2WOQA

Porphobilinogen synthase (hemb) in complex with 5-acetamido-4- oxohexanoic acid (alaremycin 2)
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
328
structure length
328
Chain Sequence
ANRAYPYTRLRRNRRDDFSRRLVRENVLTVDDLILPVFVLDGVNQRESIPSMPGVERLSIDQLLIEAEEWVALGIPALALFPVTPVEKKSLDAAEAYNPEGIAQRATRALRERFPELGIITDVALDPFTTHGQDGILDDDGYVLNDVSIDVLVRQALSHAEAGAQVVAPSDMMDGRIGAIREALESAGHTNVRIMAYSAKYASAYYGPFRDAVGSASNLGKGNKATYQMDPANSDEALHEVAADLAEGADMVMVKPGMPYLDIVRRVKDEFRAPTFVYQVSGEYAMHMGAIQNGWLAESVILESLTAFKRAGADGILTYFAKQAAEQL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/antibiotic
molecule keywords DELTA-AMINOLEVULINIC ACID DEHYDRATASE
publication title Structure of the heme biosynthetic Pseudomonas aeruginosa porphobilinogen synthase in complex with the antibiotic alaremycin.
pubmed doi rcsb
source organism Pseudomonas aeruginosa
total genus 122
structure length 328
sequence length 328
ec nomenclature ec 4.2.1.24: Porphobilinogen synthase.
pdb deposition date 2009-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00490 ALAD Delta-aminolevulinic acid dehydratase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2woqA00
3MP5A 3DFNA 1OX5A 4M7SA 2G95A 4LWWA 4LY8A 1J4EA 3P60A 2ZRXA 5HR6A 4MJZA 2NX9A 3SJ3A 1G7VA 1FDJA 4IX2A 2X1UA 3NQVA 4ORIA 2X2GA 3HPSA 3V75A 2G97A 5HNRA 3MJYA 4BFAA 5K3VA 3HGRA 3EX4A 5D2TA 1X6UA 1NFBA 4DBEA 3HQ1A 2GVGA 3AJXA 1H7NA 3W7OA 4EVZA 4Z0SA 2A4AA 1N55A 4ALDA 3STEA 3IVSA 1OX6A 1LOSA 1A5BA 1LOQA 1TPDA 5EMUA 3BO9A 4JX6A 3QMSA 2V82A 4O57A 4O15A 2QAPA 2OMAA 1XUUA 1GTEA 4ADTA 5LGXA 2EAWA 5CZSA 3S1XA 1B4EA 2ZDRA 3WK3A 1XKYA 3TIMA 3EXRA 3EX2A 1QFEA 5F2GA 1YLVA 1QO2A 3W2LA 5G4WA 2VEMA 1MSSA 1FDZA 1HL2A 4JTHA 2C18A 5FF4A 4RLIA 3ATYA 3KVMA 1EX5A 4MYAA 3LXCA 3L9CA 3Q37A 3W2MA 4B5NA 3GK0A 2GVJA 5LNUA 4FIQA 1PCWA 4DPQA 5TBOA 2ZYFA 4UNKA 5DBUA 4FNQA 1SW7A 2JKAA 4MFEA 1PIIA 1YADA 3C2OA 2FLIA 4ZQCA 3LXAA 4WJEA 3FLUA 5G1TA 3M43A 3UWWA 1O4UA 5D30A 2FB3A 3BG9A 3VNDA 1S5WA 5J5RA 5C2XA 5D2WA 3GXNA 4JTTA 3DAQA 3FKRA 2BSLA 2ZQ0A 3WJXA 3O6DA 1NF7A 3B05A 4MY8A 2QJGA 3G0XA 3GAYA 1S3HA 1TJPA 1Z42A 4TMCA 5LNRA 1AL7A 5BMXA 