2VYPA

Rabbit-muscle g-actin in complex with myxobacterial rhizopodin
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
TTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Contractile protein
molecule keywords ACTIN, ALPHA SKELETAL MUSCLE
publication title The Absolute Configuration of Rhizopodin and its Inhibition of Actin Polymerization by Dimerization.
pubmed doi rcsb
total genus 127
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2vypA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 2vypA03
2D4WA 3MDQA 4ISGA 4JAXA 3CJ7A 2CH5A 3SJHA 5E26A 3VF2A 2Q97A 3R6MA 4BRCA 2YJEA 4B1XB 4BRNA 4BRAA 4QS9A 1D4XA 5AQIA 4EAHD 4FWKA 3ZX3A 3UKUB 2FXUA 2P9LA 1KAZA 1GLEG 4CJ7A 5AQJA 4PKHA 3VGKA 1SAZA 1HKGA 4XH5A 2A3ZA 2D0PA 4BRQA 3VOVA 3ATUA 1Q18A 3DXKB 3BF3A 4Y0WA 4J8FA 1X3MA 4BVPA 1DEJA 3EKUA 4RTFD 2P9LB 4PKIA 2E1ZA 2AP1A 4JNEA 5AQKA 3A8YA 4M63C 2FSKA 4LC9B 2DPNA 4H03B 4CZIA 3F9MA 1E4FT 1NGFA 1BDGA 1SQKA 3CJBA 5AQYA 4WQ5C 4FOEA 2FSNA 2E2QA 3SMSA 2P9NB 4IJNA 1NGAA 1YXQA 4B1YB 5BPMA 3P4IA 3MN9A 1HLUA 3A5OC 2YJFA 3LDPA 4O5FA 3VENA 2NRHA 3VF4A 1DGKN 3QBWA 4RWTA 3M3ZA 4XEIA 3R8EA 1LCUA 2YHXA 3CJ1A 3HSCA 1X9JA 4H0YB 4FPAA 1XC3A 3AY9A 1KXPA 2A41A 2QWRA 3CJCA 5AQGA 3QB0A 1CZAN 3EL2A 5AFUH 1JCGA 1RDWX 3ZX0A 1TUYA 5LJWA 3WXLA 5B8HA 5FPMA 2W41A 1GLCG 4CBWA 2F9WA 2P9IA 1TUUA 1X3NA 2QWNA 1ATNA 4BC2A 1NGHA 2QWPA 3MN7A 2GELA 2ZGYA 3M1FA 4K25A 2Q2RA 3LM2A 3VEXA 1KAYA 4GY2B 2P9IB 3IUCA 3D2FB 2V7YA 5BPLA 4K43A 1YAGA 2V51B 4BC5A 4CZJA 3JS6A 5F2RA 2GWKA 5FPNA 4YDUA 4EFHA 1BWFO 1K8KB 4H5NA 5AFUA 1GLJO 2P9UA 4BVOA 2QWMA 3EZWA 5AQXA 4AM7A 4H5RA 3EN9A 1R59O 3O6WA 5ADXA 1DKGD 3LDLA 3ZEUA 3H6EA 4PL7A 1QQOA 1T6DA 3DJCA 2ZF5O 2V52B 3CIPA 2QWLA 5LJVA 1V4TA 3LM9A 2YCHA 2QW9A 3CQXA 3MN5A 1U6ZA 1H1VA 1MWKA 4CBXA 3O80A 2CGKA 4QS7A 1GLBG 2I7NA 5AQUA 3CERA 1GLAG 4O8KA 2D0OA 3VEOA 2I7PA 4B1ZA 1E4GT 4BR2A 2HOEA 3WUHA 1ZC6A 3DXKA 3HTVA 5FPDA 3A5NC 1RFQA 3ZETA 5AQSA 4MLEA 2GTDA 5AQHA 4K42A 2HF3A 3VEWA 3BP8A 5EOYA 4FWOA 3KHYA 5FPEA 2QXLA 1GLFO 