2XPKA

Cell-penetrant, nanomolar o-glcnacase inhibitors selective against lysosomal hexosaminidases
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITCPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
publication title Cell-Penetrant, Nanomolar O-Glcnacase Inhibitors Selective Against Lysosomal Hexosaminidases.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium perfringens
total genus 236
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xpkA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xpkA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xpkA01
4WK9A 4E4PA 5BCAA 4QLJA 3T09A 2EBNA 4P7RA 2XHYA 1WAWA 2VC9A 4OBSA 3IAPA 1OGSA 4UFKA 1E3XA 3I3BA 1CXHA 1O6IA 1XH1A 3GZAA 4PUEA 2D20A 3L4TA 3O9NA 3GYCA 4QCEA 5A8NA 3WKZA 1HVQA 4N0RA 4C91A 2VR5A 3WQVA 2A3CA 2ZUTA 1RP9A 2JFEX 3B9EA 2UY2A 3AYSA 4PMDA 2AOSA 1C7SA 3T0AA 1AQMA 1R87A 1WDQA 2WLZA 3ARTA 4RE3A 1V6VA 2JIWA 3WD2A 2YL9A 4AD4A 1C8XA 1HJQA 3EYPA 1OB0A 1WKYA 1OIMA 1I75A 1GHRA 4M82A 3S2CA 4CCEA 4HU0A 3VGBA 2XVPA 1GNXA 1UZ4A 2O92A 3WDIA 3ARUA 3WNNA 4UFIA 1RP8A 3AIVA 1E71M 2VT0A 1XCWA 1BAGA 3KWXA 2YL5A 1E1FA 5I0DA 2WNWA 1W91A 2OYMA 3VIIA 2VI0A 4CGTA 4HZ8A 2CIPA 1GOWA 3CZEA 5DEZA 1XCXA 1NOWA 2W5FA 2JE8A 1J0JA 1ODZA 5A6AA 3S6TA 1D2KA 1UH2A 3K8KA 3EMQA 4P8VA 2VR4A 1B3WA 5I6SA 2RGLA 3CLWA 4DM1A 1R86A 3APGA 4PMYA 1DWFM 4FLSA 1WE5A 3AIRA 4PMQA 4OOUA 1XSIA 3WEOA 5AC5A 3AFBA 1VEPA 1H4PA 1U30A 4NRRA 2YDQA 5A3HA 3AS2A 1MFUA 1FOBA 4UOZA 4UQCA 2E8ZA 4JZ5A 1US2A 1XV8A 1QNPA 1VENA 1GOMA 7CGTA 2WBGA 1GOIA 2J8FA 4AW7A 2VX6A 2E9LA 3ARPA 1V02A 1W9XA 3NSXA 1NP2A 3AMLA 3VDCA 4GIAA 3NDYA 1E4MM 1DWAM 1KFWA 2G4FA 1A47A 3FHAA 1U2YA 3AXXA 1EGZA 5D4YA 4UFHA 3GNPA 2G3MA 4PMVA 2EO7A 2XG9A 3UCQA 2XVNA 2F8QA 3VD4A 2YA0A 3RIKA 4TTGA 2ZX9A 3PTMA 3W6MA 4X0NA 2WXDM 1V08A 