3QQ1A 4ORMA 1KLZA 4K6AA 4UFHA 4X3ZA 3W7CA 4RR4A 1QR7A 4LS1A 3G1VA 3STGA 2VEPA 3U8GA 3C3NA 1LBLA 5KITA 1CI1A 1FBAA 4MZ8A 2DZTA 3TC7A 4AF0A 3CB8A 3W9ZA 1LDCA 3G0UA 3C2EA 1TREA 2YCEA 3P5YA 1S5VA 3W7GA 4E2BA 3TQ0A 1X1OA 4IWWA 3QZEA 3V1PA 4FX8A 3TQVA 2QCGA 3P84A 5GVJA 4X2RA 4WQ6A 5AHIA 4Z1DA 2EPHA 1F74A 1H7XA 2H90A 3PBUA 4OBTA 1TYGA 2AGKA 3LI1A 2F7FA 4HKPA 2YR1A 2WNQA 4CNNA 3RU6A 2DJLA 2Z2UA 3TFCA 4UTKA 3TCEA 3W74A 1DOSA 2QCHA 3O6CA 3VKJA 4LC8A 2YSWA 3IVUA 2I9EA 1G4PA 5FEPA 5AYYA 3EXTA 2HS8A 2NUWA 1VCGA 3FEMA 2WSQA 4LNYA 3G1HA 1XBZA 3OEXA 1IXOA 4H3DA 2A21A 5BW6A 1EPXA 1RVGA 4A2RA 3D0CA 5T26A 1ZJIA 4O50A 4S1FA 3G8EA 3C2RA 5G2WA 3Q2DA 4UTIA 1XI3A 5AOUA 1KM5A 5HUPA 3I6RA 2D73A 1QWGA 4J9JA 4O53A 3OBKA 2OT0A 3T44A 2OX1A 4BWLC 4GFSA 3NR0A 1JCJA 2H8ZA 2YPIA 4QIUA 1EB3A 3DXIA 4LV4A 1LRTA 3PG9A 4I7WA 1DVJA 3YPIA 4XQ6A 3UD6A 4GC4A 1OX4B 2DZUA 1B57A 3UY7A 1K8YA 1YXCA 1OFDA 4C1LA 4HPJA 4RXGA 3GDMA 1C9DA 3PR2A 1KTBA 1VYPX 2QF7A 2ZA2A 3KVJA 3USBA 3W1PA 3NVTA 3F03K 1PS9A 4QNEA 1XXXA 4NNCA 3HGJA 3W70A 1PL9A 3GLCA 3C52A 5CZJA 1RR2A 3RFAA 1YXYA 2QAFA 4XTDA 3DHFA 3UXDA 3GDTA 5LNWA 1MXSA 4XUGA 1B9BA 2EGZA 3E12A 3NA8A 3N14A 3DKJA 3TE9A 3M7WA 1L6YA 3O8AA 4RZ5A 5HJLA 1RQHA 3S9YA 3ATZA 2DZVA 2CLFA 1GZGA 4LW7A 2QUTA 3PBYA 3G1SA 4ADUA 3O63A 4O0KA 1ML1A 4ZQOA 3LCHA 4XTIA 1YDVA 3E02A 2R8WA 3LHVA 4Q33A 1ALDA 3R5EA 1KM6A 1M7PA 3Q94A 1LP6A 1TV7A 1YYAA 3L5LA 3LRKA 3VCRA 2OT1A 3INPA 2JKEA 3NQFA 1QPOA 4R53A 4IMDA 2F84A 5G2IA 2QCDA 4K7YA 3NQDA 1Q3NA 4WOQA 3CIWA 3M44A 4K8HA 3IIVA 3SSJA 4EF9A 4PFMA 4QISA 3GXTA 4O17A 3LGEA 1V7YA 2JK2A 1KTNA 4ICNA 4PL1A 4DO5A 4LU0A 3EWUA 3GB6A 8TIMA 1LROA 4MZYA 2DU2A 2NV2A 3TJLA 2CZDA 4NJIA 1LTDA 2B7OA 2C14A 3ABOA 3CEPA 3M1ZA 1KM4A 1SW0A 2ABAA 3SI9A 3TSBA 1KFKA 3QMRA 3FJLA 4RJEA 2V5BA 5AHMA 1W54A 3W1RA 5G2HA 3ZS4A 3G18A 4NX0A 2BLEA 4AAJA 5DXYA 1UJPA 4K39A 2H3DA 4MPQA 3FOKA 2FB2A 5K9XA 4XBKA 1FWRA 3HG3A 1I4NA 2YW4A 2VFFA 2ZA3A 4YXGA 4UMBA 2QCNA 3BLFA 3MBDA 1PHWA 3QRHA 1H1ZA 3BLEA 5AC6A 4Z08A 4M6PA 4A3UA 1HO1A 1VLWA 3CHVA 2CLHA 3NGJA 5CPMA 4PODA 3B06A 3W1MA 4ZZ9A 3FKKA 3G1AA 5AHLA 1FCQA 1A5AA 3O07A 3W7RA 1SO6A 2EHHA 1LYXA 4H4IA 