2XFYA

Crystal structure of barley beta-amylase complexed with alpha- cyclodextrin
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
486
structure length
486
Chain Sequence
NVKGNYVQVYVMLPLDAVSVNNRFEKGDELRAQLRKLVEAGVDGVMVDVWWGLVEGKGPKAYDWSAYKQLFELVQKAGLKLQAIMSFHQCGGNVGDAVNIPIPQWVRDVGTRDPDIFYTDGHGTRNIEYLTLGVDNQPLFHGRSAVQMYADYMTSFRENMKEFLDAGVIVDIEVGLGPAGEMRYPSYPQSHGWSFPGIGEFICYDKYLQADFKAAAAAVGHPEWEFPNDVGQYNDTPERTQFFRDNGTYLSEKGRFFLAWYSNNLIKHGDRILDEANKVFLGYKVQLAIKISGIHWWYKVPSHAAELTAGYYNLHDRDGYRTIARMLKRHRASINFTCAEMRDSEQSSQAMSAPEELVQQVLSAGWREGLNVACENALPRYDPTAYNTILRNARPHGINQSGPPEHKLFGFTYLRLSNQLVEGQNYANFKTFVDRMHANLPRDPYVDPMAPLPRSGPEISIEMILQAAQPKLQPFPFQEHTDLPVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-AMYLASE
publication title Chemical Genetics and Cereal Starch Metabolism: Structural Basis of the Non-Covalent and Covalent Inhibition of Barley Beta-Amylase.
pubmed doi rcsb
total genus 191
structure length 486
sequence length 486
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2010-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xfyA00
4C7DA 4D6DA 3BH4A 4CCCA 3WQWA 3K46A 1V6VA 3VM7A 1MQQA 1UKOA 1H5VA 3CZGA 3D5HA 3M7SA 4UQEA 5I5RA 3N12A 4Z2KA 1KR0A 4GO8A 1HN1A 4AZCB 1J18A 2W61A 4JHZA 1VEMA 2J62A 3WBEA 5BXTA 1SMAA 5KZ6A 3GDBA 1TE1A 3A4AA 4AWEA 3BAWA 4QLLA 1B31A 1H1NA 4HOWA 1UG6A 5CPSA 1F4HA 1M04A 5CXPA 4EK7A 2NSXA 3G6MA 1KXTA 2E9BA 1E72M 3DHUA 4AD2A 3OLIA 3NYDA 2VT0A 3VGFA 2UY4A 1A3HA 3BLKA 1V6YA 1UUQA 4AW7A 3W37A 5LA1A 3GTNA 4AZ7A 2WW5A 3UETA 2WZEA 2DIJA 1R7AA 1B9ZA 2B31A 1NP0A 2ZX6A 1IT0A 3PTQA 1E3XA 2FHCA 1PIGA 3L4XA 1TG7A 1E6NA 3NSMA 3SUTA 5A8NA 3ARRA 2J8GA 3WL1A 5M3WA 3F5JA 3VGBA 5CLWA 5FL0A 2ZOXA 3CMJA 3FNDA 4C7FA 2J74A 4U33A 3AXIA 5BRQA 1OT2A 4U2YA 1HKKA 4IPNB 2WCAA 2CITA 3O9NA 3VDCA 2J4GA 4PMYA 2DH2A 1TA3B 2D0GA 3SCRA 2JIWA 1HP5A 3CPUA 4MNJA 3N9KA 3RCNA 1DTUA 1JAEA 3GM8A 3DHPA 1KCKA 1H0GA 