The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RRNA
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| publication title |
Modified Uridines with C5-Methylene Substituents at the First Position of the tRNA Anticodon Stabilize U.G Wobble Pairing During Decoding.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
27
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2008-03-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IBL K; 4DR1 K; 4DR2 K; 4JYA K; 3J81 O; 1N36 K; 4DR7 K; 3J80 O; 3T1Y K; 1IBM K; 2F4V K; 4B3R K; 4JI2 K; 4JI6 K; 4LF6 K; 1FJG K; 4GKJ K; 4LF5 K; 4CW7 B; 5BR8 K; 2HHH K; 3JAM O; 4JI3 K; 2VQE K; 2UUA K; 4LF7 K; 2E5L K; 4X65 K; 4LF4 K; 1J5E K; 1I94 K; 4X62 K; 4DV7 K; 4K0K K; 4DUY K; 1N32 K; 4AQY K; 4DV1 K; 4YY3 K; 2UXD K; 4DV5 K; 4GKK K; 4JV5 K; 4DR5 K; 2UUC K; 3J7Y P; 4JI7 K; 4DV6 K; 4JI1 K; 4X66 K; 5IWA K; 1N33 K; 4DR3 K; 4LFA K; 4JI8 K; 4NXM K; 2VQF K; 4CVN E; 4LF9 K; 4X64 K; 4LFB K; 4NXN K; 4JI5 K; 4DV0 K; 2UXC K; 5LMN K; 1XMO K; 4KHP K; 1XNR K; 2ZM6 K; 2UXB K; 1XMQ K; 4B3S K; 5LMU K; 4DV3 K; 5FLX O; 5AJ3 K; 4LFC K; 4B3T K; 1HNW K; 4V19 S; 4DV4 K; 5A2Q O; 3T1H K; 4OX9 K; 2UU9 K; 4JI4 K; 5IT9 O; 4JI0 K; 4DV2 K; 4YHH K; 1HR0 K; 2UUB K; 4LF8 K; 1IBK K; 3J7A P; 4DR4 K; 4DR6 K; 4DUZ K; 1HNX K; 4B3M K; 3OTO K; 1HNZ K; 5LL6 Z; 1N34 K; 1XNQ K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3NH0 A; 5C25 A; 2KHO A; 1HYS A; 4CGF A; 1NK4 A; 4IZ9 A; 1R0A A; 3G6E N; 4CHZ A; 4CJV A; 1Z05 A; 4RW9 A; 1K8K B; 4MO5 A; 1N6Q A; 2ZE2 A; 4KH6 A; 4EIA A; 3T1A A; 4XH4 A; 3CG7 A; 4O8K A; 3U9Z A; 2QEX N; 3LP1 A; 3HPO A; 1ILY A; 1QZ6 A; 3VQ5 A; 3M8P A; 1UWB A; 3C6A A; 1M90 O; 3SAF A; 5AQY A; 3NBP A; 2UUA K; 1U04 A; 4GNI A; 1SKW A; 3ULE A; 4X65 K; 4H5N A; 3O9Q A; 2QWL A; 3RMC A; 2ZGY A; 2NRH A; 1NGE A; 1LWC A; 1EO1 A; 3D6R A; 2KW4 A; 1EX4 A; 3K5M A; 1IV0 A; 2KFZ A; 3NCI A; 1IJJ A; 3VA3 A; 3DLB A; 1QSL A; 4N56 A; 4I6M B; 2OPR A; 4JKB A; 2Y1J A; 2UUC K; 2P9I