The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
|
sequence length |
87
|
structure length |
87
|
Chain Sequence |
KPDETRVKQFLEGFNIETFEMVGTLSNAQGTFALVKGAGGVHRVRVGDYLGRNDGKVVGISEGKIDVIEIVPDGEGNWLERPRSLTL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Biosynthetic protein
|
| molecule keywords |
PILP PROTEIN
|
| publication title |
Structure of a Domain from the Type Iv Pilus Biogenesis Lipoprotein Pilp
rcsb |
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa pao1
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| total genus |
11
|
| structure length |
87
|
| sequence length |
87
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-01-11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LNV A; 2IVW A; 2Y4Y A; 3OSS C; 2Y4X A; 2LC4 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KUF A; 3G71 T; 5KYY A; 2EGE A; 1NJI C; 4UC4 A; 5KYU B; 1S72 T; 2NUZ A; 4RTZ A; 4M7A C; 2EJ9 A; 2OAW A; 4KUD K; 3JB9 D; 4JRI A; 4A4G A; 1VQM A; 3MP8 A; 3LGL A; 3H8Z A; 1ZX6 A; 4LXC A; 5A2Q E; 1U06 A; 2LCL A; 2F2V A; 1XTD A; 1VQ8 Q; 3HFN A; 2D1X A; 4PKC C; 4M7D C; 2HKN A; 1WQ7 A; 2VYT A; 2R58 A; 3CC4 T; 2KQW A; 3FJ5 A; 3GIB A; 1LVK A; 1WHJ A; 1K73 R; 5GAN 3; 1BCO A; 3QJY A; 3JCM W; 5GAO l; 3UDC A; 4EMG A; 1W6X A; 2X9H A; 2OI3 A; 5C6S A; 4JJC A; 2J06 A; 5IHK A; 1AVZ C; 2AT1 B; 1VQP A; 2B8A A; 4EPC A; 2L3Q A; 1VQ9 Q; 4R56 A; 2GFU A; 1M1K C; 1FMK A; 5GAN 7; 2XMF A; 2MPX C; 3JCM d; 4JS5 A; 4AFS C; 2DXT A; 2DRK A; 2X51 A; 3M0S A; 5KYU A; 3P8H A; 1Y07 A; 3C4S A; 5CR2 A; 1GL5 A; 2K57 A; 2LVM A; 5GAM g; 1VQK A; 2DLP A; 2KRN A; 3PIP A; 1UFF A; 4XK8 E; 4FYX B; 2K2M A; 2YLB A; 3RES A; 1UGV A; 3CCR Q; 2P4R A; 2RHI A; 1TH7 A; 4DA4 A; 1FMV A; 2JM8 A; 1SF9 A; 1KC8 U; 2RJC A; 3DKM A; 4JUV A; 1AOJ A; 2YHT A; 1ZBJ A; 2L2P A; 1NEG A; 1N5Z A; 2ED1 A; 4JJN K; 1AT1 B; 4ZTJ A; 3M57 A; 2PQW A; 2QEX Q; 1YJW T; 2V8K A; 4E2F B; 1TU0 B; 2MWO A; 5CO7 A; 3T9N A; 4C5H A; 2DEQ A; 3VRY A; 1VQ6 A; 2JTE A; 4KRT A; 1KHC A; 1AEY A; 2KVQ G; 2HD0 A; 4PJL A; 