2YDQA

Cpoga d298n in complex with hoga-derived o-glcnac peptide
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/peptide
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium perfringens
total genus 236
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydqA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydqA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydqA01
1GONA 1W32A 3I3DA 1LJYA 3A4XA 1BAGA 3N9KA 1NP0A 1R7OA 4W7UA 1ZBCA 3UG4A 4LQ1A 3ZJ8A 1TVPA 1GOQA 2XVKA 4PUEA 3WUFA 1ITXA 1E6PA 4YHEA 1MQQA 1ITCA 3W53A 4AXNA 2XTKA 2D0FA 1HKJA 2V3FA 3WBEA 3AQUA 2X8RA 4R5EA 4P7OA 2DH2A 1KXQA 4V2XA 3UETA 2QPSA 1G1YA 5A8NA 4DUVA 1HJXA 4OJYA 2CPUA 2D0HA 2O9OA 3BSGA 1KCKA 3MUAA 1E40A 2ZWYA 5A6KA 3AMCA 1TZ7A 3MO4A 1E4NA 2EPKX 1QHPA 3MSDA 1E55A 1ECEA 1UZ1A 2ZX8A 1QNOA 3SURA 3WMBA 1FFRA 4TVDA 5GNZA 3VIJA 1J01A 1UKPA 1EA9C 1FH9A 3QR3A 4BZYA 1EOKA 1RP9A 4S3JA 3WUGA 3NSXA 4ACZB 2D1ZA 2AAAA 1JF6A 1QI0A 1B9ZA 1C8QA 4P7NA 1TFVA 1EDQA 1VEOA 1GQLA 1WP6A 1NARA 2CHNA 2FHFA 4PMXA 1NP2A 2XSBA 5E9AA 1US2A 7A3HA 3S6TA 1UD8A 5ABFB 3A4WA 1W9XA 2VQTA 3WNKA 3PZVA 2NT0A 1JIBA 4JKMA 4ZXOA 3IK2A 4HU0A 4UCFA 1GOIA 5CPQA 4FF5A 1W3HA 1G5AA 2QMJA 1JF5A 3AIBA 5M17A 1KXVA 5CLTA 2WHKA 4Z2IA 2DH3A 3L4UA 4UNIA 2MANA 2FDMA 3PZOA 1J0YA 3T2QA 3HJEA 5BXSA 6A3HA 5A6LA 1ISVA 2OYLA 2WCGA 1G01A 3T2OA 3A47A 4WKFA 4DUWA 3WH6A 4LYQA 1NQ6A 2WNWA 2VR4A 4Z2LA 3VDCA 1CTNA 2GUYA 3F4VA 2D24A 3BLPX 2RGMA 4ACZA 3TTYA 3BMWA 4UQBA 3B9DA 4E2OA 2AOSA 3VTRA 1FOBA 3VIKA 1TVNA 5A6BA 1B31A 1K9TA 2BVTA 1FH7A 3AHZA 4NRRA 3O6AA 2VT0A 4Z2KA 5IFPA 1OD0A 3MANA 3N15A 1VFUA 4UTFA 1TMQA 1V02E 1ZB5A 2PWFA 4UZUA 4M82A 1EO7A 1LQ0A 3VD7A 2G3MA 5D8ZA 3AOFA 3WIJA 3W27A 4HA3A 1V3JA 4UQ9A 2V3GA 1V0NA 4PMQA 1M04A 2DSZA 1WZLA 1E6RA 2WYSA 1UZ4A 3RM9A 3BH4A 3VIHA 5BXPA 2PWEA 3L2MA 1U33A 1GVYA 4B3KA 3TONA 4W84A 3BMVA 3ZQ9A 3WF0A 4MDPA 1UKTA 4XV0A 3MMWA 3ARQA 4MJ2A 4PMUA 1PEZA 3WDPP 2XWEA 1BVZA 4LPCA 4AZ7A 1JDDA 4J3WA 4NRSA 1PIGA 5DEZA 4J27A 