2VOMA

Structural basis of human triosephosphate isomerase deficiency. mutation e104d and correlation to solvent perturbation.
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGDSDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title Structural Basis of Human Triosephosphate Isomerase Deficiency: Mutation E104D is Related to Alterations of a Conserved Water Network at the Dimer Interface.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 2008-02-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2vomA00
3LTSA 4U28A 4Z08A 3Q2DA 1SZNA 4FNTA 5K3VA 3WK2A 4FNQA 4HT3A 1FWSA 3NQAA 3STGA 1QPRA 3RMJA 1LRQA 3EWUA 4IMEA 3TFCA 1ZFJA 1EUNA 4YWIA 5BMXA 5EBUA 2RDWA 1ML1A 5FF4A 3G1VA 3TKFA 5LNVA 4LS0A 4MYXA 3TNOA 1TPFA 3P67A 3W1TA 2NUXA 1QMLA 2B7OA 1RVGA 5F4WA 4ZQRA 4LT9A 3WJXA 1TJPA 3WJYA 1XKYA 4H4IA 5IBXA 2CWNA 5FF7A 1G7VA 1H1YA 1H63A 4O50A 2JKPA 1OF6A 1VLIA 4O12A 3THAA 3EWXA 1U5JA 4MZ8A 5F2LA 3MBDA 2H3DA 4UIOA 3WFAA 3B05A 1PCKA 4O4WA 1P0NA 2ATSA 3QFEA 4QNWA 4DO4A 5HJLA 5TIMA 5KZDA 3W7RA 1VCGA 3IVTA 4JTHA 4JDBA 2ZA3A 1G4SA 1F5ZA 4R7JA 1EWEA 1ICSA 3EX6A 1OFBA 2HSAA 4TU1A 1RZMA 3PUOA 2CLEA 1ICPA 3PAJA 3T40A 3VNDA 3H54A 5CZTA 3BV4A 2OT1A 4BI5A 3L9CA 1SSDA 2B4GA 5A5WA 1FCBA 1RQHA 3MJYA 5D2YA 4O1CA 1THFD 2QCHA 4UR7A 1VCFA 1OABA 2OX1A 1OFAA 1HL2A 3LBMA 2NX1A 2ZRVA 3TSDA 3EB2A 1XM3A 4UUIA 3NO5A 3GAKA 1FCVA 2VELA 3B0VC 3LTPA 5CZJA 2NXIA 4QSHA 1VS1A 2P10A 3W2LA 1JCLA 1KFEA 2BZNA 4OHQA 4JYEA 4AWSA 1UCWA 4FHAA 1FWWA 2ZBTA 4IMCA 2RKXA 1SZEA 3HJZA 1Y0EA 1ZAIA 4LUJA 3GNDA 3BVJA 4GUFA 3M16A 3O63A 4BR1A 2Q8LA 4O13A 2PRHA 1W5PA 1DHPA 5D03A 1EP3A 1L9WA 3TK7A 4NX0A 3JRKA 1TQXA 2QF7A 3HPZA 1VHCA 3W71A 1FQ0A 2G95A 1JRCA 1MEIA 2VKZG 3S8HA 4YCPA 3CPRA 3SFKA 1TV5A 1CX9A 4FIQA 4FXRA 1VLWA 4S1FA 1TPB1 3HOJA 3O6YX 3G8RA 1WBHA 1F76A 1OYBA 1F7BA 1K8ZA 4UTKA 1TCDA 2Z1BA 3C0JA 1WBJA 1PHQA 3STCA 5CSRA 5SWUA 3INPA 3HGJA 3GZ3A 4N9CA 3B8DA 5KZMA 3KXQA 4GXMA 3KRUA 2FB2A 3QMSA 5LZLA 1IGSA 4HNVA 3FJ6A 4FIRA 1SUXA 