2YDRA

Cpoga d298n in complex with p53-derived o-glcnac peptide
Total Genus 238
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
238
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/peptide
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
source organism Clostridium perfringens
total genus 238
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydrA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydrA01
3MS8A 4U3AA 1XV8A 4GI6A 3THCA 1JI2A 3WSUA 3EMCA 1FH8A 1XH0A 2XVKA 1NOUA 3WQWA 4JFVA 3CZLA 4KMQA 1E70M 3A4AA 4PCTA 1DWHM 1E56A 1C8YA 1UKQA 2VZVA 4J3SA 4FMVA 2DIEA 2BS9A 2OYKA 2EO7A 2O9PA 5CPQA 4IUGA 3AHYA 2JE8A 2V3GA 2J7HA 3WH6A 1J0JA 4D6EA 1E40A 4RE4A 3AIEA 1QI2A 2OWWA 3VILA 4PMOA 4B3LA 1W32A 4UNIA 3RDKA 5HPOA 1JDDA 4UFIA 4CD6A 2GJXA 3HMCA 1NH6A 2XGBA 3K1DA 1V3HA 4MB1A 1NQ6A 3ZT7A 3K4DA 1GJUA 1TG7A 5HNNA 1GOOA 1JF5A 1Q4NX 2VZTA 3GBDA 1K6AA 1QNOA 1GHRA 3WDJA 2O92A 2YJQA 2ZWYA 2EQDA 4V27A 1CGVA 1WCGA 1UR8A 3UEQA 1GQKA 3IK2A 1E0WA 3VNZA 5A2AA 2BXZA 3VUPA 3GBEA 3VOCA 3ZT5A 3IJ8A 4C7DA 2BY1A 3O6AA 1WPCA 1B90A 3QGVA 4AZ6A 3VIJA 2EPOA 2CITA 5ABHA 2WHMA 1KBKA 2WHKA 3PTKA 2XVNA 2GJRA 2AMGA 2J47A 1CGXA 1G5AA 2Z1SA 1MYRA 2J74A 1C8QA 2WHLA 4PSPA 2YLLA 5M3WA 2ZE0A 1KGUA 3TTQA 4OBSA 5GNXA 5LA0A 1E72M 1I75A 5BXPA 3WQ8A 1UKOA 2FH8A 3E1F1 5GNZA 2VT0A 3WH5A 4AEEA 4ZEPA 2A3BA 5FIPA 1C8XA 4LYRA 1IV8A 5HDRA 1ZU8A 2E8YA 4X9YA 2BNJA 3W37A 3GNOA 2VC9A 2BHYA 1VFUA 3CPUA 4URIA 2F8QA 4UQ9A 1E4IA 2FDMA 4HPGA 1OIMA 3WKZA 4ATLA 1CXIA 3WUGA 3ZOAA 3VM5A 1KGXA 5A6BD 3MMWA 3N11A 1BYAA 1WAWA 4NZCA 5A1AA 1HKMA 1HKKA 3ARTA 3W29A 1HJQA 5IFTA 1V6WA 5FL1A 1HL8A 1UZ4A 4H8VA 5A8OA 3GH5A 2J7BA 2WLYA 3TOPA 1UR1A 3CUGA 2A3HA 2CERA 3PZNA 4OKDA 3UR7A 3VINA 3DHPA 5DO8A 3U5UA 5I79A 3VD7A 3OBAA 2CIPA 