5EB8A 1XSJA 2XGIA 2ZUNA 1E3ZA 2F61A 1HJVA 2WVVB 2BVYA 4ATLA 2XG9A 3T08A 3ZSSA 2J62A 1R8LA 1KQZA 3B9EA 3WENA 4GO9A 2WSPA 2BHUA 4WF7A 1NWSA 4U3AA 5KZ6A 1GQIA 1V0LA 3AS2A 2CIPA 3WEZA 3EMCA 5A2BA 1ZL1A 2OYMA 1WDSA 2WMIB 4AZIA 1S46A 2XPKA 1GUVA 3AISA 2VRKA 2OYKA 3K8LA 3AS3A 4TXEA 5AYIA 2UWFA 8CGTA 2DDXA 2DEPA 1UR2A 1GHRA 1HXJA 3F5LA 3W37A 1JYNA 4JFVA 4AD5A 4MNJA 2VX5A 3W81A 4ACYA 2A3CA 5HXMA 2CEQA 4PMYA 1VENA 4QLJA 4UOZA 2IXUA 4CU6A 5GNYA 3RO8A 3CUJA 2CBVA 1DWFM 4Y7EA 3L4VA 2XFRA 1LL6A 1XD0A 2WVVA 4OBSA 3WD3A 5A2AA 3GNRA 3VGFA 2CYGA 5I79A 2UY4A 3WH7A 1LG1A 4D1IA 1CXLA 2CNCA 3BSHA 4Z2GA 3NDZA 2G8ZA 2WZEA 1B3VA 1PZ2A 3VD3A 1XH0A 3WFLA 1E9LA 3L4YA 1XRVA 2J7HA 1LF1A 1W1VA 5EMYA 4A3YA 2Z1SA 1BF2A 4ZXLA 1TCMA 4GI6A 3RILA 1KGUA 3K4DA 4U5KA 4D6FA 4MNKA 1E3XA 3AXHA 1C90A 1RH9A 1IZKA 4TUFA 3AS0A 3T0DA 4P8XA 1V02A 3AFBA 3T0BA 4UZSA 5LA1A 5D4YA 1QW9A 4HOWA 1NOWA 2D23A 4QAWA 1E4IA 5JUVA 1QW8A 2YL5A 1XC6A 4HPHA 2ZX5A 5ABEA 2J4GA 1MW3A 2BXZA 3MU7A 2DT3A 2YL8A 4E8CA 3AXXA 4D6CA 3BAYA 3AZTA 2DSVA 3N04A 5LA2A 2Y8KA 3L4XA 4DUXA 4OBRA 1HF6A 2E40A 4W7WA 1KXTA 1SMDA 5M03A 2WMHA 1LWJA 1H41A 1E70M 3W0KA 3ARPA 4WIWA 4AWEA 4D71A 3QHOA 2VCAA 4CU7A 4FLSA 2NT1A 4W5UA 4BS0A 1UD3A 4D6JA 1JXKA 2YLAA 2J7FA 2XJ7A 4KRTA 4QP0A 2FHBA 1E56A 4AZ5A 5A94A 4PRWA 3NUKA 2ZXDA 1QPKA 1C91A 3CLWA 1NWUA 1ESWA 4MNLA 3QOKA 4TOQA 4IUGA 2V5CA 4NF7A 4PTMA 2W67A 4D6EA 5FKYA 2YDSA 5BCAA 2FH8A 2XGBA 1E15A 3OGRA 2JIWA 2GJXA 1O7AA 3UCQA 4TX6A 3CTTA 5FD0A 3WDQA 1OWQA 1JFXA 1B3ZA 3ZT7A 4LYRA 4TVUA 2DQXA 1ZBWA 1R86A 2J79A 1CGUA 3WFZA 3AMDA 3N13A 4B9YA 3M07A 1GJUA 1OGBA 1JD7A 3PZUA 1IZJA 3VD5A 2D3NA 4QLLA 1UR1A 4L4PA 4X0NA 2PI6A 2VOTA 4AZCB 4DM2A 5BRPA 4Q22A 4HPGA 3FXYA 2VR5A 1M7XA 2VX7A 2WC4A 2WK2A 4JFTA 1KGXA 3WY1A 3WF4A 3DYOA 2JF7A 1MQRA 2UY5A 5A6MA 3I3EA 1SR0A 1HP5A 3WNLA 1TE1A 4CN4A 2CITA 2BS9A 3W6LA 5BXTA 2WBGA 2WHMA 4D6GA 2E0PA 3PZ9A 1Q6GA 1VJSA 1ZJAA 2X2YA 1JZ3A 3U5YA 4MTVA 3M7SA 1OGGA 1ZBVA 2WB5A 3AIQA 2DT2A 3BC9A 