2X0YA

Screening-based discovery of drug-like o-glcnacase inhibitor scaffolds
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
publication title Screening-Based Discovery of Drug-Like O-Glcnacase Inhibitor Scaffolds
pubmed doi rcsb
total genus 233
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2009-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2x0yA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2x0yA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2x0yA01
2WMJA 4UFJA 1CXEA 2XVPA 4HA4A 4OOUA 3WMSA 2GJXA 1V6XA 5I5RA 4WIWA 1W3KA 2WNWA 1KXVA 3O9NA 1HXJA 2W67A 4AEEA 1NWUA 3OGRA 4XX6A 1OBAA 1JNDA 2V3EA 1E4NA 1H0IA 2CBUA 1UKTA 1QBBA 1JYVA 5A8MA 3LPPA 1ODUA 1B9ZA 3DHPA 1UQYA 1K9TA 3N9KA 2WZHA 3ARWA 1ISVA 2BY1A 1MW0A 2J7CA 3T08A 5HBFA 1ZU8A 3T09A 1V3HA 2VRQA 1M01A 2A3AA 4UQBA 3GZAA 5GQBA 3CLWA 2BVDA 2D23A 4HP5A 3AS2A 4EE9A 3CPUA 3CUFA 5GNXA 1Q6DA 2JE8A 3SUSA 4IM4A 1NWSA 3WEOA 1VJZA 3QOMA 3HJEA 3MO4A 1WZKA 3VDCA 3AS1A 4UR9A 2HVMA 3MUZ1 1GORA 2RGLA 2BY3A 4V2XA 1V6YA 1QHPA 1EA9C 3BAXA 5E9AA 3RILA 1WO2A 3WL1A 3RM8A 2C7FA 4B16A 4EK7A 5A6AA 5DT5A 2VZSA 1J18A 5IFTA 1JZ5A 1H1NA 2X09A 2UY4A 3CHEA 4AZCB 4XV0A 2YDSA 5LA1A 3BLKA 4LX4A 3WH5A 1A47A 2XG9A 3AZSA 4W8LA 2D1ZA 5C71A 4TVUA 1LWJA 1I1XA 2Y8KA 4Z2JA 1HJVA 1GJWA 4H8UA 4PMQA 4QCFA 1CYGA 3T0DA 5CGMA 3TOPA 3AZTA 1J0HA 4PTXA 4H41A 1B3XA 1Q6CA 4UFIA 3WD4A 1LQ0A 5JBFA 4RL3A 4DUXA 4QAWA 3ZR5A 3QHMA 2WMKA 1JYXA 4QDMA 3ZSTA 5LA0A 2XTKA 3BAKA 2UWFA 1LWHA 1PX8A 4PTVA 1K9EA 5A3HA 7TAAA 2FHCA 3WF4A 4RE2A 1W2VA 4HMCA 4UQ9A 4L4OA 4LQ1A 1BLIA 2A3CA 1FP9A 3APGA 3NDZA 3WENA 3AIVA 3DECA 4F9DA 3W82A 1PJ9A 2WWDA 3CGTA 1DWIM 4GI9A 1ZBWA 2YIHA 1QNQA 4CN6A 2D0HA 3F5LA 1HX0A 2WHKA 4PSRA 3RCNA 3MMDA 4WSJA 3WH8A 3A4XA 1W2PA 1CXLA 1LF1A 1N82A 2FH6A 1AVAA 1CLVA 4W8AA 1EGZA 3SUVA 4PUEA 1UR1A 2PWGA 2GK1B 3VVGA 1QNSA 5CZKA 1MW1A 4XB3A 4PMVA 3GM8A 3WD1A 1CGWA 3W27A 3JUGA 1J9YA 5ABEA 1QI2A 1C92A 4FK9A 4LYPA 4IISA 4QFUA 4U33A 1MQPA 