2XRIA

Crystal structure of human eri1 exoribonuclease 3
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
207
structure length
206
Chain Sequence
NLYFQSMSFPPQRYHYFLVLDFEATCDKQIHPQEIIEFPILKLNGRTMEIESTFHMYVQPVVHPQLTPFCTELTGIIQAMVDGQPSLQQVLERVDEWMAKEGLLDPNVKSIFVTCGDWDLKVMLPGQCQYLGLPVADYFKQWINLKKAYSFAMGCWPKNGLLDMNKGLSLQHIGRPHSGIDDCKNIANIMKTLAYRGFIFKQTSKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ERI1 EXORIBONUCLEASE 3
publication title Crystal Structure of Human Eri1 Exoribonuclease 3
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 66
structure length 206
sequence length 207
ec nomenclature ec 3.1.-.-:
pdb deposition date 2010-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 2xriA01
4CFAA 2YNIA 3KK2A 4PUOA 1WNSA 1X1PA 4PQUA 3NH1A 4B8AB 4B9LA 4FJ9A 4DU1A 3NGYA 2DFHA 1EX4A 3L2UA 4CK3A 4O4GA 1NKCA 1T03A 3L2VA 1REVA 3AVCA 4DTXA 4DU4A 1SL1A 4CK2A 4BE0A 3DRRA 4YNQA 3HXMA 3CYMA 4FW1A 4CHQA 1VSLA 3IS9A 4BE1A 3KJVA 4DU3A 4Z4EA 4OVLA 5T7BA 2BANA 4JRPA 2QKBA 3LZJA 4O0IA 4RW4A 3HT3A 1QS4A 1RDCA 4BE2A 1KVAA 4ID5A 1UOCA 2G8HA 1RTHA 4CCHA 1EETA 4DTUA 1CXQA 4DFMA 1YT3A 3RMDA 1D9DA 3V9WA 4KFBA 4IFYA 3IG1A 3NF6A 4E7HA 1NK9A 1GOBA 4CJRA 3C94A 2EHGA 1BCOA 4CJUA 3OS2A 3HK2A 2O4IA 4FJXA 1WSIA 3HVRA 3MXIA 3KLGA 4FXDA 3SPYA 4F3OA 4KI6A 3C95A 5HRSA 1HYSA 3NF9A 4CF9A 3D45A 3K2PA 1VSEA 2G8VA 2FBXA 5K14A 5I3UA 4DSIA 4C8OA 4RW7A 1JLCA 4AHCA 3VQAA 3KLFA 4CECA 3OYFA 3TR8A 4JLHA 3VA3A 3V1OA 4DTNA 4ELTA 1YTAA 1ZBIA 4MFBA 3AO5A 3OYKA 2P51A 3I8DA 1ZBHA 5C42A 1TL3A 4FLWA 3PY8A 4CEAA 1GOCA 1QE1A 4M3YA 1YTUA 2JLEA 2QKKA 3CFPA 1BQNA 1JLEA 3AVGA 4CGHA 4AILC 1NK0A 5D3GA 3QEIA 3QEPA 5EU7A 3HPOA 3SV3A 1B92A 4M3ZA 1J9AA 1LAVA 3K5NA 1JLAA 4Z4IA 3M8PA 2IGIA 2QK9A 3KKSA 1BIUA 4GMJB 4NYFA 3K59A 