2VW0A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 192
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
192
sequence length
657
structure length
657
Chain Sequence
SPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords SIALIDASE B
publication title Crystal Structure of the Nanb Sialidase from Streptococcus Pneumoniae
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 192
structure length 657
sequence length 657
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2vw0A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2vw0A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2vw0A02
1AXZA 1V3CA 3LSEA 4AVSA 2VK7A 4BOWA 2HTUA 1V0EA 1Q8VA 3TI6A 1DIWA 2D3RA 1R1ZA 1LENA 4CZSA 1SLCA 3V0BB 2EXIA 1Q8PA 1NNCA 5JVVA 4WA4A 1JN2P 5HUKA 3CL0A 3U4XA 4WVWA 3ZSJA 5EYYA 2ZB6A 2V5YA 1JW6A 2ZMKA 4FP3A 2JD4A 4QN3A 1CN1A 3B3QE 4M3MA 2D44A 4RL7A 1VALA 1ULGA 4XJUA 4MZAA 3AYAA 1ULEA 4LBMA 1LOFC 2E7QA 3AZYA 3NN9A 3WG1A 5GZEA 3WUDA 4P14A 1CJPA 5KXBA 1FATA 1MVQA 2QWJA 2XZKA 4Y20B 1UAIA 4Q8LA 1Z50A 3RMXA 3B69A 5BYNA 4PF5A 4BM8A 3H6JA 1S1AA 4FOYA 3RSJA 1S0IA 2P37A 5HCBA 1NMBN 4LBQB 1H9PA 1UN1A 3TAYA 5FRAA 3OY8B 2HTYA 4FPEA 1DHKB 1F8DA 3AP6A 5JYYA 1Z4VA 5HCAA 3PJQA 4Q27A 1V6IA 3GNEA 2YDPA 4ISQA 1NCAN 2JE9A 2AYHA 5GJ6A 3N7LA 4B7MA 2ZGUA 4Y1YA 2P2KA 5T50A 2NP0A 5DZEA 1BKZA 1V6LA 1KITA 2D3SA 1EUTA 5CAZA 3D5OA 1AXYA 4YZ3A 4LBLA 1IS4A 3V0AA 1CQ9A 1G8WA 4WA5A 3ALWA 2ZGMA 3TI4A 4IQPA 4YW4A 2E7TA 4XIKA 2F0ZA 4DS0A 4QN7A 2ZHNA 2DVGA 2JECA 4HZVA 3PMEA 5JOYA 5F9TA 1NLSA 1V6NA 1AVBA 1B09A 3UJOA 2YY1A 4YGEA 4GZOA 3B7EA 5JOZA 4JC1A 2P3KA 5T5LA 4YM3A 3POSA 2EXJA 4WVVA 3LCPA 4M3CF 1USRA 2EAKA 1E8UA 1I3HA 1INXA 1XOEA 4YM1A 2A6ZA 1KDMA 3VV1A 2PHWA 2F25A 3ILRA 3R4SA 1BJIA 3WHTA 3POYA 4DFSA 4KS4A 1F8EA 4XTMA 2B8HA 2A6YA 3RRDA 2AUYA 4K1ZA 3O0XA 7NN9A 2JDZA 3SNMA 1GBGA 1GYKA 5L73A 1MS8A 4M4NA 2PHTA 1SLBA 2UWAA 1SO7A 1B9TA 4LBOA 1DLLA 1W20A 4XZPA 1DQ5A 3WG3A 3ZXKA 4R9AA 