2VFG | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	ARKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHHERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title	Biochemical and Structural Characterization of Residue 96 Mutants of Plasmodium Falciparum Triosephosphate Isomerase: Active-Site Loop Conformation, Hydration and Identification of a Dimer-Interface Ligand-Binding Site. pubmed doi rcsb
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	90
structure length	247
sequence length	247
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2007-11-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2vfgA00

2VXNA 4LV4A 5FF7A 2V0TA 5FF2A 2BX7A 1SZNA 4B5NA 1SQ7A 5L9FA 3PSVA 4ADSA 1K7EA 5FF0A 1I2PA 3T55A 2J24A 3NL3A 4PL1A 4AVFA 2PRMA 5HULA 3TFXA 2WSYA 1E51A 2V8ZA 3GKAA 1VYRA 2C1HA 5HR7A 4C1KA 4UMBA 4ADTA 1J2WA 2NV1A 3L67A 3TW7A 2XFWA 4RXGA 4FO4A 3NQ2A 3LXCA 3TDFA 2LLEA 4POCA 2HTMA 1UUOA 1JCMP 3AJXA 3TJXA 1FDZA 2X2GA 1RZMA 1WDWA 1TQJA 3GXTA 2DZPA 4HSOA 1NVMA 3ABRA 3DFSA 3W73A 1OFPA 2GOUA 3MMTA 3NEVA 4CLMA 5AYXA 3SJ3A 3EWXA 3UNDA 3EX3A 2ZA1A 1TTPA 1LDCA 3TE9A 1ZHAA 3N73A 4OT7A 3IIZA 3TNOA 1G4SA 3T78A 4R7JA 2BWGA 1P5BA 1HG3A 1WQ5A 3S1VA 5D32A 3HBLA 3GDKA 4NJIA 2OT1A 4OV9A 3E12A 4PTNA 4HPJA 4H3DA 3C4UA 3Q2DA 3LGEA 1UCWA 1EUNA 3DH7A 1H50A 5A5WA 1RQEA 1SUXA 3THAA 1B4KA 3W1MA 3M47A 2J88A 4LC8A 2RDUA 4DO4A 3AO0A 1IIHA 4CQAA 1AL7A 1JCXA 4IX2A 3P8IA 1ICQA 3M5VA 3L2IA 1MEHA 3W86A 4I7WA 4I9AA 1UBSA 3NL6A 3JRKA 5GVJA 3WFAA 3LXBA 1A5SA 2Y7FA 2NZLA 4GUFA 2ALDA 5F4SA 3QPZA 5T26A 3HGSA 1GG0A 1ZJIA 3GNDA 4FNSA 3W88A 1KFJA 2QUTA 4NX5A 1VJIA 5CPMA 2GVJA 3I65A 4WD0A 1YXDA 1Y0EA 2PRHA 2RDTA 1QPRA 3DXIA 3HG2A 3MO7A 3P62A 3W75A 5LHFA 1LBFA 1XBZA 4YMZA 2GVGA 4XUGA 2C18A 2VFGA 1YDVA 5F2LA 2VFEA 4QNWA 3HG5A 2WQPA 2V2CA 1EP2A 3NA8A 3GXNA 1GT8A 4LC6A 3EEGA 3MBFA 3W2MA 5CZJA 2A5HA 3NPWA 2NUWA 4O19A 3ABQA 1AG1O 1FCQA 1IIGA 1W5NA 1XUZA 4FXRA 4EOUA 5AC7A 3A23A 3GDMA 4UTTC 2YW3A 3HPZA 5FEXA 1JCJA 1ME8A 5D2YA 