2VW2A

Crystal structure of the nanb sialidase from streptococcus pneumoniae
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
658
structure length
658
Chain Sequence
ISPIFQGGSYQLNNKSIDISSLLLDKLSGESQTVVMKFKADKPNSLQALFGLSNSKAGFKNNYFSIFMRDSGEIGVEIRDAQKGINYLFSRPASLWGKHKGQAVENTLVFVSDSKDKTYTMYVNGIEVFSETVDTFLPISNINGIDKATLGAVNREGKEHYLAKGSIDEISLFNKAISDQEVSTIPLSNPFQLIFQSGDSTQANYFRIPTLYTLSSGRVLSSIDARYGGTHDSKSKINIATSYSDDNGKTWSEPIFAMKFNDYEEQLVYWPRDNKLKNSQISGSASFIDSSIVEDKKSGKTILLADVMPAGIGNNNANKADSGFKEINGHYYLKLKKNGDNDFRYTVRENGVVYNETTNKPTNYTINDKYEVLEGGKSLTVEQYSVDFDSGSLRERHNGKQVPMNVFYKDSLFKVTPTNYIAMTTSQNRGESWEQFKLLPPFLGEKHNGTYLCPGQGLALKSSNRLIFATYTSGELTYLISDDSGQTWKKSSASIPFKNATAEAQMVELRDGVIRTFFRTTTGKIAYMTSRDSGETWSKVSYIDGIQQTSYGTQVSAIKYSQLIDGKEAVILSTPNSRSGRKGGQLVVGLVNKEDDSIDWKYHYDIDLPSYGYAYSAITELPNHHIGVLFEKYDSWSRNELHLSNVVQYIDLEINDLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords SIALIDASE B
publication title Crystal Structure of the Nanb Sialidase from Streptococcus Pneumoniae
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 185
structure length 658
sequence length 658
ec nomenclature ec 3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase.
pdb deposition date 2008-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 2vw2A03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 2vw2A01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 2vw2A02
3WCSA 2NMOA 3HR9A 3ILNA 1QKQA 1SLLA 3A4UA 1E8TA 2YA7A 3B7EA 2SBAA 3FUOA 1S0JA 2WSUA 4D8SA 5IK8A 4Y22A 1B9VA 1A8DA 5GALA 4ATEA 1APNA 4IQPA 5DZGA 1DYPA 3O9JA 1O4ZA 1LOEA 1QOOA 3L2YA 5JOXA 3OYWA 2GALA 3DGTA 1EUUA 5GJ6A 2EXIA 3N7JA 1F8BA 3WVJA 3UK9A 2NZ9A 4H52A 4H53A 2UWCA 2W20A 1WLWA 1LGNA 5T50A 2JE7A 4Q26A 5JYYA 4MWWA 