4A4K A; 2FZC B; 2JTM A; 3ME9 A; 3WVD B; 3I56 A; 1VQL Q; 5KCO A; 2MMP A; 1WQW A; 1O9S A; 4EMH A; 2KE9 A; 1IRX A; 2CZ1 B; 1G83 A; 4B6M A; 1KQS A; 1FXX A; 1O75 A; 2HDA A; 1N9R A; 3CCU Q; 4E7I A; 1SHG A; 2JS2 A; 1X6B A; 1KQS P; 2LCC A; 1M3B A; 4DQ2 A; 4C0G A; 1JEG A; 2E3I A; 5GAN 8; 4PFO A; 2VAS A; 3H0F A; 4PJO E; 5M9O A; 3OYE A; 4Z88 A; 4E7Z A; 1JB0 E; 1SSF A; 5GAN 4; 4GBQ A; 5LJ3 h; 1G3T A; 3L2V A; 3EGU A; 5LJ5 f; 1I1J A; 1TWB A; 3I56 T; 1EIF A; 4KGV B; 2RHY A; 8AT1 B; 3EHQ A; 4ZGJ B; 3E9G A; 5FU6 B; 2AHJ B; 2KI7 A; 3CD6 T; 2GQV A; 2CDT A; 3G4S A; 4BB7 A; 2DX1 A; 1RLP C; 2KT1 A; 2CGH A; 5LJ5 e; 3MP1 A; 4Z8A A; 2EVR A; 1QLY A; 4ESR A; 1WI7 A; 2FRW A; 1OPL A; 4PK4 A; 2XID A; 2RI3 A; 2DD5 A; 4JRP A; 3JAM E; 2C0I A; 4C92 A; 1KHI A; 1K4U S; 2EQI A; 1WFW A; 3CCE Q; 1K73 U; 1H3H A; 2X4X A; 4PFP A; 1X01 A; 1Y96 B; 1AZG B; 2DJQ A; 1VQ5 Q; 1K9M C; 3CC2 T; 2DD4 A; 3PVQ A; 1K73 C; 3CCM A; 1G2B A; 1TS9 A; 1PD1 A; 2EBP A; 3REB B; 1VOM A; 5CAI A; 2FHD A; 1NYF A; 3EH1 A; 4DOV A; 2ZZD A; 2RNA A; 4J8O A; 2FVU A; 3M53 A; 2IG0 A; 4ATO A; 4QQD A; 4FL6 A; 4M77 A; 1I8F A; 3VJP A; 1M5Q 1; 1UHF A; 4MDX A; 3JB9 I; 4LDU A; 1VQN T; 1IZ6 A; 2RB6 A; 1X6O A; 2DIQ A; 1LPL A; 2K6D A; 3OW2 S; 4M78 D; 2KEA A; 3C12 A; 2XDP A; 3L2W A; 2BE7 D; 2M1H A; 4FW2 A; 2YUP A; 2A37 A; 1VQ4 A; 2DKG A; 3SWN B; 1WXT A; 1IGU A; 4FCY A; 4XTZ A; 1PRL C; 2JVV A; 1WHK A; 1YJ9 A; 1XJW B; 1Q7Y C; 1S1N A; 1UUE A; 2NLU A; 1QCN A; 2K4Y A; 1VYV A; 1KJW A; 1QCO A; 5LJ5 g; 1WX6 A; 5GJV B; 4LDY A; 4J9G A; 3G71 Q; 3JB9 F; 1RUW A; 2E65 A; 4FYW B; 2KMT A; 3CCS A; 1S72 Q; 1XNI A; 4CRI A; 2QA4 A; 1J3T A; 3JCM c; 1HJD A; 4YTL A; 3TSW A; 1MV3 A; 1WA7 A; 1VQ9 T; 1Q81 U; 1M90 R; 4F17 A; 4HCB A; 5GMK e; 1VIF A; 3P8D A; 4AG2 C; 1VQ4 T; 4E7J A; 3JB9 G; 3JCM f; 3I55 T; 2O4X B; 3CC4 Q; 2FYK A; 3MEU A; 1Q81 C; 5GAO q; 2L3R A; 1M30 A; 4JRQ A; 4JZ4 A; 4FM4 B; 3RKX A; 3FEO A; 3LH5 A; 5LJ3 d; 1YWO A; 3EFO B; 3NTI A; 2CRE A; 2BZX A; 4F7U B; 2YT6 A; 4PLL A; 1TSF A; 1KD1 R; 3JCM e; 3SWN A; 2JUF A; 1YIT T; 1BCM