3AQUA 3VU2A 5D9OA 1FH8A 2EPMX 1V3LA 5I79A 2DDXA 4JIEA 5FL1A 2NSXA 1TR1A 3SUTA 4GI8A 5BXRA 3BCFA 4W7VA 1I75A 1EDQA 3UESA 2GDVA 1RD6A 2D2OA 2VVNA 1E71M 4D6IA 5KZ6A 3GNOA 4P7LA 5CPQA 1JI1A 2VR4A 2X2YA 4TX6A 2FGLA 3VINA 3GBDA 2BNJA 4NRRA 1V0LA 3WUEA 1JZ8A 3N04A 5BCAA 4W88A 3VDAA 2FHBA 3CMGA 2UY2A 1BGGA 3VIPA 1QNRA 5IHRA 3OIHA 1CEOA 3VO0A 1VEOA 3W0KA 3W53A 4W93A 4WLCA 1CIUA 2JEQA 1JGIA 2E3ZA 3OGVA 1BG4A 1E6SM 3IK2A 1LL6A 2Y24A 4D6HA 3AMCA 1OCQA 3WNKA 1JG9A 1CWYA 4J7RA 1SMAA 4AZIA 3WQVA 3AMGA 1UR0A 2ZX6A 5M3WA 4PMXA 2WZEA 1KGWA 4WKAA 3AHTA 1V3IA 1JIBA 3MUIA 1XV8A 2CBVA 4MAVA 4U5IA 1VEMA 3N11A 5BWFA 2NW0A 3BLPX 1KGUA 5TD4A 3OLEA 1CGXA 5JIWA 3QR3A 1KXTA 1HKMA 3IAQA 4Z2IA 5IHSA 4D6JA 4B9YA 2DT2A 1XCWA 3VMOA 3K4AA 4JKLA 4KGJA 3DC0A 1W9BM 4GZIA 3IAPA 3K8KA 2YA0A 2YBTA 5AC5A 1K6AA 1R8LA 4HTYA 4YPJA 3SCUA 2ZICA 2BHUA 2WC7A 4MADA 2VCCA 4HOZA 1WZAA 1H49A 3VIIA 1OT1A 3LPGA 3LPOA 1LL4A 1R85A 5M5DA 4MPKA 3EBVA 3VX1A 2VZVA 5BXTA 1G1YA 1TA3B 4X9YA 1GW1A 4U5KA 1UH2A 3GNRA 3NCOA 4DWSA 2OWCA 5FIPA 4W86A 3OGSA 1J0YA 4D72A 5FOOA 1GOOA 3ALGA 1H41A 3MMWA 1UD5A 4BF7A 1U30A 1BFNA 1LG2A 2BVYA 4UZUA 3VMNA 3BMWA 3WQ6A 1JDCA 4P7NA 1UKOA 1UKPA 2XGIA 4TVDA 1UZ4A 3G6MA 4CCCA 3WKZA 3KE0A 2OYMA 3L4VA 1BYBA 4TTUA 3ZJ6A 3IANA 2GSJA 1UR8A 3WFLA 1SFSA 3UG5A 2X8RA 3PTKA 2VX5A 4BQ3A 5E0FA 1HIZA 4D6FA 1WPCA 3WDJA 5FD0A 4H7VA 3KL5A 5E09A 1V0NA 2VCAA 4ATDA 2EPOA 2RGMA 4ATLA 1RP8A 4L4PA 1W9PA 4BQ2A 3ZT7A 1J12A 1GJUA 1SMDA 1TVNA 3W28A 5BXPA 1AQHA 2VZOA 3N17A 4M80A 1FH9A 5FKYA 4Z2HA 5EB8A 1DWGM 2YL6A 2W92A 3MKKA 1JZ7A 1H09A 4TUFA 1UKSA 3BH4A 3F5JA 2GFTA 2G3NA 4P7QA 5FCZA 3W4RA 4ACZB 1HKJA 4U2YA 4Q7NA 1E6QM 1X1NA 4GO8A 4ZFMA 5I78A 2DPEA 1VIWA 3MU7A 3J7HA 1OINA 2V38A 4OJYA 3AHYA 3WFZA 3OG2A 4WK9A 1U2YA 4EKJA 2AAAA 2NT0A 4XUYA 1BAGA 1OM0A 1ITXA 5A2CA 2WKGA 1R7OA 2VR5A 3FNDA 1CGUA 1H3GA 3VIKA 1CZ1A 1LJYA 5ABFA 3ZMRA 1PPIA 2CETA 4TVCA 2J7BA 5I2UA 2V3GA 2VX7A 2WSPA 5A94A 4A3YA 3WBEA 1SYTA 4UFLA 4Z2GA 2ZUSA 5AY7A 