2VURA

Chemical dissection of the link between streptozotocin, o-glcnac and pancreatic cell death
Total Genus 232
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
232
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
publication title Chemical Dissection of the Link between Streptozotocin, O-Glcnac, and Pancreatic Cell Death.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium perfringens
total genus 232
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2vurA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2vurA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2vurA01
1W2VA 3DHPA 1UKPA 1AMYA 4BZYA 3NIYA 1JYXA 1UWQA 1HX0A 3G6LA 3WNMA 2O9TA 1AQHA 1OGBA 5A6BD 3LPGA 5E0FA 1QI2A 3OBAA 5FD0A 4XB3A 3I3DA 1JZ7A 1E6QM 2JIWA 2WBGA 4TVCA 1AQ0A 2GSJA 4PCSA 4EE9A 1GOIA 5A8OA 1US2A 3WF3A 5I5RA 1H5VA 1B3YA 3VD7A 3MV11 3RM8A 3UG5A 5A1AA 3ZJ6A 3WUEA 2D2OA 1S46A 2QF8A 1ITCA 5I77A 3TTQA 1WZLA 3T0AA 3OGRA 4U5KA 3HN3A 1LG1A 1LJYA 4CKQA 3MS8A 4IPLA 5FKYA 1WDRA 1XSIA 2VC9A 4OOZA 4WIWA 3BAIA 4PYSA 1E70M 4PMRA 3AHTA 3WNOA 1E56A 4UFMA 1MFUA 4JKKA 3AHYA 2A3HA 3VDAA 2O92A 5CQ1A 3EMQA 1U33A 2ZUVA 4WKFA 4EANA 1GONA 4ZXLA 5D9MA 2W63A 1HP4A 4HPHA 3NJ3A 5CPTA 2WZHA 5FOOA 2J4GA 4GZIA 4PRWA 2X0HA 3L4VA 5JIWA 1BPLB 4MAZA 4MB3A 3PTMA 2W91A 2PWEA 4JIEA 4ACZA 1GPFA 5A6AA 3N15A 4GI6A 4AZ7A 1UWSA 2VQTA 1UR1A 2WB5A 4U2YA 4CCEA 2B31A 1I1WA 2VL4A 2NW0A 1VIWA 3APGA 3N18A 3AXHA 2EPKX 1W9VA 1GQJA 1VJZA 2WHKA 1CPUA 3BCDA 1NH6A 3GXIA 4IISA 2XIBA 1H11A 2WMIA 3WNNA 3T0BA 2OYLA 1OD0A 5IFTA 1UHVA 3ARYA 4ZE4A 3VNYA 1B3ZA 4FLOA 3SUVA 1V03A 4JHZA 1E40A 1W9PA 1H0IA 5LA0A 1Q6EA 5CLTA 4TTUA 4U2ZA 1NWTA 1GORA 4HZ7A 4XX6A 1HVQA 2WKGA 1EHAA 4RE4A 4B15A 1VF8A 4MDPA 4JAWA 1MVYA 2PWGA 1YQ2A 3LMYA 1CDGA 5BXPA 3T2PA 2BHYA 1BYAA 3EDDA 1UA3A 3RILA 1J0KA 3EBVA 2FHFA 1UUQA 3MV01 3PHAA 4BQ3A 4M29A 3AMDA 4EKJA 2XYLA 5DEZA 1BYBA 1FFQA 5CGTA 4WSKA 2DDXA 4B3LA 4N42A 2DIJA 1VEMA 2BFGA 3PBGA 1JFXA 2CITA 5EMYA 1V0MA 3NYDA 5HPCA 3TTYA 1BLIA 