4P61A 3M9YA 4A3UA 1ML1A 3W22A 1KTCA 2CLEA 2V30A 3W7HA 4Y6GA 4S1FA 3IVUA 4LRTA 2R94A 5E93A 3RF9A 4NZJA 1C9DA 3PWAA 4WY0F 3E9AA 2NWSA 1H61A 1Q45A 1OFDA 3PY2A 2EGZA 3O06A 4OHQA 1Q6OA 3LCXA 4AF0A 4O57A 1G69A 1LLZA 1UJPA 1O60A 3E49A 2QCFA 4UFHA 3OVQA 2JK2A 1UUMA 5AYZA 4OE7A 2FIQA 1SO4A 3NVTA 4WOZA 1XUUA 4TMCA 3NZRA 3GDTA 3TKFA 1VCGA 2V2HA 4IGHA 4ZQPA 4H6KA 1T99A 1RPXA 5FI8A 3DU0A 3O1NA 1D3GA 3S9YA 4NJKA 4X3ZA 2Y85A 4QIUA 3QJAA 1ZAIA 3TAKA 4O10A 1OX4A 2D73A 4X2RA 5F4XA 5I3HA 4QQ3A 3W2LA 4ZL1A 1ZY9A 3NL2A 2E5CA 4ZQCA 3W85A 2QCHA 3CLMA 1VR6A 3KHJA 2FTPA 3LTSA 3DHDA 3Q58A 1A5CA 2E6YA 4JN6A 1K03A 1I8JA 4JTLA 3L65A 2XN2A 5CPLA 1QMLA 4JTEA 4IMEA 1KV8A 1BTMA 3MYOA 3CQ0A 1OYAA 5G2IA 3B03A 4ONVA 5LHEA 1CX9A 5BMWA 1OFOA 3M5YA 1SZGA 3KVMA 4FNUA 2Q3RA 5EPDA 4Y9AA 3LXAA 3LHUA 3TQKA 2Q8ZA 2JGYA 4RJEA 3S8HA 3SIZA 5DN1A 1JUBA 3O15A 5DCDA 4FXSA 1GWJA 4U4MA 2I9EA 3QH2A 2WKJA 4MZ1A 1GJPA 2VFFA 3N19B 3E96A 3G0UA 3DFNA 2Y70A 1OFQA 3EWYA 5SWUA 4MPQA 4M6QA 3PBYA 3F4WA 2VC6A 2ZA2A 2BSLA 5K9CA 2ZZ5A 3LM7A 4UFIA 1M5WA 1O5XA 4K39A 5K4ZA 1XDLA 1H62A 1TRIA 4HNUA 1ADOA 5IBXC 3FYOA 4CQ8A 3HOJA 7TIMA 1EPXA 1WYIA 1IXPA 2A6NA 5CKSA 1L9WA 1GEQA 1ZAHA 4QNEA 3R13A 4AHPA 3W7LA 1K8XA 4NZFA 2YFNA 4AWSA 2J27A 5AC6A 3S5NA 1TV7A 3P82A 3PS7A 3H55A 1ZFJA 3O8AA 3QZEA 2Z0IA 4ZQRA 1JCLA 2UV8G 4AWTA 3G3DA 3C8FA 1LYXA 5CZTA 2YZRA 2TSYA 5ABTA 4GUGA 4YWIA 3RLVA 2RKXA 3LRMA 3EWBX 3GAKA 4PODA 2ISSA 3W7OA 3T40A 1YDNA 1ZENA 1QPQA 5EKYA 2CLIA 3C2FA 1FWRA 4IWWA 4JTJA 4MIMA 3TMLA 4PA8A 5KZMA 4WXZA 3M5ZA 3L68A 3P60A 5HR6A 4LS1A 5CGQA 3HGOA 4N9BA 5HQEA 1O4UA 1RD5A 4FX7A 1G7UA 2WNNA 3N9SA 4GUHA 1EWDA 1GTEA 2ISWA 3DKLA 4ML9A 4BI6A 4MZYA 3IGXA 2H3DA 3L5MA 3HF3A 4O1BA 3W7RA 1R30A 4KFOA 1LOSA 5LNWA 3CHVA 1AL8A 4XZ9A 1TV8A 4A2RA 2QDHA 4CQ9A 5EYWA 5I3GA 3P5YA 4RCXA 1XC4A 4KFNA 2R8WA 3UXAA 3NGJA 1Z48A 3LHYA 3STGA 3G1XA 3GDLA 3LV6A 1T96A 3JR2A 2B0MA 2ZRUA 1Q6QA 5BW6A 2Y88A 5D09A 3W7MA 1TTJA 5CPNA 3INPA 2Y6ZA 5D30A 1DQWA 2C16A 2CZEA 1M6JA 1AW2A 3FS2A 5G5IA 4AHQA 1TPC1 3B04A 