2VXN | Genus

Total Genus 93

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	AKPQPIAAANWKCNGTTASIEKLVQVFNEHTISHDVQCVVAPTFVHIPLVQAKLRNPKYVISAQNAIAKSGAFTGEVSMPILKDIGVHWVILGHSERRTYYGETDEIVAQKVSEACKQGFMVIACIGETLQQREANQTAKVVLSQTSAIAAKLTKDAWNQVVLAYEPVWAIGTGKVATPEQAQEVHLLLRKWVSENIGTDVAAKLRILYGGSVNAANAATLYAKPDINGFLVGGASLKPEFRDIIDATR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title	Atomic Resolution Crystallography of a Complex of Triosephosphate Isomerase with a Reaction-Intermediate Analog: New Insight in the Proton Transfer Reaction Mechanism. pubmed doi rcsb
source organism	Leishmania mexicana
total genus	93
structure length	249
sequence length	249
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2008-07-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2vxnA00

5KSWA 2V5BA 4ZQRA 2YFNA 1G4TA 1PHWA 2XN2A 2CW6A 4NJGA 1J4EA 2V82A 3M5VA 2J88A 2WJZA 4U28A 2X16A 4HNVA 3INPA 5T26A 4N9BA 1JCXA 2CZDA 4GBUA 3NQDA 3R5EA 4EF9A 1KM2A 1KLYA 2EPHA 1AMKA 1X1OA 1JR1A 4MFEA 5K9CA 3G22A 4Z0JA 1LM1A 3EWXA 3ANYA 3W07A 4M6PA 3BK0A 2YW3A 4N9DA 3N73A 1OFBA 3L5MA 4C1LA 1JCNA 3HJZA 2ZA1A 3LHYA 4XWUA 1YPFA 1R2SA 3OIXA 2DJXA 3E49A 2EAWA 4BI7A 4RZ6A 2NXIA 4WXYA 2WSRA 2PC4A 4AHOA 1W56A 3HIJA 2QKFA 2VFDA 4XBSA 3IVUA 3DU0A 4LV4A 1P0NA 5K9XA 4AWSA 3HBLA 1XDMA 2CLKA 1NF7A 5BMXA 3DFQA 3TQ0A 3UQNA 4DF2A 3L5LA 2F84A 4RXFA 4FX7A 3W7DA 3A21A 5LNWA 1HTIA 3EKZA 3OVQA 5F2IA 2RKXA 3HF3A 3KOFA 3C8FA 4YWIA 3G8EA 2YFOA 1V7YA 4O54A 4IOTA 3GIYA 5LHEA 1JQXA 3EWYA 3OBKA 1X7FA 3LXBA 4Z1CA 3W7KA 6TIMA 5FEZA 3R8RA 4YCOA 3TMLA 2QCLA 2W6RA 4JD4A 4EOUA 2OCZA 5G1TA 2G5WA 3G1AA 2ZA2A 4RLIA 3UD6A 3GAKA 1FCQA 1ME8A 2Q8LA 3W9ZA 3LHUA 2WV8A 5D2YA 3NQCA 3HG4A 3FKKA 3HG3A 3M6YA 2FPVA 5BMWA 4HNUA 3ABSA 4GUHA 4UTHA 2QAPA 3CWOX 3R13A 4ML9A 1LTDA 1TREA 3S42A 2RDTA 2NWSA 1SFJA 3OHIA 5BRBA 3N3MA 2V5LA 4DF1A 3C6CA 4AF0B 2VFEA 3LTPA 3UY8A 5AHNA 2Q3RA 1TPFA 3TW6A 3T40A 3NXFA 2TRSA 1R2RA 2X2GA 3B05A 3D0CA 5A8GA 3IGSA 4TR9A 3MYOA 3UWYA 3G1HA 3CIWA 1U83A 3W7IA 2QCNA 5F2MA 2HSAA 3W22A 2RH9A 