2XCHA

Crystal structure of pdk1 in complex with a pyrazoloquinazoline inhibitor
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
287
structure length
278
Chain Sequence
QPRKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSNFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEYLIFQKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 3-PHOSPHOINOSITIDE DEPENDENT PROTEIN KINASE 1
publication title Structure-Based Optimization of Potent Pdk1 Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 82
structure length 278
sequence length 287
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2010-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 2xchA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 2xchA01
2XUUA 4D55A 4R78A 3NNWA 4ZZNA 3OFMA 1ZMUA 5EI6A 5G1XA 4DEBA 3KCFA 2HIWA 4IVBA 3NCGA 3PXYA 3C4XA 1QPCA 1DAWA 4IACA 4PPBA 4PY1A 5ANIA 4B6LA 4D1ZA 1CKIA 3G2FA 4RZVA 4XYFA 3ZEWA 4AZTA 3VS3A 4JAIA 4N6YA 5C9CA 3BRBA 5BVEA 3B2TA 3IGOA 1M2QA 4FNXA 3R7UA 3R01A 3KU2A 3QL8A 1XR1A 4AGUA 4O86A 3D5UA 3A61A 3PVUA 4LUEA 1FVVA 1OKWA 4YBJA 3BEAA 2P0CA 3EIDA 5L2IA 1V0OA 4UXLA 4HYHA 3SDJA 3MY1A 3ZM4A 2B52A 3R2BA 2GU8A 4Z9LA 3W10A 5BUJA 4NEUA 5IQCA 4S31A 4MQ2A 4O83A 2YJSA 3ZSIA 1WBNA 1H24A 3IS5A 4ACDA 5FQDC 3NW7A 5CSXA 5AR3A 2CGUA 2Y0AA 4GS6A 2WIHA 2WEIA 1QPEA 3R71A 5CEIA 3VS4A 1BL7A 1YHVA 3OWPA 3QLGA 3FSFA 2QOCA 5L2QA 4WHZA 3KXGA 3WARA 4YP8A 5E8TA 3TI1A 5A14A 3PPZA 4CRLA 2VX3A 4BFMA 5EG3A 4JDIA 2IVSA 4FKUA 1NVQA 3WZKA 4FSZA 2OXYA 5AV1A 2BKZA 3VS2A 2BALA 3ORMA 4KKHA 3ZSGA 4AWIA 2PY3A 3FI8A 3KRXA 4XH6A 4YLLA 4FICA 4RPVA 1U54B 3HRFA 1Q99A 2JGZA 3M42A 1M14A 1HCKA 3FL5A 4X2KA 5KBRA 1ZZLA 2Y6OA 4AZSA 3QWJA 2A0CX 1YWNA 2VO0A 3QRUA 4UBAA 5BVWA 1ZAOA 2OF4A 3CJFA 3U51A 4K6ZA 2IPXA 3POZA 1IAJA 3GCQA 5IDNA 2XNNA 3UVPA 2GFSA 4GU6A 1IASA 3QAME 3EQFA 3NCZA 3OTVA 5CQUA 3HP5A 5BVOA 4IAFA 4C36A 5BVFA 2VWVA 3KRWA 3G0EA 1LEWA 4P7EA 3ZC5A 1XBCA 2LGCA 4FIGA 2CKQA 3MVJA 5E8SA 1G5SA 2ITVA 4U40A 4BI2A 5AEPA 3A8WA 1WBTA 2WFYA 2XYNA 3OBGA 4I5HA 