1JIBA 5CSYA 3T2QA 2UY4A 5EFDA 5KEZA 1J0IA 4Y7EA 2D1ZA 3GDBA 3K4AA 2DSVA 4PN2A 4ATLA 3K8MA 1K9TA 1XCXA 5D8WA 5CG0A 4PTVA 4BA0A 4P7LA 3WEMA 3RJXA 1JZ2A 4UQAA 2G3JA 5D4YA 2YL5A 1EOKA 1UH3A 2YA2A 4OBRA 4B3KA 3OIHA 1JYWA 4TUFA 2V5DA 1E1FA 2HVMA 3B9DA 4AW7A 5HPOA 5A6KA 3VGFA 4AZCB 2VCBA 3ARRA 4BF7A 3WD1A 2V3FA 2YDQA 2CHNA 3M46A 1F4HA 1RH9A 3K46A 1KQZA 4JFUA 2FGLA 2PBGA 2WANA 1E4NA 4D6DA 2A3EA 3WN6A 5CPQA 4HZ6A 5DMYA 5I24A 2J74A 1AVAA 4AWEA 2XGIA 4IPNB 2WKLA 4WKHA 3ZJKA 3SCVA 3VIMA 4F79A 4HU8A 1A47A 2WSKA 1VFUA 2VX5A 1C92A 1B0IA 4LYQA 1H1NA 4ML4A 2XFRA 3ZT7A 1BGGA 1BG4A 1QPKA 4PCTA 3U5UA 1D2KA 1WKYA 3WNPA 2WVTA 3OGSA 2MANA 1D7FA 1R85A 3WQVA 4ACZB 4P7RA 5JIPA 3POCA 4A3YA 2DSWA 2YBTA 4MB4A 3CMJA 3U57A 1BFNA 2WCSA 5GNYA 1B30A 3ARWA 3MUY1 1C90A 2G8ZA 4W8BA 4AEFA 1OCQA 5DFAA 2WMIB 1U30A 4UQDA 3WELA 1V3IA 1TE1A 3MUZ1 4TOQA 3PZOA 3ZT6A 5BCAA 3GNRA 3HMCA 1UYQA 4QCFA 3AXXA 1SYTA 2BVDA 2Y5EA 4X9YA 3BAXA 2E3ZA 1GVIA 1QHOA 3WDPP 3RCNA 1OT1A 4U33A 3WENA 1EGZA 1VEPA 3ARXA 2D3NA 4TTGA 1E0XA 3KL0A 3II1A 4V27A 1BTCA 1MYRA 4KRTA 5A94A 1NWSA 4MNMA 3PZTA 3NSNA 3WEZA 1BSIA 1DWJM 3LPFA 3VINA 1FHLA 3ZMRA 1K9FA 1XSKA 2GVYA 4UZSA 3GXDA 3BSGA 1WZKA 4W88A 4FMVA 4GZJA 2V3DA 4E4PA 1HXJA 1MWOA 5BYWA 3AS1A 2X09A 2YDRA 2HISA 2XUCA 4F8XA 2ZX9A 1HKJA 1OIMA 4HP5A 3FN9A 3TOPA 1EDTA 2VJXA 4HPGA 2WHMA 4JCMA 3MMUA 4W85A 2WK2A 1ISVA 5GNXA 1LL4A 3PTQA 2X1IA 1E43A 2WMKA 1SMDA 5I6SA 1BYCA 1W1YA 1W1TA 2EBNA 5DO8A 1KXVA 2IXVA 1CXKA 1EH9A 4U31A 3OGVA 1X6NA 4J3TA 3ZOAA 5I0DA 1CGTA 4D72A 5LYRA 1W1PA 4LPCA 2BY2A 4ZENA 1GJWA 2XSAA 5M5DA 4DUWA 3GM8A 4C7DA 3BAYA 2OWCA 2AOSA 2BXZA 4M8UA 4GI8A 5IFPA 3W53A 4UFJA 1VENA 2X8RA 4N0RA 4GZEA 2VRKA 3QGVA 4AZ5A 1GZJA 3PZUA 1J9YA 1V0KA 4QDMA 1J01A 4Q22A 1HF6A 3ARSA 1GOKA 1NOWA 3WBEA 2VI0A 1O7AA 2C0HA 4CD8A 1WP6A 4UTFA 2ZXDA 2FHBA 2VZSA 4KGLA 2XWDA 3AYRA 1CLVA 3CUIA 2JALA 1LQ0A 4PBGA 4A3HA 1HP5A 3CHCA 4NRRA 3W0KA 3W25A 1V6XA 1EO7A 3BGAA 2O9RA 2XIIA 3VOCA 3WQ4A 3IAPA 4UOJA 2RGMA 2YL8A 3T0DA 2XVKA 1V08A 4ATDA 