2WC4 | Genus

Total Genus 180

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	180
sequence length	443
structure length	443
Chain Sequence	VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKEEDIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	BETA-GLUCOSIDASE A
publication title	Glycosidase Inhibition by Ring-Modified Castanospermine Analogues: Tackling Enzyme Selectivity by Inhibitor Tailoring. pubmed doi rcsb
source organism	Thermotoga maritima
total genus	180
structure length	443
sequence length	443
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2009-03-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2wc4A00

4F9JA 4W84A 3K4DA 1C91A 1MQRA 3W24A 1JZ7A 5CGTA 4AD0A 4AXNA 2UWFA 1KR0A 3BAXA 5IDIA 4MNKA 2WMFA 2BY2A 5CSYA 1CDGA 1UQZA 4EANA 3SCVA 4ZFMA 1QNPA 4DUXA 2RGMA 1LQ0A 3D3AA 3DYOA 4Q7NA 4HTYA 4JHOA 3VDAA 2AOSA 5I6SA 1XSKA 2VJXA 4UQEA 1BYCA 3BAKA 1TVPA 4MNLA 4YPJA 1TCMA 2WLZA 4HPGA 1WAWA 1B90A 1HL9A 4ZXOA 5HDRA 5EMYA 4C7DA 1JYXA 5I77A 4WKAA 1C3FA 1QI5A 4RE4A 3QGVA 1UR2A 1E0XA 4UQDA 4U31A 2VCBA 2WVVA 3WIJA 1JDAA 1GHSA 2WKGA 1CNVA 4MNJA 3VINA 4AD2A 1AQMA 1SR0A 1GZJA 2D2OA 7TAAA 1UH3A 4LX4A 4JFSA 2IUZA 2VMFA 1MW1A 2CYGA 2J7BA 1E5NA 2W61A 1X1NA 4D6CA 3AIRA 1JZ4A 2EJ1A 3G6MA 3CZEA 1PJ9A 3BLKA 2WVVB 4U5KA 2OWCA 1UD8A 4MADA 3L4WA 3K8MA 1J0YA 4B3KA 1JYNA 1DWJM 1GORA 4PEEA 2V3FA 4W87A 2EBNA 5DT5A 2CETA 2W62A 2ZUMA 1E6SM 3SEPA 1EO7A 4J7RA 5A6AA 4PTWA 2VQUA 4AD3A 3CHCA 1O7AA 4LPCA 5I2UA 1UA7A 1UHVA 2ZUVA 2XHYA 5GNZA 4B9YA 2YL9A 2E9LA 4OIFA 3KWXA 1UZ1A 4QLLA 1A47A 4Z2IA 1W9PA 4AZ5A 1B3WA 1FP8A 2E0PA 4WJXA 2EEXA 5FIPA 3IJ8A 4W7UA 2IXVA 1E6QM 3AHZA 1EDTA 3ZJ8A 3VD7A 1FH8A 3WH6A 3JUGA 1ODUA 3MMUA 4PTMA 4L4PA 1BG9A 1R7OA 2UY2A 3AYRA 1VF8A 3VX1A 3EDDA 2GJXB 1M7XA 3VIFA 2E4TA 5FL1A 3L4YA 8A3HA 3IK2A 4XUYA 3AICA 1ISXA 2JF6A 1HVQA 2WC7A 3VGEA 3M46A 2ESCA 3WNNA 2FH8A 2XIBA 2WK2A 2VRKA 3TTYA 1TVNA 4KH2A 4IPLA 2F8QA 2GVYA 1V3IA 2MANA 3BSHA 4PYSA 3HJEA 2WC3A 4P8WA 1WDPA 2VCCA 1R85A 3LPGA 3AQUA 4UFLA 4AEEA 1F4HA 2X8RA 3WBEA 3W29A 1W91A 4KGJA 3WSUA 5HPOA 1GOWA 4A4AA 5AYIA 1HJVA 2WNWA 3DC0A 2DSUA 3ZM8A 4LYQA 1KQYA 2CIPA 2QHAA 1M03A 3UR8A 3VU2A 1UQYA 2XFRA 1JFHA 1MQQA 3UESA 3BSGA 