5DF0A 1C7TA 4MNMA 1XH0A 3VM7A 3TP4A 1H41A 4AYSA 3CO4A 4OOZA 4Z2JA 1UA3A 1NP0A 4CU6A 4GINA 2YIHA 3VX0A 1LG2A 3OGVA 1GORA 5FCZA 1B2YA 1J0IA 3CZ8A 1TA3A 3QHOA 1JZ2A 5I2UA 1E0VA 2XSAA 2VO5A 2D3NA 2OSXA 3NSMA 4NRSA 4MB3A 1C3FA 1DWHM 1E4IA 1J9YA 1XD1A 3CTTA 3MUZ1 4M1RA 2XSBA 3W26A 2WZHA 2E8YA 1B90A 3F5KA 1VJZA 3O6AA 1E6PA 5LA0A 2PB1A 2V3GA 3GM8A 1BVZA 1B30A 2JIEA 2VOTA 4ACZB 2WC7A 1E0WA 1FH9A 1MW1A 2J47A 1VFFA 1BF2A 1UHVA 4WKHA 4ZENA 1HJSA 3U5YA 5AYIA 2A3HA 3VU2A 5EMYA 3THCA 1LQ0A 1W3KA 4BZYA 4CN1A 3CUHA 1ESWA 3LMYA 2YKKA 1Q6GA 3W4RA 3SCNA 3AICA 1B1YA 1KXHA 3L4WA 3BAIA 5D9MA 2W61A 2J8GA 1EHAA 4D6JA 1CXLA 1E40A 3A4XA 4AZCA 4XZWA 4HTYA 1UWRA 1OD8A 1UUQA 5M3WA 1E6XM 4EANA 2W67A 3D5HA 4CCCA 1UR1A 3ZIZA 2VZUA 1KGXA 3ZSTA 1WZKA 1EQPA 2V3DA 1ISXA 2OWXA 3RPMA 3MMUA 1JZ3A 3WF3A 3MUIA 1KBKA 3WFZA 2G3JA 2ZX6A 4AZBA 3SCUA 4HOWA 1I1XA 4Y7EA 1BVNP 1W1VA 5CPTA 1C92A 2WMHA 1BG4A 4ZXLA 1ECEA 1E0XA 1JYNA 4HA4A 4GKLA 1MXGA 4URIA 3GH7A 5A1AA 2DSVA 3LPFA 1FH8A 2VMFA 1J18A 3WUEA 5CGMA 2YL6A 5HNNA 1L8NA 2XWDA 1BFNA 1KWGA 2J7BA 2FH8A 3IK2A 3KZSA 1WDSA 3AISA 3FAXA 1V6XA 1MW2A 3GDBA 2BHZA 1PEZA 1FP8A 1XGZA 4U31A 4J3WA 2ZXAA 4WF7A 1G5AA 3N11A 1TCMA 3TONA 2UWFA 2WVVA 1FH7A 4M81A 1FFRA 1V3HA 4M8UA 3SCVA 4LX4A 3AQUA 5FL1A 4FLQA 4J3UA 4AEFA 4AZIA 3IJ9A 1CWYA 1UWIA 4CCDA 4JCMA 1K9TA 1ZS2A 1DP0A 3WL0A 2V38A 5JBFA 4C7GA 2GDVA 2YLAA 1WB0A 2WVUA 1B3ZA 3CPUA 4W88A 1TZ7A 1HJUA 2WLYA 4PUDA 2FHBA 4CD8A 1KGWA 1HL9A 3BAKA 4J3VA 1MXDA 4HZ7A 2WMGA 5ABEA 2DGAA 1V6UA 3WQ4A 2ZUVA 4UOJA 1CENA 1VFOA 4TX8A 3AHXA 1GQLA 1FHLA 2F2HA 2Z1SA 3RM8A 3TA9A 1TR1A 4WIWA 3MO4A 3UESA 3WFLA 5A69A 2XVLA 4FK9A 5GNZA 1GJWA 3WQWA 1W1TA 3OG2A 3PTKA 4JFUA 5M5DA 1X6LA 3PZ9A 3OLDA 1B9ZA 4QLLA 4W7WA 1GPFA 3AHVA 5HXMA 4QCFA 4KH2A 4J3TA 3ARWA 4YHEA 5D9NA 5CPSA 1E73M 3WUGA 3WEMA 1KXQA 