3CQ8A 1TKXA 2F96A 1RTIA 2RKIA 3OYCA 4FLXA 4E1MA 1NK8A 3SI6A 1TV6A 3DLBA 4E0DA 3JYTA 3ULDA 4FW2A 2X74A 5HBMA 2R7YA 2KZMA 4CF8A 2VWJA 4E7JA 4KV8A 1BHLA 2DFFA 1IKXA 2OPQA 1S6QA 5HRRA 2HHTA 1A5WA 2HNYA 3L3UA 4ZTJA 5HP1A 2WONA 3B6OA 4GVMA 3L2QA 1TK0A 4OGEA 2GV9A 4CHOA 1RDDA 3L2WA 3C6UA 3NAEA 1R0AA 3V1QA 4W5QA 2HHWA 3LWMA 4M3TA 3LDSA 4FZYA 1JLBA 2XY8A 4DQRA 4ZTFA 3F9KA 3I0SA 4DF4A 3I0RA 3NFAA 4Z4HA 4F8RA 1IG9A 3OVNA 4PWDA 4DSFA 4N5SA 4UQGA 2KZZA 3CFRA 3ZSXA 1NJYA 3NH2A 1QSLA 3AVBA 3ZT4A 1KFSA 1JL2A 4AH9A 3OYLA 1TKTA 3K58A 2IDOA 1C0TA 1TKDA 4LSLA 1W9HA 3EY1A 1VRUA 3KK3A 5HRNA 3V9XA 1J5OA 4OJRA 2YNHA 1VSMA 4FM1A 4KHNA 3NDKA 1SKSA 1T05A 3L3VA 3WNFA 1J53A 2ZQBA 3ZSVA 4O0JA 4FM0A 4W5RA 1TL1A 4Q0BA 4JRQA 1Q9XA 3P1GA 3KLEA 4Y1CA 1HYZA 1L5UA 2YV0X 3AO2A 4OPKA 3V81A 3RR8A 2HNDA 2YHAA 2YNFA 4M3RA 3OJUA 3OYGA 3AVAA 4CEZA 5CZ1A 1NK5A 1LWFA 2EX3A 2ZD1A 4FJJA 2WOMA 3OS1A 3TANA 1BISA 1NJZA 3L8BA 1WSHA 4ZHRA 4DS5A 4B9VA 1LAWA 3KKRA 2XY7A 4CGJA 2AJQA 3WNGA 4BACA 4OLBA 5KGXA 4DQIA 4E1NA 4JS5A 2G8KA 3DLEA 3KLHA 1L3UA 3ZT1A 2HHQA 3HP9A 1EKEA 4CF0A 5J2PA 4ICLA 1TAUA 3DRSA 4IDKA 4DTPA 5I42A 1DTTA 1KRPA 1S1VA 4DTMA 3QEVA 2PZSA 2Y1IA 5SZTA 3U3YA 3AV9A 1Z26A 5J2MA 3VQ5A 3TAGA 2PY5A 4FM2A 4F2SA 1BI4B 1ZBUA 3AVMA 3LP2A 4KTZA 1RBTA 4DFKA 1VSIA 3WNEA 3DLRA 1SV5A 2Z1GA 4MQ3A 1XHZA 2A1SA 1TK8A 4CEQA 3AVHA 4J2EA 3SCXA 4KHWA 1ZYQA 2D0BA 2RPIA 3F73A 3VQ6A 3AVKA 4CJ3A 4QAGA 3LZIA 3K5LA 1TAQA 3H08A 3QIPA 1RTDA 4B9SA 3ALYA 4N41A 3TAEA 2Z1JA 4XIUA 3K57A 4CJ5A 4DSKA 2D5RA 4CHZA 4ELUA 1B9DA 1UWBA 3SUNA 1U49A 4N56A 3OYBA 4EZ6A 1L3TA 4DF8A 3VQ9A 1RBVA 3LANA 3OY9A 2OZSA 4DWIA 2Q3SA 3PUFA 2X6NA 1VSHA 1TKZA 4KHQA 5CY4A 4RW9A 3LALA 4IFVA 4CJWA 1RT7A 3OYHA 3HM9A 5CZ2A 1NJXA 4DSLA 4KHUA 5E41A 3SQ0A 4FZXC 3T3FA 4CEDA 1ITGA 