2WO5 | Genus

Total Genus 103

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	103
sequence length	299
structure length	299
Chain Sequence	HHHATNLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGVFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQERG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	N-ACETYLNEURAMINATE LYASE
publication title	Structural Insights Into Substrate Specificity in Variants of N-Acetylneuraminic Acid Lyase Produced by Directed Evolution. pubmed doi rcsb
source organism	Escherichia coli
total genus	103
structure length	299
sequence length	299
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2009-07-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2wo5A00

2CFFA 3NM3A 3S5YA 1IXNA 1FCQA 4WY0A 2BLEA 2FLIA 4UTIA 4LTSA 2XN2A 3T55A 2ABAA 4GUHA 4ONVA 4RXGA 5HWJA 1TPWA 1FX6A 2J24A 1W37A 3W7KA 3N3MA 4LT9A 1DJQA 1P0NA 4GFSA 1MEWA 4GC4A 3L0KA 2DU2A 2W79A 5AB3A 3R5EA 2NLIA 1SW0A 1HG3A 5H2ZA 1A5AA 3GIYA 1EWDA 3P84A 1EEPA 3PUEA 4BWLC 1YLVA 3FS2A 1GTHA 3P5YA 1LROA 3EWUA 1X6UA 1C8VA 1FWTA 1AL7A 3NQ8A 1JUBA 1LZOA 2CLOA 3IIPA 1H1ZA 3DFQA 1ME7A 4KFNA 2YW4A 8TIMA 2ZZ1A 3FJLA 4OQVA 5EPDA 3UY7A 3ABQA 2GQ9A 1EX5A 1IXQA 4CLMA 2JKPA 5DLCA 4QJ1A 3BG5A 1AK5A 5CSSA 4PL2A 4U28A 3QSTA 4UNKA 2NUYA 2VEMA 1JUKA 5I3HA 3PBUA 4O14A 4YCOA 1R2TA 3BGJA 3G18A 3TCEA 4UMCA 4ZQOA 1P5BA 3RK8A 3EXRA 4GXMA 4DBEA 5BMXA 4ML9A 4IXXA 5CPMA 1EP1A 1XC4A 5I3KA 4NJKA 5HUPA 4A29A 1BEUA 2P1FA 1ZY9A 3SSJA 1W5QA 1WX0A 3IIOA 3HO8A 1VCGA 1H61A 3TQ0A 3CQ0A 1I45A 1XBYA 3NZ1A 2WNNA 3NOEA 1Q45A 1LLZA 4LNYA 4LVGA 1TJRA 1U83A 3NL5A 2E5BA 1Z41A 4GE8A 4UMAA 4O28A 1S3HA 2ZRZA 5HWMA 1H51A 1H7OA 2V5BA 2OX1A 4X9SA 2CLLA 2HS6A 1F2JA 3E96A 3CTLA 1DHPA 4JS3A 3FOKA 3RLVA 3GAYA 5BOOA 3O07A 2QCNA 2E68A 4NJJA 1TIMA 2P0OA 5K9CA 4N4QA 2FPYA 2P10A 1SPQA 2QDGA 3W7GA 1O5XA 3TSDA 4Z0JA 4UTHA 1H7NA 2YYTA 1TTJA 2Q8LA 3KX6A 3W9ZA 1SO4A 1W3NA 2FPVA 5FF3A 1W31A 3SR7A 2H3DA 2PCQA 3EXSA 2CZEA 3E49A 4D2JA 2J9XA 4ZQRA 1UBSA 4N9BA 5HR6A 4O18A 1M7OA 3IVUA 1SFLA 5DCBA 1JCYA 