 2V8ZA 3TFCA 4LV9A 2O7QA 4PTNA 1SUXA 2ZZ6A 5GVJA 3H54A 1VYRA 3TNOA 4UR8A 3QPYA 5HWNA 3PC0A 1TV8A 2OZ0A 3HBLA 3RFAA 4N9DA 2CU0A 2VFFA 3NQ7A 4MFEA 3EWWA 3GDTA 2X1UA 4NXKA 3M6YA 5HUOA 2J9ZA 3DI0A 3LXCA 1P4CA 3EKZA 3DHFA 4EIVA 4QAIA 4UIOA 3UWUA 5TIMA 3EWYA 2FPYA 3UZJA 1PE1A 1TJRA 3AO0A 3OIXA 2VEPA 3T40A 1LP6A 3C61A 1BWKA 2B0MA 2QCNA 3VE7A 3LHZA 2WSQA 1TMHA 1OK4A 3HG3A 1D9EA 1XDMA 1LLZA 4I7VA 2JKAA 4U4MA 2CZFA 4JTFA 5K3VA 5SWUA 2GVLA 4MKNA 3FJLA 2DP3A 3B0PA 3HGOA 2E68A 2QJIA 5CKSA 3W1MA 2FB3A 3LLDA 1I4NA 1HTIA 1K7XA 1KV5A 3MHFA 2WO5A 1H1ZA 4UTUA 2Y61A 1WV2A 3TQVA 4JTHA 4NJKA 3HG2A 5DXXA 4IMGA 3QZEA 3T55A 3SGZA 2VEMA 3W7KA 1X1OA 4NJJA 4RZ5A 1F76A 1JUEA 3O07A 5HR6A 1S5TA 1U83A 1SFLA 4O0KA 1SW7A 3LHVA 1KM1A 2GQ9A 3PB0A 1IXPA 1A5BA 5G1TA 3S0CA 3LBCA 4O28A 5DY2A 3YPIA 1TPEA 3NQDA 2GUUA 3GNNA 3W7EA 2EPHA 2R8WA 1W3NA 3S1UA 3GK0A 1QO2A 4ADTA 3C0JA 4JYDA 4AF0A 2YR1A 5IBXC 3W7GA 2V2DA 2XN0A 3LRKA 4BI6A 1FWNA 4W9TA 4NNBA 2ZCGA 1GT8A 2ZRVA 3ABRA 2EGZA 1FCUA 1XC4A 2WJZA 5G4WA 3W2UA 1MEHA 1ZENA 1EUNA 4DBEA 1Y0EA 5D2WA 5LGZA 1FX6A 3QMSA 3R12A 1TPC1 3GDKA 4JS3A 5G5IA 1IIHA 1XL9A 3GXTA 1QAPA 4PL1A 4POCA 4K7YA 3BARA 4Y90A 4MZ1A 2YPIA 5T26A 3UXDA 3CQ0A 3GNDA 1D3HA 3I6RA 3ABQA 4N9BA 3W7MA 1OJXA 3FS2A 3MUXA 5LHFA 4E38A 3NQCA 4XTDA 1W54A 1NVMA 3NQFA 4LTSA 3LCGA 5AC8A 3QW4B 4Z1DA 2TRSA 1RQHA 3L68A 4UFKA 3TH6A 4NNCA 4HPXA 4O11A 3IIXA 3KHJA 2CZDA 3W3OA 3G0SA 1OHLA 1P0NA 3P82A 4WOQA 3ANYA 3KAOA 5FF2A 3G1SA 2NX9A 4AH7A 1GYLA 3L5MA 4FXSA 3UQNA 1YTEA 1R2TA 1H61A 4HIBA 1S5WA 1JUBA 4JTLA 3M5XA 2Y62A 1G4TA 4ORMA 3L5LA 4FF7A 4HT3A 1JCLA 4RKAA 4Z0SA 1L6YA 3STEA 3DI1A 2ZTKA 3M47A 1O5KA 3W70A 4UNKA 2FIQA 3W7CA 4O17A 3LV5A 4LUIA 4ZMGA 1IXNA 4M7SA 1A53A 1QWGA 3NPXA 4IPJA 1W5MA 4TR9A 4KFOA 3QQ0A 2X1RA 3W83A 5C54A 1VCGA 3WFAA 4O1DA 4Q4KA 5G2WA 3R5EA 4R7JA 5K4XA 4UTIA 2AQWA 4Z0JA 4Z1AA 2ZYFA 2W6RA 3EWBX 2GQ8A 1Z44A 1JQXA 3OHIA 2RDTA 2GQAA 1SR9A 4DEFA 3FIGA 3LCFA 5AOUA 3UD6A 4XKYA 4MYXA 1XM3A 3W6YA 2ISWA 4EOUA 1KM2A 4IWWA 3NQEA 4ZQNA 3DFPA 4ADUA 2OT0A 2ZFAA 2E6YA 1QPNA 3V1PA 1VS1A 1QFEA 4BR1A 3UXAA 3CLMA 1FUYA 4CLMA 1K3UA 1FCVA 2J9YA 2Z0IA 1SO4A 1LTDA 5DY3A 1R30A 3C2FA 3PVFA 1O4UA 3TSMA 1F2JA 1KM4A 3PF3A 1NFBA 2C16A 4NXSA 4GRSA 1TO3A 4IMDA 2AGKA 4O16A 5G2HA 3PAJA 5D02A 1W5NA 1KBIA 1LROA 1ML1A 3N73A 3TAOA 1DORA 2Y7FA 4CNPA 3Q94A 4K8EA 4AXKA 3ZWSA 4MJZA 1H51A 2E6DA 3O15A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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