3L4IA 3WXJA 2P9PB 2ITMA 4JD2B 4WQ5A 2V7ZA 3QICA 4BQZA 3IMXA 5AQPA 4M7YA 3O4WA 2P9NA 3ZETB 3U8XA 4EHTA 3IFRA 5AZJB 4FWRA 3EO3A 3HZ6A 3VESA 2D1KA 3ULEA 4BRPA 2W40A 4CZLA 4ISEA 1LOTB 2QWQA 4FL9A 3H3OB 5AZIA 2IIRA 3WXKA 4AM6A 2KHOA 3ENHA 5AQLA 3GG4A 1MA9B 3ATVA 3I8BA 4XH4A 3I33A 3FZLA 1NGJA 3SLCA 2A42A 5AQQA 3ULEB 4RCHA 1GLLO 4B1VA 4WQ4C 1WUAA 4BR4A 3H45C 4QS8A 5AZIB 3MN6A 3VEVA 1MWMA 2Q1NA 2PAVA 2Q0UA 4FO0A 4DB3A 4H5VA 1HJOA 1GLDG 3FR0A 2ASPA 3L6QA 3LDOA 2A6AA 4EHUA 2NZTA 3O1BA 4H0OA 1ZBSA 3VF6A 4DQ8A 5EY4A 5BRFA 5BN9A 3J8AA 1WOQA 2FF3B 1Z6RA 4IWVA 4IJAA 5BRDA 2VYPA 3DXMB 4H5TA 3S41A 3MK6A 1T44A 2FSJA 3D2FA 3H3NO 1BA1A 3GL1A 3FZFA 5ADXH 2YHYA 3VEYA 1JCEA 4MO5A 2ZGZA 3VGMA 3VETA 1K8KA 3CETA 3D2EA 1QZ5A 4MLHA 3ID8A 4BGBA 4BRLA 1NWKA 4H0PA 3GDQA 2QM1A 1G99A 4GNIA 4DHYA 5F1XA 2E88A 3A5MC 1YVNA 3U9ZA 5AQRA 4CZGA 3U4LA 2IVPA 4MO4A 5ELZA 5AQZA 1XQSC 2Q31A 1TYQA 3FGUA 4FWNA 3TU5A 3D2EB 4FPBA 3FE1A 3U9DA 5EX5A 2J4RA 1IG8A 4BREA 1BA0A 4FWSA 3ZX2A 3AARA 3FFKB 4JN4A 1HUXA 5I9EB 4BC3A 4CD3A 1OKJA 1J6ZA 1U2VB 3WQUA 1TYQB 4PKGA 3QDKA 3RSEB 4CI6A 4WYBA 4BR0A 3OHRA 4A61A 3ENOA 3UKRB 5AQOA 4FWMA 2E2NA 3D7EO 3KVGA 3BEXA 3W0LA 3FZMA 2BTFA 3VEZA 5AR0A 1NGBA 1S22A 1Y64A 5E84A 3FZKA 4E1JA 2P9SA 3WEEB 3R9PA 1KAXA 3AAQA 2P9PA 4BRIA 1T6CA 4JD2A 4CZMA 5F0XA 4C23A 3MMVA 3C7NB 2HF4A 5KPRA 5AQMA 1JCFA 2GUPA 4BR9A 2UYTA 3LL3A 2FF6A 2P9SB 4IO8A 5AZJA 2IVOA 2PBDA 4FSVA 1RGIA 1EQYA 5EXWA 1NLVA 4CZKA 2NLXA 3B8AX 2BUPA 4NO7A 3TPQA 4BRGA 4H0XB 4Z94A 2CGLA 3FZHA 3H46O 2CH6A 2E2OA 2E1YA 4A2AA 3VPZA 4BGAA 1NGGA 5AQNA 1NGEA 3CI5A 4FOIA 3L0QA 3VGLA 1IJJA 1NGCA 3DWLA 4FWQA 3W3DA 3O5BA 4WQ4A 3C0BA 1C0FA 4FWLA 1QQNA 2VWBA 5JMVA 1S3XA 1HKCA 4CZFA 5TKYA 3A0IX 2OANA 2VCPA 5KPZA 2CGJA 3SMPA 4BR7A 4BG9A 5KQDA 4BRFA 3GOIA 3VERA 3QFUA 2A5XA 3BF1A 4ISFA 5BPNA 3WT0A 1NGDA 2ZWHA 3G25A 1QQMA 1ATRA 2ASMA 5JICA 2E20A 2H3GX 2YHWA 3DXMA 1C0GA 3EKSA 4H5WA 3H1VX 4M7XA 4A62A 4CZEA 1ESVA 2AA4A 4JHDA 4B1WB 3CJAA 5BRHA 4BC4A 3JXUA 2IVNA 4EIAA 1V4SA 2Q0RA 1BU6O 1NM1A 