2W40A

Crystal structure of plasmodium falciparum glycerol kinase with bound glycerol
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
501
structure length
501
Chain Sequence
MNVILSIDQSTQSTKVFFYDEELNIVHSNNLNHEQKCLKPGWYEHDPIEIMTNLYNLMNEGIKVLKDKYTSVIIKCIGITNQRETVIIWDRITGKPLYNAIVWLDTRVEELVTEFSAKYNNNDIQKKTGTYFNTYFSAFKILWLIQNNPEIKQKIDDGTAVIGNINTWLIFNLTKGNCYTDVTNASRTLLMDINTLQWDEKMCKIFNITNMSVLPEIKSNCSNFGLVKSEHVPDYLNIPITGCIGDQQSACIGQAIFDEGEAKCTYGTGVFLLINTGEKVVYSTCGLITTICYKFNDNDKPKYALEGSIGTAGSGVSWLLKNKLIDDPSEASDIMEKCENTTGVIFVPAFSGLYAPRWRSDARASIYGMTFNTERSHIVRALLEGIAFQLNEIVDSLTSDMGIEMLHVLRCDGGMTKNKPFMQFNSDIINTKIEVSKYKEVTSLGAAVLAGLEVKIWDSLDSVKSLLRRSDAVFHSKMDDKKRKKKTSEWNKAVERTLIQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
molecule keywords GLYCEROL KINASE, PUTATIVE
publication title Structure and Non-Essential Function of Glycerol Kinase in Plasmodium Falciparum Blood Stages.
pubmed doi rcsb
source organism Plasmodium falciparum
total genus 198
structure length 501
sequence length 501
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.1.30: Glycerol kinase.
pdb deposition date 2008-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w40A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 2w40A01
1IG8A 4EFHA 3ZX3A 2ASPA 5JLHA 5AR0A 5AFUH 3CJ7A 2YHXA 4BRCA 1QZ6A 1TUUA 2IIRA 3L6QA 1NGJA 3WXKA 2H3GX 4CBWA 4ISEA 2FF6A 2FLOA 3ZEUA 1E4FT 2W40A 2QM1A 2QWNA 3VF2A 1E4GT 3O1BA 2P9SA 5ADXH 4CI6A 3R9PA 5AQYA 4B1XB 1HUXA 3BEXA 2V7YA 4O8KA 4IO8A 4XH5A 3A0IX 5KPRA 3DXMA 4FWNA 2E88A 4WQ5C 3ZEUB 1BO5O 2E1ZA 4C23A 4BR7A 5FPEA 3CJ9A 3CETA 3H3OB 1S22A 1GLFO 4WYBA 4BR2A 1Z6RA 2A3ZA 3ULEA 5AQVA 2AA4A 1WUAA 4BRQA 4BC4A 1TUYA 1ATNA 5TKYA 3CQXA 5EX5A 1D4XA 5AZJB 3D2EA 2GELA 2V7ZA 