4IISA 1KFWA 4WSKA 3S6TA 3ZR5A 5A6KA 3VO0A 2V3DA 4MTVA 2GJRA 2VRQA 2EPOA 1B3VA 4P8VA 4F79A 5ECUA 1WDQA 4LYPA 1B31A 1JXJA 3ZT5A 3MO4A 2BXYA 4GZJA 3VMPA 1GOIA 3T08A 3T2QA 1XRVA 4AIOA 4IPNB 2VQTA 1WCGA 3VOCA 1W3HA 5CXPA 4HA1A 3WQ6A 1GJWA 1JIBA 3WN6A 5BXTA 3UCQA 3ARUA 2WZEA 3MSDA 1EXPA 1GQJA 3UEQA 2XTKA 3PTMA 1MW2A 2G3MA 1X6LA 2BY0A 2Y4SA 3WMSA 1UKPA 2ZX7A 2PBOA 3T0DA 2G41A 5D9MA 3PBGA 4UFIA 3QHOA 3AS3A 4ATWA 3THDA 5C70A 3FXYA 2PI6A 5A6SA 3THCA 3PZNA 2CBJA 3NIYA 1KGXA 4HZ6A 2W63A 1E71M 1E4LA 4E8DA 1D7FA 4WLCA 4W8AA 3AIQA 5LA0A 3WNMA 5EFFA 1H0IA 5A3HA 1GUVA 2VNCA 3WY1A 3AIEA 3KL0A 5FL0A 2WZHA 3FW6A 1UYQA 1J0KA 2Y24A 2G3NA 1I75A 1QI2A 1B2YA 3WD3A 2E40A 2YLAA 3AHYA 3AXHA 1WZLA 3VNZA 4UTFA 2A3CA 2DSKA 1J18A 1E73M 1WPCA 1CGUA 3CO4A 3E1F1 3W6LA 1IZKA 3T0BA 3UETA 1XCWA 1C8XA 3MMWA 1LG1A 3A4XA 1PX3A 2JF7A 5HOSA 1E6RA 4OBRA 2VURA 1KQZA 3B9EA 3WH5A 3WNOA 1HN1A 2Y5EA 4D6JA 4MNMA 2AAAA 3RIKA 3ZIZA 3A4AA 4ZEPA 1U30A 4J3XA 4RE2A 2DT3A 5FKYA 2VC9A 4BS0A 3MV11 7CGTA 4WF7A 1C7SA 5E9AA 1H4PA 1PX4A 1V0NA 4E2OA 5ABHA 4XZWA 1QW9A 5DEZA 4S3KA 1UH4A 1EQPA 4PMUA 3TTQA 1E43A 4W85A 4HOXA 4D72A 2WHKA 4XX6A 4KGLA 1E55A 4TVDA 3ARWA 4CKQA 2ZUTA 2WPGA 1V0MA 4PTVA 4AD4A 4Z2LA 3F5KA 3B9AA 1DWIM 1GHRA 3W4RA 1GVYA 1OSEA 5CLWA 4OOZA 3GYCA 1CZ1A 1QHPA 2PWHA 3EMCA 2ZICA 1SMDA 4W5UA 2VZUA 1E1EA 1E5JA 3AI0A 2EPKX 3TONA 4CD8A 1BYAA 1UD3A 5IFTA 4XB3A 1JYWA 1UH2A 1VEOA 2V38A 2WM0A 1PIFA 4ACYA 4OJYA 5KEZA 1V03A 5CPSA 1OIMA 2J4GA 1GQIA 3AZTA 3OZOA 5GQBA 4AZBA 1QVBA 5CZKA 2ZX5A 4DWSA 1K9EA 1W9DM 1XHGA 1UR8A 1WZAA 2CXGA 4M82A 2PBGA 3N1AA 5AY7A 3TTOA 1BPLB 1J12A 1H41A 4NI3A 4BA0A 1K9TA 5BXRA 3W6MA 4M81A 3WNPA 2V5DA 1B30A 1PAMA 1ZBVA 3NSNA 3GNPA 4W93A 3VGFA 2V3EA 1CLXA 2DT2A 3SUVA 3GH7A 3LMYA 3CZLA 3A4WA 1E6XM 5EFDA 1BTCA 3WQWA 4DWSB 4MAVA 1E56A 1NWSA 3WFZA 1RH9A 1UR9A 1LL7A 3ZQ9A 1LL4A 1EDQA 3VNYA 3BC9A 4H8HA 3S2CA 1V6XA 2JE8A 2VOTA 1RPKA 1ODZA 3KEHA 4W86A 3QHNA 4NRRA 5ABFA 5DO8A 4GIAA 3ZR6A 1HKMA 2XSBA 5E70A 1FFRA 3WFLA 3ZO9A 3AHVA 2WWDA 3UG4A 4A3HA 4TUFA 4FLQA 1JAEA 2DH3A 2ZXQA 1IZJA 2WKLA 4D6FA 4DUWA 1QI0A 5A2CA 2PWGA 2BVDA 2QMJA 2DT0A 3WF4A 2E9MA 1DWFM 1BF2A 1V3JA 2J62A 3TP4A 4YN5A 2Z1SA 3QOKA 1TA3A 5M5DA 2J75A 2Y8VA 2GK1A 