3TTSA 1W3JA 2DSKA 4V27A 2BHZA 4YN5A 2YDRA 3IANA 3RJXA 3WBAA 5M03A 1RPKA 2VL4A 5FKYA 4U2ZA 1B30A 1VBUA 3AS0A 3BSHA 1C8QA 1PBGA 1E4NA 1J11A 3ZT6A 1V3KA 3ZJ8A 4TXEA 1CZ1A 2DQXA 3TTOA 1KQZA 1AVAA 3O2LA 4DUWA 5AYBA 4IUGA 1GZJA 2VR5A 5D9MA 1E0VA 2VX4A 1GHSA 4ATDA 1JF5A 1Q6EA 2YL9A 1DWGM 1PZ3A 2YKKA 4M8UA 1DWHM 2IXUA 2WC4A 5DT7A 1JZ4A 4J27A 4W7WA 3VD3A 4OUEA 3CUHA 1HVXA 1W9BM 1VFOA 1JNDA 1PIFA 3WNOA 3ARWA 3UR7A 5CGTA 1XYFA 3L4ZA 1J12A 4UQAA 6A3HA 1RP8A 1W32A 2VJXA 1UR1A 3ZIZA 4J3UA 3CHCA 3WDRA 3VIFA 4MB3A 5EFFA 3WDHA 1DEDA 1IZJA 3D3AA 4FF5A 3AMKA 3VTRA 4YPJA 3EMCA 3GYCA 5DFAA 1QBAA 1GHRA 4J28A 1BYCA 5ECUA 5TD4A 3SIMA 3SEPA 4GZEA 1QHOA 3ARYA 3WF3A 1KGUA 2PWFA 1UD6A 2XSAA 1HJXA 1EGZA 3RJYA 3RILA 4Z2JA 4M80A 4FMVA 1PJ9A 3HN3A 1WDPA 3UCQA 4GO9A 2O9OA 1XCXA 1TMQA 2A3AA 1UZ4A 4UOJA 3OG2A 5A8PA 3TP4A 4FLSA 1EDGA 3CUJA 4WKHA 3WQVA 4CN4A 3VIJA 2C7FA 1UD8A 2WHKA 3KEHA 3GXIA 2DSWA 2A3BA 3WUGA 2G8ZA 4AZ6A 1QNSA 3RO8A 4GXPA 4BQ3A 4PEEA 1VJSA 5BXRA 2QLYA 4JFTA 1E6QM 2XVNA 3GBDA 1JD7A 3L2LA 3UG3A 5D9NA 2VTFA 4ZXOA 1EDTA 3MSDA 4X0VA 1OIMA 3AHXA 4PMQA 3LMYA 4CCEA 1W9UA 3ZO9A 1CIUA 1CYGA 1UWTA 4ACYA 4D6JA 1BYAA 1BFNA 2E8ZA 4PMRA 1JDAA 4PBGA 1B3YA 2W4XA 5CLTA 1CXFA 3BMVA 3BAIA 3K4AA 1HKJA 4MB5A 3BMWA 4TTUA 2PB1A 1HL9A 3VDHA 2DSVA 1PZ2A 5C70A 7CGTA 2JF6A 1FH7A 2XPKA 4HZ8A 4UQDA 1ZJBA 4WIWA 2OSXA 1DHKA 2DT3A 2VUYA 1E9LA 2Y2WA 3GH4A 1E55A 2PBOA 2YLLA 3T0DA 4MAVA 4KH2A 3TA9A 3VINA 1V3MA 1R86A 4CN1A 4YHEA 1OSEA 2WSPA 2WC7A 1E40A 4UFMA 3PZMA 2XFYA 1UR0A 1ZJAA 4ACZB 2FH8A 4WSJA 2QPUA 4P7OA 1E70M 4DM2A 2GFTA 4TTGA 2PC8A 4BQ2A 5I23A 4NF7A 3FXYA 1E0WA 2VZOA 4CN6A 1VFMA 2WMIB 1UD4A 3IJ9A 2CNCA 5A6SA 3FY1A 1IV8A 3W53A 2IXVA 2BHUA 5E70A 3VNZA 1K9DA 2OYMA 1F4AA 4ZE4A 7TAAA 1WZLA 4QLKA 4LQ1A 3AIVA 1BTCA 1JNEA 1P6WA 1JGIA 2Y24A 3T2OA 4JFSA 1C91A 3DYOA 3PZTA 1XCWA 3PN8A 3VOCA 3CUIA 8CGTA 1BF2A 2QPSA 1U2YA 2XYLA 1PX4A 3BAYA 4PMVA 3WEZA 1C8XA 3AS2A 1TVPA 