A; 5GMK i; 1D09 B; 2YXY A; 2BKD N; 3M0U A; 3OYA A; 2E12 A; 4N0A C; 4JDS A; 4CC4 B; 2LQN A; 3EGD A; 4HA8 A; 1QP3 A; 1NJI R; 1VQM Q; 2JNG A; 4OB2 B; 2WSF E; 2JMA A; 2NYS A; 1KSW A; 2DBK A; 2JOY A; 3VV0 A; 4OMQ A; 2QEX T; 2RHU A; 4HT9 A; 3GBQ A; 4E7S A; 4BY6 B; 3GLX A; 2EKH A; 4ELZ C; 4DOW A; 3ZBD A; 2A08 A; 3J81 E; 1RLQ C; 4QT7 A; 1MMN A; 3LWI A; 1AWX A; 1V1C A; 2JZ2 A; 1M8V A; 4J83 A; 3G6E A; 3NMZ C; 3EGX B; 2MI6 A; 3J80 E; 1YHQ T; 1HXD A; 4J5Y A; 5GAN 2; 2RD1 A; 1HD3 A; 2O4X A; 2RI2 A; 4L5G A; 4M78 B; 3TRE A; 1WXB A; 5CKE A; 5CKB A; 2LCS A; 3MEW A; 3VS7 A; 4C8Q E; 1VQP Q; 3EFO A; 4CI0 C; 2QQ9 A; 4F7U A; 4X9C A; 4RKU E; 1QWF A; 1ZSZ B; 2H3E B; 3CCU T; 5DLQ E; 4F04 B; 4B9X A; 1UJY A; 1M4Z A; 2QDL A; 1QVG S; 3QDR B; 4FT4 A; 1M1K R; 4GLM A; 2FZK B; 4XU0 A; 3RER A; 4LDW A; 3UA6 A; 4RTY A; 2X3W D; 1VQK Q; 1GBQ A; 1LJO A; 2DBM A; 3VKI A; 2JXB A; 3PMI A; 2E41 A; 3EHR A; 4M7A E; 1OZ3 A; 5CVI A; 3GPL A; 3VUB A; 2QAZ A; 1JJ2 A; 1RAC B; 1Y71 A; 1NLO C; 4JJB A; 2GTJ A; 1SHF A; 2D0N A; 2VC8 A; 3M0P A; 3HP9 A; 4QW2 A; 3OSV A; 1BI1 A; 2RH2 A; 1JJ2 P; 4M7D E; 2GBQ A; 2E4H A; 5IHN A; 4D8D A; 1Q95 G; 4PJO D; 2JJ9 A; 3EGX A; 3KFV A; 2ZPB B; 2MAM A; 2E10 A; 4X1V A; 1ZLM A; 2O2O A; 3M55 A; 3S3N A; 1B7T A; 5AYF A; 2P0P A; 1SPK A; 4AT1 B; 1Y0M A; 2Y90 A; 3DLL A; 3X24 B; 2RO0 A; 1PD0 A; 4LNP A; 1H92 A; 4AG1 C; 2QDY B; 4FT2 A; 3I56 Q; 3PIO A; 2QK0 A; 3CXC S; 2DE0 X; 2V8I A; 2IVW A; 1SSH A; 2DJZ A; 5KYY B; 2DL4 A; 2KDS A; 1BI0 A; 3QII A; 1M90 U; 4F7U F; 4A4H A; 3CD6 Q; 3OYF A; 4KGX B; 1SEM A; 3A1P A; 3PNW C; 1NPR A; 3OYN A; 4QVC A; 4J6W A; 1PC0 A; 4O6J A; 2CT4 A; 1AZE A; 3EG3 A; 2M0O A; 2RI5 A; 3HL8 A; 1QKX A; 1G3W A; 1BB9 A; 1U5S A; 1GCQ C; 2FPF A; 4HVV A; 2XK0 A; 3DB4 A; 4F7U G; 2L5Q A; 1KD1 U; 1SRL A; 1ZUK A; 3M9Q A; 2D6F A; 2AZS A; 2CZ7 B; 3HTR A; 3M54 A; 3BDL A; 1C6V X; 2MWP A; 4J9I A; 1KD1 C; 1NJI U; 1KG1 A; 3FIF A; 3VS5 A; 1FX7 A; 2CP5 A; 2QGG A; 5CQY A; 1VQO A; 1PHT A; 5FWC A; 3OYK A; 5CQX A; 3BE3 A; 3F70 A; 4BD3 A; 4M78 F; 3CPW A; 4D8K