1F6PA 3LRLA 4JTKA 3KXQA 3W1PA 3LXCA 1W0MA 1LRNA 3M41A 3CPRA 1YXCA 3S9YA 1WOAA 3TV8A 2GQ9A 4NNCA 3QEZA 3PSWA 3KVKA 4XQ6A 3QRHA 1WYIA 4PC8A 2QUTA 1ZAJA 3PB2A 1AL7A 5G2WA 3PUDA 3LBMA 4DQWA 4FIRA 1YDNA 5DN1A 1PIIA 5HUOA 1Z41A 1IGSA 5KZMA 3W73A 3C0JA 1EA0A 2PURA 1G7UA 2XN0A 3LI1A 4UFIA 4HN4A 5HQEA 1MEIA 4WJEA 4PA8A 1BEUA 2ZTKA 1UUMA 3OA3A 4O8RA 5F4XA 2C15A 1DOSA 3B03A 1C8VA 3TSDA 3PS7A 4D2JA 2FPTA 1OFDA 1Y0EA 1C9DA 4RZ4A 3W84A 4Z1DA 1OYBA 4Y8FA 3EXTA 4ZMGA 2Z1BA 4UTLA 3VFLA 3TJXA 2G97A 1ZHAA 4PH6A 3BW2A 1DQWA 3LCFA 1G4PA 2J9ZA 4RXGA 5MHBA 1RZMA 4LVGA 2JBMA 3LM7A 3LCGA 2CZ5A 1QR7A 1FXPA 2J6XA 1Z44A 5FF7A 4ICNA 3I68A 5FF2A 4DO6A 3N14A 1QDSA 1N55A 3BG5A 4MUZA 3WJXA 5K4XA 1DJQA 3HPZA 3QC3A 3WJZA 1IXNA 4Q32A 2YCEA 2H8XA 3SIZA 2XFWA 3O15A 2A6NA 3T78A 4DPQA 5CPOA 2JK2A 1AL8A 1K7EA 1W3NA 3W1TA 3BLIA 3UWWA 1W37A 3PUEA 1JCMP 3LRMA 1JVNA 3UY7A 1X1ZA 5LNUA 1GG1A 4QITA 3LI0A 3QF0A 4AF0A 3EWWA 4JX5A 4ALDA 5DLCA 2RDWA 2NV2A 4S2CA 3F4WA 3GNDA 5FEXA 5AYZA 1H1YA 4AB4A 3V75A 5LNRA 4O15A 3NQMA 3LCIA 2G95A 4MLJA 4X2RA 5J5RA 1VJIA 2E5BA 3UWZA 3O1NA 3W1QA 2DP3A 3OVPA 1LDCA 4A29A 2VEMA 1S5WA 4ADTA 1I8JA 1QOPA 2A21A 2NLIA 4A21A 3THAA 4A2SA 2YX0A 2WNNA 4JR5A 2I1OA 2FB2A 3G1VA 4Q33A 1QPRA 1W1ZA 1JCYA 1L6YA 4AMAA 2YYUA 2PRLA 1QO2A 4DXVA 1VH7A 3EX6A 4TU1A 2QCDB 3FJ6A 1VZWA 2YR1A 2ZYFA 2NWRA 3B0VC 1O4UA 3P60A 4WY0B 6ALDA 3QYQA 4JTLA 4H4IA 1X6UA 3C3NA 4UFMA 1UBSA 5KMYA 1XXXA 4IX2A 4FNQA 3MMTA 3UWQA 2E77A 1Z42A 3M5YA 5HUPA 1FDYA 3BW4A 2ISSA 1YPIA 1H60A 3W7PA 4YXGA 2EGZA 3KRUA 1Q6LA 3W83A 1A50A 2EF9A 1FDJA 2TPSA 4CNPA 4A22A 3HOJA 3DI1A 3IIZA 3MBFA 2X1SA 1NSJA 4HIBA 2P1FA 1TTPA 3W1NA 2W0UA 3TQKA 4WUIA 3NQFA 4FX6M 1XKYA 2FFCA 1A5BA 4PEKA 1TV8A 2CLHA 3ATYA 3KRSA 2FQIA 4XZ9A 1XUUA 1OHLA 1KFLA 1MO0A 2HTMA 5DY3A 3GLCA 3MUXA 4XTDA 3UWUA 3G0XA 2UV8G 2FLIA 2QDGA 3GDTA 4IXHA 3LCLA 1F2JA 2YYTA 3QMTA 3IVTA 3E02A 5AHLA 2CZFA 2VEIA 2E09A 3L0GA 3LTYA 4LWWA 1YADA 5F1UA 4FX8A 2RHGA 3PG8A 2WPBA 2Z0IA 5CZJA 3S1WA 4O1DA 2QEZA 5BOOA 1K8ZA 5EYWA 5CKSA 2BX7A 3QPYA 3IEBA 3DBPA 3NO5A 5E93A 3N9RA 