3GXFA 4W93A 3PZ9A 4PTWA 1GOWA 1E5JA 1DWHM 7A3HA 3OLGA 1E4IA 3KL3A 1M01A 1E55A 1UD3A 2BS9A 3A6OA 5HXMA 3LPPA 3ZSSA 3VGDA 3WUFA 1TG7A 2QLYA 3JUGA 2QPSA 4UOQA 5C8BB 2YL9A 4CU7A 6CGTA 1XC6A 3SCOA 2PI6A 2QHAA 3ARPA 1E3XA 2WHLA 1W3KA 2VX4A 4F66A 4MNKA 4AD3A 4C7FA 4CD6A 2QMJA 3AS3A 3MMWA 2XWEA 1XD0A 2V3EA 1JXKA 1QI5A 4PUEA 5LA2A 1LLOA 4R5EA 5CSUA 1UR2A 2YA0A 3F5KA 1EO5A 1UD4A 3WFZA 3PZQA 3BXWA 2VR4A 1TUXA 1H41A 1QVBA 3SCRA 2EPNA 5BRPA 3AIBA 3BMWA 3AIVA 3N12A 1B3XA 4DWSD 3QHMA 1KR1A 3CMGA 1MFVA 4QLLA 4H04A 3VIGA 2WNWA 3WQ5A 5E0CA 2WZIA 1ZJBA 3A3HA 1QNOA 3F4VA 3AQUA 3RMEA 4H8UA 4W8LA 3A4AA 4QCEA 2E4TA 1C91A 1XRVA 4BQ2A 2WMFA 1JF6A 3O6AA 3WNLA 5JBFA 3KWXA 3WEOA 3W4RA 3DYMA 3KEHA 3AHZA 1ECEA 3UCQA 3D5HA 3N17A 4W5ZA 5I78A 2CBUA 3GNPA 1V0NA 4B16A 1BG9A 5A3HA 2D3LA 4UQBA 4PMNA 2JFEX 3SCNA 3VX1A 1F4AA 2ZUTA 2VX7A 4E8DA 1OBAA 1EA9C 3W6LA 3SURA 4AZCA 1KGUA 3AROA 1LF1A 1JFHA 1NOUA 3MANA 3MSDA 8A3HA 1E3ZA 5CJ5A 3N04A 3FNDA 1R8LA 4CU6A 1V6VA 1HIZA 3SIMA 3BLPX 1MQQA 3CZ8A 3S6TA 2WXDM 2YL6A 3AXIA 3MU7A 2G4FA 2ZWZA 1K9EA 3VGHA 2VQUA 2ZXBA 4CD5A 2JE8A 2XM1A 4PMVA 5JBDA 3ZM8A 1R86A 2CHOA 2GDVA 2FGZA 2W67A 4JKLA 4W7WA 3MUAA 2VRQA 4RE3A 4V28A 4PMQA 3OZPA 2ZICA 1C8XA 4H8VA 5D9PA 4TX6A 1GOMA 3WDJA 4M24A 2JF6A 4D6GA 2OYKA 4UFKA 3WH7A 3GBEA 1ZL1A 4NZCA 9CGTA 1WO2A 4UR9A 1HT6A 4P8WA 1UKTA 5I79A 3RM4A 2GK1B 4QLJA 3ZJ8A 4DWSA 4L4PA 1C93A 3W29A 3TONA 4S3KA 1H49A 1PZ2A 2V38A 2CEQA 4WLCA 1UKQA 1OD8A 4JFTA 4AMCA 1KXTA 1CXEA 3ARQA 3EDEA 2WCGA 1DTUA 1P6WA 3DYPA 3NSMA 4P8XA 5A6BA 3QOKA 1M03A 2J7EA 4JKMA 3K1DA 3FAXA 1MQRA 1CGYA 2Q8XA 1UH4A 4MADA 1C7SA 4W84A 3VIIA 1W32A 5D9OA 2WC7A 3IJ8A 5BROA 2W66A 4LGXA 5ABGA 1GW1A 4J3VA 1CZ1A 1Q6GA 2BHUA 1ODZA 3PZMA 5GPRA 3CHEA 1UA7A 1XSJA 4V2XA 1ZJAA 3T09A 3VVGA 3WY1A 3VKKA 3WMBA 4UQCA 2VX6A 1FA2A 5F7UA 2DSUA 1GHRA 4M56A 5ABHA 1CXIA 1M7XA 2NT1A 1KGXA 2YDSA 1CEOA 4PSPA 3L2MA 3FXYA 3EDFA 2D22A 3RPMA 1G9HA 2F61A 3OG2A 3M7SA 4AISA 3NSXA 4Z2IA 5A8PA 3VIKA 3A4WA 4AZ6A 4X0NA 2X0YA 3WKZA 1CXLA 4AD5A 