2VFHA

Crystal structure of the f96w mutant of plasmodium falciparum triosephosphate isomerase complexed with 3-phosphoglycerate
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
ARKYFVAANWKCNGTLESIKSLTNSFNNLDFDPSKLDVVVFPVSVHYDHTRKLLQSKFSTGIQNVSKFGNGSYTGEVSAEIAKDLNIEYVIIGHWERRKYFHETDEDVREKLQASLKNNLKAVVCFGESLEQREQNKTIEVITKQVKAFVDLIDNFDNVILVYEPLWAIGTGKTATPEQAQLVHKEIRKIVKDTCGEKQANQIRILYGGSVNTENCSSLIQQEDIDGFLVGNASLKESFVDIIKSAM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title Biochemical and Structural Characterization of Residue 96 Mutants of Plasmodium Falciparum Triosephosphate Isomerase: Active-Site Loop Conformation, Hydration and Identification of a Dimer-Interface Ligand-Binding Site.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 95
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2007-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2vfhA00
3W2MA 1RQHA 4POCA 3C2FA 2X16A 1FXPA 3GB6A 4TX9A 1VHCA 1OYCA 2CZEA 1B3OA 4KKXA 5SWUA 4DO4A 3TV8A 1KV5A 5BW6A 5C2XA 3F1QA 3TFCA 5KINA 3W75A 1KBJA 3LCFA 3N73A 2FQIA 4U28A 4JEQA 2GQ8A 3IIZA 5CSRA 3FYOA 1OFPA 1OK4A 2A1YA 1YTKA 2NZLA 2WO5A 3GZ3A 2WSQA 4EF9A 3JR2A 3L0KA 4MPQA 2J24A 1TJPA 4UMBA 2VFFA 3BLFA 4UUIA 4RZ4A 4AEOA 2A7NA 5DCDA 2A6NA 2DZTA 4A2RA 4N2YA 3PAJA 3O16A 2C14A 4CQ9A 2JKAA 5LZLA 3QQ1A 2PRHA 2DZSA 2RDWA 3NEVA 1H62A 2DP3A 2QCCA 3DAQA 4P61A 1WV2A 4X9SA 1JRBA 5I3GA 5AHIA 4AWTA 4UTUA 2R91A 4LNYA 3CU2A 4O53A 1YPIA 4LY8A 1SR9A 4Q32A 3SIZA 5HWMA 1XM3A 2E5DA 3L68A 3DZ1A 1BEUA 3W7QA 3EWWA 4IWWA 4DF0A 4YL2A 2RDUA 5LNWA 3LLFA 3N2XA 1KLYA 3O6CA 5ABTA 3P84A 2BWGA 1A5AA 2NUWA 1FX6A 2ABAA 1DOSA 2RH9A 1FCQA 3KOFA 3FFSA 4FX8A 3L0GA 2E6YA 3MYOA 4IMDA 1YYAA 4DO6A 1S5WA 1G69A 2DZVA 4EOUA 3M1ZA 3UYCA 2GQ9A 3QEZA 5FEWA 3KHJA 3TC7A 4R34A 5D2TA 2Z1BA 1GVRA 4E0CA 4KFNA 2Q3OA 3A22A 1H61A 4FO4A 5K4XA 2VC6A 4JGDA 3NYZA 4FNQA 4LTSA 5IBXA 3K30A 3VI2A 4JYFA 1R46A 3LCGA 1K03A 4AXKA 3DI0A 3HGRA 1LOSA 4N02A 1GVSA 2HTMA 3FIGA 2ZQ0A 1KM6A 4O12A 3CT7A 4ZQPA 1IXOA 5L9FA 1GVFA 3PUEA 3S6DA 4O14A 4DF1A 3PWAA 1U83A 4L4MA 