2F9TA 1MDUB 1NBWA 3QBXA 4JHDB 3DAWA 1P8ZA 5BN8A 4BQLA 3CQYA 4BROA 4BR5A 4IZ9A 1QZ6A 4BG8A 4B1UB 1HKBA 1QHAA 4BRMA 4CD1A 2QWOA 2YI1A 3LDNA 3LDQA 3CJ9A 3O1WA 4CZHA 1SZ2A 5LY3A 3QFPA 1NMDA 4A2BA 1ATSA 5JLHA 1NGIA 1U2VA 4BRKA 5AQFA 4K41A 4PL8A 3RSEA 3H1QA 3MCPA 4BRHA 1HPMA 2A40A 1XUPO 5EVZA 2EWSA 2WUSA 3UKRA 5CE3A 4NB4A 5BREA 4BRDA 2ASOA 3UE5A 2E8AA 5KQ8A 3WEEA 2P9KA 3M6GA 4H0TB 4L3QA 5AQTA 3WQTA 1ZXOA 4IXCA 4F9OA 3A5LC 4I6MA 3QMLA 3CHWA 3UB5A 3WXIA 3O8MA 3C7NA 4H0VB 2GWJA 3O08A 1BG3A 4KBOA 3HI0A 4DCHA 5KPTA 3AAPA 2HMPA 3IDHA 1BOTO 4HTLA 2P9KB 1YUWA 4B9QA 3HBTA 5BR9A 3HM8A 3GBTA 2Q36A 3GE1A 4HWIA 1BUPA 4I6MB 5AQWA 2FLOA 5AQVA 2E2PA 2P9UB 3FLCO 4YDUC 1Z05A 1BO5O 4FWPA 3KZBA 4XH1A 5JLFA 3BUZB 4CBUA 2GEMA 3ZEUB 3SK3A 3UKUA 1HX1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O8UA 1DLOA 4OKJA 4JAXA 3KD1E 3TR8A 2O4GA 1REVA 1GLEG 1RILA 1B9DA 1VRTA 4K0KK 2QKBA 2OTJN 4XH5A 1J53A 5CZ1A 1QSYA 4BRQA 3ATUA 4FJLA 3BF3A 2E5LK 4Y0WA 1NK8A 4KI4A 4BVPA 4YFUA 2P9LB 1OH5A 1BQMA 2KW4A 5E41A 3KWGA 1XNRK 1BCMA 3OJSA 1CLQA 4IEIA 3NGIA 4FJGA 1NOYA 3HT3A 2VQEK 1SQKA 3KLEA 4YNQA 3CMEN 2FSNA 3SQ4A 4R79A 1YT3A 3VA3A 3AO4A 3VA0A 3THYA 4C8OA 1NKEA 2VWKA 3QLHA 4LFBK 3PIPL 3OYLA 1DGKN 3K0SA 3ZT3A 2NRWA 3R8EA 3I0SA 3WXMB 2E4LA 3HSCA 4DKWA 2VGNA 4FPAA 1KXPA 2A41A 1LV5A 4A59A 4OO1J 2IS3A 1CZAN 3ZX0A 3SV4A 1TUYA 4CFAA 4CEAA 2P9IA 1TKDA 1X3NA 2VG6A 4BC2A 3V6DA 1NGHA 2QWPA 3J7YP 2ZGYA 3M1FA 3THVA 4OX9K 1VSJA 3M8QA 1BISA 1EX4A 4JKBA 4RW9A 4GY2B 3IUCA 3ZT1A 2V51B 3L2VA 4CF9A 4CZJA 5F2RA 2PY5A 5FPNA 4JKFA 1BWFO 1K8KB 2D0BA 3SQ1A 5AFUA 3AVLA 4FJJA 3I55N 2W6KA 3G0ZA 3EZWA 5AQXA 1KVBA 3EN9A 5JENA 1S5JA 4CHPA 3LDLA 1EO1A 3H6EA 3I56N 1HJRA 4CHNA 3SPYA 1T6DA 2V52B 2QEXN 2O8CB 1KRPA 4FJHA 4DUZK 4IFVA 2YCHA 3O9RA 4PQUA 4NYNA 3M5RA 3RRHA 2I7NA 4JK9A 3RMDA 4FK0A 4PWDA 3MECA 1Q82O 2D0OA 4J2AA 2G8UA 4OLBA 4X62K 3DXKA 3CFOA 1UAXA 4DUYK 3HTVA 3O9UA 3OJUA 4FK2A 2UUAK 3ZETA 1K73O 3AVKA 1HQUA 2GTDA 2HF3A 5EOYA 5M1QA 4LD0A 2Z1IA 3V81A 1KTQA 1JLCA 2Y1IA 4CJRA 4FLYA 