2WWCA

3d-structure of the modular autolysin lytc from streptococcus pneumoniae in complex with synthetic peptidoglycan ligand
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
431
structure length
431
Chain Sequence
AAAYWDGDYYVKDDGSKAQSEWIFDNYYKAWFYINSDGRYSQNEWHGNYYLKSGGYMAQNEWIYDSNYKSWFYLKSDGAYAHQEWQLIGNKWYYFKKWGYMAKSQWQGSYFLNGQGAMIQNEWLYDPAYSAYFYLKSDGTYANQEWQKVGGKWYYFKKWGYMARNEWQGNYYLTGSGAMATDEVIMDGARYIFAASGELKEKKDLNVGWVHRDGKRYFFNNREEQVGTEHAKKIIDISEHNGRINDWKKVIDENEVDGVIVRLGYSGKEDKELAHNIKELNRLGIPYGVYLYTYAENETDAENDAKQTIELIKKYNMNLSYPIYYDVQNWEYVNKSKRAPSDTDTWVKIINKYMDTMKQAGYQNVYVYSYRSLLQTRLKHPDILKHVNWVAAYTNALEWENPYYSGEKGWQYTSSEYMKGIQGRVDVSVWY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords 1,4-BETA-N-ACETYLMURAMIDASE
publication title Insights Into Pneumococcal Fratricide from the Crystal Structures of the Modular Killing Factor Lytc.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 124
structure length 431
sequence length 431
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2009-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF01473 CW_binding_1 Putative cell wall binding repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2wwcA02
1UWRA 5BYWA 4OOUA 4P7LA 4PMXA 1IT0A 1NM9A 4UQEA 4TOQA 3MV11 1GOMA 4IPLA 3VU2A 4IISA 1WAWA 4OOZA 5E6YA 5EB8A 3SIMA 4AIEA 4MNKA 1GONA 1QBBA 1E40A 2DQXA 3SURA 1J0HA 1NOFA 3TTYA 5BCAA 5D8WA 3ALGA 4Z2IA 1WZLA 3QHNA 5I2UA 1ISYA 4CD5A 1JZ7A 4KGLA 1JDDA 2WLZA 1JZ4A 2E8ZA 1W9UA 4CD7A 1MQRA 4PEEA 2WANA 1EIBA 4CN6A 3SUVA 1NARA 2ZIDA 5IHRA 5CGTA 4JFSA 1ISVA 1HVQA 2QMJA 2YL9A 1J18A 1GOKA 4J3VA 1WB0A 1QI5A 3OB8A 4PN2A 4UR9A 3FHQA 2XWDA 3UG5A 4WLCA 3D3AA 3KZSA 4AMCA 1DWHM 4DUWA 1BG9A 1WZAA 1KBKA 3ZJ8A 4UNIA 3F5JA 4UFJA 4W5ZA 4N0RA 4CD8A 4HMCA 3JUGA 6CGTA 1E0WA 1ZJAA 1C91A 3RJYA 5A6LA 2O9PA 2GFTA 1OGBA 4AZ6A 1XCWA 3WMSA 3ARSA 4JL1A 1SR0A 1ECEA 2HISA 4EAMA 3NSXA 2YL6A 4X0VA 1GOWA 3RJXA 3WFZA 