A; 3J7Y P; 3PLA A; 1D4X A; 4J2D A; 4WQ5 C; 1S5J A; 3OYL A; 2E2N A; 4HUE A; 3CI5 A; 4C8K A; 3BF3 A; 1NK5 A; 2IAJ A; 5EXW A; 4FJN A; 5F1X A; 4H5V A; 2PFU A; 3BEX A; 5AQT A; 2IVO A; 4NXM K; 3FZF A; 4WCE L; 3ZEU B; 1RDA A; 2UXC K; 2O4I A; 4CEQ A; 1NBW A; 4EP4 A; 4MO4 A; 3T69 A; 3O3F A; 1Q18 A; 1DLO A; 2HMI A; 4B3T K; 1NGB A; 2BAN A; 3S3N A; 4CE9 A; 2ZGZ A; 2G8H A; 4BRQ A; 3M6G A; 3SYZ A; 5KQ8 A; 4M3Z A; 1MWK A; 1LAV A; 5C2F A; 4B9L A; 1ATN A; 3MDQ A; 1ITG A; 3JS6 A; 1D5A A; 3KD1 E; 3MCA B; 4W5Q A; 3K58 A; 2IS3 A; 4G1Q A; 5C12 A; 3VQ9 A; 4R5P A; 1Q9X A; 5AQO A; 3NVK A; 3NF8 A; 1UA0 A; 4DHY A; 3VGL A; 4ID1 A; 2CGK A; 4GVM A; 1S9G A; 3OYD A; 2PY5 A; 1N5Y A; 3QEX A; 4CZE A; 4UQG A; 5TKY A; 3SJH A; 3C0B A; 4E7J A; 1SS6 A; 4CFA A; 1W9H A; 4CJE A; 4CJ4 A; 2Q97 A; 3NVM A; 1IBM K; 3AAR A; 2O8B B; 3HRG A; 1TV6 A; 1Q86 O; 1WSI A; 3VEY A; 2QA4 N; 2NRX A; 4BRF A; 5AQV A; 3OYN A; 4KO0 A; 1XI1 A; 4DSK A; 2IVN A; 3CXC M; 4GKJ K; 1VQM N; 4O0J A; 1OH6 A; 2VGM A; 2ATQ A; 4HTL A; 2Q0U A; 1DKG D; 4MDA A; 1VRT A; 4LF7 K; 1X3M A; 4NO7 A; 1WSH A; 2NRT A; 1I94 K; 1FKP A; 3VGK A; 2ASO A; 1ZBF A; 1ZBS A; 3VQP A; 4DU4 A; 2Q0R A; 2UXD K; 3SK3 A; 5BRH A; 4DV5 K; 5AZJ A; 2QWO A; 3NAE A; 4BE2 A; 4JV5 K; 2CGL A; 3G10 A; 4FJX A; 1HJR A; 2ASM A; 3VQB A; 1IO2 A; 4YOY A; 3TAB A; 3DOK A; 2DPN A; 4B9S A; 4CZL A; 2BH1 A; 5KRS A; 4IEI A; 3I55 N; 3O4Q A; 3QIP A; 4IOA L; 4M45 A; 1NNE A; 3OJS A; 2PYL A; 3QES A; 2ZM6 K; 4IG0 A; 4DSF A; 4MQ3 A; 2B4J A; 1VQ8 N; 1NKE A; 3CD6 N; 1ZBL A; 1E4G T; 2YHW A; 4OLB A; 4E3S A; 4JRP A; 4FWP A; 3FE1 A; 3HOS A; 4AIL C; 1SKR A; 1HRH A; 3A5M C; 3CJA A; 4DTX A; 3C65 A; 4DUZ K; 3ZX0 A; 4CJ7 A; 3G4S N; 1WLJ A; 3WXM B; 4FZZ A; 4WFA L; 3KD5 E; 1QQN A; 4FCY A; 1TKZ A; 4GY2 B; 4NYF A; 3GE1 A; 3KWG A; 3J81 O; 4DS4 A; 2GUI A; 3AV9 A; 2P9N B; 3ZSQ A; 4FM0 A; 3U3Y A; 4BGB A; 5EOY A; 3VTI A; 4CD3 A; 2DFF A; 4HHT A; 4CEC A; 3L2V A; 1S1T A; 4BAC A; 4EAH D; 3ZET B; 4JI6 K; 1NOY A; 2DTU A; 1RT7 A; 