2AGSA 1CQ9A 5KXBA 1JW6A 2DYCA 3WOGA 3PVOA 2F27A 1CPNA 2PHTA 3ZSJA 3TI3A 4XJAA 3H71A 4B7QA 1CESA 3WDUA 3B00A 1BJIA 5E89A 1JBCA 1V6NA 1VLNA 4Q2FA 1NCDN 1V6KA 2QWAA 1W6QB 3NSSA 1LESA 2C4LA 4WVVA 3WUDA 4XXPA 3WDTA 1USXA 2C9AA 5BYNA 4H55A 3NV4A 1W6OB 4YFWA 2BZDA 1L7FA 4QN7A 2XZKA 1IVFA 2P37A 1FV3A 4PCRA 5F5QA 4Q8LA 1LU1A 3M3OA 3OJBA 2DU1A 1V6OA 1AXKA 3AFKA 3WG1A 1GSLA 4M00A 4KBBA 4WEGA 5GZEA 4I00A 2F25A 4OZXA 2XZIA 2W68A 4CRQA 5GZDA 1S0CA 1Z78A 5DUXA 2PHFA 4MWUA 2CTVA 5GLZA 2EALA 2ZHNA 1YIFA 3AX4A 3LSDA 2EXKA 3ZXJA 1Z4VA 4BM8A 4RA0A 3CKZA 2I2SA 2CL2A 2D6PA 4XZPA 4FPCA 4WA3A 1E8UA 3C2UA 3RG0A 1BKZA 5JDBA 1VAVA 2QWCA 1JN2P 1N3OA 1NCAN 2VW0A 4YZ1A 1JYCA 4MJVA 4M3CA 4FPFA 3JUUA 5JOWA 3AZXA 2QWBA 3AZWA 2YV8A 4MWVA 3AYEA 1EUSA 1D2SA 2EXHA 2V5YA 2UWBA 1SO7A 2AREA 1NSDA 2FMDA 3TI6A 3M3QA 4BPZA 1Z4XA 4K1KA 1HKDA 2R1BA 2EF6A 4CPNA 3GVJA 4WA5A 2QWIA 1C1LA 5EYXA 2A71A 2AH2A 2YA6A 1V0ZA 3R05A 4AVSA 1IKPA 4ISRA 1LEMA 3JU9A 3ZSMA 4XE9A 1N3QA 2HU4A 4UW6A 1F8EA 3R4SA 4FPEA 4TZDA 2WQZC 4LBKA 1FYUA 1N3PA 4R9DA 5GLVA 5HUNA 4W65A 1WLCA 5CA6A 2JD4A 5JVVA 3MPPG 3FLTA 5SV8A 1LJ7A 3A0NA 2R16A 5HCAA 1VIWB 2HTWA 1LHNA 2W08A 4YM3A 2QWFA 1Q8QA 2R49A 1W6PB 4Q1RA 1MVQA 1W21A 1NMAN 4BQ1A 4DRVA 1TEIA 4KS2A 1INVA 3AP9A 3T1LA 4HZVA 2VSKA 1V6LA 3SISA 2SLIA 1QNWA 1H30A 3H0OA 1V3CA 3O0XA 4FP3A 3DUIA 5HUKA 2EIGA 1R1ZA 3WCRA 2VK5A 1W0OA 2ERFA 4YZ4A 3N7LA 4P9XA 4XIKA 2ENRA 4YZ2A 2TEPA 1Q8PA 3NWKA 4FPLA 5KXCA 1ENRA 4DQAA 3ZXLA 5AVAA 1INFA 1LHVA 4LBQD 4HZZA 1GYKA 2F26A 1SFYA 1U0AA 2VY0A 3MW4A 1W6OA 3AJYA 4LBMA 5DUUA 2XCYA 4P9YA 1V2IA 2PELA 3POYA 4WZFA 1V0FA 3TB0A 3VUOA 3GVLA 2WJSA 3IPVA 4Z8BA 4B7RA 1W20A 4FPYA 3WHTA 4XBNA 4MWRA 1B9SA 4F83A 4WEFA 4MX0A 3GVKA 2AEPA 3ATGA 1DFQA 1ENQA 2ES3A 2OUHA 1IS6A 1G8WA 