1E6RA 2YLAA 2CKRA 4P7RA 2E8YA 5EB8A 3S2CA 4NRSA 3ZSSA 3AIBA 4D6EA 2X2YA 4LPCA 4HOXA 4CCDA 2J77A 3NSNA 3SCNA 1GQIA 5D9OA 2Y8KA 1EOMA 3ARZA 4WJXA 2F2HA 1J01A 5DF0A 3VPLA 5A6AA 1UKSA 4RL3A 3N13A 3GXMA 1HJQA 3MS8A 3WF2A 4F79A 4MB1A 1ISYA 1EO7A 2ZUNA 1ISVA 5HOSA 2ZWZA 3GNRA 3CUFA 4U5KA 3WNMA 2ZX7A 3WF1A 4CD5A 4H2CA 4JFUA 1AQMA 4S3JA 1LL4A 1I1WA 1LWJA 4D1IA 4W86A 1D2KA 3EDJA 1JYXA 1Y7VA 1Q6CA 1E4IA 1KXQA 1VFFA 4J7RA 5I77A 4PTVA 1E15A 3BXWA 4DWSA 1BVNP 4RE4A 3WD4A 2QMKA 4D6HA 3U5YA 2A3HA 1BQCA 4TVDA 1J0KA 5ABFB 2GDVA 5LA2A 3ZR5A 1JYVA 1ZL1A 1Q6GA 4B3LA 1FHDA 4PMOA 3WN6A 1OB0A 4H7VA 3AHZA 5JIWA 4BF7A 4M81A 5C8BB 1MWOA 2Y4SA 4RE2A 1QBBA 5GNYA 2NW0A 1CENA 1EHAA 3I3DA 3K8MA 1BPLB 5A2CA 5A6KA 1GW1A 1AQHA 1H0IA 3VVGA 1Q6FA 1E5NA 4UCFA 1UWRA 4EE9A 2WKGA 2X1IA 2EXOA 4CD8A 1JXKA 3ZT5A 4TX6A 1R85A 1FH9A 1W1VA 3WD2A 1UWQA 4PCTA 1M53A 3L4VA 4GZIA 2D1ZA 2E0PA 1JI1A 1ITCA 1XHGA 4Z2LA 2BXZA 1WNOA 3WNLA 4W7UA 1GCYA 2YJQA 3N15A 1M03A 3ZSTA 2J78A 2NT0A 2JALA 3ECQA 2WLZA 4XB3A 5CGMA 4P8UA 3WSUA 2GUYA 7A3HA 3AXXA 8A3HA 3MMWA 4UOZA 4D6FA 3B9AA 3LPOA 1JXJA 3GH7A 5BWFA 2J7BA 4W87A 2WZHA 2CETA 1XH1A 1DWAM 1XH2A 1GVIA 1B3WA 1NP2A 4UQBA 2AOSA 1WZMA 3VKKA 4GI6A 1BYDA 1EQCA 1WE5A 3O6AA 4CGTA 3F4VA 3ARUA 2UY5A 3W27A 4F9JA 1IZKA 3OLEA 1QVBA 3AIUA 2BY1A 2ZWYA 2YA1A 4QP0A 1LQ0A 4WKAA 2HVMA 2F61A 5A1AA 2XHYA 5D8ZA 2OWCA 3PZOA 2NT1A 3VDAA 3K8KA 3WH8A 1H2JA 1CEOA 3WUFA 4YHGA 1UD3A 4PMUA 4CVUA 4QCEA 3T09A 3WH6A 3ZT7A 1QI4A 3WD0A 4CD4A 1N82A 1FP9A 1GOIA 3L4UA 4GQRA 5C71A 1FH8A 1CNVA 2ZIDA 2UWFA 4HOZA 2DPEA 3MMDA 2PF0A 5I2UA 2ZXAA 5I79A 4H8UA 4JFVA 4HTYA 1B3XA 3ARQA 1E4LA 1MW0A 2XTKA 3L2MA 1K6AA 3S6TA 1JYNA 5IFTA 3M6DA 3I3EA 4PUEA 1ZB5A 1NWTA 3ZJ7A 4JCMA 2VQTA 3RIKA 3AZRA 3W25A 1CGYA 2WHLA 1NARA 3OA5A 3OGVA 4H04A 3WQ8A 3EMQA 2VVSA 2BS9A 2ZICA 3SUVA 3N11A 3CBWA 3UERA 2PBGA 3UG5A 4M56A 4CKQA 3SCSA 5AY7A 1TA3A 1E1FA 1Z32X 1GJUA 2BVYA 3WQ6A 3LPGA 3WF0A 