3TPQ A; 3ZSX A; 2KQ2 A; 5DMR A; 3CJC A; 3D0P A; 5BRE A; 2HHH K; 4BGA A; 3JAM O; 3I56 N; 4JD2 B; 4BRL A; 2O8C A; 1RBR A; 1ZBI A; 2QXF A; 3GOI A; 3K5O A; 3PSI A; 1U2V B; 2HF4 A; 4M3U A; 5CE3 A; 3C7N B; 1KLN A; 1HKB A; 3A5L C; 3CJ7 A; 3SMP A; 1D9D A; 3NF7 A; 4CJU A; 1GLA G; 1CZA N; 2GEL A; 1RTJ A; 4Z0U A; 3O1W A; 2DY4 A; 3AVB A; 1FW6 A; 1R59 O; 1L5U A; 3P83 D; 4IFV A; 4QOZ B; 4JI1 K; 3SQ2 A; 3DAW A; 5IWA K; 3THX A; 1N33 K; 2KTQ A; 3LP0 A; 4CJ5 A; 2ITG A; 2P51 A; 3OA9 A; 1IKV A; 2QWP A; 4FL9 A; 2D0O A; 5ADX A; 4H5R A; 5GIN A; 4BQZ A; 4RG8 A; 1J54 A; 4KHU A; 2ETJ A; 5F0X A; 4YOT A; 3MAQ A; 2O4G A; 1BIU A; 2D0C A; 4J8F A; 3AA3 A; 4IG3 A; 2YHX A; 5AJ3 K; 2A40 A; 1NK7 A; 2Q2R A; 3E9O A; 3MN5 A; 3MN6 A; 4JI4 K; 2D0A A; 1ASU A; 2GBZ A; 4BRH A; 4BR2 A; 1TKT A; 1JJ2 M; 3AGK A; 1JCF A; 4BRI A; 2YV0 X; 1IBK K; 3J7A P; 3IAY A; 4FZY A; 4ISE A; 3P38 A; 3DLE A; 2HBK A; 1HNZ K; 2VYP A; 3QIC A; 1T6D A; 4DTO A; 2QM1 A; 1GLB G; 3Q7C A; 3I0R A; 1WBD A; 3H08 A; 2ZJR L; 3ULD A; 3HM9 A; 2F9T A; 5AQG A; 4AH9 A; 4IO9 L; 3NH2 A; 2F9W A; 3MMV A; 2Q3S A; 4BRD A; 3L4I A; 4BC4 A; 1IG9 A; 3KKS A; 1HMV A; 4BRK A; 3O4N A; 4EP5 A; 4LY7 A; 3KLI A; 3OW2 M; 3CCJ N; 2F7T A; 4JKE A; 4YNQ A; 1TK8 A; 1BA1 A; 1J6Z A; 4O0I A; 4Y1C A; 3MEE A; 2WOM A; 1LOT B; 1ESV A; 3NF9 A; 3GG4 A; 5I42 A; 3I0S A; 1RBV A; 3O9T A; 4KHY A; 1UOC A; 3RMB A; 2P9K B; 3CQX A; 3M8Q A; 4OGC A; 3V1R A; 3E9L A; 3SJJ A; 1WBB A; 2GV9 A; 4NLC A; 1S6Q A; 4RW4 A; 3AO1 A; 5AZI B; 3O9R A; 1HPM A; 2V51 B; 3K59 A; 1QS4 A; 2IC3 A; 3ATV A; 3CC2 N; 4DR5 K; 3ITH A; 1S72 N; 1X9J A; 1SV5 A; 3AAQ A; 1QHA A; 3VMF B; 5JLH A; 4NCB A; 1RTI A; 4DSE A; 3H3O B; 5FPN A; 3V1O A; 2QKK A; 4DR3 K; 3ENH A; 3EKS A; 2H3G X; 4FWQ A; 4K41 A; 3LDO A; 1BCM A; 2HB5 A; 2D1K A; 3AY9 A; 5AQM A; 2W41 A; 2KFN A; 4MFB A; 3ZX3 A; 1TUY A; 4KBO A; 4HTU A; 3QEI A; 1XMQ K; 4JKG B; 4WQ4 C; 3TTD A; 1DGK N; 3D2F B; 4DSI A; 3VN5 A; 3TAM A; 3EL2 A; 1NK9 A; 1GOA A; 3WNE A; 4BVP A; 2W42 A; 2GX9 