1GZWB 2ZGMA 1V3EA 1NNAA 1I1EA 1DILA 1LGCA 4MWQA 2YDPA 3ZPYA 4GDIA 3BEQA 1GBGA 2X9MA 1N1SA 3ZSLA 3TICA 1Z4YA 1LENA 5H9SA 4HIZA 2WT2A 4GZPA 1QF3A 2QWJA 3M3CA 4M3CE 2DVFA 2HTUA 3V0BA 3AYDA 3B01A 1KQRA 4XHXA 4X47A 3ZXEA 3VKLA 2CMLA 1FNYA 3OY8B 1AZDA 3ILRA 2RHPA 1EURA 1W8OA 1S0FA 1CJPA 4LBNA 4MWLA 2C5DA 3ASIA 4Y1XA 1V0EA 1SBFA 1UL9A 2EXJA 1SCSA 2YA4A 4Y1UA 4FVVA 4LBQB 3RMXA 4M01A 2YMZA 2LALA 1MWEA 4YGBA 1BQPA 3V0AA 2PHWA 1IOAA 1V00A 2VW1A 1HDKA 2VW2A 3NV2A 2DTWA 3RQ0A 3Q9OA 3CNAA 1DQ2A 2XZJA 4YGCA 4MJUA 1A3KA 3FBYA 1LOFA 2ZGSA 3K38A 2F11A 2Q5TA 4XTMA 2A75A 5GZFA 4JCKA 3QCWA 3ZYRA 3H73A 5HX0A 4B7MA 2ZHMA 3USUB 1WBFA 1X50A 3K36A 4AVVA 4FQ4A 3SNMA 1W6PA 3MW2A 1LOFC 4CPOA 3VKNA 1CPMA 1F9KA 3N7KA 2D3SA 2ZGPA 3W59A 2ZGUA 1LECA 4KS3A 2YROA 2JJ6A 1IS3A 5DUVA 2GNMA 1BYHA 1JHNA 1QOTA 1HQWA 1QDCA 1BJQA 2F28A 4R9AA 4FJ6A 4ISQA 2D3RA 3B3QE 2BATA 2PHRA 1Z4WA 4M4NA 2EAKA 5E88A 2F12A 4DRRA 3O5SA 3NN9A 4CZSA 3IN9A 4DPNA 3O9KA 5LK5A 4GZWA 4Q6KA 4FOVA 4MWXA 1AJKA 5T5PA 4GZSA 4FZHA 2ZGTA 3SALA 4YW3A 2ZHLA 5GZGA 3AYCA 4GKXA 1QU0A 1V3BA 2P3IA 1LU2A 4YW5A 2VK7A 4GEZA 2GNBA 3IKWA 4XOGA 4K1HA 3SANA 4WV8A 2CWMA 3POWA 3AZYA 2ZAAA 2QWHA 5H9PA 1AVBA 3VKMA 4K1YA 4Y1YA 1GANA 3I4IA 2VH9A 4SLIA 3WG2A 1SLBA 5JOYA 5HCBA 1LOAA 4PF5A 2DU0A 2DVAA 4Y1ZA 3PVNA 4XHBA 2UU8A 1MZ5A 1BZWA 4P9WA 1INYA 2HT7A 1DBNA 4XMIA 5M1ZA 4YZ5A 1FX5A 4FOYA 2A6XA 3K37A 3R4UA 4Q8KA 4NN9A 2WNEA 2YZ4A 3VKOA 1MS8A 4PQ9A 4UF7A 2SILA 4M3CF 4YLZA 4B7NA 4NC5A 5CAZA 1C57A 1YO8A 3OY8A 3ALWA 2XB6C 3AYAA 3WV6A 4ATFA 2ZGOA 2QWEA 1W0PA 4PBPA 4FPHA 1F8DA 5IT6A 3IM0A 2B7YA 1AXZA 2ZACA 1XOGA 1J1TA 1INWA 4GB1A 2V73A 3AP4A 1QMJA 3OBTA 1G9DA 1IVDA 1W6NB 2ZMKA 4UW5A 1ULCA 5DG1A 1NN2A 2GNTA 1KDKA 2D6LX 1WW5A 1Z4ZA 4NOTA 5JMCA 4GZQA 1WUVA 4HZXA 