2WSQA

Monotim mutant rmm0-1, dimeric form.
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
242
structure length
242
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVAPSFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADGLASLKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQETHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Isomerase
molecule keywords TRIOSE PHOSPHATE ISOMERASE, GLYCOSOMAL
publication title Space Group Transition Driven by Temperature and Related to Monomer-Dimer Transition in Solution: The Case of Monomeric Tim of Trypanosoma Brucei Brucei
rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 85
structure length 242
sequence length 242
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2009-09-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2wsqA00
3FS2A 5AHEA 2PRMA 1P1XA 2RFGA 1W1ZA 3LLDA 3M5VA 2ABBA 2CZDA 4AH7A 1SZGA 4XKYA 4DXVA 5KSWA 6ALDA 5D2YA 1JRCA 3MI3A 2W6RA 4N02A 3W7DA 3VKJA 3A21A 2JGYA 2GJLA 5EY5A 3GX9A 2CLIA 1CW2A 1W31A 1MEWA 2ZRUA 1H61A 1OJXA 4EF9A 1GYNA 1K7XA 3O6YX 5U7SA 2QAFA 2Y88A 2CZEA 1QO2A 3BGJA 1O5XA 1FXQA 5BMXA 1F5ZA 1SR9A 4K8HA 4ADSA 2QJHA 5LGZA 3TQVA 1Z42A 1GG1A 2QCMA 4CNOA 3W7PA 1TJPA 4JGDA 4O28A 2ZZ7A 5DBUA 3GXNA 1SSGA 3QSRA 3O15A 4CCCA 4DO5A 4TO8A 3N9SA 5IM51 3MJYA 3TR2A 1HO4A 2DJLA 3GR7A 2QEZA 1IXPA 3Q2DA 3PSWA 4NX0A 1GVQA 3TUUA 4CQ9A 2OT0A 1R30A 4UFKA 1NVMA 2RDWA 4TMBA 2BTMA 3BG5A 4HSOA 3W1QA 2VC6A 3TIMA 1MXSA 3TFCA 2A6NA 1HL2A 2ZRYA 1M7OA 2X1UA 5CSRA 4BF9A 4UNKA 4LUIA 1Q6QA 4NUWA 3HO8A 1VJIA 3TMQA 4R34A 3BO9A 4XZ9A 4N2YA 8TIMA 2H3DA 3NYZA 1YDNA 1BEUA 3CHVA 3NQGA 4ZQRA 4NNBA 5FF2A 3LHYA 5FF3A 3LCXA 3NVTA 5I3JA 2WPBA 1FWRA 3O16A 2NV2A 3LHUA 3SECA 4BWLA 4GUIA 1OFOA 1NF0A 3LERA 2HS6A 3ZWSA 4Y90A 4Q32A 2OZ0A 3PUOA 3MP5A 3GYEA 1L9WA 4JIPA 2O7SA 5L9FA 1RV8A 2C3ZA 1W37A 3FJ6A 3G1XA 1X1ZA 2NX3A 3NXFA 4TR9A 3NOEA 4FEZA 3IV3A 4PL2A 4N9EA 2GOUA 1QPRA 3QW4B 4X22A 1TPEA 3KVJA 3TK7A 1W5PA 2ZRVA 4WOZA 1XXXA 3BV4A 5FF7A 2EKCA 1B4EA 1TPDA 3MI6A 4CCEA 4LS1A 1TTPA 2VEIA 5HINA 