2WNZ | Genus

Total Genus 120

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	120
sequence length	302
structure length	300
Chain Sequence	HHHHHHATNLRGVAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDNIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQERG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
publication title	Structural Insights Into Substrate Specificity in Variants of N-Acetylneuraminic Acid Lyase Produced by Directed Evolution. pubmed doi rcsb
source organism	Escherichia coli
total genus	120
structure length	300
sequence length	302
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2009-07-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2wnzA00

5DLCA 4HNVA 2GQ8A 3NXFA 3GDKA 5EL1A 3NQMA 3TR2A 2O7SA 3TAOA 1QCWA 2VEMA 1TTPA 1I2OA 3L67A 4ORMA 2DU2A 4K7VA 5D2XA 1H7OA 1W5OA 3G1DA 5DN1A 4M7TA 1QPQA 1ZY9A 3QFEA 1TTJA 5E0KA 2R91A 1JQXA 4FEZA 1EUAA 3MP5A 4O11A 4DO5A 5ABTA 4UTTA 4FNSA 3W7DA 1SW0A 3TSDA 3W86A 3GYEA 3VI2A 3O1NA 2PRLA 4DXVA 3IEBA 1XCFA 1WA3A 1BKSA 2C15A 1OFOA 3TA6A 2FPYA 3SECA 3NM3A 3W7KA 1JUBA 1FDZA 1V5XA 2J6XA 3P74A 4M19A 1Q6QA 4MY1A 5DCEA 4ZQOA 1VRDA 3S42A 2E5BA 2YX0A 3JRKA 1MEHA 4QQ3A 3BG5A 5BMXA 5D04C 1VLWA 4P61A 5HULA 3MUXA 2TPSA 3KVMA 1V7YA 3TFCA 3CT7A 3E12A 4MKNA 3NQVA 3TMQA 2X1UA 2NXIA 2FB3A 5CZTA 4DF1A 3GDMA 2H3DA 2ZZ3A 5U7SA 2E09A 3UZJA 3W83A 2C1HA 3YPIA 1FCUA 5DXXA 1TTIA 1TPFA 1I4NA 4LT9A 1XUZA 4G1KA 4S2BA 3C8FA 2QAFA 2IQTA 2ZRVA 3T78A 3TXZA 3MI2A 3O8AA 4EF9A 4I7WA 3O15A 4ADSA 3W88A 4TIMA 3QSRA 4GUHA 4AWSA 2QDHA 3QW4B 1H7WA 1TIMA 1LCOA 2EGZA 2PC4A 1YLVA 3EX1A 2CZEA 3BLEA 2Y70A 1LLWA 5AB3A 4YLWA 1P5BA 5D2YA 4AH7A 3NYZA 2W79A 4E38A 4GUIA 1QWGA 1W3TA 4GNJA 2Q3OA 4OU1A 3S8HA 3UYCA 1WXJA 3EWUA 3TKFA 2XFWA 3TV8A 1F7BA 1N8FA 2E6AA 3VCRA 3ATYA 4JTUA 2V30A 4E0CA 4K39A 2E6FA 2Q8ZA 3RNDA 2O7QA 4BI7A 1AW2A 1GVRA 1PHWA 3P81A 1TQJA 1SO6A 4WOZA 1RQBA 4CNPA 3O05A 2EKCA 2V0TA 4ICNA 1XL9A 3LOTA 4K38A 3RF9A 5LGZA 1HTIA 2Z2UA 4IWWA 4UFHA 2Y89A 1GWJA 3L5AA 1W56A 5CZSA 1AG1O 