2JF6A 3VVGA 2J8GA 1EGZA 4J3XA 1OGSA 4NRRA 3PZGA 5A6SA 3ZQ9A 2YA0A 1KGUA 4AZCA 4AEEA 5CQ1A 3AMKA 1JAEA 2XVLA 2YKKA 3GM8A 1CNVA 2VMFA 3AMCA 4BQ2A 3EMCA 1HX0A 1QI2A 1Y7VA 5BXSA 3CLWA 4HA1A 4UZUA 3VGGA 1XH2A 1XC6A 4GI9A 2DSUA 3T09A 2VZVA 3BMWA 4RL3A 3BMVA 4AD3A 2WBKA 1TR1A 2WB5A 1BVNP 1W3HA 3AISA 1DWFM 2CNCA 1J0IA 2J75A 2WCAA 1ZBVA 5JIPA 5GNZA 1HJWA 1LWHA 4HPHA 4X9YA 3ALFA 1QW8A 4H8UA 1VBUA 3VDHA 4KGJA 1JYWA 3CZEA 5CXPA 5A2AA 1PX3A 1FFQA 3OZPA 1OD0A 2WLYA 3KEHA 4W88A 1M7XA 4UQDA 3KL5A 4WF7A 2VCAA 2ZUVA 3VX1A 4B16A 2VX5A 3WDJA 3VD9A 5D8ZA 5HBFA 4ZE5A 5EMYA 3AOFA 1IV8A 4AD5A 5CJ5A 1I1XA 3K8LA 1E73M 2VRKA 3PZMA 3CUGA 2A3AA 4QLKA 3SUSA 4OJYA 2ZOXA 2W4XA 1GQKA 3SUTA 2XJ7A 1KBBA 2V3DA 2F2HA 1A3HA 1E55A 5BWFA 1PX4A 5I6SA 1AQMA 1KFWA 3VIGA 2OYKA 1WCGA 5ABFB 3WEZA 4Y7EA 2XPKA 4W85A 4W93A 3AZRA 2BXYA 1KXVA 4CKQA 5LA2A 3RILA 2CYGA 2CHOA 3LPGA 2D20A 4BCEA 1OD8A 4OIFA 3HU7A 3VGHA 1K9DA 1QI4A 3S2CA 3MKKA 4B9ZA 3AIQA 3CZGA 3WMCA 4A3YA 4UCFA 2J62A 1C7SA 2Z1KA 1X6NA 1LWJA 3CH9A 5A6BD 1GPFA 3NCOA 3WENA 1TFVA 2QPSA 2GK1A 5D9OA 2BHYA 2DEPA 2XSAA 5GNXA 3BAYA 1X6LA 2XFFA 3UERA 1HP4A 2XVGA 5F7UA 2CKSA 1XH0A 4MPKA 4JCLA 1BVZA 3GXMA 3WNNA 4DWSA 4AD1A 4HZ8A 1YQ2A 5TD4A 2OSWA 3ARZA 3WEOA 1DWGM 3I3DA 9CGTA 2A3BA 4KRUA 5CLWA 3CUIA 2D1ZA 5JBDA 1JDAA 1C93A 3RM9A 3WY1A 3KE0A 3ZJKA 3SCTA 2J7GA 3GNOA 4TXEA 1B3XA 5GNYA 3F4VA 2X1IA 4YHGA 1DWIM 1PBGA 2CEQA 2FGZA 3W6MA 1KXQA 5A1AA 3WQ6A 4DUXA 4M8UA 4KWUA 3WQ8A 1K6AA 1VFOA 3WBEA 3W37A 3AIWA 4Z2GA 4LYQA 4P8XA 1BYBA 2ZUSA 4D1IA 3WD0A 5A69A 3NDZA 2XGIA 1JZ2A 1CIUA 1C92A 1B3VA 3VM5A 5CSUA 4CVUA 3AS2A 4P8UA 2BVDA 2X09A 1UD4A 1ISXA 1EXPA 2YOCA 3AYSA 1CEOA 5E0CA 1AMYA 4OBSA 1QW9A 1PPIA 3VM7A 1CGUA 4MB4A 2JE8A 1W1TA 1P6WA 1M04A 2HVMA 3PZUA 1E15A 3G6MA 1E3ZA 3AS0A 3CZJA 4AZCB 1ESWA 4NZCA 1UKSA 1W3KA 5IDIA 3K4AA 3I3EA 3W29A 4D6JA 1D2KA 3GBEA 2ZXQA 4PBGA 3EMZA 4UFIA 1EQCA 3RO8A 5ECUA 1W1YA 4JHZA 1JYVA 1UD8A 3AMLA 3WSUA 4AD4A 1XD0A 