2X74A

Human foamy virus integrase - catalytic core.
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
189
structure length
187
Chain Sequence
RPQKPFDKFFMDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPRVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSKVERKNSDMKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLAMNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Viral protein
molecule keywords INTEGRASE
publication title Structural Studies of the Catalytic Core of the Primate Foamy Virus (Pfv-1) Integrase
pubmed doi rcsb
source organism Human spumaretrovirus
total genus 55
structure length 187
sequence length 189
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-02-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2x74A00
4HHTA 4HUGA 5I3UA 1TK5A 3LPTA 4J2EA 2HHUA 4CIEA 4WE1A 4EZ9A 1LWFA 2VWKA 4KTWA 1WSFA 4KHUA 4CGJA 2B5JA 3B6OA 3LALA 4CJUA 4DSEA 4CJWA 3U6FA 4J2DA 1VSLA 3BGRA 2WONA 4DTJA 3SCXA 2YHAA 3CM6A 4FM1A 2G8IA 2G8HA 4B8AB 2Q3SA 3ZCMA 2XO7A 3KD5E 4F2RA 1U04A 4ID1A 4KRFA 3ZSVA 4B9MA 3PX0A 3HL8A 4CEFA 2IOCA 1FKOA 3HPGA 1SV5A 4KHQA 3TAPA 3RTVA 3NGYA 4RG8A 4B3OA 2PYJA 4I2PA 4GVMA 1S1TA 1BQNA 4CFAA 3V1QA 3TAFA 1KTQA 4CJ4A 3O3HA 5J2QA 4KPYA 1J53A 1L5UA 3LP0A 1KFDA 5CZ1A 1J5OA 4O44A 3OS1A 3KIOA 4CJLA 4M45A 3OYAA 3AVAA 2D5RA 3QESA 1YTUA 3V81A 2E6LA 3AVBA 4L8RB 3MECA 3RR8A 2KQ2A 3AA3A 1ASVA 3C6TA 2F96A 3DM2A 3L2UA 3QEXA 2A1RA 1HQEA 1CLQA 1A5XA 1CXUA 2YHBA 4CF1A 3G10A 4RW4A 4CIFA 3V6DA 1SKWA 4PY5A 1JLQA 3DLHA 1IKYA 3KKRA 4DF4A 3KLIA 4RW8A 3K59A 4DLEA 2HNDA 2HHWA 4CJSA 3QO9A 4IFVA 5SZTA 4FLYA 3OS2A 2JGUA 3SQ1A 4KAZA 2HB5A 3IG1A 1NK7A 1HYZA 3RR7A 4F4KA 1YVUA 4Y1CA 4Z4IA 4FZZA 1VSKA 1YTAA 1HNIA 3AVKA 1VSHA 1Y97A 3NF6A 5CYQA 3ZT4A 3SV3A 4LH5A 5DK5A 2GUIA 