1DHKA 3PZIA 1V6YA 5A2BA 1GOOA 4AISA 4OJYA 2WKGA 4J7RA 3WSUA 2WHJA 3A47A 3WH8A 1WPCA 2IXUA 3THDA 1IV8A 1K9FA 3DECA 4UZSA 4GQRA 2BHUA 4CU7A 4CU8A 1UWTA 1JG9A 1Z32X 1HKMA 3K1DA 3PZVA 4D6EA 1TVNA 4PTVA 5C8BB 3WF0A 1JZ6A 3WMSA 4J27A 4WJXA 4UFJA 3VNYA 3WNOA 1CGVA 4HU8A 1UR0A 3VD9A 3AMKA 5A6BD 4AIUA 3RCNA 2DSKA 3U7VA 1AQ0A 1HN1A 1KR0A 2FHFA 2Q8XA 3L2MA 1JZ7A 1V3KA 3BLKA 5FOOA 4BQ3A 1E55A 5JIPA 3AZTA 2ZIDA 2CPUA 2ZX7A 5AY7A 1G0CA 4YHGA 4JCLA 2Y4SA 2WW5A 4P8WA 1C93A 2X05A 4ZXOA 3ZO9A 1ZBVA 3MV11 5D9OA 2GDUA 3BAYA 3EDKA 4NF7A 3VIHA 1ISZA 4TOQA 2ZX8A 3AIEA 1LL4A 1UZ1A 4ZFMA 1VB9A 3AIBA 1NWSA 1IZKA 3WMBA 4DUWA 1LL7A 1PBGA 4AD3A 2ZXQA 4BQ4A 4AMCA 5AYBA 4XUYA 3ECQA 2ZICA 2CBIA 1JXJA 1JZ5A 1TE1A 2ZUUA 3N15A 1XHGA 1UWQA 5A6JA 1JIBA 1CGUA 3ARVA 2OWCA 1JNDA 2QHAA 2FGZA 3VDAA 2VCCA 1DWGM 2ZOXA 3UG4A 5HPOA 4WLCA 5I23A 3EDJA 3T0DA 4TVUA 2ZWYA 3BSGA 1CGXA 4JHZA 4KRUA 3ZJ7A 3MKKA 2DSWA 2JEPA 3CUGA 3L4XA 1CXEA 1WDPA 1F4AA 1XH2A 3ZJKA 1JI2A 4RL3A 3VOCA 3VX1A 1ITXA 2J7EA 2VRKA 1CZ1A 3W37A 1JNEA 3ALGA 5GNYA 3NYDA 1QBAA 1NOFA 2Y8VA 4ML4A 4GPNA 3T2QA 1UH3A 4EE9A 3POCA 3HU7A 3TTQA 2BVDA 4EK7A 1R85A 4S3JA 3SUUA 1QVBA 2VTFA 2XYLA 2JF6A 1UD8A 2J77A 1K9DA 5A8OA 1DWJM 2QLYA 1EDTA 1H5VA 4W87A 4FLRA 2UY5A 4OIFA 5FL0A 2PWDA 5JBDA 3M46A 4ZEPA 1JD9A 2BXZA 3WDHA 2J7HA 5F7UA 4D6HA 1GONA 1DEDA 5IFPA 3FAWA 2GJPA 3WUBA 4C90A 1UR8A 3DYOA 4W84A 1HKJA 3DYPA 4HP5A 3F4VA 1CGTA 3EBVA 1RH9A 1GCYA 1FFQA 1XRVA 4ACZA 4P7OA 3RILA 1XSKA 2ZXDA 4DUXA 3BCDA 2DT1A 5IFTA 4AD0A 1NARA 3GXMA 3LPPA 1TG7A 5GQBA 2XM2A 3DHUA 1Q6DA 1BYDA 3GNRA 2WSPA 3NIYA 3L4UA 4AIEA 5A6BA 2OSWA 1QW9A 3QOMA 4DWSB 2JALA 4D1JA 3OIHA 3ZR6A 4JHOA 5ABFA 4AEEA 1CDGA 3WNMA 3MANA 3OGSA 3L4ZA 3RO8A 3FXYA 1Q6EA 5A8MA 2XWEA 2YBTA 2YDRA 3SUTA 3ZT6A 1YHTA 1M03A 3FHQA 1ZJBA 3BCFA 1CLXA 1E3ZA 1LLOA 5FD0A 