4P8VA 4ATWA 1JZ6A 4DWSB 1SFSA 2OLHA 4AZHA 1ZBKA 3PZNA 3WNOA 1OINA 4PYSA 5C8BB 2OSXA 4B3LA 2WM0A 1Y7VA 3GTNA 3AMKA 4P7RA 3IJ7A 2CKSA 5A3HA 4KMQA 4R27A 1M03A 1W9PA 3WUEA 1BYBA 5FL0A 2GFTA 2YA1A 5CZKA 1KCLA 3NDYA 4OOZA 1UUQA 4C7DA 3RM8A 4TVCA 3PZMA 2JFEX 1W9BM 1E71M 4V28A 1PPIA 2VCBA 1HX0A 2PBGA 3SCPA 4MB3A 3VD9A 1VIWA 2QMKA 5DFAA 2VUYA 1QI2A 5FOOA 1MW0A 2ZXAA 3AYSA 1B3YA 3OLGA 4BQ2A 1UA3A 2D0GA 4UFIA 4MADA 1X6NA 2Y5EA 4AEFA 1HKMA 1SYTA 3S2CA 3GXMA 1W91A 3GM8A 3TTQA 3K1DA 2DIJA 1HJQA 2WWCA 4DWSA 3VIOA 1EIBA 4UQEA 4PCSA 1BHGA 2DT0A 4W89A 3GH4A 5IHRA 6TAAA 4FLRA 1MW1A 2CERA 5CPTA 4UQCA 1HKIA 1KBKA 1BG9A 4BA0A 4C7FA 5I5RA 5A6SA 1UWTA 4KWUA 1I75A 4EAMA 3OB8A 3VPLA 1CECA 1JGIA 1MWOA 3TTOA 3HU7A 4KGJA 3N17A 1MVYA 3KL5A 5DT5A 4PCTA 1W9DM 5AYBA 1AMYA 3CPUA 1NOUA 2XM2A 1WE5A 4W93A 4CD7A 3OGSA 1C7SA 5GPRA 1EQCA 4FK9A 4P8UA 2E8YA 1FHLA 2QF8A 3UESA 1GHSA 3CZKA 2PB1A 5HBFA 4A4AA 4HZ8A 4WKHA 4C7GA 5I0DA 1MYRA 1J11A 1AQMA 1QBBA 3POCA 4M81A 4W8BA 1X1NA 3AMLA 2EBNA 4PBGA 5D9OA 1DWGM 1PX3A 3NYDA 3ARZA 1BFNA 3W24A 4UQAA 2Z1KA 1EOMA 3VGGA 4ZFMA 1CXEA 1KR0A 3A4AA 2D20A 3UEQA 3AS1A 3FHAA 1QVBA 5IXEA 4M8UA 5HNNA 2JALA 2VZSA 1J0IA 3APGA 4FMVA 5JBFA 1B30A 4M24A 4U2ZA 2DIEA 2BFGA 4H41A 3WBAA 3MMDA 3EYPA 3AIVA 2J74A 3BAWA 3LPGA 2G3JA 4XB3A 4HTYA 1BYCA 1VEMA 2V38A 1C93A 3IJ8A 1J10A 1V6YA 4AD3A 3OZOA 3WD1A 4KH2A 3SCNA 4AZBA 3IJ9A 1ISWA 1E4MM 1CXIA 2QHAA 4D6DA 3SUTA 2ZUMA 5I3DA 4KRUA 1VBRA 1V6UA 1J18A 4HP5A 2QPUA 1BVNP 3VKKA 3ZR6A 3ZIZA 3RIKA 2DGAA 4HMDA 3LPFA 3PZQA 4QCEA 1GCYA 2DSWA 1F4HA 4QFUA 1XH2A 3LPOA 3L2LA 4GZJA 1UD6A 1NWRA 1XH1A 4Z2HA 2ZUWA 3JUGA 2C7FA 3EDFA 3GDBA 1JNDA 3TTSA 3N18A 3K4AA 4JCLA 3L4ZA 1QBAA 3CGTA 5D9PA 2XWDA 2ZICA 4N0RA 1BQCA 3ZOAA 1OIMA 1DWJM 1V08A 3UG3A 3EDDA 5ECUA 3OA5A 3BAJA 3CUHA 4PMNA 1QI4A 1OBAA 3WF2A 5E70A 1GVIA 1CGVA 2HISA 1C3FA 1JD9A 2VNCA 3DHUA 3CZ8A 3WUBA 3CHDA 4AYSA 2E9MA 3BXWA 1KXHA 2IUZA 1E6SM 1J9YA 1TG7A 3EMQA 5A8MA 3SCUA 3CUFA 3WKZA 2WCSA 2ZWZA 2BY2A 1KQYA 