3AHYA 2CERA 2CIPA 1FH8A 4W8AA 2CPUA 1JAKA 1FP9A 4BF7A 1XSJA 2JIEA 1UWIA 3N12A 1B3ZA 2D3LA 2VZTA 4J28A 4QLJA 5I3DA 1KXHA 1DEDA 1EDGA 3GZAA 3IJ8A 4W5UA 2DSKA 4HP5A 3WH6A 1UH2A 1GNXA 2DT2A 5EFDA 1CXFA 3MUIA 4WKAA 3VIOA 1H2JA 2VR4A 2YBTA 4H8HA 5AC4A 4P8WA 3VD5A 1HJVA 2Y24A 2GJXA 1LL4A 3L4TA 3MU7A 2AOSA 1J0YA 1EHAA 3OLDA 2WSKA 1EOKA 1EDQA 3MMDA 4PMDA 3WNMA 2OWXA 4LGXA 1CGTA 1YHTA 4WIWA 2PWGA 3GH4A 1GQJA 3PTQA 1BGAA 2AAAA 1KGXA 3CBWA 4NI3A 1L8NA 1ZBWA 2VC9A 3CHFA 1ITXA 3OG2A 4W8LA 4E8CA 2XFRA 1E0VA 3WFLA 3CO4A 1LQ0A 5BXRA 1CZ1A 1V6UA 4QCFA 2XYLA 1WDPA 3NYDA 1E6SM 4MDOA 4J27A 1TUXA 3ARTA 2FH8A 4R27A 5FL0A 3WNOA 2VCBA 3EDEA 4NRSA 4GIAA 4X0NA 3BSGA 2W62A 3FNDA 4Z2HA 1BTCA 3AS1A 4AXNA 3WDRA 1V6WA 2YIHA 4H7VA 2FDMA 1BFNA 3AS3A 2WZIA 1E3XA 1UA3A 2OSXA 2WAGA 3DYMA 4U2ZA 3WF3A 3O6AA 3WH7A 2RGMA 1V08A 4W86A 1D3CA 2GK1B 1WKYA 2UWFA 2W92A 2CESA 4GO9A 1JFXA 3DYPA 1WPCA 3L4XA 1UUQA 1E6QM 4DWSB 1PX8A 3NSMA 3IK2A 5CPSA 4D1JA 2PC8A 3NSNA 1R7OA 2RGLA 3VO0A 1NP2A 4PMVA 2E9BA 1E5NA 2QMKA 3MV01 2YA2A 3WKZA 3PZTA 1MFVA 4M81A 7CGTA 4TVUA 2YDQA 1V02E 2E9MA 2GJPA 3UG4A 4RE3A 3VGBA 1E71M 3ARYA 3A4AA 2WC7A 1ZL1A 3CIVA 3U7VA 1R8LA 1RH9A 5ABEA 4CN1A 3PZ9A 4PSPA 2VVSA 1NP0A 3WD4A 1UR9A 4MB1A 4CCEA 1I75A 1F4HA 3TA9A 2VTFA 2CBIA 1TZ7A 4E4PA 3ARQA 1H1NA 1BG4A 2VO5A 3CHCA 4M29A 2CBVA 3WDIA 4CVWA 1UWTA 3T2OA 3J7HA 2J25A 4HU0A 1KWGA 1J9YA 3GXFA 4UQAA 5ABHA 1CECA 1PIFA 3CZKA 4JCMA 3WUFA 3MANA 2WC4A 1C7TA 3BH4A 1Q4NX 5DF0A 1K9FA 2FGLA 1BYCA 1PZ3A 6A3HA 2E0PA 3WL0A 4U5IA 4JFWA 2WCGA 2ZX8A 2D0FA 2ZUWA 4DM2A 1TCMA 3CUFA 1UR0A 3WDPP 8A3HA 1G1YA 3TP4A 3VUPA 2ZUUA 1FH9A 1UKOA 1V0NA 2PWEA 1KCLA 4IPNB 1R7AA 3IJ9A 2OWCA 2XSBA 4W87A 2D3NA 3KL0A 2VURA 3AROA 3MUZ1 1KB3A 1QNSA 4UFLA 1JYXA 2VUYA 4ATDA 4LYPA 1MXGA 5C71A 4FLSA 1JD7A 3K46A 4GO8A 3DHUA 4F66A 3CUHA 4HZ7A 3VIJA 5D9PA 3AYRA 5E6ZA 3M46A 1V3IA 5EBAA 1MW0A 1UZ4A 2X2YA 1ODZA 3VD3A 3WF2A 1QHPA 4LPCA 1B3WA 1E72M 1UG6A 3VINA 2CBJA 1B31A 