A; 1GOB A; 3B8A X; 3T19 A; 3ULE B; 4MLH A; 4KB1 A; 1NOZ A; 3NGY A; 4NCG A; 3VQD A; 3T3F A; 4J2E A; 2Z1G A; 5CR4 A; 4FJJ A; 2E1Y A; 4PKH A; 2A5X A; 1WSG A; 3KJV A; 4FWO A; 3SPZ A; 2IVP A; 3AVM A; 3ISN C; 3UE5 A; 3VQE A; 1N34 K; 3L2W A; 2OTJ N; 1VSH A; 1RIL A; 2HHS A; 2P9I B; 1C0F A; 3DM2 A; 2VG7 A; 4KHS A; 3DWL A; 4FJ8 A; 2P9S A; 2FC0 A; 2OA8 A; 1DTT A; 4FYD A; 1TAU A; 1ATR A; 1JXE A; 1RNH A; 3SPY A; 4FLX A; 3MWP A; 3SNN A; 1HQE A; 3P39 A; 4DU3 A; 3PO5 A; 1HYV A; 5JVG L; 5AQU A; 4WFN L; 5J2N A; 4LF6 K; 3BF1 A; 1VSF A; 1FJG K; 4DS5 A; 4BRN A; 3GDQ A; 4CJQ A; 4GVE A; 4BR7 A; 2O8E B; 1ASW A; 1Y97 A; 5GAD P; 4I2Q A; 3CFO A; 3KIO A; 4B9U A; 3Q7B A; 4HCC A; 1QE1 A; 5AQX A; 4CJL A; 1QHT A; 1O1W A; 1G15 A; 2P9L B; 3RMD A; 4AQY K; 4XIU A; 4PUO A; 4M7Y A; 3D7E O; 3TAR A; 1NGD A; 2Z1I A; 4FW1 A; 1KC8 O; 2YCH A; 3CPW M; 3F9K A; 3BZC A; 4CBW A; 3K9J A; 1TAQ A; 4C8M A; 1D9F A; 1SZ2 A; 4ISF A; 4BDY A; 4F2S A; 3U6F A; 1JCG A; 5HLF A; 4CER A; 1KRP A; 3PX6 A; 4IJA A; 4PL8 A; 1KD1 O; 5KRT A; 4N76 A; 4KV8 A; 4A5B A; 5I9E B; 1JLE A; 1EKE A; 5M1Q A; 1C1B A; 1TKX A; 3NFA A; 3ZSR A; 3ALY A; 3QNO A; 4W5T A; 3DXM A; 3MK6 A; 4WE1 A; 2DFE A; 2OPS A; 3V9U A; 2JLE A; 3MXJ A; 1GLD G; 1E3M A; 4AHS A; 1LV5 A; 2E6L A; 1JLC A; 2FBV A; 3IS9 A; 4PL7 A; 3WXK A; 3NGZ A; 4DR4 K; 1K9M O; 4CGH A; 4BE1 A; 4JK9 A; 3KK3 A; 5HRP A; 5AZJ B; 5AQW A; 5AQL A; 3QBX A; 2OTL N; 4JYA K; 4F3T A; 4FWS A; 1NGG A; 2EHG A; 5AQI A; 5AFU A; 3PX4 A; 4BR4 A; 3V81 A; 3AVK A; 4Y1D A; 3L8B A; 2CH6 A; 2RE2 A; 2QI2 A; 3SUN A; 3DRR A; 3AA4 A; 4GMJ B; 2FBT A; 4ELT A; 3DRP A; 4DCH A; 1MWM A; 4BVO A; 4BE0 A; 1VSL A; 3AVC A; 3QDK A; 3BGR A; 4Z4C A; 4BRA A; 5JMV A; 3MXI A; 1KXP A; 3U4L A; 1BDG A; 2CGJ A; 3BDP A; 2D0P A; 3AO4 A; 1N32 K; 4JKA A; 1DEJ A; 4DV1 K; 3THY A; 2HHT A; 3DOL A; 3QML A; 1EWQ A; 4JAX A; 2A41 A; 2E8A A; 5HL7 L; 1JLA A; 3KLG A; 1KAX A; 1HQU A; 3CCQ N; 1A5W A; 4CGI A; 2F8S A; 4CI6 A; 2WFB A; 2W40 A; 1HPZ A; 1SQK A; 3C6H A; 