3C2RA 3C52A 5LNSA 3ABSA 1TV5A 3MHGA 5K2ZA 4I7VA 4EIVA 1LM1A 2QCDB 2AQWA 3GR7A 1T0OA 2FB3A 2DZTA 3NNTA 3PC0A 3G1SA 3FJ6A 3BLIA 2YXGA 1W0MA 2OX1A 1OFBA 4HHPA 4K6AA 2ZA3A 1TIMA 2FQIA 4N2YA 4DEFA 1H51A 3A24A 1F2JA 3GXPA 3ABOA 2Z1BA 2C19A 1QOQA 1OK6A 2GQAA 5FESA 3QPYA 5DLCA 4MFDA 4FHAA 1SPQA 4IMCA 4RXFA 4GJ1A 4IUOA 2WSQA 4M19A 1SZEA 3LHVA 1O94A 3LBCA 2VEIA 3LHZA 4WJEA 3PBVA 1SU5A 3G1YA 3DFOA 3IIPA 3G0XA 3UZJA 5HJLA 3PUEA 3M0ZA 2YCEA 3EX4A 4Y90A 3T44A 1W31A 4BK9A 2A4AA 2O7SA 5I3IA 4UFMA 1IXNA 1QO5A 3A5VA 3PUDA 4FNRA 3LCIA 2FPYA 4AH7A 5HNRA 1CI1A 4RV8A 1VCVA 2EAWA 5HWMA 5CPOA 3UY7A 1IGSA 3O6DA 2VELA 5G1TA 3PAJA 2CW6A 3W2JA 4LUIA 3F4NA 3UPWA 4Q32A 3TXZA 4JGDA 1KV5A 2QJIA 4UTWC 2AGKA 1XXXA 4LRSA 4N4PA 2ZRZA 2DJLA 1SSDA 1KW1A 3PBUA 4LS2A 3GIYA 2RFGA 3IEBA 3P74A 3A5FA 5K7JA 3MUXA 3GLCA 4ZMGA 1V7YA 4CCDA 5LKYA 1TPDA 1P0NA 1OK4A 4G1KA 4NJHA 4JR5A 2ATMA 4YXGA 1WBJA 1VHCA 3W2UA 1RQHA 3B0PA 3O07A 3KRUA 3HPSA 2NXHA 1OJXA 3CM4A 2PRLA 3HO8A 4LVFA 3QF0A 4WY0B 4LUJA 3CU2A 1TPH1 3TXVA 3G18A 2A7RA 3IGSA 3WJZA 3G22A 3GZ3A 5C54A 1PIIA 4MKNA 5TIMA 4LT9A 1EWEA 2Y7DA 1MO0A 2A1YA 2HMCA 5J5RA 1HO4A 4IX0A 1I2OA 2QCGA 1Z41A 4QSHA 5DXXA 1KFKA 3E02A 4ORIA 3EX6A 2QAFA 3BPWA 1DQXA 3MI2A 4LVDA 3KX6A 2QKFA 4UNKA 4MLJA 4RZ4A 4JIQA 1TSIA 3DFPA 3IVSA 4JDBA 3W7QA 2WNZA 4PCFA 1BKSA 1DKWA 1C8VA 3FKRA 4YLWA 4C1LA 5LGZA 4PL2A 2H8ZA 1OFRA 3KFTA 2EPHA 1XCFA 3GVGA 4RLIA 3W70A 4A21A 1I4NA 3KXQA 4U28A 3LV5A 3ZWTA 1JCYA 1PVNA 1YTEA 4S2BA 1BEUA 1W5OA 3CTLA 1VLIA 5D33A 4O18A 3L9CA 3W7NA 2CFFA 4DF0A 4X22A 1ZALA 4E38A 1VH7A 3TK7A 3NPXA 3G8EA 1VYPX 1PCKA 1EA0A 4UTJA 3FYPA 4N9CA 2NX9A 5D2VA 3NXFA 1R47A 3ATYA 4Z08A 3UPBA 2JGQA 1SO5A 3UY8A 5KTLA 3EXRA 1LZOA 4AWUA 4UR7A 2WOQA 3G8RA 1LLWA 3PB0A 3UXDA 1WOBA 1WA3A 2E1DA 1THFD 1QNVA 3OVRA 4D2JA 3D0CA 1GZGA 3PUOA 1F76A 1R2TA 1I45A 1EEPA 3W7DA 1TPB1 5HWNA 4PFMA 2DZXA 1GVFA 1IF2A 3W76A 3CT7A 3TSDA 5CZSA 1LCOA 4Z1AA 2Y61A 1LRTA 4O1DA 3HPXA 3GAYA 4R33A 4NU7A 5G2WA 3V75A 3W72A 2EF9A 5AB3A 3EB2A 3BGGA 1VC4A 1S5WA 