5JDBA 2A71A 1INWA 1S0DA 4SLIA 5KXCA 3ZXEA 5GM0A 1W0OA 1W6QB 2HT7A 3MPPG 2OUHA 3H0OA 1IVDA 2ZA9A 1HDKA 4Q1RA 2A5ZA 1CPMA 3VKMA 1G9AA 1W21A 5GLWA 4FPGA 2QWEA 2AENA 1NSCA 1BZWA 3H72A 3O9JA 1N3PA 3W59A 5HUNA 3AYCA 2DU1A 1UX6A 1J1TA 5HUGA 4YFWA 4HZYA 5IK7A 2NMNA 2ZGOA 2VWDA 4M3CB 3A4UA 3K36A 1N1TA 3M3QA 4YM2A 5E89A 3AZVA 4WEFA 1YYNA 3AJYA 3WV6A 4MC7A 2H0BA 1NN2A 3LSDA 4MWLA 3ZSKA 4F83A 4XXAA 1XQNA 4GZWA 2ZGSA 1YXWA 1B9VA 2YV8A 2YA7A 3AYEA 1Z4ZA 2PELA 3GALA 4OZXA 4YGCA 3N7KA 5AVAA 1MS4A 1N1VA 1Z4YA 1PZ9A 5E8AA 2VVZA 2DUPA 1QF3A 5H9QA 3RG0A 4XJ9A 4X6KA 2GALA 2ZMNA 4GEZA 1WW6A 1QGLA 2W08A 4YG6A 3HN1A 4H55A 3FLRA 1ULFA 1D0HA 1GZ9A 2R16A 1W6OB 4NC5A 1INVA 4P9WA 4K1IA 3INBA 3CKZA 2DURA 3OPZA 4B7RA 4XBLA 3IPVA 1NNAA 3VKFC 2WSVA 1SLLA 1AX2A 4FP2A 4FPYA 1BXHA 4XDQA 1IS5A 5T54A 1ONAA 4PQ9A 4GZXA 1QNYA 2ZHLA 3R4UA 1IS6A 1NCDN 3BEQA 2EXKA 2EXHA 4XHBA 1RINA 3SH4A 2WSUA 2F13A 3TI5A 5DUXA 4KS1A 2EF6A 2ERFA 4JF7A 4UW3A 3USUB 2PHXA 4YG0A 3WZ1A 3O9KA 1V6OA 1ULCA 5EYXA 4CTEA 2DYCA 1LHVA 4GWNA 2Z42A 3C2UA 4GKXA 5KXEA 1JYIA 2AEPA 1G9DA 1AJKA 3D6EA 1DILA 3DUIA 3POWA 3SILA 4AGVA 4MWYA 1UPSA 3DGTA 2G4IA 4KS2A 5HX0A 2YA8A 3A0NA 2CWMA 1DFQA 4BBWA 1OFSA 4Y1UA 1RIRA 1RITA 4R9CA 2R49A 2UU8A 1LGBA 1JBCA 2ZACA 3SANA 4MWUA 4B7NA 2ZHMA 4BMBA 2A75A 2X9MA 1N1SA 3MEPA 3O0VA 4KS5A 1LU2A 4XJAA 2AREA 4XMAA 2OVUA 3ATGA 1DYPA 2GMEA 3SISA 3CYEA 4JCKA 4H52A 5NN9A 5GALA 3WVJA 3RQ0A 4KBBA 2ARXA 2VSMA 3N7MA 5H9PA 3T2TA 1V6JA 4CPNA 4LBQD 5M1ZA 2ZGPA 4GZQA 3V0AB 1HKDA 2QWBA 2VK6A 3NV4A 1FAYA 1DQ4A 3ZYPA 5EXOA 2HT8A 2DTYA 5HCFA 1LHOA 1V3DA 1HQLA 3PVEA 4L8QA 4NOTA 1QNWA 5JOXA 1O4YA 1MACA 1JOJA 2BERA 4CPOA 4MWXA 1SBFA 4MJUA 1CONA 2C5DA 3O5SA 4MWVA 2LTNA 4TYSA 1AF9A 2W38A 3VKNA 2ZKNA 1Z0HA 1LECA 3A0KA 2W5OA 2DVAA 3FFZA 1A8DA 1DQ0A 1WBLA 2DUQA 3TI3A 2F26A 4XOGA 3I4IA 3H71A 2JE7A 4FQZA 2A3YA 2D6OX 1F8BA 3FBYA 1LODA 1W6PA 1SBEA 4M01A 2P3JA 4Y1VA 1IVCA 4K1HA 2A70A 3INAA 2GNDA 3ENRA 2NZ9A 2R1BA 5DUWA 