1TPFA 4LVDA 3S5YA 3C3NA 4YL2A 3UWUA 5F1UA 5AHFA 2B4GA 3EXSA 4MPQA 5C54A 4MLRA 1B3OA 4KFPA 2RKXA 1YTEA 1F73A 4IUOA 5DXYA 1Z44A 1TPVA 3LTPA 1U5JA 1ZAJA 3KHJA 2V2HA 1JCJA 4WX2A 4HNVA 3I68A 3KX6A 3FKRA 3IGUA 4UTWC 3KRZA 1GTHA 5AN7A 1AW5A 2ZBTA 3S5OA 4HSNA 5D37A 1LOQA 3F03K 5EBUA 4KFNA 3DU0A 3W7QA 3OEXA 1FBAA 1JUKA 1OFQA 3DFTA 3W1RA 2ZYFA 3W07A 3IIPA 4FIRA 3W72A 3TX9A 1XBXA 4Y96A 3OBKA 1G6CA 3RFAA 3PG9A 2G96A 4XUGA 1DQWA 3TV8A 3W1LA 1SQ7A 2I9EA 4XBSA 5F2IA 3ZWTA 1K7FA 4UIOA 1OFBA 3FIGA 2FLIA 5G1TA 2RDUA 1O5KA 3NL6A 2NX9A 1I2OA 1GT8A 2H8ZA 5EA9A 1S3HA 1WOAA 5KMYA 3GDTA 4NZJA 2ZRXA 3C56A 2I1OA 1UBSA 1TYGA 3LBCA 1KTNA 3YPIA 4DO4A 4NJIA 5CZ0A 4RKAA 1YXYA 4GWEA 4GC4A 4FHAA 3RMJA 1MEIA 3L67A 2X2GA 3T40A 1HG3A 4RZ6A 3DHDA 3QSTA 5E93A 4YLWA 4YWIA 4P2VA 4RX0A 3SZ8A 1EIXA 3BK0A 3UXDA 2G97A 3PSVA 1XDLA 2YDAA 3LTSA 5AC6A 5LNUA 1XDMA 1F2JA 1F7BA 4JTIA 3LCWA 1LLZA 2ZA2A 1LRTA 3FYPA 3PS7A 4G1KA 4AHPA 3DI0A 1NSJA 1X7FA 4O57A 3U8GA 4K37A 2WV8A 3OVPA 3TSDA 3W1NA 3EXRA 1YTDA 3NM3A 1YDOA 2X1RA 4MY1A 5C6MA 3LHVA 1TREA 1VHCA 2YCEA 4I7VA 4NT0A 3EWUA 3HPSA 5CPMA 1XUZA 2JBMA 3HG4A 3QMTA 2QCEA 4QITA 3L0GA 2FTPA 1K3UA 1SZNA 3ZFHA 3CLMA 1JCLA 3W73A 3STFA 4AHOA 2A1YA 3LXCA 3ATZA 1OG0A 4MOZA 3UWZA 4RR4A 3IVSA 3IVTA 4JIQA 1KA9F 2YFOA 3B4UA 3W87A 4ZL1A 4MYAA 4WQ6A 4CCDA 1FWTA 3BW2A 4O17A 2VOMA 2Y6ZA 5EPDA 5F1VA 2JKAA 3GDLA 1KFKA 3MYPA 1G7VA 2VFEA 4JX4A 3NQEA 2X1SA 2JKEA 3EWYA 3DFQA 1W5NA 3BGGA 3HPXA 1JVNA 2ZTJA 4GRSA 3LDVA 3NO5A 3VNDA 2C1HA 3IRDA 1AW2A 3W7JA 4JDBA 3JR2A 3B04A 3S6DA 3W88A 2G95A 4O8RA 4UFHA 2FIQA 1YLVA 5LHFA 1DORA 1SZFA 5TIMA 2B7QA 2GVJA 4HPXA 1I2PA 1NAL1 1A5BA 1G4SA 2E5CA 1HTIA 3DFPA 3KOFA 3UYCA 3WK0A 1SPQA 2Q8LA 4MFEA 3WJZA 3GDMA 3JRKA 2QCDA 3DXIA 4U28A 1OABA 1EP3A 2CU0A 3P84A 4X3ZA 3TCEA 2C16A 3TA6A 5TQLA 3HGOA 4CQ8A 1EPXA 4O4VA 4HNNA 1FDJA 4LUJA 1F74A 3PULA 4AF0B 5SWUA 5LKYA 1SO6A 3G18A 4JN6A 1C9DA 4OBTA 2E09A 2GVGA 4JTLA 2EHHA 1KLYA 1JJKA 2J24A 4WUIA 1Z48A 3E02A 5FEPA 3A5VA 4NNAA 3FLUA 4AVFA 5MHBA 3EB2A 2NUXA 3P74A 2QF7A 5CGQA 3MO7A 1VPXA 1TV8A 3EKLA 4N9CA 