1VCGA 5HWNA 1XUZA 2KZHA 3GX9A 5CZJA 4LRSA 3QMSA 3MHUA 2DZXA 5DBUA 1TREA 3KFTA 1H7RA 3W2JA 1P0NA 3MI2A 1Q3NA 2A85A 5BRBA 1TPEA 2Y7FA 4M6VA 1W5MA 5FEPA 3TXZA 2B7QA 4MFEA 2ZA2A 2HSAA 3S9YA 3P8JA 3W22A 3MBDA 4CQAA 3UQNA 2Y70A 1K7EA 3HGOA 2J9XA 5C54A 4XKYB 1QOQA 3G1FA 3THAA 3QF0A 2V2CA 3F4NA 3LCIA 3G1SA 4UR8A 3MI6A 3LOTA 1H7XA 3IGUA 3EWXA 1M6JA 1QCWA 2YPIA 1SPQA 4BR1A 1SW0A 5AHLA 4O57A 3EWZA 1YXDA 4RZ6A 1LDCA 2VOMA 1W1ZA 1AW5A 2AQWA 4ZQMA 2XFWA 3GR7A 4MZ8A 4LU0A 3ABOA 4LV9A 3RLVA 3W7KA 2A7RA 2FFCA 1W5NA 2A2IA 1KW1A 2V82A 2TYSA 3LRMA 4L4LA 1W3IA 4WXYA 1EB3A 1T0OA 4IUOA 4FIQA 4KWWA 1VPXA 4JIQA 4QNWA 3C8FA 4FB7A 3FLUA 4UNKA 4QJ1A 3LCHA 1ZFJA 3QSRA 5HQEA 5CZSA 2DJLA 4Y6GA 3BG3A 5U7SA 5FF3A 1OABA 3BARA 3A23A 3P5ZA 3W7NA 4JX5A 2G97A 1OF8A 1W3TA 4JY9A 2C15A 2VENA 4CCDA 1NAL1 3JS3A 1J4EA 2OT0A 1KA9F 5F2IA 3TSMA 1JULA 4ZMGA 3P82A 3PVFA 3LI0A 2E5BA 1XBVA 5AYXA 1TTPA 4XKYA 3GDTA 3CTLA 4WZHA 3M0ZA 4S2CA 5AHEA 3W73A 4M7TA 2YW3A 2A7PA 5LSMA 3TDFA 3N34A 3W2UA 4NZFA 5F1UA 1FWSA 2QAFA 4WY0B 3I65A 2Z0IA 2NWRA 1VR6A 3FOKA 4K36A 5D05A 3PM6A 1F05A 2A4AA 4IOTA 4UTKA 3KRZA 2V30A 4C1LA 3TAKA 1LZOA 1O60A 3W76A 3NR0A 4MFDA 2Y63A 3TAOA 3W1MA 4GC4A 3LHTA 4UC5A 1QMLA 4A29A 4NT0A 3IV3A 4OV4A 3USBA 4YLWA 4FX7A 2Y7DA 3B4UA 1MEIA 3TUUA 1WOBA 3G1AA 4PEKA 1IXPA 2DZUA 4ZL1A 5K4ZA 5K3VA 2V5LA 4AWUA 5D04C 3W1LA 3I7QA 3EWYA 2CZ5A 3A5FA 3QQ0A 2ZCGA 5CKSA 4QAIA 1XUUA 2CU0A 1C9DA 2I9EA 4FX6M 4QNEA 1WDWA 3C56A 4LUIA 2QCMA 2FB3A 1PHQA 2BX7A 3W3OA 1I2QA 1R47A 4EF8A 3C6CA 4B5NA 2YX0A 4GUGA 1M5WA 4Z1DA 3ZS4A 4Z0SA 3PBVA 5AC6A 3SSJA 4LS0A 4WY0A 5EBUA 2B7NA 4C1KA 3LHZA 3LTYA 3KVKA 3W1QA 1QO5A 4G1KA 5I3JA 3DXIA 4Z0JA 4OGZA 1Q6LA 2YDAA 4O1BA 4I9AA 2VEIA 1G4SA 2NLIA 3LM7A 3NG3A 3W85A 4Z1BA 2ZRWA 3CIWA 3QW3A 1GYNA 1WBHA 2H3BA 5D30A 3HG4A 1O95A 1HTIA 3F03K 3MHGA 1SO5A 4JYDA 3NDOA 3GYEA 2E6FA 3QPZA 4UTJA 3LV6A 1WYIA 5FF0A 3HGJA 2ZTKA 2GVLA 4JR5A 4EWND 3ELFA 3QM3A 2WNNA 1JCXA 3TSBA 3W1AA 1H7PA 2BLEA 2OX1A 4WOQA 2CZFA 3V75A 1MO0A 1H1ZA 4O1CA 2TMDA 1YDVA 2JK2A 3TMQA 2CFFA 4HT3A 5A5WA 3W71A 3PUOA 3N2MA 4OQVA 5EL1A 2PURA 