2WMIB

Crystal structure of the catalytic module of a family 98 glycoside hydrolase from streptococcus pneumoniae sp3-bs71 in complex with the a-trisaccharide blood group antigen.
Total Genus 212
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
212
sequence length
582
structure length
571
Chain Sequence
VDKRREINNEHPLLMMPLYANGEEFNQGKYTFWGGDTLTGKWENIPDDLKPYTVIQLHPDDLPKRDGAARDFYEHMLEEAAKYVNPKTGKNEPIPVILTVYTAGNMPYYTSAHWLSTSWIDKMYQKYPNLHGIFSTENYWIWANDIENKAADYLKVSAKNGGYFIWAEQNNGSAIEKAFGKNGKIAFQKSVDKYWKNLIFMFKNTPAAEGNDSTTESYMKGLWLSNHTYQWGGLMDTWKWYETGKWKLFASGNIGKSQGDRQWLTEPESMLGEEALGVYLNGGVVYNFEHPAYTYGVNNKESLLFSEVIKEFFRYVIAHPAPSKSKVLEDTKVFIHGDYSNKGNGKFFVNVNTDREQTPLYMTGRYNVIPAIPGVLKTIQIKEITSPEFSSTQARKEYLNKLYPMNYEGDIFAQKLDNRWFVYNYKVNENVKQTGKLKFNSLEMNVEFEPHTYGIFERISNGLKVNLNNFRTNKDSLWSNAQDANQAKKLPQLTKKGAIKWIEEHYIKDTQFGEKRVTKIVLRGIDKLPTIHSLSGTNNSYDQPSLNFDQKNHMVTITINSNGNLEFELHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords FUCOLECTIN-RELATED PROTEIN
publication title Differential Recognition and Hydrolysis of Host Carbohydrate-Antigens by Streptococcus Pneumoniae Family 98 Glycoside Hydrolases.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 212
structure length 571
sequence length 582
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.220.10 Mainly Beta Sandwich Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal 2wmiB03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2wmiB01
3.30.2330.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich arginine biosynthesis bifunctional protein fold family 98 glycoside hydrolase 2wmiB02
5CPSA 2Y2WA 5M17A 1PX4A 5IXEA 2G3NA 1RPKA 2WBKA 1GW1A 2D2OA 3SUSA 4ZFMA 1XV8A 3LPFA 5HPCA 2WKLA 1FFQA 2V3EA 4IPNB 1ZB5A 1TZ7A 3ALFA 1OGGA 5D8ZA 3OBAA 2VR4A 3IAQA 2XSAA 1UD6A 3BH4A 3PZOA 2DT1A 4D72A 4UQDA 3AZRA 3MSDA 4JIEA 4PRWA 4AIEA 4CCDA 2EXOA 3CZ8A 4WKHA 5TD4A 1R7OA 3GTNA 5A6JA 3ZT5A 1UKTA 2WMIA 4GZIA 2J25A 2V38A 1EGZA 1V6UA 2A3HA 4OKDA 3MS8A 4UOZA 5HXMA 