2Y6ZA

Crystallographic structure of gm23 an example of catalytic migration from tim to thiamin phosphate synthase.
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
256
structure length
256
Chain Sequence
SSSGLVPRGSAMGKPQPIAAANWKCNGGGQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVAPSWYMGAQAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGISWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERSSGRTAVVVLTQITAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKVGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords TRIOSE-PHOSPHATE ISOMERASE
publication title Evolutionary Walk between (Beta/Alpha)(8) Barrels: Catalytic Migration from Triosephosphate Isomerase to Thiamin Phosphate Synthase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 86
structure length 256
sequence length 256
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2011-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2y6zA00
2OMAA 4FEZA 2OX1A 4Z1DA 3N2XA 2YDAA 4DEFA 4D2JA 2J88A 3M0ZA 4K8EA 4TX9A 1C9DA 4MY8A 5FEZA 1FWNA 3W72A 2EHHA 1FXPA 1GVOA 1KFEA 3PAJA 3V1PA 4CNNA 3KVMA 1BWLA 3TSDA 5BW6A 1PS9A 1SO4A 1ALDA 1M7OA 2GVJA 3W1QA 5F4WA 5FI8A 2J24A 3W3OA 1KV5A 3GXNA 3C61A 1KW1A 4UNLA 4HSOA 1GVRA 5FEXA 1W5OA 4LT9A 1TYGA 2YPIA 3W7CA 5FF2A 3O07A 3C2FA 1T8XA 1Q3NA 2RKXA 3BGGA 2FFCA 3R2GA 4LS0A 4AHOA 1NEYA 4QAIA 1FCQA 1R46A 4WY0B 3NL3A 2QCFA 1NVMA 3PY2A 2ZRYA 5DY2A 5GVJA 2A0NA 5HWJA 4N02A 1FBAA 1QWGA 4UTTC 3LHZA 1XI3A 1JUKA 3BW4A 3S1VA 2ABBA 3U6WA 3UYCA 1ICQA 1RQEA 3L67A 2J9ZA 5D03A 1D9EA 4JN6A 1G7VA 2Q8ZA 1K7XA 3TH6A 1LZOA 3HBLA 3TSBA 4FNQA 1CX9A 1HO1A 3S5NA 1LRTA 3LB0A 3UD6A 4O53A 3IIVA 4BFAA 1GYNA 5E0KA 3UY8A 5DBTA 3FJ6A 2V30A 1G69A 4R33A 1GVFA 3DFSA 2A7NA 3B06A 3WK1A 5D2WA 5DXXA 3KVKA 3IGXA 4Q4KA 3DFPA 4JX5A 1FWTA 1UUMA 4YXGA 3GAYA 3M6YA 3M5YA 3T7VA 2IQTA 3NPVA 4Q32A 4UFJA 2CU0A 3PBYA 2PRHA 2A4AA 2WPBA 3GR8A 3QW3A 2VELA 2Y6ZA 4CQ9A 4O1CA 4R7JA 2VFEA 3IRDA 4LY8A 1DV7A 3FKRA 3SJ3A 1CI1A 4Y6GA 5AHMA 4NXSA 4OQVA 4XUGA 4S2CA 3C2OA 2NXHA 6TIMA 1PCWA 3NQGA 4JTLA 5EPDA 1H1YA 1WAUA 5KITA 