3W7OA 3GLCA 3T44A 3LHYA 2J9YA 2QUVA 1DQWA 5I3IA 1SZGA 3RF9A 2VFEA 3D0CA 4LUJA 5F4SA 3W2LA 4JNMA 4HPXA 4RR4A 1KM0A 3T4CA 1F76A 1E51A 2HMCA 3OEXA 1FBAA 2ZYFA 5FEXA 4WOZA 1JCYA 5LHFA 2X1UA 1IIGA 1OX6A 1EWDA 2CLKA 4KFPA 4QITA 3UWYA 2ZRZA 3AJXA 3E96A 4XQ6A 4UTWA 3LHWA 3EXSA 4I7WA 1YXCA 3NQVA 2C3ZA 4NUWA 4HNNA 2ZZ2A 3TXVA 2NV2A 4A3UA 1Q6QA 1DVJA 3CEUA 3GDLA 1GG1A 1RZMA 1QDSA 3IVTA 4PTNA 3EX3A 2Z6JA 4HSOA 3IIOA 3C4UA 4ADTA 4WD0A 1EX5A 3L2IA 4O1DA 5KMYA 3DFSA 2EKCA 1VGAA 3R5EA 1P0KA 2ZRYA 4MYAA 1H7OA 3DHFA 3H53A 2TSYA 1L6SA 2ZDRA 3G0SA 3G24A 4NJJA 3W07A 3GKAA 2D73A 1KLZA 5CPNA 1TSIA 3G1YA 1QO2A 2CLFA 4W9TA 1LORA 2ISSA 2Q8ZA 3A24A 4Z1AA 3NQ8A 3TH6A 1XXXA 4QM1A 1TTIA 1VQTA 3HPZA 2EHHA 1VH7A 3BW2A 3NQCA 2J9ZA 1JCNA 4AVFA 1OJXA 5E0KA 3GXPA 3PB2A 3M5YA 1T8XA 2QCDA 2C19A 2QCGA 4JTUA 2R14A 4IX2A 3DKLA 1SFLA 4WX2A 3I68A 3A5VA 5D2VA 5FI8A 5G4EA 3S42A 3T7VA 3CQ0A 3PR2A 3DU0A 3QMRA 1ZNNA 2VXNA 5F4XA 4JTFA 5AHMA 3TK7A 1FXQA 3DKJA 3ABRA 1FCVA 1JQVA 3NQAA 4NJKA 5CZ0A 4CNPA 4JICA 1WBJA 4LRTA 4O50A 3C3NA 1V7YA 3A21A 1PCWA 1A53A 5KSWA 5HR6A 1PS9A 1K02A 3IGXA 1TMHA 2X1TA 1MZHA 1IF2A 2X1SA 5D2WA 2RFGA 3B8DA 3MJYA 3T55A 4RXFA 4Y9AA 3NL5A 3G1VA 1OX5A 3LRKA 1K7XA 3IRDA 4XTIA 2QF7A 4NNCA 2Y61A 4MY9A 4ZQCA 2ZA1A 5DY3A 1RVGA 5HWJA 4O8RA 4JTEA 3U8GA 5BNKA 1J2WA 4ZVJA 3L9CA 3TX9A 4LVGA 1BWKA 3R13A 1M7PA 3QPYA 4MOZA 5CPOA 3ZWTA 1Q45A 1SSDA 1EA0A 3T78A 1TRDA 3EX1A 2Y88A 1Z42A 2YFOA 1XC4A 3W2NA 3BG5A 3FS2A 1NVMA 5HUOA 2YXGA 1ICSA 3W74A 3WK1A 1VJIA 3R2GA 4UFIA 4FNRA 2VKZG 3NQ7A 3RNDA 1CW2A 1KBIA 5HMSA 2PCQA 3GVGA 4U4MA 1LCOA 4ML9A 4ZQRA 5CZTA 2X30A 2GJLA 4AHOA 3PUDA 3NAVA 5J5RA 4EVZA 2E6AA 2QCLA 4JX6A 4A22A 1SZFA 1VYRA 2QJIA 3W1PA 1QPOA 4NXKA 4E2BA 1S5VA 3PSWA 5D33A 4GUHA 2ISWA 2OCZA 1W54A 1ONRA 2QCFA 3P61A 4MIMA 3EKZA 4TMCA 4UFHA 1JJKA 5CPMA 3LLDA 1HUVA 4JTLA 4ORMA 3TKFA 1OFEA 1PVNA 1KTNA 1VLIA 2A0NA 3O8AA 4XZ9A 2Z2UA 1G67A 1W3NA 3PY2A 5D37A 2NXIA 3TMLA 1HL2A 5F2MA 8TIMA 3DFTA 2J88A 3G1XA 4I7VA 5KZEA 3OIXA 1S5TA 3H55A 1DORA 1DV7A 4MJZA 4O10A 3GNNA 4JN6A 1WAUA 4LT9A 1OYBA 1JVNA 5KTLA 1ZALA 4FHAA 