1H1NA 1WO2A 3VMNA 1GOOA 4Z2JA 1SMAA 1W9XA 4J3VA 4V2XA 2JALA 2WCSA 4AISA 3T09A 3MMDA 4CUCA 2WSKA 2DQXA 1ZBKA 1MVYA 3GH4A 3ZJ7A 4UNIA 5HBFA 1W2VA 3L2MA 3VGHA 1VJZA 1U33A 4S3JA 1MW3A 1TA3B 1RD6A 1BGGA 3UG3A 2GK1B 2NSXA 4WK9A 5I23A 1NOWA 4UFMA 4MAZA 1JNEA 2CNCA 4U5IA 3T2OA 5JBDA 4LXFA 1XYZA 1EOMA 4TOQA 2DIJA 3BAJA 5E09A 3AHTA 4AZIA 1NP2A 4HMEA 1KXHA 2X09A 4HMDA 2XM1A 5AC5A 2WMJA 4GI6A 3L4TA 1HF6A 2QPUA 2ZUUA 4F9DA 1BGAA 3BGAA 3DYMA 3K46A 2BS9A 3W27A 4C7FA 3CZ8A 4UQCA 1FHDA 1Q4NX 3L4XA 3MV01 4P7NA 1JZ6A 4FLRA 1C7TA 1TR1A 4OUEA 3PZTA 5DF0A 1UWTA 1QW8A 3RILA 2OSWA 4UOZA 3WDPP 5A8QA 3PTKA 4Z2KA 1WKYA 2VUYA 4HP5A 3MKKA 3WEZA 2VT0A 5JIPA 2XFYA 2BFGA 4QDMA 4JHZA 1CBGA 1A3HA 3RJXA 1JZ3A 4WIWA 5D8WA 4V28A 4R27A 3CBWA 4BQ4A 2XPKA 1E9LA 3CZKA 3ZJ6A 1V3MA 2Q8XA 1UG6A 1CGXA 5M3WA 1GQKA 4UCFA 2VX5A 2EO7A 4BF7A 3WH7A 1OGBA 2WVTA 3OGVA 5I79A 1E6ZA 4H8VA 1E4MM 5DMYA 3VD3A 3VGDA 3GH5A 3KE0A 4AZ6A 1UD5A 4AY1A 1OWQA 3AMLA 1JFXA 1ESWA 1GVIA 4M80A 4IM4A 1G5AA 1JDCA 1GOMA 3WD4A 4WSJA 1V08A 2PWEA 3CHEA 5BRQA 1R8LA 1PZ2A 4H04A 3AHXA 4E4PA 4UFHA 3K4AA 3TA9A 5LA1A 4ZE5A 1K9FA 3FHQA 4NF7A 2DGAA 2E3ZA 3ZSTA 1TZ7A 4M24A 3SCUA 1EIBA 1MYRA 1W32A 3FN9A 2D0HA 2BVYA 3ARYA 1KXTA 2Y8KA 3SCTA 1DWAM 3D5HA 1VBUA 1LLOA 1UR1A 1ZJAA 3FAWA 2O9RA 4TVUA 4URIA 2PWFA 3CHFA 2A3EA 1J9YA 3HN3A 3BCDA 3AFBA 4GO8A 4UR9A 4QCFA 3WBAA 2XSAA 3K8LA 1DHKA 3PZ9A 1UKTA 1J01A 3KZSA 1EA9C 4W88A 2WVUA 2OLHA 2GDUA 2D24A 3WL0A 4UQBA 2D3NA 1KCKA 1PIGA 3WUEA 5CQ1A 3OLEA 3GM8A 1FHLA 4P7RA 4J3TA 4JFWA 1Z32X 3GNRA 1JD7A 1Q6FA 2VR4A 1HJUA 2YDQA 3N17A 3GBDA 4NZCA 4PCTA 2CKRA 1VEPA 2ZWZA 4FLSA 3WD1A 1ITXA 2BHUA 5ABEA 3LPFA 2J7DA 4FLOA 1EQCA 1HJXA 2CBIA 5JUVA 1QNOA 3VDBA 3AOFA 4PUEA 4JFUA 4CCEA 4D1JA 3KL3A 1UKOA 1OB0A 2B31A 2J8FA 1XH2A 1FH7A 2HISA 1R87A 3WQVA 5LA2A 2GJPA 1QNQA 4CU6A 4GO9A 1LL6A 4H8UA 4K68A 1US2A 3AROA 2D20A 4ZENA 1I1WA 1SFSA 2VZSA 3CHDA 2DSVA 2CBUA 5A8NA 4GZEA 1XH1A 1M01A 2GUYA 3ARTA 1FP9A 1GONA 1VAHA 3WMCA 3CTTA 2ZUWA 1RP8A 1UR0A 4JZ5A 3T0AA 4JKMA 4HA3A 3W28A 3W82A 1ZBCA 1HNYA 4AZHA 1BFNA 1N82A 1V6YA 4U3AA 1MWOA 4GINA 2XM2A 5JBFA 3MUAA 3POHA 1V3KA 4PMQA 2FDMA 3W53A 5FCZA 3QOMA 1B3ZA 4CU8A 4PN2A 2X05A 4ML4A 4PMNA 4F66A 9CGTA 3K8KA 2JEQA 