3ZM8A 5A8PA 4H8UA 3L4UA 1V02E 5DEZA 4F8XA 3CLWA 4JHZA 3VPLA 2D1ZA 1TUXA 1NOFA 3CUFA 2X0YA 1GOIA 1OIFA 3ARSA 3MMDA 2VL4A 3ZMRA 2X8RA 1E4MM 1TA3A 1FA2A 1C3FA 1WB0A 4WSKA 2BNJA 1N7RA 2FGZA 2PWFA 3WD4A 4WJXA 3WDRA 2CITA 2E3ZA 4AC1X 4WKAA 3ARZA 3WQ5A 2VVSA 1J0KA 1DWHM 4E2OA 5CG0A 3AMCA 1QNOA 5I0DA 2VQTA 1E3ZA 2YDSA 1PZ3A 4HPGA 4S3KA 1BAGA 1FH7A 3W0KA 1QNPA 1V3MA 3ECQA 2AMGA 1D2KA 1KQYA 1B30A 4LYPA 1ISZA 4IM4A 4AD5A 5A8QA 1GVIA 3WMCA 4P8XA 1CXIA 2PB1A 1EH9A 1MQRA 2XPKA 1WP6A 2ZX5A 5A3HA 3T0DA 1B90A 3OLIA 3GXMA 2GFTA 4YHGA 1W3KA 2UWFA 1C91A 2XVGA 3EDJA 3KE0A 1JGIA 3VMNA 4CUCA 1B31A 2J78A 3OLDA 4AD3A 2D3LA 2CCRA 4AD2A 3VMPA 1HM2A 2VZSA 4XX6A 2YL6A 1ZL1A 3N17A 3W37A 1VBRA 3FAWA 1QNRA 3U7BA 2D0HA 1E15A 1R85A 2WHKA 1B3ZA 3PBGA 1QW9A 1W1YA 5EFFA 4MAVA 4GXPA 5ABFA 4AZCB 1K6AA 2ZWZA 4MAZA 1TG7A 3MU7A 2QMKA 3ALGA 3AXIA 3MUY1 3PZ9A 3K8MA 1JYNA 3MKKA 4GI9A 5AYIA 2X05A 2XVPA 4KWUA 4W7VA 5EBAA 2GUYA 5D9OA 4KRTA 3QOKA 2C0HA 4NRRA 4Q7NA 1CGXA 5I79A 2Z1SA 5I24A 1W91A 4GZJA 2G3JA 3AHVA 2GJPA 2VNCA 2NT1A 4P8VA 3RMEA 3GNOA 2XWDA 3VD5A 3WH8A 1W32A 1UQZA 4Z2IA 2QPUA 5C70A 5DFAA 1UR4A 1JG9A 2V5CA 3A6OA 3ARTA 1HJWA 3RJYA 1GHRA 3I3DA 2FH6A 2EPKX 4U2ZA 4DUWA 4UQAA 4UOJA 4M29A 4D6CA 2WCGA 3NCOA 3AQUA 5BRPA 3EMQA 3K4DA 3OZOA 3CZEA 5DT7A 1NOUA 1VB9A 2J7DA 3WDPP 4AD4A 2ZX8A 4M82A 3BSHA 3WF0A 1R86A 4MDPA 3A3HA 4W88A 2DDXA 2J79A 3DHUA 4CD5A 1TFVA 3GM8A 4H41A 2FHFA 4OBSA 1KB3A 5KEZA 1W3HA 2XFYA 3BLPX 1UZ4A 1QHOA 4XZBA 1EDGA 1VFUA 2RGMA 3B8SA 5E6ZA 2JEQA 2E8YA 2OYMA 2ZUVA 1TE1A 1W9UA 4W7UA 1E5NA 1HJQA 2DSKA 4AZGA 4JFWA 2OYKA 2CBUA 3A4WA 2J47A 1V08A 2VCAA 3ZQ9A 3VIKA 3NYDA 1KBKA 3VGHA 4UNIA 2WZIA 3WF1A 5CLTA 1PIGA 1QBAA 5BXRA 4L4OA 1I1XA 3GH4A 3RM4A 3AIVA 3GBEA 4MNLA 3AISA 4NF7A 3GXFA 5HDRA 4AY1A 1DWIM 4CN1A 2WW5A 2XWEA 1FFRA 3QHMA 4TX6A 1OIMA 3OA5A 1CGUA 2WC4A 3GYCA 5I78A 1VEMA 5E70A 3WH7A 3AMGA 4EKJA 1DWFM 3WDHA 5CJ5A 4A3HA 5A6BD 1VIWA 1DWAM 1VJZA 4PMOA 1LWHA 2XVNA 2XSBA 3L4VA 3TP4A 3WQ8A 3GZAA 1QPKA 4JKKA 1RH9A 3SUUA 3WFZA 3WMBA 4MB4A 