3GDRA 4FNPA 2AQWA 2WOQA 3LCHA 3TE9A 1QR7A 1H1ZA 4A2RA 4AVFA 4UCGA 1PCWA 4M6VA 1O94A 3SI9A 2E6DA 4MOZA 4RXGA 1EEPA 1HFBA 5HR7A 3NPXA 2Y63A 1G6CA 1X6UA 2QEZA 5DELA 1XM3A 3SGUA 1F6KA 3DFOA 3GAYA 2CW6A 3O63A 1SFLA 4PTNA 3BARA 4MYXA 1FX6A 3R5EA 5FI8A 3W7NA 3NPUA 3LM7A 1F5ZA 1KM3A 5FESA 2CZ5A 2J88A 3MP4A 3NQ6A 2GVGA 2RKXA 1KBIA 1ZAIA 3SGZA 2Y61A 3QF0A 2A7NA 2YPIA 5U4NA 1TV7A 4LVDA 3LBMA 3S0CA 5KINA 2J27A 3KFTA 4IOTA 1OFPA 3PM6A 4IXHA 4GFSA 1KM5A 2Z6IA 1K7FA 2QCCA 1F76A 2J9YA 2VFEA 2BWGA 4O17A 2TSYA 3S5OA 1XC4A 2NWSA 2DZSA 1IIHA 4MLRA 4JYEA 2F7FA 2J9XA 3PSWA 2A1YA 1G7VA 3NEVA 2H8ZA 1A53A 4Y90A 1GVQA 5I3GA 1SZFA 3IIXA 5LNSA 2TRSA 1VLIA 3IVSA 3VKJA 5AN7A 1G4TA 4NZJA 1ZHAA 5D2WA 3EX4A 2CZFA 1MEWA 5LNWA 3HBLA 1H7XA 3MO7A 4TR9A 3O06A 3UWWA 3PVFA 3BO9A 1HO1A 5C54A 2QR6A 4M6PA 2B4GA 4RR4A 5F4WA 2H8XA 4GWEA 1W5QA 4O1CA 3KRZA 1N7KA 3T55A 1KM4A 4A3UA 5LNRA 3NL3A 1DORA 3W1TA 4ADTA 1VHCA 1X1ZA 1ICQA 2YYTA 4XTIA 1GEQA 3TSBA 2FB2A 2HTMA 4UMCA 1R30A 5I3FA 4L4LA 4NXSA 3LXCA 1NFBA 3N34A 2VEIA 3G1VA 3SSJA 2NWRA 3PG8A 5EMUA 3LHYA 4A29A 5L6UA 2NV2A 4WY0F 4UTIA 1DKWA 4Q4KA 3KOFA 1W0MA 3Q58A 2DZWA 4LVAA 4UTHA 1QAPA 3GNNA 5F2GA 5G2WA 3R2GA 3M1ZA 2V8ZA 3NNTA 1LBFA 3S1WA 4IQLA 3BVJA 2Y62A 4U28A 1SU5A 3DAQA 3W7IA 3S9YA 2LLEA 3UWVA 4R53A 4PL1A 4JXCA 3C0JA 3KXQA 3L0GA 2A21A 4BFAA 1NAL1 1U83A 3IVTA 3AO0A 3TDFA 2P0OA 4KWVA 1KBJA 5DBUA 1KFLA 3UZ5A 4LRTA 2DZVA 5EPDA 2RDUA 1QO5A 4MY9A 2R94A 3N2XA 3GR7A 1HO4A 1ME9A 2B0MA 4UTMA 1ZFJA 3TC7A 1EP3A 2V5BA 4O0KA 2Q8LA 1OX4A 2PCQA 4WXZA 1DQXA 3OG3A 1EIXA 3NAVA 3PULA 5HQEA 5CSRA 1G69A 6ALDA 5G4WA 2GJLA 5HWJA 2BTMA 3W1UA 4KWWA 4JX5A 4JTTA 3EWBX 3LCLA 1ALDA 3C4UA 3W1XA 1YXYA 2QDGA 4HPJA 4Z0SA 1VS1A 4PC8A 3ZWTA 2CLLA 4C1KA 1OABA 3P82A 2BZNA 2Y7FA 3W6YA 4MFDA 1SFJA 4IPJA 3TQVA 2GPTA 1PL9A 1ZCOA 1WDWA 5EKYA 2FPTA 4LU0A 4O50A 4QNEA 3ATZA 1SZGA 4N2YA 3EX3A 5G2HA 4QJ1A 3GAKA 2ZBTA 2YGYA 1LZOA 3T44A 2JKAA 5D02A 1XXXA 1FDJA 4NJGA 3M43A 1LRTA 2WV8A 4H4IA 3W2LA 3UXAA 2FQIA 2E5CA 2VEPA 4LRSA 3W2MA 4M7SA 1RR2A 1QNVA 5K7JA 