3SPZA 1UA0A 4BWJA 4IG3A 4DLGA 4J2BA 1VRTA 4LH4A 4AHVA 3MECA 4M3WA 1JXBA 4CFBA 4CFCA 4FLYA 1KTQA 3V9ZA 4DSEA 3VA0A 1CZBA 4N76A 2YKMA 1XWLA 4O44A 3CFOA 1WSFA 3ASMA 3AVFA 2VWKA 3KD5E 4PA1A 1RT6A 3VQCA 3QINA 4B3OA 1WSEA 3DM2A 2KFZA 2ETJA 1NK7A 3DOLA 3LP0A 4I2PA 3HJFA 4K8ZA 2FBTA 3VQQA 4CGDA 3E01A 4Z4CA 1GOAA 1JXEA 4CEFA 4FJNA 3ZSZA 3OYMA 2HHUA 2D0AA 3AVNA 1WN7A 3PO4A 4BWMA 1LW2A 1X9SA 3S9HA 4KI4A 4R5PA 2HHSA 4H4OA 4GW6A 3U3GA 1I39A 4KPYA 2OYQA 4CJFA 1WAJA 3NH0A 1L3SA 4C8LA 3DLHA 3PO5A 1D8YA 3G0ZA 4LSNA 1LWCA 4NCGA 2PYLA 4HVJA 4NCBA 3DI6A 1KSPA 4FK0A 3SQ1A 1VK0A 3B6PA 1WLJA 2OA8A 2G8FA 1LWEA 3KLIA 3BGRA 4FJGA 1C1CA 1VSJA 2KQ2A 4CHYA 2O4GA 3OYAA 3MAQA 1A5VA 4DSJA 1RT1A 4H8KA 3TAFA 1RTJA 1RBSA 1VSFA 2FBYA 3TAMA 3AO3A 4DS4A 3MXMA 3CG7A 3KD1E 2KTQA 4DTOA 5HLFA 1RNHA 4DG1A 3SZ2A 4O5BA 1RT4A 1HNVA 5JS2A 1A5XA 4EP5A 3HPGA 2JGUA 3ZSRA 3RMCA 2Z1HA 3D0PA 3AVIA 4ID1A 4CJSA 4CJTA 2Y1JA 1WSGA 2HVIA 3CM6A 1HJRA 1C0UA 3HO1A 2IS3A 3NF7A 3O3HA 3VQ8A 1JLGA 4CEOA 3DLGA 1ASWA 3OYEA 4CIGA 1NKEA 1D9FA 4DFPA 2YNGA 1TK5A 2B5JA 2DTUA 4FK4A 3AA2A 3TABA 1X9WA 4H4MA 1Y97A 2LSNA 4CGGA 1RDBA 5CYMA 1VSDA 4FJ7A 5C25A 5HROA 1C1BA 4DTJA 4B9TA 3M8SA 1SL2A 4OKJA 3P83D 1QTMA 3EZ5A 1B9FA 3NHGA 4M3XA 4NCAA 2OPSA 1G15A 4BDPA 2BGGA 4M42A 4CIEA 1DTQA 3O3GA 1FKOA 3JSMA 1S9EA 3ZT0A 2VG6A 4QCLA 4K8XA 3WNHA 3LPUA 4C8NA 1RBUA 3SQ2A 5J2NA 3QEXA 5JS1A 3PX0A 3KTQA 1O1WA 2XHBA 1RILA 3ZT2A 1IH7A 2IC3A 4KTWA 4DLEA 4LH5A 4DQQA 3V6DA 3THVA 4KTQA 3HYFA 4AHSA 2RF2A 1JLFA 3NF8A 1IKVA 4CHNA 1S6PA 3A2FA 4CJEA 4AHRA 1UAXA 3LAMA 4E7IA 1U47A 1EXQA 4Z4GA 4J2AA 1TGOA 1ZBFA 3ZSWA 4CEBA 2YKNA 4Y1DA 4TSXA 3VQ4A 2XY5A 3RR7A 3LAKA 1IKWA 1ASVA 1HYVA 4FLTA 3SJJA 3VQEA 1Z25A 4E7KA 4DQPA 3AO4A 2XO7A 4EP4A 1CXUA 1U04A 1HPZA 3V9SA 4LD0A 2W42A 4IBNA 