1XYFA 1GOWA 1V6VA 1E4LA 1I1WA 4RL3A 2OWWA 3WDIA 3WQ5A 4ZE5A 3CUIA 1M53A 3L4WA 2CCRA 1BGGA 1LG2A 2J7EA 3OGVA 3UR8A 2E8ZA 3WDHA 1YQ2A 3DC0A 5A6AA 5JBDA 3ARWA 4GIAA 1VB9A 2VZUA 2YIHA 2XIIA 4PMRA 2GK1A 3THCA 4WSJA 2WZIA 3ZJ6A 1W2PA 2C0HA 2VMFA 2XFYA 4JZ5A 1HJWA 4MDOA 1A47A 3WL0A 3U57A 2W92A 1KGWA 2VI0A 2WZHA 1HIZA 1V6XA 1B2YA 4XUYA 2O9PA 4C90A 3DHPA 2AMGA 1E0VA 3KZSA 5A8QA 3PTMA 2VJXA 4LGXA 2W61A 2YA0A 4DWSC 3SUVA 3VDAA 1UWRA 1HKKA 2F2HA 4YPJA 3WQVA 4F9DA 2BY0A 1E0XA 2Y8VA 4A3HA 2EPLX 4HMEA 5CXPA 3VM5A 1EXPA 1JZ5A 3AZSA 2YA2A 1Z32X 2ZE0A 1DWHM 1OB0A 1KBBA 2EJ1A 7CGTA 2WCAA 1VRXA 2WMJA 1XCWA 1VFOA 1PAMA 4LYPA 1W1YA 4ZEPA 1R7AA 1WDRA 4D1JA 2WBKA 5BROA 1ODZA 2CKRA 2DPEA 4H8UA 4AD4A 1GOKA 4YN5A 1OGSA 1C92A 1LLOA 1UKQA 4FLQA 2PBOA 3T2PA 1QOXA 4GI8A 4EANA 3GNPA 3WNMA 3CMJA 1PZ3A 5F7UA 1XGZA 4JFWA 1K9FA 4F79A 2G3IA 2WVUA 2FGZA 1C8XA 2XFFA 3VDHA 2WLZA 3SEPA 1WDQA 1JI1A 1WZKA 3KL0A 2J75A 2EEXA 4JL1A 4MAZA 3OLEA 1GNXA 3NIYA 3WD0A 2ZUTA 3WNPA 5HDRA 1FP8A 3CZLA 1BYDA 3KL3A 1UR8A 1E43A 5AC5A 3FN9A 4ZENA 5DF0A 1HJSA 5C71A 2GJRA 3TA9A 4B16A 2GJXB 2IXVA 3OG2A 4PMVA 3W28A 1DWAM 3ALFA 1W9VA 1JZ7A 1MFUA 4MB4A 4AMCA 4IPNB 4CCDA 1DEDA 1GQJA 4AZ6A 2XYLA 3E1F1 1E5NA 3CMGA 1R87A 3WQ4A 2GVYA 3LPPA 2XIBA 3O9NA 4MPKA 1JYWA 1CLXA 4U33A 3G6MA 1I1XA 1WB0A 1EGZA 4ATDA 4TTGA 1D2KA 1YHTA 3VMPA 5M3WA 1AVAA 4OKDA 3ARSA 2OWXA 1JYVA 1UYQA 5E6ZA 4Z2JA 2B31A 3WDRA 3VNZA 1QNQA 4P7LA 4GPNA 3ARTA 2EPOA 4UFLA 1UD2A 4URIA 4FLOA 2RGLA 4CUCA 1L8NA 8A3HA 1Q6CA 3SUSA 2VZOA 4M1RA 4NZCA 3EBVA 1ZS2A 4F8XA 2XVLA 2WMKA 4F66A 2J25A 3LMYA 1DTUA 5A6JA 1UH4A 1QNRA 4IPLA 2XVGA 5CPSA 3MUY1 3UR7A 1NH6A 3DECA 3IAQA 1XSKA 3VOCA 4GI9A 2WVTA 1JAEA 1ODUA 3RJXA 3ZT6A 3ZMRA 3CZGA 4Q7NA 5DT7A 4AY1A 1KWKA 5HPCA 1FH8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1GON A;  1W32 A;  3I3D A;  1LJY A;  3A4X A;  1BAG A;  3N9K A;  1NP0 A;  1R7O A;  4W7U A;  1ZBC A;  3UG4 A;  4LQ1 A;  3ZJ8 A;  1TVP A;  1GOQ A;  2XVK A;  4PUE A;  3WUF A;  