1WCSA 4ZXKA 4FPJA 2QWCA 1ZA4A 1WUVA 2NYYA 3VUOA 2DVBA 1WCQA 2F10A 4FPOB 1NXD1 1WBFA 1VCJA 3ILFA 2YA4A 1WW7A 4K1YA 5GZFA 3TIBA 2YXSA 1A4QA 3WDVA 1MVEA 1INGA 1BQPA 4XJQA 1GZWB 3ALXA 3AK0A 4LBQA 1DQ6A 4DRVA 3ZXFA 2B7YA 1QKQA 4DQAA 5IUQA 4DRRA 4HANA 4MX0A 4AWDA 1SCRA 1OQ1A 1S0JA 1A3KA 3K3AA 2GN7A 4Y26A 1W1XA 3OYWA 2BZDA 1D2SA 4YZ4A 2E51A 2GNBA 5T5PA 2AH2A 4AGRA 3ILNA 1CVNA 2D7FA 4LBKA 2CY6A 1GKBA 3AP5A 3UL2A 2D43A 4X47A 1CR7A 2F27A 4Q26A 2HYKA 2I2SA 1IKQA 4P9XA 4XJWA 2NM1A 4Q1PA 4P9YA 3VKLA 2ZGTA 4Y1ZA 2EALA 1IKPA 4NO4A 1HLCA 2QWKA 1LOAA 1QDOA 1G9CA 1YIFA 1ENSA 1INHA 2W20A 4XJ8A 3WOGA 4FVKA 3K39A 4GWMA 3AP4A 3MW2A 3OBTA 4BMEA 2WQZC 2D6KA 1WLDA 4WEGA 2CNAA 1GV9A 1N3OA 2AR6A 3WUCA 4XTPA 3B01A 3IPVB 3BOPA 4HL0A 2ZHKA 3VKOA 4YFZA 3AP9A 4GDIA 3OGGA 1H30A 5DXDA 2Q5TA 4XILA 2HTRA 3TICA 1WW4A 3GVJA 3ZXJA 1UL9A 1CPNA 1IVBA 1KRIA 3APBA 2QWFA 3NV3A 4CPYA 2DVFA 2NMOA 1V2IA 2E53A 1O4ZA 5B2DA 3W58A 3D4KA 2UURA 1URXA 3BODA 5GLZA 1SFYA 5CBLA 5KXDA 1LEDA 3N3HA 2R0HA 5E88A 2YZ4A 4YZ2A 4BLJA 4PBPA 3A72A 1LEMA 1LHNA 4DPNA 2VSKA 1FNYA 1KQRA 2DU0A 4XE9A 2BF6A 3UK9A 5IK8A 3JU9A 2HTVA 4FPLA 4B7JA 1IVFA 5DZFA 3WHUA 1IVEA 1KJLA 4M4VA 4XMIA 4ISRA 1G7YA 4TZDA 1WD4A 1Q8QA 3PVOA 3WLUA 4BPZA 1W6NA 4B7QA 1DGLA 1MZ6A 1YRZA 1JYCA 4QN5A 3FUQA 1W8OA 1FNZA 4FQ4A 3RS6A 4Q6KA 1L7HA 4R9DA 3NWKA 3ZPYA 2R0FA 2XCYA 2UWBA 1JHNA 2PHFA 2QWIA 2DVDA 4AGGA 2HTWA 2BATA 1V0FA 3Q9OA 1L7GA 1C57A 1GZCA 4CPZA 2VUAA 2WNEA 1NMAN 2ES3A 2KM2A 1MS3A 1F9KA 4FOWA 1LHUA 1LOCA 3NSSA 4D8SA 3N7JA 4I00A 1JUIA 1A14N 2VW0A 4AYUA 2ENRA 4WA3A 1MZ5A 3IKWA 4HZZA 1NMCA 2ZGKA 4UF7A 3JUUA 1NCCN 2DUOA 2W5NA 4UW5A 2D6NA 2ARBA 4K20A 4W65A 3ZYRA 1LOEA 3V65A 1LHWA 4ATFA 1QOTA 5DG1A 4Q8KA 3MW3A 2HT5A 4R9BA 2DTWA 3A71A 4J9TA 2ZAAA 4YW2A 3CL2A 3QCWA 3H73A 4Y22A 5T55A 4GXLA 3BIWE 1VCUA 3K38A 4FVVA 3T1EA 3ZSLA 1DBNA 1GNHA 4M3CE 1IVGA 1QU0A 3USUA 1VIWB 3AZWA 3O12A 1AJOA 2F11A 4FJ6A 1DIMA 1WLCA 1FYUA 1SLIA 4C1XA 2FHRA 2GMPA 5EWSA 1QDCA 