A; 2NUP B; 3CCL A; 1X75 C; 1W4S A; 1VQN Q; 3M4Y A; 4C92 D; 3VS0 A; 3CPW P; 2DL7 A; 1RAH B; 2C0O A; 2EYY A; 5IH2 A; 1EZZ B; 3CMA A; 2HAX A; 1MGQ A; 4IKF A; 1QQJ A; 3SD4 A; 1IHV A; 4M78 G; 3PT9 A; 3VS6 A; 3CCM Q; 4PJO B; 2O9V A; 4HXJ A; 1MND A; 1NYG A; 2P4T A; 3OYJ A; 1K8A U; 4FW1 A; 1K9M R; 3I35 A; 4BDY A; 3CBO A; 2HQH A; 2VXE A; 1YN8 A; 2LT1 A; 3PE0 A; 2PUK B; 1M1K U; 3OBW A; 3L2U A; 3RKY A; 1H64 1; 1DJ7 B; 3QXE B; 1K8A C; 2OTJ A; 4M77 D; 5L8R E; 1YJN A; 2CZ0 B; 3NGP A; 3JCM b; 1CKB A; 1VQM T; 4J9E A; 3S3O A; 4J9B A; 4HKE A; 1M2V B; 2CSQ A; 1SRM A; 4KH1 B; 1W2B S; 1BK2 A; 1VQ4 Q; 2DIL A; 3TSZ A; 1K0S A; 3PTA A; 1E6G A; 2V1R A; 3OYG A; 1ACM B; 3I55 Q; 2NUP A; 1QVF S; 3QHS A; 4C0D B; 2LNH B; 1YJ9 Q; 2F5K A; 3BW1 A; 5FU7 B; 2EQJ A; 4E7L A; 5GAN d; 4RTX A; 4L59 A; 1OUL A; 1YFN A; 2KYB A; 1Q7Y R; 2V1Q A; 2YUN A; 2RJD A; 3CCS Q; 1T3S A; 4KT0 E; 1YIT Q; 4PJO A; 4C5I A; 1R0B G; 2O31 A; 1T0H A; 1AWO A; 1VQP T; 2JTF A; 2O01 E; 4PNO A; 1Y7X A; 1NLP C; 5GAO n; 2YUO A; 4CC2 A; 4RTT A; 4OMM A; 3JCM X; 2PTK A; 3AHU A; 2HL5 C; 3MO8 A; 4OMO A; 4ORZ A; 2CH4 W; 1VQ7 A; 3OS0 A; 4WCI A; 2HQX A; 2BUD A; 4M75 A; 1NBE B; 2EKO A; 1VQK T; 2DFU A; 5GAM h; 2M51 A; 1YI2 A; 1E7O A; 5I2S A; 5DM7 R; 4A53 A; 2NUT A; 1Q81 R; 1M2V A; 5GJW B; 1YHQ Q; 4J9F A; 2KY9 A; 3A5Z B; 4GLK A; 1RAE B; 4M78 C; 5LJ5 j; 4II1 A; 4JRK A; 4C92 B; 2K5L A; 1OYX A; 2FO0 A; 4IUQ A; 2O9S A; 4OF1 A; 1ZSZ C; 6AT1 B; 1V76 A; 4ELY C; 4J6Y A; 2ENM A; 1WJS A; 5CK9 A; 3NPF A; 2OTL A; 3MHX A; 3HHT B; 1NEB A; 5GMK l; 3I5S A; 3CBP A; 2QQA A; 3TVT A; 2X4J A; 5A0D A; 3OS2 A; 2VUB A; 2BZ8 A; 3V8K A; 1X2K A; 1AHJ B; 3QWX X; 3VU3 C; 4N4I A; 1PG5 B; 2FEI A; 2DXB A; 2VVK A; 2EJF A; 3QYG B; 3JCM J; 1VQ6 T; 4MMK A; 1OZ2 A; 2DTO A; 1OI1 A; 3PVL A; 1ABQ A; 4PJM A; 1Q82 U; 2JT4 A; 4RCB A; 2LNV A; 4M77 B; 4EMK B; 3CCQ A; 2WSE E; 4XU3 A; 4LN2 A; 5I2M A; 2KXC A; 4PJO F; 5C0M A; 2QYZ A; 1PSF A; 3EG1 A; 4CC7 A; 3E1S A; 1G8X A; 2K2V A; 2R5A A; 3JB9 J; 2ESW A; 4M75 E; 2B86 A; 2DTH A; 2OJ2 A; 1Q82 C; 1WDX A; 