1ITX A;  1E6P A;  4YHE A;  1MQQ A;  1ITC A;  3W53 A;  4AXN A;  2XTK A;  2D0F A;  1HKJ A;  2V3F A;  3WBE A;  3AQU A;  2X8R A;  4R5E A;  4P7O A;  2DH2 A;  1KXQ A;  4V2X A;  3UET A;  2QPS A;  1G1Y A;  5A8N A;  4DUV A;  1HJX A;  4OJY A;  2CPU A;  2D0H A;  2O9O A;  3BSG A;  1KCK A;  3MUA A;  1E40 A;  2ZWY A;  5A6K A;  3AMC A;  1TZ7 A;  3MO4 A;  1E4N A;  2EPK X;  1QHP A;  3MSD A;  1E55 A;  1ECE A;  1UZ1 A;  2ZX8 A;  1QNO A;  3SUR A;  3WMB A;  1FFR A;  4TVD A;  5GNZ A;  3VIJ A;  1J01 A;  1UKP A;  1EA9 C;  1FH9 A;  3QR3 A;  4BZY A;  1EOK A;  1RP9 A;  4S3J A;  3WUG A;  3NSX A;  4ACZ B;  2D1Z A;  2AAA A;  1JF6 A;  1QI0 A;  1B9Z A;  1C8Q A;  4P7N A;  1TFV A;  1EDQ A;  1VEO A;  1GQL A;  1WP6 A;  1NAR A;  2CHN A;  2FHF A;  4PMX A;  1NP2 A;  2XSB A;  5E9A A;  1US2 A;  7A3H A;  3S6T A;  1UD8 A;  5ABF B;  3A4W A;  1W9X A;  2VQT A;  3WNK A;  3PZV A;  2NT0 A;  1JIB A;  4JKM A;  4ZXO A;  3IK2 A;  4HU0 A;  4UCF A;  1GOI A;  5CPQ A;  4FF5 A;  1W3H A;  1G5A A;  2QMJ A;  1JF5 A;  3AIB A;  5M17 A;  1KXV A;  5CLT A;  2WHK A;  4Z2I A;  2DH3 A;  3L4U A;  4UNI A;  2MAN A;  2FDM A;  3PZO A;  1J0Y A;  3T2Q A;  3HJE A;  5BXS A;  6A3H A;  5A6L A;  1ISV A;  2OYL A;  2WCG A;  1G01 A;  3T2O A;  3A47 A;  4WKF A;  4DUW A;  3WH6 A;  4LYQ A;  1NQ6 A;  2WNW A;  2VR4 A;  4Z2L A;  3VDC A;  1CTN A;  2GUY A;  3F4V A;  2D24 A;  3BLP X;  2RGM A;  4ACZ A;  3TTY A;  3BMW A;  4UQB A;  3B9D A;  4E2O A;  2AOS A;  3VTR A;  1FOB A;  3VIK A;  1TVN A;  5A6B A;  1B31 A;  1K9T A;  2BVT A;  1FH7 A;  3AHZ A;  4NRR A;  3O6A A;  2VT0 A;  4Z2K A;  5IFP A;  1OD0 A;  3MAN A;  3N15 A;  1VFU A;  4UTF A;  1TMQ A;  1V02 E;  1ZB5 A;  2PWF A;  4UZU A;  4M82 A;  1EO7 A;  1LQ0 A;  3VD7 A;  2G3M A;  5D8Z A;  3AOF A;  3WIJ A;  3W27 A;  4HA3 A;  1V3J A;  4UQ9 A;  2V3G A;  1V0N A;  4PMQ A;  1M04 A;  2DSZ A;  1WZL A;  1E6R A;  2WYS A;  1UZ4 A;  3RM9 A;  3BH4 A;  3VIH A;  5BXP A;  2PWE A; 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