4HZ6A 4BS0A 5JBDA 3A3HA 3RM4A 1WDQA 1RH9A 3FAXA 5FIPA 4AD4A 3CZLA 4GI8A 4WF7A 1FA2A 2G3JA 3W82A 1LJYA 1SFSA 1G0CA 1WZKA 5E09A 5A95A 4M24A 5I6SA 4LYQA 1CECA 1OGGA 4X0NA 3TTYA 2YL6A 3WL0A 1KB3A 3OGRA 1I75A 4MAZA 1JL8A 5CQ1A 2XGIA 2VZUA 2YDQA 3ZJKA 3APGA 2DT0A 3BGAA 3M46A 1TCMA 3AICA 3J7HA 2XFFA 1V3JA 4MPKA 1GOQA 1QNPA 4F66A 1L8NA 5BCAA 3OLDA 1DP0A 2DDXA 3IJ8A 2ZUTA 5E0CA 3AIEA 1UWIA 1W91A 2WHJA 1J0YA 2X05A 5A3HA 2Y8VA 3DECA 1WAWA 4KMQA 1XGZA 3QR3A 1CLVA 4UZSA 4E8CA 1GVYA 3AYSA 3CZEA 5KEZA 4P7NA 4ZFMA 4W8BA 2D2OA 3VX0A 1BVZA 1MFUA 3QHNA 5IHRA 4W93A 1E43A 5A6BA 3VMNA 3L4YA 4CVWA 4UR9A 1E1EA 4ZXLA 1J0JA 4PSRA 3CUGA 4B9ZA 3NUKA 1UR8A 5LA0A 3AFBA 3VDBA 4J3VA 1WDRA 4DM1A 3VIPA 2DIEA 1UYQA 4HP5A 1D3CA 1V03A 4B15A 2PWEA 2D3LA 3UG4A 3MO4A 3PZNA 4P7LA 4AEEA 1BG4A 1BYBA 2W63A 4M82A 3NDZA 3AS3A 4LXFA 1JZ5A 1ISXA 4Q7NA 3A4WA 2WWCA 2J8FA 2V3EA 4B9YA 4AY1A 1XD0A 1OIFA 1UR9A 1I1XA 1G94A 3AXHA 4OOZA 2BXYA 2CESA 1W2PA 4CD6A 4XX6A 4U5IA 3VIOA 5AC5A 1W9VA 5AYIA 4PMDA 1MFVA 4WK9A 5CSUA 4AD0A 3WDPP 1OINA 2ZXQA 2WVVA 2WHMA 1QI3A 1ZBWA 5DEZA 3SCQA 3PZQA 1MXGA 1UKPA 3W24A 4A3HA 1C3FA 1FP8A 5F7UA 1CWYA 2V3DA 4P7QA 4HU0A 1H09A 1NQ6A 4AEFA 1HJVA 3FW6A 4AZIA 1O6IA 2QMJA 2UY2A 2BY0A 4RE3A 2VC9A 3VMOA 2XFRA 3SCPA 3PTMA 4PYSA 3DYMA 4AXNA 1E5JA 3L4TA 5LYRA 1YQ2A 3QHOA 4P8VA 3BAJA 5HDRA 3IAQA 4PTMA 3W4RA 1GQKA 2DGAA 1GOOA 4GI9A 1ZS2A 4WKFA 1XH0A 5CG0A 9CGTA 2X8RA 1CBGA 5HBFA 1GONA 3RM8A 1MXDA 1E6PA 3PZUA 2VVNA 3UESA 1BHGA 1JI2A 4AISA 4HA1A 3L4WA 4BQ4A 3WH7A 4BZYA 3ARTA 1G01A 1X1NA 1J9YA 2DT1A 4DWSD 4FLOA 1JFXA 2GJPA 2OSYA 4PSPA 2YOCA 2X0HA 2RGLA 3UR8A 3MANA 1X6NA 4PMZA 3B8SA 3VIIA 1DWJM 4MDPA 2UY3A 2ZUUA 4NSBA 4KGLA 3TONA 3W0KA 2O9RA 3FHAA 3VU2A 1UH2A 3SURA 5A2BA 2OLHA 3WF4A 4JZ5A 4XZWA 4V2XA 3KWXA 2DT2A 3QOMA 3WELA 2BVTA 3AMCA 2FHBA 3AOFA 3WENA 2V3FA 2GSJA 1VFUA 3W81A 3CHFA 2V5DA 1UH4A 1X6LA 2FGLA 2YBTA 1CTNA 1LG2A 1ITXA 3OZPA 4IPLA 3WQ5A 3N04A 