1E6XM 2CBVA 3OIHA 1BGAA 3G6MA 1H4PA 3AIUA 2OLHA 3AMDA 4HA4A 4OBRA 1ZS2A 3T0BA 4JL2A 4OJYA 1E55A 2WHJA 2O9OA 1SYTA 2EPMX 1QI3A 3I3DA 1QHOA 3VMNA 4P7LA 1VAHA 3OZPA 4MB5A 4FLOA 2XTKA 5IXEA 2X8RA 5EFDA 1RP8A 3BH4A 2E8ZA 4HOWA 5EMYA 4EKJA 3GM8A 1KWGA 4YHGA 2W66A 2D1ZA 5CZKA 4AD5A 1VRXA 4HU0A 3WF3A 3KWXA 5BRPA 2X0YA 1DWAM 3CZJA 5CSYA 4AZ7A 2GDUA 2WVVA 1HJXA 4AD2A 3PZ9A 1W1TA 4D1JA 1HP4A 3PZTA 2XIBA 5A8MA 4V28A 1D7FA 5BXSA 3AMLA 1D3CA 5LA2A 3NJ3A 1N82A 3I3BA 3PZUA 4W5UA 2NW0A 3LMYA 1HXJA 1JGIA 2ZUVA 2C7FA 4WK9A 3RCNA 3OGVA 4J28A 5CLWA 3L2MA 3APGA 1JYXA 1CDGA 5A6AA 5LA1A 4DM2A 1Q6CA 2CBUA 1UA3A 2E3ZA 3ALGA 1GQIA 2YL8A 1VJZA 3GNRA 4W8LA 4MNLA 3RM4A 4CN1A 1DWIM 4TX8A 3HJEA 1MFUA 4W7VA 1Q6DA 5CQ1A 3AZRA 2IXUA 1ISYA 1CXFA 4WSJA 2ZX8A 5EB8A 4HMCA 4Q22A 2QLYA 3VDBA 2BVDA 3QR3A 2YL6A 2ZUUA 1W9UA 1HL9A 4JFWA 4ATWA 1VB9A 4UQEA 4MADA 1EQCA 3VGEA 4TXEA 1WDRA 2BV9A 4LYQA 4C91A 2XPKA 2VRQA 1FH9A 4AIEA 2FHBA 4NF7A 1FHLA 5C71A 2DSKA 2CNCA 4D1IA 2YA1A 4LQ1A 3PZMA 2E0PA 4F79A 3WMBA 4PRWA 4GINA 1H11A 1L0PA 3IANA 1NWSA 1E5JA 5CGTA 4MNMA 2G3NA 3BGAA 3AIQA 3SURA 2J62A 2XVGA 1KR0A 1BG9A 1BG4A 2GUYA 5I24A 2YLAA 3N13A 2D0FA 2VJXA 1PPIA 4DWSC 2XG9A 3LPGA 1VFOA 3BCDA 2WC3A 4P8XA 1GCYA 1VEPA 3BAJA 3HN3A 3NYDA 3L4WA 5A69A 1UUQA 3AS0A 5BRQA 2PBOA 1AQMA 5I23A 4R27A 1G01A 1UG6A 1KWKA 4FLSA 2WLZA 4MTVA 4K68A 1OD0A 3A47A 3WY1A 9CGTA 3W28A 1FHDA 3OGRA 4EANA 1HF6A 4TOQA 4YHEA 2VQTA 3CO4A 2D3LA 1CGYA 1O6IA 1WZAA 1JZ5A 3POHA 2WM0A 2CHNA 2JALA 1NOFA 3S2CA 1UWIA 4W86A 4TVCA 5A6KA 5JBEA 1UR4A 1PIFA 4M82A 1B3YA 3BAWA 2EPKX 3HU7A 5GQBA 1WKYA 3M6DA 1Y7VA 3U7VA 4Z2HA 3AHZA 5HOSA 1KCLA 4Z2IA 2D0HA 1QHZA 2Y24A 1M04A 3AI0A 2W4XA 1BAGA 3ECQA 1BYCA 1J18A 3EDJA 3MMUA 4J7RA 1MW2A 1JZ2A 5D9MA 1CGTA 2ZXQA 3RPMA 1VEOA 3I3EA 4AIOA 1FP9A 