4IX0A 4ZVJA 3T55A 3IIZA 4O19A 4DPPA 2QCMA 4O4VA 2RDUA 2NV2A 2W0UA 3PUEA 5LSMA 3W22A 1DKWA 4M19A 4DF1A 1TPDA 3W70A 1G4PA 3O06A 4XWUA 3GXNA 4K8HA 5CPMA 5EYWA 3TIMA 5F4SA 3KFTA 3G0UA 3G22A 4O0KA 1Q6LA 1FUYA 2E6DA 2QCGA 2WNNA 4MPQA 2FPTA 1TQJA 3G8EA 3L5AA 1KFLA 3GB6A 2VEPA 4X22A 1R2TA 3P82A 1SW3A 4C1KA 4MYAA 2TSYA 3TMQA 3QSRA 4I9AA 4O17A 1I2RA 3LHZA 2VEIA 4LV4A 5HULA 5BRBA 2DJLA 2VEMA 4HNUA 1W3NA 1SFJA 3W7GA 1FX6A 1KM5A 3LM7A 4WX2A 5FF0A 4LVFA 1ALDA 1GQNA 4S2BA 5K2ZA 2Z2UA 5K7JA 1FDZA 1WV2A 1B9BA 5G2HA 4A21A 4OT7A 4UMAA 4AHQA 4JY8A 3EXRA 1S5WA 4EF9A 1DQXA 1JCMP 2YFNA 3MBFA 2VFEA 1UBSA 1EIXA 4XTDA 3P8JA 1PE1A 2QCNA 4L4MA 5FF3A 3GDLA 3FKKA 3OVRA 1OX6A 3RU6A 4BI6A 1G4TA 3PB2A 1ZJIA 5C55A 4LV9A 4NJHA 4O8RA 4E0CA 3R2GA 4XUGA 3EX4A 3E96A 3M5VA 3S1UA 1GOXA 4WOZA 2Y88A 4Z1DA 2QJIA 4R53A 1H7NA 1T0OA 4HIBA 1LDCA 4X2RA 1UASA 3R12A 5J5RA 2TYSA 1SSGA 4M5PA 1JCJA 1VC4A 3PBUA 3M5ZA 3KVMA 4EOUA 4RK8A 4XBKA 1FCUA 3FFSA 3GIYA 2PE4A 3LHVA 1KM3A 1M6JA 2GQ9A 3NQ8A 3QMTA 2J88A 4QNEA 3CM4A 5I3KA 3DFOA 4UTTC 2Q3OA 3IV3A 4WXZA 5LGZA 4JTIA 3HIJA 4AF0B 1GZGA 3FKRA 1LLZA 3PR2A 4GUJA 1XFBA 1MEWA 3MP3A 1VRDA 3NNTA 3GDKA 2O7SA 3G1HA 3T7VA 1M7OA 4M7SA 4UNLA 2YCEA 4GUHA 2C0AA 1LZOA 4LC6A 5HINA 2NUWA 4TMBA 4UFKA 2DZSA 4HNTA 5KMYA 3GR8A 1QFEA 2KZHA 3LCFA 4IXHA 1WYIA 3C61A 4MFDA 1GG0A 5AHMA 5I3IA 4JD4A 1KTCA 4NJJA 3TE9A 1YTKA 4L4LA 1TRIA 2YFOA 3FLUA 1F6PA 1JRBA 4DO6A 1TPWA 2CU0A 3QSTA 3G0SA 3P74A 3P81A 1FY6A 3W74A 2V8ZA 3BW3A 4S2CA 4WXYA 4UFHA 4WY0B 1O95A 4ZQCA 1F6KA 5E93A 4DF0A 2P1FA 2VXNA 5AN7A 4X3ZA 4IGHA 3TR2A 3LI1A 4JDYA 3O8AA 5FEPA 3O6CA 3WK3A 1JUEA 1HTIA 3TROA 3NL2A 1QDSA 3PY2A 1QPNA 3LHUA 1OK4A 2VFIA 4EVZA 1VR6A 4LRTA 1VHNA 3NM1A 3O15A 2DORA 5AHNA 4CCCA 5DCDA 3CLMA 1Z44A 1R2RA 2H3BA 2V2HA 2X2GA 3BW4A 4PFMA 1T8XA 3EEGA 1XXXA 3C2OA 4A29A 4LU0A 1XDLA 3DFQA 1SW7A 5U4NA 2H90A 3I68A 2I14A 3QPYA 1ZENA 4ZMGA 2WSRA 4PEKA 4AWTA 1LROA 4U4MA 4NJKA 3B4UA 1GPWA 3NPWA 3NOEA 1DOSA 2A6LA 3NQMA 2NUYA 3UXAA 5H2ZA 4JYFA 5EMUA 