4FJGA 3ZSYA 1JLBA 3S3NA 4M3RA 1SKSA 1LAVA 2B4JA 4OGEA 4K8ZA 3U3GA 2OPSA 3DMJA 4JRQA 2F8SA 1J9AA 4PA1A 1REVA 4AHTA 1R0AA 4F8RA 2XY8A 3DLKA 1TKDA 3AO2A 4KTQA 1FK9A 3VQ5A 1NJXA 1VRTA 4CFCA 3QEPA 4M42A 2OPQA 3QEIA 5EU7A 3RRGA 1HJRA 2OPPA 3DLBA 4E1MA 4B08A 3AVGA 4CK3A 4ICLA 2DY4A 2Z1IA 5J2MA 3UIQA 2A1SA 2EX3A 3VQ6A 4O55A 1IKXA 3K57A 3NH1A 2HHVA 4OGCA 3O3FA 4DTOA 4M3XA 1TV6A 4AILC 2E4LA 1BIUA 4BWJA 1WLJA 3CFPA 2ZQBA 1Z25A 3NF7A 3HJFA 4DSJA 1T8EA 5FRMA 4ELVA 5CY4A 3AVIA 3HVRA 1S1VA 1QQCA 2XY5A 1TK8A 2HNZA 2LSNA 4Z4CA 1VSFA 4E7LA 3QETA 4F3TA 3M8RA 4CE9A 4CHYA 2JLEA 2ZD1A 1RT3A 3OJSA 3HPHA 4LD0A 2Y1IA 2PY5A 4DQIA 4N41A 5KGWA 1C0UA 2D0BA 1QHTA 4RW6A 3WNFA 4AHRA 3V9WA 3MXIA 1BI4A 3B6PA 3V1RA 4E7HA 4HCCA 5C25A 2I5JA 2XY7A 4B9TA 3VQAA 3KK1A 4OPJA 2FBXA 4R5PA 3OYDA 4KKOA 3V4IA 3ZT3A 1WAFA 3CG7A 3ZT0A 1KVAA 5SWMA 3LAKA 4CFDA 3OYMA 3LANA 3OYEA 1Q8IA 1X1PA 1K6YA 5HRNA 4DU1A 1WNSA 4FJHA 2HVHA 2ATQA 4KV8A 3KJVA 3ZSZA 3LWLA 1NJWA 3HO1A 1KVBA 1EP4A 4BDYA 2VWJA 1NKBA 4Z4HA 1TGOA 2IDOA 4C8OA 1QSLA 4YNQA 3S3OA 2ITGA 4DFPA 2QK9A 3VN5A 4FLVA 4OKEA 2BANA 3KK2A 3OYIA 3ZSRA 4K8XA 1HYSA 4BDPA 3PUFA 3SUOA 1N5YA 3RRHA 2D0CA 3OY9A 3OYGA 1RTJA 4DF8A 3VQBA 2B6AA 1IO2A 4FJ7A 1VSMA 1WSHA 1RDDA 1D5AA 3LP3A 3TAQA 2HVIA 3HPOA 4DTPA 5FDLA 4FLWA 3NBPA 1ZBHA 1IKVA 4M41A 1VSJA 5HRPA 3NGZA 2Z1GA 3K5NA 3QERA 1NKEA 2EHGA 1A5WA 2WOMA 1RNHA 4OVLA 1ZBLA 3DLEA 1RILA 2YNHA 3BDPA 4AHUA 1T03A 4DLGA 4I9LA 4MQ3A 4Y1DA 4CHOA 4N56A 1IG9A 1S9GA 3DRSA 4DTSA 4W5OA 3WNGA 2FBTA 3E01A 4FM2A 4M3UA 1IH7A 1RTHA 3H08A 3TAGA 2BGGA 3V9SA 3OVNA 4LH4A 1XWLA 3TR8A 2NUBA 5HLFA 1ASUA 2X74A 2KTQA 1BHLA 3U3YA 1TAUA 1Q9YA 2KFNA 3AVMA 2Z1HA 4CJTA 4CJEA 4Z4GA 3SUQA 1JLFA 4CJPA 4BE1A 2R7YA 2HHSA 3I8DA 3ZSQA 3HP6A 3DRRA 1LV5A 4FXDA 3ALYA 3HSTB 5HBMA 1BL3A 2P1JA 