5JBFA 4AZCA 2ZUSA 3VDAA 1XD0A 1WE5A 5A8PA 4XB3A 2WXDM 3L4YA 1E3ZA 2DSZA 4JCMA 1UYQA 1HT6A 1CXEA 3GTNA 2NSXA 2VCCA 4GQQA 3AHTA 1B3ZA 5A2BA 3VGHA 4PMXA 1H3GA 4B3KA 1G1YA 4GXPA 4U31A 2DQXA 1K9DA 1JL8A 2CXGA 4CU7A 2V3DA 3ARXA 3AYRA 2X1IA 2G3MA 3FN9A 4UFHA 1DWFM 1GORA 1JAKA 2QPUA 3TONA 1J9YA 1E4NA 1CIUA 5A6LA 3GXFA 4F66A 2JF7A 4M81A 5DFAA 3K8KA 4LXFA 1GNXA 2GJPA 1UH4A 2PB1A 3BSGA 1W2VA 4H8UA 2J7CA 1BF2A 1HVXA 3GNPA 1V6UA 4EK7A 1W9XA 1H41A 2WMGA 1KXHA 3WF4A 3W81A 4OOZA 1XSJA 1UD6A 2DPEA 1KQZA 5BCAA 3FY1A 3N12A 2JIWA 3WDHA 4P7NA 1CZ1A 4KRTA 3N18A 3WL1A 2WKLA 5BXRA 4XV0A 5CLTA 2BHUA 2DT3A 4U33A 3WNKA 1HVQA 1BFNA 4CCEA 2WAGA 1HX0A 1E3XA 1TMQA 1PJ9A 1ESWA 1R7AA 2J7DA 4DM1A 1E0VA 3PZGA 2VQUA 3MKKA 1WB0A 3WQ5A 1JZ7A 3ZSSA 4GKLA 5I6SA 4S3KA 4W5ZA 1G9HA 5AYBA 1OGSA 1B3VA 3RIKA 2YDQA 1V6VA 2WZHA 1CYGA 1JZ3A 3WDRA 1J0ZA 2EPLX 3WF2A 1ZJAA 3T0DA 1NP2A 2WMKA 4FF5A 4W93A 6CGTA 1U30A 3VGDA 4MNKA 2WCSA 4E8CA 3L2LA 2ZX5A 4HA1A 4RE3A 1NM9A 4JHZA 3WN6A 1E5NA 1QHPA 2GJXB 1UQYA 3W53A 4JHOA 3FXYA 3A6OA 4ML4A 1XYZA 3BAIA 4OOUA 1K9TA 1TZ7A 1XD1A 3B9EA 3VIMA 2Y4SA 4DUXA 1W9DM 1WZKA 3PZIA 3AICA 1ZBVA 1LF1A 1CNVA 3VD5A 4GI9A 5CPTA 3NDZA 2PF0A 3O2LA 4A3YA 2XJ7A 3MUIA 3SCPA 1V3MA 5CSUA 5ECUA 2WNWA 1XC6A 4UQAA 2J8FA 1R85A 1HJVA 3RJYA 4W84A 2CHOA 1J0YA 1RD6A 3T09A 3ARPA 5IHRA 3VM7A 2YL5A 1DWGM 4PN2A 4HU8A 2EEXA 3CBWA 3VU2A 3GXDA 4H04A 2E40A 3RILA 3WNPA 4J3WA 4KRUA 4WJXA 2GK1B 2ESCA 2W67A 2VRKA 1Q6EA 2ZWZA 1CGUA 4BQ3A 2VX6A 5FOOA 1W9BM 4NSBA 1BHGA 1UR0A 2QF8A 3UR8A 1E6ZA 4P8UA 3W24A 2FGLA 1JNEA 1OWQA 1B31A 1ISZA 3SCUA 1JIBA 3NSMA 5D9NA 6A3HA 5A3HA 3GH4A 1XH1A 4ZFMA 3ARQA 4DWSA 4AZGA 3ZIZA 1E9LA 3WEZA 3CMJA 1ZL1A 2J4GA 2WVTA 3WDQA 1UD8A 2CCRA 2OSWA 3UG5A 4IISA 3TA9A 4JFUA 4V2XA 1KXVA 1B3XA 4B9ZA 1BYDA 1ITXA 2ZX7A 