1W8SA 2PE4A 3QFEA 2WNQA 5G2WA 2C13A 1UCWA 3ATZA 1RQEA 4IMFA 2G95A 2QCHA 1H5YA 4H6KA 1R2RA 4NX5A 2TRSA 1YTEA 4X2RA 3WK3A 2CLIA 4UXDA 3BG9A 1IGSA 3LXAA 1FDZA 4O16A 4I7UA 2HS6A 1F73A 3IVUA 4OBTA 4PL1A 2V5BA 1KM1A 1B4KA 3R89A 1GQNA 5LNVA 2GOUA 5DBTA 1H60A 3SGUA 3M16A 1KM2A 4X3ZA 3C0JA 5BMXA 2H90A 1FWTA 3B05A 3GDKA 1VCVA 1JR1A 2YCEA 2QDGA 4ONVA 2E5CA 1X6UA 3ABQA 3BVJA 3G0XA 4O52A 4CQ8A 2ZZ6A 3HF3A 3W7HA 1VYPX 1CX9A 1PV8A 4TO8A 5LKYA 3WJXA 2XN1A 1OFRA 2E68A 3OA3A 3DBPA 4O18A 5F2LA 1K8YA 2NX1A 2JKEA 2NUXA 3S1XA 1QPRA 3TROA 3GKFA 1GVQA 2I14A 5LGZA 2DZWA 2EGZA 4UFKA 4IPJA 1SUXA 4WJEA 3THQA 2WNZA 5IBXC 4JDBA 1G6CA 2BTMA 2NX9A 2W6RA 3V1PA 2ZRUA 1FDYA 1TCDA 3S8HA 3N3MA 5K9DA 5HNRA 2V81A 5K9XA 3WK0A 4RLIA 5FF7A 3M5ZA 3GAYA 3L5LA 4E2DA 1ICPA 2H8ZA 2EF9A 2JBMA 2ZFAA 2QCNA 3PS7A 3MP3A 4MJMA 5D38A 3W7DA 1TYGA 1RQBA 2EAWA 4O1AA 4QSHA 4CCEA 1EIXA 3OHIA 4GJ1A 2ZZ1A 1FDJA 1W0MA 3ZR4A 3UWWA 1FWRA 4ZQOA 2J27A 3B03A 1JCJA 2ZZ7A 1I4NA 4NXSA 2Y62A 3M5VA 3L67A 2ZRXA 2YYTA 1DQXA 4PODA 3SR7A 3EEGA 4UTLA 3E12A 3VKJA 1AMKA 4FNTA 1JUEA 1FWWA 1FCBA 3N9SA 1YDOA 2RHGA 1QWGA 5E1QA 4LVDA 4O28A 2E77A 3QRHA 4UTTA 3O6YX 1C8VA 4OHQA 3B0UX 2G5WA 2CLLA 3M43A 3IVSA 3W83A 3GDMA 4PFMA 1G4EA 4H3DA 1SW3A 3S1WA 4BI6A 3C2VA 3P81A 5LHEA 1LBLA 2YYUA 4K8HA 5C55A 1PE1A 4LS1A 2GQAA 1ZHAA 4JTTA 1FQ0A 2NV1A 3W1NA 3PG9A 4IPIA 4JS3A 2FDSA 3C61A 4NJHA 3W88A 1WXJA 4NZJA 4RK8A 3I7SA 1QR7A 4JTJA 5KITA 4R33A 3NPXA 1LLZA 1OFBA 3CWNA 2FB2A 1DBTA 3OVQA 3UY7A 1OFOA 3HBLA 5C6MA 5HR7A 1R30A 3B06A 3B0PA 2JKPA 4UFMA 1FUYA 4MLJA 1YPFA 1TJRA 4LWWA 3HJZA 2WQPA 2RDTA 1F74A 4JX4A 1HO1A 2WV8A 3GK0A 4NU7A 1HG3A 3W7MA 2W0UA 3QC3A 3VCRA 3NXFA 1KM3A 2TPSA 3CM4A 4DBDA 3WJSA 2HS8A 3A9IA 3LTPA 3NVTA 4FNPA 1TTQA 1VZWA 3NQ6A 3IIXA 3NL6A 5EYWA 3DFNA 5H2ZA 4IQLA 3LCWA 5TQLA 3NZRA 1KFJA 4FEZA 1EP1A 2ATSA 3G3MA 5AHFA 2DU2A 1K8XA 4UFJA 3NQDA 1BWLA 3BO9A 5CPLA 1DJQA 5EPDA 1GJPA 3HPSA 4BF9A 1GTHA 5DLCA 4FNSA 3CB8A 1QPNA 3MP4A 3FKRA 5K9CA 2OJPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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