3TAMA 2G8FA 3O4NA 3ULDA 2P5OA 4KHNA 1RT1A 2O4IA 3AVFA 3LZJA 4DFJA 1CXQA 2DTUA 4DS5A 3LAMA 2IGIA 3K5OA 1RTIA 4CGGA 3DOLA 4ZTJA 1D9DA 3AO3A 1RDCA 2QXFA 3C94A 1RBRA 4B8CA 4CHQA 4BE2A 5I42A 3THVA 2KFZA 3C6UA 4DSFA 1NK4A 1XI1A 1LWEA 3M8QA 4YFUA 3PY8A 3VQQA 4CEZA 1QSYA 2OYQA 3HM9A 4BE0A 2HHTA 4DU4A 1RBSA 3MEGA 2XY6A 1Z26A 2W42A 4B9VA 4PUOA 1F21A 5HRSA 1DLOA 3CQ8A 4KB1A 2DFEA 4QAGA 4MFBA 3L2QA 3LPUA 4DQPA 4DWIA 3O3GA 2BE2A 3NFAA 1SL2A 3NH0A 4CEEA 1JL1A 3ZSXA 4FLUA 4DS4A 4W5QA 3L2WA 1VSEA 4CK1A 2OPRA 1D8YA 3IS9A 3A2FA 1S1WA 1RDBA 5CYMA 4DTMA 4IKFA 5C24A 1BGXT 3HP9A 3KD1E 3VQCA 5KRSA 3K2PA 4ZTFA 1WN7A 1GOCA 2IC3A 3NDKA 4KHWA 4I2QA 2BDPA 4LSLA 1SUQA 4BWMA 4HVJA 4DTUA 3NF9A 1NK0A 4FJ9A 4DQQA 4C8MA 2PYLA 1HMVA 3DLGA 3ZSOA 4CJ3A 1LWCA 1UWBA 5J2PA 4DSLA 4B9UA 1TKZA 1VSDA 1VK0A 3TI0A 3AO1A 2G8VA 4OKJA 2P5GA 2FBVA 4M3ZA 3VQ9A 1JLEA 3SJJA 4CGFA 3KLFA 1T05A 3ZT1A 4E7IA 1JLAA 3NF8A 4PQUA 1D9FA 4N76A 1UAXA 1DTQA 4M3WA 4DSKA 5HP1A 4FK2A 3VQ8A 2KZMA 2DFHA 4FJIA 3HXMA 1JKHA 1RT6A 1S5JA 3OYCA 3VQDA 4HUEA 1UA0A 2G8KA 4KHSA 4GMJB 1QE1A 2E6MA 5DMRA 5KGXA 1RTDA 3OYHA 4CEDA 4J2AA 4CJVA 1RT5A 3C95A 3KKSA 4CEQA 4ELUA 4C8NA 4FYDA 4CCHA 4FLZA 1XC9A 3L3UA 4F2SA 4CGDA 4E0DA 4HCBA 3MEDA 4O4GA 5JS2A 3V1OA 3EZ5A 3AV9A 3TARA 3OYKA 5JS1A 4KTZA 4FJ5A 1NOZA 1KLMA 4E7JA 4CGIA 4DSIA 3CM5A 2X6NA 3K5MA 3LP2A 3DYAA 4DG1A 3M8SA 4Q5VA 3QEVA 3ISNC 4CFBA 3RMBA 4IBNA 3IRXA 2VG7A 1RT2A 2YNFA 5HROA 3VQ4A 3HT3A 3OYBA 1B9DA 1I39A 4CHNA 1ZYQA 4FM0A 2KZZA 2PZSA 4ZHRA 4C8KA 4CIGA 3DLRA 2Y1JA 4OLBA 3ZT2A 3K58A 1JL2A 4Z4FA 3WNHA 3SQ0A 2G8UA 1CZ9A 5FROA 1BIZA 4CK2A 4J2BA 4BDZA 4JS4A 3NGIA 1MU2A 2X78A 3AVCA 1HYVA 1RBVA 3DRPA 3QIPA 3AA5X 4FJMA 2FBYA 3OYFA 1RT7A 4NYFA 5CZ2A 1B9FA 5D3GA 1Q9XA 1EETA 4OJRA 4CEBA 3PX4A 2HW3A 2YKMA 4FVMA 3VQEA 2P51A 