3U8XA 4CZFA 3LDLA 2A6AA 3CJAA 4BRLA 1T6CA 1GLLO 3MN5A 5AQZA 3WXIA 4RTFD 3HBTA 4H0VB 4IJNA 2P9LB 5AQUA 4ISGA 1BDGA 3VENA 3OHRA 3QBWA 3WXJA 1HKCA 3R8EA 4FWMA 2YJFA 1P8ZA 4B1UB 1H1VA 2Q36A 2YHYA 3FLCO 4JHDA 2QWPA 4FO0A 4WQ4C 2UYTA 3HSCA 2ZGYA 5AQFA 2FSKA 2E20A 1SZ2A 4AM7A 1RGIA 4BR4A 3GE1A 3AY9A 3WEEB 4J8FA 3EZWA 3O80A 3SK3A 2HOEA 5EY4A 3CQYA 5KPZA 4HWIA 3TU5A 4XH4A 3D7EO 1MWMA 1NGHA 3R6MA 4BRGA 3SLCA 1JCFA 2GTDA 3C7NB 4FL9A 3A5LC 2V51B 5AQWA 3UKRB 2Q31A 1NMDA 3I33A 3VGLA 3GL1A 1OKJA 3KZBA 3L0QA 4MLEA 1C0FA 1YAGA 5BPNA 3QMLA 2E2OA 2P9PA 4O5FA 4IJAA 5F2RA 4WQ5A 3CJCA 4JAXA 5KQDA 1GLEG 4AM6A 3H3NO 2E2NA 1IJJA 1Q18A 3M1FA 2ZF5O 3CJBA 3H1QA 4RCHA 3VPZA 5AQLA 1TYQA 1SQKA 3H1VX 1Y64A 5LJWA 3WUHA 2AP1A 1U6ZA 4A62A 1X3MA 3GBTA 3HZ6A 1KAXA 2QWLA 1T44A 4A2AA 4Z94A 2QWOA 4DCHA 2NLXA 1GLBG 3EKUA 3BF3A 4PKHA 4MLHA 1NGCA 1NGGA 3C0BA 3UB5A 4BRHA 4CZGA 2D0OA 5JICA 4K41A 3LDPA 4WQ4A 3U4LA 4BG9A 2P9IB 4I6MB 3ENOA 1BA1A 5B8HA 2QW9A 2D0PA 2P9KB 5AZIA 5KPTA 1ATRA 1BUPA 4CBXA 3FGUA 3GG4A 4BRFA 1NGDA 1S3XA 2A42A 3VETA 4B1VA 3H45C 2KHOA 4QS8A 3FZHA 3DWLA 1X3NA 3U9ZA 1DKGD 1DEJA 1ATSA 3QICA 4CJ7A 2GWKA 1NLVA 4IWVA 3LDQA 4ISFA 3JS6A 4BRMA 3AARA 4QS9A 4DB3A 2P9SB 5AQIA 3FE1A 2GUPA 4BRIA 3QFUA 1NBWA 5EOYA 4XH1A 1BWFO 3VERA 2P9NA 2CH6A 3SJHA 5BPMA 4FPBA 3DXMB 1QZ5A 4DHYA 3MMVA 4FWOA 1KXPA 3MN6A 3B8AX 1ZC6A 5AQHA 5I9EB 1NGEA 3H6EA 3VESA 3J8AA 2A41A 3ULEB 4JD2A 2FXUA 1NGBA 3G25A 2Q0RA 4CZHA 4PL8A 4BRPA 3VEXA 5E26A 2CGJA 3VF6A 3D2EB 5F1XA 3QDKA 4BC2A 3VEWA 2IVPA 3DXKA 5AQXA 4H5RA 5BN8A 2P9UA 1HLUA 3VGKA 3CI5A 5BN9A 2VWBA 1GLAG 4NO7A 1C0GA 3TPQA 2OANA 4CZJA 4A61A 4MO5A 3LM2A 4GY2B 2FSNA 3FFKB 3MDQA 2I7PA 2Q97A 3O6WA 4JD2B 2FF3B 2HMPA 3H46O 4NB4A 4JHDB 4EAHD 3CHWA 4CZIA 2E2PA 2WUSA 3S41A 2GEMA 4BC3A 