4AXKA 4DPPA 1TTIA 1K02A 4LVDA 4NU7A 3F1QA 3PG8A 4WOZA 2HTMA 5TQLA 1TPFA 3BGJA 4IUOA 3RK8A 4Y8FA 3S5OA 2QCEA 1RQEA 2VFGA 5SWUA 4O52A 3P5ZA 4IOTA 2VFEA 1EEPA 3IIPA 4IMEA 2QCLA 3VE7A 3BG5A 3TK7A 4EIVA 4NJJA 2ZZ5A 2Y7DA 1L9WA 1OJXA 2A5HA 3NQMA 3DFSA 1GVOA 2R91A 3RMJA 1H1YA 3DH7A 1SO5A 1J2WA 4UTWA 1G4TA 1W1ZA 2E77A 4O13A 1B4KA 3C8FA 2G5WA 5LNVA 2B0MA 4HNNA 3DFTA 5MHBA 5L6UA 4DO6A 3QPZA 4JTKA 5D38A 2B7NA 3L0NA 2ATMA 4NZFA 3PUEA 3UPBA 4IMFA 4ZVJA 3BLIA 2WQPA 1V5XA 4UR8A 1O60A 2HS6A 5D37A 3QW4B 4NNAA 2PRLA 2J88A 3W1NA 1WX0A 1JCYA 3STFA 2X1TA 1KFLA 2OJPA 3NQ8A 4XZ9A 2VFDA 1TCDA 2BWGA 2PRMA 4O54A 4BF9A 3PS7A 1QDSA 1H7OA 4CCDA 1RV8A 1VZWA 3DFOA 1DL3A 5F1VA 2B7PA 5LHFA 3WJZA 2WPBA 3VFLA 1FCUA 3O16A 1GG1A 3O1NA 1SU5A 2V2DA 4LC6A 2Y88A 2W0UA 5A8GA 4RCXA 3W88A 1RPXA 3W1XA 2CW6A 3SY5A 1T0OA 3MUXA 1TPWA 3MP4A 4JR5A 1ADOA 5K9DA 4IPIA 4HPXA 4Z0JA 1I8JA 2Y7FA 2ZRUA 4MJMA 1AG1O 1ME7A 3DBPA 4ZQRA 5F4XA 2PC4A 3CC1A 4QITA 1H60A 1M6JA 1SO3A 1ZAHA 1UUMA 2V8ZA 4DBDA 5D05A 4Z1AA 3CT7A 2OCZA 4A21A 3PC0A 1A50A 5FEZA 3S5YA 1GWJA 1RQBA 1OFOA 3I7QA 5D32A 4FNPA 3G1FA 4WY0F 4Z1CA 3W1QA 5F2MA 3R2GA 3OHIA 2I14A 3R89A 2FJKA 3NL6A 1Z48A 1YTDA 5FI8A 1W37A 3W6YA 5G1YA 1VCFA 1T99A 2QEZA 1T96A 2E6FA 3PUOA 1L6WA 1XM3A 1EP3A 1WBHA 3LBCA 3W87A 3CIXA 2DZWA 1EP2A 1CX9A 2XN1A 1F6KA 1W56A 4GBUA 1R2RA 4HNVA 2NUYA 1TPVA 2Y7GA 4UTTC 3W2KA 5LSMA 1GQNA 3WJWA 3W71A 1AK5A 3H53A 3QFEA 1ICPA 3LHWA 2FPVA 4GXMA 5EPDA 1A5SA 4NNBA 4IPJA 3S0CA 3LCLA 3FA5A 1SZNA 1THFD 4I9AA 3DU0A 3MO7A 4GUJA 3W7QA 1K7XA 4PTNA 4FX7A 3TSDA 1KLYA 3T4CA 4JYEA 3NPUA 1X7FA 1TPC1 2TRSA 4DO4A 2FFCA 1F7BA 1LM1A 2H3BA 1ONRA 3T55A 3IGXA 1W5QA 2QDGA 3DZ1A 4MLRA 4WUIA 1TQXA 4ZL1A 4UTJA 4OV4A 2A85A 4K37A 2RHGA 1KBIA 3LRLA 1JRBA 3L2IA 5CPLA 1WQ5A 1OYBA 3R12A 4JTLA 3RLVA 4NXSA 4EWND 5C54A 1OHLA 4UMAA 2ISWA 1YTEA 2ATSA 1W3NA 4MY1A 4OGZA 4YL2A 1R46A 5CZTA 3STCA 3C2FA 2Q8LA 4NJGA 1MZHA 1FCBA 1H7WA 3FJ6A 3WK2A 4UUIA 3G0SA 2FTPA 3B04A 2YZRA 1TRIA 5K2ZA 3M5YA 2ZRWA 4UIOA 1JCXA 5I3GA 2WSRA 1TV8A 2J9XA 5K4ZA 3W7PA 5L9FA 3E0IA 3C4UA 3G1XA 1U5JA 3P7YA 2DJXA 3FYPA 3TC6A 1KTCA 1WAUA 5AHEA 1FQ0A 2BTMA 2E68A 4ADSA 4HHPA 4JX4A 3N3MA 