1V3EA 5DG2A 2ZMLA 1W6PB 2F28A 4YG3A 1GSLA 2XZIA 2AGSA 1H9WA 1N3QA 4H53A 2DWRA 1E8TA 3GVLA 2OW4A 1FX5A 1F5FA 1W6MA 2ZB5A 4UW4A 4NCSA 5SV8A 2E6VA 5JMCA 4Y1XA 3SH3A 5GZDA 2RKCA 4XBNA 2WLQA 1OKQA 1UKGA 1DYKA 1INYA 4YW1A 4QN6A 2QWAA 3WDTA 1SLTA 1UZZA 2PHRA 3M2MA 4C1WA 1SCSA 2WT2A 4LBJA 4CPMA 1LU1A 4YGBA 1BYHA 3FLPA 2CL2A 3M3CA 1V6KA 1DZQA 2YA6A 2VY0A 5IT6A 1C1FA 2CWSA 4GZSA 3WDWA 4ZKTB 1PZ8A 1NSBA 3V0BA 2GN3A 4FPKA 3M3EA 2R1DA 1NSDA 1V3BA 1Z78A 1BJQA 2PHUA 1EUUA 1LOBA 3AFKA 4GZPA 3I8TA 3OYWB 3OBRA 3WG4A 3GVKA 4U2AA 5B2CA 3AXDA 1LOFA 4XBQA 1VLNA 4GA9A 1XOGA 3NV1A 1V00A 4MJVA 3JU4A 1S0BA 1TEIA 4K1JA 3ASIA 3FLTA 1Q8SA 2WKKA 5T52A 3QLQA 4D69A 3R05A 5GZGA 1X50A 4FPFA 2CYFA 1SACA 1ULDA 4Y20A 4MYEA 4Q2FA 1QOSA 3FUOA 3V64A 5LK5A 3ZXLA 2ZGLA 1FV2A 1Z4WA 5HUMA 4YW3A 3AYDA 3MW4A 2W52A 1S0EA 1YI7A 4YM0A 4MWQA 3KM5A 3T1MA 3B00A 1CESA 2HU4A 1DQ2A 1WD3A 3OY8A 4NN9A 3WG2A 1MS1A 4X4AA 5GLTA 2WT0A 3O0WA 2SILA 5CB7A 3AJZA 5T5JA 4YZ1A 1Q56A 3M1HA 2YDTA 4K21A 3D12A 3AXEA 2HTQA 1EUSA 4CRQA 2EIGA 3D11A 1UZYA 5T5OA 1W8NA 3B9CA 2SIMA 2W68A 4CPLA 4FOQA 1USXA 1ENRA 5H9SA 2ZBJA 4GALA 1LCLA 1V0ZA 1JXNA 2XG3A 1DQ1A 5IK4A 2FMDA 2OUJA 2BQPA 1IS3A 3WDYA 4FZHA 4YLZA 4GDJA 4FOVA 3HR9A 3AP7A 4YZ5A 1KDKA 3TB0A 2LALA 1GANA 1S0GA 4FPHA 4GKYA 1ZM1A 2A3WA 2P3IA 1AX0A 3SH5A 4XIOA 2ZZJA 4XHXA 3ZVXA 1AXKA 1N1YA 4MZEA 1VAMA 2VW2A 1L7FA 1F8CA 4XXPA 1U0AA 2YA5A 4M4UA 1A78A 1AZDA 1GZWA 3ZSMA 1SNTA 3SITA 1PZ7A 1GICA 1NNBA 3SLIA 3K37A 2WT1A 1GNZA 4UW6A 3PVNA 2W39A 1INFA 4DGRA 1Q8OA 5CA6A 4JRAA 6NN9A 4PCRA 1EURA 3W09A 2F24A 4X49A 1W6NB 2ZGQA 1WLWA 1LESA 5CNAA 3UJQA 3NV2A 4XJZA 2WJSA 4K3YA 1LOGA 1S0CA 4WV8A 5DUVA 1Z4XA 2CTVA 3T1LA 5F5QA 1B9SA 2QWGA 1W6QA 1MS0A 2TEPA 4MWWA 3RMYA 5DUUA 1LGNA 1GLHA 2JKBA 1UMZA 4GB1A 2D6MA 3AX4A 1W0PA 4KS3A 1FV3A 2RHPA 1LGCA 4RA0A 1MR5A 2C4AA 4QN4A 5GLUA 5JLVA 4XJRA 2ZGRA 1MWEA 1LJ7A 1G9FA 1LTEA 4ATEA 4M00A 2VW1A 1VAVA 1QOOA 1MS5A 3N36A 2VU9A 4HZWA 3KQRA 1KJRA 3AZZA 