5ELZA 1ZBSA 3RSEA 2D1KA 5JMVA 3ZETA 3D2FA 4BQZA 2VCPA 1K8KA 4IXCA 1XC3A 3VEZA 5BR9A 2QWRA 1ESVA 2E1YA 5AQRA 4K25A 5BPLA 4BROA 1RFQA 3A5MC 3WT0A 3HM8A 3KHYA 3FZKA 3GDQA 1MDUB 3MCPA 4XEIA 3CJ1A 3FR0A 3O1WA 2HF4A 3F9MA 3IMXA 1KAYA 3RSEB 3WQUA 5BRDA 3EN9A 2QWMA 5AQQA 4PKIA 4H0OA 2P9PB 1QQNA 1CZAN 5FPDA 4BRDA 1YUWA 4H5VA 3EL2A 2ASOA 5AQNA 4BGAA 4FSVA 4CZEA 3LDOA 1ZXOA 4Y0WA 3W0LA 1V4SA 2V52B 1TYQB 4BR0A 1HJOA 3VEOA 3O5BA 2VYPA 1XUPO 1HPMA 5FPNA 3FZMA 3UE5A 4CD1A 2Q0UA 3VGMA 4RWTA 1MWKA 5JLFA 4B1YB 2IVOA 3L4IA 4IZ9A 3ZX2A 4L3QA 4H0TB 1HKGA 1X9JA 1HX1A 2J4RA 1T6DA 3QB0A 1SAZA 2PBDA 3ID8A 3MN7A 3IDHA 3VOVA 4FOEA 4B1WB 1XQSC 3MK6A 2A40A 4BRKA 3DJCA 4H0PA 5FPMA 2Q1NA 2A5XA 4JNEA 3AAPA 4K43A 2YI1A 5AQSA 4E1JA 2IVNA 2YJEA 2HF3A 2Q2RA 5AZIB 3ATUA 4CZKA 2E8AA 3FZFA 1JCEA 4YDUC 2ZGZA 4DQ8A 4H5WA 4BG8A 5AZJA 3W3DA 4H5NA 2F9WA 2W41A 3EO3A 4HTLA 4H0YB 4H0XB 3BP8A 2P9LA 4CD3A 4M7XA 4JN4A 4FWKA 4A2BA 4PKGA 3WQTA 1U2VA 4BRNA 2QWQA 4KBOA 4FPAA 1QHAA 3A8YA 2ITMA 1BOTO 3ATVA 1J6ZA 5E84A 3O4WA 4CZLA 2P9NB 2YCHA 3QFPA 4FWRA 5BRFA 3WEEA 3FZLA 5AQOA 4BR9A 3VF4A 3P4IA 4BR5A 3A5OC 3JXUA 1EQYA 3HTVA 3LDNA 1NM1A 2GWJA 3KVGA 3C7NA 1U2VB 2I7NA 4BGBA 4BC5A 4BQLA 3BF1A 2FSJA 2CH5A 3WXLA 3UKRA 4FWLA 4QS7A 1GLCG 4CBUA 1LOTB 3SMSA 2YHWA 3ENHA 3M3ZA 5EVZA 4EHUA 1MA9B 3A5NC 3DXKB 3VEVA 1R59O 2P9UB 3CERA 3LL3A 3O08A 1NWKA 2CGKA 3M6GA 3U9DA 1GLJO 2NZTA 4BVOA 2ZWHA 1KAZA 1LCUA 2E2QA 5AQKA 5BREA 2QXLA 3AAQA 4MO4A 4B9QA 4BRAA 4GNIA 4LC9B 1NGFA 4CZMA 3LM9A 5AQPA 1V4TA 3ZX0A 5KQ8A 5LJVA 3EKSA 4K42A 2DPNA 1RDWX 1DGKN 4YDUA 1NGAA 1QQOA 4EHTA 2PAVA 5EXWA 2D4WA 3ZETB 2ASMA 3D2FB 1BU6O 1Z05A 1QQMA 1K8KB 4FOIA 1G99A 3IFRA 4FWQA 4F9OA 4PL7A 1YXQA 2F9TA 3DAWA 3HI0A 1BA0A 3UKUA 1WOQA 3O8MA 1HKBA 3IUCA 3MN9A 5LY3A 3SMPA 5AFUA 4B1ZA 2BTFA 5AQJA 4BREA 3GOIA 5AQTA 4BVPA 5BRHA 1JCGA 2NRHA 2P9IA 3CIPA 5AQGA 4I6MA 3QBXA 4FWPA 2EWSA 2BUPA 1BG3A 1NGIA 4FWSA 5AQMA 2P9KA 4M63C 4H03B 5CE3A 3BUZB 2CGLA 4M7YA 4H5TA 5ADXA 3UKUB 3I8BA 5F0XA 1YVNA 4EIAA 3VEYA 1GLDG