3PB0A 3HGSA 3W2JA 4JYDA 4NU7A 3TQVA 2TPSA 4O1AA 2WO5A 3MP4A 4W9TA 3G1AA 2E6AA 4NJIA 2CZEA 4OBTA 3W7HA 1XUUA 1HO4A 2A5HA 2C3ZA 1U83A 3PG8A 1J2WA 3PBWA 4RX0A 1Q45A 3QYQA 5KITA 3OVQA 1D3GA 3OA3A 1LOQA 1W5NA 4ADTA 4Y90A 1G69A 3W23A 5LNWA 4BFAA 2CLKA 4CNPA 3W7EA 4JTUA 2FQIA 1LTDA 1QCWA 1R30A 1YXCA 4PCFA 2XN0A 3SZ8A 2QCDA 2JGYA 5FEXA 2CLOA 2VENA 3Q94A 2C15A 1Q3NA 2C18A 3KAOA 4JTLA 1EA0A 5IM51 4QJ1A 4RJEA 1ZY9A 2CFFA 1AL8A 4FXSA 2CZFA 2ZZ7A 3G3MA 1K02A 3UY8A 3CIWA 5AYYA 2OMAA 1GG1A 4LNYA 1R47A 3LLDA 1X1OA 4RR4A 1OFOA 2WNZA 3MHFA 4AF0A 1KM2A 5K4ZA 5I3GA 3S1WA 2RHGA 1GTHA 3CIXA 2I1OA 4MLRA 1XC4A 3DKJA 4MIMA 2NXGA 2PCQA 3I7RA 4DF2A 1TTJA 4NUWA 5ABTA 2H8ZA 1XUZA 3L5MA 1FWNA 4XTIA 4IX2A 3SY5A 1O5XA 3DFSA 3QC3A 2ZCGA 2CLMA 4WZHA 3L0KA 1SR9A 5CPLA 1F74A 2JK2A 3W1NA 5MHBA 4RXGA 1K03A 1OHLA 3BLFA 4UNKA 3DU0A 3LV5A 5D2XA 4TR9A 2V81A 1G7UA 4N6FA 4GE8A 3WJWA 4O18A 4UTWC 2XN1A 2V9DA 1VYRA 3M41A 1KBIA 3L66A 1R2SA 4WY0A 3QJAA 1KLYA 3BPWA 1SZGA 2WSYA 5D2VA 3QM3A 1H50A 1K8XA 2ISWA 2J6XA 2VFDA 3LCLA 5HWNA 3NPUA 4RXFA 1L6WA 2WQPA 1AW1A 3UXDA 1ZALA 4O52A 1W5QA 2ISVA 2YGYA 3QMRA 1TPUA 3C2VA 2WNQA 1I2OA 1QO5A 4MJZA 3PSVA 4P61A 1W3IA 4AEOA 4NXSA 5D2WA 5G5IA 3IGSA 3W7KA 4X9SA 6TIMA 2FDSA 1LLWA 2DZXA 5BOOA 3GVGA 2NX9A 4MLJA 5TQLA 1W31A 3V75A 5EY5A 2WKJA 2NWSA 1PS9A 3E49A 4M6VA 4LW7A 1XDMA 1SU5A 4JTKA 5G4WA 4DO5A 2Z6JA 3TV8A 3L67A 4UFJA 2WOQA 1ME7A 3TJXA 1T96A 4KWWA 3R5EA 2PURA 2Y70A 3L68A 2PRMA 1LRTA 3P7YA 2GQ8A 1CI1A 3T78A 4ORMA 3M6YA 3R89A 3QW3A 1QPQA 4BWLC 2VOMA 2ZQ0A 1SW0A 3GNNA 1N8FA 4KFPA 1JULA 1XBYA 3N3MA 1AMKA 1IXPA 3KVKA 1GEQA 1I8JA 5AOUA 4O16A 1B4KA 3IEBA 2B7PA 4K7YA 3YPIA 4FX6M 1S3HA 1H51A 4FNUA 3NDOA 4K7VA 4MVAA 3ATYA 4LS1A 3KX6A 4KKXA 3RLVA 1GWJA 3NQFA 1TPC1 3W2UA 4IMGA 4JY9A 2YZRA 3G1YA 2VC6A 2J9ZA 3QQ1A 3ZWSA 3NQGA 4K39A 5AB3A 3HG4A 4YL2A 2C1HA 1A5BA 1BTMA 4UXDA 5LGXA 1H60A 1WOAA 4YCOA 4TIMA 5HR6A 4TO8A 1A5AA 1KA9F 1SPQA 4UTTA 2C13A 2HS8A 3HF3A 1QOQA 2EPHA 2V30A 3DENA 3U8GA 4WOQA 3W7QA 3DBPA 3N14A 