3L2VA 2XHBA 3KTQA 2DFFA 3MEEA 1C6VA 1WSGA 4KO0A 4B9LA 4IDKA 4Z4EA 1KLNA 4CF9A 1WSEA 3TABA 1HRHA 3HYFA 1FXXA 2HHXA 4Q0BA 4M3TA 4W5NA 3SI6A 1S9EA 1L3VA 4H8KA 1HQUA 4CF0A 5KTQA 3QLHA 1U48A 4N5SA 1YT3A 4NCGA 3AA4A 4FCYA 4DFKA 3DOKA 3M8PA 3QIOA 4KI4A 2OZMA 2ZE2A 1ASWA 1X9SA 4FZXC 1U4BA 4KREA 3QNNA 3SUNA 3VQPA 1BQMA 4FLXA 4C8LA 1CZBA 1C0TA 4GW6A 3MXJA 2IS3A 4DMNA 5T7BA 4DTNA 2G8WA 4EZ6A 2VG5A 4CJFA 3OYLA 5C42A 3D0PA 2YV0X 1WAJA 3P5JA 5J1EA 4KFBA 1C1BA 1ZBFA 3LP1A 4E89A 4DU3A 4B9NA 4B9SA 4E3SA 4CJQA 4I7FA 1JXBA 3OYNA 1L3SA 2RPIA 4KI6A 4LY7A 4KHYA 3CYMA 1BCMA 1NJZA 1NK6A 4JLHA 4FK4A 2IAJA 3VA0A 3RMDA 4CEAA 2OZSA 2GBZA 1RDAA 3DI6A 3ITHA 4PWDA 1LW0A 1J54A 3OYJA 1NOYA 1X9MA 4IFYA 1S1UA 4EP5A 3LDSA 4FZYA 4M3YA 4FJJA 4FJ8A 1NJYA 2RN2A 1RBTA 3OS0A 3RMCA 1TVRA 3QINA 3SQ4A 3PO5A 2F8TA 4ELTA 3RMAA 3TANA 3T3FA 2QKBA 3AVLA 4CJ5A 1LAWA 1JLCA 1U45A 1TK0A 1HPZA 3P83D 3O4QA 3TWHA 5J2NA 3SPZA 3I0RA 4QCLA 1U49A 1GOBA 3ZSWA 4O0IA 3SUPA 3RWUA 1RT4A 4TSXA 3AO4A 1W0HA 3PX6A 3MAQA 4HTUA 3NCIA 2YNIA 3T1AA 3SNNA 3F73A 1QTMA 1KRPA 4H4OA 3CFOA 3S3MA 1VSIA 3SQ2A 1S1XA 4CHPA 1NKCA 3NAEA 4CHZA 1BCOA 1XHZA 4RW7A 4FK0A 1WSIA 3G0ZA 4NYNA 3HVTA 5E41A 3KLEA 4LSNA 4DTXA 1WSJA 4RW9A 4CF2A 3ASMA 3AVNA 4I9QA 2VG6A 1L3UA 1B92A 4G1QA 5KI6A 1UA1A 4FJXA 3AO5A 1T7PA 4E1NA 4QOZB 4JS5A 4E19A 1QSSA 1G15A 2HNYA 3VQ7A 1XHXA 1DTTA 4CECA 3KLGA 3EYZA 1KSPA 3S9HA 4FJLA 2D0AA 4HUFA 4DQSA 2YNGA 2X6SA 1QS4A 1ZBIA 1U47A 1JLGA 4OPKA 2HHQA 3QEWA 1GOAA 1A5VA 2AJQA 2GV9A 4W5RA 3AVHA 3SPYA 1KVCA 1RBUA 3SV4A 1L3TA 4F3OA 2YKNA 5HRRA 3WNEA 4CEOA 2QKKA 3NHGA 4N47A 4JRPA 3QNOA 1KCFA 3F9KA 1TKTA 1TAQA 3AA2A 3T19A 5KRTA 1NK5A 1S6QA 1RCHA 3V9XA 4BACA 1LW2A 3SYZA 3L8BA 4O5BA 1X9WA 2O4GA 3AVJA 4FW2A 3V9UA 1SKRA 2OA8A 4W5TA 3LWMA 1FKPA 4CESA 2KW4A 1SL1A 