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O4GA 2YHXA 4BRCA 4Z0UA 3BDPA 2OPPA 3O3HA 1UA0A 1TUUA 3DRRA 3OYGA 3SQ1A 2FF6A 4AHTA 4DR6K 1RDBA 3VF2A 5LL6Z 1YHQN 4FJLA 3CYMA 1CZ9A 2F4VK 3CCRN 3L3VA 4QCLA 2O8BA 1WAJA 5AQYA 4JI4K 3R1XA 3TARA 4YOVA 3BEXA 1N8RO 1VAZA 1L3TA 3WNHA 1XI1A 3HK2A 4M3RA 3RVCA 4CK2A 2E88A 3ZEUB 1KSPA 3D6RA 1VRTA 1BQMA 1D5AA 2O8DB 1XNQK 3KJVA 2W6KA 2YNHA 1KVCA 1YTUA 4PWDA 5FROA 1ATNA 3CC4N 1ITGA 3D2EA 5GADP 4KHUA 3QEIA 4CZFA 3CJAA 4RTFD 4IJNA 3LDSA 4DQQA 2P9LB 2O8EB 3OHRA 1EETA 3WXJA 1HKCA 3R8EA 1GOCA 4GV9A 2D0AA 1H1VA 1X9MA 3ID6A 4WQ4C 4CEAA 2ZGYA 4CEQA 1WSEA 2E20A 3LWLA 2Z1IA 4AM7A 3M8RA 3SPYA 3SUNA 4BR4A 2HHUA 3MCAB 4M45A 3SK3A 3TSUA 4EP4A 3TSQA 1RTDA 1NGHA 3R6MA 1NU0A 1D9FA 4YHHK 4FL9A 2OA8A 1ILYA 1JLEA 2PZSA 4NYFA 4I9QA 4AHRA 3UKRB 4KI6A 3OYNA 3I33A 1JXBA 3L0QA 4MLEA 2QXFA 2E2OA 4O5FA 3QEXA 4M3WA 4KHNA 4M3ZA 4IJAA 1HNWK 4ID5A 4YNQA 3K5OA 3C95A 5CZ2A 3VTIA 1IJJA 3M1FA 3SQ0A 1L5UA 2ZF5O 1Z26A 3H1QA 4RCHA 4DTSA 3G0ZA 3SPZA 2OZMA 3ZSQA 5LJWA 3G6EN 3WUHA 3J81O 4DSFA 3LALA 1VQ9N 4GKKK 1RBRA 4JI6K 1NJYA 4CEZA 2QWOA 4DR1K 4CW7B 4O0IA 1J5EK 2NLXA 1GLBG 5LMUK 3V9UA 5T7BA 1B9FA 3EKUA 1WB9A 3BF3A 4LH5A 1NGCA 3AA2A 3UB5A 1I94K 3AVAA 3N4QA 2KFZA 3DLKA 3LDPA 4JKEA 3U4LA 2Z1HA 5TKWA 3ENOA 5B8HA 4M42A 3O4NA 4GV6A 4CHQA 4J2DA 2WFBA 5AZIA 5KPTA 1ATRA 5I42A 1N6QA 2OTLN 3GG4A 4JI5K 1TKZA 4HUEA 3Q7BA 1CXUA 3HYFA 4QS8A 3MAQA 3U9ZA 4E7LA 4DR2K 4IWVA 3L2RA 4IDKA 4FW1A 2HBJA 3HP6A 2P1JA 4CF1A 2P9SB 3DM2A 1VQNN 1ASUA 2GUPA 3FE1A 