3W2NA 2FPYA 3S42A 3CU2A 2YYTA 3NQVA 1AK5A 3B0UX 1OX4B 4LWWA 4WUIA 1GVOA 3UZ5A 3Q37A 1IF2A 5AC8A 4LRSA 3HBLA 4DELA 5F2MA 1KFKA 4NX5A 4E2BA 4N4PA 5D33A 6ALDA 1ZCOA 4MZYA 3H53A 3RF9A 4UTMA 3ABOA 3OEXA 3TC7A 4ALDA 3TCEA 3R13A 1RR2A 3PULA 3GYEA 1FBAA 3G1FA 1JCNA 3STFA 4NJGA 1KM1A 4IOTA 3B03A 4LOCA 3UPWA 1EWDA 2RH9A 3W88A 1BEUA 1TV7A 1O60A 1HO1A 1FXQA 1KM4A 1BWKA 3FIGA 3VCRA 4OQVA 4R34A 3IVSA 4FEZA 2Y7FA 3PWAA 1SO3A 3DZ1A 4IWWA 4ZL1A 2QAPA 3G1DA 3O16A 3SJ3A 1MO0A 1VCVA 5F1VA 3P80A 2J9XA 4LVDA 4WD0A 2EKCA 1QWGA 1TTPA 4GFSA 4N9BA 4JIPA 4FNRA 2OZ0A 5G2IA 5T26A 5C5YA 3EKLA 3TQ0A 2F7FA 4A3UA 3QF0A 4JICA 2BLEA 3GDRA 3LLFA 1XBXA 2CW6A 2W79A 3C2RA 1C9DA 1WXJA 2A7NA 2TRSA 3SIZA 2ABAA 2FJKA 5HMSA 3A21A 2A1YA 2E5DA 3FOKA 3U6WA 2TMDA 2Y6ZA 1GYLA 2X1UA 1YPFA 4XQ6A 3S5OA 3RFAA 3MO7A 1HFBA 3ELFA 3JR2A 2QUVA 3N9SA 3C2EA 4QQ3A 1PIIA 4WQ6A 3UWYA 2QDGA 3LOTA 2CZ5A 4ADSA 3UZJA 3W2MA 1A5SA 2CZDA 3W1XA 3DH7A 1FDYA 1H5YA 3KOFA 3M43A 1RQEA 3BG5A 1PHWA 3GXPA 4UFIA 4ADUA 4CQ8A 5BW6A 1D9EA 5DLCA 2XN2A 1ADOA 1MXSA 3LRKA 4HSOA 5F4XA 2GVJA 5I3FA 3UYCA 3T4CA 1LBMA 4Y96A 3W75A 4NNAA 1ONRA 2EAWA 3U2OA 1I4NA 3TAOA 3GDMA 4FX8A 4TX9A 5D09A 1YADA 3N2MA 4KFOA 5CGQA 2J9YA 3S5NA 1X7FA 1L6YA 3UWWA 3M5XA 2WSQA 1GVFA 1OG0A 3NQDA 3N2XA 4Y9AA 3A23A 2FB3A 3UWVA 1VH7A 5GVJA 4K38A 1K3UA 3S1VA 1K7FA 1B57A 1VGAA 2A0NA 1NEYA 1KLZA 3TSBA 4CLMA 3FYPA 4UC5A 7TIMA 4UTJA 2ZRXA 2FIQA 3PUDA 4AH7A 2E5BA 3L0GA 1RD5A 1LCOA 4Y6GA 1KM6A 3E12A 3G18A 5D38A 3BW2A 4NNCA 1I2PA 1OJXA 2NZLA 4LVGA 3F4NA 4NQ1A 3ZR4A 3DFTA 1H7PA 2YDAA 1W5OA 4C1LA 3PS7A 1OX4A 3EKZA 4O11A 1H7OA 3QRHA 2QUTA 4N9DA 4QITA 4QIUA 1M7PA 3LB0A 2R94A 5HNRA 1YDVA 4Q33A 5AC7A 4LVBA 3IIXA 2C14A 3BLIA 4ZQOA 2Y63A 3S5YA 4DXVA 4B5NA 3SGUA 3P8IA 3EWBX 2ZA1A 3P5YA 2B0MA 1P4CA 4KWVA 4R33A 1DL3A 3NVTA 2QCEA 3EXTA 2HS6A 4IXXA 5AYZA 1AG1O 3W6YA 4DQWA 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 3STE A;  1S5V A;  2QJG A;  2NWR A;  4IMF A;  3ATZ A;  1JJK A;  4CQ9 A;  3I6R A;  1KFJ A;  