2FGZA 2AAAA 1GOIA 4PTVA 3VKKA 3QOMA 1CEOA 4BQ4A 2J25A 4QFUA 1WP6A 3FAXA 3VGFA 3KE0A 3N1AA 1PX4A 4YPJA 3PTQA 1UWQA 1JI1A 2VNCA 2WKGA 1MW0A 2F2HA 3L4TA 2Y5EA 2CKSA 1EQPA 1VBUA 2C8NA 4WIWA 2Y8VA 3BAXA 3VGGA 2WZIA 3IAPA 2G4FA 1R87A 2YBUA 1E6QM 1B0IA 1CECA 3WIJA 3WMSA 4R5EA 1KCKA 3WH7A 3CUHA 1C3FA 4LGXA 5I78A 5DT5A 4P7OA 1CXKA 3LPFA 1JZ4A 1PZ2A 3GH7A 1VEMA 3ARVA 4M56A 3SCOA 4P7RA 1E6SM 2PWEA 4PCSA 2WK2A 3AIRA 6TAAA 3RM9A 3ZR5A 4DUVA 5CGMA 2YL9A 4Z2LA 5AYIA 3J7HA 2FH6A 3ARYA 2QPSA 2WVVB 2XVPA 1RH9A 4QLLA 1UZ1A 1RPKA 3WUBA 2V5CA 2WYSA 4J27A 4M80A 1V6XA 4Z2JA 2G3IA 4UFKA 4ZENA 5A6MA 3B8SA 1B3WA 1M53A 5BWFA 4XZBA 5A95A 5HXMA 5FD0A 3UERA 2J79A 2ZUNA 2VZUA 3AMKA 1IZKA 2PBGA 2Y2WA 3BC9A 2WB5A 3NUKA 3W38A 3UETA 3AHVA 2G3JA 4UFJA 3VX1A 4PMNA 3CZKA 1C90A 1QNPA 1SR0A 1HJWA 3CUJA 1BGGA 1V02E 3A4XA 1J11A 4HA3A 1KR1A 1IZJA 3WELA 1E73M 2XFFA 3QHOA 1MFVA 1I1WA 2JIEA 2XFYA 3CZ8A 1F4HA 2ZXDA 1VENA 2YBTA 1CENA 1V3LA 1EDTA 3KL0A 4OZOA 2B31A 2VCAA 3WD2A 2XM1A 1WDSA 4WF7A 4AY1A 1UWUA 3AS3A 1QW9A 2OWCA 1W1PA 2DEPA 1UD2A 1K9EA 3IJ9A 3W6LA 1M7XA 3JUGA 3KL3A 1EO5A 5ABGA 3EBVA 1C7TA 2VVNA 1W1YA 2WWCA 1PX3A 3NSXA 4HP5A 1PBGA 3F5KA 4JZ5A 5A94A 1SMDA 4CN4A 2VZSA 1W1VA 1XSKA 3QHMA 3WEOA 1WO2A 3OLGA 2ZUWA 4UFLA 2JF6A 4LPCA 3VO0A 4CU8A 2YA2A 4PBGA 1V03A 3IAQA 1EHNA 3VVGA 1WDPA 1AQ0A 2VX4A 5E0CA 3T08A 2Y8KA 4P8VA 3D3AA 2VI0A 2XVLA 1B2YA 3GXIA 1C92A 1U33A 3SCQA 4W88A 2VUYA 2X0HA 1RP9A 1P6WA 2VVSA 4TVUA 3G6LA 4S3JA 4IPLA 1UH2A 3KL5A 2HISA 4AD4A 2CESA 3CZEA 4DUWA 2WW5A 1V08A 3PZVA 2BVTA 1EOKA 3SCVA 2ZICA 2XSAA 3K46A 1AMYA 3VNYA 4KWUA 4QDMA 2PWHA 2W92A 1KGWA 1CPUA 3CZGA 4GO8A 3WNOA 3ARUA 3VIFA 3PZQA 3D5HA 2OWXA 3RMEA 3N15A 5ABEA 4UOJA 4UZSA 4W8BA 1CTNA 1TA3A 1G94A 1X6LA 1KB3A 2XM2A 4RE2A 2WMJA 5AC4A 4TX6A 4HZ8A 