5CZJA 1K02A 4E38A 2DZVA 2PRLA 2VEPA 2CLEA 3VE7A 3QSRA 4XZ9A 2ZZ5A 3LHTA 4JTIA 4LVBA 5C5YA 3MBFA 4PC8A 1J2WA 3PAJA 1OF8A 4UTMA 1VC4A 4DPQA 2E6FA 5C55A 4E2DA 1Q6LA 3TROA 1DQWA 4HSOA 3WJYA 3N73A 3S1VA 2Q3OA 1EWEA 1U5JA 2YR1A 4BFAA 2YDAA 4N6EA 2CLMA 5G2HA 4UTKA 3DFSA 3UXAA 1W5OA 4MY1A 1TRDA 3MI2A 4YLWA 3ZR4A 3F1QA 2ZZ6A 4JIPA 1ZCOA 4NQ1A 1DQXA 2I9EA 2GJNA 2H6RA 4IJBA 1ONRA 3SGUA 1AG1O 5DBUA 5DN1A 3IIXA 5CPLA 1QPNA 3OG3A 1GVQA 4J9JA 1SUXA 3BPWA 1E51A 3NQMA 4NNCA 2V82A 1WXJA 4Y96A 2JGQA 2FB2A 4TU1A 1J5TA 1JQVA 2ZRWA 4MY8A 4IXHA 5KZEA 4AWSA 4TIMA 3NQFA 1EUAA 4A22A 4M6QA 3C6CA 2VFEA 4O17A 4HKPA 4HT3A 1A5SA 3SFKA 3C4UA 1UB3A 1GYLA 1VR6A 4Z08A 3W76A 2ZA1A 1T99A 5KMYA 3T78A 1IF2A 4JD4A 2NV1A 3OVPA 3S8HA 3VNDA 2A7NA 1BWKA 4PEKA 4R53A 5K3VA 3QRHA 2QJGA 4WXZA 3W7EA 3DAQA 4MJMA 4EWND 3MYOA 2NX1A 4NNAA 5D2TA 2ZA3A 3L66A 1P1XA 4JYEA 3QQ1A 3ELFA 4QNWA 4FIQA 2H8ZA 3LCGA 4NUWA 1A5CA 1QOQA 2QJHA 4UTTC 1GVOA 1XM3A 4KWVA 2QR6A 3W75A 5TQLA 2Y6ZA 4MLJA 2FTPA 1TPB1 4WZHA 3TE9A 1IXPA 1VYSX 2GVLA 3LGEA 5D32A 3STEA 4BI7A 4E2BA 1DORA 2G95A 3FKKA 1VGAA 1FDJA 1FXQA 4BWLA 2WQPA 1GG0A 5F2GA 1I4NA 5D09A 1T0OA 2XFWA 3B04A 4GWEA 1AW5A 2Y7FA 3HG3A 4JTHA 3HGJA 3JRKA 5HINA 3GXNA 1BTMA 2NXGA 2VC6A 2X1UA 3LLDA 3T4CA 3CT7A 3STCA 1R47A 2FFCA 4K39A 1RD5A 1OYAA 3SIZA 2BZNA 5D30A 4FNSA 3NQGA 2A5HA 3G24A 3EWZA 5FI8A 5G4EA 3MP5A 1FBAA 3PBWA 3W22A 2ZZ7A 3KHJA 3W86A 3W2LA 3E02A 2VKZG 5I3FA 4MVAA 3NL6A 4RZ5A 3GR8A 3N2XA 5F1VA 2YGYA 3KXQA 3ZWSA 3C2OA 4XTDA 4DBDA 4UTWC 3N19B 1W0MA 1TRIA 5F1UA 2V2CA 5D2YA 1PE1A 3LCXA 5AHNA 2YX0A 2JKAA 2R91A 4NX0A 3TC6A 4JY9A 3WJZA 4MUZA 2O7SA 3UWVA 1QAPA 5AHFA 4JEQA 1HO4A 1QO2A 1QPOA 4PODA 5C2XA 2EAWA 2YCEA 2GQ8A 3DKJA 1OX6A 2A0NA 5D2VA 3DFOA 2QJIA 3OIXA 4PH6A 3U6WA 4ZZ9A 3GR7A 3CEUA 1GQNA 1TPDA 2PRHA 3TIMA 3MYPA 3DHDA 3W84A 1SU5A 2VOMA 4Y9AA 1JRBA 4RLIA 2WKJA 3CHVA 4MZ1A 2Z6IA 4WY0F 4TR9A 3M7WA 4FX6M 2I14A 3P5ZA 5I3GA 3TMLA 1I2NA 3W6YA 1SSDA 3L5LA 2V2DA 4QIUA 2RDWA 4R33A 4IX0A 1H62A 3GYEA 5FEZA 3W88A 3P8JA 4O54A 5EBUA 1W56A 3NQ7A 2JGYA 2YZRA 4NJGA 