3HGR A;  1MSS A;  1W5M A;  1W3T A;  1PCW A;  3W86 A;  2A21 A;  5I3H A;  1QOP A;  3MP5 A;  1MEH A;  3NYZ A;  4GBU A;  2DZW A;  1IXQ A;  3LCG A;  3M9Y A;  1ZHA A;  1YXD A;  4AHP A;  1GT8 A;  2R14 A;  3TXV A;  4GUI A;  3WJZ A;  3MI3 A;  3OBK A;  2G5W A;  4IJB A;  1G67 A;  2OJP A;  2DU2 A;  4CNO A;  4O57 A;  2GPT A;  1YYA A;  1P0K A;  2WJZ A;  3N9R A;  1O5K A;  2GJL A;  3PG9 A;  4ZQN A;  1OVD A;  1FWR A;  5F2G A;  1KV5 A;  1EX5 A;  5EKY A;  4MOZ A;  3LHW A;  1DVJ A;  2YXG A;  2R91 A;  5E1Q A;  3W1Q A;  3PSW A;  3PM6 A;  3O6D A;  2F84 A;  1G4E A;  2ABB A;  2NLI A;  3MHU A;  3PBY A;  4K6A A;  3DKL A;  4O53 A;  2C19 A;  3F4W A;  3NA8 A;  2CLI A;  3LRL A;  3UND A;  5LNU A;  5K4X A;  3BG3 A;  4Q32 A;  1IIG A;  5CZS A;  3SI9 A;  4YXG A;  5L9F A;  1NVM A;  4PL1 A;  1JR1 A;  2A7R A;  1HG3 A;  1KM0 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1T5A A;  5K3V A;  1HGY A;  3NSX A;  4HPH A;  3WEO A;  4FNQ A;  4HT3 A;  1EF2 A;  2X1I A;  3M0I A;  1QPR A;  1E5N A;  1PKY A;  1LRQ A;  5HME A;  3LZ5 A;  1DJI A;  4C6F A;  4U3A A;  1CB7 B;  2WCG A;  1HJW A;  4S3D A;  5BMX A;  1EQC A;  3BQ6 A;  3DCP A;  5I6S A;  2QUL A;  4L9Z A;  1ML1 A;  1S38 A;  4LS0 A;  1PWM A;  3TNO A;  1TPF A;  4JHO A;  3W1T A;  1QBA A;  5HAN A;  1RVG A;  3UCC A;  5D9M A;  2PGW A;  4H4I A;  3SCP A;  3SCT A;  3PZM A;  5FF7 A;  1DIE A;  1G7V A;  3T09 A;  2WM1 A;  3T6C A;  1VLI A;  4JOM A;  4O12 A;  3EWX A;  1U5J A;  1XLJ A;  2H3D A;  4IPP A;  4E3T A;  3B05 A;  4O4W A;  1A4L A;  1P0N A;  4J2M A;  1J93 A;  4R9X A;  2ATS A;  4QDP A;  4W8L A;  5TIM A;  1PTA A;  2AMX A;  4C91 A;  4UQC A;  3TYB A;  4JDB A;  1G4S A;  3EX6 A;  1OFB A;  2HSA A;  4TU1 A;  1EGZ A;  1RZM A;  1Q2S A;  3OP2 A;  1J9Y A;  1ICP A;  2CBI A;  4CU6 A;  1F6Y A;  2W92 A;  4FAM A;  1WPC A;  5CZT A;  2XVK A;  1AH0 A;  4C1N A;  4H7Z A;  1I0B A;  2PDJ A;  5MF5 A;  5M1T A;  2CBU A;  2YL5 A;  2OYM A;  4UR7 A;  2VC5 A; 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