3VQ7A 4BRIA 3CXCM 1C0MA 1MU2A 4B9LA 3VTHA 3AO5A 4YOYA 4XH1A 3ENBA 1BWFO 4DR7K 3VERA 2BGGA 1UWBA 5BPMA 1EO1A 2VGMA 3TTCA 3DXMB 3Q7CA 3SUQA 3CPWM 4BDZA 3OS2A 1NGEA 3H6EA 3VESA 4CGDA 1RTHA 4JD2A 2FBXA 1NGBA 3NH2A 3LPUA 4CEOA 5BR8K 3G4SN 5E26A 1EWQA 2CGJA 4FJHA 4BY9C 5F1XA 4BC2A 3ZSVA 4FCYA 5HP1A 4JS5A 1KD1O 3CC7N 4FJGA 3RMCA 3CI5A 1L3VA 1GLAG 3TPQA 2PYLA 2OANA 4JEPA 4CZJA 2ZM6K 3AA5X 3LM2A 1K73O 1TVRA 2VGNA 1KFSA 4EAHD 3N4PA 4CZIA 3J7AP 2HBKA 2GEMA 3RSEA 4KH5A 4DSKA 4X62K 1XC3A 4AILC 1NK8A 3V1OA 2QWRA 5KGXA 1C1AA 2E1YA 4W5QA 3NH1A 5EU7A 1RTJA 3QLHA 3CMAN 2UXCK 1LWFA 2XY8A 4KFBA 4FLXA 1S1TA 3K57A 1M90O 1MDUB 2X78A 1ASWA 3O1WA 2HF4A 2RN2A 3LP0A 5DK5A 3EN9A 2QWMA 4CJ3A 1CXQA 4BGAA 4FSVA 4GVMA 3PIOL 1UA1A 1X1PA 3LDOA 1ZXOA 4IG0A 3HJFA 3PIPL 2WBNA 4IEEA 3KK3A 3O5BA 1D8YA 3VA0A 4OKKA 3OW2M 4CJKA 3OYAA 5A2QO 4RWTA 4B9UA 2IGIA 5JLFA 4PY5A 3ZX2A 4L3QA 4FJJA 2NRRA 1HX1A 3LP2A 1T6DA 1VSIA 4OPKA 4FJ9A 3BZKA 3OBYA 4FOEA 4B1WB 3HT3A 1XQSC 3MK6A 4IFVA 3KD5E 5FPMA 1FKPA 4CJ4A 4I2PA 4K43A 4JKBA 5AQSA 4E1JA 4F2RA 3DLRA 1OH5A 5C15A 1I39A 4BWJA 4CHPA 1VQ8N 4YY3K 2HBMA 3SNNA 3L2QA 3O3GA 4H5WA 5AZJA 3W3DA 1SKSA 1LW0A 2F9WA 2W41A 4HTLA 3ZSYA 4DV1K 1OH7A 2FBYA 3OY9A 3RWUA 1VRUA 2W42A 5IT9O 4KKOA 5JS1A 3NDKA 4M3XA 2HSTA 3QO9A 1TK0A 1BHLA 4WE1A 4A2BA 4CEFA 5M1PA 1U2VA 4CJWA 4OJRA 4CF2A 2ITMA 3CCUN 1BOTO 1J6ZA 5E84A 1JXEA 2P9NB 2YCHA 3S3OA 1VSJA 5BRFA 3WEEA 3P1GA 4IG3A 1W97L 5AQOA 3VN5A 4BR9A 3VF4A 4C8MA 4BR5A 5CZ1A 1Q9YA 1BI4B 2Z1JA 4BGBA 4X66K 4BC5A 4BQLA 3BF1A 3HPHA 1EWRA 2W6LA 1KLNA 1VSKA 5C24A 5EVZA 4EHUA 3THWA 2P9UB 4CJSA 3U9DA 3M6GA 1YJNN 2NZTA 1LCUA 2QXLA 4FYDA 3AAQA 4MO4A 4E3SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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