2BTMA 3LM7A 1HO4A 3SGZA 2Z2UA 3STFA 3W1UA 4RZ5A 2JKPA 4IMFA 3MYPA 3DH7A 3UZ5A 5DCEA 3W86A 1YDOA 4PL1A 3UQNA 3BLFA 3TJLA 1JULA 2NUYA 2CWNA 2Q3RA 3WJZA 2FTPA 3CHVA 3G22A 1I45A 1I8JA 3FS2A 1GJPA 1H7WA 2V9DA 3HG4A 3PB0A 4OHQA 3IV3A 5CZ0A 5LNVA 3GDLA 1DJNA 1ZHAA 2QJIA 3C2RA 3U2OA 3M16A 3W7EA 1TV7A 5H91A 4JYEA 4FXRA 4AF0A 4LVBA 2F84A 5LKYA 1VCGA 3LXBA 1LTDA 3PSWA 4PTNA 2EPHA 1H7RA 4FNPA 2O7SA 1EWDA 1MEHA 1SZNA 4O13A 3LLFA 3TJXA 3IVSA 1XCFA 3CWNA 3W70A 4ADSA 1V7YA 4MY9A 3T55A 2PRMA 3THAA 5C54A 3DBPA 4U4MA 5AYZA 3BG5A 4G1KA 4FNRA 1K3UA 3G0SA 4DO4A 3DKJA 4RZ4A 4ZQNA 4C1LA 4M7TA 3VE7A 1Q6LA 1PCKA 4JTJA 3NL2A 4N4QA 2BLEA 4YL2A 1O60A 3P80A 3PSVA 4M6PA 4RR4A 3KRUA 4O1AA 4IWWA 1EX5A 3EWZA 3GKAA 4NZFA 3GK0A 5BNKA 5C2XA 3LTSA 3CLMA 3MO7A 3IIZA 5AC6A 3S9YA 3MYOA 1F6PA 3EX1A 3PG9A 4JR5A 5LSMA 4TMBA 4IOTA 2H90A 4JYFA 1Q6RA 3BO9A 3WK0A 3YPIA 3GDKA 3MWAA 5DBUA 2J6XA 3L0GA 2A7RA 2ZDRA 1OYBA 1SO3A 3LV5A 3M41A 3L0NA 4GUGA 1SR9A 4O17A 1TPWA 3LOTA 4XWUA 1S5WA 4LW7A 1A50A 3W83A 1OJXA 3LCIA 1SSDA 3SIZA 3NGJA 3GXTA 3WFAA 2V2HA 4N4PA 3QC3A 4LOCA 4XTIA 4CLMA 1TPEA 1D3GA 4MYXA 4ADUA 2ZRUA 4YCPA 4QNWA 3GDRA 1KTBA 1MXSA 2NUXA 5D33A 4WOZA 5CPOA 1EP2A 4I7VA 2Y7FA 4LC8A 1U83A 3W07A 4IMCA 1LP6A 1L6YA 3M1ZA 2QCEA 3KHJA 3HG2A 1TO3A 4POCA 3QSRA 5IM51 2QR6A 2QKFA 2GPTA 1ONRA 3VKJA 3HIJA 1VJIA 4RKAA 4GFSA 3LDVA 1XBVA 2P1FA 4OBTA 1P5BA 1F6KA 1W8SA 2BXVA 1OX6A 4RK8A 2VC6A 4DPQA 2ZZ2A 5C5YA 1SSGA 1IIGA 4MVAA 3TXZA 3W1RA 4AVFA 1QPOA 2C14A 1TPC1 4ORIA 3PUEA 4W9TA 5EMUA 3NVTA 3W1TA 4RJEA 1A5CA 4QJ1A 5G2HA 4QITA 1H61A 1DVJA 1JJKA 5EBUA 1F05A 3OVRA 1MO0A 1QOQA 4KKXA 1KV8A 3WJXA 1IIHA 3S42A 1RQHA 2X1UA 1GTEA 3MBDA 4HIBA 4BWLC 3PM6A 2V81A 3DXIA 3B0PA 2ATMA 1LBLA 2B0MA 1XXXA 3LCFA 1OABA 5D02A 4FNTA 2HMCA 3O6DA 1AW1A 1OFBA 4JX4A 1XKYA 2YXGA 3CIWA 4UMCA 3W7KA 3N73A 2YX0A 1UJPA 3S0CA 2FPTA 4NX0A 4M6QA 3Q94A 1NF0A 4LNYA 3NPXA 2R8WA 2RDWA 4JY8A 4E0CA 4NVTA 4YLWA 1LBFA 3TFXA 3HQ1A 4K36A 2QCLA 1JCJA 1KLZA 1OF8A 3LX9A 2P10A 3TK7A 2G96A 5HUPA 4DBEA 1DOSA 1JQXA 3S6DA 2C1HA 3M5XA 5LHEA 1GPWA 1UUOA 4FHAA 4LRTA 4PC8A 1FDZA 2BWGA 