4W5UA 2J25A 1EOKA 4PN2A 4D6GA 4QLKA 2J62A 5CG0A 1UD6A 1WZMA 2VQUA 1EH9A 3GXIA 4E8CA 3WQ6A 2O9PA 1PZ3A 2E3ZA 3KEHA 4U3CA 4PCSA 3AS3A 2C7FA 5E0CA 4L4OA 2PF0A 4MNLA 1UD5A 5CPQA 1ZL1A 4GZJA 4RE2A 3SCWA 5EBAA 2A3BA 3UEQA 3MSDA 4AD5A 2E0PA 3OZPA 3HMCA 3WN6A 3TTOA 2DT2A 4KMQA 1UYQA 5I5RA 3CBWA 1UA7A 1J11A 4PTXA 1KGUA 4OKDA 1SYTA 2QPSA 1CEOA 1UD3A 3EDDA 1EA9C 2Y24A 3CZJA 3W24A 3BMVA 4HZ6A 2WYSA 3B9AA 4U33A 3PN8A 4TVDA 3SCTA 1KQZA 1HVXA 2OYKA 1EXPA 3LPOA 4NI3A 4PYSA 3VIPA 2V3FA 1W2PA 4UFLA 3AI0A 2WWCA 1BGAA 5A2AA 5IHRA 1E70M 3T0BA 1XYFA 1J0YA 4BA0A 1WNOA 1JGIA 1E1EA 3WQ5A 3PHAA 5E70A 4CUCA 4LYQA 5DT5A 1AQHA 3VGFA 4L4PA 4RE4A 4W5ZA 5E6YA 3K4DA 3BAJA 2X1IA 1VBUA 1EDQA 3GH5A 4A4AA 1HL8A 1K6AA 3QR3A 4MDPA 4BCEA 2J7GA 3IAQA 4HPHA 3WH7A 1HP4A 3ARSA 3HN3A 3FY1A 4W86A 1OIFA 3ARXA 5IXEA 1VAHA 4UR9A 5CSYA 2E40A 1OSEA 2RGMA 3K8LA 1JAEA 3AXIA 4N42A 5CSUA 2CETA 5KZ6A 3IJ7A 1UR4A 2J79A 3M7SA 3MS8A 1YQ2A 4M24A 1W2VA 3ARYA 3AYRA 5A2CA 1ZB5A 2C8NA 4DWSC 3VTRA 5A94A 3PZQA 1GZJA 4JL2A 2NW0A 2ESCA 3ARRA 3NDZA 4CN6A 2BY1A 4V27A 4PSPA 5A8PA 2QMKA 2GSJA 4ZE5A 3B8SA 4IPNB 1KCLA 3MUAA 1GUVA 3VIKA 1FHDA 4F79A 3ALFA 3BC9A 1KWKA 1QHPA 3U57A 3VNZA 4J3SA 4H8UA 4U2YA 1UR2A 4M29A 1EO5A 4H41A 5LA2A 1IZJA 4JAWA 5IDIA 1HKIA 3UR8A 3W25A 5BROA 1DTUA 4QP0A 1M7XA 3PZGA 3W29A 5CJ5A 3W6LA 1E6QM 2UY3A 3IANA 1W1YA 1UR9A 2E9BA 4PMOA 5A8QA 3N18A 2F61A 2PC8A 3VIFA 2WCAA 4H04A 3VD3A 4QFUA 3GXFA 3K8MA 1JFXA 1PIGA 4PBGA 1BPLB 1MQPA 1UQYA 2XFYA 4H8VA 2YDSA 3VGDA 6TAAA 1BYCA 1J0KA 5CZKA 2J4GA 2GK1A 4AZ6A 3T2PA 2VQTA 4BQ5A 3UR7A 3O2LA 2DT0A 4Z2HA 2CEQA 2G41A 2Y5EA 8A3HA 2XJ7A 3MV01 4JFWA 3N1AA 4MAZA 2X2YA 4WKFA 1BYBA 2VURA 3OB8A 1UWUA 2PBGA 2V5CA 2BY2A 1R7OA 2YA1A 2VVSA 1TA3B 3BGAA 4PMNA 5I24A 3A4AA 1UG6A 4D6CA 2ZUNA 1CXFA 1VJSA 1W3LA 3VUPA 1TFVA 2PWHA 3UETA 