1OFPA 4A21A 5KINA 4NJGA 4PTNA 2ZCGA 3G1YA 4MLJA 2E5BA 4MKNA 2TMDA 3E0IA 3L21A 2ZZ4A 3T4CA 2QDGA 1MSSA 1OX4A 2YZRA 5DLCA 1H7WA 4IXHA 4UTTC 5HR6A 4TIMA 2BLEA 2GVLA 2I14A 1MZHA 2Y7GA 3EEGA 2JGQA 4PC8A 2VEKA 3GVGA 4LOCA 4AWTA 4GUFA 3NQ2A 2CLLA 5HQEA 2YXGA 5G4WA 3C4UA 1H7OA 2VKZG 1BWKA 1WA3A 2E1DA 1P4CA 1H5YA 2V5LA 1W3NA 5FF0A 1FWNA 4U4MA 1TPWA 1ZAHA 2DZSA 1EUNA 3ABSA 2FPTA 3IGSA 2WSYA 3CEUA 4FNQA 4K6AA 4DF1A 1FY6A 1KM2A 1GTEA 2ZZ2A 3TU9A 4EWND 2H6RA 1EB3A 1YADA 3NQFA 2E6FA 2KZHA 1ZAIA 2GUUA 2WJZA 1EUAA 1OFAA 1ICQA 1PIIA 3N3MA 3EX4A 2F7FA 3O05A 3W71A 4LWWA 2EPHA 4FXSA 1U83A 2QUVA 5CPNA 5ABTA 3CPRA 1JUEA 1W3TA 2VEPA 3C2RA 4QM1A 1HUVA 4ADUA 3QEZA 1FDYA 4M7SA 1I2NA 4LVFA 1TPC1 4O0ZA 3K30A 2R91A 3W1TA 4PL1A 4N4QA 2C6QA 4IMDA 5D32A 2B7OA 1ME7A 1TIMA 1HFBA 4UFJA 4ZQPA 4N9BA 1M5WA 5L6UA 5F2LA 4Z1BA 3A23A 2YYTA 3NM1A 3RK8A 3NEVA 5A8GA 1DBTA 2DORA 3FEMA 2WKJA 1KM5A 1LDCA 5K9DA 1PVNA 2X1TA 4E38A 4O53A 3TQ0A 1GEQA 3G3MA 3THQA 1RQBA 1KFEA 3NA8A 3MHFA 3QPYA 1WAUA 3MW7A 1R47A 1IIHA 1FQ0A 5J5DA 4UTWA 4WD0A 1VR6A 1VYSX 3UWWA 3CU2A 3DFNA 3EWWA 5K9XA 4PFMA 2X16A 2QKFA 1T0OA 3DENA 3BVJA 2V82A 3UY8A 1LZOA 5LGXA 2NXHA 5D02A 3W7CA 2V2DA 1F6PA 3HQ1A 3GKFA 4LTSA 3USBA 4NX5A 4EIVA 4UFLA 3B06A 4EVZA 3M7WA 4FNTA 1XBVA 4NNCA 1QO5A 4IX2A 3PUEA 1JUBA 2V81A 3G3DA 2EGZA 1H63A 1KBJA 1K02A 4A22A 2C15A 1GVRA 1SO5A 3I6RA 3M5YA 2YYUA 1T96A 3IIVA 4DBDA 4FO4A 1B57A 4GFSA 1ME8A 2NV1A 3B0VC 4IMCA 3U6WA 2J88A 4FX8A 5LNWA 5D04C 1XFBA 1YYAA 4RXGA 1A5SA 5IBXC 2YSWA 4KKXA 2J27A 5AHNA 4FXRA 4AXKA 3QZEA 1TCDA 3OHIA 4QJ1A 2ATSA 3N19B 3DFSA 3M1ZA 3LRMA 3SSJA 4RK8A 2V8ZA 1GYLA 2GQ9A 1G4TA 4BR1A 3L66A 1H7NA 4LW7A 4L4MA 3L9CA 1BKSA 1JQVA 4UCGA 3RU6A 4NJHA 3HF3A 1YDVA 5FESA 4UTUA 2UV8G 3GXTA 3MHUA 1OX5A 3F4WA 3DH7A 1EA0A 1KFCA 3E49A 1VCFA 3W2UA 2DZWA 3P61A 4IWWA 1FCVA 4XQ6A 3C0JA 1AL8A 4N4PA 3PY2A 2JK2A 3GDKA 4MZYA 2WNZA 3SR7A 4DO6A 1WXJA 3CM4A 2OMAA 4JTKA 1PL9A 1ZNNA 1R2SA 3CIXA 5CZSA 2OJPA 1W5QA 5BW6A 3TMLA 1EEPA 3PB0A 2CLHA 2ZZ1A 4R7JA 3HG5A 1PCWA 2FFCA 3QJAA 2DU2A 4XKYB 1GVFA 3NQ8A 3FKKA 4ALDA 