1QOSA 1MACA 5T52A 4R9CA 2GMEA 2CNAA 1CVNA 3BOPA 3H72A 2C4AA 3USUA 4YG3A 4ZKTB 3BTAA 2A6WA 5JLVA 5EYYA 2A3XA 2PHUA 3D6EA 5B2DA 2YDTA 1DLLA 1YRZA 1NSBA 3FFZA 4QN5A 1SCRA 3OPZA 3ZSKA 2HTRA 4YW4A 1NMBN 1GKBA 4YGDA 1AX0A 1ULFA 3OBRA 5GLUA 1NNBA 3WNXA 1ULEA 2DUQA 3N3HA 4HL0A 4FP2A 3I8TA 1AX1A 1NXD1 2OUJA 2ARBA 4MWJA 1E8VA 1NCBN 3O0VA 2ZBJA 4WVWA 4LBLA 4AGGA 1WLDA 1GLHA 5T55A 2FHRA 1AF9A 1DZQA 1W6QA 2D6OX 1WD4A 2WLQA 5FRAA 1UMZA 4XJ8A 3WDWA 4CPLA 2F24A 4LBOA 1FATA 1WD3A 3CL2A 2HTVA 5T5OA 3SITA 1VALA 1VAMA 1INGA 4Y20B 3WG4A 5B2CA 2NMNA 3T1EA 4YG6A 4L8QA 4XJUA 3W09A 3BODA 2ZMNA 2DTYA 1H9PA 1SBEA 3AJZA 5GM0A 3AZZA 5NN9A 4XJWA 3FLRA 1WCSA 1Q8OA 1A78A 1F5FA 4ZXKA 4DFSA 2ZGQA 4GXLA 1W1XA 5CB7A 5IK4A 2D44A 4MC7A 3TIBA 1SLCA 4D69A 2ZB6A 4Y1VA 2GNDA 2ARXA 4MYEA 1MS5A 4M3MA 2HTQA 4QN6A 2A3WA 3A71A 2QWKA 4MZEA 2CWSA 1CIWA 4CPMA 4KS5A 1LHWA 4GZOA 1OKQA 1V6JA 2BERA 4GWMA 1HQLA 4K20A 3OGGA 3ZYPA 5GLWA 2XG3A 5T5JA 3ZXKA 4RL7A 2AYHA 4FQZA 2UURA 3RRDA 2A7AA 4GZTA 1LOGA 1UPSA 3TI5A 2LTNA 1A14N 3GALA 3WHUA 3MEPA 3IMNA 3AK0A 4K1JA 1DQ6A 2JDZA 4TYSA 3BIWE 3NV1A 2ZKNA 4CPYA 4PBOA 1V6IA 3JU4A 5DZEA 2HYKA 1W6NA 1GV9A 2VWDA 1MR5A 4XTPA 4C1XA 1N1TA 1NCCN 1DYKA 4X6KA 1W6MB 4XYXA 1KITA 2DVDA 1IS4A 2P3KA 1YXWA 1Q56A 5GLTA 5HUGA 1IS5A 3ILFA 3TIAA 3V64A 1WBLA 1Y7BA 2A70A 5HCFA 4BBWA 1LODA 2ZGKA 4YW2A 3WLUA 2ZB5A 4XMAA 3UL2A 5EWSA 1UX6A 4Y24A 2R0FA 2A6YA 1L7GA 1H9WA 2QWGA 1GNHA 4FPGA 1Q8SA 1V6MA 2F13A 2RKCA 3VV1A 2ZZJA 1Z0HA 4M4VA 1YYNA 4AGRA 3A0KA 4GJTA 4B7JA 3VKFC 3KQRA 1UKGA 1DHKB 2ZHKA 1D0HA 1XOEA 2CY6A 5L73A 3PMEA 1AX2A 1LCLA 1AJOA 1G9BA 1LHUA 2ZMLA 1MS3A 3D11A 4HZWA 2E53A 4XJQA 5EXOA 2A5ZA 1SNTA 1UAIA 5JOZA 3SH3A 2ZGNA 1CONA 1CN1A 2P34A 3TI8A 4QNPA 1NMCA 3PVEA 2QWDA 2D7FA 2NN8A 1V3DA 4FPOB 