2F12A 1ENQA 3M3OA 2ZABA 4AVVA 3TI8A 1NCBN 4BLIA 4YGDA 1SLAA 4M3CA 3WNXA 2GMMA 1Y7BA 4FPCA 5GZCA 2UWCA 5FREA 4AVTA 5DZGA 1YO8A 3WDUA 1E8VA 3IN9A 2D3PA 2GNTA 2JJ6A 2F29A 2P34A 2SBAA 2VH9A 1WW5A 3L2YA 2DV9A 2GDFA 1CIWA 2NN8A 1APNA 1EPWA 2HU0A 2VXRA 2C4LA 4Y24A 1V6MA 4Y22B 4YW5A 4BQ1A 3WDXA 2A6XA 4HZXA 1N47A 3IMNA 2YMZA 2CMLA 2C9AA 1C1LA 1IOAA 1HQWA 3SALA 1AX1A 4QNPA 4LBNA 2A3XA 2VK5A 1F31A 4HIZA 2AEQA 5GLVA 2XB6C 2D6PA 3BTAA 4XYXA 1MS9A 5H9RA 4PBOA 2SLIA 4K1KA 2XZJA 4Z8BA 4I30A 2QWDA 3TIAA 1W6OA 3N35A 3OJBA 1S0FA 2D6LX 2ZGNA 4ITCA 3HMYA 1LULA 1I1EA 1G9BA 5IK5A 1W6MB 4MWRA 1G86A 3CNAA 5JOWA 4GZTA 4GJTA 2A7AA 1A4GA 2YROA 3AZXA 4WZFA 4U36A 4ASMB 1SBDA 3WCRA 3WCSA 2QWHA 2A6WA 1QMJA 2GNMA 4MWJA 2V73A 2A6VA 3IM0A 1C4RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3H1MA 1UY1A 1C8NA 1AXZA 2JG8A 4RD7A 3KF3A 4GN8A 3ZXDA 3WY6A 3ZFFA 1V3CA 3JBG3 3OEAA 5FZBA 2YB7A 2VVEA 4LPLA 2PHDA 4E2GA 3LSEA 4AVSA 4XQDA 5C9AA 1F15A 2VK7A 4AI1A 4BOWA 1HB2A 3BIEA 2OZ6A 2HTUA 1J84A 2YDEA 1Y4WA 3IAQA 2WLPA 4IEZA 1V0EA 1Q8VA 1YI9A 3AKSA 3TI6A 1DIWA 2D3RA 2WYFA 1R1ZA 2XQXA 3WF4A 1N6FA 1V70A 3VBHA 3EO6A 1EY2A 1LENA 5A33B 4CZSA 1SLCA 5J98B 4E2QA 3FWEA 1GMMA 3SCFA 4XQ4A 3V0BB 4L7BA 2EXIA 2BV4A 4Q4X3 1Q8PA 1TME3 4CCEA 5JVVA 1NNCA 4WA4A 5J36A 2POOA 3ACHA 2W8BB 2FCUA 1JN2P 1H2LA 4LITA 5HUKA 4L99A 3U07A 3CL0A 3BN6A 4LUKA 1MZFA 3U4XA 1Z7S1 4ZZ8A 5IVFA 3VD9A 2IXKA 4R40A 4XFAA 1HRI3 4WVWA 2IARA 1RUD2 1Y3TA 1IPSA 5KHKA 1AYM1 1FOD3 3ZSJA 5EYYA 2PLV2 4AGIA 3E5UA 4D52A 3ROUA 2ZB6A 1H6XA 4LKFA 4KBZA 2V5YA 1JW6A 2YFZA 2ZMKA 3HD8B 4FP3A 2SILA 2JD4A 4KU8A 4XURA 5IYYA 2XJUA 1VR3A 4QN3A 1CN1A 4D6QA 1W9WA 3SOBB 3B3QE 2YU1A 4WVZA 4M3MA 2D44A 2R7EB 4RL7A 4RR3A 4OI1A 3FHIB 2XLGA 1UYPA 1DF0A 1ULGA 1VALA 3O7OA 1YEWA 1RL3A 4XJUA 2FLUX 4MZAA 4Y3OA 3AYAA 1ULEA 5LA2A 5A3LA 4CUCA 1H6LA 5A3TA 4GB32 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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