4YY3K 4DTXA 5T7BA 3QICA 2ATQA 4BQZA 3IMXA 1YJ9N 3U8XA 4EHTA 4GW6A 3TANA 2WBNA 5KI6A 5M1KA 2OCEA 3EO3A 2ETJA 3OYAA 2D1KA 1QTMA 3OS1A 4FW2A 4DR7K 4ISEA 4CHQA 3CPWM 4BACA 4OGEA 1ZYQA 2BDPA 5GIPA 1ZBUA 3G10A 1SL2A 1OH8A 1QHTA 3OYJA 1X1PA 3TARA 4TSXA 2ITGA 4QS8A 4CEOA 5AZIB 2HBLA 1MWMA 2E6MA 4FO0A 4I2QA 5FRNA 2HHTA 2YKNA 3FR0A 3NE6A 3JSMA 4EHUA 3O1BA 3VF6A 3HPOA 1IKXA 3AGRA 1WOQA 1C1CA 4X65K 1WSIA 4FM2A 1JJ2M 3DXMB 4H5TA 1XNQK 3C94A 1BA1A 3GL1A 5ADXH 1NK4A 3QEIA 3K5LA 4LSLA 4N56A 4DMNA 4MO5A 2ZGZA 4DV7K 1QZ5A 3HM9A 3GDQA 3VQEA 4FM0A 1T7PA 3A5MC 1YVNA 1NJWA 5AQRA 1M90O 2QKKA 4OPAA 4CZGA 3U4LA 5GAHP 4AHSA 4B8CA 3FGUA 3SBTA 1KSPA 3VMFB 3N4QA 1RTHA 1YTUA 1HYSA 2XY8A 1BA0A 4FVMA 1HUXA 1OKJA 5C15A 4M45A 3WQUA 2G8VA 1CXQA 1TYQB 3RSEB 4NXMK 4WYBA 4CI6A 3OHRA 5GAGP 3TI0A 3D7EO 2F8TA 4JI4K 2X6SA 2BTFA 3SAHA 5AR0A 2KZZA 4GKJK 3ZSYA 3F2KA 2ZJPL 3HXMA 3R9PA 4DSIA 4DTOA 2KFNA 2P9PA 1T6CA 4DTSA 2B4JA 3AGKA 4YOWA 1KC8O 2HF4A 3DRPA 3HK2A 2R7YA 4BR9A 2F96A 3LL3A 2FF6A 1IG9A 3CCJN 4FK4A 1C0TA 1RT5A 4O4GA 1NLVA 3ALYA 3MXMA 2OZMA 1X9MA 1S1TA 3BGRA 4C1NI 1NK5A 3KD5E 2CH6A 2E2OA 4A2AA 4EP5A 2P51A 3V1OA 3VPZA 4JYAK 1NKCA 5AQNA 1NGEA 3NBPA 4FWQA 4M3RA 4E89A 4WQ4A 3D45A 4N5SA 1VRUA 4F2SA 3NCIA 3K57A 5C42A 3WNHA 2VWBA 5JMVA 2YV0X 1YHQN 1S3XA 1HKCA 3OY9A 4PUOA 5TKYA 3A0IX 1VQLN 2RKIA 3SMPA 5KQDA 2KFZA 3GOIA 1ZBIA 3VERA 2A5XA 3BF1A 3WT0A 1VSHA 4FLZA 3K9JA 1QQMA 2QI2A 1QE1A 3CM6A 4KTZA 4IOCL 2W42A 3EKSA 4CECA 4N41A 4H5WA 1TK5A 3SUPA 1ESVA 1NMNA 4JHDA 4B1WB 3CJAA 5BRHA 1JLFA 1SV5A 3IG1A 3O4QA 3ITHA 3M8SA 1J9AA 2IVNA 1I39A 4KAZA 4E1MA 3OYMA 1BU6O 1J54A 1MDUB 3LP2A 5JS2A 3VQDA 3HP6A 5BN8A 4BROA 1TK0A 2G8WA 3LDNA 3MX2A 5KRSA 3LDQA 4CZHA 1C0MA 1SZ2A 4A2BA 3K9KA 5JLHA 1NGIA 5HRSA 3ZCMA 2ZE2A 4Y1CA 3H1QA 5CZ2A 1HPMA 4IFYA 1JXEA 3UKRA 4NB4A 3Q7BA 2ASOA 3UE5A 5KQ8A 3M6GA 4KFBA 3AA5X 4DTJA 1DT9A 3RR8A 3TTDA 4DR3K 2WFBA 3QMLA 1WSHA 4XIUA 2GWJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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