1CW2A 4LVBA 2GVLA 4NJKA 3GYEA 3W73A 4KFOA 1TQJA 2ZZ2A 4NXKA 3BW3A 4TIMA 4AH7A 3DFQA 3EWWA 3M9YA 4R34A 4O1DA 2ZZ7A 1TTJA 3GR8A 3IIXA 3KRSA 3P62A 1BTMA 1XCFA 1YTKA 1D9EA 1FXQA 1OFEA 3GKFA 2AQWA 3NQ7A 5K9CA 5KZEA 1SO4A 3W2UA 3WJSA 3TDFA 1OYAA 3UYCA 3E9AA 5KINA 5I3FA 2V0TA 3DFPA 5AYZA 3P80A 1WOAA 1XC4A 4XBSA 1F05A 4AVFA 3CWOX 3FFSA 4JNMA 3TW6A 4O14A 4N9DA 2YXGA 1IIHA 3OVQA 2JGQA 1FWNA 2KZHA 4FO4A 2I1OA 3W83A 2NWRA 4C1KA 2FDSA 2Q3OA 5F1UA 3L67A 2DZXA 3LHYA 1TB3A 2ZRZA 3WK0A 4LVAA 1ZHAA 5E0KA 1SQ7A 3W22A 1HG3A 1KW1A 4QNWA 5TIMA 4NUWA 1GTHA 1SPQA 4I7VA 2O7QA 4DXVA 4M6VA 5H91A 3KRZA 2CZ5A 1GEQA 1XBVA 4LVGA 5I3IA 2FPTA 1R47A 3OIXA 4NQ1A 5AHNA 1H7PA 1OG0A 2EF9A 3UQNA 3B0PA 1OK6A 3NM1A 3GDKA 3W7LA 1X8FA 1P5BA 4K7VA 5HR7A 4FNTA 3KHJA 2VEIA 1DHPA 2C0AA 4ONVA 3OVPA 4M5PA 1EWDA 1FX6A 3UWZA 1ZCOA 4LS0A 1LLWA 4WXYA 3PVFA 3ABSA 3W7JA 3L5MA 3EWYA 2WOQA 1JCLA 3MWAA 4Y90A 4TO8A 3NAVA 3LOTA 1PHQA 3MW7A 3LB0A 1HTIA 4EOUA 2Y70A 1P4CA 3N19B 3HOJA 3M5VA 1DBTA 4WY0B 3MI6A 3M47A 3VE9A 5K4XA 2VXNA 1IIGA 3U6WA 3TMLA 3NPVA 4BI5A 4MYXA 3S1UA 2ZRYA 3LI0A 3C56A 2DZPA 5LHEA 1S5TA 3NOEA 4ML9A 5I3KA 2GOUA 3W76A 4IMGA 3WJYA 5KZMA 3GX9A 4DF0A 3G1DA 4O12A 4LV9A 3ANYA 4O4VA 3BGGA 1W3IA 1LORA 3F4WA 1ICQA 3KVLA 5EYWA 3C2VA 5FEXA 4N9BA 1DV7A 2B4GA 4U4MA 1FWTA 2NUXA 2VKZG 1I2RA 3GZ3A 3SW6A 1NAL1 3BVJA 7TIMA 1AW1A 3NG3A 5D03A 2J6XA 1ME8A 3TXZA 3TKFA 1EWEA 4AHPA 3KAOA 1G4EA 1ZENA 3HF3A 4JDBA 5J5DA 1GPWA 1G7UA 2HMCA 4RX0A 3CU2A 1SR9A 1LLZA 1SSGA 2TYSA 2ZRVA 4Q32A 4N6EA 3BW4A 2YW3A 3LTYA 4JIQA 1EA0A 2H6RA 3N9RA 1YDNA 2CZEA 3P8JA 3NDOA 3TU9A 4O8RA 2P0OA 3DI1A 3BG3A 4E0CA 3THAA 2IQTA 3N9SA 4P61A 4QAIA 2XN2A 1W8SA 1W5MA 3LBMA 3EX6A 1H50A 1NSJA 2GQ8A 2Y89A 4JTEA 3NQ6A 4Y6GA 1AW2A 1GYLA 3SFKA 4GRSA 2ISSA 1XFBA 3NQCA 3OG3A 1EP1A 2ZTKA 1AW5A 5F2IA 1QPRA 2X1RA 4JTIA 6TIMA 1WYIA 5K7JA 2Y6ZA 3ZWTA 3G22A 5DY2A 1W5OA 5IBXA 1B3OA 4LUIA 1TJRA 4RXFA 4MUZA 1UASA 4JYFA 2X16A 3SIZA 4JY8A 4UFJA 4UNLA 5FF2A 4Y9AA 5CZ0A 3DI0A 3A5VA 2Z0IA 1JUBA 1K8ZA 3NNTA 3BARA 4O4WA 4OWGA 5CGQA 4AHOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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