1T96A 3S42A 2CZ5A 4NJIA 1Q6OA 3UZJA 3I68A 1XDMA 4RK8A 4RCXA 3M5XA 3K30A 4I7VA 1H7WA 4GJ1A 3OVQA 2QCCA 3R8RA 3KOFA 2C0AA 4UFHA 2W0UA 2TSYA 5FESA 2CZDA 3G1VA 5SWUA 1OFDA 4BI5A 3CM4A 4BR1A 2YFNA 4L4MA 3M47A 2Z1BA 4IUOA 1MZHA 3DI1A 4NXKA 1KLZA 4MYAA 3B0UX 4ZQNA 2B7OA 2WOQA 3IIZA 4O52A 4EF9A 4XUGA 3W1PA 4AB4A 2Z2UA 3P80A 1B4EA 1CW2A 1LBFA 2ISSA 4O15A 1WOBA 2FJKA 4KFPA 3LOTA 1R46A 4FHAA 5GVJA 4A2RA 3W2UA 4NZFA 4ORIA 4FEZA 4MPQA 4NXSA 4QNEA 2QCHA 3CB8A 4JTGA 5A5WA 1JVNA 2NX9A 4IOTA 4Y8FA 3LTYA 4JYFA 3RF9A 3A9IA 1ICSA 1KFJA 2IQTA 3EWBX 1GVFA 4PL1A 3NXFA 1SZFA 5AYZA 2QCDA 4Q33A 2F84A 1JCJA 4LVAA 3F4WA 4N2YA 1SO3A 5DY3A 4WD0A 1QMLA 2YFOA 1G4PA 3KFTA 4GUFA 4QQ3A 3LXCA 3N14A 3WJXA 4TX9A 1VYPX 5K2ZA 3R13A 3W7CA 2TYSA 5E1QA 1X8FA 5HNRA 1QOPA 3DKLA 2QEZA 5LGXA 3GNNA 1JQXA 5FF4A 3RLUA 2ZBTA 3TW7A 3MI6A 1MXSA 4WJEA 3LV6A 2CLIA 5A8GA 3DFPA 2E1DA 3NG3A 3GDLA 5AHMA 3DGRA 4WOZA 1YPFA 3H53A 3IRDA 4Z1BA 4CQ9A 3M16A 5DY2A 2B0MA 4IMCA 3STGA 4JX6A 3UD6A 4UTTA 3ZS4A 1YTDA 2QCGA 2B7QA 2A6LA 2GJLA 3HBLA 3ANYA 4IMEA 4NZJA 3S1XA 3ATZA 3W7LA 4W9TA 3N34A 3UXDA 4H6KA 3BLIA 4I7UA 2NUWA 3USBA 3U8GA 4Y6GA 3KVKA 4DF0A 2CLHA 3LTSA 1SO6A 4HNNA 1NSJA 4LS1A 1H50A 4UTJA 3NQAA 1VQTA 1ZFJA 3B03A 3A21A 1HUVA 4HIBA 3UY8A 3LI1A 2I1OA 4GUJA 3S1WA 1R2SA 4O4VA 1GEQA 1KFLA 3EKZA 5HMSA 3P61A 3T7VA 4IQLA 1LM1A 3GXTA 3LBMA 1G6CA 3WK0A 1QDSA 1X1ZA 4CNOA 5LNRA 3HQ1A 5CZ0A 3C8FA 4AF0A 4JTFA 3WK1A 4UIOA 1TCDA 3EX2A 1SFJA 3A22A 2JKEA 1EA0A 5J5RA 3QH2A 3LXBA 3TU9A 3S5OA 2QDHA 5AHEA 2Y61A 1OK6A 4EVZA 3BLEA 2Y88A 1KM5A 2NUXA 3LCIA 1W54A 3HB9A 4Q32A 1OHLA 3FA5A 1EPXA 1KV8A 2GUUA 3IGSA 3GLCA 3W7RA 4UR8A 5EL1A 4IMDA 5EKYA 1OVDA 4OU1A 1K7FA 5F4WA 4NJHA 4DO6A 3L67A 1A5BA 5C54A 5KSWA 1PVNA 2DZXA 3GKFA 4UTWA 3FYPA 5KTLA 1ZENA 1YXYA 2B7NA 3DBPA 3M5VA 2OCZA 3MW7A 4JTKA 2CLKA 1OJXA 3PB0A 1O60A 3NEVA 5C6MA 1JULA 3I7RA 4RZ6A 3TC7A 1GTEA 2OT1A 2XN1A 1DJNA 1JR1A 1WQ5A 4NX5A 2EHHA 3LCWA 3G1YA 1VCFA 2QCMA 4FXSA 3PULA 2Y63A 4OE7A 3HG4A 3FEMA 3GZ3A 2EGZA 1C9DA 4H4IA 1N7KA 4JX4A 3BGGA 4CNPA 3M5YA 1OX4A 2QUVA 