3QNNA 3C6TA 2OZMA 5FRMA 4C8MA 1JKHA 3QO9A 1FXXA 3IRXA 2PYJA 2BDPA 4KB1A 3T1AA 4KREA 1SKWA 3QETA 4B9UA 4F4KA 4FJMA 3ITHA 1U4BA 2FBVA 3QIOA 1QQCA 4OKEA 4I7FA 4NYNA 1U45A 2IOCA 2KW4A 4CFDA 1WSJA 2XRIA 4J2DA 3IAYA 3UIQA 3ZSYA 3SUQA 4RG8A 1S1UA 2QXFA 3K5MA 2I5JA 1WAFA 4DQSA 1T7PA 2E4LA 3M8QA 3S3MA 1NKBA 4FYDA 4FK2A 1BQMA 1RT5A 1N5YA 4C8KA 3S3NA 1KVBA 3RTVA 3NGIA 1HQEA 2ATQA 1JL1A 5CYQA 4M41A 2G8UA 4EZ9A 5DMRA 1HMVA 3O4QA 5J2QA 3ISNC 2OPPA 3K5OA 4OPJA 4DTSA 2F8TA 3DOKA 1UA1A 4IG0A 4CJ4A 3ZSOA 4CJPA 1XI1A 2NUBA 2ZE2A 4RW6A 1BGXT 5SWMA 3EYZA 1Q8IA 3P5JA 3ZT3A 4HUEA 4AHTA 1Q9YA 3HPHA 1BI4A 4O55A 4KKOA 2GBZA 3LPTA 4CF1A 4CJVA 3NE6A 2XY6A 3PX4A 3O3FA 4BDYA 4JS4A 2X78A 5KTQA 3AVLA 1QSYA 2B6AA 3MEDA 2E6MA 1NJWA 2BE2A 4HTUA 2G8WA 4FJHA 2P1JA 4CGIA 1FK9A 3OYNA 1BL3A 2ITGA 3HP6A 3AA4A 3RMBA 2HHXA 4B9NA 2HNZA 3AVJA 4HUFA 3VQPA 3HVTA 1X9MA 2P5OA 1J54A 1D5AA 3CM5A 1L3VA 4B8CA 4CJKA 2B4JA 4I2QA 5KRTA 2A1RA 1XHXA 3LP3A 4HHTA 3PV8A 3RRHA 4B08A 1SKRA 5C24A 4B9MA 3V4IA 4I9LA 3OYJA 1NOZA 2YHBA 3M8RA 3PX6A 5KGWA 3TAQA 1FKPA 4FJ5A 4KB0A 1RCHA 4CESA 4CJQA 4CHPA 2HW3A 2Z1IA 3DMJA 4I9QA 4PY5A 4KRFA 1RT2A 3ZCMA 1QHTA 1KFDA 2RN2A 4G1QA 3KK1A 1N6QA 4HUGA 4N47A 1YVUA 4E7LA 4FLVA 1TVRA 3S3OA 3RMAA 1HRHA 4OLAA 4FLUA 3DLKA 4OKKA 4CGFA 1HNIA 2E6LA 3FFIA 3T19A 4CERA 1S1WA 3KIOA 3VQDA 4W5OA 2FC0A 1C6VA 4Z4FA 3BDPA 4CIFA 3VQ7A 4W5NA 2GUIA 1I3AA 2VG5A 3MEEA 4KO0A 4YFUA 3NCIA 1U48A 3OYIA 3RRGA 4FZZA 2DFEA 3LP1A 4Z0UA 4F2RA 4WE1A 4DFJA 4CE9A 1EP4A 3OYDA 4RW8A 4E89A 2HB5A 5FRNA 4FJKA 2VG7A 3VN5A 1S5JA 1ZBLA 2P5GA 4OGCA 4HCCA 2KFNA 3QNOA 3DRPA 5FDLA 3AO1A 4Q5VA 1C0MA 5J1EA 4BDZA 4FLZA 1NK4A 4FJLA 4E19A 4FCYA 4E3SA 1BIZA 1KVCA 1NK6A 3RWUA 4QOZB 1LW0A 4M45A 1W0HA 1S1TA 5FROA 1HQUA 4F3TA 1CLQA 4HCBA 3SQ4A 3ZSQA 3G10A 