3BELA 4MNEA 2ZJWA 5ANOA 4DEIA 5IA4A 3VS6A 3D94A 3OD6X 4FI1A 2QU6A 4FUXA 3WILA 2EWAA 2RFNA 3ZDUA 3NDMA 2ERZE 2PE0A 2A2AA 4OTPA 5FLFA 5I0BA 4FL1A 3LXNA 3FUPA 3MIAA 4JQEA 4EQUA 3CSVA 3KFAA 2WOUA 3C1XA 5CAQA 5CS6A 3FPQA 4OAUC 1Q24A 4W4YA 3WE4A 2OJJA 3WIKA 4B9DA 4BDDA 4EI4A 4ZTMA 3GC8A 3N4TA 4BZNA 5DMZA 4RLKA 4K18A 2QOKA 4KS8A 5FDXA 3ZO2A 5HTCA 2PZYA 4L45A 5EM6A 3ROYA 5LMAA 3A7IA 4DG0E 2OJ9A 2HW7A 4PDOA 2BZHB 3HMIA 4E6AA 2XS0A 2H8HA 4P5QA 4W4WA 1KWPA 4F65A 5A4CA 3TDWA 3UODA 5IZFA 3ORTA 4L7FA 3VF9A 4TWOA 4ZJIA 5HO6A 3KXMA 4OBQA 4RJ4A 4FV8A 2Y4PA 3FI3A 1ZMVA 4NWMA 4DE4A 5CY3A 4ZY6A 3GQLA 4GUBA 4FV1A 1H1SA 3BIZA 4XCUA 3U54A 1JWHA 4YNOA 3ZO3A 2F7XE 3F5XA 4F6WA 4Z16A 5L6PA 3QALE 4MBJA 2R9SA 3AMAA 4EHEA 2BHEA 1OL6A 2W17A 4FTNA 3U4WA 1DI8A 4J95A 3EH9A 3FLNC 4BGHA 3L9LA 1OUKA 3R04A 4ZTLA 2XMYA 4PMMA 3NYNA 5CXZA 1BX6A 2OI4X 4IVCA 4K2RA 4TTHB 3UZPA 4BIDA 5C26A 1GAGA 1OKZA 3RKBA 3AG9A 3DA6A 4FV6A 3CTJA 4IAZA 4E6DA 4F0IA 1TQIA 4DLJA 2BIKB 2BRGA 2VX1A 1XH4A 3G6GA 2P4IA 5HCYA 1GJOA 4TY1A 2XNGA 5KHWA 3BE2A 3EN5A 4FTJA 4FSMA 4AE6A 3QD3A 4XG2A 3QXPA 3H4JA 3S4QA 3I7BA 1B38A 4ZEGA 1UWHA 3WZDA 2B1PA 2V7OA 2J0IA 4TNDA 1R3CA 4AZFA 2Z60A 2PZIA 1URCA 3BHYA 3NEWA 4ERKA 4O0XA 1YI3A 4PP9A 4MBIA 4UWYA 3FQSA 4O0YA 4BC6A 4CNHA 5TKDA 2XNOA 4IEBA 1E1VA 4LM5A 3HV3A 1WBPA 4JG7A 5IF1A 2I40A 5IU2A 4FKVA 3UE4A 3QGYA 1KV1A 3QZGA 3O51A 2VO7A 3AT2A 5D12A 4ZS4A 1B39A 5CU4A 1ZYSA 2AUHA 2XIKA 1H01A 1W0XC 3QKMA 4FIIA 3TXOA 5FXQA 5IUHA 2GDOA 2QU5A 5TOZA 3M1SA 3PIZA 5CEKA 2XZSA 1H0WA 2XIRA 1OB3A 4L67A 4E73A 2G1TA 4RJ7A 5CLPA 5EHOA 3BYSA 4AAAA 4NSTA 1JSTA 2ZM4A 4JG8A 4CRSA 4F9WA 5JGDA 3KKVA 4U3ZA 3NNVA 4O0SA 4EOJA 4UYAA 1GIIA 3D9VA 5AIKA 3EL7A 4B8MA 3RK7A 5HLNA 5IQEA 5CZIA 3VUIA 4C4HA 3N51A 4NKAA 2H9VA 5DR9A 1UU7A 5D1JA 3EYHA 2NO3A 2UZUE 1CSNA 4QTBA 5FXSA 4EONA 4CMUA 3EQIA 2X2KA 3BHVA 4I4FA 3QTXA 3UGCA 5K4JA 5I5ZA 4L9IA 3R6XA 4BDHA 5JN2A 1ERKA 4Y85A 2O63A 4LG4A 2PU8A 4GFGA 4PQNA 3A4OX 3P7AA 3A8XA 4G9CA 4O27B 5HLPA 5HBEA 3RAWA 3MTLA 5C8NA 3LFEA 3QKLA 4CZTA 3R2YA 4LMNA 