4ID5A 1BISA 2Z1JA 3P1GA 1N6QA 4OLAA 4CF8A 4O0JA 4AHVA 4CGHA 3HK2A 2HMIA 3CFRA 3K5LA 3I0SA 1JXEA 4OKKA 3SZ2A 3V9ZA 4CJKA 4IG0A 3IAYA 3OJUA 4DTRA 1C1CA 4CJRA 3FFIA 1TL3A 1IKWA 3PV8A 1NK9A 4AH9A 1C0MA 4EP4A 1TL1A 1VRUA 3KLHA 5K14A 3JYTA 2RKIA 3EY1A 4FJKA 1O1WA 1UOCA 4XIUA 4CERA 3L2RA 4AHSA 4E7KA 4NCBA 5FRNA 1W9HA 4DQRA 3PO4A 1KFSA 4NCAA 1C1AA 3VA3A 3NH2A 2RF2A 4DFMA 3JSMA 3L3VA 3TAEA 3D45A 4UQGA 1EXQA 1BI4B 1HNVA 3KK3A 1NK8A 1ZBUA 4IG3A 4KB0A 4FJNA 4Z0UA 1EKEA 4FW1A 4FLTA 1S6PA 1ITGA 1EX4A 3MXMA 1TKXA 2FC0A 3NE6A 2ETJA 4AHCA 1SL0A 3LZIA 4H4MA 1I3AA 2XRIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5I3UA 3D2FA 2FSKA 3LPTA 4J2EA 4CIEA 3QB0A 4WE1A 4IEEA 4KHUA 4CGJA 3LALA 3B6OA 4CJWA 2WFBA 4BRPA 2HHHK 3BGRA 2WONA 3CM6A 2D0PA 4MO5A 2G8HA 4B8AB 2Q3SA 4FOIA 4X65K 3ZSVA 4BR2A 3M5RA 4I2PA 2D0OA 2O8EA 1S1TA 1BQNA 2O8BA 5J2QA 4CJLA 3AVAA 4YOXA 4L8RB 3MECA 4FO0A 3FR0A 1CLQA 3HM8A 2P9KA 1SKWA 4CF1A 3G10A 4RW4A 1QHAA 4EHTA 5AQOA 5BR9A 3K59A 2HHWA 2HNDA 2HF3A 5HOOA 4IFVA 4KAZA 2JGUA 3F5TA 1VSKA 1YTAA 1VSHA 3SAFA 4FWSA 2B4JA 1NMNA 4KH6A 5AQUA 1HLUA 1J9AA 1HUXA 3T1YK 2XY8A 3DLKA 1FK9A 5C10A 3QBXA 1WB9A 4E1MA 4B08A 3D2EA 3CHWA 2Z1IA 3K57A 3J8AA 3MK6A 4BRCA 3CPEA 2E4LA 4JKFA 4BWJA 5GIOA 4CJ7A 4ELVA 5CY4A 1QQOA 1TK8A 1QVFM 2LSNA 2D1KA 5AFUH 4E7LA 4F3TA 4CE9A 1RT3A 1E3MA 1QHTA 3HZ6A 3MXIA 1BI4A 1LOTB 4X62K 2I5JA 4B9TA 4R5PA 1W97L 2Q2RA 1KVAA 5SWMA 3MCPA 4AQYK 5LJVA 1Q8IA 4BVPA 2GWKA 5AFUA 5AQLA 4MLHA 3ZSZA 1EP4A 1QSLA 2ITGA 2Q31A 4FLVA 1WBDA 3LM9A 3BUZB 1HKGA 3PUFA 3VESA 3SUOA 3E66A 3RRHA 3OY9A 3S41A 1WSHA 3LP3A 3HSCA 3NBPA 1ZBHA 1VSJA 2Z1GA 3K5NA 1NKEA 3BDPA 5GINA 3SAGA 2YNHA 4MQ3A 1KAXA 3PIPL 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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