1EO7A 1TE1A 1CXHA 4MJ2A 2WPGA 4AC1X 1KCKA 1J10A 2PWFA 2GJXB 2X0YA 1JNEA 1IZJA 1SMDA 1XD1A 1WNOA 4JHOA 4WSJA 4EKJA 1XYFA 1UD5A 4TTUA 5LYRA 4M82A 2NSXA 2DT1A 5A6MA 1OIFA 4HPGA 1CXEA 4ZXLA 4RE4A 2YL5A 1DHKA 4BQ3A 4ML4A 5E09A 4FLRA 3VGFA 5I0DA 3W38A 1E43A 2X0HA 4S3KA 1GUVA 4M24A 4WSKA 1PZ2A 2C8NA 4GZJA 1HJQA 2XVNA 1JXKA 3LPFA 1UH3A 4WJXA 3W25A 2YDSA 2EPOA 1OT2A 1CLXA 1BQCA 4HMDA 1V3HA 3VIKA 1FHDA 1UKTA 1V3KA 1B9ZA 1QNRA 3FN9A 3VNZA 4AD0A 3N17A 5AYIA 1V6XA 1E6ZA 1JNDA 4N42A 1R87A 4U3CA 3EMQA 3HJEA 1VB9A 2BNJA 3QOKA 1WE5A 2G3MA 2D22A 2VNCA 4PCSA 4W7WA 1UOKA 2WVVA 3OLIA 4W7UA 3VNYA 3VDBA 4E8DA 5JIWA 2BHUA 1NOUA 4D6DA 4H41A 4DWSD 4ZEPA 3WH5A 3IJ7A 4QDMA 3K8KA 4FF5A 4BZYA 3GH5A 4HOWA 2VR5A 3PN8A 4L4PA 1VFFA 4UQBA 2XVPA 1CENA 3WDQA 3TTQA 3GBDA 5FIPA 2XWEA 2JEQA 2VT0A 3F5KA 2J7BA 3AXXA 3OA5A 1GJUA 3UESA 2ZUNA 4WKHA 7A3HA 2F8QA 3SCPA 4UFKA 1LF1A 4W8BA 4ZXOA 1V3MA 2A3CA 1HJUA 3BAKA 1VFUA 1NQ6A 2PI6A 2WMHA 1GOQA 4QCEA 4CCCA 4CD4A 1NWRA 1FP8A 1B0IA 1GCYA 1QPKA 1Z32X 2BV9A 2MANA 4JFTA 1C8QA 5BROA 1DTUA 4AZBA 2BY1A 2O92A 3ECQA 1HXJA 1FA2A 3SCRA 5A8PA 3A4WA 3VTRA 3WUBA 1NWTA 4FK9A 2X8RA 3PBGA 3W24A 4OBRA 1J0KA 2IXVA 1E56A 3BSHA 3GTNA 4TX6A 1L0PA 1E5JA 4FLOA 5FD0A 1H11A 3SCVA 3AXHA 4EE9A 3WNLA 4K68A 2GUYA 4UQ9A 3ZMRA 1JI2A 1V6YA 2YJQA 3AZSA 4XX6A 4RE2A 2WYSA 3AMGA 2A3EA 4D6EA 1B1YA 3OIHA 4HA4A 5I78A 1XGZA 4QLLA 1O7AA 2W5FA 4R5EA 3WDHA 2E3ZA 1E4NA 4UOQA 1VIWA 1W2VA 4W7VA 3WD3A 2EPMX 3AJ7A 1JZ3A 2C7FA 3N15A 2CXGA 1WO2A 3AHVA 3HMCA 3QHMA 3WQ5A 3OGRA 1MFUA 1EA9C 2WK2A 1E6RA 3GXDA 4J3TA 3WUEA 1J01A 3WD1A 4AISA 1JXJA 3BCFA 4J7RA 3GXIA 2CKRA 2D0GA 1R86A 4A4AA 1WZMA 1SFSA 1J12A 4M1RA 3CGTA 3D5HA 5CLTA 2JEPA 3II1A 3MMWA 3OBAA 5DMYA 1CLVA 3SCUA 2ZUTA 5M17A 3SEPA 3VOCA 2EPNA 1UD6A 3VDAA 4CUCA 1VENA 3POCA 4HOZA 3CUJA 3WF4A 2PF0A 4Z2KA 2Y4SA 2V38A 4KRTA 3EDDA 1UKPA 3EBVA 3N1AA 5DT7A 1E1FA 1UHVA 2ZX9A 3M07A 4Q22A 3GYCA 2V3EA 1G9HA 1B3YA 3VD7A 3RCNA 3W6LA 1A47A 