5HWMA 1XFBA 1YDNA 5I3HA 1TREA 1XDLA 3TC7A 3NL6A 2WSQA 5CPLA 2FB2A 3L9CA 4DO5A 4MUZA 3PBWA 3HF3A 4KFOA 4UTMA 2R14A 2VFDA 3LV6A 5F2LA 3EWBX 4GJ1A 1VLIA 1TV8A 3SFKA 4ALDA 3LCGA 3QMSA 4R34A 3L68A 5AN7A 4JY9A 4LVAA 3W7LA 1K8XA 4WUIA 5HMSA 2VKZG 5AOUA 2ZCGA 3LRMA 3N34A 5IBXC 3B0UX 4IX2A 4E2DA 3C2EA 3P5YA 1LRQA 1QOPA 2ABAA 3CB8A 3FIGA 4TU1A 5EL1A 4BWLA 4EIVA 3CQ0A 2HTMA 3W1LA 3BARA 1D3HA 4E2BA 5AC8A 1G6CA 3KVJA 4Y9AA 1RQBA 3G1SA 3A24A 3DGRA 4UTIA 1FWWA 4N2YA 1YYAA 3CM4A 4QM1A 2RFGA 3O15A 1ICPA 1KTNA 1BKSA 3W71A 2EAWA 1S5VA 5J5DA 1SQ7A 3EXRA 4MJMA 6ALDA 1QAPA 5K9DA 1EA0A 4AWTA 3NQMA 3TW7A 2TYSA 2NLIA 3ZWTA 3BLEA 3LCLA 3P8IA 1KM5A 3P61A 3I65A 3W1PA 5AHFA 3KRZA 1QPRA 3G24A 2NX3A 4GE8A 1QO5A 4UMAA 1B9BA 1KM0A 3EWUA 4WQ6A 4JTSA 2FB3A 4TO8A 1AW2A 2YYTA 1AMKA 4IXXA 3INPA 1G67A 5AYXA 1U5JA 2JK2A 3P82A 3BG3A 4M19A 4O54A 3QJAA 1LDCA 5LNRA 3OIXA 2G95A 3DI1A 3U8GA 4JDBA 3G0UA 1F76A 4FXSA 4O14A 2V5BA 4DPPA 2VFGA 2ZA3A 4GUFA 1VRDA 1UBSA 2E5BA 4NJGA 5EYWA 5H2ZA 1FUYA 2VEMA 1YXYA 1GEQA 3GDTA 1P4CA 4A2SA 3PBUA 1SU5A 2WV8A 2V82A 3MI6A 1I2OA 2QUTA 1TTIA 4MKNA 1DJQA 1PHWA 3LTPA 5EY5A 4OT7A 4I9AA 4FIRA 5G1YA 2ZZ4A 3W2UA 4GNJA 4HT3A 2YFNA 2ZZ6A 3WK2A 1X7FA 2WO5A 1TIMA 1YTDA 3W22A 1VYPX 4XBSA 4LV9A 4U28A 1OFRA 1FY6A 1H51A 1YTEA 4AB4A 1W5NA 2YCEA 3LXAA 3NPWA 4LWWA 2Y70A 4XKYA 1J5TA 1TPDA 2NWSA 4AWUA 3A5VA 1X1OA 3B03A 2YFOA 1X8FA 4GWEA 1NFBA 4ADTA 5CSRA 2ISVA 3W6YA 1IXPA 4DBDA 3OEXA 3L0KA 1OG0A 2VEIA 3FA5A 3MUXA 2RDTA 4OV9A 3GX9A 3KXQA 4S2BA 1F74A 3IVUA 4WXZA 3HMJG 5DY3A 2NWRA 2VXNA 3HG3A 2P0OA 4IMDA 1EB3A 1RV8A 3MHUA 3I7SA 1I2NA 4O1DA 3UXAA 1ML1A 5TIMA 3O16A 4IQLA 4LUJA 4BR1A 2CZFA 2ZBTA 3ABQA 3NQFA 3OG3A 2ZRXA 4QIUA 2CLHA 1TB3A 3W1NA 3L21A 5AC7A 1LOQA 5BMWA 4MZ1A 2ZTKA 3I7RA 1ZENA 4MZYA 2GVGA 3C8FA 1QR7A 5G2WA 1SW3A 3TAKA 3NQ8A 1SW7A 2PE4A 1X1ZA 1QPNA 1TRIA 2JBMA 4HSNA 3UWQA 4CNOA 4DELA 1THFD 1YPIA 1B4EA 2GUUA 1KFJA 3FFSA 2VFFA 3C0JA 3NA8A 5LNUA 2J9XA 1LM1A 3TIMA 2ZRWA 4GUHA 1VHNA 2CLKA 3C4UA 1FCUA 4PEKA 3ZFHA 3SECA 1FWSA 2QCDA 3TDFA 1RVGA 3GYEA 3ATYA 3OVQA 4NT0A 4NZJA 3LGEA 4FB7A 2VEKA 2DP3A 3SZ8A 