3BGQA 4FVPA 4W4VA 5CWZA 2AC5A 4EKKA 2WMAA 4CYJA 3PXQA 1M7NA 3A4PA 3BBTB 3F88A 4RX8A 4FL3A 4ITHA 4TPTA 2OZAB 3O8PA 2NRYA 3CTHA 3IG7A 4I24A 4U3YA 4Y72A 4AFEA 4WT6A 2BPMA 3VRYA 2Q83A 4YJRA 4S30A 5J9ZA 4O7YA 2B9FA 4JRNA 3NIZA 3ZLXA 1OIRA 2VTOA 3DKFA 3CEKA 5AP7A 1STCE 3G9NA 3S00A 3P86A 4M0ZA 3REPA 3IOPA 4EH3A 3KMUA 3C5IA 5LQFA 5HBJA 5JK3A 4FEUA 3SRVA 2WNTA 4R3PA 4Y5QA 2WTWA 4R3CA 3PP1A 5CU2A 1PXNA 4IWOA 3ZCLA 5KMLA 2OZAA 1G8AA 4O91A 4UMTA 5J95A 4ENXA 3N4UA 3QQUA 3EHAA 3W16A 4ZMFA 1T46A 4IX3A 4O84A 4V01A 4LGHA 4G3DA 2QD9A 2YM5A 4S34A 1YHSA 5HORA 4FKGA 4C4GA 3OW4A 3E3BX 5TT7A 5EYKA 3SXFA 4JIAA 3R8UA 3MGYA 4KUJA 5K4IA 5AUVA 4ACMA 4EQMA 3DJ5A 5BVDA 2JC6A 5K0XA 5CEPA 2QG7A 3GI3A 1U5RA 4GH2A 3RCDA 5HLWA 3RVGA 3NNXA 3VBVA 2CCIA 5HEZA 4C58A 1CDKA 4K77A 4BCQA 4NUSA 5J5TA 3DS6A 3IDBA 4M68A 5C8KA 2VU3A 4WG3A 4FBXA 2E9VA 5KE0A 3VC4A 4TWCA 3FI4A 4U7ZA 3SOCA 3C50A 2VD5A 4KD1A 1ZOGA 5HE2A 5CSPA 4DFUA 2WHBA 5HESA 3T9TA 4BTKA 2GQGA 4BGGA 1XH8A 5CSVA 3DKOA 3E8DA 5AR4A 5FUTA 3SX9A 4RC4A 3QXOA 3QZIA 3E8EA 2J2IB 4NTTA 4CFFA 3NWWA 4FTUA 5AP6A 3L9MA 1YDRE 3DK3A 2W06A 3BWJA 3PXKA 4L01A 5HBHA 4BWKA 3DAKA 1CMKE 3DJ7A 4O0VA 3O8TA 4OAVB 3UNKA 3F3ZA 3TNPC 4ITJA 4EZ5A 3QTRA 3NZ0A 5I9YA 4RQKA 4MCVA 4R6VA 4XRLA 5CT0A 1ATPE 3P7BA 3SC1A 4EOSA 4GT3A 3QKKA 4JBVA 3QRIA 3NYOA 1AQ1A 3CCNA 4UV0A 3CD8A 4QP9A 3RBWA 4BDIA 5IQFA 4FSNA 1W7HA 3LE6A 5KZ0A 3PJCA 3CS9A 5FGKA 2IW9A 3CGOA 3QUEA 3RTPA 4RVLA 4EYMA 5EK7A 1M2RA 2I1MA 3TACA 3AC3A 5CI6A 3CY2A 5C27A 4FEVA 1OITA 4TYEA 4C0TA 3FY2A 3LQ3A 3FE3A 3C4EA 5HGIA 2PMLX 3TNHA 4D1SA 3HV5A 4E4XA 4KWPA 4BICA 4K8AA 4ACHA 4NM5A 1Y57A 4MXXA 3UOHA 4ZY5A 3P79A 3FMNA 4H39A 4JR3A 3FMJA 4IC7A 4UWCA 2PSQA 3FV8A 2HWOA 3G0FA 2V5QA 3FZPA 3HDMA 4UB7A 4D2VA 1FQ1B 1W83A 4BB4A 2WMVA 3S0OA 4D2RA 3OY1A 3AD5A 1DAYA 4CV8A 3ZFMA 3ZUVA 4KKGA 4JX3A 3OMVA 4ZTRA 4DFZE 3ZZWA 4OTWA 1I44A 3KK9A 4DEHA 3LCOA 1PXPA 2XEYA 3Q60A 4G6LA 4GV1A 4N70A 5CXHA 4EQCA 4FSTA 3COMA 3HKOA 5B7VA 1CTPE 3R7IA 3ZLYA 5DH3A 4ZMEA 2VX0A 4RJ3A 3VULA 1CM8A 2UZEA 2W05A 5AUXA 3Q2MA 4F9CA 