2V30A 3FKRA 2C14A 3EEGA 4FNTA 1G69A 1SW7A 1TRDA 1Q3NA 1B57A 4RX0A 1W8SA 1XCFA 1TJRA 1W3TA 2Z2UA 4LT9A 1N8FA 1EB3A 4N6EA 2B4GA 5I3KA 1SZFA 3TDFA 3TE9A 3H53A 1IXPA 4TMBA 3PBVA 3LLFA 1KM4A 2WSQA 2XN1A 4M7TA 1FX6A 1H63A 3B06A 2BWGA 4AWTA 4CQAA 1DBTA 4IUOA 2QAFA 1E51A 2DU2A 2B7PA 2VFHA 3LTSA 1SZEA 3TA6A 5IM51 2QCDA 3IRDA 1EUNA 5L6UA 4UTKA 2Y7EA 1D3GA 4UTJA 3E0IA 3A5FA 3PUOA 4WY0A 3OEXA 3FOKA 3DHDA 4LRTA 3S1VA 3R2GA 3JS3A 5AHIA 3FS2A 1YXYA 1JCLA 1AW5A 3NPXA 4O57A 4RK8A 3UXDA 1H7PA 1MEWA 1ZNNA 3GKFA 3FEMA 2VFIA 2X30A 2ALDA 1FWNA 4GWEA 3TFCA 3W72A 3NR0A 2GJLA 2WO5A 3GR8A 3KX6A 1L9WA 3RK8A 3M5XA 4NNAA 2E6AA 5HINA 3R12A 1NF0A 2JGQA 3W1AA 2ZZ2A 5CGQA 2WNZA 2E6DA 1VLWA 4XUGA 1JJKA 3NM1A 2ZDRA 1LBFA 3W3OA 3NPUA 3W7CA 1EP2A 1DVJA 1QFEA 1W5PA 3U8GA 3TJLA 1KFKA 4DPPA 3C52A 2CLLA 1SZNA 2OZ0A 1GYLA 2ZTJA 4N2YA 3DFNA 3EWUA 4JYDA 5KZDA 3W2KA 4YL2A 4GJ1A 1VHNA 1TPEA 2R94A 5CSRA 5KZEA 1FDZA 1ZCOA 1QPQA 1ML1A 3QZEA 4ZQOA 4M5PA 3NQVA 4LV9A 1RQHA 3LERA 4IMCA 5FEPA 4K8EA 2CWNA 1KFBA 2VC6A 1F6KA 3NDOA 1YLVA 4O4VA 1LP6A 3O06A 3MHGA 1YDVA 1R2TA 4MY8A 4EWND 1FUYA 3RFAA 3P84A 3I7SA 1G6CA 4HKPA 4UFLA 3S6DA 3PSVA 4N6FA 2ZRUA 1D9EA 3PBUA 5FI8A 2B0MA 3EX3A 4MZ8A 1GVRA 4QQ3A 3CQ0A 2PRMA 1TTJA 2J9XA 3C56A 3WK3A 1OX6A 4JX4A 4UIOA 2QJIA 3MJYA 2ABAA 3MWAA 3GKAA 1B3OA 1TCDA 3NPVA 3N2MA 4K7YA 1A53A 1AW2A 3FLUA 5DY2A 1DHPA 1LCOA 1GT8A 2QUVA 4JTTA 1OFRA 4AEOA 5CSSA 3SZ8A 3P5ZA 3P61A 4M6QA 3M9YA 5C6MA 4FHAA 3SI9A 2QR6A 1QOQA 2NX1A 3TCEA 1KLZA 3TFXA 1KM6A 3P62A 3GDKA 4LVDA 4X9SA 1I45A 4R33A 2A5HA 3G1FA 4GUFA 3UZ5A 3M44A 2Y88A 4O1BA 3IGXA 3UXAA 4XTIA 3GX9A 1EIXA 3L67A 3MYPA 4Y90A 3A23A 1LRQA 4LS1A 3H55A 1OYAA 3NGJA 4PODA 1TJPA 3LB0A 4FEZA 3QW4B 2GQ8A 3B8DA 3PM6A 1SO5A 3S5YA 4O28A 4ZQPA 4WXZA 2GVJA 3P67A 1QPNA 3C2RA 3LHZA 3LX9A 4FO4A 3T55A 4KFNA 1VR6A 3ZWTA 5AHMA 4IMEA 3G0UA 3THQA 5LKYA 2NXHA 2C13A 2BLEA 2Y85A 3O6YX 4EIVA 2ZCGA 1Q6QA 3TC7A 2DORA 5CPLA 2OX1A 3M16A 2E6FA 3W76A 1EWDA 1SW3A 1VYRA 4NXKA 3L0NA 5D2TA 4HNNA 3NQGA 4AWUA 4OWGA 1VGAA 4HT3A 4IGHA 3W70A 4O1AA 5I3IA 1GTEA 4BFAA 1MEHA 