5M03A 1E3XA 4QLJA 2VR5A 4H8HA 3VIMA 2CXGA 3ZOAA 1HT6A 1AVAA 3W6MA 3VGEA 3BCDA 1ESWA 1JDAA 2EQDA 3AIEA 2Q8XA 1UZ1A 6CGTA 3VIPA 3UEQA 2DEPA 1CXFA 2JFEX 4PCSA 4JL2A 3B9EA 1GOQA 3L4ZA 1HP5A 4HP5A 4GIAA 2WVTA 4HOZA 2OWWA 1WO2A 2WMIB 4URIA 2JEPA 3GDBA 1GQKA 2F8QA 5D4YA 2J8FA 3W6LA 3EDDA 4NI3A 5E6YA 2ZUUA 5EMYA 2CERA 4OOUA 1UA7A 2CPUA 2WZEA 3NSXA 4HZ6A 4E4PA 3CZGA 5BXTA 1EOMA 1GQLA 3VIIA 3VOCA 5LA1A 3ARUA 1UKPA 4W8LA 1JZ8A 3W53A 3WUFA 2VT0A 3PZNA 3KL3A 4IISA 5ECUA 3KL5A 2D24A 2CBJA 1KGXA 4AIOA 2V3FA 1KFWA 1V0KA 3WNNA 1TA3B 5A95A 1CZ1A 2W4XA 1WAWA 2BHZA 1R8LA 4CCCA 1K9TA 4AZ7A 3WKZA 2OWXA 5HNNA 1M04A 4M56A 3O2LA 2WHJA 1QHZA 4JFVA 2A3CA 1HN0A 1QNQA 2YDRA 4UQ9A 1DWGM 1E6ZA 3SUVA 4ACYA 1N7PA 1M03A 4HU8A 3WQWA 3E1F1 1JF6A 3CBWA 3PZIA 1ODUA 5A6MA 1XCXA 4PBGA 1G5AA 2ZX7A 3W81A 4AZBA 2W61A 4ATWA 1KWKA 3TTYA 3OB8A 2HVMA 3SCQA 5HOSA 1CYGA 5ABGA 3CO4A 1UH3A 3RPMA 2DQXA 3AMDA 1BGGA 1AMYA 1GHSA 1JFHA 1E6QM 2PBGA 2WMKA 1BVNP 4QAWA 2BVDA 3CZLA 2CIPA 3FXYA 4PN2A 3ZSTA 1SMDA 3THCA 2WWDA 3MMWA 3OIHA 1B2YA 4GO9A 1PJ9A 2E4TA 1JNDA 1V3LA 5C71A 2XM2A 2G4FA 4J3WA 3W28A 1C82A 3FW6A 4YPJA 1U2YA 3ZR6A 1JXJA 2XJ7A 4PMRA 3WNPA 1G94A 4AW7A 2DIJA 2WWCA 4JHOA 1Q6DA 3VD7A 1EGUA 3VX1A 4D6EA 1KGWA 4CU6A 3WNOA 1PX8A 1H11A 1UWQA 1E0WA 5GQBA 4CVUA 4Z2GA 2Y4SA 1KQZA 4FLSA 3BXWA 3GH7A 4PYSA 3G6MA 4PSPA 1U30A 3WNKA 5ABFB 3NSNA 4F9DA 4N42A 1E70M 1NWTA 3BSGA 5I3DA 1XD1A 2VOTA 4UOQA 3AXHA 3JUGA 1EIBA 4H2CA 1LG2A 5IFPA 1HM3A 5GPRA 4TTGA 1B3YA 1EQPA 3EDEA 4JCMA 1C92A 1G1YA 3DC0A 1BQCA 3GXDA 4RE4A 2PWDA 4JFTA 3NIYA 1L0PA 1J0HA 1UWRA 3PZGA 3THDA 4JZ5A 4MPKA 1CXLA 4J3TA 2V5DA 4D6HA 4JAWA 1V02A 3VIOA 4H04A 4YHEA 3WQVA 2EO7A 1XSIA 4P8WA 1K9DA 1J0IA 4GZEA 1I75A 1JF5A 1LLOA 2BV9A 3I3BA 1ODZA 1CXKA 1U33A 3WH6A 2F61A 4F9JA 4CD7A 3EYPA 4B16A 1NWSA 1Q6GA 3VIFA 1SMAA 3UETA 3ZT6A 1E6PA 5JIWA 3L2MA 1BYAA 2WK2A 1TMQA 3IJ9A 1KBBA 1MFUA 4RL3A 3PTKA 3A4AA 1VJSA 1B9ZA 1VBUA 1W1PA 3AYRA 2PWHA 4PUEA 5DO8A 2VX4A 3IK2A 3TTSA 2E9BA 4MADA 4J3XA 2WPGA 3BAIA 4RE3A 3FHAA 2VRKA 