2YJRA 4U5JA 2WD1A 2XBAA 3MSSA 1PHKA 4J71A 5CYIA 3HNGA 2YM3A 4F99A 3OXIA 1CKPA 2XK3A 4MH7A 5ETAA 5FTQA 1BYGA 4DGMA 2R3RA 1JKLA 3W2OA 5C8MA 3B8QA 1OPJA 4R5YA 3ZBXA 2W1FA 4XBRA 1M52A 3ZOSA 3MESA 2PHKA 2J5FA 4EK6A 4ZTHA 3DAEA 2R3IA 4JNWA 3FC1X 3WZEA 3LAUA 4FZ6A 3E62A 2ETMA 3DKCA 4M97A 3QZFA 3LCKA 5EW3A 3MVHA 3V51A 3HL7A 4EUUA 4U8ZA 3HV6A 4AOTA 3Q96A 3DBEA 2BTRA 4I22A 4LL5A 2WQMA 1GOLA 2QOFA 3OS3A 4FODA 2C5XA 3DV3A 3HA6A 4M0YA 4Z7GA 4EZ7A 5HQ0A 2I7QA 3AC5A 4B4LA 3LFNA 5BUIA 2XCHA 2ZV9A 4U80A 2KULA 4QD6A 1SVGA 4UMRA 4FNZA 4UMQA 5L2SA 3G9LX 3TZ7A 3LFCA 5I3RA 4KBAA 5FP5A 4CV9A 5GJGA 2AC3A 4YNEA 1OPKA 1ZZ2A 5DBXA 5TF9A 3EFJA 4M15A 2X8IA 4QQCA 3VJNA 2PYWA 4J98A 4N0SA 2B7AA 5HNIX 5K9IA 5I9WA 5HX8A 3ZDIA 2G15A 3W18A 5A3XA 1X8BA 3KVXA 4ZK5A 4WSYA 5AP3A 1G8SA 4DCAA 3ENHA 4NM7A 3RAIA 3VBXA 3W2QA 4MXOA 3F66A 2FA2A 3GCUA 2BAKA 3QD4A 3KK8A 2R0UA 3PXZA 5C4LA 3RNIA 4I0SA 4FTAA 2YLEA 4M67A 4A4OA 2EU9A 3TZ9A 3F69A 3ZUTA 2X6EA 2UW0A 4D1XA 4AU8A 3BGPA 2X9FA 3RK9A 3ZLSA 2PVKA 5KKRB 2WOTA 4QO9A 5K0KA 4F0FA 3OXZA 3KC3A 4DINA 3ORLA 4BF2A 5AUZA 3V3VA 4U6RA 5H3QA 1QL6A 1PXIA 3AMBA 4LQMA 1J7IA 3MH3A 3I81A 3TKUA 4PV0A 3VUHA 4AGWA 4M13A 1ZYDA 3HYHA 4TRLA 2ITOA 2CJMA 3C0GA 4EOQA 3R0TA 1XJDA 3IKAA 4MXAA 3S3IA 3S95A 4L68A 2BKKA 4MX9A 4I23A 5KKRC 3D5XA 4CGAA 1YXTA 4Q5EA 3KN6A 3NUNA 2ZMCA 2R3JA 4JBQA 2ITZA 3V5LA 3V5WA 4A06A 2R3MA 4O96A 3DU8A 2IZUA 3MJ2A 2ZM1A 4QTDA 5IMXA 4GKIA 1YOLA 3OVVA 5A9UA 3MH1A 4FTQA 4QP8A 3PY0A 3RM6A 4CMTA 4PNKA 4KIOA 5HE1A 4QP6A 3ZBFA 2OW3A 2R64A 2DS1A 3DQXA 4FTKA 4GYGA 3RAKA 3UQCA 4HZRA 5HG7A 4M66A 3ULIA 2V22A 4YSMA 4I93A 4Z7HA 4CT2A 1NY3A 4NIFA 3PXFA 2QG5A 3ZFYA 3UQFA 2BRBA 5DR6A 4LI5A 2BAJA 3BU5A 3CR0A 1JSVA 2C6MA 2YM7A 3LKMA 4BTJA 4N6ZA 5EOBA 4YU2A 5FEQA 3ZRKA 1DI9A 4PL5A 5BQ0A 1Q4LA 3PLSA 3LJ1A 3O71A 4MD9E 5LVPA 5IQHA 5E91A 4XHKB 4RG0A 2R5TA 1J7LA 2J90A 2ZB0A 4H05A 5I9XA 4BHZA 5G6VA 1O6LA 3QD2B 5EI8A 2IZRA 3UIXA 3D7TB 4EKLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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