2G8IA 2F8SA 3OJSA 3SUPA 1QSSA 4AHUA 2HVHA 4CEEA 2D0CA 4KHYA 3LWLA 1XC9A 2DY4A 1K6YA 1ASUA 1S1XA 1BCMA 3L2RA 3QEWA 3U6FA 1MU2A 1SL0A 1KLNA 4ELVA 4L8RB 3V1RA 3TWHA 3QERA 1VSKA 3QLHA 4CJLA 4CK1A 4KHSA 3HL8A 3NGZA 4KAZA 1T8EA 1KCFA 3HSTB 4FJ8A 4CF2A 1C1AA 1RDAA 1SUQA 2X6SA 1RT3A 2OPRA 1S9GA 3VQBA 1LV5A 3AA3A 4FJIA 3QESA 3DYAA 3SNNA 3MEGA 4M3UA 3NBPA 5HRPA 4LY7A 4W5TA 5KI6A 3TAPA 4FVMA 1JLQA 1IO2A 3SYZA 1F21A 1NOYA 3AA5X 4DTRA 1RBRA 3SUOA 1IKYA 1CZ9A 1KLMA 3MXJA 3OS0A 3SV4A 4IKFA 3TARA 1DLOA 3O4NA 2HHVA 4DMNA 5KRSA 3V9UA 2IAJA 3TI0A 5DK5A 2HMIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Y0WA 5BPNA 4CW7B 4PQUA 2V7YA 5C12A 1IBMK 5AQGA 1X3MA 1EX4A 3DJCA 2EWSA 1TUUA 4Z4EA 4CHQA 4IJNA 4IEEA 3KJVA 3L4IA 2HF3A 3ENBA 3ZX2A 2D4WA 1QS4A 4ID5A 4CCHA 1NGCA 4BRHA 4NB4A 4DFMA 1MWMA 1D9DA 3V9WA 4KFBA 3NF6A 4RTFD 4H5NA 3OS2A 3SMSA 1OH6A 4PKHA 1HX1A 3VEYA 5HRSA 4CF9A 4B3TK 1VQNN 1VSEA 2NZTA 3FLCO 2IVNA 4FWLA 4CECA 4ILJA 4ELTA 1YTAA 2P51A 4BR0A 5AQMA 5C42A 4A2AA 4FLWA 1ZC6A 3E9OA 3AVGA 4BRIA 1YJ9N 5D3GA 3HPOA 1JLAA 5KQDA 2FSKA 3KKSA 1BIUA 2NRWA 4NYFA 3L4QA 3CQ8A 1JCEA 3OYCA 1TV6A 3DLBA 3JYTA 3QBWA 3UE5A 4GKJK 3G6EN 1NGIA 1IKXA 4BRPA 4OGEA 3OHRA 3C6UA 1HJOA 4QS7A 3L2WA 4BGBA 3LWMA 3LDSA 4FZYA 2A5XA 5AQWA 4X62K 4ZTFA 4NXNK 4Z4HA 4BR9A 4PWDA 4JKCA 3AVBA 3ZT4A 4CBXA 4AH9A 1Q86O 1TKDA 2QI2A 5AQTA 5BN8A 5EX5A 2YHXA 3C7NA 4M7YA 3FZFA 3J8AA 4DB3A 4W5RA 1Q9XA 1KAXA 4Y1CA 1HYZA 1L5UA 3AO2A 2HNDA 2YHAA 1NK5A 3UKRA 4H0YB 2Q1NA 3OS1A 3L8BA 4DS5A 3WNGA 4OLBA 3SBTA 4B1WB 2ASMA 2HHQA 1EKEA 3FFKB 4DV0K 5J2PA 4ICLA 5C2DA 3DRSA 5C10A 2O8BA 3O80A 5AQOA 1NLVA 3QEVA 2Y1IA 1VQ5N 1YF5L 4IDHA 3TAGA 4G9ZA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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