1PZ8A 2YY1A 2R0HA 4P14A 3PJQA 3UJQA 4AYUA 3H6JA 4XJRA 4I30A 2WT1A 4Q1PA 2DUPA 5H9QA 1JXNA 4X49A 4Y20A 3B69A 4CPZA 5KXEA 3SH4A 4BLJA 2YA5A 1W8NA 2OW4A 1I3HA 2DVBA 1FNZA 2HTYA 3NV3A 2JE9A 1IVGA 4K3YA 2D6NA 2CYFA 3D12A 1G9FA 4Q27A 1MZ6A 1O4YA 1JOJA 3FLPA 3UJOA 3IPVB 2AR6A 5HUMA 2B8HA 4NCSA 1B09A 1GZWA 1GICA 1QGLA 1S0GA 1KJRA 1SLIA 3SLIA 4NO4A 3V65A 4AGVA 1ZA4A 2KM2A 2HT8A 2GMMA 2GN3A 1GZCA 5IK5A 1NNCA 4XXAA 3POSA 4XILA 2D6KA 4JF7A 5F9TA 4UW3A 3RMYA 4YM0A 3ZVXA 1SLAA 1JYIA 3KM5A 3WDXA 2W38A 3N35A 3FUQA 4XDQA 5FREA 4Y26A 5DXDA 1KJLA 1GNZA 2P3JA 1S0IA 2YXSA 1FV2A 1QNYA 1DQ1A 4YZ3A 3V0BB 1GZ9A 2H0BA 4U36A 4K1ZA 1PZ7A 1ENSA 2YA8A 4LBJA 2ZA9A 1BXHA 4XJ9A 1VCUA 4KS1A 4XIOA 3U4XA 5CNAA 3SILA 1INXA 2A3YA 4HANA 4QN3A 3CL0A 1NLSA 1S0DA 3ENRA 4LBQA 4YFZA 1WCQA 2Z42A 3INBA 1UZYA 2JECA 2BQPA 2DV9A 4YM1A 3K39A 3K3AA 1JUIA 1Q8VA 1MS1A 1W6MA 2A6VA 3WDVA 3N7MA 3M2MA 1FAYA 3INAA 1VCJA 1F31A 4FPKA 2G4IA 3V0AB 1ZM1A 4GA9A 3O0WA 4K21A 3W58A 5T5LA 1SBDA 2NM1A 1RIRA 4AVTA 2VU9A 2E51A 2DVGA 3T1MA 1WW7A 4K1IA 2W39A 1L7HA 4Y22B 4YGEA 2GN7A 1C1FA 2BF6A 1MVEA 1LULA 4XJZA 2DUOA 4ITCA 2AEQA 4ASMB 3OYWB 2PHXA 1MS0A 2W5OA 4BLIA 2HT5A 4QN4A 4CTEA 1UN1A 1YI7A 1NSCA 3T2TA 4GZXA 4WA4A 1LTEA 1USRA 1B9TA 2GDFA 2VVZA 2UWAA 1C4RA 1MS9A 3A72A 4YW1A 4M4UA 4GKYA 2AENA 3MW3A 1UZZA 1LHOA 1G86A 1Z50A 4R9BA 1PZ9A 1OFSA 2WSVA 1G9AA 3AZVA 4J9TA 1AXYA 4AWDA 2W5NA 4U2AA 2ZGLA 1RINA 4GWNA 2F10A 2W52A 4YG0A 1IVBA 4MWYA 1WW4A 2OVUA 3RSJA 2D6MA 3HMYA 5T54A 2NYYA 2ZABA 4C1WA 2WKKA 1SLTA 3WUCA 1RITA 2VUAA 1N1VA 7NN9A 4XBLA 1OQ1A 4GDJA 1CR7A 2D3PA 4JC1A 1SACA 4BOWA 3ZXFA 3LCPA 1IVEA 3D4KA 1N1YA 1URXA 1DQ4A 2P2KA 5H9RA 1QDOA 3D5OA 3B9CA 1KDMA 5DZFA 2VSMA 1INHA 3O12A 1A4QA 3APBA 1MS4A 1F8CA 3GNEA 3ALXA 4BMEA 1S1AA 1S0EA 