4UFJA 4OBTA 1VYSX 3B4UA 4J9JA 4K36A 3TNOA 3H54A 4N9EA 1ZALA 3G18A 3G24A 1W31A 2A2IA 1FWWA 1K02A 3SGUA 1SW0A 1G67A 4ADSA 1G4EA 5HULA 1YTDA 3BVJA 1I2NA 4O13A 3FYOA 2FB3A 4FNUA 1OFQA 1TPVA 4BWLA 4N02A 1P1XA 4UMAA 1V5XA 3LOTA 1KM3A 4IX0A 3LDVA 5TQLA 3I65A 3ABOA 1KM0A 3JRKA 1LOLA 3PULA 4NUWA 2QJGA 2VXNA 3UPWA 4UTTC 3TAKA 2CLEA 4ZL1A 1T99A 3GB6A 3I6RA 2C16A 5TIMA 4JS3A 1GG0A 4UTMA 4AAJA 1H7OA 5GVJA 3TSBA 1SO6A 2R14A 5K9DA 2NUWA 4BF9A 4UTUA 3L9CA 4L4MA 5BNKA 4AXKA 1OX4B 1JQVA 3LV5A 1RQEA 1H62A 4KFPA 3TU9A 1B4EA 4I7UA 1RV8A 1W5OA 4GE8A 5LZLA 2TYSA 2HMCA 3NL6A 1TIMA 4ZVJA 1XI3A 3WFAA 3GNNA 3GK0A 1EP3A 1M5WA 2ZZ1A 3EXSA 4RR4A 1KTBA 4FB7A 5IBXA 2YZRA 3HG5A 3GZ3A 2CLMA 3O16A 1LLZA 3CWNA 2CLOA 2NUXA 3NL5A 3O6CA 1DL3A 2GVGA 1S3HA 3CTLA 1YTEA 2H3DA 2EKCA 3FJLA 2OJPA 5AN7A 3G1YA 1EX5A 2NZLA 5BW6A 3CEPA 5EL1A 4OE7A 4HNTA 3PWAA 2ZBTA 3HB9A 3G8RA 1VCGA 1K7XA 2A7PA 3NG3A 3NQAA 1G4SA 1GYNA 4FXSA 4H3DA 1TMHA 5DCEA 1QAPA 4JTIA 3RU6A 4GUJA 4X3ZA 4K6AA 4GRSA 2ISVA 3L65A 4N4PA 2H6RA 4Q4KA 5DELA 4AHPA 2ISWA 3F1QA 3VNDA 1W3IA 3DAQA 1FXQA 3DI0A 5D09A 1W5QA 2ZZ5A 1CX9A 3BG3A 4JYEA 3W7QA 1R47A 3E9AA 3EKLA 1I2QA 4OGZA 4QM1A 2BTMA 4O17A 5K3VA 4POCA 4CQ9A 1A5SA 1QNVA 5KTLA 4IPIA 2CZEA 1W5MA 4WD0A 4FXRA 2V0TA 3FFSA 4KWWA 2WSYA 1PCWA 1SPQA 3NQ8A 4I9AA 4JDBA 2D73A 1AK5A 2RFGA 1WAUA 3VI2A 2ZZ6A 3W85A 3W1LA 5HWJA 1OJXA 2V81A 5HR6A 3GAYA 3C61A 4NZFA 1EPXA 2DJLA 4PCFA 3MO7A 1TQJA 3DENA 3U6WA 1O95A 2A7NA 2I9EA 4LS0A 3VE7A 3M47A 4NJKA 1JRBA 2DZPA 4JTSA 4JTHA 4O11A 1RQBA 1SUXA 2YSWA 4UR8A 4JDYA 3KFTA 1B4KA 1H7NA 4B5NA 3PG9A 4MZ1A 1KFCA 5AFDA 4XKYB 3FIGA 3MI2A 1TPB1 1P0KA 3QSRA 3WJYA 4RCXA 5CPMA 2DZXA 4K39A 1H1ZA 1JUBA 4LS2A 5DXYA 4LW7A 1OK6A 4QNEA 5D37A 5DCBA 1ADOA 1OX4A 1VQTA 1TPH1 2C3ZA 3TC6A 4JIPA 1FBAA 4O50A 3KVLA 2QDHA 2QJHA 3P82A 5I3GA 2ZRYA 1DJNA 4UTWA 4JTJA 2QCEA 3W2JA 5D05A 3MP5A 3PAJA 4IJBA 3RMJA 3NPWA 5D2XA 3MP4A 3P74A 4FNPA 1WOBA 3TR2A 2F7FA 3MI6A 2FDSA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2VXNA

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