2J62A 5D4YA 1AQMA 4OIFA 3QOKA 1UWRA 2WBKA 1EDTA 3FY1A 4C7FA 4GQQA 5DFAA 4JL2A 1C90A 4HZ7A 1BPLB 3PZGA 2GJXB 2G41A 3VGBA 1OIFA 2IUZA 2DT0A 3PTQA 1BQCA 1V03A 4CU8A 4J3VA 5A8OA 3QHOA 3GXFA 1D2KA 1XC6A 1HKKA 2YKKA 2D22A 5I23A 8CGTA 1B3WA 3T2OA 1ZJAA 2W91A 3WNLA 1UD6A 3RO8A 4AYSA 1R86A 5LYRA 4TTGA 1E6NA 5GNZA 1C3FA 1TFVA 2DSUA 4LYQA 3M07A 1V0KA 5A6LA 4KGLA 2EJ1A 2CERA 1BTCA 3N15A 1GQLA 1MFVA 3WQ4A 4HPGA 4AD0A 1HL9A 1VBRA 4IUGA 4JFUA 5DO8A 2X1IA 1M53A 4XZWA 4UOJA 4W89A 3I3EA 1MXGA 3PHAA 1M04A 3UG4A 2QLYA 2HISA 1GHRA 3ECQA 1E73M 1OIMA 5ABHA 4KMQA 4QCEA 4TX8A 3MSDA 1TE1A 3I3BA 1CTNA 4JHZA 2CCRA 4U3AA 4FLQA 1GPFA 3AXHA 1ESWA 3CZJA 3KWXA 5BYWA 1HKIA 3BGAA 4ZXOA 3U7BA 4Z2KA 4LPCA 1OGGA 4OKDA 2VOTA 2YDRA 1J0ZA 2X05A 2CBJA 1KFWA 3AS0A 2XM1A 1XSJA 1XSIA 3FHAA 1JYNA 1E3ZA 4CN4A 3AXIA 1WDQA 3AICA 2CHOA 4GXPA 2QPUA 4N0RA 1CXKA 3CTTA 4MB4A 3GH4A 1B0IA 4FLRA 4DUVA 4J3XA 3PZQA 1WP6A 2WCAA 2WVSA 1UH3A 1RPKA 3SCVA 3VIMA 4UTFA 4AEFA 3TTYA 1MVYA 1GQIA 2XUCA 4ZENA 1KBKA 2XYLA 3SCQA 2PWHA 4W7WA 4CCEA 2ZWZA 3WY1A 2BY0A 1G5AA 3ARQA 2VRKA 2XIBA 4WSKA 3BSHA 2G8ZA 2VRJA 2WBGA 4CD5A 1PIGA 3ZJ8A 3W38A 3MSGA 4GZEA 3WH6A 2J75A 3B8SA 3AYRA 1ISXA 1VBUA 2DSZA 4FLSA 3BAIA 1C91A 4MJ2A 2VC9A 2VUYA 3MANA 3WD0A 3PN8A 4DUWA 3WEMA 1I1WA 5A6BD 1PIFA 2ZWYA 3B9AA 4PMOA 1KQYA 1ECEA 1VFFA 3A6OA 3D3AA 2XFRA 3WQ5A 1NOWA 4PMYA 4UFKA 2DT3A 4JL1A 1W3JA 1DP0A 3BXWA 1PZ2A 3UR8A 2XSAA 1CGYA 3B9DA 3VD7A 1WB0A 1IT0A 4K68A 3WMBA 2VTFA 1Q6GA 2ZOXA 4TOQA 1DHKA 1Q6FA 2J74A 1K9DA 3POCA 3GXMA 2WZIA 3IJ8A 3VPLA 1UD8A 4J3UA 2EPNA 3ZO9A 4AZ7A 4M8UA 4CD6A 1HJXA 4AIEA 2WKLA 4QLKA 2DIJA 3NYDA 4PN2A 2XVGA 3CIVA 3CZGA 1XYZA 3GYCA 1KB3A 2GDUA 3CUIA 4CUCA 5IFPA 4D1IA 5DEZA 3DHUA 5EFDA 3EDJA 3WF3A 1FA2A 2OWWA 3AIBA 2Z1KA 1E4IA 1NARA 4IPLA 1WNOA 5HNNA 1H4PA 1O7AA 1FH7A 1IZJA 4M29A 1VJSA 2WVVA 3NSMA 1V0MA 1U33A 2ZXDA 3WDQA 1MW2A 4MDOA 1RH9A 4ZXLA 2E9BA 2VQTA 3U5UA 1UZ1A 4PBGA 2W63A 2WW5A 4GZJA 2YDQA 3SEPA 1BVNP 2Y5EA 4D6CA 4IPNB 3ALFA 