5GNYA 1GJUA 3VD4A 2PC8A 1W9VA 4C7GA 2F2HA 4W7WA 3T2PA 1EHNA 3UERA 2XWDA 3AJ7A 4JIEA 3ZMRA 2O9TA 2WCAA 5BXSA 4L4OA 3RM4A 2YLLA 4J3SA 1JNDA 1HL8A 4U2YA 2RGLA 1PPIA 2QMKA 1DWHM 1NWRA 1PEZA 2FHCA 1H3GA 1GOKA 4CN4A 1W3KA 1YQ2A 4AEFA 3QHMA 4UOQA 3VM7A 1OIFA 4Y7EA 2WXDM 2WB5A 2FHBA 5A95A 3VM5A 2UY5A 3IAPA 1CENA 1M53A 2EPLX 5DT7A 3WD2A 3EMZA 2WBGA 1QBAA 4D6IA 1IT0A 2VVNA 2WSPA 4ATLA 1QI4A 4MPKA 2XVGA 3PZGA 1BYBA 5EBAA 2BHZA 1V3HA 5CLTA 2ZXDA 5CPQA 2VI0A 3GTNA 1H5VA 4WKHA 1HJWA 1OM0A 1UD4A 3PZVA 4P7LA 3SCQA 7A3HA 3WQ4A 1E4IA 1DP0A 2G3JA 3EYPA 1E0VA 3K1DA 2YBUA 2YKKA 1V0KA 5A6BD 4KMQA 5A1AA 3N9KA 3PZMA 3PN8A 4W7VA 2UY3A 3U7BA 5E0CA 3OA5A 1ZU8A 5A94A 2A3BA 4D6GA 4GPNA 3WELA 3ALFA 4BZYA 1MFUA 5JIWA 1C92A 2CBVA 5A69A 4PBGA 5IHSA 3CLWA 2GSJA 4W8LA 2D1ZA 1UUQA 3IAQA 4BQ3A 1AQHA 3ZT7A 3NDYA 1VBRA 3NYDA 2BVTA 5M17A 4CD5A 3WEOA 4PSRA 1OGSA 5FOOA 1KBBA 2VZOA 6CGTA 3MUIA 1HJSA 1BVNP 1VRXA 3TOPA 2Z1KA 4CD6A 1G0CA 3ARXA 4CD4A 3MANA 5IXEA 5D4YA 3AMCA 1UWIA 2W92A 3W26A 1EDGA 5HXMA 4DM1A 5BWFA 3WDRA 3BXWA 1OGGA 4GXPA 3SURA 5A6LA 4FMVA 1CXFA 3WDQA 1DEDA 4KRUA 4AMCA 2XGBA 5M03A 6TAAA 2YJQA 5F7UA 1AQ0A 4GI9A 1ZB5A 2VX7A 4EKJA 1KB3A 1NWUA 3G6LA 6A3HA 3ZT6A 1CPUA 3OGSA 3AZSA 3BAWA 3W38A 5A8PA 4BQ2A 3CZGA 4MB5A 2CKSA 3WD0A 2XVPA 5EB8A 1UKSA 4P7OA 1E70M 2QPSA 1IV8A 3A3HA 3CZJA 3RM9A 2WHMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3N12 A;  3L4V A;  1MQP A;  4P7Q A;  1TE1 A;  4YHE A;  2ZUS A;  4HOW A;  1VFO A;  3ARP A;  4OOU A;  3NCO A;  1M04 A;  4JFV A;  4M1R A;  1XGZ A;  2VL4 A;  5I78 A;  1KWK A;  3B9D A;  1CLV A;  1MFV A;  3L4Z A;  4CN1 A;  2FGZ A;  3GXD A;  4LGX A;  3CUJ A;  3CH9 A;  3CMG A;  3PZO A;  4PMZ A;  1DTU A;  4QLK A;  1VJS A;  1CWY A;  5AYB A;  1JD9 A;  1G94 A;  2VZV A;  3VKK A;  1OT2 A;  8CGT A;  1OD8 A;  3CUI A;  3ARV A;  2CCR A;  2J7F A;  3BCF A;  3DHP A;  2DDX A;  2DIE A;  1VIW A;  4OKD A;  1B1Y A;  1QNS A;  3AIV A;  1HVX A;  1VFU A;  3VIG A;  4MJ4 A;  3SUU A;  4AYS A;  3RM8 A;  2YIH A;  4UZS A;  2CIT A;  2VR5 A;  1J0H A;  2EPN A;  3W81 A;  4F8X A;  1FA2 A;  2WCG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2WC4A

Total Genus

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