4B3KA 1VENA 4JAWA 3NDYA 3CHDA 1GJWA 1PPIA 1NM9A 3VGHA 1U30A 4CU7A 3THCA 5HXMA 4H8VA 5ABEA 1MQPA 2VX7A 5JIPA 4W88A 2QF8A 5ABGA 3VD4A 3DC0A 3IK2A 3TOPA 3MMUA 4W85A 5HPCA 4PMXA 4AZGA 1O7AA 4PN2A 2ZUMA 1AMYA 1LLOA 3AHVA 1W1YA 4MDOA 2VR4A 5BXSA 2XVLA 1OGSA 4QFUA 1VB9A 3WDQA 4ATLA 1GQJA 3W6MA 3N17A 3CTTA 1H4PA 4UZUA 3WDJA 4J3XA 1QPKA 2WCGA 3CIVA 3T0AA 5IHSA 4QDMA 3OB8A 5I78A 2OWWA 2WXDM 5ABHA 2C8NA 1JFHA 4FLRA 1H49A 1M7XA 2WMHA 2D0HA 2W91A 2V3GA 3AMLA 3PHAA 2CCRA 2GK1B 4W8LA 3VX1A 4AZBA 5A2AA 4Z2HA 5HPOA 1NWUA 2J7HA 3ZJ6A 3OZOA 1ISWA 2XG9A 2EPLX 3AIRA 4AZ5A 1UD2A 4HA4A 1QNQA 2E3ZA 2G41A 4HZ7A 3GH5A 3PBGA 2D0FA 5ABFA 1QI5A 3BAKA 1L0PA 1MQRA 1LG1A 2DH3A 1HJUA 4WSKA 2ESCA 4N42A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4C7D A;  4D6D A;  3BH4 A;  4CCC A;  3WQW A;  3K46 A;  1V6V A;  3VM7 A;  1MQQ A;  1UKO A;  1H5V A;  3CZG A;  3D5H A;  3M7S A;  4UQE A;  5I5R A;  3N12 A;  4Z2K A;  1KR0 A;  4GO8 A;  1HN1 A;  4AZC B;  1J18 A;  2W61 A;  4JHZ A;  1VEM A;  2J62 A;  3WBE A;  5BXT A;  1SMA A;  5KZ6 A;  3GDB A;  1TE1 A;  3A4A A;  4AWE A;  3BAW A;  4QLL A;  1B31 A;  1H1N A;  4HOW A;  1UG6 A;  5CPS A;  1F4H A;  1M04 A;  5CXP A;  4EK7 A;  2NSX A;  3G6M A;  1KXT A;  2E9B A;  1E72 M;  3DHU A;  4AD2 A;  3OLI A;  3NYD A;  2VT0 A;  3VGF A;  2UY4 A;  1A3H A;  3BLK A;  1V6Y A;  1UUQ A;  4AW7 A;  3W37 A;  5LA1 A;  3GTN A;  4AZ7 A;  2WW5 A;  3UET A;  2WZE A;  2DIJ A;  1R7A A;  1B9Z A;  2B31 A;  1NP0 A;  2ZX6 A;  1IT0 A;  3PTQ A;  1E3X A;  2FHC A;  1PIG A;  3L4X A;  1TG7 A;  1E6N A;  3NSM A;  3SUT A;  5A8N A;  3ARR A;  2J8G A;  3WL1 A;  5M3W A;  3F5J A;  3VGB A;  5CLW A;  5FL0 A;  2ZOX A;  3CMJ A;  3FND A;  4C7F A;  2J74 A;  4U33 A;  3AXI A;  5BRQ A;  1OT2 A;  4U2Y A;  1HKK A;  4IPN B;  2WCA A;  2CIT A;  3O9N A;  3VDC A;  2J4G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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