2B7NA 3LHTA 4E2BA 4M19A 1PHWA 3W2JA 2CLMA 3UZJA 4BFAA 4JYDA 4UC5A 2V5BA 2YW3A 2FPVA 1AG1O 2C18A 3N14A 4OQVA 1NF7A 1LTDA 1RD5A 5EL1A 4RXFA 2Y62A 1UB3A 1Q6RA 1L6YA 3T78A 2NZLA 1KTBA 3W3OA 1Q6LA 1R2TA 3SGUA 5KZMA 1M6JA 1QPOA 1FCQA 1VHNA 3NQMA 2B0MA 1H1ZA 2QDHA 2WOQA 3FYOA 4BI7A 5K4XA 3DZ1A 1KM0A 1OFDA 3O07A 1LBMA 1P0NA 2NWRA 2Q3OA 4O11A 3IIXA 5U4NA 5EKYA 2WSRA 4RV8A 5I3HA 3PC0A 1TTIA 2BWGA 1J2WA 1EP2A 1LRNA 1XKYA 5DCDA 3WJSA 3GXPA 3F4NA 2Q3RA 5D2WA 2ZZ5A 1TRDA 1H62A 1FDZA 1YPIA 4E0CA 5TBOA 2TSYA 1F6KA 2V2CA 3LBMA 3W7HA 3HB9A 3NR0A 1J4EA 3CQ0A 3UQNA 2X30A 5G4EA 2ZTKA 4ORIA 1L6SA 3BLFA 3W1UA 5D09A 3PUDA 4H4IA 4Y9AA 2R8WA 3CC1A 1K7EA 3JS3A 4O54A 5FI8A 2H3BA 4KFOA 3EX3A 4IQLA 2ZRWA 6TIMA 1TMHA 2CZ5A 4LC6A 3FA5A 1ALDA 3MMTA 4POCA 3M43A 3MBFA 3QYQA 4EF8A 3ABOA 3KVMA 3PAJA 3QF0A 2Q8ZA 4ZQNA 4UTTA 1TB3A 4NJKA 3W6YA 2HSAA 5HUOA 3W1XA 1JCXA 1O95A 1TPUA 1OYBA 1WBJA 1UCWA 3UXAA 3GK0A 3LHZA 4WY0A 2A7PA 2WNNA 3L0NA 4WY0F 4O15A 1DOSA 3W7LA 1B4KA 5D2VA 1IF2A 3A22A 4LU0A 4FX7A 1K8YA 4IMGA 1YTKA 3L5AA 5DBTA 5CPLA 4ZZ9A 4W9TA 1VLWA 4RCXA 4WXYA 3BLIA 4HN4A 3T55A 3MYOA 1S5TA 4GUHA 4LY8A 4IPJA 4AF0A 4M5PA 3N2XA 2VFIA 4AWSA 3EWBX 1GJPA 2IQTA 2C0AA 3F1QA 4I7WA 5HWJA 3UD6A 4DBEA 1WDWA 2NX1A 4LVBA 3LCHA 4H3DA 3P5YA 4A3UA 4A2SA 5BNKA 5FF4A 2VFFA 2ABAA 1GPWA 2ZDRA 3KFTA 3NZRA 1FCBA 3G1SA 2ZA1A 3EKZA 3A9IA 4LRTA 3TAOA 4XTIA 4UR8A 3STEA 1VCVA 1SO4A 4UFMA 1LRQA 2B7PA 4H6KA 4K39A 1Q45A 2J6XA 3DBPA 3M0ZA 2QR6A 3C2EA 3LV5A 4R33A 5HWNA 4B5NA 5C2XA 1ML1A 1AL7A 3V75A 1C29A 5F2MA 3EX6A 5G2WA 1RPXA 2CW6A 1GVOA 3IIOA 3LB0A 3C2FA 1WYIA 2XN2A 5I3IA 3OVRA 1ICPA 3W75A 4ZQMA 5DN1A 4PEKA 1EP1A 3NPUA 3BARA 1DJNA 3MUXA 3EX2A 2DJXA 3E96A 1GVSA 5AFDA 1H60A 3RLUA 5BRBA 3G1AA 4AHQA 1VCGA 3OG3A 1ZHAA 1SFJA 3G1FA 1I45A 1GWJA 2Y63A 2QJIA 5KITA 2FB2A 1I2QA 2NXIA 5HNRA 1TTJA 1XCFA 4BI6A 1ME9A 1VGAA 1SZEA 3TW7A 4EOUA 4LV4A 4IMFA 4JICA 1RQEA 2QAPA 1TPB1 3THAA 4WZHA 3NQ7A 3CIWA 5H2ZA 1KFJA 1LBLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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