2VK6A 1DIMA 4FVKA 3AP5A 3M1HA 5CBLA 1EUTA 5KXDA 2VXRA 3WZ1A 2SIMA 1S0BA 2DURA 1IVCA 2F29A 1KRIA 3SH5A 2R1DA 1LEDA 3AP7A 2D43A 3QLQA 2NP0A 3RS6A 1EPWA 1WW6A 1LOBA 3CYEA 1LGBA 2E7TA 5E8AA 2A6ZA 3AXDA 2JKBA 4M3CB 3WG3A 4FPJA 4XBQA 1DQ5A 1ONAA 5IK7A 2DWRA 2E7QA 1LOCA 3LSEA 3WDYA 1DGLA 5DG2A 2E6VA 4DS0A 4MZAA 1G7YA 1ULGA 5GZCA 4FOWA 4JRAA 2WT0A 3N36A 1IKQA 4DGRA 4UW4A 2GMPA 2AUYA 3AP6A 1A4GA 3TI4A 2F0ZA 1ULDA 5DUWA 1HLCA 4FOQA 4HZYA 4KS4A 1G9CA 1DQ0A 2ZGRA 1XQNA 3M3EA 2HU0A 1DIWA 6NN9A 5IUQA 4GALA 1N47A 3HN1A 4X4AA 4BMBA 4YM2A 3TAYA 3AXEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WCSA 2DBNA 4Q4V2 3KT1A 4FSJA 3VBHA 5T3NA 4QPYA 4KNCA 2NMOA 3HR9A 2LROA 1QKQA 3ILNA 1UOJA 3JD73 1JS9A 3K77A 1W2OA 5C7GA 4RR3C 5L7OC 1SLLA 1GOHA 1K45A 2VMCA 1CZSA 3A4UA 1Q3EA 3WW1A 1WCKA 1ZI0A 1NCQB 5CZKA 2JG9A 1E8TA 2YA7A 3B7EA 4HLTA 2CDPA 5FYUA 2SBAA 2XQRA 3FUOA 3GYDA 1XNCA 3BB6A 2D98A 1S0JA 2WSUA 3AL6A 4ASCA 1UKRA 4D8SA 5IK8A 5FYVA 4HETA 5I0SA 4Y22A 1B9VA 1A8DA 4UFHA 2JD9A 1Q43A 2RS11 2E63A 2H6BA 3C7FA 3OGJA 4Q4V1 5GALA 4ATEA 1APNA 1H2KA 4IQPA 4CDXC 3KCYA 5C4WC 5F3GA 2FP8A 5DZGA 3ACFA 5CKNA 1DYPA 3GBWA 3O9JA 2VZRA 1O4ZA 1B35B 2VUCA 2IXLA 4CCJA 1LOEA 1QOOA 2BNNA 3L2YA 1S55A 4X6QB 4QU2A 2X5IA 5JOXA 3VD4A 1UY1A 3OYWA 4J1WA 3KWVA 4HPKB 3NAPA 1AYM1 2FDIA 4E4HA 2GALA 2J7MA 1CIYA 1US2A 2JG9C 4H7MA 5JXGA 3DGTA 3OBZA 1EUUA 2BGOA 4JGYB 3R4DB 5FYHA 5GJ6A 4AI0A 3NO8A 1YQ2A 2EXIA 5A33A 3N7JA 2CSGA 1F8BA 3WVJA 1HX6A 3WXPA 1K42A 4I01A 3UT0A 2A1XA 3UK9A 3VZLA 4QB1A 2NZ9A 4H52A 1X8MA 2WINB 4H53A 3W9AA 2UWCA 2W20A 3DPRB 4DUWA 1F5JA 1WLWA 4N7UA 1PVXA 4QPGB 3BVCA 1CX4A 1LGNA 2QZ2A 1QJX2 3OB8A 2JE7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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