1OK6A 1JCXA 2I9EA 3OVPA 2QUVA 4O0ZA 3LI1A 1WXJA 1UASA 4JICA 3I68A 1YDVA 1GT8A 3ABOA 4AH7A 2V5LA 4JTHA 2AGKA 1TTJA 4A3UA 1KA9F 2DJLA 4UTHA 3O6YX 5KZDA 3CWOX 1VQTA 3R8RA 2G97A 1TPVA 2QDHA 3L2IA 2A6LA 5D2YA 4RXFA 3WK3A 4WD0A 3GNNA 2NX1A 3DFNA 3BK0A 4UTTA 1H50A 4O4VA 4JYDA 2Y85A 2RHGA 5CG7A 1T0OA 3MP5A 4UTJA 4O52A 3SW6A 2CZEA 3UWZA 4IGHA 1X6UA 4LS2A 1OFOA 3O1NA 3V75A 4GUJA 3GNDA 3E0IA 4UFLA 1LLZA 4RXGA 1OFQA 4LUIA 3TW6A 1R47A 1SZEA 3W7OA 2NX9A 1NSJA 3LLDA 1YLVA 1ME7A 4UR7A 5K7JA 1Z44A 2GJLA 2VOMA 1P1XA 4WX2A 5KSWA 1I4NA 4P2VA 5CZJA 3BLIA 4UTLA 1R2SA 1XBZA 1OX4A 2C18A 2W0UA 1JVNA 1FWRA 2ZRVA 4X3ZA 4JTUA 4MIMA 1H60A 3QZEA 1JQVA 4O4WA 3M5VA 1GG0A 5G4WA 3S1UA 2C6QA 2EKCA 3F4NA 1HG3A 3TUUA 2QCHA 3E49A 3TQVA 4NX5A 3W1AA 4Y96A 2J27A 3E12A 1N8FA 2QF7A 1ICSA 2QCMA 2YSWA 3PWAA 4H3DA 1WQ5A 5BRBA 3NNTA 1UB3A 4IPIA 5KMYA 3RMJA 2QCDB 3SI9A 3N19B 5L6UA 2WKJA 3WJSA 1AG1O 2J9YA 3CTLA 2E68A 3CEUA 2WNZA 3M47A 3TC6A 4PODA 4LVGA 5CPNA 5D30A 3C52A 2QJHA 5CGQA 3W7PA 4ZVJA 5D09A 4ZMGA 1YPFA 2OT0A 3A9IA 5K2ZA 1L6WA 4WOQA 1JCMP 1IXQA 2TSYA 1QNVA 5FEWA 2VFHA 5FF4A 1LOSA 3C3NA 4NNBA 2QEZA 5F4SA 3EX2A 3GXPA 4AHQA 1LBMA 4OU1A 3P60A 1ZY9A 2A5HA 1ZCOA 3DFQA 5AHLA 2CZ5A 2H3DA 1KFLA 1TTPA 1H7NA 3EXTA 3LHUA 4UNKA 3E96A 4MPQA 2QCGA 1WBHA 4RV8A 2B7PA 5LNSA 3DU0A 1XC4A 2E1DA 4ICNA 2DZWA 3NYZA 1VS1A 2NV2A 4QSHA 5AB3A 3EX6A 2A85A 5HULA 4LC6A 5CPMA 1G4PA 5BMXA 3L5MA 4LVFA 4H6KA 1W37A 3ATZA 2FPVA 2Y63A 3C2VA 2A7PA 1DHPA 2OT1A 4MJZA 1P0NA 3PF3A 1HFBA 2NXIA 4I7UA 2ZQ0A 2RH9A 4AF0B 3LERA 4GUIA 5F2IA 4EVZA 1HL2A 2XN1A 2E5CA 3W7HA 3W84A 1JCNA 4I7WA 1H7OA 1WA3A 4MYAA 3G18A 1Z42A 1Z41A 3OBKA 3S1WA 3EKLA 3TNOA 1JCYA 2ZA2A 3TAOA 4OV4A 4UTUA 2X30A 2QAPA 4LRSA 1GYLA 1KBIA 4RCXA 3P62A 5KZEA 2B7OA 1WOBA 3TU9A 2TRSA 2Z6IA 3LXCA 3THQA 3N9SA 5C55A 4AHPA 3B05A 1YXCA 3RU6A 2E5DA 4E38A 1LLWA 1R2TA 2WSRA 3KX6A 4JS3A 1C29A 2ZA1A 2Y61A 4FX6M 4K7VA 5G5IA 4JIQA 3NQ7A 3QMTA 3W1MA 1H7XA 3DFOA 1B57A 1SPQA 3QYQA 2Q8LA 2BZNA 2C15A 5AHIA 4IPJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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