3S5ZA 2QCFA 2C14A 3G24A 3VE9A 2C3ZA 2GUUA 2B7QA 2ABBA 1WBHA 4IMDA 5DCDA 5G4EA 1RPXA 4FXSA 3G1FA 4KKXA 1Z48A 3CEPA 3NPVA 5FEPA 3C61A 4Y9AA 3UXDA 4FO4A 4CQ8A 4YMZA 5FF0A 1KFJA 8TIMA 3OEXA 3EKZA 3NQFA 1CW2A 3MBFA 1JCNA 2X1SA 3STGA 3MBDA 1UUOA 3PAJA 3IV3A 5K2ZA 2FDSA 5AYYA 2QCGA 1QOQA 2NUXA 2X2GA 3GXTA 4DO4A 2Z0IA 2YFOA 2VC6A 3HPZA 1H1YA 2P1FA 3P8JA 4O12A 4AF0A 5TQLA 2R14A 4K37A 2YXGA 2GVLA 1VPXA 3GIYA 1EWDA 1L6WA 5E93A 2JK2A 3EXTA 1LBMA 3LRKA 5I3IA 4JTHA 3S5NA 3STEA 3GXNA 4CNNA 3KVJA 4UTUA 5BNKA 3NQAA 1MXSA 4IMEA 3VFLA 3DI0A 2ZA1A 3EB2A 2FIQA 1OFRA 3PG9A 5H91A 4Z0JA 3SFKA 1TPB1 1A5AA 3QZEA 3DI1A 3P80A 4UFMA 1LM1A 4IMGA 4HT3A 4CNOA 3HO8A 3ABSA 1D9EA 2BX7A 5IM51 2GOUA 3FKKA 5D05A 5G2IA 3KX6A 2NV1A 3EXRA 1LTDA 3HG2A 2EHHA 2UV8G 4GUGA 3W2KA 2WNZA 1TPH1 3KHJA 1L9WA 1TJPA 3FYPA 1JR1A 1TV5A 3EWZA 3KVKA 3MYPA 4O4WA 1GG1A 3PSVA 4NU7A 1AL8A 1DL3A 1LOLA 5AHMA 4NT0A 1IIGA 1OG0A 4UFKA 1R47A 4CCDA 1O5XA 3MI6A 3U8GA 3OBKA 1PHQA 4NNCA 1QDSA 5F4SA 5DXYA 5KZDA 4HSOA 2DORA 2OJPA 4RKAA 4DF0A 5J5DA 2VFDA 2DZXA 2WSRA 2WQPA 3C56A 1JVNA 1P1XA 1K3UA 4CLMA 3TIMA 3B0UX 1ICPA 3PB0A 5FF3A 3FJ6A 3PBYA 2QAPA 1F2JA 3W72A 3DHDA 4HIBA 4O18A 3UY7A 1NSJA 1FCQA 3ZR4A 4ALDA 2QJHA 1I8JA 2W0UA 5CPNA 3SY5A 3TROA 3H54A 4JTGA 2C16A 1O60A 3QMTA 4K7YA 2C13A 3CC1A 1F74A 3N73A 1DVJA 4JGDA 4UR7A 1W5PA 5AHLA 1EB3A 3TJLA 3UWZA 1AL7A 3LDVA 2ALDA 4TX9A 4XWUA 2PRHA 4XKYA 3D0CA 4LS0A 4NNBA 3L5MA 3LRMA 1I2QA 4FX6M 1LDCA 3VNDA 2XN2A 2DP3A 1GVOA 5HJLA 4BWLA 5I3JA 1ZJIA 5L9FA 3F4NA 3W7RA 3NZRA 1OX4B 2X1TA 4O8RA 2R8WA 5CKSA 1YTDA 3GXPA 1SSDA 1MSSA 5EYWA 4JTKA 3P8IA 4XBKA 1QPOA 1AW1A 3CEUA 4FIQA 1WQ5A 4UTTC 5LNVA 5AOUA 1L6YA 2OX1A 1ADOA 3IIOA 2WSYA 1WBJA 3P5YA 3USBA 4WQ6A 4ADUA 2YW4A 1THFD 1DJQA 3DGRA 4AWTA 4MIMA 1GQNA 1UCWA 2C6QA 1GJPA 1LOSA 2ZTJA 2BXVA 3INPA 4LV4A 3N2MA 4ONVA 2E77A 4KFNA 2ISSA 1ICSA 2NUYA 1FUYA 1SSGA 1KW1A 2PURA 4FX7A 1OFBA 4CCEA 4O1BA 2ZTKA 2QCEA 2V5LA 2V81A 3W74A 2VFIA 3LHUA 3PF3A 1KM2A 3HF3A 3PWAA 1VYPX 3IGSA 3W1QA 3WFAA 5AFDA 2QUVA 4A21A 1KV8A 3TU9A 