5LNUA 1O5KA 3O16A 1KFBA 1A5BA 2GQ8A 2GJNA 2ZZ3A 2QCEA 2DZUA 5CSRA 3HGRA 4XTDA 2B7PA 3HG3A 3LERA 4R34A 1R2SA 2FFCA 4UC5A 3QYQA 5G4EA 5HINA 2J9ZA 1A53A 1L6WA 2ZRYA 1H63A 2ZZ2A 2ZFAA 2E6AA 1Q6LA 1PS9A 3VI2A 4ZVJA 1KTNA 2ZQ0A 3BW3A 1XFBA 1OF8A 5CZ0A 2E6FA 2CLHA 3OBKA 3SECA 4IMFA 1XBVA 3IIXA 3MWAA 1M7OA 1H7WA 4LY8A 3L0KA 2NLIA 1GVQA 2VFIA 4IMGA 3K30A 4IXXA 3NO5A 3CEPA 3UD6A 3NQ8A 4MFEA 1LRNA 1IXOA 1P4CA 3GK0A 1DJNA 4AF0B 2HS6A 2ZDRA 3W83A 3W1NA 3KRZA 3ZR4A 3TH6A 2A2IA 5F2MA 1S5VA 1TMHA 4YCPA 3S1WA 3B06A 4FNPA 4O13A 4WX2A 1N8FA 1HL2A 1VRDA 4IOTA 5LGXA 1EUAA 5BRBA 1U83A 5FEPA 3UWVA 3MP5A 1NF0A 3A9IA 1A50A 5DBUA 4PC8A 2A6LA 1W56A 3TQVA 1SR9A 5TBOA 2NX3A 4EVZA 1OX4B 4GUIA 3LBMA 3IRDA 4Z1CA 4XTIA 4N4QA 5F4WA 3VKJA 4O17A 1GG1A 3OA3A 1YXCA 2JBMA 2B7NA 1AW5A 5EY5A 3LI1A 3S5ZA 3NM1A 4O1CA 3M41A 1N7KA 3TC6A 3TJLA 4XBSA 3SGZA 3WJSA 3R8RA 2CU0A 3BGJA 1KM4A 3P80A 1R2RA 4W9TA 1S3HA 2E5BA 5F2GA 4CNPA 4BWLA 1LOQA 2X30A 3M43A 1VLWA 1B4EA 2C3ZA 3BLFA 4JEQA 3EXSA 1Z44A 5G2HA 2E6DA 4MY1A 3W7CA 3W7GA 3TU9A 4FX8A 2QAPA 1TRDA 2GVLA 1QAPA 3NPUA 4NT0A 4RZ5A 3W1XA 2BXVA 2ZZ6A 3PM6A 2OCZA 4O28A 3NL5A 3IIVA 4QISA 4JXCA 5I3KA 5KITA 1QR7A 2QCMA 1SO3A 1WOAA 1PE1A 2V2DA 3USBA 2Y63A 3LB0A 3TW6A 3W71A 2OMAA 4Y8FA 3TROA 3EXTA 3GDRA 1B9BA 2Y62A 1GPWA 3L0GA 3U6WA 2ZZ1A 4Y96A 1W54A 3W3OA 3ZWSA 5D2TA 2VEKA 2ATSA 3UZ5A 4LS0A 1AK5A 1NF7A 3A22A 3G1VA 5LZLA 3G1HA 3R12A 1Z42A 3A21A 4GUJA 3ZFHA 4UTLA 1EX5A 3FLUA 4UTIA 1KBJA 1WAUA 3TIMA 1I2NA 3EWWA 4UCGA 1DORA 1F7BA 3ATZA 1GYLA 2HSAA 3R89A 1K7XA 3QQ1A 4MY8A 2QDGA 4CNNA 2R14A 1FWTA 2VFDA 4QAIA 3FKKA 4LVAA 4NNAA 5D03A 3G3MA 1WBHA 1H1ZA 2X16A 5AHMA 1J5TA 5H2ZA 4WXYA 1BWLA 4IMDA 4MY9A 1FUYA 4CNOA 2YDAA 2BTMA 1NAL1 4MJZA 2OZ0A 5HMSA 1EP3A 4L4MA 5EA9A 4NUWA 1I2RA 3DI1A 5G4WA 2ZYFA 3G1DA 1FXQA 1NEYA 3TSMA 1QWGA 3CWOX 4IQLA 3MHUA 3S1UA 2QCLA 5BMXA 1AW1A 3P81A 3TR2A 1OX6A 1KM0A 1TO3A 1GVOA 2EKCA 2NX1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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