4E4PA 3KL3A 1GNXA 4AD3A 1P6WA 1MFUA 3HN3A 4PCTA 1GQJA 1CDGA 2WAGA 2O9PA 1JF6A 3KZSA 4PUDA 3T0AA 1FP8A 2W5FA 4PMNA 3VNYA 4AZ6A 5I6SA 1E4LA 3WUFA 3SCPA 2EQDA 1XD1A 2BV9A 2VMFA 3VX0A 3CUGA 2A3HA 4PCSA 3T2QA 1G94A 2PI6A 1UOKA 4AIUA 1FHLA 1FFRA 2WMIA 1B1YA 4U31A 4F79A 1GOWA 2JIEA 3AHXA 4P8XA 4H8HA 1UYQA 4N42A 4CKQA 3W25A 5C70A 3K4DA 3M46A 3SCRA 5GPRA 1C8XA 2YLLA 1JDAA 3FAXA 2ZX8A 2D3LA 4W85A 3BSGA 1JF5A 4CCDA 4AWEA 1KWKA 2ZX5A 3RPMA 5A6KA 5A8PA 1E1EA 1C8YA 2D24A 1DWAM 3WNNA 1UG6A 2WYSA 2CKRA 1VFMA 3VDHA 4MNMA 2X0HA 2CHNA 1BF2A 3AMDA 1O6IA 4RE3A 3E1F1 5CQ1A 1CECA 1ISWA 2QV4A 3L4TA 3NUKA 3TA9A 2DGAA 2YL5A 3MUAA 1YQ2A 4PYSA 4CD8A 4GIAA 4HU8A 4DWSB 1HL8A 3AHZA 1QNOA 1W1YA 2VURA 1VFOA 1W9VA 3DYMA 1GQKA 2G3MA 3AI0A 4NF7A 4UQDA 5HDRA 1V3KA 3L4ZA 4AZ5A 3THCA 3AFBA 1EHNA 1ZL1A 2W4XA 5GNYA 4CD7A 2VT0A 3VIJA 1W1TA 2JF6A 2WLYA 1ZS2A 4KRUA 3W6MA 3WDRA 1QNPA 5AYIA 3BAWA 4KWUA 1KWGA 5AC4A 1BVZA 1JXKA 1UQZA 5CJ5A 1E0VA 3UERA 4PTMA 4BQ5A 1UH4A 1DWHM 1TUXA 1NP2A 4PRWA 3VD3A 3OLIA 5E0CA 4LGXA 6CGTA 1J0JA 4PSPA 3PZ9A 3WNOA 4YN5A 1ZBVA 4FMVA 2Y8VA 5CGTA 2G4FA 1J0IA 4NRSA 1GVYA 1DWJM 3VIOA 1DTUA 4UOQA 2QPSA 1JNEA 5E6ZA 3N13A 4D1JA 3WF2A 3W81A 6TAAA 1XGZA 1E40A 1JFHA 3RMEA 2EPKX 4UQAA 5BROA 1CXHA 3AZRA 1X6NA 3CH9A 2PBGA 3B9EA 4W7UA 3CHCA 3W29A 3U5YA 2W62A 5CG0A 3AOFA 2WLZA 2WWCA 5A6MA 4MTVA 4AD1A 1JDDA 5I24A 1E0WA 1E56A 3SCOA 3T0BA 4OZOA 2J4GA 4D6GA 3ZR6A 3SCTA 2J79A 4GQRA 4M56A 3PZUA 5D8ZA 1GUVA 3RJYA 5CLWA 1E4MM 1GCYA 4GO9A 2VNCA 2JF7A 5HOSA 4X0VA 2V3FA 3VGGA 3HMCA 5ABFB 1W91A 2YJQA 3ARUA 4CD4A 1V6VA 1EH9A 4M24A 3EMZA 3ZJKA 1W9UA 1CNVA 1EQCA 4DM1A 1GOMA 3SUWA 1J11A 3ARZA 1XH0A 4NZCA 3AMKA 6A3HA 2YL9A 1CXFA 4BA0A 4NI3A 3BAYA 1NM9A 1UD2A 5IDIA 2J8FA 3CO4A 3AROA 4M1RA 3OA5A 3M6DA 2J25A 1NH6A 4MJ4A 5A6SA 1EOMA 1WDPA 4OBSA 2FDMA 2B31A 4AXNA 3OLDA 2XIIA 2YA1A 4QLJA 1BYCA 4UFHA 2W61A 5KEZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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