4JY8A 3FJLA 1XFBA 4HSNA 3LXAA 4HNNA 4MFEA 3Q94A 3V1PA 3LB0A 5FF2A 5KZEA 4LUIA 3I7SA 3EWWA 4A22A 3ELFA 1KLYA 5D2TA 4ZQCA 4MZYA 1RQEA 3CIXA 1C9DA 1ML1A 1SPQA 3NL2A 4RXFA 1D3HA 1W5NA 5CSSA 4AEOA 3G18A 4QISA 1A5CA 4A2SA 1J2WA 3KAOA 4RK8A 1RD5A 4ORIA 2QCDA 2C19A 3NQCA 4BI5A 3I68A 5AHNA 1TPWA 1KTBA 1HL2A 3V75A 1PV8A 4WJEA 2ZQ0A 3W1RA 3LTPA 1EX5A 1IGSA 4LTSA 2YR1A 2ZZ7A 4UTLA 1AK5A 4FF7A 3PBUA 4AF0B 2ZZ2A 3GK0A 4MYAA 1OYAA 3QC3A 4NJIA 4PODA 2P10A 3OVRA 3NQDA 1M7OA 5HWNA 3L65A 4LC6A 2G97A 3NOEA 1Y0EA 3NR0A 1R2SA 1T8XA 4MJZA 3LI0A 5D09A 2OT1A 2Y7DA 4RX0A 4MZ1A 3A24A 4X2RA 2VFGA 3UD6A 4L4MA 3GNDA 4NVTA 4EVZA 1IXPA 4IMCA 3LI1A 4LWWA 5CGQA 4MVAA 1ZALA 4GXMA 3NGJA 1Q6OA 1Q6LA 4NZFA 1OF8A 3NQGA 1A5BA 3C2FA 4PH6A 1UJPA 3HMJG 4O54A 4E2DA 3NDOA 1TPEA 2ZZ1A 7TIMA 3TK7A 1WYIA 5A8GA 1VCVA 4Z1DA 3W7GA 3UQNA 5BMWA 2A6NA 4R7JA 4H6KA 4Z08A 1DJNA 4ZVJA 4JYFA 1K8YA 4UR8A 4UTWA 5I3KA 2Z6JA 1T99A 4B5NA 2CLFA 3PBVA 5KZMA 3LHTA 2J24A 4AWUA 2ZRWA 5LHEA 5I3HA 3M44A 2TYSA 2JKPA 3E0IA 3BGJA 1YTKA 4CCCA 2WNNA 5AC7A 2HSAA 3STFA 4WUIA 3T4CA 3O16A 1Z41A 1IF2A 1JQVA 2EPHA 1X1OA 3DKLA 2PRMA 1TSIA 3IIVA 3B8DA 2ZFAA 3Q2DA 4QITA 5IBXA 1CI1A 2ZZ4A 5BW6A 1AW5A 5CZ0A 2QF7A 3A21A 2DZUA 2FLIA 2VKZG 3DXIA 1EUNA 3EKLA 1KFKA 5HINA 1F6PA 1NF0A 5EA9A 3OHIA 3W1AA 1VCFA 1C8VA 3T40A 1JUEA 1FWWA 3WJWA 3MYOA 2X1RA 1BEUA 2ATSA 4N9CA 3MWAA 4I7VA 3QYQA 1SZEA 2CZDA 5AHEA 1LP6A 2I1OA 5A5WA 1A50A 4GBUA 3EEGA 1VJIA 2DZPA 2W6RA 2OZ0A 5KITA 3HJZA 4MZ8A 4XKYB 4H3DA 3TQKA 1MO0A 4UTWC 1K8ZA 4BI6A 1I2PA 5AC8A 2VELA 4IJBA 1OFEA 3LCXA 4Y8FA 3C2VA 3NZ1A 1NEYA 3N3MA 3LCFA 5MHBA 4XTDA 1W3NA 4M6QA 5LNUA 3E96A 3L2IA 3LX9A 5H2ZA 4K8EA 2VFHA 3PC0A 1Q6RA 3S6DA 4Y96A 1W8SA 3PY2A 4POCA 4K36A 1I2RA 3F1QA 1EP1A 3HIJA 4K6AA 4KFOA 1GPWA 3L66A 1UB3A 1FCBA 3GDLA 3DFQA 2GJNA 3T7VA 3CU2A 4NJHA 3LV6A 1R2TA 3EWXA 5K4ZA 3LLFA 2AGKA 4JS3A 1JCYA 4LVBA 5CPOA 1SUXA 3C3NA 2KZHA 3OVPA 3M5VA 1KFBA 1BTMA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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