3OSS C; 1BI2 A; 2OTL T; 2K5I A; 2A7Y A; 1GFD A; 2COW A; 3A8L B; 3X25 B; 3QPH A; 4PJO G; 3O5Z A; 5DLO A; 3MEA A; 2RQR A; 1WHM A; 2DM1 A; 3QUI A; 2DTI A; 3EG0 A; 1K9M U; 2A28 A; 2RN8 A; 1N8R C; 4RG2 A; 3NHN A; 3QSU A; 4RMO A; 1ZBX A; 2HBW A; 2YRD A; 1EFN A; 4XTX A; 2WAC A; 4VUB A; 5FLX E; 2DYB A; 2ECZ A; 4RCC A; 4E7H A; 2DK3 A; 1KIK A; 3V8J A; 4LUE A; 1OX9 A; 1HK9 A; 2PZ1 A; 3G4S T; 1X2Q A; 2VXF A; 3JSC A; 3OY9 A; 1AWJ A; 5J26 A; 1I5L A; 2RK2 A; 4EMK A; 1VQ8 A; 4NOY A; 2KYM A; 3PFS A; 1X69 A; 5CCA A; 5GMK j; 2COY A; 4HVW A; 1TOV A; 2EYX A; 5HKC A; 5CKH A; 3A8M B; 1Z9Z A; 2LX7 A; 3QWY A; 3X20 B; 4MZP A; 3L2Z A; 1QVG A; 3UPU A; 1Q7Y U; 4WTO B; 4XAX B; 2PNI A; 3TCJ A; 5D6Y A; 3QZ5 B; 4OB1 B; 1VIE A; 5GAM d; 3IQL A; 1VYU A; 1IO6 A; 3CCM T; 2AIR B; 1QVG P; 4J7I A; 2FB7 A; 3GNF B; 2GTO A; 1I07 A; 3EGD B; 2L89 A; 2RQU A; 3OYH A; 2X4Y A; 3QO3 A; 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2EYW A; 5KYX A; 3RKW A; 4AFZ C; 2YDL A; 4IUU A; 1K8A R; 1HSQ A; 1RAG B; 3CME A; 3C0C A; 4AFU C; 3HFO A; 2HMA A; 4BI4 A; 3RUX A; 2EFI A; 4A4E A; 3OYM A; 4V2S A; 1B3Q A; 2KT8 A; 1N6A A; 4HCC A; 2R57 A; 2EYZ A; 1LOJ A; 1MV0 B; 1WLP B; 2EQM A; 3JV3 A; 3G6E T; 4C92 C; 3L1A A; 1AWW A; 4RUG A; 1I4K 1; 3JCM g; 5KYW B; 1OPK A; 1G3S A; 1ZUY A; 3UWN A; 4K11 A; 2DAQ A; 4QQG A; 2JMC A; 1OU8 A; 4A63 B; 3M59 A; 2CS7 A; 2KRM A; 4C5G A; 4DEY A; 5GAO m; 1KQ1 A; 5GAN g; 1VQ5 A; 4JJD A; 2Y4Y A; 3FJP A; 1IHW A; 2BIV A; 1A0N B; 1VQ7 Q; 2Y4X A; 3RIR A; 4TVR A; 4IUR A; 1ZA1 B; 4PJJ A; 1R0C B; 2GGR A; 4KBM B; 1YI2 Q; 1VQ6 Q; 2ZPI B; 4BAC A; 2K9G A; 4M77 C; 2DIG A; 2DMO A; 3V7R A; 2C06 A; 1W2B A; 1EX4 A; 4M75 D; 4C0F A; 3OQ5 A; 4N4H A; 5HK0 A; 2FPE A; 1NZ9 A; 1MHN A; 2P0Q A; 3WXM B; 2E5Q A; 1BI3 A; 5FU6 C; 2RQW A; 2DNU A; 1UGP B; 2PVO B; 2ABL A; 4R0K A; 4M7D G; 1QWE A; 3QDF A; 2AKL A; 1WIE A; 2K79 A; 1W2B P; 4X9D A; 1GXI E; 1N9S A; 1IRE B; 3BDU A; 3CPF A; 1MMD A; 4DBF A; 2LX9 A; 9ATC B; 2YRV A; 1VUB A; 2OTL Q; 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