4AZ6A 5A8OA 1W9BM 1NWRA 3WDIA 3VNYA 3AIUA 5ABHA 1MWOA 3TONA 1UG6A 3VKKA 4GINA 1B1YA 2WM0A 1ISWA 1V6WA 1EA9C 4HMCA 4J3UA 3ZJ6A 3U5YA 4CVWA 2WLYA 2YLAA 2WB5A 3VDCA 2W66A 3AXXA 2EPNA 1FOBA 1OBAA 2D0FA 2WC3A 2W63A 5CSYA 1J11A 2BY0A 3W27A 3FN9A 5FIPA 4UFHA 4J28A 1UKQA 2WVSA 1GOWA 1UWUA 1DP0A 2XIIA 3W82A 4Q22A 4W84A 4B9YA 1WKYA 5DMYA 1LOHA 4QLKA 3T0BA 4HZ7A 3ZJ7A 1OD8A 4CN4A 3QHNA 5A1AA 2CNCA 4PUDA 1HVQA 1HKKA 5AC5A 1H09A 4XUYA 1CGWA 4MNJA 2WBGA 1MW0A 2NSXA 9CGTA 2DSWA 4DM2A 1JD7A 1PEZA 1DEDA 5JBEA 1WNOA 1RWFA 1E43A 1E56A 1E6RA 4V2XA 4QP0A 3W25A 3WDJA 1V3HA 3WELA 1J01A 3T08A 1QI4A 1L8NA 2WHMA 2E9LA 1B3WA 3MUZ1 3IANA 3WFLA 3HMCA 2UY2A 5LA2A 4AXNA 5CPQA 3AS3A 4HA4A 1CLXA 1I8QA 2A3EA 3ZR5A 2WSPA 1BTCA 3LPOA 1H2JA 5FOOA 1MW1A 3SURA 1B3VA 3SIMA 1X1IA 2WAGA 2VI0A 2Q1FA 3VDHA 3W26A 4X0VA 4PMUA 4KRUA 4DWSA 3K46A 4YN5A 4ML4A 6TAAA 2XYLA 4M80A 1SYTA 4GPNA 2E24A 1C90A 1H5VA 3MANA 1OB0A 4X9YA 5FCZA 1Q6EA 1OSEA 2JALA 1ZJBA 5AY7A 3T0AA 1DTUA 5I6SA 3W24A 2FHBA 3VIJA 4HTYA 1CECA 1ECEA 1HJVA 5I23A 1BF2A 1CXHA 3L4WA 1TCMA 2X0HA 3SUTA 2BHUA 5KZ6A 1W9VA 2G3MA 1RW9A 2WVUA 5I2UA 1PBGA 1HKIA 4KGLA 4MB5A 3VINA 4CN6A 1DHKA 1JYXA 2RGLA 4D6JA 2IXVA 1UD4A 1MXDA 2JF7A 3F5JA 1NWUA 1OJMA 3ARRA 2BFGA 2ZUTA 3G6LA 2PC8A 3FAXA 3D5HA 2J75A 4MNMA 2ZX6A 4P7LA 3GNPA 1LJYA 1GONA 4GQQA 2ZIDA 4QCEA 1EO5A 4DM1A 3VILA 2F2HA 3NDYA 2YBTA 4BA0A 3ZSSA 2OSXA 3TTOA 1TVNA 4RE2A 1OT1A 4P7RA 4FF5A 4NRSA 4TX8A 3OGVA 1UD2A 1US2A 1X6NA 3AS1A 4IUGA 2XUCA 5DF0A 4PMYA 3M46A 3WNMA 4ATDA 1JZ6A 3VD3A 1NM9A 1LXMA 3ARXA 4D6FA 1NP0A 3GH5A 4BQ3A 2UY3A 4WF7A 1ZS2A 1PZ2A 1H49A 2VZUA 4JKMA 1XH1A 4F79A 1BSIA 1ZJAA 1WZLA 1O7AA 2NW0A 2XVLA 3ARQA 2VX7A 1ISXA 1C93A 2WMGA 1DWJM 2DT2A 2ZX9A 1PIFA 4UFMA 3ARWA 1A3HA 4PMXA 3BAKA 1HF6A 2ZXBA 4UFKA 3WF4A 3WUGA 3MV01 5FL1A 4A3YA 1CPUA 3WQ4A 1KR0A 3APGA 4W5UA 4P7QA 3PZUA 2BXZA 3W29A 1F4AA 1LQ0A 3ZO9A 2EEXA 3AMKA 3S6TA 4QLLA 1I1WA 1UD8A 4W89A 1HKMA 2ZWYA 1FH8A 3B9DA 4M81A 4UZUA 1JNEA 1C7TA 5A6KA 1CGTA 5A6SA 4W85A 1P6WA 3AIQA 1UR2A 