2OPQ A; 3QEW A; 1S9E A; 3OYM A; 2IDO A; 4BR0 A; 4CVN E; 4DLG A; 3UKU B; 3V9W A; 2BE2 A; 3E01 A; 4E19 A; 4O55 A; 3CC7 N; 3AVI A; 2ZWH A; 2WUS A; 1Z6R A; 3ZT3 A; 3QIO A; 4CEF A; 3CQY A; 4DTM A; 4QS8 A; 5KTQ A; 3PY8 A; 5FDL A; 2XRI A; 3CCV N; 5CZ2 A; 4M7X A; 1VSJ A; 4QS9 A; 4DTS A; 4A5A A; 3AGR A; 1KTQ A; 4EZ9 A; 3EKU A; 4BQL A; 2P9P A; 2D4W A; 4IO8 A; 4EHU A; 3B6P A; 4CED A; 5FPD A; 5CHI A; 3DI6 A; 2HBL A; 2X74 A; 2UUB K; 5LY3 A; 1CXQ A; 4I2P A; 1KVC A; 1T6C A; 4ID5 A; 3R9P A; 5M1O A; 3OY9 A; 3ZLJ A; 3CER A; 3VEZ A; 2QXL A; 4FJK A; 4JRQ A; 3H3N O; 4JNE A; 3HO1 A; 4CHO A; 2E2Q A; 5M1K A; 4PKG A; 5F2R A; 3LDS A; 1RGI A; 1RDB A; 4OO1 J; 4DWI A; 1A5X A; 5KQD A; 4FK4 A; 3NGI A; 3QFU A; 4E1M A; 5J2M A; 3MEC A; 2HHX A; 3C6T A; 4FJH A; 4FJM A; 3P31 A; 4ILG B; 3KZB A; 1BUP A; 4IDH A; 4WQ4 A; 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4A2A A; 3TAN A; 2HND A; 1NKC A; 3VQ4 A; 3H1Q A; 3SBG A; 3GBT A; 2FF6 A; 3I33 A; 4DQ8 A; 2NRV A; 3CHW A; 4FO0 A; 4O8U A; 1E4F T; 4FJ9 A; 3R1X A; 3JSM A; 1ZBU A; 4DQQ A; 3SQ1 A; 4B3R K; 3F5T A; 4M3R A; 1C0G A; 3SV3 A; 3FGU A; 3LDQ A; 4ZTF A; 5FRN A; 1TYQ A; 4K43 A; 4K42 A; 3U8X A; 5FPM A; 3LAN A; 4CGG A; 3TSQ A; 3WXI A; 4CBX A; 1ASV A; 4CEO A; 3EYZ A; 4LF4 K; 3AVH A; 1VAZ A; 1CZB A; 4YDU C; 4Z4G A; 4JKC A; 1K8A O; 2A1S A; 1NLV A; 4HCB A; 2YX6 A; 5C24 A; 4AHU A; 5E26 A; 2E20 A; 5JS1 A; 4FJL A; 3E66 A; 1RTD A; 2VWJ A; 3H1V X; 3LWL A; 4QS7 A; 3O3H A; 1YXQ A; 4B1W B; 4E1N A; 4H0X B; 4BRO A; 1ZC6 A; 2P9S B; 1NGH A; 4FVM A; 2P9U B; 4KHQ A; 3VEN A; 5HRS A; 2HHU A; 5M1N A; 2FBY A; 2HHW A; 1VSI A; 4N41 A; 4U7B A; 3WQU A; 3VF4 A; 3EE9 A; 1L3T A; 1HJO A; 4CGJ A; 2GWJ A; 1C0M A; 5BPL A; 3HXM A; 4JLH A; 2P1J A; 1RDC A; 2OYQ A; 1T44 A; 3VQ8 A; 3IRX A; 1REV A; 3ZEU A; 3CMA N; 3V6D A; 1OH7 A; 3ZSV A; 2G8K A; 4OPA A; 4Z4I A; 1BG3 A; 4PHT X; 1EP4 A; 4H0P A; 1P8Z A; 4FOI A; 4CJT A; 2PAV A; 4WF9 L; 4U67 L; 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