5CGTA 1E5NA 1PX8A 4WKAA 4MJ4A 5BXRA 5DFAA 1V0MA 2HISA 3CUFA 3BSHA 1BTCA 1VEMA 3GNOA 4GXPA 5JBEA 3T08A 2G3NA 4PMRA 1G94A 2VZVA 2DEPA 2FGLA 2XGIA 3W28A 3VPLA 1GHSA 4F9JA 4HA1A 1VFMA 1UWSA 2VRQA 3HJEA 5A95A 2XPKA 3WBEA 1XSJA 1E9LA 3FW6A 1W3HA 4B16A 5BXSA 4MJ2A 4CVUA 1QNQA 2YA2A 2WANA 4Z2GA 1G01A 2DPEA 2FDMA 1H0IA 2XFRA 3A4WA 4W7VA 1HT6A 1QNRA 2WSKA 3BAWA 4UQEA 4KRTA 4WSKA 3VIOA 2WM0A 2BHYA 1OT1A 3BLPX 1GQJA 3W53A 4JFVA 2D2OA 2CYGA 4FLOA 1NM9A 3SUVA 4XB3A 3SCSA 2J7FA 2WMIB 3WF2A 4CN4A 2BY0A 5ABGA 4UQBA 1UH4A 3QHNA 3L4YA 4W93A 1W1PA 1P6WA 1UKTA 4D71A 2WMKA 4U5KA 2DT3A 7TAAA 5C70A 4M56A 3CMJA 4MB4A 4PMUA 5ECUA 1PAMA 2VCAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4WK9 A;  4E4P A;  5BCA A;  4QLJ A;  3T09 A;  2EBN A;  4P7R A;  2XHY A;  1WAW A;  2VC9 A;  4OBS A;  3IAP A;  1OGS A;  4UFK A;  1E3X A;  3I3B A;  1CXH A;  1O6I A;  1XH1 A;  3GZA A;  4PUE A;  2D20 A;  3L4T A;  3O9N A;  3GYC A;  4QCE A;  5A8N A;  3WKZ A;  1HVQ A;  4N0R A;  4C91 A;  2VR5 A;  3WQV A;  2A3C A;  2ZUT A;  1RP9 A;  2JFE X;  3B9E A;  2UY2 A;  3AYS A;  4PMD A;  2AOS A;  1C7S A;  3T0A A;  1AQM A;  1R87 A;  1WDQ A;  2WLZ A;  3ART A;  4RE3 A;  1V6V A;  2JIW A;  3WD2 A;  2YL9 A;  4AD4 A;  1C8X A;  1HJQ A;  3EYP A;  1OB0 A;  1WKY A;  1OIM A;  1I75 A;  1GHR A;  4M82 A;  3S2C A;  4CCE A;  4HU0 A;  3VGB A;  2XVP A;  1GNX A;  1UZ4 A;  2O92 A;  3WDI A;  3ARU A;  3WNN A;  4UFI A;  1RP8 A;  3AIV A;  1E71 M;  2VT0 A;  1XCW A;  1BAG A;  3KWX A;  2YL5 A;  1E1F A;  5I0D A;  2WNW A;  1W91 A;  2OYM A;  3VII A;  2VI0 A;  4CGT A;  4HZ8 A;  2CIP A;  1GOW A;  3CZE A;  5DEZ A;  1XCX A;  1NOW A;  2W5F A;  2JE8 A;  1J0J A;  1ODZ A;  5A6A A;  3S6T A;  1D2K A;  1UH2 A;  3K8K A;  3EMQ A;  4P8V A;  2VR4 A;  1B3W A; 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