3QHOA 3MO4A 1LL7A 2WM0A 1VFFA 1UD6A 4HA1A 4H7VA 2NT0A 5A2BA 4M80A 2WC4A 2WBKA 5JUVA 2Y4SA 1Z32X 2ZIDA 1V02A 3I3BA 4R27A 3FHAA 3W26A 3VD5A 3AMLA 1JZ3A 1B31A 4MNLA 1MW1A 1ITXA 3AZTA 1JI1A 1H4PA 1B9ZA 3AMGA 2A3BA 1GHSA 3GNOA 4L4OA 3B9EA 4DUVA 4CGTA 1CYGA 1EQCA 3WQ8A 4PEEA 4AYSA 5A8MA 1VEOA 3TTSA 2D0HA 2F2HA 3M07A 4P7QA 3VMOA 4HU0A 4CUCA 1IZKA 2YLLA 5IHRA 1OM0A 5E6YA 3PTKA 3ZJ7A 1HJSA 3CPUA 4M81A 5HNNA 1JF5A 4M1RA 3L4XA 4J28A 1PAMA 3TP4A 3VIPA 3WDIA 4WF7A 1WPCA 2WWDA 3UR7A 5M3WA 4CN4A 3K4DA 1B90A 2CERA 4AIOA 1PX4A 4Z2HA 1TFVA 2EO7A 1UKSA 2VUYA 1C8QA 1CNVA 4W7UA 3W24A 2XJ7A 4DWSB 3ZO9A 4YPJA 1QNPA 1NWUA 3AIEA 3GH4A 3MMDA 2W4XA 1EQPA 4CVWA 2GJPA 1R7AA 3SUUA 4ATWA 4Z2LA 1FH8A 3OZOA 2O9PA 3OLEA 1TVNA 4MB1A 1ISYA 4LXFA 3WNKA 4BQ4A 1DWFM 5IHSA 3U5YA 2OSYA 5FIPA 6TAAA 3DYOA 3O2LA 2CXGA 1J12A 2YKKA 1HJXA 5C71A 1Q6CA 4RE2A 4B9ZA 2GDUA 5HOSA 1KR0A 3RDKA 3IJ7A 2AMGA 3WL1A 1QNRA 2BVTA 1CENA 3VUPA 3I3EA 1J18A 4AC1X 2GUYA 1OSEA 4KWUA 1HNYA 3BH4A 4CU8A 1UR4A 4ZFMA 2Y2WA 3TA9A 3W82A 1J0HA 1O6IA 2YIHA 2CKSA 5I3DA 2WVSA 3RO8A 3L4UA 7CGTA 1DWIM 1TCMA 4UCFA 2OWWA 1UZ1A 5EFFA 1JI2A 4FF5A 4MJ2A 5DT5A 3WSUA 4HOXA 4MJ4A 1HKKA 4D6FA 1VBUA 3ZT5A 1E73M 4UNIA 1K6AA 1JAKA 4LX4A 3NCOA 4PUDA 4Q7NA 1EHNA 1WE5A 4U3AA 5A2AA 3U7VA 1RD6A 2CETA 1E9LA 1JDDA 4FK9A 1V0LA 3WH9A 3CUHA 4URIA 4HTYA 3THCA 1J0JA 3CZGA 1G94A 3W81A 2FH6A 1TVPA 4U3CA 2A3CA 1NARA 1MQPA 1SFSA 2XPKA 2EPOA 4ZXOA 2O9OA 3CO4A 1HL9A 3VIOA 2DSKA 1UR8A 3W37A 3SCWA 1FH9A 3CZEA 2X2YA 1V6UA 4J3UA 2CIPA 3MUIA 1PIGA 2PWFA 4AD2A 4ZE5A 3WF0A 2ZX7A 3L2LA 2BHZA 3HU7A 4FLRA 1OGSA 1DWAM 2ZX8A 4GO8A 3VD9A 5ABEA 2WMGA 3BAJA 4J27A 4PMOA 4KRUA 3BC9A 1CBGA 3BCFA 3AS0A 2CYGA 2D0GA 1E71M 4BQ5A 1KB3A 1KWKA 2CBVA 1CECA 5AYBA 3VO0A 3ALGA 2VOTA 1UQZA 3N9KA 4D6JA 2WVVA 3W6MA 3FY1A 3GXMA 3A4XA 3CIVA 3L4YA 3WD3A 5A2CA 4WJXA 3NUKA 4E2OA 1TA3B 3ARVA 3IAQA 4J3SA 1BHGA 3UG3A 2VZVA 1GOOA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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