4LOCA 3W1NA 1W5MA 4Z0SA 1L6YA 5L9FA 3TJXA 1K8YA 3N2MA 4LRTA 1I2OA 4C1KA 3BARA 3BLFA 3IVTA 2R94A 4ZVJA 1WV2A 4HPXA 4YL2A 5EYWA 2J9ZA 3QM3A 5G2IA 5KZDA 3GDMA 4NU7A 2H90A 2E5CA 2H8XA 5F2MA 1IIGA 1LLWA 1GYNA 1Q6RA 1F73A 3NL3A 4MZYA 6TIMA 5EA9A 1G69A 4JR5A 3TSMA 1RQHA 3EWXA 3HPXA 1OABA 5EY5A 3G1XA 1W8SA 3C0JA 4IWWA 5DCEA 3W71A 1TV8A 1WBHA 1OFPA 5LSMA 3H55A 1TPUA 4MY9A 1YPIA 5LNSA 5HULA 3W1MA 3CIXA 1QNVA 2V81A 3W83A 4O19A 4DO4A 2OZ0A 4UCGA 2FPTA 4QITA 3W72A 3TFXA 3Q37A 4K7YA 3IV3A 3I65A 2HMCA 3QF0A 3MUXA 5F2IA 1JRCA 4OGZA 3UPWA 4O1DA 4P2VA 3IGXA 3FKRA 4ADTA 3A23A 2ZYFA 5HWNA 1O4UA 3BW2A 4JTSA 4GUGA 5D38A 5IM51 2GPTA 3PWAA 5G4WA 3NAVA 1VJIA 4XKYA 2ZRVA 3LHUA 4OV9A 3VE9A 1K8XA 1VHNA 3W85A 3LERA 4WXYA 5K4ZA 3M6YA 2YPIA 3E0IA 3W74A 3M43A 1D3HA 4OV4A 3F03K 2UV8G 1KA9F 1OYCA 3EX3A 4JN6A 3SGZA 4A2SA 2ATSA 1LDCA 2KZHA 4O16A 3B06A 5D02A 4JXCA 2J27A 3UWYA 5D2XA 4JTEA 2VFDA 5KITA 5DXXA 2B4GA 4LV4A 3MHGA 2Y70A 2OT0A 2J6XA 3TFCA 2BWGA 4LRSA 3S6DA 3ZWTA 3I6RA 4Z1DA 1WA3A 1XL9A 5D33A 1K3UA 4MYXA 3TW6A 3TMQA 1LCOA 1YDOA 4AWTA 1HO1A 4ADUA 1XUZA 3HIJA 3T40A 3PSWA 3Q58A 3OVRA 2QAFA 5D2WA 3TQKA 3W07A 2QUTA 4NNBA 4O4WA 1XFBA 1J4EA 1KLYA 1OFEA 3DU0A 4UUIA 1TPC1 2Y7EA 4K8HA 2G97A 1JCMP 1GOXA 1LOSA 3HOJA 1KM4A 3MBDA 3O16A 3TNOA 3ABOA 2E6AA 3BG3A 3R89A 2VEKA 1VYRA 2A1YA 5DELA 1S5VA 3C52A 3WJWA 4CCDA 2X1TA 5CSRA 3EB2A 3O6DA 4WY0B 2ZZ2A 3LRLA 3P82A 1BKSA 4PFMA 4HN4A 1M6JA 3QZEA 4IX2A 1HL2A 2QAPA 4LUJA 3L9CA 4DF2A 2V2HA 3UZ5A 2NXHA 3SY5A 4R34A 1H63A 2EKCA 4A21A 1G4SA 5BNKA 2ZRUA 3HMJG 3TX9A 7TIMA 2PRMA 3B8DA 3KVMA 3UNDA 3G1AA 4DPPA 3UWUA 2ISWA 5BMWA 2FDSA 1KM0A 4MFEA 2NX3A 3HJZA 1KBIA 3GDKA 1ICQA 4JICA 4AWUA 3TDFA 2V0TA 4AHQA 1AW1A 3C2EA 1QFEA 1M7PA 2YSWA 3N9SA 3LXAA 3EEGA 1M5WA 3NM1A 4M6PA 1D9EA 3LCLA 3LDVA 4OBTA 5L6UA 1W3IA 2B7PA 2X1RA 2G5WA 5D37A 1UUOA 1P4CA 3MWAA 2DJLA 2H3BA 2Y7GA 1LRTA 4TMCA 2ZTKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2WO5A

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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