5KZ6A 1KWKA 2W61A 1UWQA 1UWUA 3LMYA 5I77A 1UR1A 4PMQA 3VMOA 3AHXA 4CCDA 3UEQA 2BXZA 3MMUA 1QI0A 1GQIA 1BLIA 1OINA 1GORA 2J7HA 2A3HA 1GZJA 4P7NA 2W63A 2FHCA 3K1DA 1WZKA 1B30A 1PIGA 3B9AA 1LLOA 2J47A 1CPUA 3MSDA 2DIEA 1QHZA 3ARPA 1VBRA 2J8FA 5CPQA 4ZE4A 5A6KA 4MTVA 2WVVB 1OM0A 1FFRA 3WH9A 2Y2WA 2G41A 2XHYA 1HKIA 4U31A 3CTTA 4XV0A 4XUYA 2WKGA 1Q6CA 2WXDM 2ZWZA 5AC5A 3NUKA 5M5DA 3RM8A 1KQYA 1UD3A 1JF6A 4LYRA 2ZX5A 4OZOA 3O2LA 5BXTA 2UY5A 2ZICA 1F4AA 3UETA 1AVAA 4HZ6A 1ZU8A 4CU7A 3ZR5A 1J0JA 2WKLA 4GINA 1CXKA 3THDA 5M03A 3CHDA 1BYAA 3N9KA 5GPRA 2AMGA 2VZOA 3SCWA 1VAHA 3UR8A 1XSIA 1UKQA 2UY2A 4FMVA 5A3HA 1H3GA 3AHTA 4P7QA 1VJSA 3VDCA 1PEZA 4UTFA 2WNWA 2J7FA 2FH6A 1ZS2A 3AIVA 1CGVA 1CDGA 4QAWA 1US2A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UWR A;  5BYW A;  4OOU A;  4P7L A;  4PMX A;  1IT0 A;  1NM9 A;  4UQE A;  4TOQ A;  3MV1 1;  1GOM A;  4IPL A;  3VU2 A;  4IIS A;  1WAW A;  4OOZ A;  5E6Y A;  5EB8 A;  3SIM A;  4AIE A;  4MNK A;  1GON A;  1QBB A;  1E40 A;  2DQX A;  3SUR A;  1J0H A;  1NOF A;  3TTY A;  5BCA A;  5D8W A;  3ALG A;  4Z2I A;  1WZL A;  3QHN A;  5I2U A;  1ISY A;  4CD5 A;  1JZ7 A;  4KGL A;  1JDD A;  2WLZ A;  1JZ4 A;  2E8Z A;  1W9U A;  4CD7 A;  1MQR A;  4PEE A;  2WAN A;  1EIB A;  4CN6 A;  3SUV A;  1NAR A;  2ZID A;  5IHR A;  5CGT A;  4JFS A;  1ISV A;  1HVQ A;  2QMJ A;  2YL9 A;  1J18 A;  1GOK A;  4J3V A;  1WB0 A;  1QI5 A;  3OB8 A;  4PN2 A;  4UR9 A;  3FHQ A;  2XWD A;  3UG5 A;  4WLC A;  3D3A A;  3KZS A;  4AMC A;  1DWH M;  4DUW A;  1BG9 A;  1WZA A;  1KBK A;  3ZJ8 A;  4UNI A;  3F5J A;  4UFJ A;  4W5Z A;  4N0R A;  4CD8 A;  4HMC A;  3JUG A;  6CGT A;  1E0W A;  1ZJA A;  1C91 A;  3RJY A;  5A6L A;  2O9P A;  2GFT A;  1OGB A;  4AZ6 A;  1XCW A;  3WMS A;  3ARS A;  4JL1 A;  1SR0 A;  1ECE A;  2HIS A;  4EAM A;  3NSX A;  2YL6 A;  4X0V A;  1GOW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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