2WKGA 2ZUWA 1MXGA 2VZVA 2DSVA 4E8CA 4J27A 4GKLA 4GO8A 3WBAA 2E40A 1HNYA 1W3JA 3KWXA 4AMCA 1Q6CA 3GBDA 4J3SA 4CD6A 3VTRA 2O9OA 3WUBA 1JYWA 2X09A 2C8NA 4PTXA 1OCQA 2FHCA 4TOQA 3SCOA 1VF8A 3AI0A 3RM9A 4BQ4A 1JYVA 1HMWA 1E6XM 2J8GA 4HA3A 1MW3A 3WL0A 7TAAA 3AIWA 1GZJA 4AYSA 3VDBA 3VGFA 3BAXA 3N12A 5IHSA 1UD3A 1H4PA 1HVXA 2VRQA 3VGDA 2FGLA 1HL8A 5A2AA 4B15A 1MW2A 1LXKA 3O6AA 1XRVA 3QGVA 3T2PA 4AZHA 4QDMA 1CENA 1G01A 2ZXQA 4FLRA 4OZOA 5CZKA 2E22A 3BLKA 1BYDA 2GSJA 3VDAA 1VFOA 4WKFA 1MQPA 2CYGA 3CPUA 1CGVA 1J0MA 4XB3A 3WD1A 5F7UA 1UKSA 4Y7EA 4OOZA 2VC9A 1CXEA 4AD1A 3AROA 5CPTA 4D1JA 2J7HA 2QF8A 3EDKA 3A47A 1ISYA 1KXHA 3N13A 5IHRA 1CGYA 4A4AA 5A2BA 1JZ7A 2X03A 1JFXA 2WNWA 3AIBA 4UFIA 4PTWA 1JI1A 2J7BA 1OINA 1QOXA 3F5LA 1E72M 8A3HA 5JIPA 3UESA 1JD9A 7CGTA 2XM1A 4UR9A 3PTMA 4QFUA 5E0CA 3BC9A 4PCTA 1BHGA 3GNRA 3S2CA 2XIBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5CPS A;  2Y2W A;  5M17 A;  1PX4 A;  5IXE A;  2G3N A;  1RPK A;  2WBK A;  1GW1 A;  2D2O A;  3SUS A;  4ZFM A;  1XV8 A;  3LPF A;  5HPC A;  2WKL A;  1FFQ A;  2V3E A;  4IPN B;  1ZB5 A;  1TZ7 A;  3ALF A;  1OGG A;  5D8Z A;  3OBA A;  2VR4 A;  3IAQ A;  2XSA A;  1UD6 A;  3BH4 A;  3PZO A;  2DT1 A;  4D72 A;  4UQD A;  3AZR A;  3MSD A;  4JIE A;  4PRW A;  4AIE A;  4CCD A;  2EXO A;  3CZ8 A;  4WKH A;  5TD4 A;  1R7O A;  3GTN A;  5A6J A;  3ZT5 A;  1UKT A;  2WMI A;  4GZI A;  2J25 A;  2V38 A;  1EGZ A;  1V6U A;  2A3H A;  4OKD A;  3MS8 A;  4UOZ A;  5HXM A;  3ZM8 A;  5A8P A;  4H8U A;  3L4U A;  1V02 E;  5DEZ A;  4F8X A;  3CLW A;  4JHZ A;  3VPL A;  2D1Z A;  1TUX A;  1NOF A;  3CUF A;  2X0Y A;  1GOI A;  1OIF A;  3ARS A;  3MMD A;  2VL4 A;  3ZMR A;  2X8R A;  1E4M M;  1TA3 A;  1FA2 A;  1C3F A;  1WB0 A;  4WSK A;  2BNJ A;  1N7R A;  2FGZ A;  2PWF A;  3WD4 A;  4WJX A;  3WDR A;  2CIT A;  2E3Z A;  4AC1 X;  4WKA A;  3ARZ A;  3WQ5 A;  2VVS A;  1J0K A;  1DWH M;  4E2O A;  5CG0 A;  3AMC A;  1QNO A;  5I0D A;  2VQT A;  1E3Z A;  2YDS A; 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