4U2ZA 5CG0A 3WQ4A 1JF6A 2UY3A 1V02A 4EE9A 5KZ6A 3CHCA 3N04A 4D6GA 3AIWA 1ECEA 4TVDA 1ZB5A 3VIIA 3ALFA 1V6YA 3EMZA 4AIUA 4GI8A 1HNYA 4JKMA 1KXQA 1ODZA 4JIEA 5A2CA 2A3EA 2ZXBA 1UQZA 1GHSA 3EDKA 4CGTA 4NRSA 4MDOA 4CD7A 4W7WA 4D6HA 3UG3A 4B15A 3WENA 3ZT6A 1WNOA 3AIBA 1PX8A 1UR9A 1NWRA 1JDCA 1E43A 1HJSA 2BY0A 1BPLB 4CCDA 4FLQA 2RGMA 1ISXA 3DYPA 1ZBCA 3MSDA 4JAWA 2C0HA 3CHEA 3DYOA 2YA0A 4P7QA 3M7SA 3SCRA 3SUTA 5M03A 4AW7A 1JAEA 4F9DA 1J12A 3WD0A 3AJ7A 2XFRA 4KGJA 5ABFA 3OG2A 3AMCA 1GQJA 1HKJA 2XIIA 3OGSA 4HTYA 1CWYA 5M17A 1OD8A 1OM0A 3ZJ6A 1V3IA 3WNNA 4J3UA 4PMUA 4AXNA 4ACZA 2FHCA 1AVAA 1XSIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3MS8 A;  4U3A A;  1XV8 A;  4GI6 A;  3THC A;  1JI2 A;  3WSU A;  3EMC A;  1FH8 A;  1XH0 A;  2XVK A;  1NOU A;  3WQW A;  4JFV A;  3CZL A;  4KMQ A;  1E70 M;  3A4A A;  4PCT A;  1DWH M;  1E56 A;  1C8Y A;  1UKQ A;  2VZV A;  4J3S A;  4FMV A;  2DIE A;  2BS9 A;  2OYK A;  2EO7 A;  2O9P A;  5CPQ A;  4IUG A;  3AHY A;  2JE8 A;  2V3G A;  2J7H A;  3WH6 A;  1J0J A;  4D6E A;  1E40 A;  4RE4 A;  3AIE A;  1QI2 A;  2OWW A;  3VIL A;  4PMO A;  4B3L A;  1W32 A;  4UNI A;  3RDK A;  5HPO A;  1JDD A;  4UFI A;  4CD6 A;  2GJX A;  3HMC A;  1NH6 A;  2XGB A;  3K1D A;  1V3H A;  4MB1 A;  1NQ6 A;  3ZT7 A;  3K4D A;  1GJU A;  1TG7 A;  5HNN A;  1GOO A;  1JF5 A;  1Q4N X;  2VZT A;  3GBD A;  1K6A A;  1QNO A;  1GHR A;  3WDJ A;  2O92 A;  2YJQ A;  2ZWY A;  2EQD A;  4V27 A;  1CGV A;  1WCG A;  1UR8 A;  3UEQ A;  1GQK A;  3IK2 A;  1E0W A;  3VNZ A;  5A2A A;  2BXZ A;  3VUP A;  3GBE A;  3VOC A;  3ZT5 A;  3IJ8 A;  4C7D A;  2BY1 A;  3O6A A;  1WPC A;  1B90 A;  3QGV A;  4AZ6 A;  3VIJ A;  2EPO A;  2CIT A;  5ABH A;  2WHM A;  1KBK A;  2WHK A;  3PTK A; 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